서울행정법원-2011-구합-33082 (2012.02.23)

사 건

2011구합33082 부가가치세및법인세부과처분취소

원 고

주식회사 XX

피 고

송파세무서장

변 론 종 결

2012. 1. 17.

판 결 선 고

2012. 2. 23.

주 문

1. 피고가 2010. 7. 2. 원고에 대하여 한 2008년 제1기분 부가가치세 76,027,960원, 2008 사업연도 결손금 소급공제 취소분에 대한 법인세 34,742,670원, 2008 사업연도 증액과세분에 대한 법인세 24,969,140원의 각 부과처분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다

청구취지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 건축설계업 및 전문감리업 등을 영위하는 회사이다.

나. 원고는 2004. 3. 9. 서울 마포구 XX동 0-00 지구 도심재개발사업(이하 ’이 사건 사업’이라 한다)의 사업시행자인 소외 주식회사 XX(이하 ’소외 회사’라 한다)와 사이에 이 사건 사업에 관한 설계 및 갑리용역을 제공하고 그 대가로 대금 합계 994,000,000원(부가가치세 별도, 부가가치세를 포함하면 1,093,400,000원이 된다. 이하 ’이 사건 용역대금’이라 한다)을 지급받기로 하는 내용의 계약(이하 ’이 사건 용역계약’ 이라 하고, 위 용역을 ’이 사건 용역’이라 한다)을 체결하였고, 그 후 소외 회사로부터 용역제공의 대가로 2004. 3. 10. 110,000,000원을, 2004. 7. 28. 110,000,000원을, 2005. 1. 4. 110,000,000원을, 2005. 4. 12. 220,000,000원을 지급받았으며, 해당 과세기간인 2004년 제1기분 - 2005년 제1기분 부가가치세 및 2004, 2005 사업연도 법인세 신고 시 이를 부가가치세 과세표준 및 법인세 수입금액에 산입하여 각 신고 · 납부하였다.

다. 한편, 소외 회사는 2004. 7. 28. 원고에게 이 사건 용역대금의 지급과 관련하여 액면금액 436,040,000원의 약속어음 l매 및 액면금액 437,360,000원의 약속어음 1매 (이하 통틀어 ’이 사건 각 약속어음’이라 한다)를 각 발행하면서 이에 관하여 각 약속 어음 공정증서(이하 ’이 사건 각 공정증서’라 한다)를 작성해 주었고, 원고는 2006. 2. 23. 이 사건 각 공정증서에 기하여 소외 회사가 소외 OO개발 주식회사(제3 채무자, 이하 ’OO개발’이라 한다)에 대하여 가지는 채권 중 소외 회사로부터 지급받지 못한 약속어음금 543,400,000원(=이 사건 용역대금 494,000,000원 + 부가가치세 49,400,000원)에 대하여 서울서부지방법원 2005타채729호로 압류 및 추심명령을 받았다.

라. 이에 소외 회사는 2006. 3. 23. 서울통부지방법원 2006가합4029호로 원고를 상대로 하여 이 사건 각 공정증서에 기한 강제집행의 불허 등을 구하는 청구이의의 소 (이하 ’청구이의 소송1이라 한다)를 제기하였는데, 위 법원은 이 사건 각 약속어음금 채무는 위 543,400,000원의 범위 내에서 존재하므로 이 사건 각 공정증서에 기한 강제집행을 위 543,400,000원을 초과하는 범위 내에서 이를 불허한다는 내용의 원고 일부 승소 판결을 선고하였고, 이에 대하여 소외 회사가 항소하였으나 항소섬 법원(서울고등법원 2007나16467)은 2007. 11. 1. 소외 회사의 항소를 기각하였으며, 소외 회사가 상고 하였으나 2008. 3. 13 대법원(2007다90753)으로부터 상고기 각(이하 ’이 사건 상고심 판결’이라 한다)됨으로써 위 판결은 확정되었다.

