광주지방법원-2014-가합-51888 (2015.04.02)

사 건

광주지방법원2014가합51888

원 고

00광역시00공사

피 고

대한민국

변 론 종 결

2015.03.12

판 결 선 고

2015.04.02

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고는 원고에게 1,894,037,163원과 이중 1,765,485,153원 대하여 2009. 4. 1.부터 이

사건 소장부본 송달일까지는 연 5%의, 그 다음날부터 다 갚는 날까지는 연 20%의 각

비율에 의한 금원을 지급하라.

이 유

1. 기초사실

가. 원고는 지방공기업법 제49조에 따라 00광역시가 전액 출자하여 설립된 지방공

기업으로서, 2007년부터 '00공동혁신도시 조성사업'(이하 '이 사건 혁신도시 조

성사업'이라 한다)을 시행하고 있는 공기업이다.

나. 원고는 이 사건 혁신도시 조성사업을 시행하면서 위 조성사업에 소요되는 공사

비, 보상비 등의 비용에 충당하기 위하여 2007. 6. 19.부터 연차적으로 농협 등 금융기관으로부터 금 248,959,000,000원을 차입한 후 매년 위 차입금에 대한 이자를 지급하였다.

다. 원고는 2007년부터 2012년까지 각 사업연도별 법인세를 00세무서장에게 신

고․납부할 당시 위 차입금에 대한 지급이자를 향후 혁신도시 조성사업 대상 토지가

매각되어 매출이 발생하는 시점에야 비로소 매출원가에 포함되는 비용으로 처리하면 된다고 생각하여, 이를 특정차입금으로 판단하고 손금에 산입하지 않고 혁신도시 조성사업의 건설원가(자본적 지출)에 가산하였다.

라. 원고는 위 나, 다항과 같은 경위로 2007사업연도분부터 2012사업연도분까지의

각 과세표준을 정하고 그에 따른 세액을 00세무서장에게 신고한 후 각 사업연도의

다음 해 3. 31. 각 해당 세액을 납부하였는데, 원고가 계산한 초과납부 법인세의 내역은 아래 표와 같다.

(단위 : 원)

사업연도 지급이자 매출원가 손금 불산입액 초과납부 법인세

2007년 4,870,269,220 4,870,269,220 1,217,542,304

2008년 7,746,668,810 7,746,668,810 1,765,485,153

2009년 11,454,099,960 553,267,990 10,900,831,970 1,215,288,379

2010년 12,925,042,207 1,116,132,030 11,808,910,177 960,796,040

2011년 12,073,158,818 4,602,185,050 7,470,973,768 112,430,212

2012년 8,047,123,419 12,454,036,060 - 4,406,912,641 1,792,193,738

합 계 57,116,362,434 18,725,621,130 38,390,741,304 7,063,735,826

마. 원고는 2013년도 정기세무조사(2013. 11. 5. ~ 2013. 12. 3.)를 받던 중 위 차입

금이 사업용 고정자산의 건설 등에 소요되는 차입금이 아니라 재고자산에 소요되는 차

입금으로서 이에 대한 지급이자는 손금에 산입할 수 있다는 것을 알게 되었고, 2008사

업연도분부터 2012사업연도분까지의 위 지급이자를 손금에 산입하여 각 사업연도별

법인세를 다시 계산한 결과, 원고는 위 표와 같이 법인세 7,063,735,826원을 초과납부

하였다는 것을 알게 되었다.

바. 원고는 초과납부한 법인세액과 관련하여 경정결정이 있을 것으로 기대하였으나,

00지방국세청장은 2013. 12. 10.경 원고에게 ‘원고는 법인세 금 367,399,985원을 추

가로 납부하여야 한다’는 취지의 세무조사 결과를 통보하였다.

사. 이에 원고는 위 추가법인세액을 납부하였고, 2014. 3. 11. 00세무서장에 대하

여 2008사업연도분부터 2012사업연도분까지의 법인세 경정청구를 신청하였다.

