대전지방법원-2009-구합-4984 (2010.08.04)

주 문

1. 피고가 2008. 3. 11. 원고에 대하여 한 별지 기재 부가가치세 부과처분 중 2004년 제2기분 가산세 28,056,920원, 2005년 제1기분 가산세 48,042,647원, 20년 제2기분 가산세 16,362,162원, 2006년 제171분 가산세 20,868,685원, 2006년 제2기분 가산세 25,659,149원, 2007년 제1기분 부가가치세 2,438,950원의 각 부과처분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 1/5은 피고가, 나머지는 원고가 부담한다.

청구취지

피고가 2008. 3. 11. 원고에 대하여 한 별지 기재 부가가치세 부과처분을 모두 취소한 다.

이 유

1. 처분의 경위

다음의 각 사실들은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제1호증, 갑 제2호증, 을 제1호증, 을 제2호증, 을 제4호증(각 가지번호 포함)의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다.

가. 원고는 독립기념관법에 따라 1986. 8. 20. 설립되어 기념관 자료의 수집, 보존, 관리 및 전시, 기념관 자료의 조사연구, 기념관 시설의 관리 및 확충, 기념관 운영재원조달 을 위한 사업 및 출자 등을 엽무로 하는 법인이다. 원고의 사업수입은 임대수입, 주차수 입, 기념품 판매수입 등 과세사업에서 발생하는 수입과 독립기념관 입장료 수입과 같은 면세사업에서 발생하는 수입으로 이루어져 있고, 국가보훈처장 및 문화관광부장관 등으 로부터 인건비, 일반관리비, 시설유지관리비, 사업비, 경영혁신비, 예비비 등 원고의 세출 예산에 대응하는 세입예산의 일부로 매년 국고보조금을 지급받고 있는바, 2003년 제1기 부터 20011건 제1기까지의 과세기간별 과세수입금액, 면세수입금액, 국고보조금 등 내역 은 아래 표와 같다.

나. 한편,2003년 제1기부터 2007년 제1기까지 과세기간 동안의 매입세액 구분내역은 아래 표와 같다.

다. 원고는 당초 2003년 제1기부터 2004년 제2기 부가가치세 과세표준 및 그 세액을 신고함에 있어 공통매입세액을 관련 매출세액에서 공제하지 아니하고 부가가치세를 신고ㆍ납부하였다가, 공통매입세액의 안분계산에서 국고보조금은 면세공급가액 및 총공급가액에 포함되지 아니한다는 이유로 피고에게 이들 과세기간에 대한 경정청구를 하였고, 이에 대하여 피고는 원고의 청구를 받아들여 공통매입세액을 안분계산하면서 국고보조 금을 면세공급가액 및 총공급가액에 포함하지 아니하고 산정한 금액을 기준으로 매입세 액을 계산하여 초과납부한 부가가치세 합계 249,280,010원을 원고에게 환급하였다(이하 위 피고의 경정결정을 ‘이 사건 경정처분’이라 한다). 원고는 그 이후인 2005년 제1기부 터 2007년 제1기의 부가가치세 과세표준 및 세액을 신고하면서 국고보조금을 면세공급 가액 및 총공급가액에 포함하지 아니한 채 공통매입세액 중 관련 매출세액에서 공제받지 못하는 면세사업 관련 매입세액을 산정하여 부가가치세를 신고ㆍ납부하였다.

라. 그런데 피고는 2007. 10. 15.부터 2007. 10. 19.까지 원고에 대하여 세무조사를 실시한 후 2003년 제1기부터 2007년 제1기까지의 과세기간 동안에, 위에서 본 각 국고보조 금(이하 ‘이 사건 국고보조금’이라 한다)은 각 과세기간별 공통매입세액을 안분계산함에 있어서 각 면세공급가액 및 총공급가액에 포함되어야 한다고 결정하였다. 피고는 그와 같은 계산방법에 따라서 각 과세기간별로 아래 표의 ‘본세’란 기재와 같이 산정한 세액에 다가 아래 표의 각 ‘신고불성실가산세’란 및 ‘납부불성실가산세’란 기재 각 가산세를 합산 하여 아래 표의 ‘합계’란 기재 세액을 산출한 다음 2008. 3. 11. 원고에 대하여 부가가치 세 부과처분을 하였다.

