서울행정법원-2011-구합-23436 (2012.01.18)

사 건

2011구합23436 법인세부과처분취소

원 고

XX제약 주식회사

피 고

동대문세무서장

변 론 종 결

2011. 12. 28.

판 결 선 고

2012. 1. 18.

주 문

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

피고가 2009. 11. 1. 원고에 대하여 한 2005 사업연도 법인세 2,872,007,560원 및 2006 사업연도 법인세 906,139,260원 각 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 주식회사 XX개발(이하 ’소외회사’라 한다)의 주식 1,854,000주를 보유한 최대주주로서(지분율 53.4%) 2003 경 소외회사가 동원상호저축은행으로부터 대출 받은 채무(이하 ’이 사건 채무’라 한다)를 180억 원을 한도로 단독으로 지급보증하였다.

나. 소외회사는 2004. 10. 15. 1주당 발행가액을 5,000원으로 하는 유상증자(이하 ’이 사건 유상증자’라 한다)를 실시하였는데, 원고는 위 유상증자에서 2004. 10. 25. 자신에게 배당된 1,600,641주 및 강CC 등 다른 주주들의 실권주(이하 ’이 사건 실권주’라 한다) 1,399,359주를 포함한 합계 300만 주(이하 ’이 사건 신주’라 한다)를 인수하고 인수대금 합계 150억 원을 납입함으로써 원고의 지분율은 74.9%로 증가되었다.

다. 소외회사는 2004. 10. 27.경 원고로부터 지급받은 증자대금 150억 원을 이 사건 채무를 변제하는데 사용하였다.

라. 원고는 2004 사업연도 법인세 신고시 이 사건 유상증자에서 인수한 이 사건 실권주 1,399,359주에 대하여는 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제52조 제1항, 동법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19891호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제88조 제1항 제8호 나목에 의하여 부당행위계산부인을 하여 그 인수가액 6,996,795,000원(1주당 5,000원)과 시가 3,242,076,020원(1주당 2,317원)의 차액 3,754,718,980원을 익금산입하여 기타 사외유출로 처분하고 동시에 손금산입하여 유보로 처분하였다

마. 원고는 2005. 9. 1. 소외회사 대표이사 김AA에게 이 사건 신주 중 2.239,802주를 합계 22,711,592원(1주당 10.14원)에 매각하였고, 2006. 1. 17. 684,178주를 10분의 1 비율로 감자한 후 2006. 11. 15. 박BB에게 나머지 76,020주를 합계 7,708,408원(1주당 101.4원)에 매각하였다.

바. 원고는 위와 같이 주식을 매각하고 그 처분손실 14,969,580,000원(2005 사업연도 11,176,298,408원, 2006 사업 연도 3,793,281,592원)을 손금산업 하고 위와 같이 유보처분하였던 3,754,718,980원을 익금에 산입하여(2005 사업연도 2,803,275,975원, 2006 사업연도 951,443,005원) 2005 사업연도 및 2006 사업연도 법인세를 신고하였다.

사. 피고는 원고가 이 사건 유상증자에 참여한 것을 유상증자라는 형식으로 신주를 고가로 매수한 것으로 판단하고 1주당 인수가액 5,000원에서 피고가 산정한 이 사건 유상증자 후 1주당 평가액 499원을 차감한 차액에서 원고가 이미 신고한 3,754,718,980원을 공제하여 분여이익을 산정한 다음 2005 사업연도 소득금액 계산시 10,081,349,815원을, 2006 사업연도 소득금액 계산시 3,421,650,185원을 각 익금산입하여 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호를 적용하여 2009. 11. 1. 원고에 대하여 2005 사업연도 법인세 2,872,007,560원 및 2006 사업연도 법인세 906,139,260원 각 부과처분을 하였다(이하 ’이 사건 처분’이라 한다).

아. 원고는 2010. 1. 29 조세심판원에 이 사건 처분에 대한 심판청구를 하였으나 2011. 4. 20. 기각결정을 받았다.

[인정근거 : 다툼이 없거나, 갑 제1 내지 3, 8, 10호증, 갑 제4, 5, 7, 9호증의 각 1, 2, 갑 제6호증의 1 내지 3, 을 제1 내지 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지]

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

다음과 같은 이유로 이 사건 처분은 위법하다.

1) 원고가 이 사건 유상증자에 참여한 것은 소외회사의 자금경색을 해소하고 자구책을 마련하여 소외회사와 함께 원고가 도산할 수 있는 경영상 위험을 회피하기 위한 것으로서 경제적인 합리성이 있는 행위였고 실제로 소외회사가 도산할 때와 비교하여 30억 원 정도의 이익을 얻어 경제적 합리성이 있는 행위이므로 부당행위계산부인의 대상이 아니다.

