서울행정법원-2009-구합-22645 (2010.11.26)

주 문

1.피고가 2008. 6. 1 원고에 대하여 한 2006 사업연도 법인세 1,063,126,050원(가산세 포함)의 부과처분 중 995,457,007원을 초과하는 부분을 취소한다.

2.원고의 나머지 청구를 기각한다.

3.소송비용 중 80%는 원고가,20%는 피고가 각 부담한다.

청구취지

피고가 원고에 대하여 (1) 2008. 6. 1. 한 2004 사업연도 법인세 2,042,051,800원(가산세 포함, 이하 같다)의 부과처분 중 1,707,392,009원을 초과하는 부분, 2005 사업연도 법인세 218,854,260원의 부과처분 중 216,995,166원을 초과하는 부분, 2006 사업연도 법인세 1,063,126,050원의 부과처분 중 994,652,878원을 초과하는 부분, (2) 2009. 12. 11. 한 2003년 1기분 부가가치세 6,013,890원의 부과처분을 각 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 주택건설업 등을 영위하고 있는 회사로서, 2003 사업연도부터 2006사업 연도까지 사이에 법인세 및 부가가치세 신고·납부를 하였다.

나. 서울지방국세청장은 원고의 위 사업연도 법인세 및 부가가치세 신고·납부 내역에 관하여 세무조사를 실시한 결과,① 원고가 2003. 6. 2. 주식회사 ○○트(이하 ’○○트’라고 한다)로부터 교부받은 매입가액 30,800,000원, 매입세액 3,080,000원 상당의 매입세금계산서 1장(이하 ’이 사건 세금계산서’라 한다)이 실물거래 없이 교부받은 가공의 것이라는 점,② 원고가 위 매입가액 상당의 자산에 관하여 2004 사업연도에 10,990,510원, 2005 사업연도에 5,187,520원, 2006 사업 연도에 2,448,510원을 각 감가상각비로 처리하였는데, 이는 가공으로 계상된 비용이라는 점,③ 원고가 2004 사업연도에 △△건설 주식회사(이하 ’△△건설’이라 한다)와 사이에 도급계약을 체결하고 지급한 공사대금 1,883,560,000원은 정상적인 거래에서 적용되는 가격을 초과한 금액으로 그 중 667,819,700원은 특수관계자인 △△건설에게 이익을 분여한 것이라는 점, ④ 김AA이 2004. 2.경부터 2004. 10.경까지 사이에 원고의 자금 160,000,000원을 유출하여 개인적인 용도로 사용하였다는 점,⑤ 원고 명의의 계좌로 2006. 10. 18. 입금되었다가 그 다음날 인출된 200,450,000원은 김AA이 원고 자금을 유출하여 개인적인 용도로 사용된 것으로 의심된다는 점 등을 확인하였다.

다. 피고는 2008. 6. 1. ① 원고의 2004 사업연도 소득금액을 계산함에 있어 이 사건 세금계산서에 기한 가공매입자산에 대한 감가상각비 10,990,510원, 김AA의 횡령으로 인한 사외유출금액 160,000,000원, △△건설에 대한 부당한 이익분여금액 667,819,700원을 각 위 사업연도 손금에서 부인하고,② 원고의 2005 사업연도 소득금액을 계산함에 있어 이 사건 세금계산서에 기한 가공매입자산에 대한 감가상각비 5,187,520원을 위 사업연도 손금에서 부인하고, ③ 2006 사업연도 소득금액을 계산함에 있어 이 사건 세금계산서에 기한 가공매입자산에 대한 감가상각비 2,448,510원을 위 사업연도 손금에서 부인하고, 김AA이 원고 자금을 유출하여 개인적인 용도로 사용된 것으로 의심되는 200,450,000원을 위 사업연도 익금에 산입하는 등의 경정결정을 한 다음, 원고에게 2004 사업연도 법인세 2,042,051,800원, 2005 사업연도 법인세 218,854,260원, 2006 사업연도 법인세 1,063,126,050원을 각 경정·고지하였다(이하 ’이 사건 각 법인세 부과처분’이라 한다).

라. 또한 피고는 2008. 6. 1. 원고가 2003년 2기분 부가가치세를 신고할 때 산정한 매입세액에서 이 사건 세금계산서상의 매입세액을 공제하는 것으로 경정한 다음 원고에게 2003년 2기분 부가가치세 5,343,410원을 경정·고지하였으나, 2009. 12. 11. 이 사 건 세금계산서상의 매입세액을 원고가 2003년 1기분 부가가치세를 신고할 때 산정한 매입세액에서 공제하는 것으로 경정하고 원고에게 2003년 1기분 부가가치세 6,013,890원을 경정·고지하는 한편(이하 ’이 사건 부가가치세 부과처분’이라 한다), 위 2003년 2기분 부가가치세 경정처분을 취소하였다.

