인천지방법원-2013-구합-10810 (2014.08.29)

사 건

2013구합10810 법인세부과처분취소

원 고

AAA

피 고

서인천세무서장

변 론 종 결

2014. 7. 25.

판 결 선 고

2014. 8. 29.

주 문

1. 피고가 원고에 대하여 2011. 1. 12. 한 2005 사업년도 법인세 ○○○○원, 2011. 7. 12. 한 2006 사업년도 법인세 ○○○○원, 2007 사업년도 법인세 ○○○○원, 2008 사업년도 법인세 ○○○○원, 2009 사업년도 법인세 ○○○○원, 2010 사업년도 법인세 ○○○○원의 각 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 1995. 12. 6. ☆☆☆고속도로(이하 ‘이 사건 도로’라 한다)의 건설․관리 및 운영(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)을 목적으로 ‘사회간접자본시설에 대한 민간투자법(이하 ‘민간투자법’이라 한다)’에 따라 설립된 법인이다(원고의 상호는 2000. 6. 16. ☆☆☆고속도로 주식회사에서 ☆☆☆ 주식회사로 변경되었다).

나. 원고는 2003. 12. 24. 사업자금 조달을 위하여 주주인 ◇◇◇ 등 7개사와 선순위대출약정을 체결하고 ○○○○억 원을 ○%의 고정금리로, 같은 날 △△△으로부터 ○○○○억 원을 ○○%의 변동금리로 각 차입하였으며, 2013. 1. 30 유상감자대금 ○○○○억 원을 조달하기 위해 ◇◇◇, ▽▽▽, ◎◎◎, ●●●, ◆◆◆, ■■■, ▲▲▲(이하 ‘이 사건 후순위대주’라 한다)와 사이에 후순위대출약정을 체결하고 ○○%의 고정금리로 차입하였다(이하 ‘이 사건 후순위차입금’이라 한다).

다. 감사원은 2011. 5. 국세청에 2010. 9.경부터 2010. 11.경까지 최소운영수입보장방식의 민간투자사업에 대한 사후관리 실태를 감사하고, 민간투자사업자들의 후순위입금 이자율의 적정 여부를 조사할 것을 요구하였으며, 이에 중부지방국세청은 감사를 통하여 원고의 선순위차입이자율 ○○%를 기준으로 만기프리미엄 ○○%, 후순위프리미엄 시가반영 ○○%를 반영하여 후순위차입이자율의 시가를 ○○%(= ○○% + ○○%+○○%)로 산정하였고, 원고가 이 사건 후순위차입금을 주주들로부터 ○○%로 차입한 것은 경제적 합리성을 결여한 특수관계자 간의 거래로서 부당행위계산에 해당한다고 판단하였다.

라. 이에 피고는 원고와 특수관계자와의 후순위약정 이자율인 ○○%와 적정 시가인○○%의 차이에 상당하는 2005 사업년도부터 2010 사업년도까지의 지급이자를 손금불산입하여 2011. 1. 12. 2005 사업년도 법인세 ○○○○원을 부과처분하였고, 2011. 1. 11. 2006 사업년도 법인세 ○○○○원, 2007 사업년도 법인세○○○○원, 2008 사업년도 법인세 ○○○○원, 2009 사업년도 법인세○○○○원을 과세예고 통지하였다.

마. 원고는 2011. 3. 31. 중부지방국세청장에게 2005 사업년도 법인세 부과처분에대해 이의신청을 하였고, 중부지방국세청장은 이 사건 후순위이자율 중 ○○%를 시가로 본 것은 타당하나 ▲▲▲는 이 사건 후순위대출 약정 당시 원고의 특수관계자에 해당하지 아니하므로 ▲▲▲에게 지급한 후순위대출 이자에 대하여 까지 부당행위계산 부인규정을 적용하여 부과한 처분은 잘못이 있다고 하여 2011. 7. 22. 피고가 원고에게 한 2005 사업년도 법인세 부과처분은 특수관계자에 해당되지 아니한 것으로 확인된 ▲▲▲에 대한 지급이자를 손금으로 인정하여 과세표준과 세액을 경정한다는 결정을 하였다.이에 따라 피고는 2005 사업년도 원고의 법인세액 중 ○○○○원을 감액하는 경정결정을 한 후 2011. 8. 22. 원고에게 ○○○○원(환급가산금 ○○○○원 포함)을 환급하여 주어 2005 사업년도 법인세는 ○○○○원(= ○○○○ - ○○○○원)이 남게 되었다.

