서울고등법원-2015-누-52816 (2016.10.28)

사 건

법인세경정청구거부처분 취소청구의 소

원고, 항소인

파산채무자 한국AA은행 주식회사의 파산관재인 BB보험공사

피고, 피항소인

남대문세무서장

제1심 판 결

서울행정법원 2015. 7. 3. 선고 2014구합67444 판결

변 론 종 결

2016. 09. 30.

판 결 선 고

2016. 10. 28.

주 문

1. 제1심 판결을 다음과 같이 변경한다.

가. 피고가 2012. 11. 28. 한국AA은행 주식회사에 대하여 한 2009. 7. 1.부터 2010. 6. 30.까지의 사업연도 법인세 863,671,353원에 대한 경정청구거부처분 중 237,225 ,544원을 초과하는 부분을 취소한다.

나. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

2. 소송총비용 중 30%는 원고가, 70%는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

1. 청구취지

피고가 2012. 11. 28. 한국AA은행 주식회사에 대하여 한, 2008. 7. 1.부터 2009. 6. 30.까지 및 2009. 7. 1.부터 2010. 6. 30.까지의 각 사업연도 법인세에 대한 경정청구거부처분을 취소한다.

2. 항소취지

제1심 판결을 취소하고, 원고의 청구를 기각한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 한국표준산업분류상 금융보험업에 해당하는 금융업을 영위하는 법인인 한국AA은행 주식회사(이하 ‘파산법인’이라 한다)는 아래 <표1>과 같이 부실 프로젝트금융채권(이하 ‘사후정산대상채권’이라 한다)을 담보물과 함께 한국 CC공사에게 양도하고, 그 대가로 한국 CC공사로부터 변동금리부 무기명식 이권부 무보증 사모사채(이하, ‘이 사건 사모사채’라 한다)를 인수하였다.

<표1> 사후정산대상채권 양도 및 사모사채 인수내역

(단위 : 백만원)

일 자

채권양도

사모사채 인수

인수가액

만기일

2008. 12. 30.

16,000

10,000

2011. 12. 30.

2009. 3. 18.

120,582

106,028

2012. 3. 18.

2010. 6. 30.

112,463

85,580

2013. 6. 30.

2011. 6. 30.

98,731

75,354

2014. 12. 31.

합 계

347,776

276,962

나. 파산법인은 사후정산대상채권에 관한 담보물의 매각이 완료되는 등으로 사후정산대상채권의 회수액이 확정되면 한국 CC공사와 사후정산을 하기로 약정하였는데, 파산법인은 사후정산시까지의 사후정산대상채권 정산이자 및 담보물 매각비용 등의 관리비를 합한 금액에서 사모사채 이자를 차감한 금액을 한국 CC공사에게 지급하기로 하였다.

다. 파산법인은 2008. 7. 1.부터 2009. 6. 30.까지 사업연도와 2009. 7. 1.부터 2010. 6. 30.까지 사업연도에 아래 <표2>와 같이 사모사채 이자수익 및 기타충당부채(사후정산대상채권의 손실 예상액, 이자비용, 기타 관리비 등이다)를 계상하였는데, 사후정산대상채권 이자비용 등은 정산일이 속하는 사업연도의 손금으로 보아 손금불산입으로 세무조정하였으나 사모사채 이자수익은 별도의 세무조정을 하지 아니하고 각 사업연도법인세를 신고하였다.

<표2> 사모사채 이자수익 및 기타충당부채 계상내역

(단위 : 원)

사업연도

구분

2008. 7. 1. ~

2009. 6. 30.

2009. 7. 1.

~ 2010. 6. 30.

