서울행정법원-2008-구합-46347 (2010.11.19)

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

피고가 2007. 1. 3. 원고에 대하여 한 2001사업연도 법인세 39,702,867,860원의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고(구 ◯◯공 주식회사, 이하 같다)는 1999. 8. 12. 특수관계에 있는 ◇◇항공 주식회사(이하 ‘◇◇항공’이라 하고, 뒤에 나오는 이 사건 관련 각 주식회사의 명칭에서 ’주식회사’는 생략한다)의 신주 9.405,600주를 470억 2,800만 원(1주당 액면가 5,000원)에, 2000. 4. 25. ◇◇항공의 신주 3,402,231주를 170억 1,115만 5,000원(1주 당 액면가 5,000원)에 각 인수하여(이하 ’이 사건 각 신주인수’라 한다) 합계 640억 3,915만 5,000원을 ◇◇항공에 출자하고 이를 투자유가증권으로 회계처리 하였다. 그 후 원고는 2001. 6. 30. 이 사건 각 신주인수대금을 투자유가증권감액손실 등으로 회계처리 하고, 손금에 산입하여 2001사업연도 법인세 과세표준과 세액을 신고하였다.

나. 서울지방국세청장은 원고가 ◇◇항공의 기발행주식의 평가액이 사실상 0원이었음에도 전항 기재와 같이 두 차례에 걸쳐 1주당 액면가 5,000원으로 ◇◇항공의 신주를 인수한 것은 이 사건 각 신주인수대금을 ◇◇항공에게 무상으로 지원한 것이므로 부당행위계산에 해당한다고 판단하고, 이 사건 각 신주인수대금을 업무무관가지급금으로 보아 그 인정이자 6,453,353,194원을 익금산입하고 지급이자 5,546,819,432원을 손금불산입하여 2000사업연도 소득금액을 증액경정하고, 2001사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 경정하는 것을 내용으로 하는 과세자료를 피고에게 통보하였다.

다. 피고는 전항 기재와 같은 과세자료 통보에 따라,20여. 1. 3. 원고에 대하여 2000사업연도 소득금액 12,000,172,626원의 증액경정 내역을 통보함과 동시에 2001사업연도 법인세 46,992,508,880원의 부과처분을 하였다.

라. 원고는 2007. 4. 2. 조세심판원에 전항 기재 법인세 부과처분에 관한 심판청구를 하였는데, 조세심판원은 2008. 8. 21. 이 사건 각 신주인수가 업무무관 가지급금의 지급 행위라고는 할 수 없고, 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호 ‘특수관계자로부터 자산의 시가를 초과하여 매입하여 조세의 부담을 부당히 감소시킨 경우’에 해당된다고 판단하여,. 2000사업연도 법인세 소득금액 12,000,172,626원의 증액경정처분 및 2001사업연도 법인세 46,992,508,880원의 부과처분 중 이 사건 각 신주인수대금을 인정이자 익금산입 및 지급이자 손금불산입 대상 금액에서 제외하여 과세표준 및 세액을 경정하라고 결정하였다,

마. 피고는 전항 기재 조세심판결정에 따라 ◇◇항공에 대한 이익분여액 산정의 기준이 되는 주식의 시가를 0원으로 보고 이익분여액을 계산하여 이 사건 각 신주인수대금을 손금불산입한 다음, 2008. 9. 1. 2001사업연도 귀속 법인세(가산세 포함) 46,992,508,880원의 부과처분에서 7,289,641,020원을 감액하는 경정처분을 하였다[이하 2007. 1. 3.자 2001 사업연도 법인세(가산세 포함) 부과처분 중 이와 같이 감경되고 남은 부분(39,702,867,860원)을 ‘이 사건 과세처분’이라 한다]. 한편, 피고는 이 사건 과세처분에 판하여 가산세액을 계산함에 있어 법인세법 시행령이 2002. 12. 30. 대통령령 제17826호로 재정되면서 같은 시행령 제119조 제1항에 정한 가산세율이 ‘1일 1만 분의 5' 에서 ’1일 1만 분의 3’으로 낮아졌으나 같은 시행령 부칙 제14조 몇 제17조에 따라 2001 사업연도 법인세 법정상고기한이 경과하였다는 이유로 ‘1일 1만 분의 5의 가산세율’을 적용하여 가산세액을 계산하였다.

[인정근거] 갑 1, 2호증, 을 1, 2, 9호증, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고와 주장

1) 원고의 이 사건 각 신주인수행위는 아래와 같은 이유에서 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호에 정한 부당행위계산에 해당하지 않는다.

가) 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호에 정한 부당행위계산은 법인의 이익분여를 전제로 하는 것이므로 손익거래에 한정되는데, ◇◇항공의 신주발행은 법인세법에서 규정하고 있는 자본거래로서 원고가 ◇◇항공의 신주를 인수한다고 하더라도 ◇◇항공의 소득에 아무런 영항을 미치지 못한다.

