대전고등법원-2016-누-10129 (2016.10.20)

사 건

2016누10129 종합소득세부과처분취소

원고, 피항소인

XXX

피고, 항소인

서산세무서장

제1심 판 결

대전지방법원 2015구합102179(2015.12.24)

변 론 종 결

2016. 9. 22.

판 결 선 고

2016. 10. 20.

주 문

1. 제1심판결을 다음과 같이 변경한다.

가. 피고가 2013. 7. 12. 원고에 대하여 한 2008년 귀속 종합소득세(가산세 포함)

1,759,106,200원의 부과처분 중 668,882,422원을 초과하는 부분 및 2009년 귀속

종합소득세(가산세 포함) 1,936,665,426원의 부과처분 중 1,052,468,064원을 초과

하는 부분을 각 취소한다.

나. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

2. 소송총비용의 1/3은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청구취지 및 항소취지

1. 청구취지

피고가 2013. 7. 12. 원고에 대하여 한 2008년 귀속 종합소득세(가산세 포함)

1,759,106,200원1)의 부과처분 중 239,016,550원을 초과하는 부분 및 2009년 귀속 종합소득세(가산세 포함) 1,936,665,426원의 부과처분 중 361,414,916원을 초과하는 부분을 모두 취소한다.

2. 항소취지

제1심판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 개인사업자의 지위에서 논, 밭, 임야 등의 토지를 매입하고 이를 다시 매

도하는 사업을 영위하는 부동산매매업자이다.

나. 원고는 구 소득세법(2009. 12. 31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구

소득세법’이라 한다) 제64조에 따라, 토지매매차익이 포함된 종합소득세과세표준에 종

합소득세율(8 ~ 35%)을 곱하여 계산한 세액(A)과 토지매매차익을 제외한 종합소득세과세표준에 종합소득세율(8 ~ 35%)을 곱하여 계산한 세액 및 토지매매차익에 별도의 양도소득세율(50 또는 60%)을 곱하여 계산한 세액을 합한 금액(B)을 서로 비교하여 그 중 큰 금액을 신고·납부하는 방식으로 2008년도 및 2009년도의 종합소득세 각144,929,054원 및 223,323,078원을 해당 납부기한 내에 각 신고·납부하였는데(이하 이러한 세액 산정방식을 ‘비교과세’라고 하고, 위 각 종합소득세 신고를 통틀어 ‘이 사건 종합소득세 신고’라고 한다), 원고는 위와 같은 종합소득세를 각 신고·납부함에 있어 부동산 매도인을 물색하는 역할을 하는 ‘매수모집인들’ 및 해당 토지의 개발가능성 등을 검토하는 ‘사전답사자들’에게 각 보수 명목으로 지급한 금액(이하 ‘OT'라고 한다) 및 매입한 부동산을 매도하기 위해 토지매수인을 물색하는 역할을 하는 ’매도모집인들‘에게 보수 명목으로 지급한 금액(이하 ’RT'라고 하고, 위 OT 및 RT를 합하여 ‘판매수당’이라 한다)을 양도가액에서 공제할 필요경비라고 보아, 토지매도가격에서 판매수당을

차감한 금액에 비사업용 토지 양도소득세율을 곱하여 토지매매차익에 대한 세액을 산출하였다.

다. 피고는 2010년 8월경부터 2010. 10. 15.까지 원고 및 원고가 대표자로 있는 주식회사 aaa개발, 주식회사 xxx개발 등에 대한 통합세무조사를 실시하여(이하 ‘종전 세무조사’라고 한다), ‘원고가 주식회사 xxx개발 등으로부터 받은 수당을 근로소득이 아닌 사업소득으로 잘못 분류하였다’는 이유로 2010. 12. 1. 원고에게 2008년 귀속 종합소득세 및 가산세 75,079,627원 및 2009년 귀속 종합소득세 및 가산세 100,227,461원을 각각 증액·고지(이하 ‘1차 증액경정처분’이라 한다)하였다.

라. 그 후 피고는 2012. 2. 1. ‘원고가 인정상여 근로소득을 무신고하였다’는 이유로 2008년 귀속 종합소득세 및 가산세 15,142,959원(가산세 포함 총결정세액 239,016,550원)과 2009년 귀속 종합소득세 및 가산세 23,489,150원(가산세 포함 총결정세액 361,414,916원)을 각각 증액·고지하였다(이하 ‘2차 증액경정처분’이라 한다).

마. 국세청 감사담당관실은 2012년 6월경 00지방국세청에 대한 종합감사(이하 ‘이 사건 감사’라고 한다)를 실시한 후, 2012. 6. 15.경 00지방국세청 조사2국측에 ‘귀국에서는 원고에 대하여 2010. 8. 10. ~ 2010. 10. 8.까지 부동산투기조사를 하면서, 원고가 부동산매매업자이고 비사업용토지를 양도한 것이므로 소득세법 제64조에 따른 부동산매매업자에 대한 세액계산의 특례 규정을 적용하여 종합소득세를 경정하여야 함에도 이를 하지 않은 것으로 판단됩니다. 이에 대하여 부동산매매업자에 대한 세액계산 특례 규정을 적용하지 않은 정당한 사유가 있다면 그 사유를 알려 주시고, 부동산매매업자에 대한 세액계산 특례 규정을 적용하는 것이 타당한 경우 2007 ~ 2011 귀속 검토서를 제출하시기 바랍니다’라는 내용의 해명요구서를 교부하였다.