합계

사모사채 이자수익

1,630,620,896

5,742,157,724

7,372,778,620

기타충당부채

사후정산대상채권 손실예상액

2,402,246,093

11,304,025,942

13,706,272,035

사후정산대상채권

정산이자

1,787,038,629

8,098,934,509

9,885,973,138

인터넷뱅킹사고대비

100,000,000

100,000,000

200,000,000

소송충당부채

728,000,000

728,000,000

합 계

4,289,284,722

20,230,960,451

24,520,245,173

라. 파산법인은 2012. 9. 28. 피고에게 사모사채의 이자수익도 사후정산대상채권의 정산일이 속하는 사업연도의 익금으로 보아야 한다는 이유로 2008. 7. 1.부터 2009. 6. 30.까지 사업연도 및 2009. 7. 1.부터 2010. 6. 30.까지 사업연도의 법인세 863,671,353원(2008. 7. 1.부터 2009. 6. 30.까지 사업연도는 결손 신고하여 세액이 없으므로, 이는 2009. 7. 1.부터 2010. 6. 30.까지 사업연도의 세액이다. 2008. 7. 1.부터 2009. 6. 30.까지 사업연도에 관하여는 과세표준신고서에 기재된 결손금액이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액에 미치지 못함을 이유로 과세표준에 관한 경정을 구한 것으로 보인다.)을 환급하여 달라는 경정청구를 하였다.

마. 피고는 2012. 11. 28. ‘사모사채 이자수익의 귀속시기는 구 법인세법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22577호로 개정되기 전의 것) 제70조 제1항 제1호 단서의 규정에 따라 수익으로 계상한 사업연도로서 파산법인의 회계처리와 일치하므로 당초신고가 적법하다’는 이유로 경정청구를 거부하고 이를 파산법인에게 통지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

바. 파산법인은 이에 불복하여 2012. 12. 27. 서울지방국세청장에게 이의신청을 하였으나 기각되었고, 2013. 5. 15. 심판청구를 하였으나 조세심판원은 2014. 6. 17. 심판청구를 기각하였다.

사. 한편, 원고는 서울중앙지방법원 2013. 4. 30.자 2013하합47호 선임결정에 의하여 파산법인의 파산관재인으로 선임되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6, 8, 10, 11, 13호증(해당 가지번호 포함)의

각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 관계 법령

별지 기재와 같다.

나. 원고의 주장

1) 권리확정주의 위반 주장

파산법인이 인수한 이 사건 사모사채의 만기는 3년이며 이자율은 인수계약체결일 직전월부터 이자지급일(사후정산일) 직전월까지 공사채 AAA 3년 월평균수익률이고, 월평균수익률은 KIS채권평가 주식회사가 고시하는 1개월간 평가수익률의 평균으로 하게 되어 있으므로, 결국 이 사건 사모사채의 이자율은 사후정산일에서야 비로소 확정되고, 그 이전에는 확정되지 않는다. 따라서 이 사건 사모사채의 이자율이 확정되지 아니한 상태에서 파산법인이 2008. 7. 1.부터 2010. 6. 30.까지의 사업연도에 각각 추정금액을 이자수익으로 계상하였다고 하더라도, 이는 법인세법 제40조 제1항에서 정한 익금이 확정된 것으로 볼 수 없으므로, 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하다.

2) 수익비용대응원칙 위반 주장

이 사건 사모사채의 이자수익과 사후정산대상채권 이자비용은 각각 별개의 것이 아니라 정산시점에 상계가 예정된 것으로 기간적, 대상적으로 정확히 대응된다. 따라서 피고의 주장과 같이 사후정산대상채권 이자비용 등은 정산일이 속하는 사업연도의 손금으로 보고, 이 사건 사모사채 이자수익만을 기간경과 사업연도의 익금으로 계상하게 되면, 이는 수익비용대응원칙에 반한다.

3) 실질과세원칙 위반 주장

이 사건 사모사채 이자수익은 사후정산대상채권 이자비용과 상계되어 소멸이 예정된 것으로 실질적인 이자수익이 아니라 계산상의 수치에 불과하다. 따라서 이 사건 사모사채 이자수익에 대하여 기간경과에 따라 해당사업연도의 익금으로 보아 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 실질 내용에 따라 과세표준을 계산하도록 한 국세기본법 제14조 제2항에 반한다.