2) 그렇지 않다고 하더라도 세무회계상 타법인 발행의 신주인수는 투자자산의 매입에 해당하여 법인세법 시행령 제88조 제1항 처ij8호가 적용되는 것이지 제1호가 적용 되지 않는다.

3) 법인세법 제52조 제2항, 제4항에 따른 이 사건 신주의 사가는 499원이 아니라 동법 시행령 제89조 제6항에 따라 산정된 2,317원이다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 첫 번째 주장에 대하여

위 인정사실과 위에서 든 증거를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 소외회사는 2003년까지 영업손실이 누적되어 자본잠식상태에 있었을 뿐만 아니라 원고를 포함한 주주들이 유상증자에 참여하더라도 수익을 얻지 못하거나 출자액을 회수할 수 없게 될 가능성이 농후하였던 점, ② 그런데 원고는 소외회사의 사업성, 장래 투자수익, 주식의 실질가치 등에 대하여는 제대로 검토하지 아니한 채 소외회사의 이 사건 채무를 분담하는 차원에서 단독으로 이 사건 유상증자에 참여하기로 결정한 것으로 보이고, 원고가 납입한 유상증자대금은 실제로 전액 이 사건 채무를 변제하는데 사용된 것을 보면, 원고는 소외회사가 부담하고 있던 이 사건 채무에 대한 보증채무를 면한 다음 소외회사를 청산하는 것이 위 유상증자에 참여하는 주된 이유였던 것으로 보이는 점, ③ 원고는 2005년과 2006년 이 사건 신주를 1주당 약 10원 또는 101원에 모두 매각하고 그 인수가액 대부분인 14,969,580,000원(2005 사업 연도 11,176,298,408 원, 2006 사업연도 3,793,281,592원)을 처분손실로 손금산업한 점, ④ 김AA가 이 사건 유상증자 이후인 2005. 9. 1. 소외회사의 주식 4,854,000주 중 3,624,000주를 인수 하였으나, 소외회사는 이 사건 유상증자 이후 영업활동은 하지 않고 과거에 발생한 투자자산의 회수 및 이자수입의 관리만을 하고 있고 2008년 말 현재 여전히 자본잠식 상태에 있었던 점, ⑤ 원고는 소외회사가 이 사건 유상증자를 하지 않고 청산한다면 이 사건 채무를 대위변제할 수밖에 없고 그러한 경우 원고가 취득한 구상채권은 법인세법 제19조의2 제2항 제1호가 규정한 채무보증으로 인하여 발생한 구상채권이어서 법인세법상 대손금으로 손금산입할 수 없을 가능성이 있기 때문에 유상증자라는 우회 적인 방법을 통하여 사실상 청산이 예정된 소외회사의 이 사건 신주를 인수한 것으로 보이는 점, ⑥ 뒤에서 보는 바와 같이 이 사건 유상증자에 따른 이 사건 신주의 인수 가액이 위 유상증자 당시 소외회사의 자산상태 등의 평가에 의한 정당한 평가가액보다 현저히 고가인 점 등을 종합하여 보면, 원고의 이 사건 신주인수행위는 특수관계자인 소외회사로부터 시가를 초과하여 자산을 고가로 매입하여 원고의 소득에 대한 조세의 부담을 감소시킨 것으로서, 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 무시한 비정상적인 거래행위에 해당한다고 봄이 상당하므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

