청주지방법원-2015-구합-11528 (2017.09.14)

사 건

2015구합11528 법인세징수처분취소등

원 고

0000 주식회사

피 고

00세무서장

변 론 종 결

2017. 5. 25.

판 결 선 고

2017. 9. 14.

주 문

1. 피고가 2014. 8. 7. 원고에 대하여 한 2009 사업연도 원천징수 법인세

115,645,612,260원의 징수처분 및 가산세 11,564,561,220원의 부과처분을 각 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 기초사실

가. SSSS 법인의 원고 주식 취득

1) 원고는 1998. 5. 2. 설립된 맥주의 제조 및 판매업 등을 영위하는 내국법인이고, BBB 법인인 BBBBB(이하 ‘BBB 법인'이라 한다)는 맥주의 제조 및 판매업을 하는 법인이며, SSSS 법인인 SSSSS Company (구 명칭 ‘JJJJJJ', 이하 ‘SSSS 법인'이라 한다)는 1998. 8. 7. BBB 법인에 의하여 설립된 법인이다.

2) BBB 법인의 자회사로서 NNNN 법인인 SS B.V.(이하 ‘SSBV’라 한다)는 1998. 6. 26. 주식회사 DD(이하 ‘DD’이라 한다)과 사이에 원고에 대한 합작투자계약을 체결한 후 원고 보통주 10,000,000주(보통주 지분율 50%), 제1종 우선주 300,000주를 취득하였다.

3) SSSS 법인은 1998. 8. 25. SSBV로부터 위 합작투자계약의 당사자지위를 인수하였고, 1999. 12. 7. 원고의 유상증자로 추가 발행된 보통주의 50%인 3,200,000주 및 제2종 전환우선주 200,000주를 취득한 데 이어 2001. 6. 26. DD으로부터 보통주 1주를 추가로 매수하였다.

4) 한편 BBB 법인의 다른 관계회사들인 HHHH BV, BBBBBB S.A.가 2006.6.21.까지 원고의 나머지 주식을 취득함에 따라, 원고 주식 중 보통주 13,200,001주, 제1종 우선주 300,000주, 제2종 전환우선주 200,000주(이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 SSSS 법인이, 보통주 11,879,999주를 HHHH BV가, 보통주 1,320,000주를 BBBBBB S.A가 각 보유하게 됨으로써 결국 원고가 발행한 주식 전부가 BBB 법인의 관계회사들에게 귀속되었다(이하 BBB 법인과 위 관계회사들을 통칭하여 ‘SSSS 법인 등’이라 한다).

나. SSSS 법인의 이 사건 주식 양도 및 비과세신청

1) SSSS 법인 등은 2009. 5. 6. NNNN 법인인 SSSHHH B.V.{이하 ‘RRR 등’이라 한다)의 출자로 설립되었음. 이하 ‘ssseee’라 한다} 와 사이에 ssseee에게 원고 주식 전부를 양도하는 내용의 주식양수도계약을 체결하였다가, ssseee로부터 양수인 지위를 인수한 내국법인인 mmmmmm 주식회사(ssseee를 통하여 RRR 등의 출자로 설립되었음. 이하 ‘mmmmmm’이라 한다)와 사이에 2009. 7. 23. 원고 주식 전부를 미화 약 17억 3,298만 달러{한화 약 2조 1,672억 원. 그 중 이 사건 주식의 양도가액은 미화 약 9억 2,472억 달러(한화 약 1조 1,564억 원)임}에 mmmmmm에게 양도하는 내용의 주식양수도계약(이하 ‘이 사건 주식양수도계약’이라 한다)을 체결하였고, 2009. 7. 24. mmmmmm으로부터 양도대금을 지급받았으며, SSSS 법인은 위 양도계약으로 약 7,760억 원의 양도차익(이하 '이 사건 양도소득‘이라 한다)을 얻었다.

2) BBB 법인은 2009. 7. 24. ssseee와 사이에 BBB 법인이 ssseee로부터 2014. 7. 24.부터 2015. 7. 24. 사이에 ssseee가 보유한 mmmmmm의 지주회사의 주식을 취득함으로써 원고 주식을 재매수할 수 있는 콜옵션을 부여받는 콜옵션계약을 체결하였다.

3) mmmmmm은 이 사건 양도소득의 실질귀속자가 BBB 법인이므로 주식양도로 인한 소득은 양도인의 거주지국에서만 과세된다고 규정하는 「대한민국과 BBB간의 소득에 대한 조세의 이중과세회피 및 탈세방지를 위한 협약(이하 ‘한.BBB 조세조약’이라 한다)」제13조 제3항에 의하여 외국법인의 국내원천소득인 위 양도소득은 비과세된다고 주장하면서 2009. 8. 4. OOO세무서장에게 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제98조의 4, 구 법인세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22035호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제138조의 4에 따른 양도소득 비과세신청을 하였다.

4) 한편 mmmmmm은 2010. 9. 14. 원고에게 흡수합병등기되었고, SSSS 법인은 2011. 12. 26. 청산을 완료하였으며, 이후 BBB 법인은 2014년경 원고 주식 전부를 보유하고 있던 회사의 지분 100%를 매수하는 방식으로 원고를 다시 인수하였다.