[인정근거] 갑 제1, 2, 3, 5, 6호증, 갑 제8호증의 1, 2, 6, 9, 10, 갑 제12호증, 을 제 1, 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 본안 전 항변에 대한 판단

원고가 이 사건 소로써 원고에 대한 2004 내지 2006 사업연도 법인세 경정처분 및 2003년 1기분 부가가치세 경정처분의 취소를 구하고 있음에 대하여, 피고는, 이 사건 소 중 김AA에 대한 2004년 및 2006년 귀속 소득금액변동통지의 취소청구 부분은 전 심절차를 거치지 않았으므로 부적법하다고 주장하나, 원고가 이 사건 소로써 김AA에 대한 2004년 및 2006년 귀속 소득금액변동통지의 취소를 구하고 있지 않음은 기록상 명백하므로, 피고의 주장은 이유 없다.

3. 본안에 대한 판단

가. 원고의 주장

이 사건 각 법인세 부과처분 중 원고가 취소를 구하는 범위 내의 부분과 이 사건 부가가치세 부과처분은 아래와 같은 사유로 위법하므로 취소되어야 한다.

(1) 원고가 ○○트로부터 2003년 1기분으로 이 사건 세금계산서를 교부받은 이후 2003. 9.경 ○○트에게 실제 이 사건 세금계산서상의 매입가액 및 매입세액을 지급하였으므로 이 사건 세금계산서는 가공의 세금계산서가 아니라 할 것이어서 2003년 1기분 부가가치세를 산출하기 위한 매입세액에서 이 사건 세금계산서상의 매입세액이 공제되어서는 안 된다. 따라서, 원고는 2003년 1기분 부가가치세를 포탈하지 않았으므로, 이 사건 부가가치세 부과처분은 5년의 제척기간을 경과하여 이루어졌다.

(2) 원고가 ○○트에게 실제 이 사건 세금계산서상의 매입가액 및 매입세액을 지급하였으므로, 원고가 ○○트로부터 취득한 자산의 원가에 위 매입가액 및 매입세액이 포함되어야 하고, 위 금액은 2004 사업연도부터 2006 사업연도 사이에 감가상각비로 계상되는 것이 타당하므로, 피고가 위 사업연도 사이에 감가상각비로 계상된 비용을 손금에서 부인한 것은 잘못이다.

(3) 원고가 △△건설과 사이에 공사금액을 1,883,560,000원으로 정하여 공사도급계약 을 체결한 행위는 정상적인 거래에서 적용되는 가격을 초과하여 부당하게 원고의 조세 부담을 감소시킨 행위로 볼 수 없다.

(4) 김AA이 2004사업연도에 160,000,000원, 2006사업연도에 204,500,000원을 원고의 자산에서 횡령하여 사외로 유출한 사실이 없다. 설령 김AA이 위 각 금원을 횡령하였다고 하더라도 원고가 김AA이 횡령한 금원에 관하여 사외유출된 것으로 회계 처리하지 않은 2004, 2006 사업연도말 대차대조표, 손익계산서 등을 기초로 위 각 사업연도 법인세를 신고·납부하였는바, 결국 횡령액만큼 원고의 자산이 감소되고 그 액수 상당의 손해배상채권을 취득하여 원고의 자산이 증가되어 원고의 법인세 과세표준에 영향을 주지 않으므로, 김AA의 횡령액이 추가로 익금산입 되어서는 안된다.

나. 관계법령

별지와 같다.

다. 인정사실

앞서 든 증거, 갑 제10호증, 갑 제11호증의 1, 4, 5, 을 제3, 5, 6, 7호증의 각 기재에 의하면, 아래 각 사실을 인정할 수 있고, 위 증거에 비추어 갑 제8호증의 3, 4, 갑 제 13호증의 각 기재는 믿기 어렵다.

(1) ○○트의 전사적 자원관리(ERP) 시스템 도입

(가) 원고는 2002. 5. 15. ○○트와 사이에 시스템 구축기간을 2002. 6. 3.부터 2002. 8. 31.까지, 계약금액 90,000,000원(부가가치세 별도), 선급금 36,000,000원(계약 시 지급), 중도금 27,000,000원(계약일로부터 1.5개월 후 지급), 잔금 27,000,000원(검수 후 지급)으로 정하여 ERP 시스템 도입계약을 체결하였으나, ○○트가 내부적인 사정으로 시스템 구축작업을 시작하지 않자 2003. 4. 30.에 이르러서야 ○○트에게 계약금 33,000,000원을 지급하였다.

