서울고등법원-2017-누-38241 (2017.07.25)

사 건

2017누38241 법인세부과처분취소

원 고

주식회사 ○○

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2017. 06. 27.

판 결 선 고

2017. 07. 25.

주 문

1. 피고의 항소를 기각한다

2. 항소비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 201○. ○. ○. 원고에 대하여 한 200○ 사업연도 법인세 ○,○○○,○○○,○○○원의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 음반제작업 등을 사업목적으로 하여 199○. 0. 0. 설립된 코스닥시장 상

장법인으로, 200○. 0. 0. 비상장법인인 주식회사 BBB, CCC 주식회사 및 주식회사 DDD(이하 각 BBB, CCC, DDD라 하고, 통틀어 ‘피합병법인’이라 한다)를 흡수합병하였고, 200○. 0. 0. 합병등기를 마쳤다(이하‘이 사건 합병’이라 한다. 이 사건 합병 당시 원고의 상호는 주식회사 ZZZ였으나, 201○. 0. 0. 현재의 상호로 변경되었다).

나. 이 사건 합병 당시 원고의 합병가액은 기준주가로, 피합병법인의 합병가액은 본 질가치로 평가되었고, 그에 따라 원고와 피합병법인의 합병비율이 BBB, CCC, DDD 순으로 1:4.0, 1:2.0, 1:19.0으로 결정되었다.

다. 원고는 피합병법인의 주주에게 위 합병비율에 따라 원고의 보통주를 교부하였는 바, 합병에 따른 신주 00,000,000주(액면금액 500원)를 발행·교부하였다.

라. 합병기일인 200○. 7. 18. 기준 합병신주의 발행가액 합계액은 34,325,000,000원이

고, 액면총액은 0,000,000,000원(= 발행주식수 00,000,000주 × 액면금액 500원)이다.

마. 이 사건 합병으로 원고가 피합병법인으로부터 승계한 순자산의 공정가액은

0,000,000,000원이고, 원고는 합병신주의 발행가액과 피합병법인으로부터 승계한 순자산공정가액의 차액 00,000,000,000원(=00,000,000,000원-0,000,000,000원)을 회계장부에 영업권(이하 ‘이 사건 영업권’이라 한다)으로 계상하였다.

바. 이 사건 합병 이후 원고의 회계장부는 아래 표와 같고, 원고는 이 사건 영업권을 구 법인세법 시행령(2010. 6. 8. 대통령령 제22184호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법 시행령’이라 한다) 제24조 제4항이 정한 감가상각자산인 영업권에 해당하지 않는다고 보아 이 사건 영업권의 가액을 익금에 산입하지 아니하였으며, 감가상각비로

손금처리하지도 않았다.

사. 서울지방국세청장은 이 사건 영업권을 구 법인세법 시행령 제24조 제4항이 정한

감가상각자산인 영업권에 해당한다고 보고, 구 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호

로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법’이라 한다) 제17조 제1항 제3호, 구 법인세법 시행령 제12조 제1항 제1호에서 정한 합병평가차익으로 익금에 산입한 후, 매년 영업권 상각비 한도액 범위 내에서 손금 산입하여야 한다는 이유로, 이 사건 영업권의 가액을 원고의 200○ 사업연도 법인세 과세표준에 익금 산입하여야 한다는 취지로 피고에게 과세자료를 통보하였고, 그에 따라 피고는 2013. 3. 18. 원고에 대하여 200○ 사업연도 법인세 0,000,000,000원을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

아. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 201○. 0. 0. 조세심판원에 심판청구를 제기하

였으나, 조세심판원은 201○. 0. 0. 위 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1, 2호증, 을 제4호증의 1 내지 3의

각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

피고가 이 사건 영업권의 가액을 합병평가차익으로 보아 익금에 산입한 이 사건 처

분은 아래와 같은 이유에서 위법하여 취소되어야 한다.