다. mmmmmm에 대한 2009년 세무조사 및 과세전적부심사 등

1) OO지방국세청장은 조사기간을 2009. 10. 21.부터 2009. 12. 31.까지(당초 조사기간 2009. 10. 21. ~ 2009. 11. 30.에서 연장되었음)로 하여 mmmmmm을 상대로 원천징수 법인세 관련 세무조사[세목 : 신고..납부의무가 있는 모든 세목, 조사대상기간 : 2008. 1. 1.부터 2008. 12. 31.까지(2009. 1. ~ 9. 원천세 포함), 조사사유 : mmmmmm 설립 이후 원고 주식을 양수하는 과정에서 주식 양도소득 원천세를 적정히 신고납부하였는지를 검증하기 위해 조사대상자로 선정되었음, 이하 ‘2009년 세무조사’라 한다]를 진행한 결과, 이 사건 양도소득의 실질귀속자가 BBB 법인이 아니라 SSSS 법인이므로 주식 양도로 인한 소득에 대하여 양 체약국에서 과세할 수 있다고 규정한 「대한민국 정부와 SSSS 정부간의 소득에 대한 조세의 이중과세회피와 탈세방지를 위한 협약(이하 ‘한.SSSS 조세조약’이라 한다)」 제13조 제3항에 따라 국내원천소득 과세가 가능하다는 전제에서 2010. 2. 1. mmmmmm에게 2009 사업연도 원천징수 법인세 예상 총고지세액 122,688,430,048원(산출세액 115,645,612,262원)의 세무조사결과통지를 하였다.

2) 이에 대하여 mmmmmm은 2010. 3. 2. 과세전적부심사를 청구하였는데, 국세청장은 2010. 10. 12. ‘SSSS 법인은 도관에 불과하고 이 사건 양도소득의 실질귀속자는 BBB 법인이므로 위 세무조사결과통지는 잘못된 것’이라는 취지로 채택결정(이하 ‘이 사건 과세전적부심사 결정’이라 한다)을 하였다. 이에 따라 OOO세무서장은 2005. 5. 13.부터 2008. 12. 11.까지 SSSS 법인에게 지급된 배당금의 실질귀속자를 BBB 법인으로 보아 한.BBB 조세조약을 적용하여 2011. 3. 17. 원고에게 해당 원천징수 법인세 약 116억 원을 경정.고지하였다.

라. 원고에 대한 2013년 세무조사 및 2014년 현장확인

1) OO지방국세청장은 조사기간을 2013. 3. 19.부터 2013. 6. 14.까지(당초 조사기간 2013. 3. 19. ~ 2013. 5. 3.에서 연장되었음)로 하여 원고를 상대로 세무조사[세목 : 신고..납부의무가 있는 모든 세목, 조사대상기간 : 2010. 1. 1. ~ 2010. 12. 31.]를 실시하던 중 2013. 6. 12. 조사범위를 확대하여 세무조사[세목 : 법인세, 조사대상기간 : 2008. 1. 1. ~ 2012. 12. 31., 확대조사범위 : 상품권관련, 임원퇴직위로금 및 자문료, 판관비(수선비, 접대비, 세금과공과), 원재료 매입, 이하 위와 같이 확대된 세무조사를 ‘2013년 세무조사’라 한다]를 진행하였다. 그 결과 원고가 이 사건 주식양수도계약 체결 무렵 원고의 노동조합으로부터 매각위로금 지급 등을 요구받고 노사합의를 거쳐 2009. 7. 28. 위 노동조합에게 지급한 특별상여금이 사실은 종전 주주로부터 원고 주식을 양수한 신 주주에게 지급의무가 있는 것이므로 이를 원고의 2009 사업연도 법인세에 손금 산입한 것은 잘못이고, 원고가 2010년부터 2013년까지 이 사건 주식의 양수인인 mmmmmm에게 지급한 약 7,194억 원의 배당소득의 실질귀속자는 도관회사에 불과한 mmmmmm이 아니라 RRR 등이므로 원고에게 원천징수의무가 있다는 것으로 조사가 되어, 이에 따라 OOO세무서장은 원고에게 2009 사업연도 법인세와 2010~2013 사업연도 원천징수 법인세를 각 경정.고지하였다.

2) OO지방국세청장은 확인기간을 2014. 7. 30.부터 2014. 8. 5.까지로 하여 원고

를 상대로 현장확인[확인목적 : 2009년 원고의 주식양수도 관련, SSSS 법인과 관련하여 제출된 서류로 확인되지 않은 사실관계를 추가 확인하고자 현장확인을 실시함. 이하 ‘2014년 현장확인’이라 한다]을 실시하였다.

마. 피고의 법인세 부과처분

OOO세무서장은 SSSS 법인을 이 사건 양도소득의 실질귀속자로 보아 한.SSSS 조세조약 제13조 및 구 법인세법 제98조에 따라 2014. 8. 7. 원고에 대하여 2009 사업연도 원천징수 법인세 115,645,612,260원(10원 미만 버림, 이하 같다)의 징수처분 및 가산세 11,564,561,220원의 부과처분(이하 통칭하여 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다. 한편 피고는 관할 변경으로 2014. 12. 30. OOO세무서장의 권한을 승계하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5, 7 내지 10, 19, 24 내지 26, 28, 29, 33호증, 을 제1, 13, 15, 17호증(각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

이 사건 처분은 다음과 같은 사유로 위법하여 취소되어야 한다.

