수원지방법원-2010-구합-17688 (2011.10.12)

사 건

2010구합17688 법인세등부과처분취소

원 고

XX 주식회사

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2011. 8. 24.

판 결 선 고

2011. 10. 12.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

피고가 2008. 12. 1. 원고에 대하여 한 2006 사업연도 법인세 179,291,880원의 부과처분 및 2007 사업연도 법인세 4,930,356,830원의 부과처분 중 891,214,690원을 초과하는 부분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2006. 4. 13. 안산시 단원구 XX동 000-0 대 70,073.6㎡(이하 ‘이 사건 토지 ’라 한다) 중 70.037.6분의 33,272.5 지분을 25,468,436,000원 에 취득한 후 2007. 10. 29. OO에셋 주식회사(이하 ‘OO에셋’이라 한다)에게 39,000,000,000 원에 양도하였다.

나. 피고는 2008. 12. 1. 원고에게 이 사건 토지 중 원고가 업무에 사용한 8,847㎡를 제외한 나머지 24,425.5㎡를 업무와 직접 관련이 없는 부동산으로 보아 관련 지급이자 4,729,000,000원을 손금불산입하고, 이 사건 토지를 비사업용 토지로 보아 이 사건 토지의 양도소득의 법인세율을 30%로 하여 2006 사업연도 법인세 179,291,880원, 2007 사업연도 법인세 4,930,356,830원을 경정·고지하였는데(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다), 피고가 부과한 2007 사업연도 법인세 중 4,034,142,140원은 이 사건 토지 관련 지급이자 손금불산입과 양도소득의 법인세이나 나머지 891.214.690원은 이 사건 토지와 관련 없는 건설용지 가공계산액 2,559,481,041원 및 손금불산입된 가지급금 인정이자 20,745,875원과 관련된 법인세이다.

다. 원고는 이에 불복하여 2009. 1. 21. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 조세심판원은 2010. 9. 29. 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증의 1, 2, 갑 제4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 도시계획시설(유통업무설비:화물터미널) 조성사업을 하기 위해 이 사건 토지 지분을 매수하였는데, 안산시장은 원고에게 도시계획시설 사업시행자 지정을 통보하면 서 이 사건 토지 중 국유 지분을 매수한 후에 실시계획인가 신청을 하라는 조건을 부 과하였고, 한국자산관리공사는 사업실시계획인가를 받은 후에 국유 지분에 대한 매수 신청을 하라는 이유로 원고의 국유지 매수신청을 반려하여 양 행정청의 상반된 견해 대립으로 건축허가 등이 제한되어 본격적인 사업시행을 할 수 없게 되었다. 따라서 정당한 사유로 이 사건 토지를 엽무용으로 사용하지 못하였으므로 이 사건 토지를 업무와 직접 관련이 없는 부동산이나 비사업용 토지로 보아서는 아니됨에도 불구하고 피고가 이 사건 토지를 업무와 직접 관련이 없는 부동산 및 비사업용 토지로 보아 법인세를 부과한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

(1) 이 사건 토지는 도시관리계획 상 도시계획구역 내에 있는 토지로 1985. 9. 11.

유통업무설비지역 내 화물터미널 부지로 지정되었다.

(2) 원고가 이 사건 토지 지분을 취득할 무렵인 2006. 4. 13경 이 사건 토지 중 원고가 취득한 지분 이외의 지분 중 70,073.6분의 34,168.6은 국(관리청 : 한국자산관리공사)이, 70,073.6분의 1,818.2는 주식회사 △△종합유통이, 70,073.6분의 814.3은 배AA이 각 소유하고 있었다.

(3) 원고 지분의 전 소유자인 김BB은 2005. 5. 9. 안산시장으로부터 이 사건 토지 상 화물터미널 조성사업의 사업시행자로 지정되었는데, 안산시장은 위 지정 당시에도 이 사건 토지 중 국유 지분을 사업시행자 지정일로부터 1년 이내에 매수하라는 조건을 부과하였다.

(4) 원고는 이 사건 토지 지분을 매수한 후 2006. 10.경 ▽▽공영 주식회사로부터 시공참여 의향서를 받고 □□투자증권 주식회사로부터 PF참여 의향서를 받았으며, 배AA으로부터 이 사건 토지의 지분을 화물터미널 시행사업자에게 매각하겠다는 매각동의서를 받았다.

(5) 원고는 2006. 11.경 안산시장에게 시공사를 ▽▽공영 주식회사, PF금융 대행사를 □□투자증권 주식회사 설계·감리를 주식회사 ◇◇사무소로 하여 이 사건 토지상 화물터미널 조성사업의 시행자를 원고로 지정하여 줄 것을 신청하였다.

