서울행정법원-2013-구합-61975 (2014.03.07)

사 건

2013구합61975

원 고

신△△건설 주식회사 외 2

피 고

◯◯세무서장 외 1

변 론 종 결

2014.02.07

판 결 선 고

2014.03.07

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고들이 원고들에 대하여 한 별지 1목록 기재 처분 중 별지 2목록 기재 정당세액을 초과하는 부분을 각 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 피고 ◯◯세무서장은 2012. 11. 16. 원고 신△△건설 주식회사(이하 ‘신△△건설’이라 한다)에게 2012년 귀속 종합부동산세 754,746,270원과 농어촌특별세 150,949,250원의 각 부과처분을 하였고, 2012. 12. 4. 원고 주식회사 □□은행(이하 ‘□□은행’이라 한다)에게 2012년 귀속 종합부동산세 4,857,460,740원과 농어촌특별세 971,492,140원의 각 부과처분을 하였다.

나. 피고 ∇∇∇세무서장은 2012. 11. 16. 원고 주식회사 호텔◇◇(이하 ‘호텔◇◇’라 한다)에게 2012년 귀속 종합부동산세 10,484,885,160원과 농어촌특별세 2,096,977,030원의 부가처분을 하였다(이하 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다).

다. 피고들은 이 사건 처분에 관하여 2008. 12. 26. 법률 제9273호로 개정된 종합

부동산세법(이하 ‘개정법’이라 하고, 개정되기 전의 법률을 ‘종전법’이라 한다) 제9조 제3항, 제14조 제3항, 제6항에 따라 종합부동산세액을 계산하면서, 공제되는 재산세액을 산정함에 있어서 종합부동산세법 시행령(2011. 3. 31. 대통령령 제22813호로 개정된 것, 이하 ‘현행시행령’이라 하고, 2009. 2. 4. 대통령령 제21293호로 개정되기 전의 것을 ‘종전시행령’이라 한다) 제4조의 2, 제5조의3 제1항, 제2항 및 종합부동산세법 시행규칙(2009. 9. 23. 기획재정부령 제102호로 개정된 것) 별지 제3호 서식 부표(2)중 작성요령을 기준으로 계산하였다.

라. 이에 불복하여 원고 신△△건설은 2013. 2. 15. 조세심판청구를 제기하였으나, 2013. 9. 3. 기각되었고, 원고 □□은행은 2013. 3. 4. 이의신청을 거쳐 2013. 6. 29. 조세심판청구를 제기하였으나, 2013. 9. 3. 기각되었으며, 원고 호텔◇◇는 2013. 2. 8.이의신청을 거쳐 2013. 5. 14. 조세심판청구를 제기하였으나, 2013. 8. 7. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1 내지 3호증(가지번호 있는 것은 가지번호 모두 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고들의 주장

가. 개정법 제9조 제3항, 제14조 제3항, 제6항 및 개정 시행령 제4조의2, 제5조의3 제1항, 제2항은, 종합부동산세액을 산정함에 있어 종합부동산세의 과세대상이 되는 부분에 대하여 재산세로 부과된 세액을 공제하도록 규정하고 있음에도, 피고들은 공제되는 재산세액을 산정함에 있어 시행규칙 작성요령에서 정한 계산방식에 따라 종합부동산세의 과세대상이 되는 부분에 대하여 부과된 재산세액에 다시 (종합부동산세 또는 재산세) 공정시장가액비율을 곱하여 산출된 세액만을 공제하고 나머지 세액을 공제하지 않았다.

따라서 이 사건 처분이 재산세액을 일부 공제하지 않은 채 종합부동산세를 부과한것은 조세법률주의 원칙 또는 이중과세금지의 원칙을 위반하여 위법하므로 취소되어야한다.

나. 재정경제부는 2003. 9. 3. ‘부동산 보유세제 어떻게 달라지나’ 라는 제목의 설명자료를 통하여 종합부동산세를 과세할 때 지방자치단체에서 과세한 재산세액은 전액공제되므로 이중으로 과세하는 것이 아니므로 위헌의 소지가 없다는 공적견해를 밝힌 바가 있음에도 이 사건 처분을 통하여 원고들이 납부한 재산세액의 일부만을 공제하였다. 따라서 이 사건 처분은 신뢰보호의 원칙에 위반되어 위법하므로 취소되어야 한다.

3. 판단

가. 관계법령

1) 종합부동산세법령의 주요 개정 내역은 아래와 같다.

