대법원-2011-두-22143 (2013.12.26)

사 건

2011두22143 양도소득세부과처분취소

원고, 상고인 겸 피상고인

김AA

피고, 피상고인 겸 상고인

○○세무서장

원 심 판 결

부산고등법원 2011. 8. 17. 선고 2009누5770 판결

판 결 선 고

2013. 12. 26.

주 문

원심판결을 파기하고, 사건을 부산고등법원에 환송한다.

이 유

상고이유에 대하여 판단한다.

1. 피고의 상고이유에 관하여

기록에 의하면, 피고는 이 사건 상고 후인 2011. 10. 5. 원고에 대한 이 사건 양도소득세 부과처분 중 OOOO원을 초과하는 부분을 직권으로 취소하는 내용의 경정결정을 한 사실을 알 수 있으므로, 이 부분에 관한 원고의 이 사건 소는 이미 그 효력이 소멸한 처분의 취소를 구하는 것으로서 부적법하게 되었다.

2. 원고의 상고이유에 관하여

가. 소득세법(2007. 12. 31. 법률 제8825호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제96조 제2항은 토지 또는 건물을 2006. 12. 31.까지 양도하는 경우에 그 양도소득세액 계산의 기초가 되는 자산의 양도가액을 산정하는 방법과 관련하여 원칙적으로 당해 자산의 양도 당시의 기준시가에 의하되, '허위계약서의 작성, 주민등록의 허위이전 등 부정한 방법으로 부동산을 취득 또는 양도하는 경우로서 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 경우'(제5호)와 '양도자가 양도 당시 및 취득 당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 확정신고기한까지 납세지 관할 세무서장에게 신고하는 경우'(제6호) 등에 있어서는 당 해 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 사이에 실제로 거래한 가액, 즉 실지거래가액 에 의하도록 규정하고 있다.

그리고 소득세법 제114조 제6항은 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 하여 양도소득세과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 당해 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할 세무서장 등이 실지거래가액을 확인한 때에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득세과세표준과 세액을 경정하도록 규정하고 있다.

나. 원심은, ① 원고의 부(父) 김BB가 2006. 7. 13. OO시 OO면 OO리 1259-3 대 719㎡(이하 '이 사건 제1토지'라 한다)와 같은 리 1265 대 777㎡ 및 그 지상 주택(이하 '이 사건 제2토지 및 주택'이라 한다)을 주식회사 CC주택에 대금 OOOO원에 일괄하여 매도한 사실, ② 위 매매 당시 김BB는 이 사건 제1토지와 이 사건 제2토지 및 주택을 대금 OOOO원에 함께 매도하는 내용의 매매계약서 외에 이 사건 제1토지를 대금 OOOO원에 매도하는 내용의 매매계약서, 이 사건 제2토지 및 주택을 대금 OOOO원에 매도하는 내용의 매매계약서를 따로 작성한 사실, ③ 김BB는 2006. 8. 31. 위 매매와 관련하여 위와 같이 따로 작성한 매매계약서를 증빙서류로 제출하면서 이 사건 제1토지의 양도가액은 실지거래가액인 매매대금 OOOO원이고, 이 사건 제2토지 및 주택은 1세대 1주택으로서 비과세 대상이라는 내용으로 양도소득세과세표준 예정신고를 하고 이에 따라 산출한 세액 OOOO원을 자진납부한 사실, ④ 그 후 김BB가 2007. 5. 7. 사망하여 원고 등 3인이 그 상속인이 된 사실, ⑤ 피고는 김BB의 예정신고 내용과 달리 총 매매대금 OOOO원을 감정평가액에 비례 · 안분하여 이 사건 제1토지의 실지거래가액은 OOOO원, 이 사건 제2토지 및 주택의 실지거래가액은 OOOO원이라고 파악하고, 또한 이 사건 제2토지 및 주택은 고가주택으로서 양도소득세 비과세 대상이 아니라고 보아, 2007. 12. 1. 원고에게 위 실지거래가액을 각 부동산의 양도가액으로 하여 산정한 결과에 따라 원고가 추가 납부할 양도소득세를 OOOO원으로 경정고지하는 내용의 이 사건 처분을 한 사실을 인정하였다. 이어서 원심은, 위와 같은 사실관계에 의하면 이 사건 제1토지의 경우 소득세법 제96조 제2항 제5호, 제6호, 제114조 제6항 등에 따라 실지거래가액으로 양도가액을 산정하여야 한다고 전제하고, 그 판시와 같은 계산을 거쳐 원고가 추가 납부하여야 할 정당한 2006년도 귀속 양도소득세액은 OOOO원이라고 판단하였다. 그러나 위와 같은 원심의 판단은 다음과 같은 이유에서 그대로 수긍하기 어렵다.