4) 원천징수 관련 주장

이자소득의 귀속시기와 관련하여 법인세법 제40조, 법인세법 시행령 제70조 제1항 제1호는 금융보험업을 영위하는 법인의 경우 실제로 받은 날이 속한 사업연도를 기준으로 하되, 특례로 이자소득에 대하여 기간경과분을 수익으로 계상한 경우 그 계상한 사업연도의 익금으로 인정하고 있다. 그런데 위 특례가 적용되는 이자소득에는 법인세법 제73조의 규정에 따라 원천징수되는 이자소득은 포함되지 않는다. 파산법인이 2009. 7. 1.부터 2010. 6. 30.까지의 사업연도에 수익으로 계상한 이자소득 중 2010. 1. 1.이후부터의 이자소득은 2009. 12. 31. 개정된 법인세법 및 법인세법 시행령에 따라 원천징수 대상에 포함되고, 한국 CC공사는 2011. 6. 30. 중간정산 당시 위 기간에 대응하는 이자소득에 대한 파산법인의 법인세를 원천징수하였다. 따라서 2010. 1. 1.이후부터 발생하는 이자소득에 대하여는 피고가 주장하는 법인세법 시행령 제70조 제1항 제1호 단서의 특례가 적용되지 않으므로 그 귀속시기는 장부에 계상한 사업연도가아니라 실제로 수입한 날이 속한 사업연도이다.

다. 판단

1) 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것) 제40조 제1항은 ‘내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다’고 규정하고 있고, 같은 조 제2항의 위임에 따른 구 법인세법 시행령(2010. 6. 8. 대통령령 제22184호로 개정되기 전의 것) 제70조 제1항 제1호는 ‘법인이 수입하는 이자소득의 경우 익금의 귀속사업연도는 파산법인과 같은 한국표준산업분류상 금융보험업을 영위하는 법인의 경우 원칙적으로 실제로 수입된 날이 속하는 사업연도로 하되, 법인세법 제73조의 규정에 따라 원천징수되는 이자를 제외하고는 결산을 확정함에 있어서 이미 경과한 기간에 대응하는 이자를 해당 사업연도의 수익으로 계상한 경우에는 그 계상한 사업연도의 익금으로 한다’고 규정하고 있다. 그리고 위 구 법인세법 제43조는 ‘내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 당해 법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산․부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정․타당하다고 인정되는 기업회계의 기준을 적용하거나 관행을 계속적으로 적용하여 온 경우에는 이 법 및「조세특례제한법」에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 당해 기업회계의 기준 또는 관행에 따른다’고 규정하고 있다.

한편, 2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정된 법인세법 제73조는 원칙적으로 금융보험업을 영위하는 법인의 수입금액을 포함하여「소득세법」제127조 제1항 제1호의 이자소득금액을 내국법인에게 지급하는 자는 법인세를 원천징수하여 납세지 관할 세무서 등에 납부하도록 규정하고 있다. 그리고 2009. 12. 31. 대통령령 제21972호로 개정되어 시행일인 2010. 1. 1. 이후 최초로 발생하는 소득부터 적용되는 법인세법 시행령 제111조에서는 위 법인세법 제73조의 위임에 따라 금융보험업을 영위하는 법인의 수입금액 중 원천징수의 대상에서 제외되는 범위 등에 관하여 규정하고 있는데, 제1항 제3호에서 ‘신고한 과세표준에 이미 산입된 미지급 소득’은 원천징수 대상에서 제외되는 소득으로 규정하고 있다.

2) 인정사실

가) 파산법인은 2008. 12. 30. 한국 CC공사로부터 이 사건 사모사채 100억원(액면가는 8,069,463,822원이다)을 인수하면서 이자율을 공사채(특수채) AAA 3년 월평균 수익률, 즉 2008. 12. 30.의 직전월부터 이자지급일의 직전월까지 월평균수익률(KIS채권평가 주식회사가 고시하는 1개월간 평가수익률의 평균이다)로, 원금상환일을 2011. 12. 30.로, 이자지급일을 원금상환일 또는 사후정산대상채권의 정산이자와 사모사채 이자수익의 정산일로 정하였다.

나) 또한 파산법인은 2009. 3. 18. 한국 CC공사로부터 이 사건 사모사채106,028,213,538원을 인수하면서 이자율을 공사채(특수채) AAA 3년 월평균 수익률, 즉 2009. 3. 18.의 직전월부터 이자지급일의 직전월까지 월평균수익률(KIS채권평가 주식회사가 고시하는 1개월간 평가수익률의 평균이다)로, 원금상환일을 2012. 3. 18.로, 이자지급일을 원금상환일 또는 사후정산대상채권의 정산이자와 사모사채 이자수익의 정산일로 정하였다.

