대전지방법원-2014-구합-102516 (2015.05.20)

사 건

대전지방법원 2014구합102516

원고, 항소인

***

피고, 피항소인

ㅁㅁ세무서장

제1심 판 결

국패

변 론 종 결

2015.4.8.

판 결 선 고

2015.5.20.

주 문

1. 피고가 2014.6.11. 원고에 대하여 한 별지 과세 목록 기재 각 부가가치세 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 한국철도시설공단법(이하 ‘철도시설공단법’이라 한다)에 의하여 설립된 고는 철도시설의 건설 및 관리, 외국철도 건설과 남북 연결 철도망 및 동북아 철도망의 건설 등의 사업을 영위하고 있으며, 한국철도공사법(이하 ‘철도공사법’이라 한다)에 의하여 설립된 한국철도공사(이하 ‘철도공사’라 한다)는 철도여객사업, 화물운송사업, 철도시설의 유지·보수 등 국가·지방자치단체 또는 공공법인 등으로부터 위탁받은 사업 등을 영위하고 있다.

나. 원고는 2009년부터 2012년까지 철도공사로부터 발행받은 선로 등 유지보수비 세금계산서(이하 위 기간 동안 원고가 철도공사로부터 발급받은 유지보수비 세금계산서 를 통틀어 '이 사건 세금계산서'라 한다)에 의해 매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고․납부하였다.

다. 피고는 2014. 4. 30.부터 원고에 대하여 세무조사를 한 다음, 원고가 철도공사와 선로사용계약만을 체결하고 유지보수계약은 체결하지 않았음에도 철도공사로부터 발행받은 이 사건 세금계산서는 공급받는 자를 잘못 기재한 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 이유로 매입세액 공제를 부인하고 2014. 6. 11. 원고에게 별지 기재와 같이 2009년 제1기분부터 2012년 제2기분까지의 부가가치세 합계 244,172,348,830원(가산세 포함)을 부과하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

라. 원고는 2014. 6. 17. 조세심판원에 이 사건 처분에 대하여 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 국세기본법 제81조, 제65조 제2항에 따른 결정기간인 90일이 지나도록 결정을 하지 않고 있다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제6, 8, 9호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

부가가치세법상 용역공급에 해당하는 역무 제공의 원인은 계약상 모든 원인 혹은 법률상의 모든 원인과 같이 매우 포괄적으로 규정되어 있는바, 원고가 한국철도공사로 부터 발급받은 이 사건 세금계산서는 철도산업기본법(이하 ‘기본법’이라 한다), 철도시설공단법, 철도공사법 등에 근거한 법률상 원인 또는 국가, 원고, 철도공사 3자 간의 명시적․묵시적 계약에 근거한 계약상 원인에 따라 실제로 유지보수 용역을 제공받고 발급받은 세금계산서이지 사실과 다른 세금계산서가 아니므로, 이 사건 부과처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정되는 사실

1) 철도산업의 구조개혁과 한국철도시설공단 및 한국철도공사의 설립

가) 가는 2003. 7. 29. 기본법을 제정하여 철도산업의 경쟁력을 강화하고 발전기반을 조성하기 위하여 철도시설 부문과 철도운영 부문을 분리하는 철도산업의 구조개혁을 추진하였다.

나) 이에 따라 원고가 2004. 1. 1. 철도시설 관련 업무를 체계적이고 효율적으로 추진하기 위하여 철도청과 고속철도시설공단의 관련 조직을 통․폐합하여 설립되었다.

다) 또한 철도공사가 2005. 1. 1. 철도운영 관련 사업의 전문성과 효율성을 높이기 위하여 철도청 및 고속철도건설공단의 관련 조직을 전환하여 정부의 전액 출자로 설립되었다.

2) 국가와 원고 및 철도공사 사이의 계약관계

가) 국가와 원고 사이의 일반철도 시설자산 관리 위탁계약

(1) 국토교통부장관2)은 2004. 4.경 원고와 사이에, 관리위탁기간을 2008. 12. 31.까지로 정하여 원고에게 일반철도 자산의 관리를 위탁하는 계약(이하 ‘자산관리계약’이라 한다)을 체결하였는데, 그 중 이 사건과 관련된 부분은 다음과 같다.

제3조(관리위탁 업무의 범위 등)

① 국토교통부장관은 원고에게 다음 각 호의 업무(이하 ‘위탁업무’라 한다)를 시행하도록 하고 원고는 철도자산 관리 전반에 관한 책임을 진다.

