대전지방법원-2015-구합-100777 (2016.10.26)

사 건

2015구합100777 법인세부과처분취소

원 고

xxxx 주식회사

피 고

공주세무서장

변 론 종 결

2016. 8. 10.

판 결 선 고

2016. 10. 26.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2014. 7. 22.1) 원고에 대하여 한 2011 사업연도 법인세 2,023,660,750원에 대한 경정거부처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 화물자동차운송업을 영위하는 회사이다. 원고는 2011. 2. 21. 법인세법상

원고의 특수관계자인 aaa서비스 주식회사(변경 전 상호 : aa운 주식회사, 이

하 상호 변경 전후를 불문하고 ‘aa물류’라 한다. 원고의 사내이사 bbb이 aa물류

의 대표이사로, 2011. 2. 21. 당시 aa물류의 발행총주식 중 69%의 지분을 소유하고

있었다)의 유상증자에 참여하여 액면가액 10,000원의 주식 20,000주(이하 ‘이 사건 주

식’이라 한다)를 200,000,000원에 취득하였다.

나. 원고는 2013. 4. 19. 및 2014. 2. 27. 2011 사업연도 법인세 수정신고를 거쳐 이

사건 주식의 저가 취득에 따른 자본거래수증이익 7,197,540,000원을 익금에 산입하여

법인세 2,023,660,750원을 신고․납부하였다.

다. 원고는 2014. 6. 3. 피고에게 이 사건 주식 취득으로 인한 자본거래수증이익이

구 법인세법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제12589호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법 시행령’이라 한다) 제11조 제9호에 따라 익금에 산입해야 할 수익에 해당하지 아니한다고 주장하면서 나항과 같이 수정신고․납부한 법인세 2,023,660,750원의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 2014. 7. 22. 원고에 대하여 이를 거부하는 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.

1) 소장 기재 2014. 7. 23.은 오기로 보인다.

라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원장에게 심판청구를 하였으나 위 청

구는 2014. 12. 19. 기각되었다.

[인정근거] 갑 제1 내지 6, 10호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 피고는 원고가 이 사건 주식을 취득한 것이 구 법인세법 시행령 제11조 제9

호, 제88조 제1항 제8호 나목 또는 제8호의2에 해당한다고 보아 이 사건 처분을 하였

다. 그런데 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호 나목은 기존 주주가 신주인수권을

포기한 실권주를 배정하는 경우에 관한 규정으로서 원고와 같이 제3자 배정방식의 유

상증자로 주식을 취득한 경우에는 적용될 수 없다.

2) 또한 구 법인세법 시행령 제11조 제9호 후단에서 인용하는 ‘제88조 제1항

제8호의2에 따른 자본거래’는 ‘제8호 외의 경우로서 증자 등에 의한 주식의 인수 등 법인의 자본을 증가시키거나 감소시키는 거래를 통하여 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우의 자본거래’를 의미한다. 따라서 개인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우의 자본거래는 ‘제88조 제1항 제8호의2’에 따른 자본거래에 해당하지 않는데, 원고가이 사건 주식을 취득한 것은 aa물류의 기존 주주 bbb으로부터 이익을 분여받은

것으로서 법인의 이익을 분여받았다고 볼 수 없다.

3) 따라서 이 사건 주식 취득에 따른 자본수증이익은 구 법인세법 시행령 제11

조 제9호의 이익에 해당하지 않아 법인세 과세대상이 되지 않는다. 그럼에도 원고의

경정청구를 거부한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 구 법인세법 시행령 제11조 제9호는 익금에 산입할 수익으로 ‘구 법인세법

시행령 제88조 제1항 제8호 각목의 어느 하나 및 같은 항 제8호의2에 따른 자본거래

로 인하여 특수관계자로부터 분여받은 이익’을 규정하고 있다. 이하에서는 원고가 이

사건 주식을 취득함으로써 얻은 자본거래수증이익이 구 법인세법 시행령 제88조 제1항

제8호 나목 또는 제8호의2에 따른 자본거래로 인하여 특수관계자로부터 분여받은 이익

에 해당하는지에 관하여 본다.