다) 파산법인은 2011. 6. 30. 사후정산대상채권의 정산이자와, 2008. 12. 30. 및 2009. 3. 18. 인수한 사모사채의 이자수익에서 2010. 1. 1. 이후부터 발생한 사모사채 이자수익에 대한 법인세 원천징수액을 차감한 금액을 정산하여 그 차액을 한국 CC공사에 지급하였다.

라) 한편, 파산법인은 2008. 7. 1.부터 2009. 6. 30.까지 사업연도에 2008. 12. 30. 인수한 사모사채(이하 ‘2008. 12. 30.자 사모사채’라 한다)의 이자수익 190,961,098원[= 사모사채 액면가 8,069,463,822원 × 연 4.72% × 183일(사모사채 인수일부터 사업연도 종기인 2009. 6. 30.까지)/365일, 원 미만 반올림]과 2009. 3. 18. 인수한 사모사채(이하 ‘2009. 3. 18.자 사모사채’라 한다)의 이자수익 1,439,659,798원[= 사모사채 액면가 106,028,213,538원 × 연 4.72% × 105일(사모사채 인수일부터 사업연도 종기인 2009. 6. 30.까지)/365일, 원 미만 버림]의 합계 1,630,620,896원(= 190,961,098 + 1,439,659,798)을 미수수익으로 회계처리하였다.

마) 파산법인은 2009. 7. 1.부터 2010. 6. 30.까지 사업연도에 2008. 12. 30.자 사모사채의 이자수익 600,916,390원[= 사모사채 액면가 8,069,463,822원 × 연 4.96% ×548일(사모사채 인수일부터 사업연도 종기인 2010. 6. 30.까지)/365일, 원 미만 반올림]과 2009. 3. 18.자 사모사채의 이자수익 6,771,862,230원[= 사모사채 액면가 106,028,213,538원 × 연 4.96% × 470일(사모사채 인수일부터 사업연도 종기인 2010. 6. 30.까지)/365일, 원 미만 버림]의 합계 7,372,778,620원(= 600,916,390 + 6,771,862,230)에서 위 1,630,620,896원을 차감한 5,742,157,724원(= 7,372,778,620 - 1,630,620,896)을 미수수익으로 회계처리하였다.

바) 파산법인이 2008. 7. 1.부터 2009. 6. 30.까지 사업연도 기간 중의 ‘2008. 12. 30.자 및 2009. 3. 18.자 사모사채’에 관한 이자수익을 계상하면서 이자율로 삼은 연4.72%는 KIS채권평가 주식회사가 고시한 특수채 공사채 특수AAA 3년의 2009. 6.월 월평균수익률이고, 2009. 7. 1.부터 2010. 6. 30.까지 사업연도 기간 중의 ‘2008. 12. 30.자 및 2009. 3. 18.자 사모사채’에 관한 이자수익을 계상하면서 이자율로 삼은 연4.96%는 KIS채권평가 주식회사가 고시한 특수채 공사채 특수AAA 3년의 2009. 12.월 월평균수익률이다. 그런데 2011. 6. 30. 정산당시 당초의 이 사건 사모사채의 인수약정에 따라 산정한 ‘2008. 12. 30.자 사모사채’의 실제 이자율은 연 4.60%로, ‘2009. 3. 18.자 사모사채’의 실제 이자율은 연 4.47%로 결정되었다.

사) 이 법원의 한국회계기준원에 대한 사실조회 결과

① 기업회계기준서에 따르면, 이자수익은 계약에 따라 받게 될 금액이 사전에 결정되며(수익금액이 반드시 확정되어야 함을 의미하는 것은 아님) 시간의 경과에 따라 수익이 발생하므로, 유효이자율을 적용하여 발생기준에 따라 인식한다[“유효이자율법”은 유효이자율을 적용하여 할인 또는 할증차금의 상각액을 계산하는 방법을 말한다. 유효이자율은 채무증권으로부터 만기일까지 기대되는 현금유입액의 현재가치를 최초장부가액과 일치시키는 이자율이다].

② 따라서 사채인수계약서에 명시된 대로 합리적인 근거에 의해 이자수익 금액을 신뢰성 있게 추정할 수 있고 경제적 효익의 유입가능성이 매우 높다면, 해당 회계연도에 이자수익을 인식한다.