가) 종합부동산세법

법 조문

종전법

개정법

제8조(과세표준)①

주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액에서 6억 원을 공제한 금액으로 한다.

주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액에서 6억 원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의100까지의 범위에서 대통령령이 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

제13조(과세표준)①

종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 당해 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액에서 3억 원을 공제한 금액으로 한다.

종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 5억 원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

제13조(과세표준)②

별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 당해 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액에서 40억원을 공제한 금액으로 한다.

별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 80억 원을 공제한 금액에 고려하여 100분의 60부터 100분의100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

⑵ 세율 및 세액(종합, 별도합산과세대상 토지에 대한 종합부동산세율 및 세액

을 규정한 제14조 제3항, 제6항도 같은 내용이다)

법 조문

종전법

개정법

제 9 조 (세율및 세액)

① 주택에 대한 종합부동산세는 과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액을 그세액(이하 "주택분 종합부동산세액"이라 한다)으로 한다.

② 주택분 종합부동산세액을 계산함에 있어 2006년부터 2008년까지의 기간에 납세의무가 성립하는 주택분 종합부동산세에 대하여는 제1항의 규정에 의한 세율별 과세표준에다음 각 호의 연도별 적용비율과 제1항의규정에 의한 세율을 곱하여 계산한 금액을 각각 당해연도의 세액으로 한다.

③ 주택분 과세기준금액을 초과하는 금액에 대하여 당해 과세대상 주택의 주택분 재산세로 부과된 세액은 주택분 종합부동산세액에서 이를 공제한다.

① 주택에 대한 종합부동산세는 과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한금액을 그 세액(이하 "주택분 종합부동산세액"이라 한다)으로 한다.

② 삭제

③ 주택분 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 주택의 주택분 재산세로 부과된 세액은 주택분 종합부동산세액에서 이를 공제한다.

④ 주택분 종합부동산세액의 계산에 있어서 주택분 재산세로 부과된 세액의공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

나) 종합부동산세법 시행령상 공제되는 재산세액 계산을 위한 산식

시행령 조문

종전 시행령

현행 시행령

제4조의2(주택분종합부동산세액에서 공제되는 재산세액의 계산)

법 제9조 제4항의 규정에 따라 주택분 종합부동산세액에서 공제되는 주택분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

주택분 재산세로 부과된 세액의 합계액× 주택분 과세기준금액을 초과하는 분에 대하여 주택분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 / 주택을 합산하여 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

법 제9조 제4항에 따라 주택분 종합부동산세액에서 공제되는 주택분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

지방세법 제112조 제1항 제1호에 따라 주택분재산세로 부과된 세액의 합계액 × 주택분 과세표준에 대하여 주택분 재산세 표준세율(지방세법 제111조 제1항에 따른 표준세율을말한다, 이하 같다)로 계산한 재산세 상당액 / 주택을 합산하여 주택분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

제5조의3(토지분 종합부동산세액의재산세 공제) ①

법 제14조 제7항의 규정에 따라 토지분 종합합산세액에서 공제되는 종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 종합합산과세대상인 토지분 과세기준금액을 초과하는 분에 대하여 종합합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세상당액 / 종합합산과세대상인 토지를 합산하여 종합합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

법 제14조 제7항에 따라 토지분 종합합산세액에서 공제되는 종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

지방세법 제112조 제1항 제1호에 따라 종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 종합합산과세 대상인 토지분 과세표준에 대하여 종합합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 /종합합산과세대상인 토지를 합산하여 종합합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

제5조의3②

법 제14조 제7항의 규정에 따라 토지분 별도합산세액에서 공제되는 별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

별도합산과세대상인 토지분 재산세로부과된 세액의 합계액 × 별도합산과세 대상인 토지분 과세기준금액을 초과하는 분에 대하여 별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세상당액 / 별도합산과세대상인 토지를합산하여 종합합산과세대상인 토지분재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

법 제14조 제7항에 따라 토지분 별도 합산세액에서 공제되는 별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한

다.

