수원지방법원-2015-구합-63464 (2016.06.16)

사 건

수원지방법원 2015구합63464 법인세등부과처분등취소

원 고

유한회사 스*******

피 고

중부지방국세청장 외 1명

변 론 종 결

2016. 4. 28

판 결 선 고

2016. 6. 16

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고 중부지방국세청장이 2014. 1. 24. 원고에 대하여 한 별지 1 목록 기재 각 소득금액변동통지를 모두 취소한다. 피고 이천세무서장이 2014. 2. 3. 원고에 대하여 한 별지2 목록 기재 각 부과처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고의 지배구조

(1) 원고는 1991. 6. 19. ‘주식회사 서울프로덕션’이라는 상호로 반도체소자 조립, 테스트 관련 제품의 제조 및 판매 등을 영위할 목적으로 설립된 법인인데, 구(舊) 현대전자산업 주식회사(Hyundai Electronics Industries, 이하 ‘H**’라고 한다)는 1998. 7. 1.출자를 통해 원고를 완전자회사로 만들면서 상호를 ‘주식회사 칩****로 변경하였고, 그 무렵 H**의 ‘반도체조립사업부’를 원고에 양도하였다.

(2) 미국법인인 ‘칩*그룹’은 1999. 8. 5. H**로부터 원고의 지분을 양수하면서 ‘주식회사’에서 ‘유한회사’로 원고의 회사형태를 변경하였는데, 위 칩*그룹에 속한 칩****** 유한회사가 원고 주식의 99.9%를, 같은 그룹에 속한 칩****** 유한회사(ChipPAC Barbados Limited가 원고 주식의 0.1%를 보유하게 되었다.

(3) 이후 ‘칩*그룹’이 2004. 8. 5. 싱가폴법인인 '스****그룹‘에 합병됨에 따라, 원고는 ’유한회사 스*******‘로 상호를 다시 변경하였고, 아래에서 보는 것과 같이 위 그룹에 속한 스********* 유한회사(이하 위 회사와 위 회사의 전신인 ’칩****** 유한회사‘를 모두 ’C**‘이라고 한다)가 원고 주식의 99.9%를, 같은 그룹에 속한 스*********** 유한회사가 원고 주식의 0.1%를 보유하고 있다[이후 스**** 그룹은 2015. 8. 5. 중국법인 J*****에 합병된 것으로 보인다.].

나. 원고의 사업형태와 대급지급방식

(1) 원고는 1998. 7. 1. H**의 완전자회사가 된 이후 반도체를 조립하여 미국에 판매하는 등의 사업을 진행하였는데, 연구개발, 조립 및 테스트 등은 원고가 직접 담당한 반면에 미국 내에서의 마케팅 및 판매 부분은 H**의 지배1)를 받는 ‘칩*******이하 ‘CP*’라고 한다)‘과의 용역계약을 체결하여 진행하였다. 위 용역계약은 ’원고가 CP*로부터 용역서비스를 제공받고 매출액의 5.5%를 지급하는 것(즉, 원고는 매출액의 94.5%를 취득하는 것)‘을 주요한 내용으로 하고 있는데, 구체적인 사업형태는 아래와 같다.

1) H**는 미국법인인 현***********H**)의 모회사로서 H**의 완전자회사인 CP*를 지배하였다.

(2) 원고는 1999. 8. 5. ‘칩*(ChipPAC) 그룹’에 속하게 된 이후 C**과의 사이에 조립 및 테스트 용역계약(Packaging and Testing Services Agreement, 이하 ‘이 사건 생산계약'이라고 한다)과 연구 및 개발 용역계약(Contract Research and Development Agreement, 이하 ’이 사건 연구개발계약‘이라고 한다)을 체결하면서 C**에게 ‘조립 및테스트 용역’, ‘연구 및 개발 용역’을 제공하는 것으로 그 역할이 변경되었는데, ① 조립 및 테스트 용역에 관하여는 이 사건 생산계약을 통해 ‘원고가 수행한 서비스에 대하여 서비스 원가에 7%를 가산한 금액(its Service Costs plus a mark-up for Services of 7% of such Service Costs)’을, ② 연구 및 개발 용역에 관하여는 이 사건 연구개발 계약을 통해 ‘연구개발에 소요된 직․간접 원가(연구개발과 관련하여 제3자가 원고에게 청구한 원가는 제외)에 7%를 가산한 금액[a mark-up for research and development work of 7% of such direct and indirect costs, exclusive of the costs charged to ChipPAC Korea by third parties]’을 각 지급받기로 하였다(한편, C**은 원고로부터 위와 같은 용역을 제공받는 것 이외에 CP*로부터도 ‘판매지원 및 마케팅에 관한 용역’을 제공받고 그에 관한 대가를 지급하였다). 이후 이 사건 생산계약에 관한 가산비율(mark-up rate)은 2001년부터 12.5%로 변경되었다(원고는 2001. 8. 31. C**과의 사이에 위와 같이 가산비율을 올리기로 합의하고 2001. 1. 1.부터 소급하여 적용하였다).