바. 이 사건 감사 내용 등에 따라, 피고는 2013. 1. 10. 원고에게 이 사건 종합소득세 신고시 구 소득세법 제97조 ‘양도소득의 필요경비계산’에 열거되지 않은 복리후생비 등(복리후생비, 여비교통비, 보험료, 광고선전비, 운반비, 차량유지비, 지급수수료(판매수당), 판매수수료, 기타 항목’으로 구성되어 있는데 이하에서는 이 중 판매수당을 제외한부분을 ‘복리후생비’라 하고, 통틀어서는 ‘복리후생비 및 판매수당’이라 한다)이 과다공제 되었음을 이유로 2008년 귀속 종합소득세 1,482,153,412원 및 2009년 귀속 종합소득세 2,546,069,264원이 추가 고지될 것이라는 내용의 과세예고통지(이하 ‘이 사건 과세예고통지’라고 한다)를 하였다.

사. 이에 원고는 2013. 2. 8. 국세청장에게 과세전적부심사 청구를 하였고, 국세청장

은 2013. 5. 15. ‘원고가 2009년도에 양도한 토지 중 임야로서 비사용 토지에 해당하지 않는 부분은 부동산매매업자의 비교과세 대상에서 제외되어야 한다’는 이유로 원고의 과세전적부심 청구에 대한 일부채택 결정을 하였다.

아. 피고는 위 과세전적부심 결정을 감안하여 2013. 7. 12. 원고의 2008년, 2009년 귀속 종합소득세 산출시 부동산매매업자의 비교과세 산출 과정에서 필요경비를 과다하게 계상하였음을 이유로 2008년 귀속 종합소득세 및 가산세 1,520,089,657원(가산세 포함 총결정세액 1,759,106,207원), 2009년 귀속 종합소득세 및 가산세 1,630,016,807원(가산세 포함 총결정세액 1,991,431,723원)을 각각 증액·고지하였다(이하 ‘3차 증액경정처분’이라 한다).

자. 이에 원고는 3차 증액경정처분에 대해 조세심판원에 2013. 8. 28. 심판청구를 제기하였고, 한편, 피고는 위 세심판원의 심판 진행 도중인 2015. 2. 10. ‘3차 증액경정처분 과정에서 원고의 부동산매매업에 대한 필요경비를 부인하면서 다시 사업소득에 대해 근로소득으로 재경정하여 이중과세가 발생하였다’는 이유로 2009년 귀속 종합소득세의 과세표준에서 151,232,938원을 차감해 종합소득세 52,931,212원을 감액·고지하였고(이하 ‘1차 감액경정처분’이라 한다), 이에 조세심판원은 2015. 2. 13. 1차 감액경정처분을 감안하여 그 부분에 대한 심판청구는 각하하며, 나머지 부분에 대한 심판청구는 기각하는 결정을 하였다.

차. 한편, 피고는 제1심 재판 진행 도중 ‘1차 감액경정처분 당시 본세인 종합소득세

만 감액되고 가산세는 감액되지 않았다’는 원고의 주장을 받아들여 2009년 귀속 종합

소득세 및 가산세와 관련해 해당 가산세 1,835,085원을 감액·고지하였다(이하 ‘2차 감

액경정처분’이라고 하고, 3차 증액경정처분 및 1·2차 감액경정처분을 통해 최종적으로

확정된 2008년 귀속 종합소득세 및 가산세 1,759,106,207원의 부과처분 및 2009년 귀속 종합소득세 및 가산세 1,936,665,426원의 부과처분을 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다).

【인정근거】갑 제1 내지 9, 11호증, 을 제1 내지 7, 9호증(가지번호 있는 경우 가지번

호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 요지

이 사건 처분은 다음과 같은 점에서 일부 위법하므로 그 부분은 취소되어야 한다.

1) 이 사건 처분 중 3차 증액경정처분 과정에서 추가 고지된 세액은 구 국세기본

법 제81조의4 제2항에 반하는 중복세무조사에 기한 것으로 위법하다(① 주장).

2) 설령 중복세무조사가 없었다고 하더라도, OT지급액은 원고의 토지매입시 수반

되는 ‘기타 부대비용’ 구 소득세법 시행령(2009. 12. 31. 대통령령 제21934호로 개정되

기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법 시행령’이라고만 한다) 제122조 제2항 제1호, 제163조

제1항 제1호, 제89조 제1항 n에, RT지급액은 ‘소개비’(구 소득세법 시행령 제163조 제5

항 제1호 다목)에 각 해당되어 양도자산의 필요경비로서 토지매매차익 계산시 공제되

어야 할 것임에도 이를 필요경비에서 제외한 후 부과된 이 사건 처분은 그 범위에서

위법하다(② 주장).