바. 또 원고는 2006~2009 사업년도 법인세 과세예고통지에 대해 과세전적부심사청구를 하였고, 이에 국세청장은 ▲▲▲는 특수관계자에 해당하지 아니하므로 원고가 위 회사로부터 차입한 후순위대출약정에 대하여 부당행위계산 부인정을 적용한 것은 잘못 있다고 결정하였고, 피고는 위 결정에 따라 2011. 7. 12. 원고에 대하여 2006 사업년도 법인세 ○○○○원, 2007 사업년도 법인세○○○○원, 2008 사업년도 법인세 ○○○○원, 2009 사업년도 법인세○○○○원, 2010 사업년도 법인세 ○○○○원을 각 경정․고지하였다.

사. 원고는 2011. 8. 3. 이에 불복하여 조세심판원에 조세심판을 청구하였고, 조세심판원은 2012. 8. 16. 이 사건 후순위이자율의 적정성 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하라는 결정을 하였다.

아. 피고는 위 조세심판원의 결정에 따라 이 사건 후순위이자율의 적정성 여부를 재조사하였으나 2013. 4. 5. 원고에게 주문 제1항 기재 각 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라한다)이 정당하다는 취지의 재조사결과를 통보하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제6, 26, 27, 28, 29, 30호증, 을 제1호증의 각 기재(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함), 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 후순위대주들은 원고와 특수관계에 있는 자에 해당하지 않고 이 사건 후순위대출약정은 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 있으므로 이 사건 후순위차입금을 차입한 것은 부당행위계산에 해당하지 않고 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

(1) 인정사실

(가) ◎◎◎를 비롯한 11개 건설사들은 1995. 10. 27. 건설교통부와 이 사건 도로 민간투자사업 시행을 위한 실시협약(이하 ‘1차 실시협약’이라 한다)을 체결하고, 1995. 12. 6. 이 사건 도로의 건설․관리 및 운영을 위해 ☆☆☆고속도로 주식회사를 설립하였다.1차 실시협약의 주요내용은 다음과 같다.

제2조 제20호 보장기준통행료 수입이란 부록 4에 명시되어 있는 추정 사업년도 추정통행료수입의 ○○%를 말한다.

제3조 정부가 설립 예정 법인인 ☆☆☆고속도로 주식회사에게 이 사건 사업의 사업시행자 지위를 부여한다.

제4조 ☆☆☆고속도로 주식회사는 운영개시일로부터 ○○년간 이 사건 도로에 대한 무상사용권 및 관리운영권을 갖는다.

제48조 제2항 정부는 운영개시일로부터 ○○년 동안 보장기준통행료 수입을 보장한다.

(나) 한편 구 민간자본유치촉진법이 1998. 12. 31. 법률 제5624호로 사회간접자본시설에 대한 민간투자법으로 전문 개정되자 원고는 2000. 12. 27. 건설교통부와 구 민간투자법령 및 1999년도 민간투자사업기본계획의 내용을 반영하기 위하여 이 사건 사업 변경실시협약을 체결하였다(이하 ‘2차 실시협약’이라 한다).

