서울행정법원-2009-구단-11174 (2010.01.13)

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

피고가 2009. 3. 9. 원고에게 한 2008년 귀속 양도소득세 378,496,290원의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2008. 1. 3. 그 소유이던 서울 AAA구 AAA동2가 94-155 대 555㎡(① 토지), 같은 동 94-157 대 258㎡(②토지), 같은 동 28-127 대 357㎡(③토지), 같은 동 28-147 대 136㎡(④토지) 4필지 합계 1,306㎡(395평 이하 ’이 사건 각 토지’라 한다)와 그 지상 건물 및 구축물(이하 ‘이 사건 건물 등’이라 한다) 일체를 소외 주식회사 창조 종합건축사사무소에게 매매대금 합계 95억 원(이 사건 각 토지의 대금 93억 9,000만 원 + 건물 등의 대금 1억 1,000만 원)에 일괄 양도한 후, 2008. 3. 31.경 피고에게 이 사건 각 토지 및 건물 등의 양도와 관련한 양도소득세 예정신고를 하면서 이 사건 각 토지별 양도가액을 총 양도가액 93억 9,000만 원에서 이 사건 각 토지의 필지별 면적 비율에 따라 안분계산한 금액(이와 같이 계산할 경우 이 사건 ①토지의 양도가액은 3,990,390,504원이 된다)을 이 사건 각 토지의 양도가액으로 보고, 이를 기초로 산정된 양도소득세 2,158,368,075원을 자진납부하였다.

나. 그런데 그 후 피고는 이 사건 각 토지 중 ①토지가 비사업용 토지(양도세율 60%)에 해당하고, 다른 필지에 비하여 개별공시지가가 높으며, 일괄 양도된 이 사건 각 토지의 필지별 양도가액이 소득세법 제100조 제2항 등에서 규정한 토지와 건물 등의 가액구분이 불분명한 때에 해당하여 각 필지별 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 이 사건 각 토지의 양도가액을 안분계산하여야 한다는 이유로, 이 사건 각 토지의 필지별 면적에 기준시가를 곱하여 환산한 비율로 안분계산한 금액을 이 사건 각 토지의 양도가액으로 보고(이와 같이 계산할 경우 이 사건 ①토지의 양도가액은 5,314,732,978원이 된다), 이를 기초로 이 사건 각 토지 및 건물 등과 관련한 양도소득세를 2,536,864,371원으로 산정한 다음, 2009. 3. 9. 원고에 대하여 위 총 세액에서 당초 자진납부한 세액을 공제한 378,496,290원을 원고의 2008년 귀속 양도소득세로 추가로 경정고지하는 이 사건 처분을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증(가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1 내지 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 소득세법 제100조 제2항은 토지와 건물 사이에 가액구분이 불분명한 때에 적용되는 규정일 뿐, 이 사건에서와 같이 수 필지의 토지 사이에서 가액 구분이 불분명한 때에 적용되는 규정이 아님에도, 위 규정을 유추, 확장해석하여 이 사건 각 토지 사이에 가액 구분이 불분명하다고 보고 위 규정을 적용하여 필지별 면적에 기준시가를 곱하여 환산한 비율로 안분계산한 금액을 양도가액으로 하여 양도소득세를 산정, 부과한 것은 실질과세의 원칙에 반하여 위법하다.

(2) 그렇지 않더라도, 이 사건 각 토지의 지목이나 용도, 위치나 형상, 매매계약의 경위나 당시 당사자의 의사 등에 비추어 보면, 이 사건 각 토지는 단위 면적당 가격을 동일하게 정하여 거래된 것이어서 각 필지별 가액구분이 불분명한 경우에 해당하지 않음에도, 이 사건 각 토지 사이에 가액구분이 불분명한 경우로 보아 소득세법 제100조 제2항을 적용하여 부과한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관련법령

별지 관련 법령 기재와 같다.