지방세법 제112조 제1항 제1호에 따라 별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 별도합산과세 대상인 토지분 과세표준에 대하여 별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 / 별도합산 과세대상인 토지를 합산하여 종합합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로계산한 재산세 상당액

다) 종합부동산세 시행규칙 별지 제3　호 서식 부표⑵ 중 과세표준 표준세율 재산

세액 산식

종전 시행규칙

개정 시행규칙

5. 기준금액초과 표준세율 재산세액

ㆍ주택

: 종합부동산세 과세표준 × 재산세 과세표준 적용비율 × 0.5%

ㆍ종합합산토지

: 종합부동산세 과세표준 × 재산세 과세표준 적용비율 × 0.5%

ㆍ별도합산토지

: 종합부동산세 과세표준 × 재산세 과세표준 적용비율 × 0.4%

7. ⑨ 과세표준 표준세율 재산세액

ㆍ주택

: {③ 감면 후 공시가격 - 6억(1세대1주택은 9억)}× 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 0.4%

ㆍ종합합산토지

: (③ 감면 후 공시가격 - 5억) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 ×0.5%

ㆍ별도합산토지

: (③ 감면 후 공시가격 - 80억) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율× 0.4%

라) 지방세법상 재산세 과세표준

법 조문

지방세법

제110조(과세표준)

① 토지·건축물·주택에 대한 재산세의 과세표준은 제111조 제2항에 따른 시가표준액에 부동산 시장의 동향과 지방재정 여건 등을 고려하여 다음 각 호의 어느 하나에서 정한 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 가액으로 한다.

1. 토지 및 건축물 : 시가표준액의 100분의 50부터 100분의 90까지

2. 주택 : 시가표준액의 100분의 40부터 100분의 80까지

2) 조세법률주의 위반 여부

가) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다 할 것이다(대법원 1998. 3. 27. 선고 97누20090 판결 등 참조).

나) 관계 법령 및 그 개정내역에 의하면, 개정법은 종합부동산세액을 계산함에 있어 ‘과세기준금액’이라는 개념을 삭제하고, 공시가격 중 과세기준금액을 초과하는 부분에 공정시장가액비율을 곱한 금액을 과세표준으로 규정한 다음, 과세표준금액에 대하여 당해 과세대상 주택 등 재산세로 부과된 세액을 공제하도록 하였다. 따라서 공제되는 재산세액을 산정하기 위한 ‘주택등 과세표준 금액’의 산식은 {(공시가격 - 6억 원등 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율}이 된다.

다) 또한, 개정 시행령 제4조의2, 제5조의3 제1, 2항에서 규정하는 ‘주택등 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’이란 지방세법 제110조에 따른 재산세 과세표준(시가표준액에 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 가액)에 해당세율을 적용하여 계산한 금액인바, 이에 대한 산식은 ‘[ 7(공시가격 - 6억 원 등 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율]’이 된다. 결국 현행 시행령 제4조의2, 제5조의3 제1, 2항에 따라 공제되는 재산세액을 계산하는 구체적 산식은 “주택 등 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 주택 등 과세표준에 대하여 주택 등재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액[= {(공시가격 - 6억 원 등 과세기준금액) ×종합부동산세 공정시장가액비율 } × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율 / 주택등을 합산하여 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액]”이 된다.

라) 원고들의 주장과 같이 공정시장가액비율을 1회만 곱하여야 한다면, ① 그 ‘공정시장가액비율’이 개정법이 정한 종합부동산세 공정시장가액비율을 의미하는 것이라면(즉 재산세 공정거래가액비율은 곱하지 않는다는 취지), 개정 지방세법이 재산세의 과세표준을 정함에 있어 ‘재산세 공정시장가액비율’을 곱하도록 한 규정에 반할 뿐만 아니라, ② 원고들의 위 주장이 ‘재산세 공정시장가액비율’만을 곱하여야 한다는 의미라면(즉, 개정법상 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하지 않는다는취지), 개정법이 종부세의 과세표준을 ‘공시지가에서 6억 원 등을 공제한 금액에 공정시장가액비율을 곱한 금액’으로 정하고, 공제되는 재산세액의 기준이 되는 금액을 ‘주택 등 과세표준금액’으로 규정하고 있음에도(개정법 제9조 제3항), 그 공제액을 계산함에 있어 종합부동산세 과세표준 계산시 적용하여야 할 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하지 않아야 한다는 것이어서 이는 위 규정에 반하게 된다. 따라서 원고들의 이 부분 주장은 이유 없다.

