의정부지방법원-2011-구합-3635 (2012.02.14)

사 건

2011구합3635 종합소득세부과처분취소

원 고

한AA

피 고

의정부세무서장

변 론 종 결

2012. 1. 31.

판 결 선 고

2012. 2. 14.

주 문

1. 피고가 2010. 8. 1. 원고에게 한 2004년 귀속 종합소득세 254,367,210원의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청구취지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 BBBBB 유한회사(BBBBB 주식회사에서 2007. 11. 20. BBBBB 유한회사로 변경되었다, 이하 ’BBBBB’라 한다)에 근무하면서, 2004년 발생한 갑종 근로소득과 을종근로소득에 대하여 연말정산을 통해 2004년 귀속 종합소득세를 납부 하였다.

나. 한편 원고는 위 기간 사이에 BBBBB 유한회사의 모회사인 야후(BBBBB의 미국 본사)로부터 받은 주식매수선택권을 행사하였는데, 위 주식매수선택권 행사에 따른 소득 434,436,954원(이하 ’이 사건 주식매수선택권 행사이익’이라 한다)에 관하여는 이를 을종근로소득의 연말정산에 포함하지 않았고, 이에 관하여 별도로 과세표준확정 신고를 하지도 않았다.

다. 피고는 2010. 8. 1. 원고에게, 원고가 을종근로소득2)인 이 사건 주식매수선택권 행사이익을 신고하지 않았다는 이유로, 2004년 귀속 종합소득세 254,367,210원을 경 정·고지하는 이 사건 처분을 하였다.

라. 원고는 위 처분에 불복하여 2011. 3. 7. 조세심판원에 심판청구를 제기하였고, 2011. 6. 14. 기각결정을 받아 이 사건 소를 제기하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 제2호증, 제4호증의 1, 2, 을 제1 내지 제3호증, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 2004년 발생한 갑종·을종 근로소득에 관하여 연말정산을 통하여 소득세를 신고 · 납부하였으므로, 원고에게는 과세표준확정신고를 할 의무가 없다. 따라서 원고가 연말정산 과정에서 이 사건 주식매수선택권 행사이익에 관한 소득 신고를 누락하였다 하더라도 이는 근로소득에 관한 과소신고에 불과하고 과세표준신고서를 제출하지 않은 경우(무신고)에 해당하지 않으므로, 위 행사이익에 대해서는 5년의 제척기간이 적용되어야 한다. 그렇다면, 이 사건 처분은 제척기간 도과 이후에 부과된 것으로 위법하다.

나.관계법령

별지 기재와 같다.

다.판단

1) 갑 제2호증, 제4호증의 1, 2, 을 제1 내지 제3호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고에게 2004년 아래 표와 같은 근로소득이 발생한 사실을 인정할 수 있다(원고에게 2004년 근로소득 이외에 발생한 다른 소득은 없다).

2) 구 소득세법(2007.12.31. 법률 제8825호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)은 제70조 제l항, 제73조 제1항, 제2항에서 당해연도의 종합소득금액이 있는 거주자에게 그 종합소득과세표준을 납세지 관할세무서장에게 신고하여야할 의무를 부과하되 다만 근로소득만 있는 자 또는 2인 이상으로부터 받는 근로소득이 있는 자가 연말정산을 통 하여 소득세를 납부한 경우에는 과세표준확정신고 의무를 면제하고 있다. 한편, 위 법 제149조 제1호, 제150조 제1항, 제3항, 위 법 시행령(2008.2.22.대통령령 제20618호로 개정되기 전의 것, 이하 ’구 소득세법 시행령’이라 한다) 제204 조 제1항은 을종에 속하는 근로소득이 있는 거주자는 대통령령이 정하는 일정 요건을 충족하는 경우 납세조합을 조직할 수 있고, 이에 따라 납세조합이 조직된 경우 납세조합이 그 조합원의 을종에 속하는 근로소득에 대한 소득세를 매월 징수하도록 납세조합에게 원천정수의무를 부과하고 있고, 위 법 제137조 제5항은 일용근로자 외의 자로서 갑종에 속하는 근로소득 및 제150조 제3항의 규정에 따라 납세조합에 의하여 소득세 가 정수된 을종에 속하는 근로소득이 있는 자에 대하여는 갑종에 속하는 근로소득의 주된 근무지의 원천정수의무자가 갑종에 속하는 근로소득과 을종에 속하는 근로소득을 합한 금액에 대하여 연말정산을 할 수 있다고 규정하고 있다.

3) 위와 같은 관계법령의 규정 내용에 원고가 삼일을 근납세조합을 통하여 모회사 인 야후로부터 받은 을종근로소득에 대한 소득세를 원천징수납부하고 이를 갑종근로소득과 함께 연말정산하는 방법으로 원고의 2004년 귀속 종합소득세를 납부한 사정 등 을 종합하여 보면, 원고는 소득세법 제73조 제2항이 정한 2인 이상으로부터 받는 근로 소득이 있는 자로 연말정산에 의하여 소득세를 납부한 자에 해당하므로(원고가 을종근 로소득에 관하여 연말정산을 통한 소득세를 납부함에 있어 주식매수선택권 행사이익을

누락하였으나, 그러한 사정만으로 원고가 근로소득이 있는 자로서 연말정산에 의하여 소득세를 납부한 자에 해당하지 않는다고 할 수는 없다), 원고에게 과세표준확정신고를 할 의무가 있다고 할 수는 없다. 따라서 원고가 2004년 귀속 종합소득세에 대한 연말정산 과정에서 을종근로소 득의 일부인 이 사건 주식매수선택권 행사이익을 누락하였다 하더라도 이는 근로소득 을 과소신고한 것일 뿐, 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제2호 소정의 ’납세자가 법정 신고기한 내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우’, 즉 무신고한 경우에 해당한다 고 볼 수는 없다. 그렇다면, 이 사건 주식매수선택권 행사이익에 관한 소득세부과의 제척기간은 구 국세기본법(2010.3.31. 법률 제10219호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제1항 제3호에 따라 5년이 된다고 보아야 하고, 한편 구 소득세법 제70조 제1항은 종합소득세에 대한 선고기한은 그 과세기간의 다음 연도 5월 31일까지로 정하고 있으므 로, 원고에 대한 2004년 귀속 종합소득세에 관하여는 2005. 6. 1.부터 5년이 지난 2010. 6. 1. 그 부과제척기간이 도과되었다. 따라서 2010. 8. 1. 부과된 이 사건 처분은 제척기간이 도과된 것으로 위법하다.

4) 한편 이 사건과 같이 근로소득 중 일부를 연말정산에서 누락한 경우에도 당해 근로자에게 별도로 과세표준신고의무가 있다고 하면, 연말정산을 통하여 소득세를 납부하였으나 소득의 일부가 누락된 경우에는 그 누락된 소득에 관하여는 언제나 7년의 부과제척기간이 적용되어야 하는데, 이는 연말정산에 의하여 소득세를 납부한 자에 대 하여 소득세 납부의 간이화와 과세의 편의 및 행정력 절감을 위하여 과세표준확정신고 의무를 면제하고 있는 소득세법 제73조의 취지에 반하는 결과가 되어 부당하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.