서울행정법원-2016-구합-77520 (2017.08.10)

사 건

2016구합77520 부가가치세경정거부처분취소

원 고

주식회사 AAAAAA

피 고

○○세무서장외2

변 론 종 결

2017. 6. 21.

판 결 선 고

2017. 8. 11.

주 문

1. 피고들이 원고에 대하여 한 별지 1 표 기재 각 부가가치세 경정거부처분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고들이 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 아래 표 기재와 같이 각 건물을 임차하여 해당 건물에서 각 사업장(이하 위 각 건물을 ‘이 사건 각 건물’, 위 각 사업장을 ‘이 사건 각 사업장’이라고 하고, 그 순번에 따라 ‘제1사업장 등’이라고 한다)을 운영하면서 해당 임차기간에 해당하는 부가가치세 과세기간(이하 ‘이 사건 과세기간’이라고 한다)에 과세사업(공산품 등 판매)과 면세사업(가공되지 아니한 농산물, 축산물, 수산물 등 판매)을 함께 영위하였다.

나. 원고는 이 사건 과세기간에 이 사건 각 건물의 임차에 따른 부가가치세 매입세액(이하 ‘이 사건 매입세액’이라고 한다) 전액이 이 사건 각 사업장의 과세․면세 겸영사업(이하 ‘겸영사업’이라고 한다)에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액에 해당한다고 보아, 이 사건 각 사업장의 총 공급가액 중 면세공급가액이 차지하는 비율에 따라 위 공통매입세액을 안분 계산한 ‘면세사업에 관련된 매입세액’은 매출세액에서 불공제한 후 부가가치세를 신고․납부하였다.

다. 그 후 원고는 ‘이 사건 각 건물 중 지상층의 전용면적 부분, 지하층의 일부 전용면적 부분에서만 과세사업이 이루어졌고 지하층의 다른 일부 전용면적(BBBB)에서는 겸영사업이 이루어졌으므로, 과세사업에 이루어진 전용면적에 해당하는 부분의 임차에 따른 매입세액 상당액은 과세사업에 실지귀속된 것으로 보아야 하고, 건물의 공용부분(주차장, 계단, 공조실 등) 및 겸영사업이 이루어진 전용면적에 해당하는 부분의 임차에 따른 매입세액 상당액은 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액에 해당한다고 보아야 한다.’는 이유로 2014. 10. 1. 피고들에게, 이 사건 각 건물의 연면적 중 과세사업이 이루어진 전용면적을 제외한 나머지 부분(공용면적 및 겸영사업이 이루어진 전용면적)이 차지하는 비율에 따라 이 사건 매입세액을 안분 계산하여 공통매입세액을 구한 다음, 총 공급가액 중 면세공급가액이 차지하는 비율에 따라 위 공통매입세액을 안분 계산한 ‘면세사업에 관련된 매입세액’을 매출세액에서 불공제하는 방식(과세사업이 이루어진 전용면적에 해당하는 부분에 관한 매입세액 상당액 및 위 공통매입세액 중 ‘면세사업에 관련된 매입세액’을 제외한 나머지 부분인 ‘과세사업에 관련된 매입세액’은 매출세액에서 공제)으로 부가가치세를 다시 계산한 후 이를 초과하여 납부한 별지 1 표의 경정청구금액 기재 부가가치세를 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 하였다.

라. 이에 대하여 피고들은 이 사건 매입세액 전액이 실지귀속이 불분명한 경우에 해당하므로 당초 부가가치세 신고․납부가 정당하다는 이유로 원고에 대하여 별지 1 표 기재와 같이 위 경정청구에 대한 각 거부처분(이하 ‘이 사건 각 처분’이라고 한다)을 하였다.

마. 원고는 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였는데, 조세심판원은 2016. 5. 30. ‘이 사건 각 사업장의 전용면적에 대한 과세사용면적, 면세사용면적 및 과·면세 겸용 사용면적을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다.’라는 취지의 재조사 결정(이하 ‘이 사건 재조사 결정’이라고 한다)을 하였다.

바. 피고들은 이 사건 각 사업장에 대한 재조사를 한 후 2016. 7. 14.경부터 2016. 9. 5.경까지 사이에 원고에게 “조사 결과 당초 처분이 정당하다.”고 통보하고 이 사건 각 처분을 그대로 유지하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4, 10호증, 을 제1호증(가지번호 있는 경우 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 당사자들의 주장

1) 원고

가) 이 사건 각 사업장은 과세사업에 사용되는 전용면적(지상층의 공산품 판매구역 등에 해당하는 전용면적 부분)과 겸영사업에 사용되는 전용면적(지하층의 BBBB 매장에 해당하는 전용면적 부분) 및 공용면적(주차장 등)이 명확하게 구분되어 있다.