1) 실질과세원칙은 조세회피목적 유무와 무관하게 적용해야 하고, 실질과세원칙에

따르면 SSSS 법인의 설립목적, 사업활동 내역 등에 비추어 SSSS 법인은 이 사건 주식양도를 위한 도관에 지나지 않고 이 사건 양도소득의 실질귀속자는 BBB 법인이므로 위 양도소득에 대하여는 한.BBB 조세조약을 적용해야 한다. 설령 실질과세원칙 적용을 위하여 조세회피목적이 요구된다고 보더라도, 주식의 배당소득에 대하여 한.BBB 조세조약보다 세율이 낮은 한.SSSS 조세조약의 적용을 받기 위해 BBB 법인이 SSSS 법인을 통해 이 사건 주식을 인수한 것으로 볼 수 있어 이 사건 주식의 배당소득에 대하여는 조세회피목적을 인정할 수 있으므로 SSSS 법인을 통한 이 사건 주식의 양도에 대하여 실질과세원칙이 적용되어 위 양도소득의 실질귀속자는 BBB 법인으로 보아야 한다. 따라서 이 사건 양도소득의 실질귀속자를 SSSS 법인으로 본 이 사건 처분은 실질과세원칙에 위반된다.

2) 과세전적부심사 결정에는 기속력 혹은 명백히 위법.부당한 것이 아닌 이상 존중되어야 하는 사실상의 구속력이 있는데, 이 사건 과세전적부심사 결정에서 BBB법인이 이 사건 양도소득의 실질귀속자라고 판단하였음에도 SSSS 법인을 실질귀속자로 본 이 사건 처분은 위 결정의 기속력 내지 사실상의 구속력에 반하는 것이며, 원고는 공적인 견해표명에 해당하는 위 결정을 신뢰하여 이 사건 주식의 배당소득에 대하여 한.BBB 조세조약의 세율을 적용하여 경정.고지된 원천징수 법인세 약 116억원을 납부하기까지 하였으므로 위 처분은 신의칙에도 위반된다.

3) 2009년 세무조사와 같은 세목, 같은 과세기간에 대하여 행하여진 2013년 세무조사와 2014년 현장확인은 모두 중복세무조사에 해당하므로 이에 기초한 이 사건 처분은 위법하다.

3. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

4. 판단

가. 이 사건 양도소득의 실질귀속자

1) 구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것) 제14조가 천명

하고 있는 실질과세의 원칙은 헌법상의 기본이념인 평등의 원칙을 조세법률관계에 구현하기 위한 실천적 원리로서, 조세의 부담을 회피할 목적으로 과세요건사실에 관하여 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취하는 경우에 그 형식이나 외관에 불구하고 실질에 따라 담세력이 있는 곳에 과세함으로써 부당한 조세회피행위를 규제하고 과세의 형평을 제고하여 조세정의를 실현하고자 하는 데 주된 목적이 있다(대법원 2012. 1. 19. 선고 2008두8499 전원합의체 판결 참조).

실질과세의 원칙은 조세법의 기본원리인 조세법률주의와 대립관계에 있는 것이 아니라 조세법규를 다양하게 변화하는 경제생활관계에 적용함에 있어 예측가능성과 법적 안정성이 훼손되지 않는 범위 내에서 합목적적이고 탄력적으로 해석함으로써 조세법률주의의 형해화를 막고 그 실효성을 확보한다는 점에서 조세법률주의와 상호보완적이고 불가분적인 관계에 있는 것으로, 실질과세의 원칙을 지나치게 확장하여 적용하게 되면 조세법률주의가 형해화되고 과세권이 남용될 수 있어 그 적용범위를 납세의무자가 조세를 회피할 목적으로 실질과 괴리되는 비합리적인 거래의 형식이나 외관을 취하였다는 등의 예외적 사정이 증명되는 경우로 한정해야 한다. 따라서 조세회피목적이 없다면 애당초 실질과세원칙이 적용될 여지가 없으므로 조세회피목적이 없더라도 실질과세원칙이 적용되어야 한다는 취지의 원고의 주장은 받아들이지 아니한다(원고가 들고 있는 대법원 2010. 11. 25. 선고 2009두19564 판결, 대법원 2006. 1. 26. 선고 2005두6300 판결 등은 국제조세에 관한 이 사건과는 사안을 달리하므로 원용하기에 적절하지 아니하다).

2) 위 법리와 갑 제2, 13호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, BBB 법인이 조세회피목적으로 SSSS 법인을 설립하여 이 사건 주식을 인수한 것으로는 보이지 아니하므로 BBB 법인에 의해 설립된 SSSS 법인이 mmmmmm에게 이 사건 주식을 양도한 이 사건에서 실질과세의 원칙이 적용될 여지가 없어, 설령 원고 주장과 같이 형식과 실질의 괴리가 다소 있다고 하더라도 위 양도소득의 실질귀속자는 이 사건 주식양수도계약의 당사자인 SSSS 법인라고 봄이 상당하고, 이와 다른 전제에 있는 원고의 이 부분 주장은 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 없다.

가) 이 사건 주식양수도계약의 형식과 달리 BBB 법인을 이 사건 양도소득의 실질귀속자로 보게 되면 이 사건 양도소득에 대하여는 한.BBB 조세조약 제13조 제

3항에 따라 BBB 법인의 거주지국인 BBB에서만 과세되는데 당시 BBB에서는 주식의 양도소득에 대하여는 과세를 하지 아니하였으므로 결과적으로 이 사건 양도소득에 대하여는 어디에서도 과세할 수 없게 되어 조세를 회피할 수 있게 되는 반면, 위계약의 문언대로 SSSS 법인을 위 양도소득의 실질귀속자로 볼 경우 한.SSSS조세조약 제13조 제3항에 따라 양 체약국에서 과세할 수 있어 대한민국의 조세법에 따른 과세가 가능하게 되므로, BBB 법인을 위 양도소득의 실질귀속자로 보는 것이 오히려 과세의 형평을 제고하고 조세정의를 실현하려는 실질과세원칙의 취지에 반한다.

