대구지방법원-2017-구합-20295 (2017.07.14)

주 문

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 원고에 대하여 한 2011 사업연도 법인세00원, 2012사업연도 법인세 00원의 각 부과처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고의 AAAA관리부담금 납부

1) 원고는 CC자원의 개발 및 BBB사업 등을 영위하는 회사로서, 현재 25기의 원

자력BBB시설을 운영하고 있다.

2) 2009. 1. 1.부터 시행된 SSS폐기물 관리법에 따라, 원고가 분기별로 사용후

WWW의 종류와 발생량을 매분기 다음달 15일까지 산업통상자원부장관에게 제출하면, DDD장관으로부터 부담금 부과·징수 업무를 위탁받은 한국AAAAJJ공단은 원고에게 매분기말일부터 25일 이내에 AAAA관리부담금(이하 ‘쟁점 부담금’이라

한다)을 고지하고, 원고는 그 고지에 따른 납부기한 내에 부담금을 납부하여 왔다.

나. 원고의 법인세 신고·납부 및 피고의 법인세 경정·고지

1) 원고는 위와 같이 납부한 쟁점 부담금의 손금 귀속시기를 AAAA가 KK

로에서 인출된 해당 분기말이 속하는 사업연도로 하여 별지 1. 표 기재와 같이 법인세를 신고·납부하였다.

2) 그런데 피고는, 각 사업연도의 4분기 부담금의 경우 그 부담금 납부고지가 그

다음해에 이루어지게 되므로 쟁점 부담금으로 인한 손금은 해당 분기말이 속한 사업연도가 아니라 부담금 고지일이 속한 사업연도에 귀속되어야 한다는 이유로, 별지 1. 기재와 같이 2009년부터 2013년까지 각 4분기의 부담금에 관하여 해당 사업연도에서손금부인하고 다음 사업연도에 손금산입하는 방법으로 법인세를 재산정하여, 2015. 7. 6. 원고에 대하여 2011 사업연도 법인세 000원 및 2012 사업연도 법인세 000원(각 가산세 포함)을 각 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

다. 전심절차

원고는 이 사건 처분에 불복하여 2015. 조세심판을 청구하였으나 . 위 심판청구가 기각되었다.

【인정근거】 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자들의 주장

1) 원고

이 사건 쟁점 부담금은 AAAA가 인출된 해당 분기말이 지남으로써 부담금의 액수가 확정되므로 그 해당 분기말이 속한 사업연도를 손금의 귀속시기로 보더라도 법인세 납세의무자의 자의에 따라 소득액이 좌우될 여지가 없는 점, 수익·비용 대응

의 원칙상 이 사건 부담금은 AAAA가 KK로에서 인출된 사업연도의 비용으로계상되어야 하는 점, 권리의무확정주의의 원칙상 의무가 성립된 때를 기준으로 손익귀속시기가 결정되는데 이 사건 부담금 납부의무는 매분기말이 지남으로써 곧바로 성립되는 점 등에 비추어, 이 사건 부담금으로 인한 손금은 매분기말이 속한 사업연도에귀속되어야 한다. 그럼에도 피고는 이 사건 부담금의 고지일이 속한 사업연도에 손금을 귀속시켰으므로, 이를 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.

2) 피고

손익 귀속시기에 관한 권리의무확정주의는 의무의 확정과 실현(이행) 사이의 시간적 간격이 있는 경우 의무가 실현(이행)된 때가 아닌 확정된 때를 기준으로 하는 것일 뿐, 단순히 의무가 성립된 때를 기준으로 하는 것은 아닌데, 이 사건 쟁점 부담금의납부의무는 한국AAAAJJ공단이 법령에 따라 부담금액을 결정하여 원고에게 고지함으로써 그 의무의 실현가능성이 확정된 것으로 보아야 하는 점, AAAA는 4년 6개월간 사용되다가 인출되는 것인데 원고는 그 손금을 AAAA가 사용되면서 소득을 발생시킨 전 사업연도에 대응시키지 않고 인출된 사업연도에만 귀속시키고 있으므로, 원고 스스로도 수익·비용 대응의 원칙을 따르고 있지 아니한 점, AAAA가인출된 이후에도 피고가 실제로 부담금을 부과·고지할 때까지는 부담금의 액수가 달라질 가능성이 있는 점 등에 비추어, 이 사건 부담금의 납부로 인한 손금은 그 부담금의고지일이 속한 사업연도에 귀속되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 2. 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 권리확정주의란 소득의 원인이 되는 권리의 확정시기와 소득의 실현시기와의