이에 관한 구체적인 사업형태는 아래와 같다.

(3) 한편, 원고는 중부지방국세청으로부터 2003. 6. 2.부터 2013. 12. 22.까지 1999~2002 사업연도를 대상으로 세무조사(이하 ‘2003년 세무조사’라고 한다)를 받았는에, 위 조사청은 2013. 12. 24. “자본재편 전 최종판매금액 94.5%에서 C**이 원고에게 기여한 부분을 감안하여 가장 합리적인 방법에 의해 산정한 정상가격 T/P(Transfer Pricing)율을 91.5%로 재조정하고, 이에 미달하는 부분만큼을 이전가격 소득금액으로 보아 1999, 2000 사업연도의 익금에 산입해야 한다”고 판단하였고, 처분청이 이에 따라 원고에게 과세를 하였다.

그러자 원고는 2014. 2. 25. C**과의 사이에 ‘이 사건 생산계약에 대한 변경계약(Amendment to amended and restated Packaging and Testing Services Agreement, 이하 ’변경계약‘이라고 한다)’을 체결하여 ‘원고가 C**에게 용역을 제공하고 순판매가액(Customer Net Sales Price)의 91.5%를 지급받는 것’으로 계약내용을 변경하였다(다만, 위 변경계약의 효력발생일을 2003. 1. 1.로 하였다).

(4) 이후 원고는 2004. 8. 5. '스**** 그룹‘에 속하게 된 이후 2006. 11. 30. C**과의 사이에 ‘이 사건 생산계약에 대한 제1차 변경계약(Amendment No.1 to the amended and restated Packaging and Testing ServicesAgreement, 이하 ’제1차 변경계약‘이라고 한다)’을 체결하여 ‘원고가 C**에게 용역을 제공하고 순판매가액(Customer Net Sales Price)의 90.0%를 지급받는 것’으로 계약내용을 변경하였는데(다만, 위 변경계약의 효력발생일을 2006. 1. 1.로 하였다) 이에 관한 구체적인 사업형태는 아래와 같다.

다. 중부지방국세청의 세무조사와 이 사건 각 처분

(1) 원고는 중부지방국세청으로부터 2013. 5. 29.부터 2013. 8. 23.까지 2008~2012 사업연도를 대상으로 세무조사를 받았는데, 중부지방국세청은 원고가 C**로부터 이 사건 연구개발계약에 따른 대가를 지급받지 않았으므로 합계 24,958,406,338원(원고가 2008 사업연도에 지출한 연구개발비에 7%를 가산한 12,637,378,694원 + 원고가 2009 사업연도에 지출한 연구개발비에 7%를 가산한 12,321,027,644원)을 익금에 산입하여야 한다고 판단하여 과세자료를 통보하였고, 피고 중부지방국세청장은 이에 따라 2008 사업연도 귀속 12,637,378,694원, 2009 사업연도 귀속 12,321,027,644원을 원고의 주주인 C**에 대한 배당으로 소득처분하고, 2014. 1. 24. 원천징수의무자인 원고에게 위와 같은 취지의 소득금액변동통지를 하였다(이하 ‘이 사건 제1처분’이라고 한다).

(2) 한편, 원고는 2010~2012 사업연도에 연구개발용역비 2,751,976,654원을 투입하

였다면서 조세특례제한법 제10조에 따른 세액공제신청을 하여 종전에 아래와 같이 이

를 세액공제를 인정받았었다.