1) 이 사건 영업권은 합병대가와 피합병법인으로부터 승계한 순자산의 공정가액의

차액을 회계상 처리하기 위해 계상된 회계상 영업권일 뿐, 사업상 가치가 있는 자산이

라 볼 수 없고, 원고가 이 사건 영업권을 별도로 구분하여 평가한 적이 없어 구 법인

세법 시행령 제24조 제4항의 감가상각자산인 영업권에 해당하지 않을 뿐 아니라 구 법

인세법 제17조 제1항 제3호, 구 법인세법 시행령 제12조 제1항 제1호의 합병평가차익

에 해당한다고 볼 수 없으므로, 과세대상으로 삼아 익금에 산입할 수 없다.

2) 이 사건 영업권의 가액을 합병평가차익으로 보더라도, 구 법인세법 제17조 제1항 제3호, 구 법인세법 시행령 제12조 제1항에 따르면, 합병평가차익은 합병차익을 한도로 익금에 산입할 수 있는데, 이 사건 합병의 경우 합병차손이 발생하였을 뿐 합병차익은 없으므로, 이를 익금에 산입할 수 없다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 이 사건 합병으로 인하여 원고가 피합병법인으로부터 승계한 순자산가액 및 합

병대가는 아래와 같다.

2) 이 사건 합병 전후 원고 및 피합병법인의 손익 상황은 아래와 같다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제4호증의 1 내지 3, 을 제5, 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

합병차익 = 피합병법인으로부터 승계한 순자산가액(승계한 자산의 총액 - 승계한 부채의총액) - (합병신주의 액면총액 + 합병교부금 총액)

합병차손 = 합병대가(합병신주의 액면총액 + 합병교부금 총액) - 피합병법인으로부터 승계한 순자산가액

1) 이 사건 영업권이 합병평가차익에 해당하는지 여부

가) 관련 개념 및 관련 법리

(1) 합병차익과 합병차손

구 법인세법 제17조 제1항 제3호에 의하면, 합병차익은 내국법인의 각 사업연도의

소득금액계산에 있어서 익금불산입하게 되어 있는데, 합병차익은 일반적으로 소멸된

회사로부터 승계한 재산의 가액이 그 회사로부터 승계한 채무액, 그 회사의 주주에게

지급한 금액(합병교부금)과 합병 후 존속하는 회사의 자본증가액 또는 합병으로 인하

여 설립된 회사의 자본액을 초과하는 경우의 그 초과금액으로 정의되고 있고, 이는 자

본거래로 인한 수익이므로 익금불산입하는 것으로 이해되고 있다. 즉, 합병차익은 피합병법인 순자산가액 중 자본금으로 이입되지 않은 그 잔액을 의미하므로 그 산식은 다음과 같다.

한편, 합병차손은 일반적으로 합병차익과 반대되는 개념으로 합병법인이 피합병법인

으로부터 승계한 순자산가액이 피합병법인의 주주에게 지급한 합병교부금과 교부한 합

병신주의 액면가액의 합계액(즉, 합병대가)보다 적은 경우 그 차액을 의미하는 것으로

이해되고 있다. 즉, 이에 대한 산식은 다음과 같다.

