서울고등법원-2008-누-33558 (2009.06.03)

주 문

1. 제1심 판결을 취소한다.

2. 피고가 2007. 4. 16. 원고에 대하여 한 2004년 제1기분 893,242,889원의 부가가치세 감액경정청구 거부처분 중 152,727,273원을 초과하는 부분, 2004년 제2기분 229,097,527원의 부가가치세 감액경정청구 거부처분, 2005년 제1기분 183,912,754원 의 부가가치세 감액경정청구 거부처분, 2005년 제2기분 245,085,160원의 부가가치세 감액경정청구 거부처분 및 2006년 제1기분 89,538,254원의 부가가치세 감액경정청구 거부처분을 각 취소한다.

3. 소송총비용은 피고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

주문과 같다(원고는 당심에서 청구취지를 감축하였다).

이 유

1. 처분 경위

가. 원고는 사립학교법에 의하여 설립된 비영리법인으로 1946. 12. 19. 부가가치세 면세사업자로서 고유번호(209-82-00113)를 부여받아 부가가치세 면세사업을 영위하고 있고 산하에 고등교육을 실시하는 ○○대학교를 설립·운영하고 있는데, ○○대학교는 1946. 12. 18. 별도의 고유번호(209-82-00544)를 부여받아 부가가치세 면세사업을 영위하고 있다.

나. 원고는 ○○대학교 내에서 수익사업을 하기 위하여 2003년 초부터 주차장 신축공사를, 2004년 초부터 종합복지관 신축공사를 각각 착공하고(2건의 공사를 합하여 ’이 사건 공사‘라 한다) 2004. 3. 1. 부가가치세 과세사업자로 사업자등록(사업자등록번호 생략)을 신청하였으나, 이 사건 공사에 관련된 매입세금계산서(이하 ’수정 전 세금계산서’라 한다)를 원고의 등록번호로 수취하지 않고 ○○대학교 명의의 면세사업 자 고유번호로 수취하였다.

다. 수정 전 세금계산서상 공급받는 자는 원고가 아니었기 때문에 원고는 2004년 1기부터 2006년 l기까지 부가가치세 신고를 하면서 그에 해당하는 매입가액을 신고서에 기재하지 않았고 매입세액 공제도 받지 않았다.

라. 원고는 2006. 12.경 수정 전 세금계산서의 매입처로부터 ’착오 정정’을 이유로 공급받는 자를 원고로 고친 수정세금계산서(이하 ’이 사건 세금계산서‘라 한다)를 교부받고 2007. 1. 23. 피고에게 이 사건 세금계산서상의 매입세액을 공제하여 원고가 기 납부한 2004년 1기부터 2006년 1기까지의 부가가치세 중 아래와 같이 계산한 ’경정청구 대상 매입세액 합계 1,640,876,584원을 환급해 달라는 취지의 경정청구를 하였다.

마. 피고는 2007. 4. 16. 원고에 대하여 공급받는 자를 ○○대학교에서 원고로 고친 이 사건 세금계산서는 착오에 의한 수정세금계산서 교부 대상이 아니어서 경정청구에 의한 매입세액 공제 대상에 해당되지 않는다는 이유로 경정을 거부하는 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.

[인정 근거] 갑 제2호증, 갑 제3호증, 갑 제6호증의 1,2, 갑 제11호증의 1 내지 5, 갑 제13호증, 갑 제14호증의 각 기재

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 공사를 위하여 설계· 감리 및 건축공사계약을 체결하고 건설용역을 제공받은 것은 원고이나 공급받는 자를 원고 산하 ○○대학교로 기재한 세금계산서를 교부받은 것은 구 부가가치세법 시행령 제59조의 "그 기재사항에 관하여 착오가 발생한 경우"로서 아래와 같이 수정세금계산서를 교부할 수 있는 사유에 해당한다. 따라서 이 사건 세금계산서로 매입세액 공제를 하여 달라는 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 피고의 주장

(1) 당초 ○○대학교가 도급계약의 당사자로서 공사도급계약을 체결하였고 공사업체가 ○○대학교로부터 공사대금을 받았으므로 ○○대학교가 계약상· 법률상 용역을 공급 받는자에 해당하고, 따라서 ○○대학교 고유번호로 교부받은 세금계산서는 정상적인 세금계산서이다.

