서울행정법원-2012-구합-32949 (2013.05.03)

사 건

2012구합32949 법인세부과처분취소

원 고

AAAA증권 주식회사

피 고

영등포세무서장

변 론 종 결

2013. 4. 5.

판 결 선 고

2013. 5. 3.

주 문

1. 피고가 2010. 4. 2. 원고에 대하여 한 2008 사업연도 법인세 0000원(가산세 포함)，2009 사업연도 법인세 0000원(가산세 포함)의 각 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청구취지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 금융투자업 및 관련 부수업무를 영위하는 내국법인인 원고는 ① 2007. 7. 23. ㅇㅇㅇ 주식회사(이하 ’BBBB‘라 한다)에 차세대 시스템구축 및 CCCC 개발 용역을 위탁하되，계약기간 2007. 7. 23.부터 2009. 2. 28.까지，OPEN일자 2009. 1. 28.， 용역비 각0000원 및 0000000원(각 부가가치세 별도)으로 하는 계약을 체결하고，② 2009. 1. 23. 계약기간， OPEN일자， 용역비 지급일정 등을 변경하는 계약을 체결하고，③ 2009. 1. 24. 추가 용역비를 지급하기로 하는 계약을 체결하였다. 위 계약에 첨부된 ‘프로젝트작업명세서’의 주요내용은 아래 〈표1> 기재와 같다.

( <표1> 위탁용역 내용 생략 )

나. 원고는 BBBB에 용역비로 지급한 2008 사업연도 000원， 2009 사업연도 000원을 세액공제대상으로 신청하였다. 이에 대하여 피고는 2010. 4. 2. 원고에 대하여 “용역비 중 제3자가 수행한 용역에 관한 비용 000원(2008 사업연도 0000원， 2009 사업연도 0000원)은 세액공제대상이 아니다” 는 이유로， 2008 사업연도 법인세 00000원(가산세 포함)， 2009 사업연도 법인세 000원(가산세 포함)을 경정 · 고지하였다.

다. 원고는 2010. 7. 5. 심판청구를 제기하였는데， 2012. 6. 28. 조세심판원으로부터 세액공제대상에서 제외된 용역비 중 연구기관 또는 전담부서를 보유한 재수탁업체에 지급된 용역비를 세액공제대상으로 하여 해당 사업연도 세액을 경정하고，나머지 심판 청구를 기각한다”는 결정을 받았다. 재수탁업체에 지급된 용역비 내역은 아래 〈표2> 기재와 같다.

( <표2> 재위탁 용역비 내역 생략 )

라. 피고는 2012. 7. 1. 당초 법인세 부과처분을 감액하고，원고에 대하여 2008 사업 연도 법인세 환급금 0000원， 2009 사업 연도 법인세 환급금 0000원을 통지하였다(당초 법인세 부과처분 중 감액되고 남은 부분을 이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 갑 제1 내지 10호증， 을 제l 내지 4호증(가지번호 포함)의 각 기재，변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

(1) 원고

(가) 연구개발 전담부서를 보유한 기업에 연구개발용역을 위탁하였다면，재위탁 및 재수탁업체의 전담부서 보유 여부를 불문하고， 위탁에 따른 비용은 세액공제대상이다.

(나) (세액공제대상이 아니라 하더라도) 기존의 국세청 예규 및 조세심판원 선결례를 믿고 전담부서 없는 재수탁업체에 지급된 용역비에 관한 세액공제 신청을 한 것이므로，의무해태를 탓할 없는 정당한 사유가 있다 할 것이니，가산세 부과처분은 위법하다.

(2) 피고

(가) 연구개발용역을 위탁함에 따른 비용이 연구개발활동에 사용된 것인지 밝혀 지지 않았다.

(나) (연구개발활동에 사용되었다고 하더라도) 재위탁한 연구개발용역에 관한 비용은 세액공제대상이 아니다.

(다) (재위탁한 연구개발용역에 관한 비용이 세액공제대상이라 하더라도) 전담부서를 보유하지 않은 재수탁업체에 지급된 비용은 세액공제대상이 아니다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

(1) 쟁점 및 증명책임에 관하여

조세특례제한법(2008 사업연도 법인세는 2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정 되기 전의 것， 2009 사업연도 법인세는 2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것) 제10조 제l항 제2호 나목，동 시행령(2008 사업연도 법인세는 2008. 10. 7. 대통령 령 제21064호로 개정되기 전의 것， 2009 사업연도 법인세는 2010. 2. 18. 대통령령 제 22037호로 개정되기 전의 것) 제9조 제3항 [별표 6] 제1호 나목 ①，행에 의하면， 중소기업이 아닌 내국법인이 국내외 기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 전담부서에 연구개발용역 등을 위탁함에 따른 비용은 법인세 공제대상에 해당한다. 이와 관련하여 원 · 피고가 다투는 ① 원고가 위탁한 용역이 연구개발용역 에 해당하는지，② (연구개발용역에 해당한다면) 수탁업체가 직접 연구개발용역을 수행 하여야 하는지，③ (재위탁에 따른 용역비가 공제대상에 해당한다면) 재수탁업체가 연 구기관 또는 전담부서를 보유해야 하는지“가 문제로 된다. 나아가 과세처분 취소소송 에서 공제요건에 대한 증명책임은 원칙적으로 납세의무자에게 있다(대법원 2009. 7. 9. 선고 2007두4049 판결 참조).