(다) 한편 원고의 주주인 ◎◎◎ 주식회사를 비롯한 14개사(이하 ‘기존 출자사들’이라 한다)는 ★★★으로부터 주식인수 의향서를 수령하는 등 주식양수도 협상을 진행하였는데, 이에 대하여 건설교통부는 2002. 12. 14.자 공문을 통하여 원고의 ○○% 이상의 지분율을 가진 출자자가 지분의 전부 또는 일부를 이전하는 경

우 사전승인을 받도록 하고, ○○% 미만의 지분을 가진 출자자의 지분을 이전하는 경우에도 사전신고를 하도록 하였다. 기존 출자사들 및 ★★★은 MRG(minimum revenue guarantee) 인하 정도 및 후순위채 규모와 관하여 건설교통부 등 관계자들과 계속 협의하였는데, 그 과정에서 건설교통부에 제출한 1, 2차 확약서의 주요내용은 다음과 같다.

1) 1차 확약서

기존 출자사들 및 ★★★은 2003. 11.경 주식 양수도계약 체결에 합의하고, 2003. 11. 18. 원고에게 주식양수도와 관련한 실시협약 변경에 대한 아래와 같은 내용의 확약서(이하 ‘1차 확약서’라 한다)를 제출하였고, 원고는 2003. 11. 20. 건설교통부에 1차 확약서를 첨부하여 출자자변경의 승인을 요청하는 공문을 발송하였다. 가. 2차 실시협약에서 정한 보장기준통행료수입을 특정사업년도 추정통행료 수입의 ○○%에서 ○○%로 수정한다.

나. 정부가 위 실시협약 제48조 제2항에 따라 사업시행자에게 지급하여야 할 2002년도 통행료수입 보장금과 2003년도 통행료수입 보장금액을 계산함에 있어 기준이 되는 ‘보장기준통행료수입’을 위 실시협약 부록 4에 명시된 2002년도 및 2003년도 추정통행료 수입의 ○○%에서 ○○%로 수정한다.

다. 주식매수자들은 매매대상주식의 매매거래와 동시에 사업시행자의 기존차입금을 상환하기 위하여 필요한 자금을 △△△과 공동으로 주선 또는 참여하는 기관들로부터 재차입하여 상환하고자 하는바, 재차입에 대한 대출약정서상 명시된 ○○원의 대출금 원금과 그에 대한 이자가 위 실시협약 제61조 해지시 지급금의 계산 기준이 되는 총선순위채무에 포함되도록 한다.

라. 사업시행자는 자기자본비율을 ○○% 이상 유지하면, 사업시행자의 자본금 중 ○○억 원을 감자하여 준자본형태의 후순위차입금으로 대체할 수 있다.

2) 2차 확약서

가) 그런데, 건설교통부는 2003. 12. 6. 원고에게 ‘1차 확약서 및 세부 자료를 검토한 결과 채무변경으로 이자율이 오히려 ○○% 이상 올라가고, 자기자본 ○○원을 감축하는 대신 후순위차입채무로 충당하고 이에 대하여 연 ○○%의 고이율을

부담하는 사안을 새로이 포함시키고 있다고 보여지는바, 좀 더 면밀한 검토가 필요하다고 판단되므로 현재로서는 승인할 수 없다’는 내용의 회신을 하였다.

나) 이에 ★★★ 구성원 중 ★★★은 1차 확약서의 내용보다 정부측에 더 유리하게 실시협약 조항을 수정하게 된다면 사업의 수익성이 당초 기대에 미치지 못하고 판단하여 2003. 12. 15.경 컨소시엄에서 탈퇴하였고, ★★★도 2003. 12. 23. 컨소시엄에서 탈퇴하였다.

다) 이후 ★★★은 건설교통부의 출자사변경승인을 받기 위해 확약서를 아래의 내용과 같이 변경하였고, 원고는 2003. 12. 15. 당초 내용을 수정한 아래와 같은 내용의 출자자변경계획서를 첨부하여 건설교통부장관의 승인을 요청하는 공문을 발송하였다.

1. ●●●, ◇◇◇, ◆◆◆, ■■■은 기존 주주들로부터 원고의 총 발행주식 ○○○○주 중 ○○○○주를 매수하고자 합니다.