(2) 원고는 도급공사 개시 시점부터 4년 이상 ○○대학교 고유번호로 세금계산서를 교부 받았고, 세금계산서 발행자인 ○○건설 주식회사의 공시 재무자료(감사보고서) 상 건설공사 내역서에도 해당 도급공사의 발주처가 ○○대학교로 기재되어 있으며 원 고가 대주차장 등의 신축공사를 승인하여 ○○대학교 총장에게 통보하였고 원고의 법인세신고서상 대차대조표에 대주차장 등이 포함되어 있지 않으며, 원고는 그간 수 천 건의 매입세금계산서를 ○○대학교 고유번호로 교부 받아 피고에게 제출하는 등 ○○대학교는 원고의 산하기관으로서 비록 법률상 법인격은 없으나 부가가치세법상 고유번호를 부여 받았으므로 원고와는 별개의 부가가치세 비과세 사업자로서 독립적으로 세금계산서를 교부 받을 수 있는 점 등을 고려할 때 원고가 ○○대학교 고유번호로 매입세금계산서를 교부 받은 것은 착오로 볼 수 없다.

다. 관계 법령

(생략)

라. 인정사실

(1) 이 사건 공사에 관하여 ○○대학교 총장과 주식회사 ○○씨앤씨건축사사무소(이 하 ’○○씨앤씨‘라 한다) 대표이사 사이에 2002. 1. 16. 건축설계 및 공사감리계약이 체결되었고, ○○대학교 총장과 ○○건설 주식회사(이하 ’○○건설’이라 한다) 대표이사 사이에 2003. 2. 19. 주차장 신축공사의 , 2004. 3. 11. 종합복지관 신축공사의 각 공사 도급계약이 체결되었다.

(2) 원고는 신축되는 주차장과 종합복지관 운영을 위하여 2004. 3. 1. 성북세무서장 에게 사업자등록신청을 하여 2004. 3. 9. 사업자등록증을 교부받았다.

(3) 원고는 사업자등록을 마친 후 2004년 1기부터 부가가치세를 신고하면서 2006년 1기에 이르기까지 수정 전 세금계산서에 의한 매입세액 공제를 받은 사실이 없다.

(4) 각 과세기간 중 부가가치세 신고내용에 의하면 원고는 ○○대학교(고유번호 : 209-82-00544)에 2004년 2기 425,454원, 2005년 1기 190,909원, 2005년 2기 170,001원의 각 매출세금계산서를 발행하고 매출세액을 신고하였다.

(5) 원고는 사업자등록 신청일 이후 이 사건 세금계산서를 원고 명의로 수취하였더라면 자기의 사업을 위하여 사용될 용역의 공급에 대한 세액에 해당하여 매입세액 공제를 받을 수 있었다는 사실을 알고 이 사건 공사에 관련된 각종 계약서의 발주자 명의를 ○○대학교 총장에서 원고로 고쳐 새로 작성하는 한편 ○○씨앤씨와 ○○건설에 요청하여 2004. 3. 30.부터 2006. 1. 27.까지 사이에 ○○대학교를 공급받는 자로 하여 수취한 세금계산서 31장에 관하여 2006. 12.경 ’거래처 착오분 정정 발행‘을 이유로 한 수정세금계산서를 교부받았다. {다만 2004. 3. 2.자 공급가액 1,527,272,727원, 관련매입세액 152,727,273원의 세금계산서 l장(갑 제9호증의 18)은 사업자등록 신청일 이후 수취한 것으로서 매입세액 공제 대상이 된다고 판단하여 수정세금계산서를 교부받지 않은 상태에서 매입세액 공제를 청구하였다가 당심에 와서 이 부분을 취하함으로써 청구취지를 감축하였다}.