마. 원고는 이에 불복하여 2008. 4. 24. 조세심판원에 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 2009. 9. 30. 2003년 제1기분, 제2기분 및 2004년 제1기분 부가가치세 부과처분 중 신고불성실가산세, 납부불성실가산세 부분은 원고의 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있음을 이유로 각 취소하였으나 나머지 청구는 모두 기각하였다. 또한 피고는 2008. 5. 27. 직권으로 2007년 제1기분 부가가치세 부과처분에 대하여 당초 원고의 신고에 따라 원고에게 환급하여야 할 미환급세액을 기납부세액에 포함시켜 그 액수에 해당하는 83,818,760원의 감액경정처분을 하였다(이하 위 "다"항의 부과처분 중 조세심판원의 결정으로 취소된 부분 및 피고가 2008. 5. 27. 직권으로 감액경정처분한 부분을 제외한 나머지 부분을 ‘이 사건 처분’이라 하고 구체적인 금액은 별지 과세처분내역표 기재와 같다).

2. 이 사건 처분의 적법 여부에 대한 판단

가. 원고의 주장

원고는 다음과 같은 사유로 이 사건 처분이 위법하다고 주장한다.

(1) 먼저, 이 사건 국가보조금은 원고가 재화 또는 용역을 제공하고 받은 대가가 아니라 독립기념관법 등 관련법령에 따라 제공받은 보조금이므로 공통매입세액을 안분계산함에 있어 이를 면세공급가액 및 총공급가액에 포함시킬 수 없음에도 피고가 이 사건 국가보조금을 면세공급가액 및 총공급가액에 포함하여 매입세액을 산정한 이 사건 처분은 위법하다. 그렇지 않다고 하더라도 원고가 받는 국고보조금은 면세 혹은 비과세사업 뿐만 아니라 과세사업을 위해서도 사용되는 것이 예정되어 있으며, 국가는 국고보조 금이 과세사업을 위한 것이기도 한다는 점을 이미 승인하고 있으므로, 이 사건 국고보조 금이 오로지 면세 혹은 비과세 사업을 위한 것이라는 전제 하에 이를 공통매입세액 안분 계산을 위한 면세 혹은 비과세 공급가액에 포함시킨 것은 부적법하다.

(2) 피고가 원고의 경정청구를 받아들여 이 사건 경정처분을 하였고, 원고는 그에 따라 그 과세기간 이후의 부가가치세에 대하여는 국가보조금을 면세공급가액 및 총공급가액에 포함시키지 아니한 채 공통매입세액을 안분계산하여 부가가치세를 산정하고 신고ㆍ납부하였는데, 피고가 종전의 입장을 바꿔 이 사건 처분을 한 것은 신의성실의 원칙 내지 신뢰보호의 원칙에 위배되어 위법하다.

(3) 가사 공통매입세액을 안분계산함에 있어서 이 사건 국가보조금을 면세공급가액에 포함시키는 것이 옳다고 하더라도 종래 공통매입세액과 관련하여 국고보조금을 어떻게 처리할 것인지에 관하여 판례 등 명시적인 해석례가 존재하지 아니하였고, 원고는 이에 대하여 국세청장에게 질의하여 공통매입세액을 안분계산함에 있어서 국고보조금은 면세공급가에 포함되지 않는다는 답변을 받아 그 취지대로 부가가치세를 처리하였던바, 이와 같은 사정에 비추어 보면 원고는 가산세를 면제받을 정당한 사유가 있으므로 이 사 건 처분 중 가산세 부분은 취소되어야 한다.