나. 관계법령

별지 ‘관계법령’ 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 판매수당의 지급 및 필요경비 제외 내역 등

가) 원고는 2008년 충남 서천군 기산면 00리 전 12,417㎡ 외 21필지를 매입한 후 그 중 일부 필지를 나누어 판매하는 방법 등으로 양도한 후 박00 등 85명에게 판매수당으로 총 1,224,420,245원(= OT 751,244,900원 + RT 473,175,345원)을 지급하였고, 2009년 충남 서천군 00읍 00리 306-1 전 707㎡ 외 124필지를 매입한 후 그 중 일부 필지를 나누어 판매하는 방법 등으로 양도한 후 강00 등 99명에게 판매수당으로 총 2,472,401,364원(= OT 1,291,135,289원 + RT 1,181,266,075원)을 지급하였다.

나) 피고는, ① 이 사건 과세예고통지시(2013. 1. 10.) 2008년 판매수당 총 1,224,420,245원 및 2009년 판매수당 총 2,472,401,364원 모두를 필요경비에서 제외하였으나, ② 2013. 5. 15.자 과세전적부심의 일부 인용결정에 따라 3차 증액경정처분시(2013. 7. 12.)에는 2008년 판매수당의 경우에는 종전과 마찬가지로 총 1,224,420,245원 전액을 필요경비에서 제외하면서도 2009년 판매수당의 경우에는 총 1,505,792,321원(= OT 810,260,001원 + RT 695,532,320원)만을 필요경비에서 제외하였으며, ③ 1차감액경정처분(2015. 2. 10.)을 통해 최종적으로 2008년 판매수당의 경우에는 종전과 마찬가지로 총 1,224,420,245원 전액을 필요경비에서 제외하면서도 2009년 판매수당의 경우에는 총 1,354,559,333원(= OT 659,027,013원 + RT 695,532,320원)만을 필요경비에서 제외하였다.

다) 피고가 최종적으로 필요경비에서 제외한 2008년 판매수당 총 1,224,420,245원, 2009년 판매수당 총 1,354,559,333원을 필요경비로 인정하여 각 소득금액에서 공제하면 별지 종합소득세 경정 내역의 각 ‘판매수당 공제시 세액’란 기재 각 총결정세액 기재와 같이 2008년 종합소득세(가산세 포함)는 668,882,422원, 2009년 종합소득세(가산세 포함)는 1,052,468,064원으로 각 산정된다.

2) 추가적인 세무조사 경위 등

가) 이 사건 감사 후 국세청 감사담당관실이 해명요구를 하자, 00지방국세청 조

사2국에서 근무하면서 종전 세무조사를 담당하였던 bbb(위 해명요구 당시 00세무

서 재산법인세과 근무)은 조사 소홀로 인한 중징계를 면하기 위한 목적 등에서 2012년6월 중순경 원고측 세무대리인 등에게 ‘복리후생비를 필요경비에서 제외한 후 소득세를 추가로 납부하는 내용의 수정신고서를 제출하여 달라’고 요청하였고, 이에 따른 수정신고서(갑 제15호증의 1, 2)가 작성되었으나 피고측에 제출되지 않았다.

나) 이에 bbb은 2012년 6월 하순경 3차례에 걸쳐 원고를 찾아가 해명요구서

(갑 제9호증), 진술서(갑 제10호증)를 건네주면서 ‘판매수당의 필요경비 공제여부 문제

는 기획재정부 등에 질의를 하여 대처하기로 하고, 복리후생비만을 필요경비에서 제외

한 후 소득세를 추가로 납부하는 수정신고서를 피고측에 제출하여 달라’고 부탁하였다.

다) 그러나 원고측의 거절로 이러한 수정신고서가 피고측에 제출되지 않았고, 결국 국세청 감사담당관실의 지시 등에 따라 복리후생비 및 판매수당을 필요경비에서 제외하는 내용의 3차 증액경정처분이 이루어지게 되었다.

【인정근거】다툼없는 사실, 갑 제1 내지 11호증, 제15, 17, 18호증, 을 제1 내지

7호증, 제9, 10, 13호증, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) ① 주장에 대한 판단

가) 관련법리 등

세무조사란 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하거

나 해당 장부·서류 또는 그 밖의 물건을 검사·조사하거나 그 제출을 명하는 것 R구 국세기본법(2013. 1. 1. 법률 제11604호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국세기본법’이라 한다.)

다) 제81조의2 제2항 제1호을 의미하는데, 이러한 세무조사는 국가의 과세권을 실현하기 위한 행정조사의 일종이다.

구 국세기본법은 헌법상의 과잉금지의 원칙(헌법 제37조 제2항) 및 적법절차의원칙(헌법 제13조 제1항)에 기초하여 납세자의 기본권 제한을 최소화하기 위하여 ‘같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다’라고 규정(제81조의4 제2항)하여 중복조사금지의 원칙을 천명하고 있다.