1. 국유재산법(이하 이 호에서 ‘법’이라 한다)의 규정에 의한 다음의 업무

가. 법 제11조의 규정에 의한 등기, 등록 그밖에 필요한 조치

나. 법 제12조의 규정에 의한 관리처분계획 제출 및 집행상황 보고

라. 법 제23조의 규정에 의한 국유재산의 사용승인

제6조(사용수익허가 등)

① 원고는 수탁자산에 대하여 국토교통부장관의 승인을 얻어 사용􎇍수익하거나 다른 사람으로 하여금 사용􎇍수익하게 할 수 있다.

제7조(선로 등의 사용 특례)

제6조의 규정에 불구하고 2004년도, 2005년도의 철도청 또는 철도공사법에 의하여 설립되는 철도공사가 기본법 제3조 제2호 가목 내지 라목3)의 철도시설(이하 ‘선로 등’이라 한다)을 여객 또는 화물운송을 목적으로 사용하는 것에 대하여는 국토교통부가 선로 등의 사용계약 등의 조치를 하고 사용료 징수 등 사용계약 관리는 원고가 한다.

제8조(수탁자산의 사용료 등)

원고가 수탁자산을 사용􎇍수익하는 자로부터 받는 사용료는 국유재산법에 규정된 사용료율과 평가방법에 의하여 산출된 금액을 기준으로 하되, 예상수익을 참작하여 결정한다. 다만 다음 각 호의 사항은 각각의 기준에 의한다.

1. 기본법 시행령의 규정에 의한 ‘선로 등’의 사용: 기본법 시행령 제36조 제1항의 규정4)에 의한 선로 등의 사용료

제10조(운영지원)

국토교통부장관은 원고에게 위탁업무 수행에 필요한 인력􎇍장비􎇍시설􎇍비용 등을 지원할 수 있다.

제11조(예산과 결산)

① 원고는 매사업년도마다 위탁업무에 대한 총수입과 총지출을 예산안으로 편성하여 국토교통부장관의 승인을 얻어야 한다.

② 원고는 1년을 단위로 수탁자산에서 발생한 수익(정부지원 수입을 포함한다)과 관리비용내역 및 결산현황을 작성하여 국토교통부장관에게 제출하여야 한다.

제13조(철도자산의 유지보수 등)

① 철도자산의 관리업무 중 수탁자산에 대한 유지보수 시행업무는 국토교통부장관이 철도청 또는 공사와 위탁계약 등의 조치를 통하여 철도청 또는 공사(이하 ‘유지보수 수탁자’라한다)가 시행하며 유지보수에 대한 계획수립 등의 국토교통부장관의 업무는 원고가 시행한다

② 원고가 제1항의 규정에 의한 유지보수 관련 업무를 적정하게 시행할 수 있도록 국토교통부장관은 제1항의 규정에 의하여 유지보수 수탁자와 유지보수 시행업무의 위탁계약 등의 조치를 취할 경우 다음 각 호의 의무사항을 포함하여야 한다.

1. 유지보수 수탁자는 유지보수 계획 수립에 필요한 기초자료를 작성하여 원고에 제출하도록 한다.

③ 원고는 수탁자산 유지보수에 대한 다음 사업년도의 사업계획 및 예산안을 작성하여 매년 12월 10일까지 제출하여 국토교통부장관의 승인을 얻어야 한다.

(2) 국토교통부장관은 2009. 5. 20. 원고와 사이에, 관리위탁기간을 2009. 1. 1.부터 2013. 12. 31.까지로 정하여 자산관리계약을 체결하였는데, 이전의 계약과 달라진 부분으로 이 사건과 관련된 것은 다음과 같다.

제3조(관리위탁 업무의 범위 등)

① 국토교통부장관은 원고에게 다음 각 호의 업무(이하 ‘위탁업무’라 한다)를 시행하도록 하고 원고는 철도자산 관리 전반에 관한 책임을 진다.

1. 국유재산법(이하 이 호에서 ‘법’이라 한다)의 규정에 의한 다음의 업무

가. 법 제9조의 규정에 의한 관리􎇍처분계획 제출 및 집행상황 보고(종전 제12조)

나. 법 제12조 및 제14조의 규정에 의한 소유자 없는 부동산의 처리 및 기등록, 그 밖의 필요한 조치(종전 제8조 및 제11조)

라. 법 제17조의 규정에 의한 사용승인(종전 제23조)

제7조(선로 등의 사용계약)

한국철도공사 등이 기본법 제3조 제2호 가목 내지 라목의 철도시설(이하 ‘선로 등’이라 한다)을 여객 또는 화물운송을 목적으로 사용하는 것에 대하여는 원고가 선로 등의 사용계약 등의 조치를 하고 사용료 징수 등 사용계약 관리를 한다.

제13조(철도자산의 유지보수 등)

철도자산의 관리업무 중 수탁자산에 대한 유지보수 시행업무는 기본법 제38조의 규정에 의거 체결하는 ‘일반철도 유지보수 위수탁계약서’에 따른다.