(2) 연구개발용역 해당성에 관하여

조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것) 제9조 제5항에 의하면， 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동인바， 원고가 위탁 한 용역은 대형 투자은행 실현，핵심 영업 및 서비스 경쟁력 제고1 정보통신기술 운영의 최적화와 효율화를 달성하기 위한 체계적이고 종합적인 시스템을 구축함으로써 기술적 진전을 이루기 위한 활동인 점，국세청은 “금융보험업을 영위하는 내국법인이 전담부서를 보유한 업체에 위탁한 전산시스템 개발용역은 연구개발용역에 해당한다”고 해석한 점(2010. 7. 14. 법인세과-하5)， 조세심판원은 연구개발용역임을 전제로 전담부서를 보유한 재수탁업체에 지급된 용역비를 세액공제대상으로 인정한 점，피고는 연구 개발용역임을 전제로 재수탁업체에 지급된 용역비를 세액공제대상에서 배제하여 당초 법인세 부과처분을 한 점 등을 고려할 때， 원고가 위탁한 용역은 연구개발용역에 해당한다.

(3) 재위탁의 공제대상 해당성에 관하여

2012. 2. 2. 대통령령 제23590호로 개정된 조세특례제한법 시행령 [별표 6] 제1호 나목은 ’국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에 연구개발용역 등을 재위탁함에 따른 비용을 세액공제대상에 포함한다”고 규정하고 있고，동 규정은 2012. 1. 1. 이후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용되므로， 동 규정이 적용되기 전 연구개발용역 등을 재위탁함에 따른 비용은 세액공제대상이 아니라고 볼 여지가 있기는 하다. 그러나 ① 조세특례제한법(2008 사업연도 법인세는 2008. 12. 26. 법률 제 9272호로 개정되기 전의 것， 2009 사업연도 법인세는 2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것) 제10조 제l항의 입법취지는 연구개발비 투자에 대해 납세의무자에게 보다 많은 세액공제 혜택을 줌으로써 연구개발을 촉진하려는 데 있는 점(대법원 2002. 1. 22. 선고 2000두3115 판결 참조)，② 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세 요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대 로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는 바(대법원 2004. 5. 27. 선고 2002두6781 판결 참조)，조세특례제한법 시행령(2008 사업연도 법인세는 2008. 10. 7. 대통령령 제21064호로 개정되기 전의 것， 2009 사업연도 법인세는 2010. 2. 18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것) 제9조 제3항 [별표 6] 제1호 나목에 “재위탁에 따른 비용은 세액공제대상에서 제외한다”는 규정이 없는 점，③ 수탁자가 자신의 책임하에 한 재위탁에 대하여 세액공제를 배제하는 것은 위탁자로 하여금 자신이 하지 않은 경제적 결정에 대하여 책임을 지게 함으로써 자기책임 의 원칙에 반하는 점，④ 재위탁에 따른 비용을 세액공제대상에서 배제하는 것은 위탁자에게 일일이 그 비용지출을 확인하여 세액공제대상에서 차감할 의무를 부과하는 것으로， 납세자로 하여금 법령에도 없는 의무를 부담하게 하는 점，⑤ 대규모 전산개발용 역은 융합기술개발로서 단일 기업의 인력 및 기술에 의존하여 수행하는 것이 불가능하

므로 다른 기업에 전산개발용역 일부를 위탁하는 것이 불가피한 점，⑥ 조세심판원은 전담부서를 보유한 재수탁업체에 지급된 용역비를 세액공제대상으로 인정한 점，(1) 2012. 2. 2. 대통령령 제23590호로 개정된 조세특례제한법 시행령 [별표 6] 제1호 나목 은 확인적으로 규정한 것으로 해석할 수 있는 점(2013. 2. 15. 대통령령 제24368호로 개정된 조세특례제한법 시행령 [별표 6] 제l호 나목에서는 재위탁업체도 연구기관 또 는 전담부서의 보유요건을 충족해야 세액공제대상임을 규정하였다는 점에서도 그 이전 에는 재위탁을 위탁과 동일하게 취급하였음을 알 수 있다) 등을 고려할 때， 연구개발용 역을 재위탁함에 따른 비용도 세액공제대상에 해당한다고 봄이 타당하다.

(4) 연구기관 또는 전담부서 보유의 세액공제요건 해당성에 관하여

① 국세청은 II은행업을 영위하는 법인으로부터 전산시스템개발용역을 위탁받은 업체의 비전담부서 소속직원이 수행한 개발용역에 관한 비용은 세액공제대상이다“고 해석한 점(2008. 4. 17. 서면한터넷방문상담2팀-724)， ② 수탁업체가 비전담부서에서 위탁용역을 수행한 경우와 연구개발용역의 효율성을 제고하기 위하여 전담부서 없는 재수탁업체로 하여금 위탁용역을 수행한 경우를 달리 취급할 합리적 이유가 없는 점，③ 재수탁업체의 전담부서 보유 여부에 따라 세액공제를 달러한다면. 위탁자에게 재수탁업체의 전담부서 보유를 일일이 확인하여 세액공제대상에서 차감할 의무를 부과함으로써 납세자로 하여금 법령에도 없는 의무를 부담하게 하는 점，④ 2013. 2. 15. 대통령령 제24368호로 개정된 조세특례제한법 시행령 [별표 6] 제1호 나목은 2013. 1. 1. 이후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 재수탁업체의 비전담부서에서 수행한 연구 개발용역에 관한 비용을 세액공제대상에서 배제한 점 등을 고려할 때，이 사건 처분 당시 시행되던 조세특례제한법령상 재수탁업체의 연구기관 또는 전담부서 보유는 세액공제요건이 아니다.

(5) 소결

따라서 원고가 연구개발용역을 위탁함에 따른 비용은 재위탁 및 재수탁업체의 전담부서 보유 여부를 불문하고 세액공제대상이므로， 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여， 주문과 같이 판결 한다.