가) 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호 나목 해당 여부

(1) 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호 나목은 ‘법인의 증자에 있

어서 신주를 배정받을 수 있는 권리의 전부 또는 일부를 포기하는 경우’만을 규정하고

있을 뿐 ‘상법 제418조 제2항에 의하여 당해 법인의 주주가 아닌 자가 당해 법인으로

부터 신주를 직접 배정받는 경우’에 관하여는 규정하고 있지 않으므로, 당해 법인의 주주가 아닌 자가 특수관계자인 법인으로부터 신주를 직접 인수한 경우는 구 법인세법

시행령 제88조 제1항 제8호 나목에 해당하지 않는다(대법원 2012. 3. 29. 선고 2011두29779 판결 참조). 그리고 신주 등의 발행에서 주주 배정방식과 제3자 배정방식을 구별하는 기준은 회사가 신주 등을 발행하는 때에 주주들에게 그들의 지분비율에 따라 신주 등을 우선적으로 인수할 기회를 부여하였는지 여부에 따라 객관적으로 결정되어야 할 성질의 것이지, 신주 등의 인수권을 부여받은 주주들이 실제로 인수권을 행사함으로써 신주 등을 배정받았는지 여부에 좌우되는 것은 아니다(대법원 2009. 5. 29. 선고 2007도4949 전원합의체 판결 참조).

이 사건을 위 법리에 비추어 보건대, 갑 제9호증의 기재에 변론 전체

의 취지를 보태어 보면, aa물류가 2011. 1. 27. 이사회를 개최하였는데, aa물류의

대표이사 bbb, 이사 ccc, 이사 ddd가 위 이사회에 참석하여 aa물류의 기존

주주들에게 신주를 인수할 기회를 부여하지 아니하고 원고로부터 2억 원 상당의 유상

증자를 받기로 결의한 사실을 인정할 수 있다. 위 사실관계에 의하면, 원고는 이 사건

주식을 제3자 배정방식으로 인수한 것이라 할 것인바, 원고가 제3자 배정방식으로 중

앙물류의 신주를 저가로 인수함으로 인하여 특수관계에 있는 aa물류의 기존 주주들

로부터 분여받은 이익이 있다고 하더라도 이는 구 법인세법 시행령 제11조 제9호에서

정하는 익금에 해당할 수 없다.

(2) 이에 대하여 피고는, aa물류의 정관에 제3자에게 직접 신주를 배

정할 수 있는 경우에 관한 규정이 없고, aa물류가 상법 제418조 제2항에 따라 제3자

에게 주식을 배정할 수 있는 경우에도 해당하지 않으므로, 원고가 이 사건 주식을 취

득한 것은 실질적으로 aa물류의 기존 주주가 인수를 포기한 실권주를 배정받은 것으

로 보아야 한다고 주장한다.

살피건대, 갑 제6, 9 내지 12호증, 을 제4호증의 각 기재에 변론 전

체의 취지를 보태어 보면, aa물류가 구 물류정책기본법(2012. 6. 1. 법률 제11473호

로 개정되기 전의 것) 제43조 제3항에 따라 국제물류주선업 등록을 위한 최소자본금

요건을 충족시킬 목적으로 원고로부터 2억 원을 증자받기로 한 사실, aa물류의 정관

에는 제3자에게 직접 신주를 배정할 수 있는 경우에 관한 규정이 없으나, 정관 부칙

제37조는 정관에 규정되지 않은 사항은 주주총회의 결의 및 상법, 기타 법령에 의한다

고 규정하고 있는 사실, aa물류가 이사회에서 증자를 결의한 2011. 1. 27. 당시 aa

물류의 주주는 이지훈, 이상화, 유산수였던 사실, aa물류는 위 증자에 앞서 2011. 1.

27. 이사회를 개최하였을 뿐 주주총회를 개최하지는 아니한 사실을 인정할 수 있다.