(2) 합병차손과 영업권

구 기업인수․합병 등에 대한 회계준칙(2009. 8. 28. 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 결합회계준칙’이라 한다) §9 가.는, 영업권을 ‘매수원가 중 매수일 현재 피 매수회사로부터 취득한 식별가능한 자산․부채(순자산)의 공정가액에 대한 매수회사의 지분을 초과하는 부분’이라고 규정하고 있어, 위 구 결합회계준칙상의 영업권은 합병대가를 합병신주의 액면총액으로 보는 합병차손과는 개념에 있어서 차이가 있을 뿐만 아니라, 구 결합회계준칙의 영업권은 자산을 평가하여 승계하는 매수법(기업합병에 대한 회계처리를 위하여 합병법인에 승계되는 피합병법인의 순자산을 어떻게 평가할 것인가 하는 논의가 있다. 합병을 합병당사회사의 지분의 결합으로 보아 소멸회사의 순자산의 장부가액을 존속회사가 그대로 승계하여야 한다는 지분통합법, 합병을 소멸회사의 순자산을 매수하는 거래로 인식하는 입장에서 소멸회사의 순자산을 매수시점의 시가로 평가하여 승계하여야 한다는 매수법의 두 가지 견해로 나뉜다)에만 인정되는 반면, 합병차손은 자산을 장부가액으로 승계하는 경우(지분통합법)에도 인정된다는 점에서 차이가 있으므로 이하에서는 합병차손, 합병대가가 피합병법인의 순자산의 공정가액을 초과하는 부분을 의미하는 결합회계준칙의 영업권(이하 ‘회계상 영업권’이라 한다) 및 구 법인세법 시행령 제24조 제4항의 영업권(이하 ‘세법상 영업권’이라 한다)을 구분한다.

(3) 합병평가차익

구 법인세법 시행령 제12조 제1항은 피합병법인으로부터 구 상법(2011. 4. 14. 법률 제10600호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 상법’이라고 한다) 제459조 제1항 제3호의 규정에 의한 금액(합병차익)에 달할 때까지 자산을 평가하여 승계한 경우 그 가액 중 피합병법인의 장부가액을 초과하는 금액을 합병평가차익으로 규정하고 있다. 합병평가차익은 피합병법인으로부터 승계한 순자산의 가액에서 자본금증가액을 공제한 액수를 의미하는 합병차익과는 구별된다.

합병평가차익 = 승계한 자산의 평가가액(시가) - 승계한 자산의 장부가액

구 법인세법 제17조 제1항 제3호는 합병차익은 자본거래로 인한 수익으로 보아 익금

에 산입하지 않으면서도, 단서 규정에 의하여 합병평가차익을 익금에 산입하고 있는데, 이는 합병법인이 피합병법인의 자산을 평가증하여 승계한 후 감가상각비 또는 자산처분손실 처리를 하는 경우 소득금액이 감소하게 되므로, 합병시점에서 과세하도록 한것이다. 다만, 구 법인세법 시행령 제12조 제1항 제1호에 따르면, 합병평가차익은 구상법 제459조 제1항 제3호의 규정에 의한 합병차익을 초과할 수 없고, 합병에 따른 구법인세법 제80조 제1항에 의한 청산소득의 과세가 있는 경우 이를 공제하도록 되어 있다.

(4) 영업권

구 결합회계준칙에 따르면 영업권은 매수법에 의한 기업결합의 경우에만 인식되는데, 매수원가(구 결합회계준칙 §6 가.에 의하면, 매수원가는 다른 회사의 순자산 및 영업활동을 지배하기 위하여 지급하는 현금이나 현금등가물 또는 기타 매수대가의 공정가액을 말한다) 중 매수일 현재 피매수회사로부터 취득한 식별가능한 순자산의 공정가액에 대한 매수회사의 지분을 초과하는 부분이다(구 결합회계준칙 §9 가.). 이러한 영업권은 미래에 경제적 효익이 유입될 것으로 기대되는 기간으로 내용연수를 정하여 정액법으로 상각하되, 20년을 초과하지 못한다(구 결합회계준칙 §9 나. 다.). 즉, 결합회계준칙 상의 영업권은 다음과 같이 합병법인이 합병시 피합병법인의 주주에게 합병대가로서 교부하는 합병신주의 발행일 또는 합병기일의 가(합병교부금이 있는 경우 포함)에서 피합병법인으로부터 승계하는 순자산가액을 공제하는 금액으로 규정하여 차액개념에 의하여 인식되고 있다.

회계상 영업권 = 매수원가 - 매수일 현재 피매수회사로부터 취득한 식별가능한 자산·부채(순자산)의 공정가액에 대한 매수회사의 지분

또한, 매수일에 피매수회사로부터 취득한 식별가능한 자산․부채의 공정가액 중 매수회사의 지분이 매수원가를 초과하는 경우에는 그 초과액을 부의 영업권으로 계상한다(결합회계준칙 §10).