다만 구 국세기본법은 위와 같이 중복조사금지의 원칙을 두면서도, 제81조의4 제2항에서 ‘조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우(제1호), 거래상대

방에 대한 조사가 필요한 경우(제2호), 2개 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는

경우(제3호), 심사청구, 이의신청, 심판청구의 결정에 따른 필요한 처분의 결정에 따라

조사를 하는 경우(제4호), 그 밖에 제1호부터 제4호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우(제5호)’에는 예외적으로 재조사를 할 수 있도록 규정하고 있다. 또한경정처분이 재조사와는 무관하게 당초 과세처분의 오류를 경정한 것뿐이라면, 재조사가 위법한지 여부와 상관없이 적법하다고 할 것이다(대법원 2011. 1. 27. 선고 2010두

6083 판결 참조).

나) 위에서 든 증거들에 의하면, 종전 세무조사를 담당하였던 bbb이 조사 소홀로 인한 중징계를 면하기 위한 목적 등에서 2012년 6월 중순경 원고측 세무대리인 등에게 ‘복리후생비를 필요경비에서 제외한 후 소득세를 추가로 납부하는 내용의 수정신고서를 제출하여 달라’고 요청하였고, 이에 따른 수정신고서(갑 제15호증의 1, 2)가 작성되었던 사실, bbb이 2012년 6월 하순경 3차례에 걸쳐 원고를 찾아가 해명요구서,진술서 등을 건네주면서 ‘판매수당의 필요경비 공제여부 문제는 기획재정부 등에 질의를 하여 대처하기로 하고, 복리후생비만을 필요경비에서 제외한 후 소득세를 추가로납부하는 수정신고서를 피고측에 제출하여 달라’고 부탁하였던 사실을 인정할 수는 있다.

그러나 위 증거들에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정 등을 위에서 본 법리 등에 비추어 보면, bbb의 이러한 행위를 두고 ‘과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하거나 해당 장부·서류 또는 그 밖의 물건을 검사·조사하거나 그 제출을 명한’ 세무조사라고 보기 어려울 뿐만 아니라, 설령 이를 세무조사라고 본다 하더라도, 3차 증액경정처분은 bbb의 이러한 재조사와는 무관하게 당초 과세처분의 오류를 경정한 것에 불과하여 bbb의 이러한 재조사가 위법한지 여부와 상관없이 적법하다고 할 것이므로, 결국 이와 다른 전제에 선 원고의 ① 주장은 받아들이지 아니한다.

㉠ bbb이 원고에게 해명요구서, 진술서를 건넨 이유는 종전 세무조사 소홀로 인해 자신이 해명요구서를 받았고, 조사를 받고 있는 등 곤란한 처지에 있음을 알리면서 수정신고서 제출을 부탁하기 위한 것이지, 원고에게 해명할 것을 요구하거나 진술을 요청하기 위한 목적은 아니었던 것으로 보인다.

㉡ 원고측이 bbb의 요구로 복리후생비를 필요경비에서 제외한 수정신고서를 작성하기는 하였으나, 결국 그 제출을 거부하여 위 수정신고서가 피고에게 제출되지는 않았다(따라서 원고가 bbb의 요구로 복리후생비를 필요경비에 과다계상한 사실을 시인하였다고 볼 수도 없다).

㉢ 위 행위 외에는 bbb이 원고측에 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위한 다른 질문을 하였거나 장부·서류 또는 그 밖의 물건을 검사·조사하거나 그 제출을 명하였다고 볼 자료가 없다.

㉣ 3차 증액경정처분은, 수정신고서가 제출되지 아니하자, 이 사건 감사 지적내용에 따라 소득세법 제64조에 따른 부동산매매업자에 대한 세액계산의 특례 규정을 적용하여 복리후생비 및 판매수당을 필요경비에서 제외하여 종전 과세처분의 오류를 경정한 것이지, bbb의 조사결과를 바탕으로 하여 이루어진 것이 아니었다(질문, 조사를 통해 복리후생비 및 판매수당이 실제 지출되지 않았음을 밝히고 이를 이유로 경정처분을 한 것이 아니었다).

2) ② 주장에 대한 판단

위에서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정 등에 비추어 보면, OT는 구 소득세법 시행령 제89조 제1항 제1호의 “기타 부대비용”에, RT는 위 시행령 제163조 제5항 제1호 다목의 “소개비”에 각 해당한다고 봄이 타당하

고, 따라서 이러한 판매수당은 양도자산의 필요경비로서 토지매매차익 계산시 공제되

어야 할 것임에도 이를 필요경비에서 제외한 후 부과된 이 사건 처분은 그 범위에서

위법하다고 할 것이다.

㉠ 구 소득세법 시행령 제89조 제1항 제1호의 자산의 취득가액에 포함되는 “기타

부대비용”은 양도가액에서 공제할 필요경비에 포함되는 ‘취득에 소요된 실지거래가액’

의 하나로 열거되어 있다고 볼 수 있다(대법원 2012. 12. 26. 선고 2012두12723 판결

참조).

