서울행정법원-2011-구합-11105 (2012.12.07)

사 건

2011구합11105 법인세등부과처분취소

원 고

주식회사 XX

피 고

서대문세무서장 외 1명

변 론 종 결

2012. 11. 23.

판 결 선 고

2012. 12. 7.

주 문

1. 원고에 대하여,

가. 피고 서대문세무서장의 2009. 9. 1.자 2005 내지 2007 사업연도 법인세 부과처분 중 별지 〈법인세부과내역〉의 ‘정당세액’란 기재와 같은 각 본세를 초과하는 부분, 2003 사업 연도 법인세 가산세 부과처분, 2004 내지 2007 사업 연도 법인세 가산세 부과처분 중 별지 〈법인세부과내역〉의 ‘정당세액'란 기재와 같은 각 가산세를 초과하는 부분을,

나. 피고 서울지방국세청장의 2009. 9. 1.자 소득금액변동통지처분 중 2003 사업연도 소득금액변동통지처분과 별지 〈소득금액변동통지내역〉의 2005, 2006 사업연도 '정당소득금액’란 기재 각 금액을 초과하는 부분을 각 취소한다.

2. 원고의 피고 서대문세무서장에 대한 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 원고와 피고 서대문세무서장 사이에 생긴 부분의 3/5은 원고가, 나머지 는 피고 서대문세무서장이 각 부담하고, 원고와 피고 서울지방국세청장 사이에 생긴 부분은 피고 서울지방국세청장이 부담한다.

청구취지

원고에 대하여, 피고 서대문세무서장의 2009. 9. 1.자 2003,2004 사업연도 각 법인세 부과처분을 취소한다는 판결을 구하는 외에는 주문 제1항과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 피고 서울지방국세청장은 2009. 5.경 원고에 대한 법인제세조사를 실시하고, 피고 서대문세무서장에게 ”원고가 노무비 000원 등을 가공계상하였다”는 등의 과세자료를 통보하였으며, 2009. 9. 1. 원고에 대하여 별지 〈소득금액변동통지내역〉의 '통지소득금액'란 기재와 같이 소득금액변동통지처분을 하였다(이하 '이 사건 소득금액 변동통지처분‘이라 한다. 이 사건 소득금액변동통지처분 중 노무비 과다계상분에 대한 소득금액변동통지 내역은 아래 〈표1> 기재와 같고, 상여처분내역 중 잡수익항목의 상세처리내역은 아래 〈표2> 기재와 같다). 피고 서대문세무서장은 같은 날 원고에 대하여 위 과세자료에 따라 별지 〈법인세부과내역〉 중 '부과고지세액'란 기재와 같이 법인 세(가산세 포함)를 부과 • 고지하였다.

〈표1> 상여처분내역

(아래 <표1> 생략)

〈표2> 2005, 2006 사업연도 잡수익 항목 상세처리내역

(아래 <표2> 생략)

나. 원고는 2009. 11. 27. 이 사건 소득금액변동통지처분 및 위 법인세 부과처분의 취소를 구하는 심판청구를 제기하였으나, 2011. 1. 8. 조세심판원으로부터 ”추가로 손금산입을 구하는 2004 내지 2007 사업연도 부외인건비에 대하여 지급여부 및 타 비용과의 중복계상 여부 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 청구를 기각한다”는 결정을 받았다.

다. 이에 피고 서울지방국세청장은 부외인건비에 대하여 재조사 후 2011. 2. 22. 원고에 대하여 “2006 사업 연도 인건비 000원, 2007 사업 연도 인건비 000원이 추가로 확인되므로, 2006 사업연도 법인세 000원 및 2007 사업연도 법인세 000원을 감액경정한다”고 고지하였다(당초 법인세 부과처분에서 감액경정된 법인세 부과처분을 이하 '이 사건 법인세 부과처분'이라 하고, 이 사건 소득금액변동통지 처분과 통틀어 ’이 사건 각 처분'이라 한다).

[인정근거] 갑 제1 내지 4호증, 을 제1, 4, 5호증(가지번호 포함)의 각 기재

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 2003 사업연도 법인세 신고시 가공노무비를 손금에 산입하였으나, 이는 단순한 허위신고에 불과하므로, 2003 사업연도 법인세 부과처분 및 소득금액변동통지처분은 5년의 부과제척기간을 도과하였다. 설령 ‘사기 기타 부정한 행위에 해당하더라도 이를 인정상여처분에 따라 부과될 종합소득세를 포탈하기 위한 ‘사기 기타 부정한 행위’로 볼 수 없으므로, 2003 사업연도 소득금액변동통지처분은 5년의 부과제척기간을 도과하였다.