한편, 구 법인세법 시행령 제24조 제1항은 감가상각자산을 규정하면서 제2호 가목에

서 영업권을 열거하고 있고, 제4항은 ‘제1항 제2호 가목의 영업권 중 합병 또는 분할의 경우 합병법인이 계상한 영업권은 합병법인이 피합병법인의 자산을 평가하여 승계한 경우로서 피합병법인 또는 분할법인의 상호·거래관계 기타 영업상의 비밀 등으로 사업상 가치가 있어 대가를 지급한 것에 한하여 이를 감가상각자산으로 한다’, 구 법인세법 시행규칙(2009. 3. 30. 기획재정부령 제66호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법 시행규칙’이라 한다) 제12조는 ‘위 영업권에는 ① 사업의 양도·양수과정에서 양도·양수자산과는 별도로 양도사업에 관한 허가·인가등 법률상의 지위, 사업상 편리한 지리적 여건, 영업상의 비법, 신용·명성·거래선 등 영업상의 이점 등을 감안하여 적절한 평가방법에 따라 유상으로 취득한 금액, ② 설립인가, 특정사업의 면허, 사업의 개시 등과 관련하여 부담한 기금·입회금 등으로서 반환청구를 할 수 없는 금액과 기부금 등의 금액을 포함하는 것으로 한다’고 각 규정하고 있다.

위와 같은 관련 규정들을 종합하면, 기업합병에 있어서 구 법인세법상 영업권으로 인정되는 것은 합병법인이 피합병법인의 자산을 평가하여 승계한 경우로서 피합병법인 의 상호·거래관계 기타 영업상의 비밀 등으로 사업상 가치가 있어 대가를 지급한 것에 한정되고 그러한 자산성 있는 영업권에 한하여 이를 감가상각자산으로 보고 있다. 여기서 사업상 가치가 있는 영업권으로 평가받기 위해서는 어떤 기업이 특수한 기술과 사회적 신용 및 거래관계 등 영업상의 기능 내지 특성으로 인하여 동종의 사업을 경영하는 다른 기업의 통상수익보다 높은 초과수익을 올릴 수 있는 무형의 재산적 가치가 있어야 할 것이고, 한 회사가 다른 회사를 흡수합병하여 그 영업상 기능 내지 특성을 흡수함으로써 합병 전의 통상수익보다 높은 초과수익을 갖게 된다면 합병 후 높은 수익률을 가져올 수 있는 피흡수회사의 무형적 가치는 영업권이라 보아도 무방하다(대법원 1986. 2. 11. 선고 85누592 판결, 대법원 1997. 5. 28. 선고 95누18697 판결 등 참조).

한편, 자산을 평가하여 승계함으로 인하여 발생한 합병평가차익은 합병 당해 사업연

도 익금에 산입되는데, 여기서의 자산은 유형자산뿐만 아니라 무형자산도 해당할 수

있는 것이어서 피합병법인에 무형의 사업상 가치(초과수익력)가 존재하는 경우 합병법

인이 그것을 평가하여 승계하였다면 영업권이라는 자산이 평가증되어(피합병법인의 영

업권 장부가액은 0원이었으므로) 합병법인에게 승계된 것이므로, 영업권은 동시에 합

병평가차익이 될 수 있다.

나) 이 사건 영업권이 구 법인세법 시행령 제24조 제4항 소정의 세법상 영업권에

해당하는지 여부

위 인정사실에다가 앞서 본 각 증거와 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음

과 같은 사정들을 종합하여 보면, 원고가 이 사건 합병 과정에서 회계장부에 계상한

이 사건 영업권은 회계상 영업권일 뿐 자산을 평가하여 승계한 세법상 영업권이라고

보기 어렵다.

따라서 이 사건 영업권이 세법상 영업권임을 전제로 이 사건 영업권의 가액을 합병

평가차익으로 익금에 산입한 이 사건 처분은 위법하다.