나) 국가와 철도공사의 일반철도 시설 유지보수 위․수탁 계약

(1) 국토교통부장관은 2004. 12. 31. 철도청과 사이에, 위탁계약기간을 2005. 1. 1.부터 2009. 12. 31.까지로 정하여 철도청에게 일반철도시설의 유지보수 시행업무를 위탁하는 계약(이하 ‘유지보수계약’이라 한다)을 체결하였고, 위 계약은 철도공사법 부칙(2003. 12. 31.) 제6조 제2항 및 위 계약 제16조 제2항에 따라 철도공사에게 승계되었는데, 그 중 이 사건과 관련된 부분은 다음과 같다.

제2조(위탁범위)

국토교통부장관이 철도청에게 위탁하는 범위는 국가소유의 철도시설(별표)에 대한 선로, 건축물, 전철전력, 신호, 정보통신, 철도교통관제시설 등(이하 ‘철도시설물’이라 한다)의 유지보수 업무로 한다.

제5조(유지보수계획)

① 철도청은 매년도 3월까지 다음연도의 유지보수 계획수립에 필요한 관련 자료 및 유지보수비용내역을 작성하여 국토교통부장관에게 제출하여야 하며 국토교통부장관은 매 사업연도의 유지보수 계획 및 예산을 편성하여 철도청에게 통보하여야 한다.

② 철도청은 제1항의 규정에 의하여 통보받은 예산범위 내에서 유지보수에 대한 집행계획서(이하 ‘집행계획서’라 한다)를 작성하여 국토교통부장관에게 승인을 얻어야 한다.

제6조(유지보수비용의 지급)

① 국토교통부장관이 철도청에게 유지보수 업무를 위탁함에 따라 지불하여야 할 비용(이하 ‘위탁비’라 한다)의 지출은 철도청이 제출하는 지출계획서와 비용집행내역에 근거하여 매분기별로 위탁비를 철도청에게 지불하며, 이는 철도청이 지정하는 은행계좌에 입금하여야 한다.

제7조(유지보수 실시 등)

① 철도청은 제5조 제2항에서 수립한 집행계획에 따라 유지보수 업무를 수행하여야 한다.

제8조(유지보수비용의 결산 및 정산)

① 철도청은 매사업연도 종료후 3월 이내에 위탁사무에 대한 결산서를 작성하여 공인회계사의 검토를 거친 후 국토교통부장관에게 제출하여야 한다.

제16조(계약서 작성 및 효력)

② 본 계약의 효력은 2005. 1. 1.부터 발생하며, 한국철도공사가 설립된 때에는 철도청을 한국철도공사로 본다.

(2) 국토교통부장관은 2010. 1. 25. 철도공사와 사이에, 위탁계약기간을 2010. 1. 1.부터 2012. 12. 31.까지로 정하여 유지보수계약을 체결하였는데, 이전의 계약과 달라진 부분으로 이 사건과 관련된 것은 다음과 같다.

제2조(위탁범위)

국토교통부장관이 철도공사에게 위탁하는 범위는 국가소유의 철도시설(별표)에 대한 선로, 건축물, 전철전력, 신호, 정보통신, 방음벽, 철도교통관제시설 등(이하 ‘철도시설물’이라 한다)의 유지보수(하자관리 포함) 업무로 한다.

※ 이전 계약의 제8조(유지보수비용의 결산 및 정산)는 동일한 내용으로 제9조(유지보수비용의 결산 및 정산)로 옮겨졌다.

다) 국가, 원고와 철도공사 사이의 일반철도 선로 등 사용계약

(1) 국토교통부장관은 2004. 12. 31. 철도청과 사이에, 사용기간을 2005. 1. 1.부터 2005. 12. 31.까지로 정하여 철도청이 선로 등 일반철도 시설을 사용하는 계약(이하 ‘선로사용계약’이라 한다)을 체결하였고, 위 계약은 철도공사법 부칙(2003. 12. 31.) 제6조 제2항 및 계약 부칙 제1조에 따라 철도공사에게 승계되었는데, 그 중 이 사건과 관련된 부분은 다음과 같다.

제2조(적용범위)

본 계약은 기본법 제3조 제2호 가목 내지 라목에 해당하는 철도시설 중 기본법 제26조의 규정에 의한 철도시설관리권이 설정된 시설을 제외한 국가소유의 철도시설(이하 ‘선로 등’ 이라 한다)을 철도청이 당해 선로 등을 여객 또는 화물운송을 목적으로 사용하고자 하는 경우에 한한다.

제7조(선로 등 사용료)

① 철도청은 국토교통부장관이 제공하는 선로 등에 대한 사용료를 납부하여야 한다.

② 제1항의 규정에 의한 선로 등의 사용료는 금 354,060,000,000원으로 한다.