(6) 안산시장은 2006. 12. 21. 안산시 고시 제2006-114호로 원고를 이 사건 토지상 안산도시계획시설(유통업무설비:화물터미널)의 사업시행자로 지정·고시하면서 원고에게 유통업무시설(화물터미널) 조성사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)의 시행자 지정일로 부터 6월 이내에 이 사건 토지 중 국유 지분을 매수하여야 하고, 국유 지분 전부를 매수하지 못한 경우 사업시행자 지정은 즉시 취소되며, 국유 지분을 매수한 후 특별한 사유가 없는 한 사업시행자 지정일로부터 6개월 이내에 실시계획인가 신청서를 제출하라는 조건을 부과하였다.

(7) 원고는 2006. 12. 27. 한국자산관리공사에게 이 사건 토지 중 국유 지분의 매수 신청을 하였으나 한국자산관리공사는 2007. 4. 10. 원고에게 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 이 사건 사업의 실시계획인가를 받은 후 국유 지분의 매수신청을 하라는 내용의 회신을 하였다.

(8) 원고는 2007. 4. 12. 배AA과 사이에 이 사건 토지 중 배AA 지분을 19억 원에 매수하기로 하는 매매계약을 체결한 후 배AA에게 계약금 2억 8,000만 원을 지급 하였다.

(9) 원고는 2007. 6. 8. 안산시장에게 실시계획인가 신청기일 및 이 사건 토지 중 국유 지분의 매수기간을 연장하여 줄 것과 공사 착공 전 이 사건 토지의 국유 지분을 매수하는 조건으로 실시계획인가 신청을 할 수 있도록 조건을 변경하여 줄 것을 요청 하였다.

(10) 그러나 안산시장은 2007. 6. 26. 안산시 고시 제2007-57호로 사업시행자 지정 (변경)고시를 하면서 실시계획인가 신청기일을 사업시행자 지정일부터 6개월 이내에서 사업시행자 지정일로부터 2008. 12. 31. 이내로, 국유 지분 매수(매각동의)기간을 사업 시행자 지정일로부터 2007. 12. 31. 이내로 변경하였으나 이 사건 토지 중 국유 지분을 매수한 후에 실시계획인가 신청서를 제출하라는 조건은 그대로 유지하였다.

(11) 한편 안산시장은 원고가 이 사건 토지 지분을 양도한 후인 2008. 6. 18. 안산시 고시 제2008-50호로 OO에셋을 이 사건 토지상 화물터미널 조성사업의 사업시행자로 지정·고시하면서 이 사건 토지 중 국유 지분을 매수한 후 실시계획인가 신청을 하라는 조건을 부과하지 않았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2호증의 1, 2, 갑 제4, 5, 6호증, 갑 제7호증의 1 내지 7, 갑 제8호증의 1, 2, 갑 제9, 12호증, 갑 제13호증의 1, 2, 갑 제14호증의 1, 2, 갑 제17호증의 각 기재, 안산시장에 대한 사실조회결과, 변론 전체의 취지

라. 판단

법인세법(2008. 2. 29. 법률 제8852호로 개정되기 전의 것 이하 같다) 제27조 제1호, 제28조 제1항 제4호 가목, 법인세법 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20720호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제49조 제1항 제1호, 법인세법 시행규칙(2008. 3. 31. 재정경제부령 제10호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조 제2항, 제5항에 의하면, 법인이 업무에 직접 사용하지 아니하거나 일정한 유예기간 중 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하고 양도하는 부동산을 취득하거나 보유하기 위하여 지급한 차입금의 이자는 손금에 산입하지 아니하도록 하고 있고 다만 당해 부동산의 취득 후 법령에 의하여 사용이 금지 또는 제한되거나 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 업무에 사용하지 아니한 부동산은 업무와 직접 관련이 없는 부동산에서 제외하도록 하고 있다.

또한 법인세법 제55조의2 제1항 제3호, 제2항 제7호 법인세법 시행령 제92조의11 제1항, 법인세법 시행규칙 제46조의2 제1항에 의하면, 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 비사업용 토지를 양도한 경우 토지 등의 양도소득에 100분의 30(미등기 토지 등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액을 부과하도록 되어 있고, 다만 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지, 그 밖에 공익 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황·취득 사유 또는 이용상황 등을 감안하여 재정경제부령이 정하는 부득이한 사유에 해당하는 토지는 비사업용 토지로 보지 않고 있는데, 재정경제부령이 정하는 부득이한 사유의 하나로 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사용하지 아니하는 경우를 들고 있다.