사이에 시간적 간격이 있는 경우에는 과세상 소득이 실현된 때가 아닌 권리가 발생한때를 기준으로 하여 그 때 소득이 있는 것으로 보고 당해연도의 소득을 산정하는 방식으로, 실질적으로는 불확실한 소득에 대하여 장래 그것이 실현될 것을 전제로 하여 미리 과세하는 것을 허용하는 것으로 납세자의 자의에 의하여 과세연도의 소득이 좌우되는 것을 방지하고자 하는 데 그 의의가 있는 것이며, 이와 같은 과세대상 소득이 발생하였다고 하기 위하여는 소득이 현실적으로 실현되었을 것까지는 필요 없다고 하더라도 소득이 발생할 권리가 그 실현의 가능성에 있어 상당히 높은 정도로 성숙, 확정되어야 하고, 따라서 그 권리가 이런 정도에 이르지 아니하고 단지 성립한 것에 불과한단계로서는 소득의 발생이 있다고 할 수 없으며, 여기서 소득이 발생할 권리가 성숙,확정되었는지 여부는 일률적으로 말할 수 없고 개개의 구체적인 권리의 성질과 내용및 법률상·사실상의 여러 사항을 종합적으로 고려하여 결정하여야 한다(대법원 2003.12. 26. 선고 2001두7176 판결, 대법원 2011. 9. 29. 선고 2009두11157 판결 등 참조).

위와 같은 법리는 손금의 귀속시기에 있어서 손금이 발생하였다고 볼 수 있는지 여부에 관해서도 동일하게 적용될 수 있다.

2) 이러한 법리에 비추어 이 사건을 보건대, 다음과 같은 이유로 이 사건 쟁점 부

담금은 그 고지일이 속하는 사업연도의 손금으로 귀속되어야 한다고 판단된다. 따라서이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 이유 없다.

가) SSS폐기물 관리법 제15조에 따르면 원고는 AAAA를 KK로에서인출하는 때에는 해당 분기가 끝난 후 15일 이내에 DDD장관에게 사용후WWW의 종류와 발생량을 기재한 자료를 제출하여야 하고(제5항), DDD장관으로부터 권한을 위임받은 한국AAAAJJ공단은 AAAA의 종류, 발생량, 단위발생량당 소요비용 등을 기준으로 쟁점 부담금을 산정한 후 이를 원고에게 부과·징수하며(제1항), 그에 따라 원고는 고지받은 쟁점 부담금을 납부기한 내에 납부하여야 할 구체적인 채무를 부담하게 된다. 따라서 쟁점 부담금은 DDD장관 또는 그로부터권한을 위임받은 한국AAAAJJ공단이 그 액수를 산정하고 부담금을 부과·징수할 권한을 가지는 것이며 그 부과로 인하여 비로소 원고에게 부담금 납부의무가 구체적으로확정된다.

나) ⑴ 위 법리에서 본 것처럼, 손금의 귀속시기에 관한 의무확정주의는 의무의

확정과 실현(이행) 시기 사이의 시간적 간격이 있는 경우 의무가 실현된 때가 아닌 의무가 확정된 때를 기준으로 하여 손금을 산입함으로써 그 소득을 산정하는 것으로서,납세자의 자의에 의하여 과세연도의 소득이 좌우되는 것을 방지하고자 하는 데에 그의의가 있다. 그런데 쟁점 부담금의 액수는 DDD장관 또는 한국AAAAJJ공단이 산정할 권한이 있으므로, 해당 분기가 끝난 후라도 그로부터 25일 내에 DDD장관 또는 한국AAAAJJ공단이 쟁점 부담금을 산정하여 고지하기 전까지는그 부담금의 액수가 특정되었다거나 변경의 여지가 없을 정도로 확정되었다고 볼 수없다. 따라서 원고 주장처럼 해당 분기가 끝난 때가 속한 사업연도를 손금의 귀속시기로 보게 되면 이후 피고가 쟁점 부담금을 고지할 때와 부담금의 액수에 차이가 발생할가능성이 있게 되고, 결국 납세자의 자의에 의하여 과세연도의 소득이 좌우될 우려가있게 된다.

⑵ 이에 대하여, 원고는 부담금의 액수는 법령이 정한 산식에 따라 산정하여

야 하므로, ‘해당 분기가 끝난 때’와 ‘피고가 부담금을 고지한 때’ 사이에 부담금의 액수가 달라질 여지가 없다는 취지로 주장한다.