① 앞서 본 바와 같이, 구 법인세법 시행령 제24조 제4항, 구 법인세법 시행규칙 제 12조 제1항 제1호에 의하면, 세법상 영업권은 합병법인이 합병과정에서 구 결합회계준

칙에 따라 계상한 영업권(매수원가 중 피합병법인의 순자산가액을 초과하는 부분) 전

부가 아니라, 그 중에서도 합병법인이 피합병법인의 자산을 평가하여 승계, 특히 영업

권 자체의 가치를 평가하여 승계한 경우로서 피합병법인의 상호․거래관계 기타 영업

상의 비밀 등으로 사업상 가치가 있어 대가를 지급한 것에 한정된다. 반면 회계상 영

업권은 합병법인이 피합병법인의 주주에게 교부하는 합병신주의 공정가액과 순자산가

액의 차액으로 산정된다(구 결합회계준칙 §9 가.).

즉 회계상 영업권은 구 결합회계준칙에 따라 산정한 합병신주의 공정가치가 피합병

법인으로부터 승계한 순자산가액과 일치하지 않는다면 자산성 유무와 관계 없이 회계

상 대차차액을 조정하기 위하여 항상 발생하는 것이고, 세법상 영업권 및 합병평가차

익과는 그 개념 및 성격상 많은 차이가 있다. 만약 회계상 영업권을 무조건 세법상 영

업권으로 본다면 합병신주의 공정가치가 피합병법인으로부터 승계한 순자산가액보다

큰 경우에는 사업상 가치 유무가 있는 경우에만 세법상 영업권을 인정하겠다는 구 법

인세법 제24조 제4항, 구 법인세법 시행규칙 제12조 제1항의 취지가 몰각될 우려가 있

다.

따라서 합병 과정에서 필연적으로 발생하는 회계상 영업권을 구 법인세법상 제17조

제1항 제3호에 의한 합병평가차익으로 보아 익금에 산입하려면, 구 법인세법 제24조

제4항, 구 법인세법 시행규칙 제12조 제1항의 감가상각자산인 세법상 영업권에 해당하

여야 한다.

② 코스닥상장법인이 ‘주권상장법인 및 코스닥상장법인’이 아닌 법인(이하 ‘비상장법인’이라 한다)과 합병을 하는 경우에는 그 합병가액을 당사자가 임의로 정할 수 없고,코스닥상장법인의 코스닥시장에서의 거래가격과 비상장법인의 ‘자산가치와 수익가치를 가중산술평균한 가액과 상대가치의 가액을 산술평균한 가액’으로 기준으로 합병가액을 정하여야 하고(상대가치를 산출할 수 없는 경우에는 자산가치와 수익가치를 가중산술평균한 가액), 구 증권거래법 시행령(2008. 7. 29. 대통령령 제20947호로 폐지되기 전의 것), 이하 ‘구 증권거래법 시행령’이라 한다)에서 정한 합병요건·절차 등 합병기준에 따라 합병관련사항을 금융감독위원회와 한국증권선물거래소에 신고하여야 하는바[구 증권거래법(2007. 8. 3. 법률 제8635호로 폐지되기 전의 것) 제190조의2 제1항, 구 증권거래법 시행령 제84조의7 제1항, 구 증권거래법 시행규칙(2008. 8. 4. 총리령 제885호로 폐지되기 전의 것) 제36조의12 제1, 3항], 합병 당사법인들은 위 법령에 따라 산정된 합병비율로 합병계약을 체결하고, 그에 따라 합병대가를 교부하여야 하며, 이를 관련 기관에 신고하여야 한다.