(6) 이 사건 공사가 이루어진 ○○대학교 내 부지와 이 사건 공사로 신축된 건축물의 소유자는 원고이고, 공사와 관련된 각종 인허가도 원고 명의로 받았다.

(7) ○○건설의 2003년과 2004년 사업연도 감사보고서 중 현장별 중요 건설공사 목록에는 이 사건 공사의 발주처가 ○○대학교로 기재되어 있다.

(8) 원고는 학교법인의 구분회계상 학교법인인 원고와 그 산하 ○○대학교의 회계를 분리하였고 공사대금도 ○○대학교가 지급한 것으로 회계처리하였다.

[인정 근거] 갑 제4호증의 1 내지 3, 갑 제5호증의 1 내지 7, 갑 제6호증의 1,2, 갑 제7호증, 갑 제8호증의 1,2, 갑 제9호증의 1 내지 18, 갑 제10호증의 1 내지 14, 갑 제 15호증, 갑 제16호증의 1,2, 갑 제17호증, 갑 제18호증, 갑 제19호증의 1,2, 갑 제20 내지 27호증, 을 제1호증의 1 내지 5의 각 기재, 변론 전체의 취지

마. 판단

앞서 인정한 사실과 이 사건 변론에 나타난 아래의 제반 사정에 비추어 보면 수정 전 세금계산서상 ’공급받는자’란에 ○○대학교라는 명칭과 그 고유번호로 기재된 것은 기재사항에 관하여 착오가 발생한 경우라 할 것이고 이는 수정세금계산서 발행사유에 해당하므로, 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분 중 원고가 수정세금계산서를 교부받아 매입세액 공제를 구하는 것에 대한 부분{앞서 본 2004. 3. 2 자 관련매입세액 152,727,273원의 세금계산서 1장(갑 제9호증의 18)을 제외한 나머지}은 위법하다.

(1) 사립학교법상 수익사업의 주체가 학교법인인 원고이고, 이 사건 주차장 및 종합 복지관 부지의 소유권자도 원고일 뿐만 아니라, 이 사건 공사를 위하여 관할관청으로 부터의 각종 인허가를 받은 자 및 이 사건 공사로 조성된 주차장 및 종합복지관의 소유자도 원고이므로, 이 사건 공사를 위한 설계· 감리 및 건축공사계약의 당사자도 원고로 보아야 할 것이고 당초 법인격 없는 ○○대학교 명의로 작성된 계약서는 착오로 인하여 도급인란을 잘못 기재한 것으로 보아야 한다.

(2) 단일한 법인격을 갖는 개인이나 법인이 수 개의 사업장을 가지고 각각 사업자등 록을 하여 별개의 사업을 영위하는 것이 얼마든지 가능하고 이때 각 사업은 사업자등록번호, 상호, 사업장 소재지 등에 의하여 구분되며 이 경우에도 납세의무자는 법인격 의 주체인 1인이 될 것이나 부가가치세의 신고· 납부는 사업장별로 이루어지지만, 이 사건 공사계약의 내용은 과세사업과 관련된 것이고 사립학교법은 ’학교법인은 그가 설치한 사립학교의 교육에 지장이 없는 범위 안에서 그 수익을 사립학교의 경영에 충당하기 위하여 수익을 목적으로 하는 사업을 할 수 있다’고 규정하고 있으므로, 결국 이 사건 공사의 목적인 수익사업은 학교법인인 원고의 사업이어서 학교는 그 사업장이 될 수 없다. 즉, 원고 산하 ○○대학교는 원고의 면세사업장일 뿐 과세사업장이 아니므로 과세사업과 관련된 사항의 세금계산서 발급 주체가 될 수 없다.