(나) 원고는 2003. 6. 2. ○○트로부터 이 사건 세금계산서를 교부받음과 동시에 중도금 33,088,000원의 지급을 요청받았으나, ERP 시스템 구축과정에서 오류 및 기능개선 사항 등이 발견되자 위 금원의 지급을 보류하고 있었는데, 2003. 7. 11. 원고의 자금 33,088,000원이 ○○트 명의 계좌로 송금되었다가 같은 날 위 돈이 원고의 직원인 김BB 명의의 계좌로 반환되었다.

(다) 원고는 2003. 7. 11. ○○트로부터 잔금 33,000,000원의 지급요청을 받고 2003. 9.경 ○○트에게 위 잔금을 지급하였다.

(라) 원고는 이 사건 세금계산서상의 매입세액을 포함하여 2003년 1기 매입세액에 포함하여 부가가치세를 신고·납부하였으나, 원고가 위 (나)항과 같이 반환받은 33,088,000원을 ○○트에게 지급한 내역이 나타난 금융자료는 제출된 바 없다.

(마) 원고는 위 33,088,000원을 ERP 시스템 취득원가에 포함한 후 2004 사업연도에 10,990,510원, 2005 사업 연도에 5,187,520원, 2006 사업 연도에 2,448,510원을 각 감가상각비로 처리하였다.

(2) △△건설과의 공사도급계약

(가) 원고는 2004. 2. 12. □□개발 주식회사와 사이에 형틀목공사대금 2,160,000,000 원, 철근공사대금 768,000,000원, 공사기간 2004. 2. 24.부터 2005. 9. 30.까지로 정하여 AA지구 BB아파트 신축공사 중 형틀목공사와 철근공사 도급계약을 체결하였는데, 위 회사가 위 도급계약에 따라 공사를 진행하다가 2004. 5. 31. 공사를 중단·포기하자, 원고는 위 회사에게 그때까지의 기성고에 대하여 528,180,000원을 지급하였다.

(나) 원고는 공사지연 및 그에 따른 금융비용 등의 손실발생을 방지하고자 2004. 6. 경부터 위 공사현장에 직원을 상주하게 하여 잔여공사를 직영하여 오다가 2004. 8. 5. 원고의 특수관계자인 △△건설과 사이에 위 잔여공사 중 철근콘크리트공사에 관하여 대금 1,881,000,000원, 공사기간 2004. 8. 24.부터 2005. 11. 30.까지로 정하여 공사도급계약을 체결하였다.

(다) 한편, △△건설은 2002. 1. 10. 개업한 이후 법인소재지에 실질적인 사업장이 없이 원고의 직원들이 경영, 인사, 급여, 자금관리, 노무관리 등 △△건설의 실질적인 업무를 수행하고 있었는데, 원고는 위 잔여공사를 △△건설에게 도급한 이후에도 2004. 8.부터 2004. 10.까지 원고 직원을 현장소장으로 두어 현장관리, 노무관리 등을 주도적으로 맡아 하면서 667,819,700원의 노무비를 지출하였다.

(라) 원고와 △△건설은 ”공사명 : 형틀철근공사, 공사기간 : 2004. 11. 1.부터 2005. 10. 31.까지, 도급금액 : 1,883,560,000원”으로 기재된 2004. 11. 1.자 도급공사계약서를 새로 작성하였다.

(마) 원고는 △△건설에게 위 (다)항과 같이 원고가 지출한 노무비 667,819,700원을 공제하지 않고 1,883,560,000원을 지급하였다.

(3) 김AA은 원고, △△건설 등의 계열사로 구성된 기업집단의 회장으로서 ① 2003. 7. 11. 위 (1)(나)항 기재와 같이 반환된 원고의 자금 33,088,000원을 개인적인 용도로 사용하여 횡령하고, ② 2004. 2.경부터 2004. 10. 21.까지 사이에 원고의 자금지출에 관한 회계처리를 하지 않고 원고의 자금 160,000,000원을 유출하여 개인적인 용도로 사용하여 횡령하고, ③ 2004. 12.경부터 2005. 10.경까지 사이에 위 (2)(다) 내지 (마)항 기재와 같이 원고가 직영시공 하였음에도 계열사인 △△건설이 시공한 것처럼 가장하여 808,105,380원 더 많이 지급하도록 하여 이를 횡령하였다는 등의 범죄사실로 기소되어 위 범죄사실에 관하여 징역형의 집행유예를 선고받았고, 그 판결은 확정되었다.