㉡ 2009. 2. 4. 대통령령 제21301호로 개정되기 전의 구 소득세법 시행령 제163조 제5항 제1호는 ‘법 제94조 제1항 각호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용’이라고만 포괄적으로 규정하고 있었으나, 2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정된 구 소득세법 시행령 제163조 제5항 제1호 가목에서 라목까지에서는 ‘공증비용, 인지대 및 소개비’ 등을 양도비용으로 명확하게 규정하였는데, 이러한 개정의 취지는 ‘양도세 실가과세 전환에 따른 실제 소요비용을 필요경비로 인정함으로써 실가제도의 합리성을 제고’하는데 있으므로, 이러한 시행령 개정취지에 비추어 보면, 토지 매수 및 매도에 필요하여 실제 소요된 비용이라면 양도자산의 필요경비인 ‘취득에 소요된 실지거래가액’에 해당한다고 보아야 한다.

㉢ 판매수당은 해당 토지의 개발가능성 등을 검토한 후 개발가능성이 큰 토지의

매수를 성사시키고, 잠재적 매수자에 대해 매수한 토지의 입지조건 및 향후 개발가능성 등을 설명하고 매수를 유도하기 위한 비용으로서, 원고와 같이 대규모로 토지를 매수하고 이를 다시 여러 필지로 분할하여 매도하는 사업을 반복적으로 하는 경우에는매수 및 매도를 진행하기 위해서 지출할 수밖에 없는 비용으로 보인다.

㉣ 원고는 판매수당을 지출하면서 판매사원들로부터 사업소득세를 원천징수․납부하여 그 지출사실이 객관적으로 확인된다.

마. 소결론

2008년 판매수당 총 1,224,420,245원, 2009년 판매수당 총 1,354,559,333원을 필요경비로 인정하여 각 소득금액에서 공제하여 정당한 종합소득세(가산세 포함)를 산출하면, 2008년의 경우 668,882,422원, 2009년의 경우 1,052,468,064원이 되므로, 이 사건처분 중 위 각 금액을 초과하는 부분은 위법하다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 인용하고, 나머지 청구는이유 없어 기각할 것인데, 제1심판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로, 피고의 항소를 일부 받아들여 제1심판결을 위와 같이 변경하기로 한다.

별지

관계법령

▣ 구 국세기본법(2013. 1. 1. 법률 제11604호로 개정되기 전의 것)

제65조(결정)

① 심사청구에 대한 결정은 다음 각 호의 규정에 따라 하여야 한다.

1. 심사청구가 적법하지 아니하거나 제61조에서 규정한 청구기간이 지난 후에 청구되었거나 심사청구

후 제63조 제1항에 규정된 보정기간에 필요한 보정을 하지 아니하였을 때에는 그 청구를 각하하는 결정

을 한다.

2. 심사청구가 이유 없다고 인정될 때에는 그 청구를 기각하는 결정을 한다.

3. 심사청구가 이유 있다고 인정될 때에는 그 청구의 대상이 된 처분의 취소ㆍ경정 결정을 하거나 필

요한 처분의 결정을 한다.

제81조의2(납세자권리헌장의 제정 및 교부)

① 국세청장은 제81조의3부터 제81조의16까지에 규정된 사항과 그 밖에 납세자의 권리보호에 관한 사

항을 포함하는 납세자권리헌장을 제정하여 고시하여야 한다.

② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에 따른 납세자권리헌장의 내용이

수록된 문서를 납세자에게 내주어야 한다.

1. 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하거나 해당 장부ㆍ서류 또는 그 밖

의 물건을 검사ㆍ조사하거나 그 제출을 명하는 경우(「조세범 처벌절차법」에 따른 조세범칙조사를 포

함한다. 이하 이 장에서 "세무조사"라 한다)

3. 사업자등록증을 발급하는 경우

4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우

제81조의4(세무조사권 남용 금지)

① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여

야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.

② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대

하여 재조사를 할 수 없다.

1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우

3. 2개 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우

4. 제65조 제1항 제3호(제66조 제6항과 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다)에 따른 필요한 처분의

결정에 따라 조사를 하는 경우

5. 그 밖에 제1호부터 제4호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

제81조의5(세무조사 시 조력을 받을 권리)

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납세자는 세무조사를 받는 경우에 변호사, 공인회계사, 세무사로 하여금 조사에 참여하게 하거나 의견을

진술하게 할 수 있다.

제81조의12(세무조사의 결과 통지)

세무공무원은 세무조사를 마쳤을 때에는 그 조사 결과를 서면으로 납세자에게 통지하여야 한다. 다만,

폐업 등 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

▣ 구 국세기본법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24366호로 개정되기 전의 것)

제63조의2(중복조사의 금지)

법 제81조의4 제2항 제5호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경

우를 말한다.

1. 부동산투기, 매점매석, 무자료거래 등 경제질서 교란 등을 통한 탈세혐의가 있는 자에 대하여 일제

조사를 하는 경우

2. 각종 과세자료의 처리를 위한 재조사나 국세환급금의 결정을 위한 확인조사 등을 하는 경우

3. 법 제81조의5 및 제81조의12에 따른 부과처분을 위한 실지조사를 하지 아니하고 재경정하는 경우

▣ 구 조사사무처리규정(2012. 7. 1. 국세청훈령 제1945호로 개정되기 전의 것)

제3조(정의)

이 규정에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

1. "세무조사"란 각 세법에 규정하는 질문조사권 또는 질문검사권 및 「조세범처벌법」, 「조세범처벌

절차법」에 따라 조사공무원이 납세자 또는 그 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등을 상대로 질문

하고, 장부·서류·물건 등을 검사·조사하는 행위로서 조사계획에 의해 실시하는 것을 말하며, 일반세

무조사와 조세범칙조사로 구분한다.