위에서 인정한 사실관계에 의하면, aa물류는 주주총회 결의 및 상법

기타 법령의 규정에 따라 제3자에게 주식을 배정할 수 있는바, aa물류가 증자를 결

의한 것은 국제물류주선업 등록이라는 회사의 경영상 목적을 위한 것이고, 비록 aa

물류가 주주총회를 개최하지는 아니하였으나, 당시 aa물류의 주주였던 이지훈, 이상

화, 유산수가 이사회에서 증자를 결의함으로써 실질적으로 주주 모두가 제3자 직접배

정 방식의 증자에 찬성하였으므로 실질적으로 주주총회의 결의가 있었던 것으로 볼 수

있으므로, aa물류가 신주를 제3자인 원고에게 배정한 것이 위법함을 전제로 한 피고

의 위 주장은 이유 없다.

나) 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호의2 해당 여부

구 법인세법 시행령 제11조 제9호 후단은 ‘제88조 제1항 제8호의2에 따

른 자본거래로 인하여 특수관계자로부터 분여받은 이익’을 익금에 산입한다고 규정하

고, 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호의2 본문은 ‘제8호 외의 경우로서 증자 등

을 통하여 법인의 자본을 증가시키거나 감소시키는 거래를 통하여 법인의 이익을 분여

하였다고 인정되는 경우’를 규정하고 있다. 그런데 구 법인세법 시행령 제11조 제9호

후단의 문언이 이익분여자인 ‘특수관계자’를 법인으로 한정하고 있지 아니하고, ‘제8호

의2의 경우’가 아니라 ‘제8호의2에 따른 자본거래’라고 규정하고 있는 점을 고려하면,

구 법인세법 시행령 제11조 제9호 후단에서 말하는 ‘제88조 제1항 제8호의2에 따른 자본거래’는 ‘제8호 외의 경우로서 증자 등을 통하여 법인의 자본을 증가시키거나 감소시키는 거래’를 말한다고 봄이 상당하고, 구 법인세법 시행령 제11조 제9호의 입법연혁에 비추어 보더라도 위와 같이 해석함이 상당하다.

즉, 1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 개정된 법인세법 시행령이

1999. 1. 1. 시행되기 이전에는, 개인인 주주가 불균등증자 등으로 인하여 특수관계자

로부터 이익을 분여받은 경우에는 상속세 및 증여세법의 증여의제 규정에 의하여 증여

세를 부담하였던 반면, 법인인 주주가 특수관계자로부터 이익을 분여받은 경우에는 법

인세법에 명문규정이 없는 관계로, 과세관청이 불균등증자 등으로 인하여 발생하는 자

본수증이익이 있을 때 수증자인 법인인 주주에게 그 이익이 발생한 사업연도에 법인세

를 부과하지 못하다가 당해 법인인 주주가 소유하고 있던 주식을 처분한 때에 주식양

도차익의 형태로 법인세를 과세하였던 것을, 1999. 1. 1. 시행된 구 법인세법 시행령

제11조 제9호에서 해당 사업연도의 익금으로 산입하여 법인세의 과세대상으로 변경하

였고, 2008. 2. 22. 대통령령 제20619호로 개정된 구 법인세법 시행령 제11조 제9호에의하여 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호에서 규정한 불공정합병, 불균등증자또는 감자 외의 경우에서 경제적 이익이 발생한 경우에도 해당 사업연도 법인소득금액계산상 익금산입하여 법인세를 과세하는 제도로 확대되었다. 법인과 특수관계에 있는자와의 거래가 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되어 조세법적인 측면에서 부당한

것이라고 보일 때 과세권자가 객관적으로 타당하다고 인정되는 소득이 있었던 것으로

의제하여 과세함으로써 과세의 공평을 기한다는 위 제도의 취지(대법원 2002. 9. 4. 선고 2001두7268 판결 참고)에 비추어 보면, 이익분여자가 법인인 경우와 개인인 경우를 구분하여 달리 보아야 할 특별한 이유가 없다.