(2) 원고는 대형건설사로부터 아래 〈표3> 기재와 같이 조경공사 등을 하도급받아 식재공사 등을 직접 수행하고, 그 중 시설물 공사 등을 OO조경과 공동으로 사업을 수행하였다. 그런데 아래 〈표3> 중 ‘구분'란 ① 기재와 같이 2004 사업연도에 종료된 공사와 관련하여 OO조경에 지급하여야 할 금액은 000원이나, OO조경으로 부터 세금계산서를 교부받은 000원만을 2004 사업연도 손금에 산입하였으므로, 차액 000원(= 000원 - 000원)을 추가로 2004 사업 연도 손금에 산입하여야 한다. 또한 아래 〈표3> 중 ’구분’란 ②, ③ 기재 공사는 작업진행률 을 기준으로 하여 해당 사업연도 수익을 계상하였음에도, OO조경에 지급하여야 할 공사대금은 실제 지급한 시기에 따라 해당 사업연도 비용으로 계상하였는바, 수익과 비용의 대응을 위하여 당해 공사대금을 작업진행율에 따라 비용으로 계상하면 동 ‘구분’란 ② 기재 공사는 000원, 아래 〈표3> 중 ‘구분'란 ③ 기재 공사는 000원을 추가로 2004 사업연도 손금에 산입하여야 한다.

〈표3> 하도급공사내역

(아래 <표3> 생략)

(3) 김DD은 2005, 2006 사업연도에 원고에게 수목을 매도하고 그 매출액에 대한 소득세를 신고납부하였다. 이와 같이 김DD의 수목매출액을 유효한 것으로 보면서도, 아무런 근거 없이 김DD과의 수목매매가 가공거래라는 이유로 원고의 수목매입대금을 손금불산입한 것은 근거과세원칙에 위반된다.

(4) 공사인력확보를 위하여 일용근로자들로부터 소득세를 원천징수하지 않고 지급한 노임을 장부에 계상하지 못하였고, 소득세 부담을 줄여주기 위하여 원고의 정규직 직원들에게 실제로 지급한 소득금액보다 감소된 소득금액을 지급한 것으로 장부에 계상하는 등 실제로 지출하였음에도 장부상 반영하지 못한 2006 사업연도 인건비 000원, 2007 사업연도 인건비 000원을 추가로 손금에 산입하여야 한다.

(5) (주위적으로) 조세심판원의 재조사결정에 따라 추가로 손금산입된 인건비에 대하여 법인세 신고 및 납부의무를 해태하지 않았으므로, 당초의 법인세 부과처분에서 동 인건비에 대한 법인세 신고불성실 및 납부불성실 가산세를 감액하여야 하는데도, 이를 감액하지 않은 위법이 있다. 또한, (예비적으로) 가산세의 종류와 산출근거 등을 밝히지 않고 합계액만을 납세고지서에 기재한 2003 내지 2007 사업연도 각 법인세 가산세 부과처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

(1) 부과제척기간에 관하여

(가) 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의 ’사기 기타 부정한 행위l는 조세범처벌법 제9조의 ’사기 기타 부정한 행위'와 동일한 의미로 해석할 수 있는바, 조세범처벌법 제9조에서 말하는 '사기 기타 부정한 행위’라 함은 조세포탈의 의도를 가지고, 그 수단으로서 조세의 부과징수를 불능 또는 현저하게 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위가 있음을 의미하는 것이고, 이러한 행위가 수반됨이 없이 단순히 세법상의 신고를 하지 아니하거나 과세표준을 과소신고하여 이에 대한 조세를 납부하지 아니한 사실은 부정행위에 해당하지 아니한다(대법원 2005. 3. 25. 선고 2005도370 판결 등 참조). 법인세법의 규정에 따라 법인의 대표자에 대한 인정상여로 소득처분되는) 금액은 당해 법인이 소득금액변동통지서를 받은 날에 그 소득금액을 지급한 것으로 보게 되나 이는 그 소득금액을 현실적으로 대표자에게 지급하는 것을 의미하는 것이 아니라 법으로 의제하는 것에 불과하므로, 위와 같은 소득금액변동통지서를 받은 법인의 원천 징수의무가 성립하려면 그 성립시기인 위 소득금액변동통지서를 받은 때에 소득금액을 지급받은 것으로 보아야 할 원천납세의무자의 소득세 납세의무가 성립되어 있어야 하며, 원천납세의무자의 소득세 납세의무가 그 소득세에 대한 부과제척기간의 도과 등으로 이미 소멸하였다면 법인의 원천징수의무도 성립할 수 없으므로, 그 후에 이루어진 소득금액변동통지는 위법하다(대법원 2010. 4. 29. 선고 2007두11382 판결 등 참조).