2. "현장확인"이란 세원관리, 단순 과세자료 처리 또는 세무조사 증거자료 수집 등 다음 각 목의 어느

하나에서 예시하는 업무 등을 처리하기 위하여 납세자 또는 그 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등

을 상대로 현장확인 계획에 따라 현장출장하여 사실관계를 확인하는 행위를 말한다.

가. 자료상혐의자료, 위장가공자료, 범칙조사 파생자료 중 세무조사에 의하지 아니하고 단순사실 확

인만으로 처리할 수 있는 업무

나. 위장가맹점 확인 및 신용카드 고액매출자료 등 변칙거래 혐의 자료의 처리를 위한 현장출장·확

인업무

다. 세무조사 과정에서 실시하는 납세자의 거래처 또는 거래상대방에 대한 거래사실 등 사실관계 여

부 확인업무

라. 민원처리 등을 위한 현장출장·확인이나 탈세제보자료, 과세자료 등의 처리를 위한 일회성 확인

업무

마. 사업자에 대한 사업장현황 확인이나 기장확인 업무

바. 거래사실 확인 등을 위한 계좌 등 금융거래 확인업무

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22. "실지조사"란 납세자의 사무실·사업장·공장 또는 주소지 등에 출장하여 직접 해당 납세자 또는

관련인을 상대로 실시하는 세무조사를 말한다.

제12조(중복조사의 금지 및 방지)

① 조사공무원은 세무조사를 실시하는 경우에는 「국세기본법」 제81조의4(세무조사권남용 금지) 제2항

및 같은 법 시행령 제63조의2에서 정한 바에 따라 재조사를 실시할 수 있는 예외적인 경우를 제외하고

는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 해서는 아니 되며, 조사시작 후에도 중복조사 사실

이 확인되는 경우에는 즉시 조사철회 및 조사반(팀) 철수 등 필요한 조치를 하여야 한다. 다만, 제3조 제

2호에서 정의한 현장확인은 조사로 보지 아니하며, 「국세기본법」 제81조의4 제2항 제2호의 경우에는

해당 거래상대방과의 거래내용에 대한 부분조사로 한정한다.

② 중복조사를 방지하기 위하여 지방국세청 및 세무서의 조사국·과장 또는 세원분석국장·소득세과

장·법인세과장 등은 조사이력 및 조사대상자 선정명세 등을 전산에 입력하여 관리하여야 한다.

③ 부분조사를 실시한 납세자에 대하여 전부조사를 실시하는 경우 부분조사를 받은 부분에 대해서는

조사한 것으로 본다.

④ 일반세무조사 대상자로 선정된 납세자에 대하여 조세범칙조사를 실시한 경우에는 해당 세목의 조사

대상 기간에 대한 일반세무조사는 이미 실시한 것으로 본다.

제17조(조사방법)

세무조사 방법은 조사대상자의 납세성실도수준, 사업규모, 업종, 과세자료 분석내용, 탈루혐의사항 및

탈세정보내용 등을 고려하여 다음 각 호의 방법으로 실시할 수 있다.

1. 전부조사를 하는 때에는 그 납세자가 비치, 기장하고 있는 장부 및 그와 관련된 증빙서류(전산조직

에 의해 장부와 증빙서류를 작성하였을 때에는 전자기록을 포함한다. 이하 같다) 조사와 그 장부의 진실

성 여부를 검증하기 위한 실물조사, 생산수율 검토, 각종 현황조사, 거래처 조사 또는 거래처 현장확인

및 금융거래 현장확인

2. 부분조사를 하는 때에는 세금탈루혐의가 있는 특정 항목·부분 또는 거래의 일부에 대해 제1호의

조사방법을 준용

3. 간편조사를 하는 때에는 서면심리 및 준비조사 결과 나타난 문제점을 중심으로 우편질문에 의한

해명자료의 검증 또는 단기간의 현장조사

제41조(조사의 진행)

① 조사공무원은 세무조사 진행 과정에서 세금탈루 혐의 등에 대하여 납세자에게 해명할 수 있는 기회

를 주어야 한다.

② 조사공무원은 세무조사 과정에서 조사받는 납세자에게 과세요건 및 사실관계 규명 등에 필요한 서

류·증빙·물건 등의 제출·열람 및 해명을 요구할 경우에는 장부·서류 등 자료 제출 요구서(별지 제

16호 서식)에 의해 요구하고, 요구사항 목록을 작성하여 보관하여야 한다. 다만, 법령 등에 의해 비치·

기장 의무가 있는 회계장부 및 관련 증빙은 구두로 요구하되 요구사항 목록을 작성·보관하여야 한다.

③ 조사공무원은 조사한 사항을 매일 조사관리자에게 보고하여야 한다. 다만, 원거리 출장조사 등 업무

형편상 부득이한 경우에는 격일로 보고하는 등 조사관리자의 지시에 따라 보고할 수 있다.