③ 제2항의 사용료는 매 분기별로 납부(1/4씩 매분기)하여야 하며 국토교통부장관이 지정한 철도시설관리자가 발행하는 납부고지서에 의하여 납부하되, 사용료 납부시는 일반철도시설 유지보수 위수탁계약과 관련하여 철도청이 지급받을 금액과 연계하여 처리할 수 있다.

④ 제2항의 선로 등 사용료 및 제3항의 유지보수비용에 대하여 부가가치세 납부 등 조정하여야 할 사항이 발생할 경우, 국토교통부장관과 철도청이 상호협의하여 조정한다.

부 칙

제1조(계약의 승계)

본 계약사항에 대해서는 한국철도공사법에 의하여 설립되는 한국철도공사가 일괄승계한다.

제5조(부가사항)

본 계약서는 2부를 작성하여 철도시설관리자와 철도운영자가 각각 1부씩 보관한다.

(2) 원고는 2005. 12. 30. 철도공사와 사이에, 사용기간을 2006. 1. 1.부터 2008.12. 31.까지로 정하여 선로사용계약을 체결하였는데, 이전의 계약과 달라진 부분으로 이 사건과 관련된 것은 다음과 같다.

제7조(유지보수)

본 계약의 대상인 선로 등에 대한 유지보수는 ‘일반철도시설 유지보수위􎇍수탁계약’에 따른다.

제8조(선로 등 사용료)

① 철도공사는 원고가 제공하는 선로 등에 대하여 사용료를 납부하여야 한다.

② 제1항에 의하여 철도공사가 매년 납부해야 할 사용료는 당해연도 예산에 반영된 일반철도 유지보수비의 총액에서 정부가 철도공사에게 지원하는 유지보수비를 제외한 금액으로 하되, 전년도 12월 말까지 다음 연도에 납부하여야 할 사용료를 원고와 철도공사가 합의하여 확정한다. 다만, 일반철도 유지보수비 정산결과 변경이 있을 경우에는 변경된 유지보수비를 기준으로 한다.

③ 제2항의 사용료는 매분기별로 원고가 발행하는 납부고지서에 의하여 납부하되, 원고가 철도공사에게 지급해야 할 일반철도 유지보수비와 상계처리할 수 있다.

④ 제2항에서 정한 사용료에 대하여 정부의 지원정책 변경이 있을 경우 등 조정하여야 할 사항이 발생할 경우에는 원고와 철도공사가 합의하여 조정한다.

※ 계약서 끝에는 원고를 ‘철도시설관리자’로, 철도공사를 ‘철도운영자’로 표기하고 있다.

(3) 원고는 2009. 3. 31. 철도공사와 사이에, 사용기간을 2009. 1. 1.부터 2009. 12. 31.까지로 정하여 선로사용계약을 체결하였는데, 이전의 계약과 달라진 부분으로 이 사건과 관련된 것은 다음과 같다.

제8조(선로 등 사용료)

① 철도공사는 원고가 제공하는 선로 등에 대하여 선로 등 사용료를 납부하여야 한다.

② 제1항에 의하여 철도공사가 2009년도에 납부해야 할 선로 등 사용료는 우선 2009년 일반철도 유지보수비용의 70%(예산상 415,172백만 원, 부가가치세 포함)로 하고, 정부의 선로사용료 산정기준 용역 결과에 따라 정부방침이 결정되면 이에 따른다.

제9조(선로 등 사용료 지급)

철도공사는 선로 등 사용료를 매분기별로 원고가 발행하는 납부고지서에 의하여 계약당사자가 지정한 은행계좌에 납부하여야 한다. 다만, 필요할 경우 원고가 철도공사에게 지급해야 할 일반철도 유지보수비와 상계처리할 수 있다.

(4) 원고는 2010. 5. 4. 철도공사와 사이에, 사용기간을 2010. 1. 1.부터 2010. 12. 31.까지로 정하여 선로사용계약을 체결하였는데, 이전의 계약과 달라진 부분으로 이 사건과 관련된 것은 다음과 같다.

제8조(선로 등 사용료)

① 철도공사는 원고가 제공하는 선로 등에 대하여 선로 등 사용료를 납부하여야 한다.

② 제1항에 의하여 철도공사가 2010년도에 납부해야 할 선로 등 사용료는 우선 2010년도 일반철도 유지보수비용 총액의 70%인 433,589백만 원에서 정부의 선로 등 사용료 감면금액 43,400백만 원을 제외한 390,189백만 원(부가가치세 포함)으로 하고, 정부의 선로사용료 산정기준 용역 결과에 따라 정부방침이 결정되면 이에 따른다.

※ 제9조(선로 등 사용료 지급)의 선로 등 사용료를 일반철도 유지보수비와 상계할 수 있다는 규정은 그대로 유지되었다.