있는바, 이에 따라 통일한 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에도 납부세액의 계산원리에 따라 과세사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화나 용역의 매입세액은 이를 과세사업의 매출세액에서 공제하여 납부세액을 계산하여야 하고, 면세사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화나 용역에 대한 매입세액은 매출세액이 없으므로 매입세액도 공제되지 않도록 되어 있으나, 다만 부가가치세법 시행령 제61조 제1항은 동일한 사업자가 부가가치세 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 설지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액 중 과세사업에 관련된 매입세액으로서 과세사업의 매출세액에서 공제받을 수 있는 세액과 면세사업에 관련된 매입세액으로서 그 매출세액에서 공제받을 수 없는 세액을 안분계산하는 방법 등에 관하여 규정하고 있다. 그런데, 부가가치세법 제17조 제1항에 의하여 공제되는 매입세액은 과세사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역 등에 대한 것이어서 부가가치세 비과세 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역 등에 대한 세액은 이러한 공제대상 매입세액에 해당하지 않는다 할 것이므로, 이 점에 있어서 부가가치세 비과세사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역 등에 대한 매입세액은 면세사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역 등에 대한 매입세액과 아무런 차이가 없다 할 것이고, 동일한 사업자가 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 경우 과세사업과 비과세사업에 공통으로 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역 등에 대한 세액 중 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통세액이 있다면 그 중 과세사업에 관련된 매입세액으로서 공제되는 매입세액과 비과세사업에 관련된 매입세액으로서 공제되지 아니하는 세액을 합리적으로 배분하기 위한 일응의 방법이 필요하다는 점 등을 종합적으로 고려하면 부가가치세법 시행령 제 61조 제1항의 규정은 동일한 사업자가 부가가치세 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 경우에도 유추적용된다고 봄이 상당하다(대법원 2006. 10. 27. 선고 2004두13288 판결 참조).

(나) 이 사건에서 보면, 원고의 수입내역은 앞에서 본 바와 같이 과세사업 및 면세사업 관련 수입 및 국고보조금으로 이루어져 있음은 앞서 본 바와 같고, 국고보조금 은 부가가치세법 제13조 제2항 4호에서 부가가치세의 과세표준에 포함되지 아니한다고 규정하고 있는데, 위 규정은 재화 또는 용역을 공급함으로써 부가가치세 납세의무를 지 는 사업자가 국고보조금의 교부대상이 되는 보조사업의 수행자로서 재화 또는 용역을 공 급하고 국고보조금을 지급받은 경우에는 당해 사업자가 재화 또는 용역의 공급에 따른 부가가치세 과세표준에 위 국고보조금 상당액을 포함시키지 않는다는 취지로 해석된다 할 것이고, 나아가 이 사건에서 원고가 독립기념관법 제13조 제1항에 따라 지급받는 국 고보조금은 원고가 제공하는 용역에 대한 대가로서 지급되는 것으로 볼 수 없으므로 부 가가치세 비과세대상이라 할 것이다.

(다) 또한, 위 법리에서 보듯이 부가가치세법 시행령 제61조 제1항은 동일한 사업자가 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 경우에도 적용할 수 있으므로, 원고와 같이 과세사업과 면세사업을 겸영하면서 비과세대상인 국고보조금을 지급받는 경우에도 위 규정을 적용하여 공통매입세액을 안분계산함이 상당하고, 이와 같이 공통매입세액 중 비 과세대상인 국고보조금과 관련한 매입세액은 과세사업으로 인한 매출세액에서 공제받을 수 없다는 점에서 면세사업의 매입세액과 다를 바 없으므로, 부가가치세법 시행령 제61 조 제1항 소정의 계산식의 면세공급가액 및 총공급가액에 각 국고보조금을 포함하여 계산하여야 할 것이다. 따라서 이 사건에서, 앞에서 본 각 과세기간별 공통매입세액 중에서 과세사업과 면세사업 등에 관련된 매입세액의 실지귀속을 구분할 수 없는 이상 부가가치세법 제61조 제1항을 유추적용하여 각 과세기간별 과세사업과 면세사업의 각 공급가액 및 국고보조금을 모두 합산한 가액에 대하여 과세사업의 공급가액이 차지하는 비율을 산정한 다음 이를 기준으로 공통매입세액 중 과세사업에 관한 부분을 안분계산한 후 그 매입세액만을 매출세액에서 공제하여야 할 것인바, 피고가 이와 같은 방법에 따라 각 과세기간별 공통매입세액 중 과세사업에 관한 부분을 계산하여 이를 과세사업의 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 부과한 이 사건 처분에 위법이 있다고 볼 수 없다.