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④ 조사공무원은 과세의 근거자료를 확보하여 향후 불복청구 등에 대비하여야 하며, 납세자 또는 관련

인 등의 확인이 필요한 사항에 대해서는 확인서(별지 제31호 서식) 또는 진술서(문답형)(별지 제32호 서

식)를 받아야 한다.

▣ 구 소득세법(2009. 12. 31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것)

제64조(부동산매매업자에 대한 세액계산의 특례)

① 부동산매매업을 영위하는 거주자(이하 "부동산매매업자"라 한다)로서 종합소득금액에 제104조 제1항

제2호의3부터 제2호의7까지 및 제3호의 어느 하나에 해당하는 주택 또는 토지의 매매차익(이하 이 조에

서 "주택등매매차익"이라 한다)이 있는 자의 종합소득산출세액은 다음 각 호의 세액 중 많은 것에 의한

다.

1. 제55조 제1항의 규정에 의한 종합소득산출세액

2. 다음 각 목에 따른 세액의 합계액

가. 주택등매매차익에 제104조의 규정에 따른 세율을 적용하여 산출한 세액의 합계액

나. 종합소득과세표준에서 주택등매매차익의 당해 연도분 합계액을 공제한 금액을 과세표준으로 하

고 이에 제55조의 규정에 따른 세율을 적용하여 산출한 세액

② 제1항의 부동산매매업을 영위하는 거주자에 대한 주택등매매차익의 계산 그 밖의 종합소득산출세액

의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제97조(양도소득의 필요경비계산)

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로

한다.

1. 취득가액

가. 제94조 제1항 각 호의 자산의 취득에 소요된 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 본문

에 해당하는 경우에는 당해 자산의 취득 당시의 기준시가

나. 가목 본문의 경우에 있어서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정

하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것

4. 양도비 등으로서 대통령령이 정하는 것

② 양도자산 보유기간 중에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 연도의 부동산임대소득금액 또는 사업

소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있는 때에는 이를 제1항의 금액에서

공제한 것을 그 취득가액으로 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 따른 양도소득의 필요경비의 계산은 다음 각 호에 따른다.

1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액(제2항에 해당하는 때에는

같은 항에 따른 금액)에 제1항 제2호 및 제4호의 금액을 가산한 금액으로 한다.

가. 제1항 제1호 가목 본문에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액

나. 제1항 제1호 나목 및 제114조 제7항에 따라 환산가액에 의하여 취득 당시의 실지거래가액을 계

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산하는 경우로서 법률 제4803호 소득세법 개정법률 부칙 제8조에 따라 취득한 것으로 보는 날(이하 이

조에서 "의제취득일"이라 한다) 전에 취득한 자산(상속 또는 증여받은 자산을 포함한다)의 취득가액을

취득 당시의 실지거래가액과 그 가액에 취득일부터 의제취득일의 전일까지의 보유기간의 생산자물가상

승률을 곱하여 계산한 금액을 합산한 가액에 의하는 경우에는 해당 합산한 가액

다. 제7항 각 호 외의 부분 본문에 의하는 경우에는 해당 실지거래가액

2. 제1호 외의 경우의 필요경비는 제1항 제1호 가목 단서, 같은 호 나목(제1호 나목이 적용되는 경우

는 제외한다), 제7항(제1호 다목이 적용되는 경우는 제외한다) 또는 제114조 제7항(제1호 나목이 적용되

는 경우는 제외한다)의 금액에 자산별로 대통령령으로 정하는 금액을 가산한 금액

④ 거주자가 양도일부터 소급하여 5년 이내에 그 배우자(양도 당시 혼인관계가 소멸된 경우를 포함한

다. 이하 이 항에서 같다) 또는 직계존비속으로부터 증여받은 제94조 제1항 제1호의 규정에 의한 자산

기타 대통령령이 정하는 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 제3항의

규정에 의하되, 취득가액은 각각 그 배우자 또는 직계존비속의 취득당시 제1항 제1호 각 목의 어느 하

나의 금액으로 한다. 이 경우 거주자가 증여받은 자산에 대하여 납부하였거나 납부할 증여세 상당액이

있는 경우에는 제3항의 규정에 불구하고 필요경비에 산입한다.

⑤ 취득에 소요된 실지거래가액의 범위, 증여세 상당액 계산등 필요경비의 계산에 관하여 필요한 사항

은 대통령령으로 정한다.

⑥ 제4항에 규정하는 연수는 등기부상의 소유기간에 의한다.

⑦ 제1항 제1호 가목 본문의 규정을 적용함에 있어서 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자

산을 양도한 거주자가 당해 자산의 취득당시 대통령령이 정하는 방법에 의하여 실지거래가액을 확인한

사실이 있는 경우에는 이를 당해 거주자의 취득당시의 실지거래가액으로 본다. 다만, 다음 각 호의 어느

하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 해당 자산에 대한 전 소유자의 양도가액이 제114조에 따라 경정되는 경우

2. 전 소유자의 해당 자산에 대한 양도소득세가 비과세되는 경우로서 실지거래가액보다 높은 가액으

로 거래한 것으로 확인한 경우

▣ 소득세법

제170조(질문·조사)

소득세에 관한 사무에 종사하는 공무원은 그 직무 수행상 필요한 경우에는 다음 각 호의 어느 하나에

해당하는 자에 대하여 질문을 하거나 해당 장부·서류 또는 그 밖의 물건을 조사하거나 그 제출을 명할

수 있다.