2. 나. 정부가 2차 실시협약 제48조 제2항에 따라 사업시행자에게 지급하여야 할 2002년도 통행료수입 보장금액은 보장기준통행료수입을 실시협약 부록4에 명시되어 있는 2002년도 추정통행료 수입의 ○○%에서 ○○%로 수정하여 산출한 금액에서 ○○○○억 원을 감액한 금액으로 한다.

라. (1) 각 사업년도의 실제 통행료수입이 실시협약 부록 4에 명시되어 있는 당해 사업년도 추정통행료 수입의 ○○%를 초과하고 ○○% 이하일 경우 : 그 초과분의 ○○%

(2) 각 사업년도의 실제 통행료수입이 실시협약 부록 4에 명시되어 있는 당해 사업년도 추정통행료 수입의 ○○%를 초과하고 ○○% 이하일 경우 : 위 (1)호에 따라 산정된 금액과 당해 사업년도추정통행료 수입의 ○○%를 초과하는 부분의 ○○%를 합한 금액

(3) 각 사업년도의 실제 통행료수입이 실시협약 부록 4에 명시되어 있는 당해 사업년도 추정통행료 수입의 ○○%를 초과하고 ○○%이하일 경우 : 위 (2)호에 따라 산정된 금액과 당해 사업년도 추정통행료 수입의 ○○%를 초과하는 부분의 ○○%를 합한 금액

(4) 각 사업년도의 실제 통행료수입이 실시협약 부록 4에 명시되어 있는 당해 사업년도 추정통행료 수입의 ○○%를 초과하는 경우 : 위 (3)호에 따라 산정된 금액와 당해 사업년도 추정통행료 수입의 ○○%를 초과하는 부분 전액을 합한 금액

마. 투자자들은 매매대상 주식의 매매거래와 동시에 사업시행자의 기존차입금을 상환하기 위하여 필요한 자금을 △△△과 공동으로 주선 또는 참여하는 기관들로부터 재차입하여 상환하고자 하는바, 재차입에 대한 대출약정서상 명시된 ○○○○억 원의 대출 원금과 이자가 실시협약 해지시 지급금의 계산기준이 되는 청선순위채무에 포함되도록 한다.

바. 사업시행자는 자기자본비율을 ○○% 이상 유지하며, 사업시행자의 자본금 중 ○○○○억 원을 감자하여 후순위차입금으로 대체할 수 있다.

(라) 이후 건설교통부의 2회에 걸친 출자자 변경 승인을 거쳐 원고의 기존 출자

자들 중 ▽▽▽와 ◎◎◎(이하 ‘▽▽▽, ◎◎◎’라 한다), ◇◇◇를 제외한 나머지 회사에서 ★★★으로 출자사변경이 이루어졌고, 이에 따라 2003. 12. 23. 원고 발행주식 ○○○○주를 ●●●(이하 ‘●●●’이라 한다)가 ○○○○주, ◇◇◇가 ○○○○주, ◆◆◆(이하 ‘◆◆◆’이라 한다)가 ○○○○주, ■■■(이하 ‘■■■’이라 한다)이 ○○주를 각 매수하고 그 대금 ○○○○원은 연대하여 지급하기로 하고 매매완결일은 2003. 12. 29.로 하는 주식매매계약을 체결하였다(이하 ‘1차 주식매매계약’이라 한다).

(마) 그런데, 위 출자사변경협의과정에서 2003. 12. 23. ★★★이 ★★★에서 갑자기 탈퇴하게 되자 ◇◇◇가 그 부족 자금을 책임지기로 하고 ★★★단이 매수하기로 했던 지분을 매수하였으나, ◇◇◇가 그 지출을 위해 교육인적자원부장관으로부터 승인받은 금액에 대한 변경승인을 받아 이 사건 주식매매예약을 완결하는 것이 불가능해졌고, 이에 ▲▲▲가 ★★★의 지분을 매수하기로 하고 2003. 12. 26. ◇◇◇가 1차 주식매매계약으로 취득할 주식 중 ○○○○주(원고 발행주식의 ○○%)를 매수하기로 하는 계약을 체결하였다(이하 ‘2차 주식매매계약’이라 한다). ▲▲▲는 2004. 9. 8. 건설교통부로부터 출자자변경승인을 받았고, ◇◇◇는 2004. 10. 29. ▲▲▲에게 ○○○○주를 이전하여 주었다.