따라서 과세사업에 실지귀속된 매입세액(과세사업에 사용되는 전용면적 관련)은 매출세액에서 전액 공제하고, 나머지 귀속이 불분명한 매입세액(겸영사업에 사용되는 전용면적과 공용면적 관련)은 공통매입세액으로 보아 총 공급가액 중 면세공급가액이 차지하는 비율로 위 공통매입세액을 안분 계산한 ‘면세사업에 관련된 매입세액’은 매출세액에서 불공제하고 위 불공제 대상 매입세액을 제외한 나머지 공통매입세액은 매출세액에서 공제되어야 한다.

나) 이와 같은 취지에서 조세심판원이 이 사건 재조사 결정을 하였음에도 피고들이 그 취지에 반하여 재조사 의무를 소홀히 한 채 이 사건 각 처분을 그대로 유지하였으므로, 이 사건 각 처분은 재조사결정의 기속력에 반하여 그 자체로 위법하다.

2) 피고들

가) 피고들은 이 사건 각 사업장에서 이 사건 재조사 결정에서 지적된 사항에 관한 재조사를 실시하였다. 이 사건과 같은 부가가치세에 관한 경정청구에 있어서는 납세자인 원고가 ‘과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과한다’는 점에 관한 증명하여야 할 것인데, 위 재조사에서 원고는 이 사건 각 사업장에 관한 건축물대장 등만을 제시하였을 뿐 이 사건 각 사업장의 과세사업 사용면적 등을 특정할 수 있는 자료를 제대로 제출하지 않았다. 또한 BBBB 등 이 사건 각 사업장의 매장은 그 구성이 계절의 변화와 소비자의 기호에 따라 수시로 변경되는 특성이 있으므로, 재조사 당시의 BBBB 등 매장 구성이 이 사건 과세기간의 그것과 동일하거나 유사하다고 할 수도 없어 재조사 당시의 BBBB 등의 매장 구성을 근거로 과거의 BBBB 등의 매장 구성을 추정할 수도 없다.

나) 결국 피고들이 이 사건 재조사 결정의 취지에 따라 재조사를 충실히 하였음에도 과세사업에 사용된 전용면적 등을 특정할 수 없었으므로, 이 사건 매입세액은 그 전부가 공통매입세액에 해당하는 것으로 보고 이 사건 각 처분을 그대로 유지하였던 것이다.

다) 따라서 이 사건 각 처분이 이 사건 재조사 결정의 기속력에 반한다고 볼 수는 없다.

나. 관계 법령

별지 2 관계 법령의 기재와 같다.

다. 판단

1) 구 국세기본법(2016. 12. 20. 법률 제14382호로 개정되기 전의 것)은 제81조에서 ‘심판청구에 관하여는 심사청구에 관한 제65조를 준용한다.’고 규정하고, 제80조 제1항, 제2항에서 심판청구에 대한 결정의 효력에 관하여 ‘제81조에서 준용하는 제65조에 따른 결정은 관계 행정청을 기속하고, 심판청구에 대한 결정이 있으면 해당 행정청은 결정의 취지에 따라 즉시 필요한 처분을 하여야 한다.’고 규정하고 있으며, 제65조 제1항 제3호에서 ‘심사청구가 이유 있다고 인정될 때에는 그 청구의 대상이 된 처분의 취소ㆍ경정 결정을 하거나 필요한 처분의 결정을 한다.’고 규정하고 있다.

심판청구 등에 대한 결정의 한 유형으로 실무상 행해지고 있는 재조사 결정은 재결청의 결정에서 지적된 사항에 관하여 처분청의 재조사결과를 기다려 그에 따른 후속 처분의 내용을 심판청구 등에 대한 결정의 일부분으로 삼겠다는 의사가 내포된 변형결정에 해당하므로(대법원 2010. 6. 25. 선고 2007두12514 전원합의체 판결 참조),

처분청은 재조사 결정의 취지에 따라 재조사를 한 후 그 내용을 보완하는 후속 처분만을 할 수 있다고 보아야 한다. 따라서 처분청이 재조사 결정의 주문 및 그 전제가 된 요건사실의 인정과 판단, 즉 처분의 구체적 위법사유에 관한 판단에 반하여 당초 처분을 그대로 유지하는 것은 재조사 결정의 기속력에 저촉된다고 할 것이다(대법원 2017.5. 11. 선고 2015두37549 판결 참조).

2) 갑 제2, 5 내지 9호증, 을 제2, 4호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 아래와 같은 사실이 인정된다.