(나) 2003 사업연도 법인세 부과처분

갑 제5호증, 을 제7호증(가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고의 사무실 컴퓨터에 보관 중인 전산장부에 000원을 지출한 것으로 기재되어 있는 사실, 원고는 결산서상 노무비를 000원으로 계상하여 2003 사업연도 귀속 법인세를 신고한 사실을 인정할 수 있다. 이러한 인정사실에 의하면 원고는 이중장부를 작성하여 법인세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적인 행위를 하였다고 봄이 상당하므로, 국세기본법(2006. 12. 30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제1항 제1호에 따라 10년의 제척기간이 적용된다. 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.

(다) 2003 사업연도 소득금액변동통지처분

사외유출된 소득에 대한 귀속자가 밝혀지지 아니함에 따라 대표자에 대하여 인정상여처분을 받을 것까지 예상하여 원고의 대표이사가 가공노무비를 계상한 것으로 보기는 어려우므로, 인정상여처분에 따른 종합소득세에 대한 부과제척기간은 5년으로 봄이 상당한바, 원고의 대표이사의 2003년 귀속 종합소득세는 그 신고기한 다음날인 2004. 6. 1.부터 5년 후인 2009. 5. 31. 부과제척기간이 도과되었고, 2003년 사업연도 소득금액변동통지처분은 2009. 9. 1.에야 비로소 이루어졌으므로, 2003년 사업연도 소득금액변동통지처분은 위법하다. 따라서 원고의 위 주장은 이유 있다.

(2) 손금귀속시기 에 관하여

(가) 대국법인의 각 사업연도의 손금의 귀속사업연도는 그 손금이 확정된 날이 속하는 날이 속하는 사업연도로 한다(법인세법 제40조 제1항). 그리고 건설로 인한 손금의 귀속사업연도는 건설을 완료한 날이 속하는 사업연도로 하되, 계약기간(건설 착수 일부터 건설완료일까지의 기간을 말한다. 이하 같다)이 1년 이상인 건설의 경우 건설 착수일이 속하는 사업연도부터 건설완료일이 속하는 사업연도까지의 각 사업연도의 손금은 작업진행률을 기준으로 하여 계산한 비용을 해당 사업연도의 손금에 산입하고, 계약기간이 1년 미만인 건설의 경우에도 같은 방식으로 해당 사업연도의 손익을 계산 할 수 있다. 나아가 법인이 비치•기장한 장부가 없거나 비치•기장한 장부의 내용이 충분하지 아니하여 당해 사업연도 종료일까지 실제로 소요된 총공사비누적액을 확인할 수 없어 작업진행률을 계산할 수 없는 경우에는 공사완료일이 속하는 사업연도의 손금에 산입한다[동 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20720로 개정되기 전의 것) 제69조 제1항, 제2항, 동 시행규칙(2007. 3. 30. 재정경제부령 제547호로 개정되기 전의 것, 2003 대지 2006 사업연도 법인세) 제34조 제3항, 동 시행규칙(2008. 3. 31. 기획경제부령 제10호로 개정되기 전의 것, 2007 사업연도 법인세) 제34조 제4항].

(나) 이 사건으로 돌아와 보건대, 갑 제6 내지 27호증, 제35 내지 47호증(가지번호)의 각 기재, 갑 제28 내지 34호증(가지번호 포함)의 각 영상, 증인 김EE, 김FF의 각 증언만으로는 〈표3>의 '구분'란 ① 기재 공사에 관하여 OO조경의 시설물공사 등이 2004년에 종료되었음을 인정하기 부족하고,<표3>의 '구분'란 ②, ③ 기재 공사에 관하여 OO조경의 시설물공사 등의 작업진행률을 계산할 수 없으므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