아. 00세무서장은 2014. 3. 25. 원고에게 '2008사업연도 및 2009사업연도 법인세

경정청구는 경청청구기한인 3년을 경과하여 경정할 이유가 없다'고 통보하였다(2010 ~2012사업연도 법인세액에 관하여는 경정결정이 있었던 것으로 보인다).

자. 원고는 2013사업연도 법인세 신고 시 2008사업연도 및 2009사업연도에서 손금에 산입하였어야 할 지급이자 7,746,668,810원(2008년), 11,454,099,960원(2009년) 중

2010 ~ 2012사업연도 법인세 경정청구 시 이월결손금에 포함되었던 부분

[1,647,566,053원(2008년), 6,044,773,998원(2009년)]을 제외한 나머지 합계

11,508,428,719원(6,099,102,757원1) + 5,409,325,962원2))을 전기오류수정손실로 계상하였다.

차. 00세무서장은 원고로부터 위 자.항과 같이 계상한 이유에 관하여 소명자료를

제출받은 다음, 원고의 2009사업연도 초과납부 법인세 1,215,288,370원(755,942,590원

+ 459,345,780원)을 국세환급금으로(이하 ‘이 사건 국세환급금’이라 한다), 140,454,970

원(129,740,230원 + 10,714,740원)을 환급가산금으로 결정하고, 이를 원고가 납부하여

야 할 법인세에 충당하였으며, 2008년도 초과납부 법인세 1,765,485,153원에 대하여는

부과제척기간 도과를 이유로 환급하지 않았다.

카. 그 후 00지방국세청장은 2014. 12. 19.경 원고에게 이 사건 국세환급금이 경정

청구기한 경과 등으로 과세표준과 세액이 확정된 후에 직권경정을 통하여 환급하는 경

우에 해당하여 환급가산금 지급대상이 아니라면서 이미 충당된 환급가산금

128,552,010원(2014. 11. 4. 기준, 이하 ‘이 사건 환급가산금’이라 한다)을 즉시 납부하

라고 요청하였고, 이에 원고는 위 128,552,010원을 납부하였다.

타. 이 사건 관련 법령은 별지 관련 법령 기재와 같다.

1) = 7,746,668,810원 - 1,647,566,053원(2008년)

2) = 11,454,099,960원 - 6,044,773,998원(2009년)

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7, 9 내지 13호증(가지번호 있는 것은 가지번

호 포함), 00지방국세청장에 대한 사실조회결과, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

가. 원고의 2008년 법인세 신고행위 중 초과납부 법인세 1,765,485,153원의 부분(이

하 ‘이 사건 신고행위’라 한다)은 차입금에 대한 이자를 손금에 산입하지 못한 중대·명

백한 하자로 인하여 당연무효이므로, 피고는 원고에게 부당이득금 1,765,485,153원을

지급하여야 한다.

나. 관할 세무서장 또는 관할 지방국세청장은 경정청구기간 경과 후라도 신고 내용

에 오류 또는 누락이 있음을 알게 된 경우에는 법인세법 제66조 제2항 제1호 및 제4

항에 따라 직권경정할 의무가 있는데, 00세무서장 또는 00지방국세청장은 원고

의 2008년 초과납부 법인세액이 1,765,485,153원임을 인지하고도 이를 경정하지 않아

원고에게 초과납부 법인세액 상당의 손해를 입혔다.

다. 이 사건 국세환급금은 직권경정 의무의 이행결과이므로, 피고는 원고에게 국세환

급금에 환급가산금을 더하여 지급하여야 함에도, 00지방국세청장이 원고에게 이미

충당(지급)된 이 사건 환급가산금 상당의 금액을 자진납부하도록 요청하였고, 원고는

위 128,552,010원을 납부하였으므로, 피고는 원고에게 부당이득금으로 128,552,010원을

지급하여야 한다.