(4) 원고는 2004 사업연도에 김AA이 위와 같이 횡령한 160,000,000원에 관하여 가수반제 명목으로 지출하였으나, 위 지출금액을 가수금 계정에 계상하는 것으로 회계처리하지 않았다.

(5) 원고 직원 김BB은 2006. 10. 18. 원고를 입금자로 하여 원고 명의의 국민은행 계좌에 현금 204,500,000원을 입금하였고, 원고는 위 돈을 주주·임원·종업원 단기채무 계정에 가수금으로 계상하였다가 그 다음날 위 돈이 인출되자 이를 가수반제 명목으로 지출하고 위 계정의 가지급금으로 계상하여 회계처리 하였는데, 위 금원의 출처, 사용처에 관하여 밝혀진 바 없다.

(6) 원고는 2004 사업연도 및 2006 사업연도말 대차대조표, 손익계산서 등을 기초로 위 각 사업연도 법인세를 신고·납부하였다.

라. 판단

(1) 원고의 가(1),(2)항 기재 주장에 대한 판단

(가) 위 인정사실에 의하면, 이 사건 세금계산서는 실제 거래 없이 허위로 작성·교부 되었다는 점에 관하여 합리적으로 수긍할 수 있을 정도로 입증되었다고 할 것이므로, 원고는 이 사건 세금계산서가 허위가 아니라고 하기 위하여는 관련된 증빙과 자료에 의하여 이 사건 세금계산서 기재 매입가액 및 매입세액 33,088,000원을 ○○트에게 실제 지급하였음을 구체적으로 입증하여야 할 것인데(대법원 1997. 9. 26. 선고 96 누8192 판결 등 참조), 갑 제8호증의 3, 4, 갑 제13호증의 각 기재는 믿기 어렵고, 달 리 이를 인정할 증거가 없으므로, 이 사건 세금계산서는 실제 거래 없이 가공으로 작 성된 것이라 할 것이다.

(나) 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호에 의하면, 납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈한 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날로부터 10년간 국세를 부과할 수 있다고 규정하고 있는바, 앞서 본 바와 같이 이 사건 세금계산서는 실제 거래 없이 가공으로 작성된 것이고, 원고는 2003년 1기 부가가치세를 신고할 때 이 사건 세금계산서상의 매입세액을 위 기간 총 매입세액에 포함함으로써 부정한 방법으로 위 기간 부가가치세를 면탈한 경우에 해당하므로, 원고에 대한 위 기간 부가가치세의 부과제척기간은 10년이 적용된다 할 것이다. 그러므로 위 제척기간 내에 이루어진 이 사건 부가가치세 부과처분은 적법하다.

(다) 또한, 위에서 본 바와 같이 원고가 이 사건 세금계산서 기재 매입가액 및 매입세액 33,088,000원을 ○○트에게 실제 지급하였다고 볼 수 없으므로, 위 금액을 ERP 시스템 취득원가에 포함하여 이를 2004사업연도부터 2006사업연도 사이에 감가상각비로 계상할 수 없으므로, 피고가 위 금액에 관하여 위 각 사업연도 감가상각비로 계상한 비용을 손금에서 부인한 것은 적법하다.

(라) 따라서, 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 모두 이유 없다.

(2) 원고의 가(3)항 기재 주장에 대한 판단

(가) 부당행위계산이라 함은 납세자가 정상적인 경제인의 합리적 거래형식에 의하지 아니하고 우회행위, 다단계행위 그 밖의 이상한 거래형식을 취함으로써 통상의 합리적 인 거래형식을 취할 때 생기는 조세의 부담을 경감 내지 배제시키는 행위계산을 말하고, 법인세법 제52조에서 부당행위계산 부인 규정을 둔 취지는 법인과 특수관계 있는 자와의 거래가 법인세법 시행령 제88조 제1항 각 호에 정한 제반 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되어 조세법적인 측면에서 부당한 것 이라고 보일 때 과세권자가 객관적으로 타당하다고 인정되는 소득이 있었던 것으로 의 제하여 과세함으로써 과세의 공평을 기하고 조세회피행위를 방지하고자 하는 것인바, 위 법인세법 시행령 규정이 조세의 부담을 부당하게 감소시키는 것으로 인정되는 경우에 관하여 제1호 내지 제8호에서는 개별적 · 구체적인 행위 유형을 규정하고, 그 제9호에서는 ‘그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우’라고 하여 개괄적인 행위 유형을 규정하고 있으므로, 제9호의 의미는 제1호 내지 제8호에서 정한 거래행위 이외에 이에 준하는 행위로서 특수관계자 등에게 이익 분여가 인정되는 경우를 의미한다(대법원 2005. 4. 29. 선고 2003두15249 판결 등 참조).