나) 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호가 신설되어 신주인수행위와 같은 자본 거래는 주주 간에 이익분여가 있는 경우에만 부당행위계산에 해당된다고 봄이 타당하다.

2) 원고가 ◇◇항공의 신주를 인수한 것은 ’정부의 IMF 위기 극복을 위한 5대 그룹의 손실분담을 통한 구조조정방참’에 따라 구조조정을 하던 중 ◇◇항공의 부도에 따른 금융제재 ․ 보증채무의 지급을 면하기 위한 것으로서, 원고의 이러한 신주인수행위를 경제적 합리성을 결한 비정상적 행위에 해당한다고 볼 수 없다.

3) 이 사건 과세처분은 부당행위계산 부인의 기준이 되는 이익분여액을 산정함에 있어 아래와 같은 위법이 있다.

가) 신주인수대금의 납입으로 인하여 원고가 기존에 보유하고 있던 구주식의 가치도 상승하였으므로 이라한 거치증가분은 이익분여액을 산정함에 있어 제외되어야 한다, 나) 신주의 고가인수로 인한 부당행위계산 부인액 산정의 기준이 되는 주식의 시가는 증자대금 납입 직후의 주식가액으로 평가되어야 하고, 이 경우 정상적인 실제거래 사례 가격이 없는 이상 감정가격이나 상속세 및 증여세법 소정의 보충적 평가방법에 의 하여 시가를 산정하여야 함에도 불구하고 피고는 그와 같은 방법으로 시가를 산정하지 아니하였는바, 이 사건 각 신주인수 직후 ◇◇항공 주식에 대한 회계법인들의 평가액은 피고의 평가와 달리 0원을 초과한다.

4) 이 사건 과세처분 중 가산세 부분은 다음과 같은 사유로 위법하다.

가) 신주인수행위와 경우 법인세법 시행령 채88조 제1항 제8호가 적용되어야 한다는 견해가 많았던 점 당시 경제상황에 대한 정부 정책에 따라 신주인수행위를 한 점 등에 비추어 원고의 신주인수행위에 대하여 부당행위계산 부인 규정이 적용될 것인지 알 수 없었으므로, 이는 세법상 신고 · 납부의무 위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당된 다.

나) 법인세법 시행령이 2002. 12. 30. 대통령령 제17826호로 개정되면서 같은 시행령 제119조 제1항에 정한 가산세율이 ’1일 1만 분의 5’에서 ’1일 1만 분의 3’으로 낮아 졌는데, 가산세의 법적 성격, 헌법상의 평등의 원칙, 모법인 법인세법 규정의 해석 등을 고려하면, 위 법인세법 시행령 개정 이후부터는 1일 1만 분의 3의 가산세율이 적용되어야 한다.

나. 관계 법령

별지와 같다.

다. 인정사실

1) ◇◇항공은 1994. 3.경 원고, △△중공업과 원고의 최고경영자인 정AA 등의 출자로 설립된 회사로서 항공사업(항공기 날개 제작), 우주사업(로켓 엔진 제작, 인공위성 연구 · 개발 참여), 자동차 및 중기 변속기사업, 헬기 운항사업 등을 하였는데, 1996. 경부터 1998. 초청까지 △△에 항공기 공장을 건설하기 위하여 약 2,700억 원의 자금을 투입하였으나 1997. 말경 발생한 IMF 사태로 인한 금리 상승에 따른 이자 부담 증가, 항공기 날개 제작사업에서의 손실 등의 사정으로 1997사업연도에 약 223억 원의 당기순손실이 발생하는 등 재무구조가 악화되었다. 그 후 1998. 하반기에 정부 주도로 이루어전 산업구조조정(이른바 ’빅딜’) 과정에서 ◇◇항공, ●●항공, ▽▽중공업 등 3사의 항공사업 부문의 자산과 일정 비율의 부채만을 분리하여 현물출자 형식으로 1개의 통합법인을 설립하기로 하는 내용의 구조조정 방안이 확정되었다.

2) △△그룹과 그 주거래은행인 ▲▲은행은 대기업들의 계열사 축소, 부채비율의 감 축, 계열사 상호 지급보증 해소 등 IMF의 요청사항을 이행하라는 정부의 지시에 따라, 1998. 2. 26,경 2002년 말까지 △△그룹 계열사 전체의 부채비율을 200% 이하로 낮추고 계열사 축소, 자산 매각, 신주발행 등 재무구조 개선방안을 이행하기로 하는 내용을 담은 제1차 채무구조개선약정을 체결하였고, 이후 부채비율 감축일정을 앞당기라는 금융감독 위원회의 지시에 따라 1998. 5. 14.경 1999년 말까지 제조업 분야 계열사들의 부채비율을 200% 이하로 낮추고 2001년 말까지 계열사 전체의 부채비율을 200% 이하로 낮추기로 하는 내용의 제2차 재무구조개선약정을 체결하였으며, 소위 빅딜 대상인 우주항공, 철도차량, 석유화학, 반도체, 정유사업 분야는 △△그룹에서 제외될 사업이어서 재무구조 개선 대상에서 제외되어야 한다는 △△그룹 측의 요구에 따라, 1998. 12. 17. 그러한 빅딜 대상 업체를 재무구조개선약정 중 부채비율 감축 등의 대상에서 제외하는 내용의 제3차 재무구조개선약정을 체결하였다.