그런데 중부지방국세청은 위 (1)항 기재 세무조사를 실시하면서 ‘원고가 C**에게 연구개발용역을 제공하여 발생한 비용은 수탁연구개발비에 해당하여 세액공제 대상에 해당하지 않는다’고 판단하여 과세자료를 통보하였고, 피고 이천세무서장은 통보된 사항들(익금산입조정, 세액공제부인)을 반영하여 2014. 2. 3. 원고에 대하여 아래와 같은 내용의 법인세, 농어촌특별세 부과처분을 하였다(2009, 2010 사업연도 귀속 농어촌특별세는 당초 각 338,064,820원, 479,301,510원이었다가 272,080,100원, 447,487,590원

으로 각 감액되었는데, 이 부분에 대하여는 감액되고 남은 잔존 부분을, 나머지 과세처분에 대하여는 2014. 2. 3. 내려진 처분을 이하 ‘이 사건 제2처분’이라고 한다).

(3) 원고는 이에 불복하여 2014. 4. 22. 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2015.

6. 30. 원고의 청구를 기각하는 결정을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6, 10, 11호증(가지번호 있는 것은 각 가지

번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법여부

가. 원고의 주장

(1) 원고는 2006. 1. 1. 이후에는 C**로부터 최종판매가격의 90%를 지급받아 왔는데 실질과세의 원칙과 원고의 사업형태 등에 비추어 보면 위 금액에는 이 사건 연구개발계약에 따라 원고가 제공하는 ‘연구 및 개발 용역’에 대한 대가가 포함되어 있다고 볼 것이다. 설령 그렇지 않다고 하더라도 원고가 ‘연구 및 개발 용역’을 수행하면서 직접 부담한 비용은 C**로부터 지급받았다고 봄이 상당하므로 7%의 가산부분에 대해서 만 C**에 대한 채권을 임의로 포기한 것으로 보아야 한다.

(2) 원고가 연구개발을 통해 창출한 무형자산의 소유권을 이 사건 연구개발계약에 따라 C**이 취득하게 된다고 하더라도, 원고는 연구개발활동이 실패하면 매출이 직접적으로 감소하게 되므로 결국 실질적인 위험을 직접 부담한다고 할 것이다. 따라서 원고가 수행하는 연구개발의 실질은 원고 자신을 위한 성질을 가지고 있으므로 원고가 투입한 연구개발비용은 조세특례제한법 제10조상의 세액공제 대상에 해당한다.

나. 관계 법령

별지 3 기재와 같다.

다. 판단

(1) 원고가 이 사건 연구개발계약에 따른 대가를 지급받았다는 주장에 대하여

(가) 앞서 본 것과 같이 원고는 이 사건 생산계약에 관하여는 변경계약 및 제1차 변경계약을 통해 “원고가 C**에게 ’조립 및 테스트 용역‘을 제공하고 C**로부터 순판매가(Customer Net Sales Price)의 90.0%를 지급받는 것”으로 그 대금지급방식을 변경하였으면서도 이 사건 연구개발계약에 관하여는 별도의 변경계약을 체결하지 않았다. 따라서 결국 이 사건의 쟁점은 이 사건 생산계약에 관한 변경계약, 반도체 조립 및 판매사업의 특수성, 원고의 사업구조 등에 비추어 ’원고와 C**이 이 사건 연구개발계약상의 대금지급조항(원고가 연구개발에 소요된 직․간접원가에 7%를 가산한 금액을 C**로부터 지급받는다는 내용의 조항 : Section 1.11, Exhibit B, 이하 이를 통칭하여 ’이 사건 조항‘이라고 한다)을 사실상 실효시키고, 원고가 C**로부터 지급받는 금액(최종판매가격의 90%)에 연구개발계약의 용역제공에 대한 대가를 포함하는 것으로 합의한 것으로 볼 수 있는지’ 혹은 ‘설령 그렇지 않다고 하더라도 원고가 C**로부터 지급받는 금액(최종판매가격의 90%)에 연구개발계약의 용역제공에 대한 대가를 포함한다고 보는 것이 실질과세의 원칙에 부합하는 것인지’ 여부라고 할 것이다.

(나) 계약당사자 사이에 어떠한 계약내용을 처분문서인 서면으로 작성한 경우에 문언의 객관적인 의미가 명확하다면 특별한 사정이 없는 한 문언대로의 의사표시의 존재와 내용을 인정하여야 하며, 문언의 객관적 의미와 달리 해석함으로써 당사자 사이의 법률관계에 중대한 영향을 초래하게 되는 경우에는 그 문언의 내용을 더욱 엄격하게 해석하여야 한다(대법원 2015. 10. 15. 선고 2012다64253 판결 등 참조). 한편, 처분문서의 진정 성립이 인정되는 이상 법원은 반증이 없는 한 그 문서의 기재 내용에 따른 의사표시의 존재 및 내용을 인정하여야 하고, 합리적인 이유 설시도 없이 이를 배척하여서는 아니 되나, 처분문서라 할지라도 그 기재 내용과 다른 명시적, 묵시적 약정이 있는 사실이 인정될 경우에는 그 기재 내용과 다른 사실을 인정할 수 있고, 작성자의 법률행위를 해석함에 있어서도 경험법칙과 논리법칙에 어긋나지 않는 범위 내에서 자유로운 심증으로 판단할 수 있다(대법원 2006. 4. 13. 선고 2005다34643 판결 등 참조).

