서울행정법원-2014-구합-68188 (2016.02.26)

사 건

2014구합68188 법인세부과처분취소

원고, 항소인

OOOO 주식회사

피고, 피항소인

OO세무서장

제1심 판 결

국패

변 론 종 결

2016. 1. 22.

판 결 선 고

2016. 2. 26.

주 문

1. 피고가 2012. 1. 14. 원고에게 한 2007 사업연도 법인세 123,606,660원, 2008 사업연도 법인세 1,282,001,070원, 2009 사업연도 법인세 403,817,130원의 부과처분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 계약관리, 재무 및 판매지원을 위한 전산시스템 개발을 위해 외부 업체와위탁개발 용역계약을 체결하고, 전체 외주용역비 21,520,877,000원 중 15,064,613,000원은 지급시점마다 지급액의 70%를 자산으로 계상한 후 시스템 개통일이 속하는 2010 사업연도부터 감가상각하였으며, 나머지 6,456,263,000원(이하 ‘이 사건 비용’이라 한다)은 지급시점마다 지급액의 30%를 연구단계비용으로 당기비용으로 회계처리하였다.

나. 피고는 이 사건 비용을 개발비로서 무형고정자산에 해당한다고 보아 관련 사업연도의 감가상각 한도초과액을 손금불산입하여, 2012. 1. 14. 원고에게 2007 사업연도 법인세 123,606,660원, 2008 사업연도 법인세 1,282,001,070원, 2009 사업연도 법인세 403,817,130원을 부과하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1 내지 3호증의 각 기재(가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

2. 관계 법령 및 기업회계기준

별지 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제23조제2항, 같은 법 시행령 제24조 제1항 제2호 바목은 “상업적인 생산 또는 사용 전에 재료·장치·제품·공정·시스템 또는 용역을 창출하거나 현저히 개선하기 위한 계획 또는 설계를 위하여 연구결과 또는 관련 지식을 적용하는데 발생하는 비용으로서 당해 법인이 개발비로 계상한 것”을 감가상각할 수 있는 무형고정자산으로 규정하고 있다. 한편 같은 법 시행령 제31조 제1항은 법인이 감가상각자산을 취득하기 위하여 지출한 금액을 손금으로 계상한 경우 이를 감가상각한 것으로 보아 상각범위액을 계산하도록 하고 있다.

그런데 법인세법 시행령 제24조 제1항 제2호 바목은 2002. 12. 30. 대통령령 제17826호로 개정되기 전에는 무형고정자산인 연구개발비를 “신제품·신기술의 연구 또는 개발활동과 관련하여 비경상적으로 발생한 비용으로서 미래의 경제적 효과와 이익을 기대할 수 있는 것”으로 규정하고 있었으나, 위 2002. 12. 30.자 개정으로 “당해 법인이 개발비로 계상할 것”이라는 요건이 추가되었는데 이는 “연구개발비에 대한 세무회계를 기업회계기준과 일치시키는 등 납세자의 편의를 증진”시키기 위함이다(위 시행령 개정이유 참조).

무형고정자산인 개발비를 규정하고 있는 문언, 개정 연혁 및 이유, 법인세법 제43조에서 정하고 있는 기업회계기준과 관행의 우선 적용 원칙 등에 비추어 볼 때, 법인세법 시행령 제24조 제1항 제2호 바목은 법인이 시스템 등을 창출하기 위하여 발생한 비용 등에 대하여 일반적인 기업회계기준이나 관행과 어긋나게 회계처리를 하였음이 명백하게 인정되는 특별한 사정이 존재하는 경우를 제외하고는 당해법인의 회계처리를 존중하여, 즉 개발비로 계상한 경우에는 무형고정자산으로서 그 감가상각비를, 개발비로 계상하지 아니하고 비용으로 계상한 경우에는 비용으로서 해당 사업연도의 손금에 산입하는 것을 용인하는 규정이라고 해석함이 타당하다(이러한 세무회계와 기업회계 사이의 일치를 통하여 과세관청과 납세자 사이의 불필요한 다툼을 피할 수 있다). 그리고 같은 법 시행령 제31조 제1항에 따른 즉시상각의제는 손금으로 계상한 부분이 법인세법상 감가상각자산에 해당하는 것을 전제로 하므로 당해 법인이 개발비로 계상하지 아니하여 법인세법의 무형고정자산인 개발비에 해당할 수 없다면 그 부분에 대해서는 위 시행령 제31조 제1항을 적용할 수 없다.

앞서 본 바와 같이, 원고는 이 사건 비용을 개발비로 계상하지 아니하고 당기비용으로 회계처리하였다. 그런데 위와 같은 법인세법령의 취지와 무형자산에 대한 회계처리기준을 정하고 있는 기업회계기준서 제3호의 규정을 종합적으로 고려하면, 피고가 주장하는 사정과 제출한 증거만으로는 원고의 위와 같은 회계처리가 일반적인 기업회계기준이나 관행에 명백히 어긋난다는 점이 증명되었다고 보기에 부족하다. 한국회계기준원의 사실조회결과는 이 사건 비용이 무형자산의 요건을 충족하였음을 전제로 한 것이어서 위 판단에 방해가 되지 아니한다(해당 사업연도 원고의 재무제표에 대한 감사보고서를 보더라도 이 사건 비용을 개발비로 계상하지 아니하는 부분에 대한 특별한 지적이 없고, 적정의견이 표명되어 있다).

따라서 피고가 이 사건 비용이 법인세법 시행령 제24조 제1항 제2호 바목의 개발비에 해당함을 전제로 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결론

따라서 원고의 청구를 인용하여, 주문과 같이 판결한다.