③ 추정에 의한 측정치도 합리적인 근거가 있을 경우 해당 항목의 인식에 이용될 수 있다고 보기 때문에, 회계연도 말에 수익금액이 확정될 수 없더라도 합리적인 근거를 바탕으로 산출한 이자율을 적용하여 이자수익을 인식해야 한다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제4, 5, 9, 10, 11, 12, 14, 15호증(해당 가지번호 포함)의 각 기재, 이 법원의 한국 CC공사, 한국회계기준원에 대한 각 사실조회 결과, 변론 전체의 취지

3) 판단

가) 권리확정주의 위반 주장에 대한 판단

앞서 본 법령의 내용과 이 법원의 한국회계기준원에 대한 사실조회결과 등을 종합하여 보면, 구 법인세법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22577호로 개정되기 전의 것) 제70조 제1항 제1호 단서에서 ‘법인이 수입하는 이자수익의 경우 결산을 확정함에 있어서 이미 경과한 기간에 대응하는 이자를 당해 사업연도의 수익으로 계상한 경우에는 그 계상한 사업연도의 익금으로 한다’고 규정하고 있는 취지는, 법입세법령상 원칙적으로 한국표준산업분류상 금융보험업을 영위하는 법인에 있어서 실제로 수입된 날이 속하는 사업연도가 이자수익의 귀속사업연도가 되지만 당해 법인이 기업회계기준에 따라 이미 경과한 기간에 대응하는 이자를 해당 사업연도의 수익으로 계상한 경우에는 계상한 사업연도의 익금으로 보도록 규정함으로써 그러한 기업회계기준에 따른 회계처리를 존중하는 한편, 기업회계관행과 법인세 부과기준을 일치시켜 법인세법령과 기업회계기준과의 불일치로 인한 법인세 신고 및 부과 절차에서의 불필요한 혼선을 줄이기 위한 데에 있는 것으로 보인다. 따라서 법인이 이미 경과한 기간에 대응하는 이자수익을 기업회계기준에 따라 해당 사업연도의 수익으로 계상한 경우 그 이자수익의 수입시기는 특별한 사정이 없는 한 그 계상한 사업연도라고 보아야 한다.

이 사건의 경우, 앞서 본 바와 같이 파산법인은 2008. 7. 1.부터 2009. 6. 30.까지의 사업연도 및 2009. 7. 1.부터 2010. 6. 30.까지의 사업연도에서의 이 사건 사모사채의 이자수익을 계상함에 있어서, 위 계상 당시에는 아직 이 사건 사모사채의 이자율이 확정되지 않았기 때문에 KIS채권평가 주식회사가 고시한 이 사건 사모사채와 인수조건이 유사한 특수채 공사채 특수AAA 3년의 사업연도 마지막 달의 월평균수익률(2008. 7. 1.부터 2009. 6. 30.까지 사업연도 분) 또는 사업연도 중간 달의 월평균수익률(2009. 7. 1.부터 2010. 6. 30.까지 사업연도 분)을 이 사건 사모사채의 이자율로 추정하여 해당 사업연도에 대응하는 이자수익을 산정하여 수익으로 계상하였다. 그리고 파산법인이 위와 같이 당해 KIS채권평가 주식회사가 고시하는 공사채(특수채) AAA 3년의 월평균수익율을 기초로 이 사건 사모사채의 이자율을 추정한 것은 합리적인 근거에 의한 것으로 앞서 본 기업회계기준에 부합하는 것으로 보인다.

따라서 파산법인이 이미 경과한 기간에 대응하는 이자수익으로 보아 이자수익으로 계상한 이자수익은 해당 사업연도에 귀속되는 것으로 보아야 하고, 아직 각 해당사업연도에는 이 사건 사모사채의 이자율이 구체적으로 확정되지 않았다는 사정만으로 권리확정주의에 반한다고 할 수 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