가) 원고는 조세심판원에 심판청구를 하여 ‘① 이 사건 각 건물 중 과세사업에만 전적으로 사용되는 면적이 전체면적에서 차지하는 비율에 따라 이 사건 매입세액을 안분 계산하여 구한 매입세액은 매출세액에서 전액 공제하고, ② 겸영사업에 사용되는 면적, 공용면적에 관련된 매입세액으로서 그 실지귀속을 확인할 수 없는 매입세액에 관해서는 안분기준에 따라 공제 대상 매입세액을 계산하여야 하며, ③ 공제 대상 매입세액의 산정은 이 사건 각 건물의 층별 효용 등을 고려하지 않고 단지 면적만을 기준으로 하여야 한다.’고 주장하였고, 이에 대하여 피고들은 ‘이 사건 각 건물에 관한 총 임차료는 이 사건 각 건물 전체에 관한 것으로서 관련 매입세액인 이 사건 매입세액 중 과세사업에 귀속되는 부분과 겸영사업에 귀속되는 부분 등을 구별할 수 없으므로, 이 사건 매입세액은 공통매입세액으로 봄이 타당하다. 이 사건 각 사업장 중 과세사업에 사용되는 매장의 전용면적이 확인된다고 하여 그 전용면적에 비례하여 이 사건 매입세액의 실지귀속을 인정할 수는 없다.’고 주장하였다.

나) 이에 대하여 조세심판원은 ‘건물의 임차료가 통상 층별 효용성을 가지고 있으나, 백화점 등 건물 전체를 임차한 경우에는 층별 효용성을 구분할 필요성이 크지 않은 것으로 보이고, 백화점 등 건물 특성상 판매를 위한 전용면적(판매시설, 매장 및 창고)과 전용면적 사용에 따르는 공용면적(전용면적 외의 면적)으로 구분할 수 있으며, 공용면적은 전용면적 사용에 따라 부수적으로 사용되는 것으로 보아야 할 것이므로 해당 임차료는 전용면적에 귀속되는 것으로 보아 안분하는 것이 합리적이다. 따라서 이 사건 각 사업장의 전용면적의 과세사용에 대한 매입세액은 공제하는 것으로, 면세사용에 대한 매입세액은 불공제하는 것으로, 과․면세 겸용사용에 대한 매입세액은 총공급가액 중 면세공급가액이 차지하는 비율로 안분하여 적용함이 타당하다. 다만 원고가 제시한 증빙만으로는 전용면적에 대한 사용유무를 확인할 수 없으므로 처분청이 이 사건 각 사업장의 전용면적에 대하여 과세사용, 면세사용 및 과․면세 겸용사용을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정청구한 세액범위 내에서 경정하는 것이 타당하다.’는 이유로 이 사건 재조사 결정을 하였다.

다) 이후 피고들은 이 사건 각 사업장에 관한 재조사를 실시하였으나, ‘사업장의 매장 구성은 계절변화와 소비자의 기호에 따라 수시로 변경되는 특성이 있어 현재 시점의 매장구성이 이 사건 과세기간과 동일하거나 유사하다고 할 수 없고, 원고가 제출한 건축물 사용대장, 쿠폰북 등의 기재만으로는 이 사건 과세기간 당시의 과세사업에 사용된 건물의 면적을 확인할 수 없다.’(제1, 3, 4사업장)거나 ‘면세사업에 전용되는 면적(청과, 양곡, 정육코너와 이에 부대하는 냉동창고 시설 등이 위치하는 부분)이 존재하므로, 면세사업 면적은 제외한 채 과세사업 면적과 겸영사업 면적만으로 사업장을 구분하는 것은 부당하다.’(제2, 3, 4사업장) 또는 ‘면세매출은 사업장 지하 1층 부분에서만 발생하므로, 지하 1층 부분에서 발생한 총 공급가액 중 면세공급가액이 차지하는 비율에 따라 지하 1층 중 과세․면세 공통사용면적 부분의 임차료 매입세액(공통매입세액)을 안분 계산하는 방식으로 공통매입세액 중 불공제 대상 매입세액을 구하는 것이 합리적인데, 이와 같이 구한 불공제 대상 매입세액은 원고의 당초 부가가치세 신고분과 차이가 없다.’(제2사업장)라는 등의 이유로 재조사를 통해서도 이 사건 매입세액의 실질귀속이 불분명하다고 보아 이 사건 각 처분을 유지하였다.

라) 한편 원고는 이 사건 각 사업장의 전용면적 일부를 의류매장 등으로 타 사업자에게 임대하고 그 사업자들로부터 임대료를 지급받아 왔는데, 이 사건 과세기간 당시 작성된 거래계약서(임대차계약서)에는 해당 사업자의 ‘전용점유면적’이 구체적으로 기재되어 있고, 이 사건 각 사업장에 관한 건축물대장에도 건축물의 구조와 용도 면적 등이 기재되어 있다. 또한 이 사건 각 사업장 중 겸영사업이 이루어지는 부분은 지하 1층 일부 등에 위치한 ‘BBBB’ 매장 또는 그 창고에 해당하는 부분으로서, 이 사건 과세기간 이후 위 재조사 당시까지 이 사건 각 사업장 중 BBBB 매장 또는 그 창고가 설치되어 있는 전용면적에 해당하는 부분의 면적에는 변경이 없었다(BBBB 내의 판매상품 배치 등 매장 내부의 구성에 일부 변경이 있었을 뿐이다).