2) 두 번째 주장에 대하여

살피건대, 위 관계법령을 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정, 즉, ① 법인세법 제52조에서 규정하는 부당행위계산의 부인이라 함은 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 법인세법 시행령 제88조 제1항 각 호에 열거된 제반 거래형태를 빙자하여 이를 남용하거나 우회행위, 다단계행위, 기타 이상한 거래형식을 취함으로써 통상의 합리적인 거래형식을 취할 때 생기는 조세의 부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 인정되는 경우에, 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정해진 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제함으로써 과세의 공평을 기하고 조세회피행위를 방지하기 위한 제도인 점, ② 법인세법 제52조는 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계자와의 거래로 인하여 부당행위계산을 한 ’당해 법인’의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 관계 없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다고 규정하고 있고, 동법 시행령 제88조 제1항 제1호는 부당행위계산의 한 유형으로 ’자산을 시가보다 높은 가액으로 매입한 경우’를 들고 있는 점, ③ 어느 법인이 신주인수 당시 신주 발행회사의 자산 및 수익상태 등을 고려한 신주의 정당한 가격보다 현저히 높은 가격으로 신주를 인수하였다면, 신주를 부당히 고가로 인수한 그 법인으로서는 향후 인수한 신주를 그 정당한 평가액 상당액으로 매도하고 그 유가증권평가손실을 손금에 산입함으로써 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 감소시킬 수 있는 점, ④ 신주인수행위는 신주를 발행하는 회사의 자본을 형성하는 단체법적, 회사법적 행위로서 그 인수대금이 발행회사의 자본을 구성한다는 점에서 이미 발행된 주식의 거래와는 다른 점이 있으나, 발행회사에 신주인수대금을 납입하고 발행회사로부터 주식을 취득하여 발행회사의 주주가 된다는 점에서 이미 발행된 주식을 매수하는 것과 실질적인 차이가 있다고 보기 어려우므로, 이를 이마 발행된 주식이나 유가증권의 거래 통과 마찬가지로 자산을 매입한 경우에 해당하는 것으로 볼 수 있는 점. ⑤ 신주인수행위도 신주발행 당시 발행회사의 자산 및 수익상태 등의 평가에 의한 신주의 정당한 평가가액과 신주인수가액과의 차액을 비교하여 고가매입 여부를 따질 수 있는 점. ⑥ 1998. 12. 30. 대통령령 제15790호로 개정된 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호 나목에서 자본거래로 인하여 주주 등인 법인이 특수관계자인 다른 주주 등에게 이익을 분여한 경우의 하나로 ’법인의 증자에 있어서 신주를 시가보다 높은 가액으로 인수한 경우’를 부당행위계산의 구체적인 유형에 추가하였으나 이는 신주인수로 언하여 주주, 사원, 출자자에게 이익을 분여한 경우에 적용할 수 있는 규정이므로 신주인수로 인하여 주주 등에게 이익을 분여한 것이 아니라 발행회사에 이익을 분여한 것으로 볼 수 있는 경우에는 위 규정을 적용할 수 없는 점 등을 종합하면, 신주를 고가에 매입하여 발행회사에 이익을 분여함으로써 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 법인세법 제52조, 동법 시행령 제88조 제1항 제1호에 정한 부당행위계산에 해당된다고 봄이 상당하므로, 원고의 위 주장도 이유 없다.

3) 세 번째 주장에 대하여

가) 법인세법 제52조 제1항, 제2항은 특수관계자와의 거래로 인하여 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는지 여부는 시가를 기준으로 한다고 규정하고 있고, 동법 제52조 제4항, 동법 시행령 제89조 제2항 제2호는 주식의 시가가 불분명한 경우에는 상속세 및 증여세법(2007. 12. 31. 법률 제8828호로 개정되기 전의 것, 이하 ’증여세법’이라 한다) 제39조 및 동법 제63조의 규정을 준용하여 평가한 가액을 적용하여 계산한 금액을 기준으로 부당행위계산인지 여부를 판단한다고 규정하고 있으며, 법인세 시행령 제89조 제5항은 동법 시행령 제88조의 규정에 의한 부당행위계산에 해당하는 경우에는 동법 제52조 제1항의 규정에 의하여 동법 시행령 제89조 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 시가와의 차액 등을 익금에 산입하여 당해 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다고 규정하고 있고, 법인세법 시행령 제89조 제6항은 동법 시행령 제89조 제1항 제8호의 규정에 의하여 특수관계자에게 이익을 분여한 경우 위 제5항의 규정에 의하여 익금에 산입할 금액의 계산에 관하여는 증여세법 제39조, 통법 시행령(2008. 2. 22. 대통령령 제20621호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제29조 제3항의 규정을 준용한다고 규정하고 있다

위 관계규정의 내용을 종합하면, 신주를 시가보다 높은 가액으로 인수하여 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호의 부당행위계산의 유형에 해당하고 인수한 주식의 시가가 불분명한 경우에는, 신주를 시가보다 높은 가액으로 인수하여 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호의 부당행위계산의 유형에 해당하는 경우와 달리, 법인세법 시행령 제89조 제5항에 따라 법인세법 시행령 제89조 제2항 제2호, 증여세법 제39조, 제63조에 따라 평가한 가액을 시가로 보고 부당행위계산 부인 금액을 계산하여야 한다.

나) 이 사건에 돌아와 보건대, 위에서 든 증거를 종합하면, 원고가 비상장주식인 이 사건 신주를 인수한 2004. 10. 25 현재 소외회사 주식 1주당 순손익가치는 0원이고, 1주당 순자산가치는 1,248원인 사실을 인정할 수 있는바, 위 인정사실에 의하면, 법인세법 시행령 제89조 제2항 제2호, 증여세법 제63조, 증여세법 시행령 제54조 제1항에 따라 산정한 소외회사 주식 1주당 가액은 499원[(1주당 순손익가치 0원 x 3 + 1주당 순자산가치 1,248원 x 2) x 1/5 = 499원(다만, 원 미만은 버림)]이므로, 원고의 위 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 모두 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.