그러나 다음과 같은 이유로 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

㈎ 부담금의 액수는 SSS폐기물 관리법 제15조 제1항, 같은 법 시행령 제8조 제1항 [별표 2]에 따라 산정하게 되어 있다. 그런데 구 [별표 2](2013. 6. 17. 대통

령령 제24612호로 개정되기 전의 것)는 ‘추정비용 × (1 + 물가상승률)물가반영기간 × 1/(1+ 할인율)할인기간‘의 산식에 따라 부담금을 계산하되, 추정비용, 물가상승률, 물가반영기간, 할인율, 할인기간 등의 산정요소들은 OOOO장관의 고시에 따르도록 정하고 있다가, 이후 2013. 6. 17. 대통령령 제24612호로 개정되어 ’부담금 = 단위발생량당 소요비용 × 분기별 발생량‘의 산식에 따르고 이때 ’단위발생량당 소요비용‘은 ’(미래사업비의 현재가치 - 부담금 적립잔액) × 1/미래AAAA발생량의 현재가치‘의 산식에따르되, 각 산정요소들은 DDD장관의 고시에 따르도록 정함으로써, 앞서 본부담금의 산정방식과는 전혀 다른 방법으로 부담금을 산정하게 되었다. 게다가 위 각규정이 OOOO장관 또는 DDD장관의 고시에 위임한 각 산정요소들의 수치는 물가변동이나 경제상황 등 여러 요인에 따라 수시로 바뀔 수 있는 것이므로, 해당 분기가 끝난 후라도 법령 또는 고시의 개정으로 인하여 부담금의 산정방식 또는 부담금 산정의 각 요소들의 구체적인 수치가 달라질 수 있다. 따라서 DDD장관 또는 한국AAAAJJ공단이 쟁점 부담금을 직접 산정하여 고지할 때까지 그 부담금의 액수가 달라질 가능성이 없다고 단정할 수 없다.

㈏ 실제로도 별지 1. 표 기재와 같이 원고는 2009 사업연도 법인세 신고 당시 2009년 4분기의 부담금을 253,799백만 원으로 산정하여 손금에 산입하였으나, 2009년 4분기 부담금이 고지되기 직전에 수리불가 판정을 받은 손상연료 비정상 물량이 발생하였음을 이유로 1,548백만 원의 부담금이 추가로 고지되었고, 원고는 위 추가 고지분을 2010 사업연도의 손금에 산입하였다.

㈐ 한국AAAAJJ공단은 2012. 3.경 AAAA 발생량 현장조사를 통해원고가 신고한 AAAA 발생량이 누락된 것을 확인하고 이를 OOOO에 보고한 후 누락된 발생량에 대하여 2011년 제3분기 부담금을 추가로 고지하기도 하였다.

다) 원고는 쟁점 부담금의 경우와는 달리, AAAA 진흥법상 AAAA연구개발비 부담금의 경우에는 그 고지일이 속한 사업연도에 손금을 산입하였다. 즉, AAAA 진흥법제13조 제2항, 같은 법 시행령 제15조는 법 제13조 제4항에 따른 부담금 납부명령은

분기마다 납부금액, 납부기한 및 납부장소를 구체적으로 적은 서면으로 한다고 규정하여 이 사건 부담금과 유사한 체계로 부담금을 부과하도록 되어 있는데, 다만, 그 부담금 액수의 산정은 ‘전년도 또는 전전년도’1) 분기에 생산된 CC량을 기준으로 하도록되어 있다. 그런데 만약 원고의 주장을 관철한다면 AAAA연구개발비 부담금의 경우에도 ‘전년도 혹은 전전년도’ 분기가 끝난 때에 부담금 납부의무가 발생하고 그 부담금액수의 산정이 불가능하지 않으므로 곧바로 그 사업연도의 손금으로 산입하였어야 할것임에도, 원고는 피고가 부담금을 고지한 때가 속한 사업연도의 손금으로 산입하였다.

라) ⑴ 원고는 수익·비용 대응의 원칙상 쟁점 부담금은 AAAA가 인출되는 때가 속하는 사업연도의 손금으로 산입되어야 한다는 취지로 주장한다.