3) ◇◇항공은 1998, 4. 29. 운영자금을 마련하기 위하여 480억 원의 신주를 발행하였으나 1998사업연도에 약 557억 원의 당기순손실이 발생하는 등 재무구조가 개산되지 않았고, 항공사업 부문이 1999년 하반기까지 통합법인으로 이전될 예정이나, 부채 과다로 계열사들의 추가적인 자금 지원이 없이는 곧 부도 처리될 위험에 직면해 있어 청산 방안이 논의되기도 하는 등 그 존속 여부가 불투명한 상황에 있었다.

4) 전항 기재와 같은 상황에서 ◇◇항공, △△자동차, 원고 등의 최고 경영자이던 정AA는 ◇◇항공 대표이사 김BB과 △△그룹 종합기획실에, ◇◇항공의 항공사업 부문 빅딜 이후 그 잔존 사업부문을 정려한 다음 청산할 경우에 대비하여 △△ 우주항공이 신주발행을 통하여 거존 주주인 회사들로부터 기존 채무를 모두 변제할 만큼만 자금을 조달하여 순자산을 ±o원으로 만들어 잔존채무가 없는 상태로 청산할 수 있도록 하는 방안을 강구할 것을 지시하였다.

5) 정AA의 위와 같은 지시에 따라 ◇◇항공은 잔존자산과 부채를 동일한 수준으로 만들 정도의 부채 변제자금 마련을 위하여, 1999. 8. 12. 주주배정방식으로 신주 8,000만 주를 주당 5,000원에 발행하여 4,000억 원을 조달하는 내용의 신주발행을 하였다. 당시 원고의 주주인 △△중공업(지분 29.39%)은 약 1,176억 원, △△자동차(지분 17.64%)는 약 705억 원, 원고(지분 11.76%)는 약 470억 원, □□산업개발(지분 4.83%)은 약 193억 원, 정AA(지분 3.00%)는 약 120억 원을 각 출자하여 위 유상증자에 참여하였고, ◇◇항공은 위 신주발행으로 조달된 합계 약 2,664억 원의 자금을 외국계 회사인 ◆◆드의 보유주식 소각(약 482억 원) 및 기존 차입금 상환 등에 사용하였다 위 유상증자에 참여한 회사들 중 원고만 ◇◇항공의 부채에 대하여 38억여 원의 지급보증채무를 부담하고 있었고, 나머지 회사들은 보증채무를 부담하고 있지 않은데다가, ◇◇항공으로부터 출자를 받은 적도 없었으나, △△그룹 종합기획실 및 김BB과 협조요청에 따라 주주인 회사들이 ◇◇항공의 손실을 분담하는 차원에서 위 유상증자에 참여하였다.

6) 한편 전항 기재 신주발행 당시 ◇◇항공의 주식 지분 22.76%를 보유하던 ◆◆드는 보유주식에 대한 유상소각이 예정되어 있다는 이유로, ◇◇항공 주식 지분 10.62%를 보유하던 △△산업개발은 △△그룹에서 사실상 계열 분리되었다는 이유로, 각 위 유상증자에 참여하지 않았다. 또한 정AA는 2000. 1. 4.경 보유하던 ◇◇항공 주식 3,141,790주(지분 4.35%) 전부를 ◇◇항공 직원이던 정CC 등에게 주 당 1원씩에 매각하였다.

7) ◇◇항공은 소위 빅딜 계획에 따라 1999. 10. 1. 항공사업 부문을 ▽▽중공업, ●●항공과 함께 설립한 ☆☆산업에 현물 출자하여 그 지분 33.33%를 보유하게 되었고, 그 후 2000. 2. 16. 이를 △△자동차에 양도하였으며, 1999. 12. 28. 상용차 및 중기 트랜스미션 부문을 물적 분할하여 ♧♧S를 설립하고, 같은 날 그 출자지분을 제3자에게 양도하였으며, 2000. 2. 1. 우주사업 부문을 원고에게 양도하였고, 같은 해 4. 6. 위성사업 부분을 ◯◯.com에 양도하였다. 한편, ◇◇항공은 1999사업연도에 약 2,256억 원, 2000사업연도에 약 887억 원와 당기순손실이 발생하였다.