(5) 원고는 2011. 12. 16. 철도공사와 사이에, 사용기간을 2011. 1. 1.부터 2011. 12. 31.까지로 정하여 선로사용계약을 체결하였는데, 이전의 계약과 달라진 부분으로 이 사건과 관련된 것은 다음과 같다.

제8조(선로 등 사용료)

① 철도공사는 원고가 제공하는 선로 등에 대하여 선로 등 사용료를 납부하여야 한다.

② 제1항에 의하여 철도공사가 2011년도에 납부해야 할 선로 등 사용료는 우선 2011년도 일반철도 유지보수비용 총액의 70%인 429,567백만 원에서 정부의 선로 사용료 감면금액 20,000백만 원을 제외한 409,567백만 원(부가가치세 포함)으로 하고, 정부의 선로사용료 산정기준 용역 결과에 따라 정부방침(적용시기 포함)이 결정되면 이에 따른다.

※ 제9조(선로 등 사용료 지급)의 선로 등 사용료를 일반철도 유지보수비와 상계할 수 있다는 규정은 그대로 유지되었다.

(6) 원고는 2012. 3. 30. 철도공사와 사이에, 사용기간을 2012. 1. 1.부터 2012.12. 31.까지로 정하여 선로사용계약을 체결하였는데, 이전의 계약과 달라진 부분으로 이 사건과 관련된 것은 다음과 같다.

제8조(선로 등 사용료)

① 철도공사는 원고가 제공하는 선로 등에 대하여 선로 등 사용료를 납부하여야 한다.

② 제1항에 의하여 철도공사가 2012년도에 납부해야 할 선로 등 사용료는 우선 2012년도 일반철도 유지보수비용 총액의 70%인 421,150백만 원에서 정부의 선로 사용료 감면금액 20,000백만 원을 제외한 401,150백만 원(부가가치세 포함)으로 하고, 정부의 선로사용료 산정기준 용역 결과에 따라 정부방침(적용시기 포함)이 결정되면 이에 따른다.

제9조(선로 등 사용료 지급)

철도공사는 선로 등 사용료를 매분기별로 원고가 발행하는 납부고지서에 의하여 계약당사자가 지정한 은행계좌에 납부하여야 한다. 납부방법 및 시기는 양 기관이 상호 협의하여 처리한다.

3) 철도공사의 원고에 대한 세금계산서 발행

철도공사는 2009년부터 2012년까지 매해 유지보수계약에 따라 지급받아야 할 유지보수비 총액의 30%는 국토교통부장관을 공급받는 자로 기재하여 정부에게 세금계산서를 발행하는 한편, 나머지 유지보수비 총액의 70%는 원고와 사이에 선로사용계약에 따라 원고에게 지급해야 할 선로 등 사용료와 상계한 후, 원고를 유지보수 용역을 공급받는 자로 기재하여 원고에게 세금계산서를 발행하여 왔다.

4) 원고와 철도공사 사이의 2013년도 이후 유지보수계약 체결

(가) 국토교통부는 2013. 1. 9. 원고와 철도공사에게 ‘일반철도 시설자산의 관리 및 유지보수 관리체계 개선방안’ 방침에 따라 2013년부터 원고와 철도공사가 일반철도 유지보수계약을 체결하여 유지보수 업무를 시행할 것을 알렸다.

(나) 이에 따라 원고는 2013. 3. 20. 철도공사와 사이에, 위탁계약기간을 2013. 1. 1.부터 2015. 12. 31.까지로 정하여 유지보수계약을 체결하였는데, 그 중 이 사건과 관련된 부분은 다음과 같다.

제2조(위탁범위)

① 원고가 철도공사에게 위탁하는 범위는 국가소유의 철도(별표)에 대한 선로, 건축물, 전철전력, 신호, 정보통신, 방음벽, 철도교통관제시설 등(이하 ‘철도시설물’이라 한다)의 유지보수(하자관리 포함) 업무로 한다.다만 철도공사에게 무상임대된 승강장,연결통로,지하 정거장 및 철도시설자산관련 건축물은 제외한다.

제5조(위탁사업비)

① 위탁사업에 소요되는 사업비(이하 ‘위탁사업비’라 한다)는 당해연도 확정금액(철도공사가 공제받을 수 있는 매입세액 제외)으로 하고, 매년 이를 별도의 문서로 원고가 철도공사에게 통보한다.

② 위탁사업비는 국가에서 부담하는 부분(이하 ‘국가부담분’이라 한다)과 선로사용료로 충당하는 부분(이하 ‘선로사용료분’이라 한다)으로 구분한다.

제8조(유지보수계획)

② 철도공사는 매년 3월 말까지 다음연도 사업계획 수립을 위해 원고가 요구하는 자료를 원고에게 제출하여야 한다.