(1) 소득세법 제96조 제2항 제5호의 문언과 내용, 그리고 위 규정이 2006. 12. 31.까지의 부동산 양도에 관하여는 원칙적으로 기준시가에 의하여 그 양도가액을 산정하도록 한 것에 대한 예외라는 점 등에 비추어 볼 때, 부동산의 취득 또는 양도 그 자체와 관련된 것이 아니라 양도자가 양도소득세과세표준 예정선고를 하며 그 실지거래가액에 관하여 사실과 다른 내용의 계약서를 증빙서류로 제출한 것에 불과한 때에는 위 규정의 '허위계약서의 작성 등 부정한 방법으로 부동산을 취득 또는 양도하는 경우'에 해당한다고 할 수 없다(대법원 2000. 6. 27. 선고 98두16088 판결 등 참조).

그리고 소득세법 제96조 제2항 제6호에서 2006. 12. 31.까지의 부동산 양도에 관한 기준시가 과세원칙의 예외로 양도자가 실지거래가액을 신고하는 경우를 들면서 그 신고의 종기를 예정신고기한이 아니라 확정신고기한까지로 규정하고 있는 점, 양도자가 양도소득세과세표준 예정신고를 한 후 그와 다른 내용으로 확정신고를 한 경우에는 그 예정신고의 효력이 소멸되는 점, 이에 따라 소득세법 제114조 제6항의 '실지거래가액에 의하여 양도소득세과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우'라 함은 양도소득과세표준 확정신고기한까지 실지거래가액에 의한 예정신고 또는 확정신고의 효력이 유지되고 있는 경우를 의미한다는 점 등에 비추어 볼 때, 양도자가 실지거래가액에 의하여 양도소득과세표준 예정신고를 한 후 확정신고기한 내에 기준시가에 의하여 양도소득과세표준 확정신고를 한 경우에는 소득세법 제96조 제2항 제6호 또는 제114조 제6항이 적용된다고 할 수 없고, 따라서 당초 예정신고한 가액이 사실과 달라 관할세무서장 등 이 실지거래가액을 확인하였다고 하더라도 그 확인된 실지거래가액에 의하여 양도소득과세표준과 세액을 경정할 수는 없다(대법원 2010. 4. 29. 선고 2009두5237 판결 등 참조).

(2) 원심판결 이유에 의하더라도, 김BB는 양도소득세과세표준 예정신고를 하면서 실지거래가액 신고에 관한 증빙서류로서 이 사건 제1토지에 관하여 따로 작성된 매매계약서를 제출한 것일 뿐 부동산의 취득 또는 양도 그 자체와 관련하여 위 매매계약서를 작성하거나 기타 부정한 방법을 사용하였다고는 보이지 아니하고, 한편 김BB가 이 사건 제1토지의 실지거래가액을 OOOO원이라고 하면서 양도소득세과세표준 예정신고를 한 후 그 상속인인 원고가 김BB의 사망일로부터 6개월이 경과하기 전인 2007. 11. 6. 기준시가에 의하여 확정신고를 하였음을 알 수 있다.

따라서 특별한 사정이 없는 한 이 사건 제1토지의 양도와 관련하여 소득세법 제96조 제2항 제5호, 제6호 또는 제114조 제6항 등을 적용하여 그 실지거래가액에 의하여 양도가액을 산정할 수는 없고, 달리 소득세법 제96조 제2항 각호에서 정한 실지거래가액의 적용 사유가 존재하지 않는다면 원심으로서는 이 사건 제1토지의 경우 그 기준시가에 의하여 양도가액을 산정하고 이를 기초로 원고가 납부할 양도소득세액을 결정하였어야 할 것이다.

그런데도 원심은 기준시가에 의하여 이 사건 제1토지의 양도가액과 양도소득세액을 산정하여야 한다는 원고의 주장을 배척하고, 그 판시와 같은 이유만으로 소득세법 제96조 제2항 제5호, 제6호, 제114조 제6항 등에 따라 실지거래가액에 의하여 이 사건 제1토지의 양도가액을 산정하여야 한다고 판단하여 이에 따라 원고가 납부할 양도소득 세액을 산정하였으니, 이러한 원심판결에는 위 규정들의 해석 등에 관한 법리를 오해하여 필요한 심리를 다하지 아니한 잘못이 있다. 이 점을 지적하는 취지가 포함된 원고의 상고이유 주장에는 정당한 이유가 있다.

그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리 · 판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.