8) 그런데 1999. 8. 12.자 신주발행 이후 ◇◇항공이 위와 같이 ☆☆산업에 현물 출자한 항공사업 부문의 자산과 부채를 평가하는 과정에서 자산 가치가 예상보다 훨씬 낮게 평가되는 바람에 거액의 부채를 ☆☆산업에 넘기지 못하게 된 데다가 예상하지 못했던 우발채무 등이 발생하자, 정AA, 김BB 등 ◇◇항공의 경영진은 ◇◇항공의 잔존자산과 부채를 동일한 수준으로 맞추기 위하여 다시 위와 같은 신주발행을 통한 유상증자를 하기로 하여, 2000. 4. 25. 주주배정방식으로 신주 2,000만 주를 주당 5,000원에 발행하여 1,000억 원을 조달하는 내용의 신주발행을 하였다‘ 당시 주주인 △△중공업(지분 42.53%)은 약 425억 원, △△자동차(지분 25.52%)는 약 255억 원, 원고(지분 17.01%)는 약 170억 원, □□산업개발(지분 6.98%)은 약 70억 원을 각 출자하여 위 유상증자에 참여하였고, ◇◇항공은 위 신주발행에 의하여 조달된 합계 약 920억 원의 자금을 기존 차입금 상환 등에 사용하였다.

9) 한편 전항 기재 신주발행 당시 ◇◇항공의 주식 지분 3.61%를 보유하던 △△산업개발과 4.35%를 보유하던 정CC 등 개인주주들은 신주 인수를 포기하여 위 유상 증자에 참여하지 않았고, 정AA는 앞서 인정한 바와 같이 이미 보유하던 ◇◇항공 주식을 ◇◇항공의 직원이던 정CC 등에게 주당 1원씩에 모두 매각하였기 때문에 위 유상증자에 참여하지 않았다.

10) 정AA는 ◇◇항공의 부채에 대하여 거액의 보증채무를 부담하여 왔는데, 1999. 7. 말경에는 보증채무액이 2,107억 원에 이르렀으나, 1999. 8. 12.자 신주발행 01후 1999. 하반기에 그 중 701억 원의 채무가 상환되었고, 1999. 9. 30.경 항공사업 부문의 빅딜 및 같은 해 12.28.경 변속기 사업부문 물적 분할 과정에서 합계 435억 원의 보증채무가 해당 사업부문파 함께 이관되었으며, 2000년에는 2000. 4. 25‘자 신주발행 전후에 걸쳐 971억 원의 채무가 상환됨으로써 전액 해소되었다.

11) △△중공업과 □□산업개발은 2000. 6. 9.경 ◇◇항공 주식 전부를 ◇◇항공 직원들인 정CC 등에게 주당 1원씩에 매도하였고, ◇◇항공은 2000. 12. 28. 경부터 2001. 2. 14.경까지 △△자동차에 3회에 걸쳐 잔존자산 중 항공기 조립용 치구세트, △△공장 부지, 도장설비 등을 합계 약 936억 원에 매각하였고, 2001. 4. 1.경 헬기사업 부분의 자산과 부채 각 32억 원 상당을 ♧♧S에 양도하였다.

12) ◇◇항공은 2001. 9. 28. 앞서 주주총회의 해산결의를 거쳐 같은 달 29. 해산 등기를 하였고, 이후 청산절차를 통하여 잔여재산을 회사 채권자들에게 모두 배당하기로 한 다음 2001. 12. 28. 청산 종료하였는데, 그 과정에서 회사 채권자들은 그 채권을 모두 상환 받았고, 이 사건 각 신주인수를 통하여 ◇◇항공에 출자하였던 주주사들인 △△ 중공업, △△자동차, 원고 등은 그때까지 보유하던 ◇◇항공 주식을 모두 손실 처리 하였다.

13) 상속세 및 증여세법 시행령 소정의 평가방법을 기초로 한 ◇◇항공 주식 1주에 대한 회계법인의 형가금액은 다음과 같다.

[얀정근거] 다툼 없는 사실, 갑 3 내자 7, 9, 10, 12, 13, 14, 17 내지 26호증, 을 3 내자 8, 13호증, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 이 사건 각 신주인수가 부당행위계산 부인의 대상이 되는 행위인지 여부

가) 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호에 해당되는지 여부

아래와 같은 점을 종합하면, 원고의 이 사건 각 신주인수행위는 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호에 정한 부당행위계산에 해당된다.

(1) 부당행위계산의 부인이라 함은, 법인이 특수관계에 있는 자와 거래를 함에 있어 법인세법 시행령 제88조 제1항 각 호에 열거된 제반 거래형태를 빙자하여 이를 남용하거나 우회행위, 다단계행위, 기타 이상한 거래형식을 취함으로써 통상의 합리적인 거래형식을 취할 때 생가는 조세의 부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 인정되는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정해진 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제함으로써 과세의 공평을 기하고 조세회피행위를 방지하기 위환 제도이고, 법인세법 제52조 제1항에서 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계자와의 거래로 인하여 부당행위계산을 한 ’당해 법인’의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 부당행위계산 부인이 가능하다고 규정하고 있는 것을 고려하면, 부당행위계산이 ’당해 법인’의 소득금액에 영항을 미치는 한 부당행위계산의 상대방인 법인에 대하여 자본거래로서 손익계산에 포함되지 않는다 하더라도 부당행위계산 부인의 대상이 된다고 봄이 상당하다.