(라) 이에 대하여 원고는 이 사건 국고보조금이 면세 혹은 비과세사업 뿐만 아니라 과세사업을 위해서도 사용되는 것이 예정되어 있으며, 국가는 국고보조금이 과세사업을 위한 것이기도 한다는 점을 이미 승인하고 있으므로, 이 사건 국고보조금이 오로지 면세 혹은 비과세 사업을 위한 것이라는 전제 하에 이를 공통매입세액 안분계산을 위한 면세 혹은 비과세 공급가액에 포함시킨 것은 부적법하다는 원고의 주장에 대하여 살피건대, 갑 제5호증 내지 갑 제6호증(각 가지번호 포함)의 각 기재에 의하면, 원고는 매년 당해 연도 사업계획 및 예산안에 대하여 문화관광부의 승인을 받아 시행하였던바, 이에 의 하면 원고는 세입예산으로 국고보조금과 자체수입을 합산하여 총액을 산정하고, 국고보조금 항목에서는 경상보조와 자본보조 등으로 나누어 그 항목별 세입 예산을 계상하며, 세출예산으로서는 인건비, 일반관리비, 시설유지비, 사업비, 경영혁신비, 예비비 등의 세목을 두어 그에 해당하는 대략의 지출액을 계상하고 있는 사실,2003년도 내지 2007년도 원고의 국고보조금 손익계산서에 의하면, 국고보조금은 경상관리비와 사업비로 나누어 집행되고, 인건비를 비롯한 엽무관련 업무추진비, 소모품비, 용역비, 공과금, 각종 시설유지비, 전시물 교체 보완, 각종 사업비 등으로 지출된 사실 등을 인정할 수 있다.

그런데 원고의 위와 같은 예산안에 의하더라도 이 사건 국고보조금은 경상보조와 자본보조 항목으로 대별되어 지급될 뿐이고, 처음부터 과세사업 또는 면세사업과 관련된 항목으로 나누어 명확히 특정되어 지급되는 것이 아닐 뿐만 아니라 그 사용내역에 의하더라도 각 지출금액 중 어느 것이 과세사업과 관련된 사용이고, 어느 것이 면세사업과 관련된 사용인지를 명확히 구별할 수도 없다. 또한 원고가 국가로부터 수령한 국고보조금은 원고의 설립목적을 달성하기 위하여 필요한 고유 목적사업을 위해서 국가가 지급하는 것으로서 그 사후적인 사용처에 따라서 과세 및 면세수입금액으로 판단할 것은 아니라고 봄이 상당하므로 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

(2) 두 번째 주장에 대한 판단

(가) 일반적으로 조세법률관계에 있어서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙 내지 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위한 요건으로는 첫째 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해 표명을 하여야 하고, 둘째 과세관청의 견해 표명이 정당 하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 넷째 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다(대법원 1988.3.8. 선고, 87누156 판결 등 참조).

(나) 이와 같은 법리에 비추어 이 사건에서 보면, 피고가 원고의 경정청구를 받아들여 이 사건 경정처분을 하였다가 세무조사를 거쳐 이 사건 처분을 한 사실은 앞서 본 바와 같으나, 과세관청은 부과처분에 오류가 있음을 사후에 발견한 경우 납세의무성립일 당시의 조세법령에 근거하여 당초의 부과처분을 경정ㆍ재경정하거나 당초 부과처분을 취소한 후 다시 부과처분을 할 수 있는 것이므로, 피고가 원고의 경정청구를 받아들여 이 사건 경정처분을 하였다는 사실만으로는 피고가 원고에게 이 사건 처분을 하지 아니하겠다는 공적인 견해를 표명한 것으로 보기 어려우므로, 원고의 이 부분 주장도 나머지 부분에 대하여 살펴볼 필요 없이 이유 없다.