나) 원고는 BBB 법인이 SSSS 법인을 통해 이 사건 주식을 인수함에 있어 위 주식의 배당소득에 대한 조세회피목적이 있다는 취지로 주장하나, 주식의 양도소득

의 실질귀속자를 누구로 볼 것인지를 판단함에 있어 조세회피목적 유무는 원칙적으로 양도소득에 대한 조세를 회피할 목적이 있는지 여부를 가지고 판단해야 할 것인데 앞서 본 사정에 의하면 BBB 법인이 양도소득에 대한 조세회피목적으로 SSSS 법인을 이용하였다고 볼 수는 없고, 나아가 한.SSSS 조세조약이 적용될 경우 한.BBB 조세조약에 비해 배당소득에 대한 조세는 줄어드는 반면 새롭게 부담해야 하는 이 사건 양도소득에 대한 조세는 그보다 훨씬 커지게 되어 SSSS 법인의 전체적인 조세부담은 크게 증가하게 되므로 굳이 배당소득에 대한 조세만을 회피할 목적에서 BBB 법인이 SSSS 법인을 도관으로 설립하여 이 사건 주식을 인수하였다는 것도 선뜻 납득하기 어렵다.

다) 더구나 SSSS 법인은 중국, 홍콩, 대한민국, 말레이시아 등지에 다수의 자회사 및 손자회사를 보유한 중간지주회사로서, 2002년 홍콩에 설립한mmmmmm Ltd(이하 ‘LLLL’이라 한다)를 통하여 중국, 말레이시아 등지에 다수의 자회사를 보유하였으며, 청산되기 전 BBB 법인의 또 다른 자회사인 BBBBB China Pte Ltd(이하 ‘ABIC’이라 한다)에게 LLLL의 주식을 양도함으로써 ABIC가 SSSS 법인과 실질적으로 동일한 사업활동을 하고 있는 등 SSSS 법인의 기업집단 내 지위나 사업활동 내역 등을 볼 때 SSSS 법인을 단순히 이 사건 주식양도를 위한 도관회사로 보기도 어려워 보인다.

나. 과세전적부심사 결정의 기속력 등 위반 여부

1) 과세전적부심사청구에 대한 결정은 과세처분 이전 단계에서 납세자로 하여금 세액결정 전에 미리 통보받은 과세내용에 대하여 이의를 청구하도록 하여 위법한 과세처분을 사전에 방지하고자 하는 제도로서 국세심사청구 결정이나 과세처분에 대한 이의신청결정과는 달리 과세처분 이전의 단계에서의 과세관청의 행위이므로, 과세관청에 대하여 사실상의 구속력을 가짐은 별론으로 하더라도 법적 구속력이 있다고 볼 수 없다.

2) 나아가 이 사건 양도소득의 실질귀속자를 BBB 법인이 아니라 SSSS 법인

으로 보아야 함은 앞서 본 바와 같고, 을 제5, 7호증, 갑 제2, 8, 24 내지 26호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면 피고는 이 사건 과세전적부심사 결정 이후 세무조사 자료 등 새롭게 확인된 자료들을 통하여 종전 결정의 오류를 바로잡고 이 사건 처분을 한 사실을 인정할 수 있으므로, 과세전적부심사 결정의 사실상의 구속력만으로 그와 다르게 내려진 과세처분이 위법하다고 볼 수도 없을 뿐 아니라 위 과세전적부심사 결정이 있었고 그에 따른 과세가 이루어졌다고 하여 과세관청이 위 과세전적부심사결정과 다른 내용의 처분을 하지 않는다는 공적인 견해표명을 하였다고 보기는 어려우므로 이 사건 처분이 신의칙에 위반된다고 볼 수도 없다.

3) 따라서 이와 다른 전제에 있는 원고의 이 부분 주장도 더 나아가 살펴볼 필요

없이 이유 없다.

다. 중복세무조사금지원칙 위반 여부

1) 2013년 세무조사가 중복세무조사에 해당하는지 여부

가) 국세기본법 제81조의4 제2항은 “세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.”고 규정하고, 같은 법 제81조의7 제1항은 세무조사를 시작하기 전에 통지하여야 할 사항의 하나로 ‘조사대상 세목’을 규정하며, 같은 법 제81조의9 제1항은 “세무공무원은 구체적인 세금탈루 혐의가 여러 과세기간 또는 다른 세목까지 관련되는 것으로 확인되는 경우 등 대통령령이 정하는 경우를 제외하고는 조사진행 중에 세무조사의 범위를 확대할 수 없다.”고 규정함으로써 세무조사의 단위를 구분하는 원칙적인 기준이 과세기간과 세목임을 밝히고 있다.