마. 피고는 이 사건 상고심 판결이 선고된 2008. 3. 13.에 비로소 소외 회사가 원고에게 지급하여야 할 이 사건 용역계약의 공급가액이 494,000,000원으로 확정되었다는 이유로 이 사건 용역의 공급시기 및 익금의 귀속사업연도를 위 2008. 8. 13.(2008 사업 연도)로 보아 위 494,000,000원을 2008년 제l기분 부가가치세의 과세표준 및 2008 사업연도 법인세의 익금으로 산업하여, 2010. 7. 2. 원고에 대하여 2008년 제1기분 부가가치세 16,027,960원, 2008 사업연도 결손금 소급공제 취소분에 관한 법인세 34,742,670원 및 2008 사업연도 증액경정분에 대한 법인세 24,969,410원을 각 경정 · 고지하였다(이하 위 각 부과처분을 통틀어 ’이 사건 각 처분’이라 한다).

바. 원고는 이에 불복하여 2010. 8. 26. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 2011. 8. 19. 기각결정을 받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1, 3, 5호증, 갑 2호증의 1, 2, 갑 4호증의 1, 2, 3, 을 1 호증의 1, 2, 3의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

1) 원고의 주장

이 사건 용역계약에 따른 원고의 용역 범위는 이 사건 사업과 관련한 각종 인 · 허가 업무라 할 것이고, 소외 회사는 원고가 2004. 7. 27. 용역 업무를 모두 이행하였음을 전제로 원고에게 이 사건 각 약속어음을 지급하였으므로, 이 사건 용역의 공급시기 및 익금의 귀속사업연도는 부가가치세법 시행령 제22조 제1호 및 법인세법 제40조에 따라 2004. 7. 27. 및 그 날이 속하는 2004 사업연도로 보아야 한다. 따라서 이 사건 용역의 공급에 대하여 부가가치세를 부과할 수 있는 날인 2005. 1. 26.부터, 법인세를 부과할 수 있는 날인 2005. 4. 1.부터 각 5년을 경과하여 부과된 이 사건 각 처분은 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호에서 정한 부과제척기간이 만료된 이후에 이루어진 것으로서 위법하다.

2) 피고의 주장

소외 회사와 원고는 청구이의 소송을 통하여 이 사건 용역계약에 따른 용역제공의 범위, 그 완료 여부 및 용역비 잔존채무에 관하여 다투어 왔고, 이 사건 상고심 판결이 선고된 2008. 3. 13.에야 비로소 소외 회사가 원고에게 지급하여야 할 이 사건 용역 계약의 공급가액이 494,000,000원으로 확정 되었으므로, 이 사건 용역의 공급시기 및 익금의 귀속사업연도는 부가가치세법 시행령 제22조 제3호 및 법인세법 제40조에 따라 위 2008. 3. 13. 및 그 날이 속한 2008 사업연도로 보아야 한다. 따라서 이 사건 각 처분은 국세기본법상 부과제척기간 내에 이루어진 것으로서 적법하다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다

다. 인정사실

1) 원고는 앞서 본 바와 같이 2004. 3. 9. 이 사건 사업의 시행자인 소외 회사와 사이에 이 사건 용역계약을 체결하였고, 그 다음날인 2004. 3. 10. 소외 회사로부터 계약금 110,000,000원을 지급받았는데, 이 사건 용역계약의 주요 내용은 아래와 같다.

2) 그 후 소외 회사는 2004. 4. 9. 소외 주식회사 건축사무소 □□(이하 ’소외 건축 사무소’라 한다)와 사이에 이 사건 사업에 관한 건축물 설계도서 작성 등의 용역을 제공받고 용역대금으로 1,021,440,000원을 지급하기로 하는 내용의 계약을 체결하였다.

3) 이에 원고는 2004. 4. 12. 소외 회사와 사이에 이 사건 용약계약 중 제2조 제10호로 ‘원고와 소외 회사의 합의에 의해 건축설계 및 협력설계 부분에 대한 지원업무를 소외 건축사무소에서 수행하기로 하며 이에 대한 비용은 원고가 부담하지 않기로 한다’라는 내용을 추가하였고, 그로써 이 사건 용역계약에 따른 원고의 용역 범위는 명시적으로 이 사건 사업과 관련한 각종 인 ‧ 허가 업무로 한정된 것으로 보이는데, 당시 이 사건 용역계약상의 용역대금 액수를 조정하지는 아니하였다.