이와 같이 구 증권거래법 등 관계 법령에서 코스닥상장법인과 비상장법인간의 합병

의 경우 합병가액의 산정방법을 규정하고 있는 취지는 합병비율이 합병할 각 회사의

일방에게 불리하게 정해지는 경우 그 회사의 주주가 합병 전 회사의 재산에 대하여 가

지고 있던 지분비율을 합병 후에 유지할 수 없게 되어 실질적으로 주식의 일부를 상실

하게 되는 부당한 결과가 초래되므로, 시장가치가 반영된 거래소 주가와 자산가치, 수

익가치, 상대가치가 적정하게 반영된 본질가치를 기준으로 합병비율을 산정토록 함으

로써 합병비율의 객관성, 적정성을 보장하여 불공정한 합병을 방지하기 위한 것이므로, 합병가액을 산정함에 있어 수익가치 등에 관한 평가가 있다는 사정만으로는 ‘피합병법인에게 영업권이 존재하고 있고 이에 관한 평가까지 이루어졌다’고 보기는 어렵다.

③ 이 사건 합병에 있어서 영업권에 대한 직접적인 별도의 평가는 이루어지지 아니

하였다. 피고 주장의 취지와 같이 ‘피합병법인으로부터 자산을 평가하여 승계한 경우’는 매수법에 의한 합병을 의미하므로 영업권을 별도로 평가할 필요는 없다고 본다면, 구 증권거래법 등 관련 법령에 따라 평가된 합병대가가 피합병법인의 순자산가액보다 큰 경우에는 항상 과세되어야 하고, 이는 구 법인세법 시행령 제24조 제4항이 ‘피합병법인의 상호·거래관계 기타 영업상의 비밀 등으로 사업상 가치가 있어 대가를 지급한 것에 한하여 이를 감가상각자산으로 한다‘고 규정하여 영업권의 개념을 제한적으로 규정한 취지에 반한다.

④ 또한, 세법상 영업권으로 인정되기 위해서는 실제로 피합병법인이 장기간 경상이

익을 실현하고, 동종사업을 영위하고 있는 기업들에 비하여 초과수익을 올리는 등 피

합병법인에게 초과수익력이 있다고 인정될 만한 사정이 있어야 한다고 할 것이다. 그

러나 피고가 제출한 증거만으로는 피합병법인에 초과수익력이 있다고 인정하기에 부족

하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

오히려 피합병법인 BBB는 이 사건 합병 이전까지 사업실적 부진 등의 이유로

2002 사업연도부터 이 사건 합병이 이루어진 200○ 사업연도까지 연속하여 적자를 기

록하는 등 상당한 규모의 누적손실을 기록하였고, CCC 역시 200○ 사업연도부터

200○ 사업연도까지 연속하여 적자를 기록하는 등 적지 않은 규모의 누적손실을 기록

하였으며, DDD 역시 200○ 사업연도부터 200○ 사업연도까지 기록한 흑자에 비

하여 200○ 사업연도에 기록한 적자의 폭이 커서 합병 당시 적지 않은 규모의 누적손

실을 기록하고 있는 등 자본잠식상태에 있었는바, 피합병법인이 이 사건 합병 당시 동

종기업에 비하여 높은 수익을 누릴 수 있을 만한 초과수익력을 보유하고 있었다고는

보기 어렵다.

게다가 이 사건 합병 이후 200○ 사업연도 및 200○ 사업연도에도 원고의 관련 사업

부서에서 손실이 발생하였고, 200○ 사업연도에 해당 사업부서를 폐지하기도 하였다.