이러한 관련 규정의 문언과 체계, 같은 세목 및 과세기간에 대한 거듭된 세무조사는 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성 등을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 세무조사권의 남용으로 이어질 우려가 있으므로 조세공평의 원칙에 현저히 반하는 예외적인 경우를 제외하고는 금지될 필요가 있는 점, 재조사를 금지하는 입법 취지에는 세무조사기술의 선진화도 포함되어 있는 점 등을 종합하여 보면, 세무공무원이 어느 세목의 특정 과세기간에 대하여 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 한 경우는 물론 그 과세기간의 특정 항목에 대하여만 세무조사를 한 경우에도 다시 그 세목의 같은 과세기간에 대하여 세무조사를 하는 것은 국세기본법 제81조의4 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하고, 세무공무원이 당초 세무조사를 한 특정 항목을 제외한 다른 항목에 대하여만 다시 세무조사를 함으로써 세무조사의 내용이 중첩되지 아니하였다고 하여 달리 볼 것은 아니다. 다만 당초의 세무조사가 다른 세목이나 다른 과세기간에 대한 세무조사 도중에 해당 세목이나 과세기간에도 동일한 잘못이나 세금탈루 혐의가 있다고 인정되어 관련 항목에 대하여 세무조사 범위가 확대됨에 따라 부분적으로만 이루어진 경우와 같이 당초 세무조사 당시 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 하는 것이 무리였다는 등의 특별한 사정이 있는 경우에는 당초 세무조사를 한 항목을 제외한 나머지 항목에 대하여 향후 다시 세무조사를 하는 것은 국세기본법 제81조의4 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하지 아니한다고 볼 것이다(대법원 2015. 2. 26. 선고 2014두12062 판결 참조).

나) 위 기초사실에다가 을 제5, 7, 16호증, 갑 제7, 8, 25, 31호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 위 법리에 비추어 보면, 2013년 세무조사는 중복세무조사에 해당된다고 봄이 상당하다.

① 회사의 합병이 이루어지면 합병 전 회사의 권리.의무는 사법상의 관계나 공법상의 관계를 불문하고 그 성질상 이전을 허용하지 않는 것을 제외하고는 모두 합병 후 존속회사에게 포괄적으로 승계되고, 행정절차법상 당사자의 지위도 승계되며, 합병이 있었다는 이유만으로 같은 세목, 같은 과세기간에 대한 세무조사가 반복적으로 허용되면 중복세무조사를 금지하는 취지에도 어긋나게 되므로 mmmmmm을 흡수합병한 원고에 대한 2013년 세무조사에서 mmmmmm의 ‘2009 사업연도 법인세’ 부분에 관한 세무조사가 이루어졌다면 그 세무조사의 대상자가 mmmmmm을 세무조사 대상자로 하는 2009년 세무조사와 형식적으로 다르다고 하여 중복세무조사금지원칙의 적용이 배제된다고 볼 수 없다.

② 2009년 세무조사는 ‘신고.납부의무가 있는 모든 세목’에 대하여 과세기간을 ‘2008. 1. 1. ~ 2008. 12. 31.(2009. 1. ~ 2009. 9. 원천세 포함)’로 하여 이루어졌고, 조사범위가 확대된 2013년 세무조사는 ‘법인세’에 대하여 과세기간을 ‘2008. 1. 1. ~ 2012. 12. 31.’로 하여 이루어졌다. 나아가 이 사건 양도소득이 외국법인의 국내원천소득으로 내국법인이 원천징수의무를 부담하는 것이라 하더라도 원천징수란 납세의무 이행의 절차에 불과할 뿐 법인세와 다른 원천징수세라는 별도의 세목이 있는 것도 아니므로, 2013년 세무조사 당시 mmmmmm의 ‘2009 사업연도 법인세’ 부분도 조사하였다면 그로 인해 mmmmmm을 흡수합병한 원고가 위 부분에 대하여 법인세 납세의무를 부담하는지 또는 원천징수의무자로서 법인세 납부의무를 부담하는 것인지 여부를 떠나 그 세무조사는 2009년 세무조사와 같은 세목, 같은 과세기간에 대하여 이루어진 것으로 보아야 한다.

③ 비록 2013년 세무조사의 조사범위 확대통지(갑 제25호증의 2)에는 조사유형이 ‘일반부분조사’, 확대조사범위가 ‘상품권관련, 임원퇴직위로금 및 자문료, 판관비(수선비, 접대비, 세금과공과), 원재료매입’으로 기재되어 있으나, 같은 세목 및 과세기간에 대하여 거듭된 세무조사는 세무공무원이 당초 세무조사를 한 특정 항목을 제외한 다른 항목에 대하여만 다시 세무조사를 함으로써 세무조사의 내용이 중첩되지 아니하였다고 하여 중복세무조사가 아니라고 할 수 없다(대법원 2015. 2. 26. 선고 2014두12062 판결 참조). 또한 OO지방국세청장이 2013년 세무조사 당시 mmmmmm과 관련하여 제출을 요구한 자료제출 요구사항 목록(갑 제31호증 3쪽 참조)의 상당 부분이 이 사건 주식양수도계약 이후 원고가 지급한 배당소득의 실질귀속자가 이 사건 주식의 양수인인 mmmmmm인지 그에 출자한 RRR 등인지를 파악하기 위한 자료들이라 할 지라도, 위 목록 중 ㉠ 순번 25 ‘주식 매매계약서 중 에스크로 약정(3.4항)과 관련된 계약서 및 내용’은 이 사건 주식양수도계약 후 SSSS 법인에게 부과될 양도소득세 문제를 해결하기 위하여 별도의 에스크로 계좌를 개설하여 양도대금 중 위 양도소득세(가산세 포함)에 상당한 금액을 위 계좌에 예치하기로 하는 것에 관한 내용이고, ㉡ 순번 27 ‘주식 매매계약서 중 3.2항 거래완료시 양도인들이 인도해야 할 항목 중 a, b, d항목’은 이 사건 주식양수도계약의 체결에 관한 양도인 측의 내부 의사결정주체 및 내용, 양도인이 양수인에게 진술 및 보증해준 증서 등으로서, 이를 포함한 일부 자료들은 위 배당소득의 실질귀속자가 누구인지와는 무관하고(피고도 위 자료들에서 실제 이 사건 주식양수도계약의 양수인과 관련된 간접증거를 확인하지 못하였음을 인정하고 있다) 오히려 이 사건 양도소득의 실질귀속자가 누구인지를 파악하기 위한 자료들로 보인다. 나아가 피고 주장에 의하더라도 2013년 세무조사를 통하여 확인한 이 사건 주식 양수도계약서 중 에스크로 약정과 관련된 부분, 콜옵션계약서(갑 제8호증), Seller's Closing Certificate(을 제5호증), Project Voyager(을 제7호증) 등의 자료가 실제로 이 사건 처분의 근거자료가 되었다는 것이므로, 2013년 세무조사 당시 이 사건 양도소득의 실질귀속자를 조사하려는 의도가 없었다고 할 수 없어 그 당시 mmmmmm의 ‘2009 사업연도 법인세’ 부분에 대한 조사도 있었다고 봄이 타당하고, 이는 2009년 세무조사와 조사대상이나 조사항목에서 실질적으로 중복이 된 것으로 보인다.