③ 철도공사는 다음연도 예산에 대한 분기별 자금집행계획서는 매년 12월 10일, 실행예산(안)은 매년 12월 20일까지 원고에게 제출하여야 한다.

⑤ 철도공사는 제5조 제1항에 의거 원고에게 통보받은 날로부터 2월 이내에 당해 연도 예산집행계획서(이하 ‘집행계획서’라 한다)를 원고에게 제출하여 원고의 승인을 득하여야 한다.

제9조(유지보수 실시 등)

① 철도공사는 제8조 제5항에 의한 집행계획서에 따라 유지보수를 수행하여야 한다.

제10조(위탁사업비의 결산 및 정산)

③ 위탁사업비에 대한 원고의 정산 결과 발생된 잔액 중 국가부담분은 원고가 지정한 계좌로 입금하고, 선로사용료분은 원고와 철도공사가 협의하여 처리하여야 한다.

5) 기타 관련 사실

(가) 국가는 2001년경 당시 주무부서인 건설교통부를 통하여 철도산업구조개혁 추진위원회를 운영하며 철도산업 구조개혁을 추진하였는데, 위 위원회는 2002. 11.경 ‘철도구조개혁 대비 선로사용료․SO(Public Service Obligation)․건설투자 체계 방안 연구’용역 결과를 보고받았으며, 그 중 ‘구조개혁시 선로사용료 기준’과 관련하여 건의된 최적 대안의 내용은 다음과 같다.

구조개혁시 선로사용료 실행방안

○ 고속철도: 영업수입의 31% 부과

- 일부 장기 한계비용(건설비 65%＋유지보수비 100%)회수를 목표로 원리금 상환 계획

(30년)과 영업수입을 감안하여 영업수입의 일정율을 정하여 징수

○ 일반철도: 전체 유지보수비용의 70% 부과

- 고정사용료(60%)와 변동사용료(40%)로 구분하여 부과

- 노선별 영업수입과 유지보수비 등을 감안하여 전체노선을 4개 그룹으로 구분하여 차등부과

- 열차등급별로 구분하여 차등부과

(나) 원고는 그동안 철도공사가 제출한 유지보수 사업계획 및 예산안을 승인하고, 집행계획서를 검토하며, 철도 트러스 교량 보수 지시를 하는 등 철도공사의 유지보수업무와 관련하여 각종 지시와 검토를 하여 왔으며, 재해취약시설 일제 점검, 철도보호지구내 안전관리 현장조사 및 결과 보고, 철도보호지구내 행위허가 등 일반철도 관리업무를 수행하여 왔다.

(다) 국토교통부는 2014. 5. 29., 2014. 6. 10. 피고에게 ‘원고가 기본법에 따른 철도시설 관리자로서 자산관리계약에 따라 일반철도 시설자산 관리 업무의 주체로 보고있으며, 특히 일반철도시설의 유지보수 계획 수립, 관련 예산 집행의 점검 및 정산 등 에 대해 실질적으로 일반철도시설 유지보수와 관련하여 원고가 국가를 대신하여 철도관리청의 업무를 대행토록하고 하고 있다’는 취지의 의견을 제출하였다.

(라) 원고는 2005년경부터 철도공사로부터 유지보수비용에 관한 세금계산서를 이 사건 세금계산서와 동일한 방식으로 발행받아 이를 매입세액으로 공제하여 부가가치세를 신고납부하여 왔는데, 피고는 2008. 6. 27.부터 2008. 8. 22.까지 원고에 대하여 세무조사를 실시한 후, 원고가 철도시설 유지보수 비용으로 지불한 금액 중 철도시설의 유지보수 과정에서 취득한 시설자산은 부가가치세 면제대상으로 그 취득비용 상당액을 매입세액 공제할 수 없다는 이유로 매입세액 공제를 부인하고 부가가치세를 부과하는 조치를 하였을 뿐, 이 사건과 같이 원고가 철도공사와 유지보수계약을 체결하지않아 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 문제를 제기하지는 않았다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5, 10 내지 14호증, 을 제1, 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 매입세액 공제가 부인되는 사실과 다른 세금계산서에 관한 법리

부가가치세법(2013. 1. 1. 법률 제11608호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘부가가치세법’이라 한다)5) 제17조 제2항 제2호는 발급받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 ‘필요적 기재사항’이라 한다)의 전부 또는 일부가 ‘사실과 다르게’ 적힌 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 않도록 규정하고 있고, 제16조 제1항 제2호에서는 필요적 기재사항의 하나로서 ‘공급받는 자의 등록번호’를 규정하고 있다.

그런데 이 경우에 ‘사실과 다르다’는 의미는 과세의 대상이 되는 소득·수익·계산·행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다고 규정한 국세기본법 제14조 제1항의 취지에 비추어, 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리키는 것이다(대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617 판결 등 참조).