(3) 비록 원고가 ○○대학교에 대하여 한 매출도 과세거래로 하여 부가가치세를 신고한 적이 있지만, 이는 사립학교법상 대학교의 교비회계를 학교법인인 원고의 법인회계와 구분관리하도록 규정되어 있고, 부가가치세법상 동일사업자 내부의 거래도 공급으로 의제하는 규정에 따른 것으로 보일 뿐이며, 원고가 대주차장 등의 신축공사를 승인하여 ○○대학교 총장에게 통보한 점 및 원고의 법인세신고서상 대차대조표에 대주차장 등이 포함되어 있지 않은 것 또한 위와 같이 대학교의 교비회계를 학교법인인 원고의 법인회계와 구분관리하였기 때문이고, 공사대금을 ○○대학교가 지급한 것으로 회계처리한 것은 학교법인인 원고의 계정에서 ○○대학교 계정으로 대체하여 그 금원을 그대로 지급한 것으로 처리한 것인데 이는 당초 공사도급계약서상 도급인 명의가 ○○대학교로 되어 있던 까닭에 회계담당자가 기계적으로 업무처리를 하였기 때문으로 보이고, 세금계산서 발행자인 ○○건설의 공시 재무자료(감사보고서)상 건설공사내역서에 해당 도급공사의 발주처를 ○○대학교로 기재한 것 또한 당초의 도급계약서상 도급인이 ○○대학교로 기재되어 있었기 때문인 것으로 보인다. 따라서 위와 같은 사실이 인정된다고 하여 이 사건 공사의 공급받는 자를 원고가 아닌 ○○대학교로 볼 수는 없다.

(4) 세금계산서는 공급하는 자가 법정 사항을 기재하여 공급받는 자에게 교부하는 것으로서 현실적으로 공급하는 자는 공급받는 자에 관한 사항을 공급받는 자가 제공하는 정보에 의존하여 작성하는데, 공급받는 자인 원고가 착오로 당초 ○○대학교 명의로 ○○씨앤씨나 ○○건설과 설계· 감리 또는 공사도급계약을 체결하는 바람에 공급하는 자인 ○○씨앤씨나 ○○건설이 잘못된 정보를 얻어 세금계산서의 공급받는 자를 원고가 아닌 ○○대학교로 기재한 것이므로 공급하는 자의 입장에서도 ’공급받는 자가 원고‘라는 인식과 ’○○대학교를 세금계산서의 공급받는 자로 기재’하는 사실의 불일치라는 의미의 착오로 인하여 세금계산서를 작성한 것이라고 볼 수 있다.

(5) 무엇보다도 세금계산서가 부가가치세법이 요구하는 형식을 갖추지 아니하면 매입세액을 공제받을 수 없도록 규정하면서 세금계산서의 기재사항에 관한 착오가 발생한 경우 수정세금계산서를 교부받아 매입세액을 공제받는 등의 일정한 경우에만 엄격하게 예외를 인정하는 규정을 둔 이유는 추후 세금계산서의 수정을 넓게 인정한다면 거래질서가 어지럽혀지고 과세당국이 사실 여부를 확인하기 어렵게 됨으로서 부가가치세 체계에 혼란을 초래하고 악용의 소지가 많기 때문이라 할 것인데, 이 건과 같이 공급받는 자를 원고 자신의 산하 조직의 고유번호로 잘못 기재함으로써 거래질서를 어지럽힐 우려가 전혀 없고 이 사건 공사 용역이 원고에게 제공되었음이 객관적으로 명백하여 과세당국이 사실 여부를 확인하기 용이한 경우에 예외규정을 적용한다고 하여 부가가치세 체계에 혼란을 초래한다거나 악용의 소지가 있을 위험이 없으므로, 원고의 주장과 같은 매입세액 공제를 인정함이 타당하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하여야 할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 이를 취소하고 주문과 같이 판결한다.