다. 판단

(1) 원고의 위 (1)주장에 대한 판단

살피건대, 소득세법 제100조 제2항은 ‘토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되, 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한다’고 규정하고, 그 시행령 제166조 제6항은 ‘토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산한다’고 규정하고 있는바, 위 각 규정들이 모두 ‘토지와 건물 등’이라는 표현을 사용하고 있어 그 문언상 ‘토지와 건물’이 일괄 양도되는 경우뿐만 아니라 ‘토지와 토지’가 일괄 양도되는 경우에도 그 적용이 있음을 전제로 하고 있는 것으로 보이는 점, 위 각 규정은 토지와 건물은 물론 토지와 토지, 건물과 건물 등 수개의 자산을 일괄 거래한 경우로서 그 전체의 실지거래가액은 확인되지만 각각의 실지거래가액에 대한 구분이 불분명한 경우에 그 가액을 합리적인 산정방법으로 계산할 수 있도록 하는 데에 그 입법취지가 있는 점, 이 사건 각 토지의 실지취득가액이 불분명한 경우 필지별 양도가액을 기준으로 양도 당시 및 취득 당시의 기준시가에 의하여 환산한 가액을 취득가액으로 산정할 수밖에 없고, 이 사건 각 토지의 양수인이 추후 다시 이를 일괄 양도하거나 분리하여 양도한 경우에 이 사건 각 토지의 취득가액을 위와 같은 방법에 의하여 산정할 수밖에 없는 점 등에 비추어 보면, 소득세법 제100조 제2항 및 그 시행령 제166조 제6항은 토지와 건물 사이에 가액구분이 불분명한 때뿐만 아니라 토지와 토지 사이의 가액이 불분명한 경우에도 적용되는 것으로 해석되고, 위와 같은 해석이 그 문언의 의미를 넘은 유추, 확장해석이라고 보기 어렵다. 따라서 이를 전제로 한 원고의 이 부분 주장은 이유가 없다.

(2) 원고의 위 (2)주장에 대한 판단

살피건대, 갑 제3, 4, 5호증의 기재와 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 2007. 10. 19. 소외 회사와 사이에 이 사건 각 토지 및 건물 등에 대한 매매계약을 체결하면서 총 매매대금을 95억 원으로 하되(계약금 20억 원은 계약시, 잔금 75억 원은 2008. 1. 3. 지급하기로 하였다), 그 중 이 사건 각 토지의 매매가액은 93억 9,000만 원, 건물 등의 매매가액은 1억 1,000만 원으로 정하여 이를 매매계약서에 명시하였으나, 그 외 이 사건 각 토지의 필지별 매매가액은 따로 정하지 아니한 사실, 이 사건 각 토지 중 ①토지는 도로에 접한 비사업용 토지에 해당하고, 위 양도 당시 ①토지의 개별공시지가는 ㎡당 420만 원인데 비하여 다른 ②, ③, ④토지는 도로에 접하지 않은 사업용 토지로서 그 기준시가가 ㎡당 238만 원이었던 사실을 인정할 수 있고, 달리 반증이 없다.

위 인정과 같이 원고가 이 사건 각 토지를 일괄 양도하면서 이 사건 각 토지의 필지별 매매가액을 구분하여 정하지 않은 채 그 전체의 가액만을 정하여 매매계약을 체결하였고, 실제 각 필지별 용도나 기준시가의 차이가 상당한 정도에 이르는 이상 제3자나 과세관청의 입장에서는 이 사건 각 토지의 필지별 가액의 구분이 불분명한 때에 해당하는 것으로 볼 수밖에 없다고 할 것이고, 가사 원고가 이 사건 각 토지를 일단의 토지로 양도하게 됨에 따라 전체 토지의 평당 가액만 염두에 두고 전체 토지의 매매가액을 정하였다고 하더라도 위와 같은 내용이 매매계약서 등에 명시되지 않은 이상 이는 전체 매매가액을 정하기 위한 편의적인 방법으로 내심의 의사에 불과할 뿐이고, 한편 소득세법 제100조 제2항에서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하도록 하고 있으므로, 원고가 주장하는 위와 같은 사정만으로는 이 사건 각 토지의 양도가액이 평당 동일한 금액으로 정해진 것으로서 이 사건 각 토지의 양도가액의 구분이 분명한 경우에 해당한다고 보기는 어렵다.

따라서 이 사건 각 토지의 양도가액 구분이 분명한 경우에 해당함을 전제로 한 이 부분 주장도 이유가 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.