위와 같은 법리와 국세기본법상의 실질과세의 원칙에 비추어 보건대, 앞서 든 증거들과 갑 제8, 9, 12호증, 을 제1, 2, 3호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 원고가 들고 있는 증거들과 사정만으로는 이 사건 조항이 실효되었다거나 원고가 C**로부터 지급받는 순판매가(Customer Net Sales Price)의 90.0%에 ‘연구 및 개발 용역’에 대한 대가가 포함되었다고 보는 것이 실질과세의 원칙에 부합한다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할만한 증거가 없다.

① 이 사건 연구개발계약 제9.4조(Section 9.4)에 의하면, 계약당사자들이 문서에 서명하는 방식으로 계약내용을 변경하거나 수정하지 않는 한, 위 계약은 어떠한 경우에도 변경, 수정 또는 개정되지 않고 당사자들을 그대로 구속하는 것으로 규정되어 있다. 그런데 이 사건 연구개발계약의 내용은 서면의 형식으로 개정된 적이 전혀 없고, 변경계약 및 제1차 변경계약도 ‘이 사건 생산계약’만을 그 대상으로 하고 있을 뿐 이 사건 조항이나 연구개발계약에 관한 언급을 하고 있지 않다.

② 국제사법 제25조, 이 사건 생산계약 제9.12조(Section 9.12)에 의하면, 위 생산계약은 원고와 C**이 준거법으로 지정한 ‘브리티쉬 버진 아일랜드(British VirginIsland, 이하 ’BVI‘라고 한다)’의 법에 따라 해석하여야 할 것인데, BVI의 법이 서면으로 명시되지도 않은 방식을 통해 당해 계약(이 사건 생산계약)도 아닌 다른 계약(이 사건 연구개발계약)에서의 특정 조항의 효력을 상실시키는 것을 쉽게 인정하고 있다고 볼만한 자료가 없고, 오히려 영국령인 BVI는 이른바 ‘영미법계’ 국가로서 영미법상 주요 계약원칙인 구두증거배제의 원칙(Parol Evidence Rule : 계약서에 기재된 것 이외에 어떠한 증거에 의해서도 계약의 내용을 배제할 수 없다는 원칙) 등이 적용되므로, 계약서와 다른 내용으로 문언을 해석하는 것은 가능한 제한되어야 할 것이다.

③ 이 사건 생산계약은 ‘조립 및 테스트 용역’을 대상으로 하면서 위 용역을 공급받는 C**의 법인설립지인 BVI법을 준거법으로 정하고 있는 반면에(생산계약 제9.12조), 이 사건 연구개발계약은 ‘연구 및 개발 용역’을 그 내용으로 하면서 위 용역을 공급하는 원고의 법인설립지인 대한민국의 법을 준거법으로 정하고 있어(연구개발계약 제9.12조) 위 각 계약들은 목적과 성격이 전혀 다른 별도의 독립된 계약으로 보이고, 원고의 주장에 따르더라도 이 사건 연구개발계약 중 대금지급에 관한 이 사건 조항을 제외한 나머지 부분은 여전히 유지되어야 할 필요가 있어 유효하다는 것인데, 원고의 입장에서 가장 중요할 것으로 보이는 대금지급에 관한 이 사건 조항이 관련 계약상 명시적인 문서상의 표시도 없이 효력을 상실한다는 것은 사회통념상 납득하기도 어렵다.

④ 원고는 H**의 완전자회사로서 ‘조립 및 테스트 용역’, ‘연구 및 개발 용역’, ‘본사로서의 기능’ 등을 수행한 기간 동안 매출액의 94.5%를 지급받았고, 중부지방국세청도 2003년 세무조사를 통해 원고가 1999~2002 사업연도에 C**에게 제공한 용역 등에 관한 정상가격 T/P(Transfer Pricing)율을 91.5%로 재조정하였는데, 당시 원고가 ‘조립 및 테스트 용역’, ‘연구 및 개발 용역’으로서의 기능을 수행하고 있었던 사실은 인정된다.