4) 원고의 노력으로 이 사건 사업은 2004. 5. 27. 서울특별시 도시계획심의를, 2004. 7. 9 서울특별시 건축계획심의를, 같은 달 23. 서울특별시 굴토분야심의를 각 통과하였고, 소외 회사는 2004. 7. 27. 서울특별시 마포구청에 설계자를 소외 건축사무소로 하여 사업시행인가신청을 접수하였고, 이에 원고는 소외 회사에 대하여 자신을 설계자 명단에서 제외한 것에 대하여 이의를 제기하였다.

5) 소외 회사는 2004. 7. 28. 원고가 이 사건 용역계약에 따른 업무를 모두 수행하였다고 보아(관할구청인 마포구청의 사업시행인가만을 남겨 둔 상태에서 소외 회사가 원고를 설계자 명단에서 제외하고 사업시행인가를 신청함에 따라 원고가 더 이상 사업시행인가업무를 수행할 수 없었던 것으로 보인다) 원고와 사이에 이 사건 용역대금 994,000,000원(부가가치세를 포함하면 1,093,400,000원이 된다)을 모두 지급하기로 약정하였고, 같은 날 원고에게 위 대금에서 기지급한 계약금 110,000,000원(부가가치세 10,000,000원 포함)을 제외한 983,400,000원( = 1,093,400,000원 - 110,000,000원) 중 873,400,000원은 이 사건 각 약속어음을 발행하는 방법으로 지급하였고, 그 다음날 나머지 110,000,000원( = 983,400,000원 - 873,400,000원)을 지급하였다. 이후 소외 회사는 앞서 본 바와 같이 원고에게 이 사건 각 약속어음금 중 2005. 1. 4. 110,000,000원을, 2005. 4. 12. 220,000,000원을 각 지급하였다.

6) 원고는 2006. 2. 23. 앞서 본 바와 같이 이 사건 각 공정증서에 기하여 소외 회사의 OO개발에 대한 채권 중 소외 회사로부터 지급받지 못한 543,400,000원(=이 사건 각 약속어음금 합계 873,400,000원 - 위 110,000,000원 - 위 220,000,000원, 이 사건 용역계약의 공급가액 494,000,000원과 부가가치세 49,400,000원의 합계임)에 관하여 압류 및 추심명령을 받았고, 이에 소외 회사는 청구이의 소송을 제기하였으나, 앞서 본 바와 같이 제1심 법원은 위 543,400,000원 상당의 약속어음금 채무가 존재한다는 내용으로 원고 일부 승소판결을 선고하였고, 위 판결은 2008. 3. 13. 소외 회사의 상고를 기각하는 이 사건 상고심 판결이 선고됨으로써 그대로 확정되었다.

7) 원고는 2008. 3. 18 위 압류 및 추심명령의 제3 채무자인 OO개발로부터 합의금으로 3억 원을 지급받았고, 이후 수정신고를 통하여 2008년 제1기분 부가가치세를 신고 · 납부하였는데, 2009. 5. 1. 피고에 대하여 위 합의금이 부가가치세의 과세대상에 해당하지 아니 한다고 주장하며 기납부한 세액 상당의 환급을 구하는 경정 청구를 하였고, 그 무렵 피고로부터 위 세 액 상당을 환급받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 3, 5호증, 갑 4호증의 I, 2, 3, 을 2, 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 이 사건 용역의 공급시기 등에 관한 판단

구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제9조 제2항, 제4항은 용역이 공급되는 사기는 역무가 제공되거나 재화 · 시설물 또는 권리가 사용되는 때로 하되, 그 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22043호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제22조는 구 부가가치세법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때로 하되(제1호), 이를 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때로 한다(제3호)고 규정하고 있다. 한편, 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제40조 제1항은 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다고 규정하고 있다.