3. 판단

가. 이 사건 신고행위가 중대·명백한 하자로 당연무효인지 여부

신고납세 방식의 조세에 있어서는 원칙적으로 납세의무자가 스스로 과세표준과 세

액을 정하여 신고하는 행위에 의하여 조세채무가 구체적으로 확정되고, 그 납부행위는

신고에 의하여 확정된 구체적 조세채무의 이행으로 하는 것이며, 국가나 지방자치단체

는 그와 같이 확정된 조세채권에 기하여 납부된 세액을 보유하는 것이므로, 납세의무

자의 신고행위가 중대하고 명백한 하자로 인하여 당연무효로 되지 아니하는 한 그것이

바로 부당이득이 된다고 할 수 없고, 여기에서 신고행위의 하자가 중대하고 명백하여

당연무효에 해당되는지의 여부에 대하여는 신고행위의 근거가 되는 법규의 목적, 의미,

기능 및 하자 있는 신고행위에 대한 법적 구제수단 등을 목적론적으로 고찰함과 동시

에 신고행위에 이르게 된 구체적 사정을 개별적으로 파악하여 합리적으로 판단하여야

한다(대법원 1995. 12. 5. 선고 94다60363 판결 등).

우선 이 사건 신고행위의 하자가 중대한 것인지에 관하여 보면, 원고가 손금에 산

입할 수 있는 재고자산 건설자금에 소요되는 차입금의 이자를 손금에 산입할 수 없는

고정자산 건설자금에 소요되는 차입금의 이자로 착오하여 이 사건 신고행위에 이른 사

실은 앞서 본 바와 같고, 여기에 그 금액이 1,765,485,153원의 거액이라는 점 등을 더

하여 보면, 이 사건 신고행위의 하자가 중대하다고 볼 여지가 있다.

다음으로 이 사건 신고행위의 하자가 명백한 것인지에 관하여 보면, ① ‘대통령령으

로 정하는 건설자금에 충당한 차입금의 이자’는 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산

할 때 손금에 산입하지 아니하고(법인세법 제28조 제1항 제3호), ‘대통령령으로 정하는

건설자금에 충당한 차입금의 이자’란 그 명목여하에 불구하고 사업용 고정자산의 매입·

제작 또는 건설에 소요되는 차입금에 대한 지급이자 또는 이와 유사한 성질의 지출금을

말하므로(법인세법 시행령 제52조 제1항), 해당 차입금에 대한 지급이자가 손금에 산입

될 수 있는지 여부는 해당 차입금이 ‘고정자산’의 매입·제작 또는 건설에 소요되는 자금

인지에 따라 결정되고, 이는 구체적인 사실관계를 조사하여 보아야만 알 수 있는 점, ②

원고는 2008년부터 2013년까지 이를 알지 못한 채 계속 법인세를 신고·납부해왔고,

2008년 법인세 납부 후 4년 7개월이 경과한 후에야 법인세 초과납부 사실을 인지한 점,

③ 원고도 준비서면(2015. 1. 2.자)에서 ‘원고의 이 사건 혁신도시 조성사업은 건설사업

으로서 이를 위한 차입금이 특정차입금이라고 오해할 소지가 다분하다’고 인정하고 있

는 점, ④ 원고에게 이 사건 신고행위에 대한 구제수단으로서 국세기본법에서 정한 경

정청구권이 인정되는 점 등을 종합하면, 이 사건 신고행위의 하자가 명백하다고 할 수

없다.

따라서 이 사건 신고행위는 그 하자가 중대·명백한 경우에 해당하지 않으므로 당

연무효라 할 수 없고, 원고에게 이 사건 신고행위로 인한 불이익을 감수시키는 것이

현저하게 부당하다고 볼 만한 특별한 사정도 보이지 않으므로, 나머지 점에 관하여 살

펴볼 필요 없이 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

나. 과세관청의 직권경정의무 불이행으로 인한 불법행위책임의 성부

우선 경정청구기간 경과 후 신고 내용에 오류 또는 누락이 있음을 알게 된 경우에

과세관청에게 직권경정의무가 있는지 보건대, 법인세법 제66조 제2항 제1호 및 제4항

이 과세관청으로 하여금 과세표준 및 세액의 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때에

이를 경정하도록 규정하고 있다고 하더라도 이는 과세관청의 내부적 사무처리절차를

규정한 것에 지나지 않을 뿐만 아니라, 국세기본법 제45조의2에서 납세의무자의 경정

청구권을 명시적으로 규정하면서 그 행사기간 및 방법·절차 등을 정하고 있는 이상 납

세의무자에게 국세기본법 소정의 경정청구권 이외에 법인세법의 규정에 기한 법규상

또는 조리상 경정청구권이 있다고 볼 수 없다(대법원 2005. 2. 25. 선고 2004두12469

판결 참조).