(바) 한편 원고의 기존 주주인 ▽▽▽, ◎◎◎, ◇◇◇와 1,2차 주식매매계약으로 새로이 주주가 되는 ●●●, ◆◆◆, ■■■, ▲▲▲는 2003. 12. 26. 주주협약을 체결하였다.

(사) 원고는 2003. 12. 24. ◇◇◇를 비롯한 원고의 주주들 및 △△△, ★★★으로부터 총액 ○○○○원을 한도로 한 대출약정을 체결하고, ○○○○원을 대출받아(이하 ‘선순위대출’이라 한다) 이를 기존 출자자들이 지급보증한 ○○○○억 원의 채무 변제에 사용하였다. 선순위대출약정서의 내용 중 후순위대출과 관련된 부분은 다음과 같다.

제1조 제1항 후순위라 함은 차주가 금전을 차입함에 있어 그 원금 상환이 제14조 제6항 제3호에 정한 요건이 충족된 경우에만 가능한 조건을 말하며, 이자율은 연 ○○%를 한도로 한다.

제14조 제6항 3. 차주(원고)는, 대리은행(우리은행)의 사전 서면 동의가 없는 한, 피담보채무 전액이 상환될 때까지 후순위대출의 원금을 지급할 수 없다.

(아) 또한 원고의 주주들은 2003. 12. 29. 원고 임시주주총회에서 대출액 ○○억 원, 이자율 연 ○○%로 하는 후순위대출약정 및 원고 발행주식 중 ○○○○주를 유상감자하고, ○○○○주를 무상감자하는 안에 대하여 승인하였다.

(자) ◇◇◇ 및 ▲▲▲를 비롯한 주주들은 2004. 1. 15. 원고와 금액 ○○○○원, 이자율 ○○%로 하는 아래와 같은 내용의 ★★★고속도로 민간투자시설사업 후순위대출약정을 체결하였다(이하 ‘후순위대출’이라한다).

제4조 제3항 1. 대출금에 적용될 이자율은 연 ○○%로 한다.

제11조 제2항 1. 대리은행(우리은행)은 차주(원고)에게 통지함으로써 대출원리금의 기한의 이익을 상실하여 즉시 이행기에 도달함을 선언할 수 있다. 다만, 위 제1항 제7호에 정한 사유가 발생한 경우 대출원리금은 차주에 대한 별도의 통지 없이 이행기에 도달하고, 대주들의 대출약정에 따른 대출의무는 즉시 중단된다. 이상에 불구하고 대주는 후순위대출금 원금지급조건이 충족되는 경우에 한하여 대출원리금을 상환받을 수 있다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제4, 12호증, 제13호증의 5, 제15호증의 1, 제16호증의 4, 제17, 18, 19, 21호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

(2) 판단

(가) 이 사건 후순위대출약정에 있어서 원고와 후순위대주들 사이에 특수관계가 있는지 여부

구 법인세법 시행령(2011. 6. 3. 대통령령 제22951호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법인세법 시행령’이라 한다) 제88조 제1항 제3호는 법인세법 제52조가 정하고 있는 부당행위계산부인 대상의 하나로 법인이 주주 등 특수관계에 있는 자에게 자산을 시가보다 낮은 가액으로 양도한 경우를 들고 있고, 이 사건 후순위대주는 원고의 주주인 사실은 앞에서 본 바와 같으므로 원고와 후순위대주는 특수관계에 있는 자에 해당한다.

원고는, 원고와 이 사건 후순위대주들 사이에 특수관계가 인정되는지 여부는 이 사건 후순위이자율이 ○○%로 확정된 2003. 12. 15. 또는 늦어도 건설교통부장관의 출자사변경 승인시점인 2003. 12. 20.을 기준으로 판단하여야 할 것인데, 이 시기에는 이 사건 후순위대주들이 확정되지도 않았고, 특히 ●●●, ◆◆◆, ■■■은 원고의 주주도 아니었으므로 적어도 위 대주들은 원고와 특수관계에 있는자에 해당하지 아니한다고 주장한다.