(3) 수목매입액의 손금산입에 관하여

(가) 법인세과세처분 취소소송에 있어서의 과세근거로 되는 과세표준의 입증책임은 과세관청에 있는 것이고, 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 입증책임은 과세관청에 있다 할 것이나, 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것이고 그 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배 하는 영역 안에 있는 것이어서 그가 입증하는 것이 손쉽다는 점을 감안해 보면, 납세 의무자가 입증활동을 하지 않고 있는 필요경비에 대해서는 부존재의 추정을 용인하여 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에도 부합된다(대법원 2004. 9. 23. 선고 2002두1588 판결 참조). 그리고 납세의무자에게 입증의 필요성이 있는 경우란 과세관청에 의하여 납세의무자가 신고한 어느 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 입증된 경우 등을 가리키는 것으로, 그에 관한 입증이 전혀 없는 경우에까지 납세의무자에게 곧바로 손비에 대한 입증의 필요를 돌릴 수는 없다(대법원 1999. 1. 15. 선고 97누15463 판결 참조).

(나) 이 사건으로 돌아와 보건대, 갑 제24, 25호증, 을 제10호증(가지번호 포함)의 각 기재, 증인 김FF의 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면, 김DD은 2005, 2006년도에 원고에게만 수목을 판매한 사실, 김DD은 복식부기의무자임에도 2005, 2008, 2009년도 귀속 종합소득세 신고시 기장 없이 신고하여 무기장가산세를 부담한 사실,

원고는 세금계산서, 거래처벌계정원장 외에는 수목거래 증빙을 제출하지 못하고 있는 사실을 인정할 수 있다.

그러나 위 인정사실만으로 원고가 신고한 2005, 2006 사업연도 수목매입액이 허위임이 상당한 정도로 입증되었다고 보기 어렵다. 오히려 위 각 증거 및 갑 제48, 156, 157호증(가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 2005, 2006년도 조경식재 관련 시공능력에 관하여 전국 2,000여개의 조경업체 중 상위 1%에 해당할 정도로 시공물량이 많았던 사실, 김DD은 2005, 2006년도 종합소득세를 신고 하고, 2007, 2008년 원고 이외 다른 업체에 수목을 판매한 소득에 관하여 해당 년도 종합소득세를 신고한 사실, 피고 서울지방국세청장은 “김DD의 2005 내지 2007년도 세무신고내용이 불성실하다”는 이유로 김DD에 대한 개인제세 통합조사를 실시하고 도, 해당 년도 종합소득세 신고내역을 문제삼지 않은 사실을 인정할 수 있는바, 이러한 인정사실에 의하면 피고 서울지방국세청장은 김DD에 대하여는 원고와의 수목거래를 가공거래로 보지 아니하면서 원고에 대하여만 가공거래라고 주장하여 모순된 주장만 하고 있을 뿐이다.

(다) 따라서 2005, 2006 사업연도 법인세 부과처분 및 소득금액변동통지처분은 위법하므로, 원고의 위 주장은 이유 있다.

(4) 부외인건비에 관하여

갑 제26, 49, 50호증(가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 원고는 2006 사업연도 노무비로 000원을, 2007 사업연도 노무비로 000원을 각 지급한 점, 2006 사업연도 근로소득지급 조서 금액이 000원, 2007 사업연도 근로소득지급조서 금액이 000원인 점, 피고 서울지방국세청장은 조세심판원의 재조사결정에 따라 인적사항이 확인되고 노무비를 인터넷뱅킹으로 계좌이체한 경우에 노무비 지출을 인정한 점, 그러나 인적사항이 확인되고 노무비를 인테넷뱅킹으로 계좌이체한 경우에도 노무비 지출이 인정되지 않은 경우가 있는 점, 원고의 계좌에서 현금 인출 후 일용노무자의 계좌로 송금된 경우나 주민등록번호 등 인적 사항이 확인되지 않는 일용노무자에게 계좌로 송금한 경우에도 노무비계산명세서, 입금확인증, 지출결의서 등의 각 기재 내용에 비추어 노무비를 지급한 것으로 보이는 점 등을 고려할 때, 아래 〈표4>, <표5> 중 ‘지급금액'란 기재 부 외인건비를 모두 지급한 것으로 볼 수 있으므로, 원고의 위 주장은 이유 있다.

〈표4> 2006 사업연도 부외인건비 내역

(아래 <표4> 생략)

〈표5> 2007년 부외인건비 내역

(아래 <표5> 생략)

(5) 가산세에 관하여

(가) 가산세 산정(주위적 주장)에 관하여 보건대, 을 제5호증의 기재에 의하면, 피고 서대문세무서장은 조세심판원의 재조사결정에 따라 추가로 인건비를 손금산입하여 이 사건 법인세 부과처분을 하면서 동 인건비에 대한 법인세 신고불성실 및 납부불성실 가산세를 감액하지 아니한 사실을 인정할 수 있다.