2) 기본법, 철도시설공단법의 규정 내용

(가) 기본법(2013. 3. 23. 법률 제11690호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)6)

기본법 제19조는 철도의 관리청을 국토교통부장관으로 정하면서, 국토교통부장관은 철도시설의 건설 및 관리 등에 관한 업무를 원고로 하여금 대행하게 할 수 있으며,원고는 국토교통부장관의 업무를 대행하는 범위안에서 기본법과 철도관련법률의 적용에 있어서 철도의 관리청으로 보는 것으로 규정하고 있다. 기본법 제20조는 철도시설은 국가가 소유하는 것을 원칙으로 하고, 국토교통부장관은 철도시설의 건설 및 관리, 철도시설의 유지보수 및 적정한 상태 유지 등의 시책을 수립․시행하고, 철도시설 관련 업무의 집행 조직으로서 원고를 설립한다고 규정하고 있다. 기본법 제21조는 철도운영 관련 사업은 시장경제원리에 따라 국가 외의 자가 영위하는 것을 원칙으로 하고, 국토교통부장관은 철도운영부문의 경쟁력 강화, 철도운영서비스의 개선 등 시책을 수립․시행하고, 철도운영 관련 사업을 효율적으로 경영하기 위하여 철도공사를 설립한다고 규정하고 있다. 기본법 제22, 23조는 철도자산을 운영자산, 시설자산, 기타자산으로 구분하고, 국가는 운영자산을 철도공사에 현물출자하며, 국토교통부장관은 시설자산, 기타자산의 관리업무를 원고, 철도공사 등에게 위탁하거나 그 자산을 사용․수익하게 할 수 있는 것으로 규정하고, 기본법 제24조는 운영자산과 관련된 부채는 철도공사가, 시설자산과 관련된 부채는 원고가 각각 포괄하여 승계하는 것으로 규정하고 있다.

기본법 제38조는 국토교통부장관은 기본법에 따른 권한의 일부를 원고, 철도공사 등에 게 위탁할 수 있고, 다만 철도시설 유지보수 시행업무는 철도공사에 위탁하는 것으로 규정하고 있다. 한편 기본법 제3조 제9호는 원고를 철도시설관리자로 정의하고 있는데, 기본법 제31조는 철도시설을 사용하고자 하는 자는 관리청의 허가를 받거나 철도시설관리자와 시설사용계약을 체결하도록 하고 있으며, 철도시설관리자는 철도시설을 사용하는 자로부터 사용료를 징수할 수 있는 것으로 규정하고 있다.

(나) 철도시설공단법(2013. 3. 23. 법률 제11690호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)

철도시설공단법 제7조는 공단이 철도시설의 건설 및 관리, 철도시설에 관한 기술의 개발․관리 및 지원 등 사업을 하는 것으로 규정하고 있고, 제8조는 원고가 제7조에 따른 사업을 시행할 때에는 철도운영자와 상호 협력체계를 구축하는 등 필요한 조치를 마련하여야 하고, 철도시설의 건설·유지보수·관리 및 역세권 개발 등의 계획과 그 시행방법 등 원고와 철도운영자 간의 상호 협력·협의에 필요한 사항은 국토교통부 령으로 정한다고 규정하고 있다.

3) 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당하는지 여부

가) 위 인정 사실 및 기본법 제38조의 규정에 의하면, 이 사건 유지보수계약의 당사자는 국가(국토교통부장관)와 철도공사인 것으로 인정되기는 한다.