1. 납세의무자 또는 납세의무가 있다고 인정되는 자

2. 원천징수의무자

3. 납세조합

4. 지급명세서 제출의무자

5. 제156조 및 제156조의3부터 제156조의6까지의 규정에 따른 원천징수의무자

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6. 「국세기본법」 제82조에 따른 납세관리인

7. 제1호에서 규정하는 자와 거래가 있다고 인정되는 자

8. 납세의무자가 조직한 동업조합과 이에 준하는 단체

9. 기부금영수증을 발급하는 자

▣ 구 소득세법 시행령(2009. 12. 31. 대통령령 제21934호로 개정되기 전의 것)

제89조(자산의 취득가액 등)

① 법 제39조 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액에 의한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 취득세·등록세 기타 부대비용을 가산한 금액

2. 자기가 행한 제조·생산 또는 건설 등에 의하여 취득한 자산은 원재료비·노무비·운임·하역비·

보험료·수수료·공과금(취득세와 등록세를 포함한다)·설치비 기타 부대비용의 합계액

3. 제1호 및 제2호의 자산으로서 그 취득가액이 불분명한 자산과 제1호 및 제2호의 자산 외의 자산은

당해 자산의 취득 당시의 기획재정부령이 정하는 시가에 취득세·등록세 기타 부대비용을 가산한 금액

제122조(부동산매매업자에 대한 세액계산의 특례)

② 법 제64조 제1항에 따른 주택 등 매매차익은 해당 주택 또는 토지의 매매가액에서 다음 각 호의 금

액을 차감한 것으로 한다.

1. 제163조 제1항 내지 제5항의 규정에 의하여 계산한 양도자산의 필요경비

2. 법 제103조의 규정에 의한 양도소득기본공제금액

④ 법 제64조의 규정에 의한 세액의 계산 그 밖에 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.

제163조(양도자산의 필요경비)

① 법 제97조 제1항 제1호 가목 본문에서 "취득에 소요된 실지거래가액"이라 함은 다음 각호의 금액을

합한 것을 말한다.

1. 제89조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(제89조 제2항 제1호의 규정에

의한 현재가치할인차금을 포함하되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다)

2. 취득에 관한 쟁송이 있는 자산에 대하여 그 소유권등을 확보하기 위하여 직접소요된 소송비용·화

해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외

한 금액

3. 제1호의 규정을 적용함에 있어 당사자 약정에 의한 대금지급방법에 따라 취득원가에 이자상당액을

가산하여 거래가액을 확정하는 경우 당해 이자상당액은 취득원가에 포함한다. 다만, 당초 약정에 의한

거래가액의 지급기일의 지연으로 인하여 추가로 발생하는 이자상당액은 취득원가에 포함하지 아니한다.

② 제1항 제1호의 규정에 의하여 제89조 제2항 제1호의 규정에 의한 현재가치할인차금을 취득원가에

포함하는 경우에 있어서 양도자산의 보유기간 중에 동 현재가치할인차금의 상각액을 각 연도의 부동산

임대소득금액 또는 사업소득금액 계산시 필요경비로 산입하였거나 산입할 금액이 있는 때에는 이를 제1

항의 금액에서 공제한다.

③ 법 제97조 제1항 제2호에서 "자본적지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것"이라 함은 다음 각 호의

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어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액

2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용·

화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제

외한 금액

3. 양도자산의 용도변경·개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용

3의 2. 「개발이익환수에 관한 법률」에 따른 개발부담금(개발부담금의 납부의무자와 양도자가 서로

다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 개발부담금상당액을 말한다)

3의 3. 「재건축초과이익 환수에 관한 법률」에 따른 재건축부담금(재건축부담금의 납부의무자와 양도

자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 재건축부담금상당액을 말한다)

4. 제1호 내지 제3호, 제3호의2 및 제3호의3에 준하는 비용으로서 기획재정부령이 정하는 것

⑤ 법 제97조 제1항 제4호에서 "대통령령이 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을

말한다.

1. 법 제94조 제1항 각 호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용으로서 다음 각 목의 비용

가. 「증권거래세법」에 따라 납부한 증권거래세

나. 양도소득세과세표준 신고서 작성비용 및 계약서 작성비용

다. 공증비용, 인지대 및 소개비

라. 가목부터 다목까지의 비용과 유사한 비용으로서 기획재정부령으로 정하는 비용

2. 법 제94조 제1항 제1호의 자산을 취득함에 있어서 법령 등의 규정에 따라 매입한 국민주택채권 및

토지개발채권을 만기 전에 양도함으로써 발생하는 매각차손. 이 경우 기획재정부령으로 정하는 금융기

관(이하 이 호에서 "금융기관"이라 한다) 외의 자에게 양도한 경우에는 동일한 날에 금융기관에 양도하

였을 경우 발생하는 매각차손을 한도로 한다. 끝.