(2) 구 법인세법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 개정되기 전의 것) 이 시행되던 당시에도 손익거래뿐 아니라 신주인수행위와 같은 자본거래도 소득금액에 영항을 미치는 한, 그 행위가 부당행위계산의 거래유형에 해당하거나 이에 준하는 행위 또는 계산으로서 법인의 이익을 분여하였다고 볼 수 있는 경우에는 부당행위계산 부인의 대상이 된다고 해석되어 왔고(대법원 2004. 2. 13. 선고 2002두7005 판결 등 참조), 1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 개정된 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호 나목에 ‘자본거래로 인하여 주주 등인 법인이 특수관계자인 다른 주주 등에게 이익을 분여한 경우’ 가 새롭게 규정된 것은 자본거래로 인한 부당행위계산을 유형화하여 예시한 것에 불과하고 한정적으로 열거한 것으로 볼 수 없으므로, 위와 같은 법인세법 시행령의 제정을 이유로 이 사건 각 신주인수가 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호에 해당되지 않는다고 볼 수는 없다.

(3) 신주인수의 법률적 성질이 상법상으로는 사원관계의 발생을 목적으로 하는 입사계약으로 인정되고, 상법의 규정에 의하여 신주의 액면 미달발행이 엄격하게 제한되어 신주를 인수하고자 할 때에 그 액면 가액대로 인수할 수밖에 없다고 할지라도, 세무회계상 타법인 발행과 신주인수는 투자자산의 매입에 해당한다(대법원 2004. 2. 13. 선고 2002두7005 판결 등 참조).

나) 이 사건 각 신주인수의 경제적 합리성 유무

위 인정 사실에서 얄 수 있는 아래와 같은 사정을 종합하면, 원고의 이 사건 각 신주인수는 증자 명목으로 특수관계자에게 자금을 무상 지원한 것과 다름없는 것으로서 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 무사한 비정상적인 거래행위로 판단된다.

(1) 이 사건 각 신주인수 직전 ◇◇항공의 1주당 실질가치는 사실상 0원으로 평가되었는바(을 5 내자 8호증), 원고는 이와 갈은 주식을 액면가에 인수하였다.

(2) 이 사건 각 신주인수는 1998. 하반기에 산업구조조정(소위 빅딜) 과정에서 ‘◇◇항공, ●●항공, ▽▽중공업 등 3사의 항공사업 부문 자산과 일정 비율의 부채만을 분리하여 현물출자 형석으로 1개의 통합법인을 설립한다’는 내용의 구조조정방안이 확정되자, ◇◇항공이 위와 같은 구조조정을 할 당시까지 잔존채무가 없는 상태로 청산할 수 있도록 자산과 부채를 동일한 수준으로 맞추기 위하여 계획된 것이어서, 원고 등 주주사들이 유상증자에 참여할 경우 그 출자액을 전혀 회수할 수 없게 될 가능성이 매우 컸다.

(3) 금융기관들이 원고 등 ◇◇항공의 주주사들에 대한 여산 제재 등 금융 상 불이익 부과 여부를 결정함에 있어서는 위 회사들의 재무구조, 사업 전망, 전체적인 담보현황 등 그 신용상태에 영항을 미치는 요인들을 종합적으로 고려하여 판단할 것이므로, ◇◇항공이 부도 처리된다고 하더라도, 그러한 사정만으로 금융기관들이 반드시 주주사들에 대한 여신 제재 등 금융상의 불이익을 가한다고 볼 수 없다.

(4) △△그룹과 ▲▲은행 사이의 채무구조개선약정상 △△그룹이 1999‘ 말까지 제조업 분야 계열사들의 부채비율을 200% 이하로 낮추도록 되어 있으나, ◇◇항공은 1998. 12. 17.자 제3차 재무구조개선약정에 의하여 다른 빅딜 대상업체들과 함께 부채 비율 감축 대상에서 제외되었으므로, △△그룹 전체의 부채비율을 감축하기 위하여 굳이 ◇◇항공의 부채를 우선적으로 상환할 이유가 없었던 것으로 보인다.