나) 그러나 위 인정 사실 및 위에서 본 기본법, 철도공단시설법의 규정 내용에 의하면, ① 국가는 철도산업을 철도시설 부문과 철도운영 부문으로 분리하는 구조개혁을 추진하면서, 국가 소유인 철도시설의 건설 및 관리 등을 위한 집행조직으로 원고를, 철도운영 관련 사업의 영위자로 철도공사를 각 설립한 것인 점, ② 원고는 기본법에 의하여 시설부채를 포괄적으로 승계하였을 뿐만 아니라 이 사건 자산관리계약에 의하여 철도자산 관리 전반에 관한 책임을 부담하면서, 국유재산인 철도자산의 등기, 등록 그 밖에 필요한 조치, 철도자산의 관리․처분계획 제출, 철도자산의 사용승인 등 일반철도시설자산의 관리에 관한 국토교통부장관의 권한을 위탁받음으로써 관리청 내지 철도시설관리자의 지위를 갖게 된 점, ③ 원고의 주요 설립 목적 사업인 철도시설 ‘관리’에는 철도시설의 사용계약 관리뿐만 아니라 그 유지보수도 포함된다고 보아야 하며8), 원고는 실제로 유지보수업무 시행기관인 철도공사로부터 유지보수 계획 수립에 필요한 기초자료를 제공받아 철도시설의 유지보수 계획을 수립하고 소요 비용을 추산하여 예산안을 작성하며, 철도공사에게 유지보수에 관한 지시를 하는 등 실질적으로 유지보수업무를 담당한 점, ④ 원고는 관리청 내지 철도시설관리자로서 철도공사와 일반철도시설자산인 선로 등 사용계약을 체결하고 그 사용료 징수 권한을 갖고 있으며, 사용료징수의 반대급부로서 선로 등 사용계약에 따라 선로를 유지보수하여 사용에 적합한 상태로 제공할 책임을 철도공사에 대하여 부담하는 것으로 보아야 하는 점, ⑤ 이 사건 선로사용계약은 그 사용료를 일반철도 시설 유지보수 위수탁계약과 관련하여 지급받을 금액과 연계하여 처리하거나(2004년도 선로사용계약), 일반철도 유지보수비와 상계처리할 수 있는 것으로(2005년도 이후 선로사용계약) 규정하고 있는데, 이는 원고와 철도공사가 서로 유지보수계약과 선로사용계약이 연계되어 있으며 각 그 계약상 채권자인 동시에 채무자임을 인정하고 있는 상태에서라야 규정이 가능한 내용인 점, ⑥ 철도공사가 부담하는 일반철도 선로 등 사용료는 철도산업 구조개혁 관련 용역 결과 중 ‘구조개혁시 선로사용료 기준’의 내용대로 철도시설 부문과 철도운영 부문의 분리를 전제로 하여 유지보수비의 70%로 결정되었고, 또 그 내용에 따라 철도시설관리자인 원고와 철도운영자인 철도공사가 선로 등 사용료와 유지보수비의 70%를 상계처리하였던 점, ⑦원고는 유지보수 사업계획 및 예산안을 작성하여 국토교통부장관의 승인을 얻어야 하고, 철도공사는 위 예산안의 범위 내에서 유지보수에 관한 집행계획서를 작성하여 국토교통부장관의 승인을 얻어야 하며 그 집행 후에는 매 사업연도마다 결산서를 작성하여 국토교통부장관에게 제출하며, 원고는 1년을 단위로 수탁자산에서 발생한 수익과 관리비용 내역 및 결산현황을 작성하여 국토교통부장관에게 제출하여야 하므로, 위와 같은 선로 등 사용료와 유지보수비 70%의 상계는 자산관리계약, 유지보수계약, 선로사용계약의 각 당사자인 국가, 원고, 철도공사 모두의 인식과 동의하에 이루어진 것으로 볼 수밖에 없는 점, ⑧ 피고도 2008. 6.경의 세무조사 당시 이 사건 세금계산서와 같이 원고가 공급받는 자로 기재된 유지보수용역에 관한 세금계산서에 대해 유지보수 용역을 공급받는 자와 관련하여서는 별다른 문제 제기를 하지 않았던 점, ⑨ 2013년 이후부터는 원고가 직접 철도공사와 사이에 이전의 계약 내용과 사실상 같은 내용으로 유지보수계약을 체결하고 유지보수비의 70%와 선로 등 사용료를 상계처리하고 있으며, 나머지 유지보수비의 30%도 국가가 여전히 철도공사에 지급함으로써 원고, 철도공사,국가 사이의 채권채무관계는 이 사건 부가가치세 과세기간의 법률관계와 아무런 차이가 없는 점, ⑩ 국토교통부도 원고가 철도시설관리자로서 일반철도시설 유지보수와 관련하여 국가를 대신하여 업무를 대행하고 있는 것이라는 의견을 밝히고 있는 점 등의 사정을 알 수 있다.

위와 같은 사정들을 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 비록 이 사건 유지보수계약의 당사자로서 계약을 체결한 것은 국가라 하더라도, 국가가 철도시설 관련 업무의 담당기관으로서 설립한 원고에게 일반 철도시설 자산의 관리를 위탁하고 그에 따른 권한과 책임을 부여하였으며, 이에 따라 원고가 철도자산 관리 업무의 내용으로서 철도공사로부터 유지보수용역을 제공받고 그 용역비 채무를 자신의 철도공사에 대한 선로등 사용료 채권과 상계하는 방법으로 지급하여 온 것이므로, 국가는 단지 유지보수계약의 형식상 당사자에 불과하고 철도공사가 제공한 유지보수 용역을 실제로 수령한 자는 원고라고 봄이 상당하다.

따라서 이 사건 세금계산서는 유지보수용역의 효과가 실질적으로 귀속되는 원고를 공급받는 자로 하여 발행된 것으로서 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 아니하여 그 매입세액은 매출세액에서 공제되어야 할 것이므로, 이와 달리 매입세액 공제를 부인하여 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.