3) 이 사건 재조사 결정에 관한 사실관계를 앞서 본 규정과 법리에 따라 살펴보면, 조세심판원은 ‘과세사업 면적과 겸영사업의 면적이 구별되고 특정이 가능하므로, 실지귀속에 따라 매입세액의 계산을 하여야 한다.’는 원고의 주장과 ‘원고가 건물 전체를 임차한 후 임차료를 지급하였으므로 그 매입세액 중 어떤 부분이 과세사업에 귀속되고 어떤 부분이 겸영사업에 귀속되는지를 알 수 없어 실지귀속이 불분명하다.’는 피고들의 주장을 살핀 후, ‘이 사건 각 사업장의 전용면적의 과세사용에 관한 매입세액은 공제하는 것으로, 면세사용에 관한 매입세액은 불공제하는 것으로, 과․면세 겸용사용에 대한 매입세액은 총공급가액 중 면세공급가액이 차지하는 비율로 안분하여 적용함이 타당하다.’는 이유로 이 사건 각 사업장의 전용면적에 대하여 과세사용, 면세사용및 과․면세 겸용사용을 재조사하여 전용면적의 과세사용 등을 과세표준에서 차감하여 세액을 경정하라는 이 사건 재조사 결정을 하였으므로, 이 사건 재조사 결정에는 ‘전용면적 중 과세사업에 사용되는 부분에 해당하는 임차료에 관한 매입세액은 과세사업에 실지귀속되고, 공용면적 및 전용면적 중 겸영사업에 사용되는 부분에 해당하는 임차료에 관한 매입세액은 실지귀속을 알 수 없는 공통매입세액이 된다.’는 취지가 포함되어 있다고 보인다.

또한 위 인정 사실에 비추어 보면, BBBB은 계절 변화 등에 따라 판매상품의 배치 등 구성에 변동이 있어 그 매장 내에서는 면세사업에 전적으로 사용되는 전용면적은 특정할 수 없으므로 BBBB 매장 및 그 창고에 해당하는 전용면적 부분은 겸영사업에 사용되는 부분에 해당한다고 보이고, 피고들은 위 재조사 당시 건축물대장 및 이 사건 각 사업장에 관한 거래계약서, 재조사 당시의 매장 구성 등을 조사함으로써 과세사업이 이루어지는 전용면적과 공용면적 및 겸영사업이 이루어지는 전용면적(BBBB의 매장면적 등)을 특정할 수 있었던 것으로 보인다.

사정이 이와 같다면 피고들은 이 사건 재조사 결정의 취지에 따라 ① 과세사업에 사용된 전용면적에 해당하는 임차료에 관한 매입세액(공제 대상 매입세액), ② 공용면적 및 겸영사업에 사용된 전용면적에 해당하는 임차료에 관한 매입세액(공통매입세액) 중 ㉠ 총 공급가액에서 면세공급가액이 차지하는 비율로 안분 계산한 불공제 대상매입세액과 ㉡ 나머지 공재 대상 매입세액(위 공통매입세액 - 위 불공제 대상 매입세액)을 각 산정한 후 위 각 공제 대상 매입세액(① + ②의 ㉡)은 이 사건 과세기간 부가가치세의 매출세액에서 차감하는 조치를 취할 수 있었다고 할 것이다.

그럼에도 불구하고 피고들이 위와 같은 조치를 취하지 아니한 채 이 사건 각 처분을 그대로 유지한 것은 이 사건 재조사 결정의 주문 및 그 전제가 된 요건사실의 인정과 판단에 반하다고 봄이 타당하다.

따라서 이 사건 각 처분은 이 사건 재조사 결정의 기속력에 저촉되어 위법하므로 취소되어야 한다(한편 피고들은 ‘원고가 이 사건 각 건물을 임차하여 동, 층의 구분없이 건물 전체에 관하여 책정된 임차료를 지급하면서 월별로 1장의 매입세금계산서를 수취하였으므로, 그 임차료 관련 매입세액은 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액으로 봄이 타당하다.’고도 주장하나, 위와 같은 주장은 앞서 본 이 사건 재조사 결정의 취지에 반하여 그 기속력에 저촉되는 것이므로 받아들일 수 없다).

3. 결론

그렇다면 원고의 피고들에 대한 청구는 모두 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.