하지만, ㉮ 2003년 세무조사를 진행한 중부지방국세청은 전체적인 사업구조 중 원고가 담당하고 있는 역할을 총체적으로 고려하여 정상가격 T/P율을 산정한 것으로 보이고 명시적으로 위 산정율 91.5%에 ‘연구 및 개발 용역’에 대한 대가가 포함되어 있다고 명시한 적은 없는 점, ㉯ 원고가 당시 ‘연구 및 개발 용역’ 업무를 담당하고 있었던 것은 맞지만 실제로 그와 같은 업무를 수행하였고 그와 같이 수행한 업무에 대한 대가로서 91.5%의 일부가 지급된 것이라고 볼만한 개관적인 자료가 없는 점, ㉰ 설령 중부지방국세청이 당시 원고가 ‘연구 및 개발 용역’을 제공하고 있었음을 주요한 요소 중 하나로 고려하였다고 하더라도 원고는 앞서 본 바와 같이 위 세무조사를 받은 이후 C**과의 사이에 변경계약을 체결하여 순판매가액의 91.5%를 지급받는 것으로 ‘조립 및 테스트 용역’에 대한 대금지급방법을 변경하면서도 이 사건 연구개발계약은 변경하지는 않은 점, ㉱ 이후 원고는 C**과의 사이에 제1차 변경계약을 통해 2006. 1. 1.부터는 C**로부터 순판매가(Customer Net Sales Price)의 90.0%를 지급받는 것으로 비율을 조정하였으므로 위 대가에 대한 반대급부인 ‘원고가 제공하는 용역의 내용’이2003년 세무조사를 받을 당시 원고가 제공하던 용역의 내용과 동일하다고 단정할 수도 없는 점, ㉲ 오히려 원고의 사업구조와 딜로이트 안진회계법인이 ‘2007-2010 사업연도를 위한 이전가격 분석보고서’에서 선정한 비교대상기업의 업종을 보면, 원고의 주요 업무는 가공된 웨이퍼(Wafer)를 칩 단위로 절단한 후 와이어링을 통해 리드프레임과 연결한 후 몰드 컴파운드(Mold Compound)로 패키징하여 제품의 형태를 갖추게 하고 이렇게 완성된 반도체에 대하여 최종 제품으로서의 가치 여부를 평가하는 테스트서비스를 제공하는 것, 즉, 반도체의 ‘조립 및 테스트 용역’으로 보이므로, 원고가 C**로부터 지급받은 대가의 대부분은 생산계약에 대한 대가로 보이는 점, ㉳ 무엇보다도이 사건 연구개발계약에 의하면, 원고는 C**에게 매월마다 연구개발 과정에서 소요된비용에 관한 청구서(Progress Billing, Updated Progress Billing)를, 분기마다 금액이 수정된 청구서(Revised Compensation)를, 매년 3월마다 최종 청구할 금액에 관한 청구서 (Final Compensation)를 각 제출하고(Section 2.3, 2.4, 2.5) C**은 그로부터 일정한 기간 내에 그 대금을 원고에게 지급해야 하는데(Section 2.7), 원고가 C**에게 위와 같은 각 청구서를 제출하였다거나 그로부터 일정기간 내에 C**로부터 정기적으로 금원을 지급받았다고 볼만한 객관적인 자료가 없는 점 등에 비추어 보면, 앞서 인정된 사실만으로는 순판매가(Customer Net Sales Price)의 90.0%에 ‘연구 및 개발 용역’의 제공에 대한 대가가 포함되어 있다고 단정할 수 없다.

⑤ 이 사건 연구개발계약에 의하면 원고는 최종 고객의 요청 내지 개발이 필요하다고 판단한 C**의 제안에 따라 신제품개발이나 기존제품의 변형을 위한 제조과정과 관련된 연구개발에 착수하게 되는데, 연구개발은 그 특성상 (언제나 공정의 마무리 단계에서 유형물이 나타나게 되는 ‘조립 및 테스트’ 용역과는 달리) 용역을 제공하였다고 하더라도 물리적인 유형물 내지 연구개발의 성과가 나타나지 않을 가능성을 내포한다. 따라서 원고와 C**은 이러한 점을 고려하여 (변경계약 및 제1차 변경계약을 통해 ‘조립 및 테스트 용역’에 관하여는 순판매가의 일부를 그 대가로 지급받는 것으로 생산계약을 수정하면서도) ‘연구 및 개발 용역’에 관하여는 여전히 원고가 연구․개발활동에 들인 노력에 일정 수익을 가산하여 지급받는 방법을 유지한 것으로 보이고, 위와 같은 계약의 해석이 연구개발이라는 업무의 특성과 구조에 비추어 현저히 부당하다거나 불합리하다고 보이지 않는다. 또한, ‘스**** 그룹‘은 원고 이외에도 말레이시아, 중국, 타이완, 싱가폴에 위치한 연구개발센터(그룹에 소속된 기업들)와의 사이에서도 이 사건 연구개발계약과 유사한 내용으로 계약을 체결하여 연구 및 개발 업무를 영위하고 있는 것으로 보인다.