따라서 원고가 이 사건 주식을 저가에 취득한 것은 특수관계자인 aa

물류의 법인의 자본을 증가시키는 거래를 통하여 특수관계자인 aa물류로부터 이익을

분여받은 경우에 해당하므로, 구 법인세법 시행령 제11조 제9호, 제88조 제1항 제8호

의2에 해당한다.

2) 소결론

그렇다면 원고가 이 사건 주식을 저가에 취득함으로써 얻은 자본거래수증이

익은 구 법인세법 시행령 제11조 제9호, 제88조 제1항 제8호의2에 따라 익금에 산입되

어 법인세의 과세대상이 되므로, 이를 전제로 한 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판

결한다.

(별지)

관계 법령

■ 법인세법

제15조(익금의 범위)

① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산

(􈗆􈦣􈑦)을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.

③ 제1항에 따른 수익의 범위와 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

■ 구 법인세법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23589호로 개정되기 전의 것)

제11조(수익의 범위)

법 제15조 제1항의 규정에 의한 수익은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음

각 호에 규정하는 것으로 한다.

9. 제88조 제1항 제8호 각 목의 어느 하나 및 같은 항 제8호의2에 따른 자본거래로 인하여 특

수관계자로부터 분여받은 이익

제88조(부당행위계산의 유형 등)

① 법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각

호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

8. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자본거래로 인하여 주주 등인 법인이 특수관계자인

다른 주주 등에게 이익을 분여한 경우

가. 특수관계인인 법인간의 합병(분할합병을 포함한다)에 있어서 주식 등을 시가보다 높거

나 낮게 평가하여 불공정한 비율로 합병한 경우. 다만, 「자본시장과 금융투자업에 관한

법률」 제165조의4에 따라 합병(분할합병을 포함한다)하는 경우는 제외한다.

- 10 -

나. 법인의 자본(출자액을 포함한다)을 증가시키는 거래에 있어서 신주(전환사채·신주인수

권부사채 또는 교환사채 등을 포함한다. 이하 이 목에서 같다)를 배정·인수받을 수 있

는 권리의 전부 또는 일부를 포기(그 포기한 신주가 「자본시장과 금융투자업에 관한

법률」 제9조 제7항에 따른 모집방법으로 배정되는 경우를 제외한다)하거나 신주를 시

가보다 높은 가액으로 인수하는 경우

다. 법인의 감자에 있어서 주주 등의 소유주식 등의 비율에 의하지 아니하고 일부 주주등

의 주식 등을 소각하는 경우

8의2. 제8호 외의 경우로서 증자·감자, 합병(분할합병을 포함한다)·분할, 「상속세 및 증여세

법」 제40조 제1항에 따른 전환사채 등에 의한 주식의 전환·인수·교환 등 법인의 자본

(출자액을 포함한다)을 증가시키거나 감소시키는 거래를 통하여 법인의 이익을 분여하

였다고 인정되는 경우. 다만, 제20조 제1항 제3호 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매

수선택권등 중 주식매수선택권의 행사에 따라 주식을 발행하는 경우는 제외한다.

■ 상법

제418조(신주인수권의 내용 및 배정일의 지정ㆍ공고)

① 주주는 그가 가진 주식 수에 따라서 신주의 배정을 받을 권리가 있다.

② 회사는 제1항의 규정에 불구하고 정관에 정하는 바에 따라 주주 외의 자에게 신주를 배정

할 수 있다. 다만, 이 경우에는 신기술의 도입, 재무구조의 개선 등 회사의 경영상 목적을

달성하기 위하여 필요한 경우에 한한다.

■ 구 물류정책기본법(2012. 6. 1. 법률 제11473호로 개정되기 전의 것)

제43조(국제물류주선업의 등록)

③ 제1항에 따라 등록을 하려는 자는 3억 원 이상의 자본금(법인이 아닌 경우에는 6억 원 이

- 11 -

상의 자산평가액을 말한다)을 보유하여야 하고, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를

제외하고는 1억 원 이상의 보증보험에 가입하여야 한다. 끝.