그러나 ‘시가’라 함은 일반적이고 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적인 교환가치를 말하고 그 판단은 거래 당시를 기준으로 하므로, 만약 거래계약 체결 시기와 양도시기가 다르다면 그것이 부당행위계산에 해당하는지 여부는 그 대금을 확정짓는 거래 당시를 기준으로 판단하여야 한다(대법원 2010. 5. 27. 선고 2010두1484 판결 참조).

위 법리에 비추어 보건대, 앞서 본 인정사실들에 비추어 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 원고가 건설교통부에 출자사변경을 요청한 2003. 12. 15. 및 건설교통부가 이를 승인한 2003. 12. 20.에는 이 사건 후순위이자율이 확정되지 않은 점, 건설교통부장관의 2003. 12. 20.자 승인은 출자사변경과 자금재조달계획에 관한 것이었고, 이 사건 후순위대출이자율 결정에 관한 것은 아니었던 점 등을 고려하면, 이 사건 후순위이자율이 결정된 시점은 원고가 이 사건 후순위대주들과 후순위대출약정을 체결한 2004. 1. 15.이라고 할 것이고, 2004. 1. 15. 당시 이 사건 후순위대주들은 법인세 52조가 정한 특수관계에 있는 자에 해당한다고 할 것이다.

따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(나) 이 사건 후순위차입금의 이자율 시가가 ○○%인지 여부

1) 법인세법 제52조 제1항에 정한 부당행위계산부인이란 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 법인세법 시행령 제88조 제1항 각 호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고, 경제적 합리성 유무에 관한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인것인지 여부에 따라 판단하되, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다(대법원 2010. 5. 13. 선고 2007두14978 판결 참조). 그리고 부당행위계산부인의 적용기준이 되는 ‘시가’에 대한 주장·증명책임은 과세관청에 있다(대법원 2013. 9. 27. 선고 2013두10335 판결 참조).

(2) 살피건대, 법인세법 제52조 제1항, 제2항, 법인세법 시행령 제88조 제1항 제 7호, 제89조 제3항 규정과 앞서 본 법리에 비추어 보건대, 앞서 본 인정사실들에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 후순위이자율 ○○%가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 것이라고 볼 수 없으므로, 이를 전제로 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

① 민간투자기본계획은 사업의 안정적인 추진을 담보하기 위하여 민간투자시설 건설기간 중 사업시행자의 자기자본비율을 일정 수준 이상 유지하도록 규정하고 있는바, 사업시행자는 민간투자시설이 완공되면 신규투자자를 유치하여 기존 출자자의 지분을 매수하게 함과 동시에 자본금을 감자하고, 이를 대체하는 후순위차입금을 조달함으로써 자본구조를 변경하게 된다. 이 과정에서 후순위차입금은 금융기관으로부터 조달하는 선순위차입금보다 상환시기나 담보제공에서 열위가 되어 선순위차입금의 원리금상환 전에는 배당도 할 수 없으므로 후순위차입금의 대주가 되는 출자자들의 투자를 유도하기 위하여 후순위차입금의 이자율을 높이게 된다. 또 원고의 주주들이 후순위차입금의 이자를 지급받음으로써 투자수익을 회수하게 되고, 원고의 법인세 절감 효과가 발생하는 것은 인정되나, 자금재조달을 통해 유상감자한 금액을 후순위차입금으로 전환하면 이자비용이 발생하여 법인세가 감소한다는 점은 예상된 결과이고, 정부는 출자자에 대하여 증가된 기대수익분을 공유하기 위하여 최소운영수익보장의 지출을 ○○%에서 ○○%로 줄이는 방식으로 자금재조달계획을 승인하는 것이라 할 수 있으므로, 위와 같은 사정만으로 후순위이자율이 경제적 합리성을 상실하였다고 볼 수는 없다.