(3) 세 번째 주장에 대한 판단

(가) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 않는 반면, 이와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없다(대법원 2005. 1. 27. 선고 2003두13632 판결 등 참조).

(나) 이 사건에서 보면, 앞에서 든 각 증거들 및 갑 제3호증의 기재에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고는 당초 2003년 제1기분부터 2004년 제2기분까지 의 부가가치세 과세표준 및 세액 신고할 때에 공통매입세액을 안분계산함에 있어 국고보조금을 면세공급가액 및 총공급가액에 포함하여 매입세액을 신고하였다가 피고에게 국 고보조금을 면세공급가액 및 총공급가액에서 제외하고 부가가치세를 산정하도록 경정청구를 하였고, 피고가 원고의 경정청구를 받아들여 이 사건 경정처분을 한 이후에 비로소 국고보조금을 면세공급가액 및 총공급가액에서 제외하여 공통매입세액을 안분계산한 후 부가가치세를 신고함으로써 원고가 국고보조금을 제외하여 부가가치세를 신고한 것이 피고의 이 사건 경정처분으로부터 비롯된 점, ② 피고가 2007. 10.경 원고에 대하여 세무조사를 실시하여 이 사건 처분에 이를 때까지 국고보조금을 제외하고 공통매입세액을 안분계산한 것에 대하여 어떠한 처분도 행해지지 아니한 점, ③ 피고의 부가가치세 부과처분에 대하여 조세심판원도 원고에게 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있음을 이유로 2003년 제1기분 제271분 및 2004년 제1기분의 가산세 부분을 각 취소하는 결정을 하였는데, 위 결정에서 취소되지 아니한 2004년 제2기분부터 2007년 제1기분의 가산세도 결국 이 사건 경정처분이 원인을 제공하였다는 점에 있어서는 취소된 부분과 다르지 아니한 점,@ 더욱이 과세관청조차 국고보조금과 유사한 비과세대상인 비영리재단법인에 대한 출연금에 대하여 공통매입세액 안분계산시 면세공급가액 및 총공급가액에 각 산입하여 부가가치세를 부과한 처분이 부당하다고 결정(갑 제3호증, 국심2007서2230)하여 이 부분에 관하여 확립된 관행이나 해석이 존재하지 아니하였던 점 등을 종합하면 원고가 공통매입세액을 안분계산함에 있어 국고보조금을 면세공급가액 및 총공급가액에 포함하지 아니한 채로 부가가치세를 계산하여 신고ㆍ납부한 것에 대하여 그 의무의 이행 을 원고에게 기대하기 어려워 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 봄이 상당하므로, 이 점을 지적하는 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

(다) 따라서 이 사건 처분 중 2004년 제2기분 가산세 28,056,920원(= 신고불성실가산세 7,953,769원 + 납부불성실가산세 20,103,151원), 2005년 제1기분 가산세 48,042,647원(= 신고불성실가산세 12,601,350원 + 납부불성실가산세 35,441,297원), 2005년 제2기분 가산세 16,362,162원(= 신고불성실가산세 5,018,298원 + 납부불성실가산세 11,343,864원), 2006년 제 1기분 가산세 20,868,685원(= 신고불성실가산세 7,679,369원 + 납부불성실가산세 13,189,316원), 2006년 제2기분 가산세 25,659,149원(= 신고불성실가산세 11,849,064원 + 납부불성 설가산세 13,810,085원), 2007년 제1기분 부가가치세 2,438,950원(2007년 제1기분 부가가치세 부과처분 중 신고불성실가산세는 7,841,610원이나, 피고가 2008. 5. 27. 직권으로 감액경정하여 잔존하는 부분이 위 가산세에 미치지 아니하므로 잔존하는 범위에서만 취소한다)의 각 부과처분을 취소한다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 인용하고, 나머지 청구 는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.