(나) 가산세 부과고지의 하자(예비적 주장)에 관하여 보건대, 하나의 납세고지서에 의하여 본세와 가산세를 함께 부과할 때에는 납세고지서에 본세와 가산세 각각의 세액과 산출근거 등을 구분하여 기재해야 하는 것이고, 또 여러 종류의 가산세를 함께 부과하는 경우에는 그 가산세 상호 간에도 종류별로 세액과 산출근거 등을 구분하여 기재함으로써 납세의무자가 납세고지서 자체로 각 과세처분의 내용을 알 수 있도록 하는 것이 당연한 원칙이므로, 가산세 부과처분이라고 하여 그 종류와 세액의 산출근거 등을 전혀 밝히지 않고 가산세의 합계액만을 기재한 경우에는 그 부과처분은 위법함을 면할 수 없다(대법원 2012. 10. 18. 선고 2010두12347 전원합의체 판결 참조). 한편 납세고지에 관계 법령에서 요구하는 기재사항을 누락한 하자가 있더라도 과세관청이 과세처분에 앞서 납세의무자에게 보낸 과세예고통지서 등에 납세고지서의 필요적 기재사항이 이미 모두 기재되어 있어 납세의무자가 그 처분에 대한 불복 여부의 결정 및 불복신청에 전혀 지장을 받지 않은 것이 명백하다면, 이로써 납세고지의 하자는 보완되거나 치유될 수 있다(대법원 2001. 3. 27. 선고 99두8039 판결 참조).

이 사건으로 돌아와 보건대, 갑 제2호증, 을 제1호증의 1의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 피고 서대문세무서장이 원고에게 가산세를 부과하는 납세고지서에 아래 〈표6> 기재와 같은 각 가산세가 종류별로 구분되지 아니한 채 그 합계액이 본세액과 별도로 기재되어 있을 뿐이고, 위 각 가산세의 산출근거도 기재되어 있지 않은 사실을 인정할 수 있다. 이러한 인정사실에 의하면, 위 각 가산세 부과처분은 위법하고, 그 하자가 보완되었거나 치유되었다고 볼 수도 없다.

〈표6> 가산세의 종류

(아래 <표6> 생략))

(다) 따라서 원고의 위 주장은 이유 있다.

(6) 취소의 범위

(가) 이 사건 법인세 부과처분; 2005 사업연도 수목매입대금, 2006 사업연도 수목매입대금, 2006 사업연도 부외인건비 000원, 2007 사업연도 부외인건비 000원은 손금에 산입되어야 하는데도, 피고 서대문세무서장은 손금에 산입하지 아니하고 이 사건 법인세 부과처분을 한 위법이 있다. 이를 모두 반영하여 정당한 세액을 산출하면, 별지 <2005, 2006, 2007 사업연도 정당한 세액의 계산〉 기재와 같다.

따라서 2005 내지 2007 사업 연도 법인세 부과처분 중 별지 〈법인세부과내역〉의 ‘정당세액’란 기재 각 본세를 초과하는 부분이 취소되어야 한다.

(나) 이 사건 법인세 가산세 부과처분; 2003 사업연도 법인세 가산세 부과처분은 전부 취소되어야 하고, 2004 내지 2007 사업연도 각 법인세 가산세는 원고의 주장에 따라 별지 〈법인세부과내역〉의 ’정당세액'란 기재 각 가산세를 초과하는 부분이 취소되어야한다.

(다) 이 사건 소득금액통지처분; 2003 사업연도 소득금액변동통지처분은 부과제척기간 만료로 전부 취소되어야 한다. 또한 2005, 2006 사업연도 수목매입대금을 익금에 가산하여 상여처분한 2005, 2006 사업연도 소득금액변동통지처분은 위법하므로, 별지 〈소득금액변동통지내역〉의 ’정당소득금액'란 기재 각 금액을 초과하는 부분이 취소 되어야 한다.

3. 결론

그렇다면 원고의 피고 서울지방국세청에 대한 청구는 전부, 피고 서대문세무서장에 대한 청구는 위 인정범위 내에서 각 이유 있으므로 이를 인용하고, 피고 서대문세무서장에 대한 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.