④ 게다가 조사범위가 확대되어 mmmmmm의 ‘2009 사업연도 법인세’ 부분에 대하여도 조사가 행하여진 2013년 세무조사와는 달리 2009년 세무조사는 바로 이 사건 양도소득의 귀속주체를 조사하기 위하여 실시된 것인데도, 해당 항목에 대한 세무조사가 이미 이루어진 이후 과세관청의 착오나 잘못으로 인하여 과세가 이루어지지 아니하였다가 다른 계기로 이루어진 2차 세무조사에서 드러난 추가 증거를 통하여 과세처분을 부과하는 것을 허용할 경우 납세의무자는 1차 조사가 끝난 이후에도 계속적으로 불안정한 지위에 놓이게 되어 중복세무조사를 금지하여 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성을 보호하려는 법의 취지에 반하게 된다.

다) 나아가 국세기본법 제81조의4 제2항 제1호에서 정한 중복세무조사의 예외적 허용사유가 인정되는지 보건대, 위 조항은 ‘조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’에 중복세무조사를 할 수 있다고 규정하고 있고 위 사유는 조세의 탈루사실이 확인될 상당한 정도의 개연성이 객관성과 합리성이 뒷받침되는 자료에 의하여 인정되는 경우로 엄격히 제한되어야 하는데(대법원 2010. 12. 23. 선고 2008두10461 판결 참조), 피고가 드는 자료들{콜옵션계약서(갑 제8호증), Seller's Closing Certificate(을 제5호증) 등}은 2013년 세무조사 전에 검토된 것이 아니라 위 세무조사를 통하여 비로소 검토하게 된 것인데다가 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료에 해당한다고 보기도 부족하므로, 위 예외적 허용사유는 인정되지 아니한다.

다음으로 국세기본법 제81조의4 제2항 제2호에서 정한 중복세무조사의 예외적 허용사유가 인정되는지 보건대, 세무조사권의 남용을 방지하기 위하여 위 허용 사유 및 범위는 엄격하게 해석하여야 하는바, 국세기본법 제81조의4 제2항 제2호에서 규정한 ‘거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우’는 원고의 거래상대방에 대한 세무조사 중 원고에 대한 재조사가 필요한 경우를 의미한다고 할 것이고 그 반대의 경우(원고에 대한 당초 세무조사를 종결한 후 다시 원고에 대하여 세무조사를 하면서 거래상대방에 대한 조사를 한 경우)는 이에 해당한다고 볼 수 없다. 그런데 2009년 세무조사는 이 사건 주식의 양수인인 mmmmmm을 상대로 이루어진 것이고, 2013년 세무조사 중 mmmmmm의 ‘2009 사업연도 법인세’ 부분 역시 원고가 흡수합병한 mmmmmm 부분에 대하여 이루어진 것이므로 그 과정에서 거래상대방인 SSSS 법인에 대한 조사가 행하여졌다고 해도 이 또한 mmmmmm에 대한 세무조사로 보아야 할 것이지 위 예외적 허용사유가 인정되는 경우로 볼 수 없다.

2) 따라서 2013년 세무조사는 중복세무조사에 해당하므로 2014년 현장확인이 중복세무조사에 해당하는지 여부에 관하여 더 나아가 살펴볼 필요 없이 2013년 세무조사에 기초한 이 사건 처분은 위법하며, 이를 지적하는 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

5. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

관계 법령

▣ 구 법인세법

제93조(국내원천소득)

외국법인의 국내원천소득은 다음 각 호와 같이 구분한다.

2. 내국법인 또는 법인으로 보는 단체 기타 국내로부터 지급받는 「소득세법」 제17조 제1항에 규정하는 배당소득(동항 제6호의 규정에 의한 소득을 제외한다) 및 「국제조세조정에 관한 법률」 제9조 및 제14조의 규정에 의하여 배당으로 처분된 금액

10. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식·출자지분(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권시장에 상장된 부동산주식등을 포함한다) 또는 기타의 유

가증권(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제4조에 따른 증권을 포함한다. 이

하 같다)의 양도로 인하여 발생하는 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득

가. 내국법인이 발행한 주식 또는 출자증권과 기타의 유가증권

나. 외국법인이 발행한 주식 또는 출자지분(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권시장에 상장된 것에 한정한다)과 외국법인의 국내사업장이 발행한

기타의 유가증권

제98조(외국법인에 대한 원천징수 또는 징수의 특례)