결국 위 규정들을 종합하여 보면, 토지를 취득한 후 법령에 의하여 사용이 금지 또는 제한되거나 도시계획의 변경과 같은 정도에 준하는 정당한 사유로 인하여 부득이하게 토지를 사용하지 못하게 된 경우에는 업무와 직접 관련 없는 부동산 및 비사업용 토지로 보지 않고 있는바, 법인의 업무와 직접 관련 없는 부동산 및 비사업용 토지인지 여부를 판단하는 기준으로서의 정당한 사유라 함은 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 법인이 정상적인 노력과 추진을 다하였음에도 불구하고 부득하게 사업을 진행하지 못하고 중단할 수 밖에 없게 된 내부적 사유를 의미하므로 그와 같은 정당한 사유의 유무는 사업을 진행할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 사업을 진행하기 위하여 진지한 노력을 다하였는지의 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지의 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이다.

원고가 정당한 사유로 부득이하게 이 사건 토지를 사용하지 못하게 된 것인지 여부에 관하여 살피건대, 앞서 본 바와 같이 안산시장은 이 사건 토지 중 국유 지분을 매수한 후에 실시계획인가 신청서를 제출하라는 조건을 부과하였고, 한국자산관리공사는 실시계획인가 후에 이 사건 토지 중 국유 지분 매수신청을 하라고 하여 양 기관의 견해 대립으로 사업의 추진이 원활하지 못 하였던 점은 인정되나 원고의 전 소유자인 김BB 또한 이 사건 토지 중 국유 지분을 매수할 것을 조건으로 사업시행자로 지정되었으므로 원고로서는 이 사건 토지 지분을 취득하기 전부터 이 사건 사업을 하기 위해서는 사업시행자 지정 당시 정한 기한 내에 이 사건 토지의 국유 지분을 매수하여야 사업이 가능하다는 점을 충분히 예상할 수 있었던 점, 화물유통촉진법 제28조의5에 의하면, 화물터미널 건설부지 안에 있는 국가 또는 지방자치단체 소유재산은 국유재산법 또는 지방재정법의 규정에도 불구하고 화물터미널사업자에게 수의계약으로 매각할 수 있으므로 원고로서는 실시계획인가 신청 전에라도 위 규정을 근거로 한국자산관리공사에게 이 사건 토지 중 국유 지분의 매각을 적극적으로 설득할 수 있었음에도 한국자산 관리공사의 회신 이후 이에 대한 노력을 충분히 기울였다고 볼 자료가 없는 점, 사업 시행자 지정 당시 원고가 소유한 이 사건 토지 지분은 70,037.6분의 33,272.5 지분이어서 과반수에도 마치지 못하므로 안산시장으로서는 원고가 나머지 지분을 빠른 시일 내에 취득하여야 이 사건 사업이 확실하게 진행될 수 있을 것이라고 판단하여 그와 같은 조건을 부과하였다고 보이는 점 원고는 사업시행자 지정 당시 위와 같은 조건에 대하여 아무런 이의를 하지 않은 점, 안산시장은 원고로부터 이 사건 토지의 지분을 매수한 OO에셋에게 이 사건 토지 중 국유 지분을 매수하라는 조건을 부과하지 않은 점에 비추어 원고가 진지한 노력을 하였다면 안산시장이 국유 지분을 매수하라는 조건을 변경하였을 수도 있었던 점, 원고는 자본금 20억 원에 불과한 회사로 이 사건 토지의 지분 매수대금 대부분을 금융기관으로부터 대출받아 이자 부담 등 자금 압박에 시달린 점, 원고가 이 사건 토지를 매수한지 1년 6월만에 매도하여 약 136억 원 상당의 양도차익을 얻은 점, 원고는 이 사건 토지 중 국유 지분 매수대금의 조달계획을 마련하지 않았는데, 그렇다면, 국유 지분의 매수대금 역시 대출을 통하여 조달할 수밖에 없는 점, 타인의 자본에 의존한 무리한 기업확장으로 인한 기엽의 재무구조 악화를 방지하고자 하는 법인의 업무와 직접 관련이 없는 부동산 관련 지급이자 손금불산입 및 비사업용 토지에 관한 법인세법 규정의 입법 취지 등을 종합하여 보면, 안산시장과 한국자산관리공사의 견해 대립에 의하여 원고가 이 사건 토지 중 국유 지분을 취득하지 못한 사정이 법인세 관련 규정에서 정하는 토지를 취득한 후 법령에 의하여 사용이 금지 또는 제한되거나 도시계획의 변경과 같은 정도에 준하는 정당한 사유에 해당한다고 보기 어렵다 할 것이다.

따라서 피고가 이 사건 토지를 법인의 업무와 직접 관련이 없는 부동산 및 비사업용 토지로 보아 원고에게 법인세를 부과한 이 사건 처분은 적법하다 할 것이다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.