⑤ 국세청은 2003년 9월경 최초로 구 법인세법 시행령 제24조 제4항의 규정에 따른

세법상 영업권은 개정 법인세법 시행령 제12조 제1항 제1호에서 규정하는 ‘합병평가차익’에 해당하여 익금에 산입된다는 유권해석을 하였고(2003. 9. 27. 서이 46012-XXXXX, 이하 ‘2003년 유권해석’이라 한다), 기획재정부 및 조세심판원에서도 세법상 영업권을 합병평가차익으로 익금에 산입할 수 있다는 점을 확인하였다(2005. 2. 4. 재법인-111, 조세심판원 2010. 4. 19.자 2009부2804 결정). 이와 같은 2003년 유권해석이 있기 전에는, 과세관청에서는 영업권이 발생한 경우에도 합병평가차익으로 익금에 산입하지 아니하였고, 2003년 유권해석 이후에도 구 기업결합준칙에 따라 계상된 회계상 영업권에 관하여는 법인세법 시행령 소정의 감가상각자산에 해당하지 아니하는 것으로 해석하여 왔으며(2009. 3. 12. 법인세과-1020, 2008. 12. 16. 법인세과-4006 등), 최근까지도 국세청은 ‘합병 당시 합병법인이 피합병법인의 자산을 평가하여 승계하면서 승계자산 이외에 당해 피합병법인의 사업상 초과수익을 창출할 수 있는 가치를 별도로 평가하여 대가를 지급한 경우에 한하여 세법상 영업권으로 보는 것‘이라는 취지로 유권해석을 한 바 있다(2010. 4. 21. 법인세과-397).

⑥ 그러다가 국세청은 2013년 3월경 위와 같은 기존 입장을 바꾸어서 이 사건 처분과 같이 부과제척기간 5년이 경과하지 아니한 200○ 사업연도에 계상된 회계상 영업권을 일괄적으로 합병평가차익으로 보아 법인세를 과세하였다. 위와 같은 법인세 과세는 원고와 같이 그동안 과세관청의 일관적인 유권해석을 신뢰하여 회계상 영업권은 감가상각자산인 세법상 영업권에 해당하지 않는다고 보아 해당 금액을 익금에 산입하지 아니하고 감가상각비로 손금에 산입하지도 않은 법인에 대하여 일률적으로 회계상 영업권 가액을 합병등기일이 속하는 사업연도에 먼저 과세하고 향후 감가상각비로 손금산입하겠다는 내용인데, 합병기업의 입장과 과세관청의 변화된 입장의 실질적인 차이는 결국 가산세 징수 여부에 불과한 것으로 보인다.

⑦ 피고는 이 사건 영업권이 구 법인세법 제17조 제1항 제3호 단서의 합병평가차익

으로서 익금에 산입되어야 한다고 주장한다.

구 법인세법 시행령 제15조 제2항, 제12조 제1항 제1호에 의하면 구 법인세법 제17

조 제1항 제3호 단서의 합병평가차익은 상법 제459조 제1항 제3호의 합병차익의 한도에서 익금 산입이 가능한바, 상법 제459조 제1항 제3호의 합병차익은 피합병법인으로부터 승계한 순자산가액(승계한 자산의 총액 - 승계한 부채의 총액) - (합병신주의 액면총액 + 합병교부금 총액)의 산식에 의하여 계산된다. 이와 같이 합병평가차익을 합병차익의 범위 내에서 익금에 산입할 수 있도록 한 것은, 합병 결과 합병평가차익이 존재하더라도 합병법인이 승계한 순자산가액이 합병법인의 자본증가액 등보다 적어 합병차손이 발생하였다면 합병법인에게 순자산이 증가하였다고 할 수 없어 그와 같이 순자산 증가에 기여하지 못한 합병평가차익은 익금에 산입하지 않는 것이 타당하다는 취지로 해석할 수 있다.

그런데 앞서 본 바와 같이 이 사건 영업권을 자산성 영업권으로 볼 수 없는 이상, 이 사건 합병으로 인하여 원고가 피합병법인들로부터 승계한 순자산의 공정가액은 ○○○원으로서 이는 합병신주의 액면총액인 ○○○원보다 작아 합병차익이 없으므로(합병차손의 발생), 결국 이 사건 합병에 있어서는 구 법인세법 제17조 제1항 제3호 단서의 규정에 의하여 익금에 산입할 수 있는 합병평가차익이 없다.

2) 소결론

따라서 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 하므로, 원고의 나머지 주장에 대하여

는 더 살펴보지 아니한다.

3. 결론

그렇다면 제1심판결은 정당하므로, 피고의 항소는 이유 없어 이를 기각한다.