① 외국법인에 대하여 제93조 제1호·제2호·제4호 내지 제7호 및 제9호 내지 제11호의 규정에 따른 국내원천소득으로서 국내사업장과 실질적으로 관련되지 아니하거나 그 국내사업장에 귀속되지 아니하는 소득의 금액(국내사업장이 없는 외국법인에 지급하는 금액을 포함한다)을 지급하는 자(제93조 제7호에 규정된 소득의 금액을 지급하는 거주자 및 비거주자를 제외한다)는 제97조의 규정에 불구하고 그 지급하는 때에 다음 각 호의 금액을 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세로서 원천징수하여 그 원천징수한 날이 속하는 달의 다음달 10일까지 대통령령이 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서등에 납부하여야 한다. 다만, 제93조 제5호의 규정에 따른 소득중 조세조약에 따라 국내원천사업소득으로 과세할 수 있는 소득을 제외한다.

3. 제93조 제1호·제2호·제9호 및 제11호의 규정에 따른 소득에 있어서는 그 지급액의 100분의 20. 다만, 제93조 제1호의 소득 중 국가·지방자치단체 및 내국법인이 발행하는 채권에서 발생하는 이자소득에 있어서는 그 지급액의 100분의 14로 한다.

4. 제93조 제10호의 소득에 있어서는 그 지급액(제92조 제2항 제3호의 규정에 해당하는 경우에는 동호의 "정상가격"을 말하며, 이하 이 호에서 "지급액등"이라 한다)의 100분의 10. 다만, 제92조 제2항 제2호 단서의 규정에 의하여 당해 유가증권의 취득가액 및 양도비용이 확인되는 경우에는 그 지급액등의 100분의 10에 상당하는 금액과 동항동호 단서의 규정에 의하여 계산한 금액의 100분의 20에 상당하는 금액중 적은 금액으로 한다.

② 제1항 및 제4항 내지 제7항의 규정에 의하여 법인세를 원천징수한 자가 그 원천징수한 법인세를 그 납부기한이 경과하여 납부하는 경우에는 그 금액에 제76조제2항의 규정에 의한 가산세를 가산한 금액을 납부하여야 한다.

③ 제1항 및 제4항 내지 제7항의 규정에 의하여 외국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세로서 원천징수하여야 할 금액을 원천징수하지 아니하였거나 원천징수한 금액을 제1항의 규정에 의한 기한내에 납부하지 아니한 때에는 지체없이 국세징수의 예에 의하여 원천징수의무자로부터 그 징수하는 금액에 제76조 제2항에 규정하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 다만, 국가 또는 지방자치단체인 경우에는 예외로 한다.

제98조의4 (외국법인의 국내원천소득중 비과세 등을 적용받는 경우 비과세 등의 신청) 제93조의 규정에 의한 국내원천소득(동조 제5호 및 제6호의 소득을 제외한다)에 대하여 조세조약에 따라 비과세 또는 면제를 받고자 하는 외국법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 그 비과세 또는 면제에 관한 신청을 하여야 한다.

제122조 (질문·조사)

법인세에 관한 사무에 종사하는 공무원은 그 직무수행상 필요한 때에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자에 대하여 질문하거나 당해 장부·서류 기타 물건을 조사하거나 그 제출을 명할 수 있다.

1. 납세의무자 또는 납세의무가 있다고 인정되는 자

2. 원천징수의무자

3. 지급명세서 제출의무자 및 매출·매입처별계산서합계표 제출의무자

4. 제109조 제2항 제3호의 규정에 의한 경영 또는 관리책임자

5. 제1호에 규정하는 자와 거래가 있다고 인정되는 자

6. 납세의무자가 조직한 동업조합과 이에 준하는 단체

7. 기부금영수증을 발급한 법인

▣ 구 법인세법 시행령

제138조의4(외국법인의 국내원천소득에 대한 비과세 등의 신청)

① 법 제93조의2 제3항 또는 제98조의4에 따라 비과세 또는 면제 신청을 하려는 외국법인(비과세 또는 면제 신청을 한 후 계약내용의 변경 등으로 비과세 또는 면제 신청내용이 변경되어 그 변경된 내용으로 신청하려는 외국법인을 포함한다)은 기획재정부령으로 정하는 비과세·면제신청서(이하 이 조에서 "비과세·면제신청서"라 한다)를 소득지급자에게 제출하고 해당 소득지급자는 소득을 최초로 지급하는 날의 다음 달 9일까지 소득지급자의 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 외국법인이 제132조의2에 따른 적격외국금융기관을 통하여 법 제93조의2에 따른 국채등을 취득·보유·양도하는 경우에는 그 적격외국금융기관이 외국법인의 소득금액이 포함된 비과세·면제신청서를 제출할 수 있다.

▣ 한..BBB 조세조약

제10조 배 당

1. 일방체약국의 거주자인 법인이 타방체약국의 거주자에게 지급하는 배당은 동 타

방체약국에서 과세될 수 있다.

2. 그러나 그러한 배당은 동 배당을 지급하는 법인이 거주자로 되어 있는 체약국에

서 자국의 법에 따라 과세될 수 있다. 그러나 배당수취인이 동 배당의 수익적 소유자인 경우에는 그렇게 부과되는 조세는 총배당액의 15%를 초과해서는 아니된다.

본항은 동 배당이 지급되는 이윤에 대한 법인의 과세에 영향을 미치지 아니한다.

제13조 양도소득

1. 제6조 2항에 규정된 부동산의 양도로부터 얻은 이익은 그 재산이 소재하는 체약국에서 과세될 수 있다.