이 사건에 관하여 보건대, 앞서 본 인정사설 빛 변론 전체의 취지를 종합하여 인정 되는 다음과 같은 사정들, 즉 이 사건 용역계약에서 이 사건 용역대금을 994,000,000원(부가가치세 별도)으로 명시하고 있고, 비록 이 사건 용역계약서상으로는 설계 및 감리 업무가 원고의 용역 범위에 포함되는 것으로 기재되어 있기는 하나 실질적으로 원고는 이 사건 사업과 관련한 각종 인 ‧ 허가 업무만을 담당하기로 한 것으로 보이며, 더욱이 2004. 4. 12. 이 사건 용역계약의 내용은 이 사건 사업과 관련한 각종 인 · 허가 업무에 한정하는 것으로 명시적으로 변경되었고, 그럼에도 이 사건 용역대금에 관한 조정은 없었던 점, 원고는 2004. 5. 27.부터 2004. 7. 23까지 사이에 이 사건 사업과 관련한 서울특별시의 각종 심의를 통과시킴으로써 그 무렵 이 사건 용역계약에 따른 업무를 모두 이행한 것으로 보이고, 소외 회사 역시 이를 전제로 2004. 7. 28. 원고에게 약정된 용역대금 994,000,000원 중 마지급 금원 983,400,000원 가운데 873,400,000원은 이 사건 각 약속어음을 발행하는 방법으로 지급하고, 나머지 110,000,000원은 그 다음날 지급하여 이를 모두 지급한 점 등을 종합해 보면, 이 사건 용역의 공급가액(용역대금)은 이 사건 용역계약 체결 당시 또는 늦어도 계약 내용이 변경된 2004. 4. 12경 확정되었고, 이 사건 용역계약에 따른 역무의 제공 또한 이 사건 각 약속어음금의 지급일인 2004. 7. 28 무렵에 완료되었다고 봄이 상당하므로, 이 사건 용역의 공급시기는 구 부가가치세법 시행령 제22조 제1호에 따라 위와 같이 역무의 제공이 완료된 2004. 7. 28 무렵이라 할 것이고, 이 사건 용역의 공급으로 인한 익금의 귀속사업연도는 구 법인세법 제40조에 따라 그 익금이 확정된 날(2004. 7. 28.)이 속하는 2004 사업 연도라고 할 것이다. 이는 앞서 본 바와 같이 소외 회사가 원고를 상대로 이 사건 용역대금으로 지급한 이 사건 각 약속어음에 기한 강제집행의 당부와 관련하여 청구이의 소송을 제기하여 그 소송에서 이 사건 각 약속어음에 기한 잔존 채무액이 확정되었다 고 하더라도, 이는 이 사건 용역계약에 의하여 받기로 한 대금이 정해진 상태에서 그 용역대금 정산과 관련된 다툼에 불과할 뿐이므로, 그로써 역무제공의 완료시 공급가액 이 확정되지 아니한 경우에 적용되는 구 부가가치세법 시행령 제22조 제3호를 적용할 것은 아니다.

2) 이 사건 각 처분의 부과제척기간 경과 여부에 관한 판단

구 국세기본법(2010. 12. 27. 법률 제10405호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조의2 제1항 제3호에 의하면 국세는 이를 부과할 수 있는 날부터 5년이 경과한 후에는 부과할 수 없고, 같은 법 시행령 제12조의3 제l항 제l호에 의하면 과세표준과 세액을 신고하는 국세의 경우 부과제척기간은 당해 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한의 다음날부터 기산한다고 규정하고 있는바, 이와 같은 국세부과의 제척기간이 경과한 후에 이루어진 부과처분은 무효이다(대법원 2004. 6. 10. 선고 2003두1752 판결 참조)

이 사건에 관하여 보건대, 앞서 본 바와 같이 이 사건 용역의 공급시기는 2004. 7. 28.이라 할 것이므로 이에 관한 부가가치세 확정신고기한은 2005. 1. 25., 법인세 신고 기한은 2005. 3. 31 이고, 각 그 부과제척기간은 위 각 신고기한의 다음날부터 5년이 되는 2010. 1. 25.(부가가치세) 및 2010. 3. 31.(법인세)이므로, 피고가 이 사건 각 처분을 한 2010. 7. 2 당시에 이미 위 각 부과제척기간이 도과하였음은 역수상 명백하다.

따라서 이 사건 각 처분은 부과제척기간이 경과한 후의 것으로서 무효라 할 것이다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용한다.