② 선순위대출약정서 제14조 제6항 제3호, 후순위대출약정서 제11조 제2항

제1호의 규정에 의하면, 후순위차입금의 대주들은 선순위차입금의 상환 등 요건(대리은행의 사전 서면동의)이 충족되지 않는 한 원금을 지급받을 수 없고, 기한의 이익이 상실되는 경우에도 후순위차입금 원금지급조건이 충족되는 경우에 한하여 원금을 상환받을 수 있으며, 선순위대출의 만기는 ○○년인 반면, 후순위대출의 만기는 ○○년으로 1.5배에 달하는 점 등 후순위차입금의 대주들은 원리금의 상환시기, 담보 시기, 선순위 차입금 대주들이 가지는 일체의 권리에 대하여 보다 불리한 지위에 있다. 또 원고가 시중은행으로부터 후순위차입금과 같은 액수의 돈을 피고가 주장하는 시가인 ○○%로 대출받을 수 있었다고 단정하기도 어렵다.

③ 이자율은 만기프리미엄과 채무불이행 위험프리미엄으로 구성되고, 채무불이행위험은 다시 선순위분에 대한 채무불이행위험과 후순위분 추가프리미엄으로 구성되면, 후순위분 프리미엄은 시가반영부분과 회사고유위험부분으로 구성된다.

피고는 재조사과정에서 선순위차입금이자율 ○○%에 만기프리미엄 ○○%, 시가반영부분 ○○%만을 가산하여 ○○%를 적정이자율로 결정하고, 원고가 주장하는 회사고유위험 프리미엄 ○○%를 가산하지 않았으나, 앞서 본 바와 같이 후순위 차입금은 선순위차입금상환 등 요건이 충족되지 않는 한 원금을 지급받을 수 없고, 만기에 있어서도 선순위차입금보다 장기이므로, 그 조건에 있어서 본질적인 차이가 있어 선순위차입금의 이자율을 기본이자율로 보고 일정한 위험 프리미엄만을 가산하는 방식으로 후순위차입금의 이자율을 결정하기는 어렵다.

④ 다른 민간투자사업의 경우를 보더라도 후순위차입금 이자율은 연 ○○%에서 연 ○○%에 이르는 등 다양한 바, 이 사건 후순위이자율이 다른 민간투자사업의 경우와 비교하여 적정하지 않다고 볼 수도 없다.

⑤ ♧♧회계법인과 ♤♤회계법인은 국세조세조정에 관한 법률규정에 따라 유동화증권 거래를 비교 대상 거래로 선정하고 후순위차입금 적정 이자율을 산출 하였는데, 그 산정방법, 평가과정에 비추어 산출한 결과는 일응 합리적이라고 보인다.

⑥ 건설교통부는 원고와 사이에 최소운영수입보장율을 ○○%에서 ○○%로 인하하고, 특히 2002년도 추정통행료 수입을 ○○%로 수정하여 산출한 금액에서 ○○○○원을 감액한 금액으로 하는 등 정부의 재정적 부담을 감소하는 이익을 얻게 되었는데, 이러한 최소운영수입보장의 감소율을 고려하지 않고 이 사건 후순위이자율만을 부당하게 고율로 산정된 것이라고 보아 법인세를 부담시키는 것은 원고에게 최소운영수입보장수익을 감소시키는 동시에 후순위대출발생도 어렵게 하여 자금재조달을 통한 이익공유라는 본래의 목적을 달성할 수 없게 된다.

라. 소결

따라서 이 사건 후순위대출 약정 당시 원고와 ★★★ 컨소시엄 사이에 특수관계가 있었다고는 보이나, 이 사건 후순위이자율의 시가가 피고가 주장하는 ○○%라고 보기 어렵고, 원고가 주장하는 ○○%가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 것이라고 할 수 없으므로 이 사건 후순위차입금의 이자율 약정 중 ○○%를 넘는 부분이 부당행위계산임을 전제로 한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.