위 법리에 경정청구기간을 과세제척기간보다 짧게 정하고 있었던 구 국세기본법의

취지(조세법률관계의 신속한 확정과 국가재정의 안정적 확보)를 더하여 보면, 경정청구

기간을 경과하여 법인세 신고 내용에 오류 또는 누락이 있음을 알게 된 경우 과세관청

으로서는 과세제척기간이 경과되기 전이라면 이를 직권으로 경정할 수는 있지만, 직권

으로 경정하여야 할 법적 의무가 있는 것은 아니라고 할 것이다(원고의 주장대로 과세

관청에게 경정청구기한과 상관없이 경정결정의무가 있다고 한다면, 납세의무자는 과세

제척기한 내에 언제든지 경정청구를 할 수 있으므로, 경정청구기한이 아무런 의미가

없게 된다).

따라서 이 사건의 경우 00세무서장이나 00지방국세청장에게 원고가 초과납

부하였다고 주장하는 2008사업연도 법인세 1,765,485,153원에 관하여 직권으로 경정하

여야 할 의무가 있다고 할 수 없으므로, 손해배상 액수 등 나머지 점에 관하여 살펴볼

필요 없이 원고의 위 주장은 이유 없다.

다. 피고에게 환급가산금 지급의무가 있는지 여부

경정청구기한이 경과하여 신고내용의 오류나 탈루를 알게 된 경우에 과세관청에게

직권으로 경정결정을 하여야 할 의무가 없음은 앞서 본 바와 같고, 과세관청에게 경정

결정의무가 없음에도 원고의 딱한 사정을 고려하여 시혜적으로 하는 감액경정결정의

경우에도 그 감액경정결정에 근거하여 지급하는 국세환급금에 환급가산금을 더하여 지

급하여야 한다는 원고의 주장은 다음과 같은 이유로 받아들일 수 없다.

① 이미 경정청구기간이 도과하여 원고가 더는 당초의 신고․납부행위에 따른 세

액의 확정을 다툴 수 없었지만, 과세관청이 원고의 이러한 고충을 직접 해결하고자 이

미 확정된 법인세액을 사후에 밝혀진 정당한 법리에 따라 시정하여, ‘당초 초과납부 되

었지만 부당이득은 아닌’3) 세액을 납세의무자에게 실제로 반환하는 근거를 마련하기

위하여는 법인세 감액경정결정은 필수적으로 거쳐야 하는 절차일 수밖에 없는바, 이러

한 감액경정결정은 본질적으로 당초의 법인세 신고행위의 오류를 바로잡기 위한 것이

아니라 사후에 비로소 초과납부된 것으로 판명된 일부 세액을 시혜적인 차원에서 납세

자에게 돌려주기 위한 절차에 불과하다.

② 나아가 이를 통상의 직권 감액경정처분과 동일하게 보아 감액된 세액 상당의

국세환급금에 더하여 환급가산금까지 지급해야 한다면, 신고납세방식 조세에 관한 납

세의무자의 세법상 구제 범위 확대를 위하여 도입한 경정청구제도가 형해화될 수 있

고, 조세법 체계의 일관성 및 안정성을 저해하는 결과를 초래할 수 있다.

③ 또한 과세관청이 부당이득이 아닌 초과세액을 환급할 법적 의무가 없음에도

직권 감액경정결정까지 하여 이를 환급하여 주었는데, 원고가 그러한 직권 감액경정결

정을 근거로 지급되는 국세환급금에 대하여 납부일부터 기산하는 환급가산금까지 지급

할 것을 요구함은 민법상 신의성실의 원칙에도 위배된다.

4. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.