3) 이중과세금지의 원칙 위반 여부

가) 재산세액 공제제도란 동일재산에 대하여 재산세와 종합부동산세가 이중으로 과세되는 현상을 방지하기 위하여 종합부동산세 과세표준 금액에 부과된 재산세를 납부할 종합부동산세액에서 공제하여 줌으로써 이중과세를 방지하기 위한 제도인바, 이같은 이중과세의 문제는 종합부동산세가 부과되는 부분에 대한 재산세액을 납부할 종합부동산세액에서 공제하면 해소되는 것이다. 그런데 종합부동산세는 과세기준금액을 초과하여 부동산을 보유하고 있는 자에게 부과되는 세금이긴 하나, 주택 등에 대하여 공시가격에서 6억 원 등의 과세기준금액을 초과하는 부분 전부가 아니라 공시가격 합계액에서 6억 원 등을 공제하고 여기에 다시 공정시장가액비율과 세율을 곱하여 계산함으로써 공제된 과세기준금액 및 과세표준에서 제외된 부분[(공시지가 - 6억 원 등과세기준금액) × (1 - 공정시장가액비율)]에 대하여는 종합부동산세는 부과되지 않으므로 이 부분에 대하여는 이중과세의 문제는 생기지 않는다. 따라서 종합부동산세가 부과되지 않는 부분 즉, 과세기준금액을 초과하는 부분 중 공정시장가액비율을 곱함으로써 과세표준에서 제외된 부분[(공시지가 - 6억 원 등 과세기준금액) × (1 - 공정시장가액비율)]에 대한 재산세액은 종합부동산세액을 계산함에 있어 공제할 필요가 없다.

나) 그런데 종전법에서는 공시가격합계액에서 과세기준금액을 차감한 부분(과세기준금액 초과분) 전체에 해당하는 재산세 상당액을 계산하여 공제하도록 하였는데, 실제 종합부동산세를 과세할 때는 과세기준금액 초과분 전체에 대해 과세하지 않고 과세기준금액 초과분에 연도별 적용비율(현재의 종합부동산세 공정시장가액비율)을 곱한 후의 과세표준에만 과세하였음에도 과세기준금액 초과분 전체에 대한 재산세 상당액을 공제함으로써, 종전법에 따를 경우 과세기준금액 초과분 중 종합부동산세 과세표준에서 제외된 [(공시지가 - 6억 원 등 과세기준금액) × (1 - 연도별 적용비율)]에 대하여는 종합부동산세는 물론 재산세도 부과되지 않는 과세 사각지대가 발생하게 되고 재산세가 과다하게 공제된다. 이 같은 불합리를 개선하기 위하여 개정법은 종합부동산세 과세표준에 대하여 해당 주택 등 재산세로 부과된 세액만 공제할 재산세액으로 개정하였다.

다) 이처럼 종합부동산세법상 종합부동산세의 세액은 과세대상 부동산에 대하여 재산세로 부과된 세액을 공제하여 산출하기 때문에, 결국 동일한 과세대상 부동산이라고 할지라도 지방자치단체에서 재산세로 과세되는 부분과 국가에서 종합부동산세로 과세되는 부분이 서로 나뉘어져 재산세를 납부한 부분에 대하여 다시 종합부동산세를 납부하는 것이 아니므로, 종합부동산세와 재산세 사이에 이중과세의 문제는 발생하지 않는다[헌법재판소 2008. 11. 13. 선고 2006헌바112, 2007헌바71,88,94, 2008헌바3,62,2008헌가12(병합) 전원재판부 결정 참조].

4) 신뢰보호의 원칙 위반 여부

가) 일반적으로 행정상의 법률관계에 있어서 행정청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위하여는, 첫째 행정청이 개인에 대하여 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 둘째 행정청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 그 개인에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째 그 개인이 그 견해표명을 신뢰하고 이에 기초하여 어떠한 행위를 하였어야 하고, 넷째 행정청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 그 견해표명을 신뢰한 개인의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하는바,어떠한 행정처분이 이러한 요건을 충족하는 때에는 공익 또는 제3자의 정당한 이익을 현저히 해할 우려가 있는 경우가 아닌 한 신뢰보호의 원칙에 반하는 행위로서 위법하다(대법원 1999. 3. 9. 선고 98두19070 판결, 대법원 2006. 6. 9. 선고 2004두46 판결등 참조).

나) 살피건대, 재정경제부가 2003. 9. 3. ‘부동산 보유세제 어떻게 달라지나’라는 제목의 설명자료를 통하여 종합부동산세를 과세할 때 지방자치단체에서 과세한 재산세액은 전액 공제되어 이중으로 과세하는 것이 아니므로 위헌의 소지가 없다는 공적 견해를 밝힌 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으나, 앞서 본 바와 같이 개정법의 시행 후에도 종합부동산세가 부과되는 부분에 대한 재산세액은 모두 공제되고 있으므로, 위와같은 사정만으로는 피고들이 위 견해표명에 반하는 처분을 하였다고 할 수 없다. 원고들의 이 부분 주장도 이유 없다.

4. 결론

그렇다면, 원고들의 청구를 모두 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.