(5) 1999. 8. 12.자 신주발행이 계획될 무렵인 1999. 7. 말경 ◇◇항공의 부채에 대하여 정AA가 부담하고 있던 보증채무액이 여신잔액 기준으로 2,107억 원에 이르렀다가 그 중 상당 부분이 이 사건 각 신주인수를 통하여 조달된 자금에 의하여 상환되었고, 또한, 정AA는 1999. 8.경 1차 증자 이후로서 2000. 4. 25.자 신주인수 이전인 2000. 1. 4.경 자신이 소유하는 ◇◇항공 주식 전부를 ◇◇항공 직원들인 정CC 등에게 주당 1원으로 계산하여 양도하였고, 그 결과 주주가 아니라는 이유로 2000. 4. 25.자 신주인수에는 참여하지 않았는바, 위 인정 사실들과 변론 전체의 취지를 통해서 알 수 있는 당시 △△그룹의 경영시스템 등 여러 정황에 비추어 보면 설령 원고가 1999. 5. 경 원고의 주장과 같이 ◇◇항공의 금융기관에 대한 부채에 대하여 상당한 액수의 지급보증채무를 지고 있었다고 하더라도 원고가 이 사건 각 신주인수에 참여한 목적은 ’원고의 지급보증채무의 해소’나 ’계열사 연쇄부도나 각종 금융규정 등에 따른 금융기관의 계열사들에 대한 제재 회피’라기보다는 ’정AA의 연대보증채무 해소’인 것으로 판단된다.

다) 중간결론

따라서 아 사건 각 신주인수는 특수관계 있는 자와의 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호 소정의 ’자산을 시가를 초과하여 매입함으로써 조세의 부담을 부당히 감소시킨 행위’로서 법인세법 제52조 제1항의 부당행위계산 부인의 대상이 된다.

2) 부당행위계산 부인의 기준이 되는 주식 시가의 산정방법의 위법 여부

가) 원고의 구주식의 가치 상승분의 공제 여부

신주인수는 취득 당시에 그 가치가 확정되어 있는 일반적인 자산의 매입과 달리 신주인수대금의 납입 자체로 인하여 바로 발행법인의 주식가치가 변동함으로써 인수자가 신주를 취득할 때 이미 그 가치가 변동한 상태인 점을 감안하면, 신주의 고가인수로 인환 부당행위계산 부인액 산정의 기준이 되는 주석의 시가는 증자대금 납입 직후와 주식가액이라고 보아야 할 것이다(대법원 2004. 2. 13. 선고 2002두7005 판결 등 참조). 따라서 신주인수행위로 인한 부당행위계산 부인에 있어서의 이익분여액은 신주발행회사와 증자대금 납입 직후의 주식가액과 신주인수가액과의 차액을 말한다고 할 것이고, 원고가 ◇◇항공에 대하여 위 차액에 해당하는 이익을 분할한 이상, 원고의 신주인수행위로 인하여 원고가 소유하는 구주식의 가치가 상승하였다고 하더라도, 이는 반사적인 이익에 불과할 뿐 ◇◇항공에 분여된 이익액의 산정시에 고려할 필요가 없다.

나) ◇◇항공에 대한 이익분여액 산정 관련

(1) 부당행위계산 부인의 기준이 되는 가격(시가)의 산정방법

법인세법 제52조 제2항에는 제1항의 규정(부당행위계산 부인)을 적용함에 있어서 ‘건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자자 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용하거나 적용될 것으로 판단되는 가격(시가)을 기준으로 한다’고 규정되어 있고, 같은 조 제4항에는 ’부당행위계산의 시가의 산정에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다’ 고 규정되어 있다. 한편 법인세법 시행령 제89조 제1항에는 ’당해 거래와 유사한 상황에 서 당해 법인이 특수관계자외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의한다’고 규정되어 있고, 같은 조 제2항에는 시가가 불분명한 경우에는 ’① 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액. 다만, 증권거래소에 상장되지 아니한 주식 등을 제외한다,② 상속세 및 증여세법 제38조 · 동법 제39조 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액’의 순서대로 산정한 금액을 시가로 한다는 취지로 규정되어 있다.

위 규정을 체계적으로 해석하면, 어떠한 조세회피행위가 법인세법 채52조 제1항 소정의 부당행위 계산에 해당하는지를 판단함에 있어서는 같은 조 제2항에서 제시한 기준인 사회통념과 상관행 및 시가를 기준으로 하여야 하고, 나아가 어떠한 조세회피행위가 부당행위계산으로 판단될 경우 구체적인 부당행위계산 액수를 산정함에 있어서는 갈은 조 제2항 소정의 시가를 기준으로 하여야 하는데, ‘시가’란 ① 장상적인 거래에서 적용되는 가격 또는 ② 정상적인 거래에서 적용될 것으로 판단되는 가격을 의미한다. 이때 ’정상적인 거래에서 적용되는 가격’이란 통상적으로 법인세법 시행령 제89조 제1항 소정의 ’당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자자 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격’을 의미한다 할 것이지만, 위 시행령에 규정된 경우 외에도 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자외의 특정 소수인과 계속적 또는 1회적으로 거래한 가격이라 하더라도 그것이 합리적인 거래로 인정될 수 있는 가격이라면 그 가격 또한 정상적인 거래에서 적용되는 가격이라 못 볼 바 아니다. 또한 ’정상적인 거래에서 적용될 것으로 판단되는 가격’이란 정상적인 거래로 인정할 만한 실제 거래 사례가 없는 경우라 하더라도 제반 사정을 고려한 끝에 정상적인 거래에서 적용될 것으로 판단되는 가격을 의미하고, 법인세법 시행령 제89조 제2항에 규정된 감정가액 등이 그 예가 될 수 있겠으나 제반 사정을 고려하여 정상적인 거래에서 적용될 것으로 판단되는 가격이 명백히 밝혀질 수 있는 경우라면 이는 시가가 분명한 경우라 할 것이고 따라서 그러한 경우에는 법인세법 시행령 제89조 제2항의 규정을 적용할 필요가 없다고 봄이 상당하다.