나) 수익비용대응원칙 위반 및 실질과세원칙 위반 주장에 대한 판단

이 사건 사모사채의 이자수익과 사후정산대상채권 이자비용은 정산시점에 상계가 예정된 것이라고 하더라도, 갑 제4, 5호증의 각 1, 2의 기재에 의하면, 이 사건 사모사채의 이자수익은 파산법인과 한국 CC공사 사이의 ‘무보증 사모사채 인수계약’에 따라 발생하는 것이고, 사후정산대상채권 이자비용은 파산법인과 한국 CC공사 사이의 ‘프로젝트 파이낸싱 대출채권 양도․양수계약’에 따라 발생하는 것으로 그 법률관계를 달리하므로 정산시점에 서로 상계된다는 사정만으로 서로 수익․비용관계에 있다거나, 이 사건 사모사채의 이자수익이 실질이 없는 계산상의 수치에 불과하다고 볼 수 없다. 따라서 이 사건 처분이 수익비용대응원칙에 위반된다거나 실질과세원칙에 위반된다는 원고의 주장 또한 이유 없다.

다) 원천징수 관련 주장에 대한 판단

(1) 2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정된 법인세법 제73조, 2009. 12. 31. 대통령령 제21972호로 개정된 법인세법 시행령 제111조 제2항 제1호 및 제3항 제2호에 따라 2010. 1. 1. 이후부터 발생하는 이 사건 사모사채의 이자소득은 법인세 원천징수대상이 되고, 위 법인세법 시행령 제70조 제1항 제1호 단서에서는 결산을 확정함에 있어서 이미 경과한 기간에 대응하는 이자 및 할인액을 해당 사업연도의 수익으로 계상한 경우 그 계상한 사업연도의 익금으로 하되, 위 법인세법 제73조에 따라 원천징수되는 이자 및 할인액은 제외한다고 규정하고 있다. 그리고 한국 CC공사가 2011. 6. 30. 정산 당시 2010. 1. 1.부터 2010. 6. 30.까지 사이의 이 사건 사모사채의 이자수익에 관한 법인세를 원천징수한 사실은 앞서 본 바와 같다.

따라서 2010. 1. 1.부터 2010. 6. 30.까지 사이의 이 사건 사모사채의 이자수익은 위 법인세법 제73조에 따라 원천징수되는 이자에 해당하여 파산법인이 위 이자수익에 대하여 결산을 확정함에 있어 수익으로 계상하였다고 하더라도 이를 그 사업연도의 익금으로 볼 수는 없다. 그렇다면, 2009. 7. 1.부터 2010. 6. 30.까지의 사업연도에 대한 법인세를 신고함에 있어서 2010. 1. 1.부터 2010. 6. 30.까지 사이의 이 사건 사모사채의 이자수익을 익금에 산입하여 한 파산법인의 당초신고부분은 부적법하여 위 이자수익을 익금불산입한 후 세액을 다시 산정하여야 하므로, 이 사건 처분 중 위 이자수익에 대한 법인세액에 관한 경정을 거부한 부분은 위법하고, 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

(2) 이에 대하여 피고는, 위 법인세법 제73조 제1항 본문 괄호에서 ‘법인세가 부과되지 아니하거나 면제되는 소득 등 대통령령으로 정하는 것’은 원천징수대상에서 제외하고 있고, 그 위임을 받은 법인세법 시행령 제111조 제1항 제3호는 ‘신고한 과세표준에 이미 산입된 미지급 소득’을 원천징수대상에서 제외되는 소득 중 하나로 규정하고 있는데, 파산법인이 2010. 1. 1.부터 2010. 6. 30.까지 사이의 이 사건 사모사채의 이자수익을 2009. 7. 1.부터 2010. 6. 30.까지의 사업연도 법인세 과세표준에 산입하여 신고납부하였으므로, 결국 위 이자수익은 ‘법인세법 제73조에 따라 원천징수되는 이자’에 해당하지 않는다고 주장한다.