⑥ 원고는 2003년 세무조사 당시 매출원가, 판매비와 관리비 이외에 존재하는 ‘연구개발비’ 항목에 일정금원이 계상되어 있고 이를 기초로 작성된 재무제표상 매출액과의 비교를 통해 소득조정금액이 산정되었다는 점 등을 근거로 (7% 가산비율까지는 아니더라도) 적어도 원고가 직접 투입한 연구개발비용에 상응하는 금원은 C**로부터 지급받았다고 보아야 한다고도 주장하나, 앞서 본 것과 같이 원고는 C**로부터 연구개발비용을 지급받았다고 볼 수 없으므로 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장도 이유 없다. 나아가 원고가 제시하는 재무제표를 진정한 것으로 보더라도 이는 원고가 그와 같은 연구개발비용을 실제로 투입하였다는 것을 증명하는 서류일 뿐이고, 그와 같은 금액에 상응하는 대가를 ‘연구 및 개발 용역’에 대한 대가로서 지급받았다는 것까지를 의미하는 것은 아니다.

⑦ 그밖에 원고와 C**이 이 사건 연구개발계약 중 대금지급에 관한 부분인 이 사건 조항만을 실효시키는 것으로 묵시적 합의하였다고 볼만한 자료도 없다.

(2) 원고의 연구개발비가 세액공제 대상에 해당한다는 주장에 대하여

조세특례제한법 제10조 제1항, 같은 법 시행령 제8조 제2항 제7호에 의하면, 내국인은 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제할 수 있지만, 이때 “위탁받아 수행하는 연구활동”은 위 법에서 말하는 ‘연구개발’에 해당하지 않는다. 그러므로 결국 이 부분의 쟁점은 원고가 2010~2012 사업연도에 수행한 연구개발이 ‘원고 자신을 위한 것인지’, 아니면 ‘C**을 위하여 수행한 것인지’ 여부라고 할 것이다.

과세처분 취소소송에서 비과세요건이나 공제요건 등에 대한 증명책임은 원칙적으로 납세의무자에게 있다는 법리(대법원 2009. 7. 9. 선고 2007두4049 판결 등 참조)에 비추어 보건대, 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉, ① 이 사건 연구개발계약상 ‘프로젝트(Project or Projects)’는 원고가 위 계약에 따라 연구를 이행하거나 이미 이행하여 완성한 연구물을 의미하는데 (Section 1.10.), 위 계약은 위 '프로젝트'와 관련하여 개발된 사항들에 대한 권리가 C**에게 있음을 명시하고 있는 점(Section 5.2), ② 특히, 원고가 C**에게 연구개발계획을 추천하더라도 C**의 수락․승인을 받지 못한다면 이를 진행할 수 없으므로 (Section 2.2), 연구개발의 주제를 선정하는 등 연구개발활동을 주도하는 것은 원고가 아닌 C**로 보이는 점, ③ C**은 원고가 ‘프로젝트’를 진행하는 과정에서 자신의 피고용인 내지 대리인으로 하여금 원고가 진행하는 업무에 관한 검사를 할 수 있는 권한(장부와 기록, 기타 원고에 소속된 전문가들이 연구하여 놓은 업무에 접근하여 검사)도가지고 있는 점(Section 2.11), ④ 이 사건 연구개발계약에 의하면, 원고는 연구개발로인한 성과를 얻지 못하는 경우에도 C**로부터 언제나 투입비용의 7%에 상응하는 대가를 지급받게 되므로 연구개발로 인한 위험부담은 종국적으로 C**이 부담하게 되는 점 등에 비추어 보면, 원고가 들고 있는 증거들과 사정만으로는 원고가 2010~2012 사업연도에 투입하였다고 주장하는 개발비용이 원고 스스로의 업무를 위한 것이라고 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다.

따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 주장은 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.