(2) 이 사건의 경우 피고가 이 사건 각 신주인수에 관하여 정상적인 거래애서 적용될 것으로 판단될 가격을 0원으로 본 것이 위법한지 여부

위 인정사실을 통하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 이 사건 각 신주인수는 모두 정AA의 지사에 따라 ◇◇항공이 잔존채무가 없는 상태로 청산할 수 있도록 자산과 부채를 동일하게 맞추기 위하여 계획되었고, 이를 위해 두 차례나 유상증자를 하였는지, 특히 2000. 4. 25.자 유상증자는 1999. 8. 12.자 유상증자 당시 예견하지 못한 부채가 발생함에 따라 이를 정려하기 위한 목적으로 시행되었고 그 당시 ◇◇항공의 주요 사업 부문들이 정리되어 부채 규모를 파악하는 데 어려움이 없었던 점,② 실제로 ◇◇항공은 2000. 4. 25.자 유상증자 이후 별다른 사업활동을 하지 아니하였고, 부도 없이 청산하였으며, 청산 결과 ◇◇항공의 채권자들은 채권을 모두 상환 받은 반면 주주들에게는 별도로 잔여재산을 환급하지 아니하였고, 원고를 포함한 주주사들은 ◇◇항공이 해산철의를 하기 전에 이미 소유하고 있던 ◇◇항공 주식을 모두 손실로 처리한 점,③ 정AA는 1999. 8. 12.자 신주인수를 한 때로부터 불과 4개월여 후에 소유하고 있던 ◇◇항공의 주식 전부를 정CC 등에게 1주당 1원으로 계산하여 양도하였고, △△중공업과 □□산업개발은 2000. 4. 25.자 신주인수를 한 때로부터 불과 1개 월 여 만에 소유하고 있던 ◇◇항공의 주식을 모두 정CC 등에게 1주당 1원으로 계산하여 양도하였는데 위 ‘1원’이라는 양도가액은 위와 같은 주식양도가 ‘증여’가 아니라는 점을 외형상 나타내기 위한 것에 불과한 것으로 보이는 점, ④ 1998. 하반기에는 항공산업에 관한 구조조정 계획도 확정되어 있었고, ◇◇항공은 1999. 8. 12.자 유상증자에도 불구하고 자본잠식상태가 개선되지 아니하였으며, 이 사건 각 신주인수를 전후한 1997.부터 2000.까지 계속하여 큰 규모의 당기순손실을 발생시켰을 뿐 아니라 그러한 상황이 개선될 가능성이 거의 없었던 것으로 보이는 점,⑤ 위와 같은 ◇◇항공의 상황에 비추어 볼 때, ◇◇항공과 함께 동일한 대기업집단에 속해 있는 등의 특수한 사정이 없는 한 이 사건 각 신주인수에 참여할 자는 없었을 것으로 보이므로, 그러한 특수관계가 없는 자들과 ◇◇항공 사이의 정상적인 신주인수를 상정할 경우에는 ’신주인수’ 라는 거래 자체가 성립하지 않을 것이 명백하므로 그러한 경우 거래가액은 이론상 0원이 될 것인 점,⑥ AA회계법인과 BB회계법인의 각 주식평가결과는 상속세 및 증여세법 시행령 제54조의 규정에 의한 평가방법을 기초로 한 것이고, 앞서 설시한 바와 같아 위 평가방법은 가격 결정에 관여하는 모든 요소들을 총체적으로 반영하기는 어려울 뿐 아니라, 기본적으로 주식의 교환가치를 밝히는 것이 아니라 회사의 순자산(또는 순손익)을 기준으로 한 주식의 실질가치를 계산하는 데에 초점이 맞춰져 있으므로, 자산(또는 손익)을 기준으로 한 실질가치뿐 아니라 회사의 앞으로의 전망, 수익성, 주식의 거래가능성, 신주 인수인들과 신주발행 회사와의 관계, 신주인수의 동기 신주발행의 경위 등을 모두 고려하여 결정되는 주식의 교환가치와는 상당한 피해가 발생할 수 있는 점,⑦ 특히, 이 사건 각 신주인수와 같은 비정상적 상황에서의 이례적인 주식거래에 있어서는 신주인수 당시 가시화된 주식의 실질가치를 결정하는 요소 외에 회사의 앞으로의 전망, 수익성 등 앞서 본 여러 요인들이 가격형성에 미치는 영향이 매우 크므로 상속세 및 증여세법 시행령 제54조의 규정에 의한 평가방법을 기초로 한 AA회계법인, BB회계법인의 각 주식가치평가로는 원고가 이 사건 각 신주인수를 통하여 취득한 주식의 적정한 교환가치를 밝히기 어려울 것으로 보이는 점 등을 모두 고려하면, 이 사건 각 신주인수 직후에 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용될 것으로 판단되는 주식가액은 0원인 것으로 인정 된다.