살피건대, 위 법인세법 시행령 제70조 제1항 제1호의 단서에서 결산을 확정함에 있어서 ‘이미 경과한 기간에 대응하는 이자등’을 해당 사업연도의 수익으로 계상한 경우에는 그 계상한 사업연도의 익금으로 보면서 ‘법 제73조에 따라 원천징수되는 이자등’을 그 적용대상 수익에서 제외한 취지는 원천징수대상인 이자수익까지 계상한 사업연도의 익금으로 보아 과세표준에 포함시키게 되면, 그 후 실제 이자 지급시 위 이자수익에 대해 다시 원천징수가 되어 이중과세의 우려가 있으므로 이를 방지하고자 하는데 있는 것이다. 그리고 위 법인세법 시행령 제111조 제1항 제3호에서 ‘신고한 과세표준에 이미 산입된 미지급 소득’을 원천징수대상에서 제외하는 취지는 원천징수대상인 이자소득이라고 하더라도 어떠한 사정으로 그 약정지급기일에 지급받지 못하는 바람에 미지급 이자를 그 약정지급기일이 속하는 과세연도에 과세표준에 산입하여 신고한 경우와 같이 적법하게 과세표준에 산입하여 신고한 미지급 이자소득에 대하여 그 이후에 실제로 이자지급이 될 때 또 다시 원천징수대상으로 삼는다면 이중과세의 결과가 초래되므로 이를 방지하고자 하는데 있는 것이다. 따라서 위 법인세법 제73조에 의하여 원천징수되는 이자는 처음부터 위 법인세법 시행령 제70조 제1항 제1호의 단서규정의 적용대상이 될 수 없다고 할 것이지, 이에 위반하여 이 사건 일부 사모사채 이자의 경우처럼 원천징수대상인 이자에 대하여 당해 사업연도의 익금으로 잘못 계상하여 과세표준에 산입하여 신고한 경우 이를 다시 위 법인세법 시행령 제111조 제1항 제3호의 “신고한 과세표준에 이미 산입된 미지급 소득”으로 보아 원천징수대상에서 제외되는 이자라고 볼 수는 없으므로, 피고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(3) 2009. 7. 1.부터 2010. 6. 30.까지의 사업연도의 정당세액의 계산

파산법인은 2009. 7. 1.부터 2010. 6. 30.까지 사업연도에 2008. 12. 30.자 사모사채의 이자수익 600,916,390원[= 사모사채 액면가 8,069,463,822원 × 연 4.96%× 548일(사모사채 인수일부터 사업연도 종기인 2010. 6. 30.까지)/365일, 원 미만 반올림]과 2009. 3. 18.자 사모사채의 이자수익 6,771,862,230원[= 사모사채 액면가 106,028,213,538원 × 연 4.96% × 470일(사모사채 인수일부터 사업연도 종기인 2010. 6. 30.까지)/365일, 원 미만 버림]의 합계 7,372,778,620원에서 위 각 사모사채에 대하여 발행일로부터 2009. 6. 30.까지 연 4.72%의 이율을 적용하여 산정하여 2008. 7. 1.부터2009. 6. 30.까지 사업연도의 미수수익으로 회계처리한 1,630,620, 896원을 차감한 5,742,157,724원[= 7,372,778,620(= 600,916,390 + 6,771,862,230) - 1,630,620,896]을 미수수익으로 회계처리하였음은 앞서 본 바와 같다.

따라서 파산법인이 위 각 사모사채에 대하여 2010. 1. 1.부터 2010. 6. 30.까지 181일간의 이자수익으로 계상한 금액은 2,847,480,953원(= 5,742,157,724원 ×181/365)이고, 당초의 과세표준금액 4,025,778,881원에서 위 금액을 익금불산입할 경우의 과세표준금액은 1,178,297,928원(= 4,025,778,881원 - 2,847,480,953원)이 되므로, 이에 따라 2009. 7. 1.부터 2010. 6. 30.까지의 사업연도의 파산법인의 세액을 산정하면 정당세액은 237,225,544원이고, 그 계산내역은 별지 정당세액계산 표 기재와 같다.

라) 소결

결국, 이 사건 처분 중 2008. 7. 1.부터 2009. 6. 30.까지의 사연연도 법인세에 대한 경정청구거부처분은 적법하다고 할 것이나, 2009. 7. 1.부터 2010. 6. 30.까지의 사업연도 법인세 863,671,353원에 대한 경정청구거부처분 중 237,225,544원을 초과하는 부분은 위법하므로, 취소되어야 한다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구 중 2009. 7. 1.부터 2010. 6. 30.까지의 사업연도 법인세에 대한 경정청구거부처분 취소청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 일부인용하고 나머지 청구는 이유 없어 기각하여야 할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하므로 제1심 판결을 위와 같이 변경하기로 하여 주문과 같이 판결한다.