(나) 위 인정사실 및 그로부터 인정되는 다음과 같은 사정들 즉,① 당초 도급계약에 의하면 △△건설이 2004. 8.부터 노무비를 부담하여야 하고, 그 금액이 위 계약에 포함되어 있는 점,② 원고가 2004. 8.부터 2004. 10.까지 사이의 노무비를 △△건설 대신 부담하여야 할 이유가 없음에도 이를 부담하였고, △△건설이 지출한 바 없는 위 노무비를 공제하지 아니하고 △△건설에게 계약상 대금을 모두 지급한 점,③ 원고는 이를 은폐하기 위하여 당초 도급계약 금액과 같은 금액을 공사대금으로 하는 새로운 도급계약서를 작성한 것으로 보이는 점 등을 종합하면, 원고가 △△건설과의 도급계약에서 정한 공사금액 중 원고가 지출한 노무비를 공제하지 않고 계약금액 전액을 지급한 것은 경제적 합리성을 무시한 비정상적인 거래로서 법인세법 시행령 제88조 제1항 제9호에 정한 특수관계자에 대한 이익분여로 조세의 부담을 부당하게 경감시킨 경우에 해당하므로, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

(3) 원고의 가(4)항 기재 주장에 대한 판단

(가) 우선 2004사업연도 160,000,000원 횡령 부분에 관하여 보건대, 법인의 실질적 경영자 등이 법인이 보유하고 있는 자금을 유용하는 행위는 특별한 사정이 없는 한 애 당초 회수를 전제로 하여 이루어진 것이 아니어서 그 금액에 대한 지출 자체로서 이미 사외유출에 해당하는바(대법원 2010. 1. 28. 선고 2007두20959 판결 등 참조), 위 인정 사실에 의하면, 김AA이 2004 사업연도에 원고의 자산 중 160,000,000원을 횡령하였음이 인정되어 위 금원은 원고의 자산에서 사외로 유출되었다 할 것이고, 반면 원고가 2004 사업연도 법인세를 신고·납부함에 있어서 김AA이 횡령한 위 금원에 관하여 2004 사업연도말 대차대조표, 손익계산서 등에 비용 등 항목으로 반영하고 이를 기초로 과세표준을 확정·신고하였음을 인정할 증거도 없으므로, 피고가 김AA의 위 횡령금원을 원고의 2004 사업연도 익금에 산입한 것은 적법하다.

(나) 다음 2006 사업연도 204,500,000원 횡령 부분에 관하여 보건대, 과세표준 등 과세요건의 입증책임은 과세관청에 있으므로, 2006 사업연도 법인세 익금 항목인 위 204,500,000원을 김AA이 횡령하였다는 점을 피고가 입증하여야 할 것인바, 원고의 예금계좌에 위 돈이 입금되고 이에 관하여 원고의 회계장부에 주주·임원·종업원 단기 채무계정의 가수금으로 계상되었다가 그 다음날 인출된 후 가수금반제로 회계처리된 점, 김AA에 대한 위 형사처벌 과정에서 이 부분은 수사나 재판 대상이 되지 않은 점, 그 밖에 원고 계좌에 입금된 위 204,500,000원이 원고의 고유 현금이라는 점에 관하여 자료가 없는 점 등을 종합하면, 위 인정사실만으로는 김AA이 위 돈을 횡령한 것이라 는 점을 인정하기에 부족하고, 달리 위 돈이 원고의 2006 사업연도 익금에 산입되어야 할 금원임을 인정할 증거가 없으므로, 피고가 위 금원을 원고의 2006 사업연도 익금에 산입한 것은 위법하다 할 것이다.

(다) 따라서, 원고의 이 부분 주장은 2006 사업연도의 위 204,500,000원 부분에 관 한 범위 내에서 이유 있다.

(4) 2006 사업연도 법인세 취소의 범위

피고의 원고에 대한 2006 사업연도 법인세 1,063,126,050원의 부과처분 중 피고가 2006 사업연도 익금에 산입한 위 204,500,000원을 공제하여 산출한 정당한 세액은 별 지 계산내역표 기재와 같이 995,457,007원이 되므로, 그 취소 범위는 원고에 대한 2006 사업연도 법인세 중 995,457,007원을 초과하는 부분이 된다.

4. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 2006 사업연도 법인세 중 995,457,007원을 초과하는 부분의 취소를 구하는 범위 내에서 이유 있어 언용하며, 나머지 청구는 이유 없어 기각한다.