다)중간결론

따라서 이 사건 과세처분의 근거가 된 부당행위계산 부인의 기준이 되는 주식 시가의 산정은 적법하다.

3) 이 사건 과세처분 중 가산세 부과 부분의 위법 여부

가) 정당한 사유 유무

세법상 가산세는 과세권의 행사 많 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고 ․ 납세 등 각종 의무를 위반한 경우 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의 · 과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지 · 착오 등은 그 의무의 위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 않는다(대법원 2009. 4 .. 23. 선고 2007두3107 판결 등 참조).

앞서 살펴본 바와 같이, 1998. 12. 31.개정 대통령령 제15970호로 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호가 추가되기 전에도 이와 같은 신주의 고가 인수행위에 대하여 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호의 규정이 적용되는 것으로 해석되어 왔고, 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호 나목에서 자본거래로 인하여 주주 등인 법인의 특수관계자인 다른 주주 등에게 이익을 분여한 경우의 하나로 ’법인의 증자에 있어서 신주를 시가 보다 높은 가격으로 인수한 경우’를 부당행위계산의 구체적인 유형에 추가하였다고 하여 달리 볼 것은 아니므로, 이 사건 부당행위계산과 관련한 원고의 법인세 신고 · 납부의무 위반에 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다.

나) 가산세율 작용의 위법 여부

구 법인세법(2005. 12. 31. 법률 제7838호로 개정되기 전의 것) 제76조 재2항 제3호에는 법인세를 납부하지 아니하였거나 납부하여야 할 세액에 미달되게 납부한 경우에 는 「납부하지 아니한 세액(미달하게 납부한 경우에는 그 미달한 세액) x 납부기한의 다음날부터 자진납부일 또는 고지일까지의 기간 × 금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율을 감안하여 대통령령이 정하는 이자율」의 산식을 적용하여 계산한 금액을 가산세로 부과하도록 규정되어 있었는데, 법인세법 시행령 제119조 제1항이 2002. 12. 30. 대통령령 제17826호로 개정되면서(이하 이와 같이 개정된 법인세법 시행령을 ’이 사건 법인세법 시행령’이라 한다) 위 가산세율이 ’1일 1만 분의 5’에서 ’1일 1만 분의 3’으로 변경되었고, 그 부칙(제17826호, 2002. 12. 30.) 제14조에는 ’제119조 제1항의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 법정신고기한이 도래하는 분부터 적용한다’라는, 같은 부칙 제17조에는 ’이 영 시행일 전에 법정신고기한이 경과한 분에 대한 제56조 제7항 제2호 또는 제110조 제5항 제2호의 규정에 의한 이자상당액 또는 제119조 제1항의 규정에 의한 미 납부가산세는 종전의 규정에 의하여 계산한다’라는 규정이 마련되었다.

살피건대, 납부기한으로부터 자진납부 또는 고지일 사이에 위 대통령령 소정의 이자율이 변경된 경우, 구 법인세법 제76조 제1항 제3호 소정의 ’금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율을 감안하면 대통령령이 정하는 이자율’을 결정함에 있어 그 와 같은 변경 후에는 변경된 이자율에 의하여야 하는 것으로 볼 여지가 있으나, 원칙적으로 가산세를 부과할 경우 기준이 되는 법령은 납부기한 도과시의 것으로 하는 것이 조세법률주의에 부합하며, 위에서 본 바와 같이 이 사건 법인세법 시행령 부칙 제14조 및 제17조에서 경과규정을 둔 이상, 이 사건 법인세법 시행령 제119조의 개정 가산세율은 이미 법정신고기한이 경과한 이 사건의 경우에 대하여는 적용이 없는 것으로 보는 것이 문리해석에 부합하고, 이 사건 법인세법 시행령 제119조는 가산세의 비율을 조정한 것에 불과하고 개정 전후의 가산세 산정에 있어 미납세액의 다과와 미납기간의 장단을 모두 고려하여 가산세액을 산정하는 점에 있어서는 아무런 차이가 없으므로 달리 위와 갈은 부칙규정이 평등권을 침해한다거나 모법의 취지에 위반되어 무효인 것으로 보이지는 않는다.

다)중간결론

따라서 이 사건 과세처분 중 가산세 부과 부분도 적법하다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 청구는 여유 없어 기각하기로 하여 주문과 갈이 판결한다.