⑵ 그러나 AAAA는 사용주기가 약 4년 6개월 정도로서, 원고 주장처럼 수익·비용 대응의 원칙에 따라 부담금을 손금에 산입하기 위해서는 WWW가 사용되어 그로부터 소득이 발생한 4년 6개월에 걸쳐 부담금을 안분 계산하는 방법으로 손금에 계상하여야 할 것이고, 원고 주장처럼 AAAA가 인출되는 때가 속한 사업연도의 손금에 산입할 것은 아닌 점, 재료비나 원가 등과 같이 특정 수익과 직접 대응시킬 수 있는 비용(직접대응)의 경우에는 그 수익이 귀속되는 사업연도의 손금에 산입하면 되지만, 수익과 비용을 직접적으로 대응시킬 수 없는 비용(간접대응 또는 기간대응)의 경우에는 권리의무확정주의에 따라 해당 비용의 이행의무가 확정된 날을 기준으로 손금에 귀속시키는 것이 일반적인 점 등에 비추어 보면, 원고의 위 주장은 쉽게 수긍되지 않는다.

1) AAAA 진흥법이 2016. 1. 27. 법률 제13822호로 개정되기 전에는 ‘전년도 CC량’을 기준으로, 그 이후부터는‘전전년도 CC량’을 기준으로 부담금을 산정한다.

마) 원고는 AAAA의 인출일이 속하는 사업연도를 이 사건 쟁점 부담금의손금 귀속시기로 본 것은 기업회계기준에 따른 것으로서 법인세법 제43조에 따라 존중되어야 한다는 취지로도 주장한다. 그러나 법인세법 제43조의 규정 내용 및 입법 경위등에 비추어 보면, 기업회계기준은 법인이 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용하거나 관행을 계속 적용하여 온 경우 법인세법에 달리 규정이 없는경우에만 보충적으로 적용되는 것으로서, 이 사건에서는 우선 법인세법 제40조 제1항에서 규정하고 있는 권리의무확정주의에 따라 쟁점 부담금의 손금 귀속시기를 확정할수 있는 점, 더욱이 앞서 본 바와 같이 원고는 쟁점 부담금과 유사한 방식으로 부과되는 ‘AAAA연구개발비 부담금’의 경우 고지일을 기준으로 손금의 귀속시기를 정하고 있을 뿐만 아니라 이 사건 쟁점 부담금의 경우에도 2009년 4분기의 추가 고지분의 경우이를 2010 사업연도의 손금으로도 산입하는 등 부담금의 손금 산입과 관련하여 일관된 회계처리를 하고 있지 아니하고, 또한 수익·비용 대응의 원칙에 부합하는 회계처리로도 보이지 아니하는 점 등의 사정을 종합하면, 이 사건 쟁점 부담금에 관한 원고의손금 산입 방식이 법인세법에 따라 존중되어야 할 기업회계기준이라고도 할 수 없다.

바) 법인세법 기본통칙 40-71…24(손금산입되는 조세의 손금 귀속시기) 제1항은‘손금으로 산입할 수 있는 조세는 국세기본법 시행령 제10조의2 각 호의 날이 속하는사업연도의 손금으로 한다. 다만, 결산을 확정함에 있어 관련 수익이 실현되는 사업연도에 손비로 계상하는 경우에는 이를 당해 사업연도의 손금으로 한다’는 취지로 규정하고 있고, 국세기본법 시행령 제10조의2 각 호의 날은 납세의무의 성립일이 아닌 확정일에 해당한다. 이처럼 조세관청의 실무나 조세관행은 납세의무의 확정일, 즉 신고납세방식의 조세는 신고일, 부과과세방식의 조세는 고지일이 속하는 사업연도의 손금에산입하고 있으므로, 쟁점 부담금의 경우에도 그 납부의무가 확정되는 고지일이 속하는사업연도의 손금에 산입하는 것이 위와 같은 조세관행에 부합한다.

사) SSS폐기물 관리법 제16조 제1항은 기금에서 SSS폐기물 관리시설을 건설하는 데에 드는 비용을 충당하기 어려운 경우에는 제15조에도 불구하고 AAAABBB사업자에게 부담금을 미리 납부하게 할 수 있다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제11조 제1항은 DDD장관은 AAAABBB사업자에게 관리비용 또는 부담금을 미리 내게 할 때에는 내야 하는 관리비용 또는 부담금의 금액, 그 산정 근거, 납부기한및 납부장소와 그 밖에 필요한 사항을 기재한 서면으로 고지하여야 한다고 규정하고있다. 이처럼 AAAA가 KK로에서 인출되지 아니한 경우에도 피고는 미리 부담금을 부과할 수 있는데, 원고의 주장에 따르면 이러한 경우에도 피고가 부담금을 고지하여 원고가 부담금을 납부한 때가 아니라 향후 AAAA를 인출한 때가 속하는사업연도에 비로소 선납하였던 부담금을 손금으로 산입할 수 있다는 부당한 결론에 이르게 된다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로, 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.