2. 일방체약국의 기업이 타방체약국에 가지고 있는 고정사업장의 사업용 재산의 일부를 형성하는 동산의 양도로부터 얻는 이득과 그러한 고정사업장을 (단독으로 또는 기업전체와 함께) 양도함으로써 발생하는 이득은 그 타방체약국에서 과세될 수 있다. 그러나, 일방 체약국의 기업에 의하여 국제운수상 운행하는 선박 또는 항공기와 그러한 선박 또는 항공기의 운행에 부수되는 동산의 양도로부터 취득되는 타방체약국에서 조세로부터 면제된다.

3. 상기 1항과 2항에 규정된 재산이외의 재산의 양도로부터 발생하는 이득은 그 양도인이 거주자로 되어 있는 체약국에서만이 과세된다.

▣ 한..SSSS 조세조약

제10조 배당

1. 일방체약국의 거주자인 법인이 타방체약국의 거주자에게 지급하는 배당에 대하여는 동 타방체약국에서 과세할 수 있다.

2. 그러나 그러한 배당은 동 배당을 지급하는 법인이 거주자로 되어 있는 체약국에

서도 동 국의 법에 따라 과세할 수 있다. 그러나 수취인이 동 배당의 수익적 소유

자인 경우에는 그렇게 부과되는 조세는 다음을 초과해서는 아니된다.

가) 수취인이 배당을 지급하는 법인의 자본금의 최소한 25퍼센트이상을 직접 소유

하는 법인인 경우에는 배당 총액의 10퍼센트

나) 기타의 경우는 배당 총액의 15퍼센트

양 체약국의 권한있는 당국은 상호합의에 의하여 이러한 제한의 적용방법을 결정한다. 본항의 규정은 동 배당이 지급되는 이윤에 대한 법인의 과세에 영향을 미치

지 아니한다.

3. 본조 제2항의 규정에 불구하고 싱가폴이 법인의 이윤 또는 소득에 대하여 부과하는 조세에 추가하여 배당에 대한 조세를 부과하지 않는 한, 싱가폴의 거주자인 법인이 한국의 거주자에게 지급하는 배당은 법인의 이윤 또는 소득에 대하여 부과하는 조세에 추가하여 배당에 대하여 부과될 수 있는 여하한 싱가폴의 조세로부터도 면제된다. 그러나 싱가폴이 법인의 이윤 또는 소득에 대하여 부과하는 조세에 추가하여 배당에 대하여 조세를 부과하는 때에는 본조 제2항의 규정에서 정하는 율이 적용된다.

7. 배당은

가) 싱가폴의 법인 거주자가 지급한 때는 싱가폴에서, 또는

나) 한국의 법인 거주자가 지급한 때는 한국에서 각자 발생한 것으로 간주된다.

제13조 양도소득

1. 부동산의 양도로부터 발생되는 소득은 그 재산이 소재하는 체약국에서 과세할 수 있다.

2. 일방체약국의 기업이 타방체약국내에 가지고 있는 고정사업장의 사업용 재산의일부를 형성하는 동산의 양도 또는 전문직업적 용역의 수행을 목적으로 일방체약국의 거주자가 이용할 수 있는 타방체약국내의 고정시설에 속하는 동산의 양도로부터 발생되는 소득 및 그러한 고정사업장(단독으로 또는 기업체와 함께) 또는 고정시설의 양도로부터 발생되는 소득에 대하여는 그 타방국에서 과세할 수 있다.

그러나 국제운수에 운행되는 선박이나 항공기와 이러한 선박이나 항공기의 운행에 부수되는 동산의 양도로부터 일방체약국의 거주자에게 발생되는 소득에 대하여는 동 체약국에서만 과세한다.

3. 본조의 전 각항에 규정된 재산 이외의 재산의 양도로부터 발생되는 소득에 대하

여는 양 체약국에서 과세할 수 있다.

▣ 구 국제조세 조정에 관한 법률(2010. 1. 1. 법률 제9914호로 개정되기 전의 것)

제2조의2(국제거래에 관한 실질과세)

① 국제거래에 있어서 과세의 대상이 되는 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 귀속에 관하여 명의자와 사실상 귀속되는 자가 다른 경우에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 조세조약을 적용한다.

▣ 국세기본법

제14조(실질과세) [단 이 조항은 2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것]

① 과세의 대상이 되는 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

제23조 (법인의 합병으로 인한 납세의무의 승계)

법인이 합병한 때에 합병 후 존속하는 법인 또는 합병으로 인하여 설립된 법인은 합병으로 인하여 소멸된 법인에게 부과되거나 그 법인이 납부할 국세·가산금과 체납처분비를 납부할 의무를 진다.

제81조의4(세무조사권 남용 금지)

① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.

② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.

1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우

제81조의7(세무조사의 사전통지와 연기신청)

① 세무공무원은 세무조사(「조세범 처벌절차법」에 따른 조세범칙조사는 제외한다)를 하는 경우에는 조사를 받을 납세자(납세자가 제82조에 따라 납세관리인을 정하여 관할세무서장에게 신고한 경우에는 납세관리인을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에게 조사를 시작하기 10일 전에 조사대상 세목, 조사기간 및 조사 사유, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항을 통지하여야 한다. 다만, 사전에 통지하면 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다.

제81조의9(세무조사 범위 확대의 제한)

① 세무공무원은 구체적인 세금탈루 혐의가 여러 과세기간 또는 다른 세목까지 관련되는 것으로 확인되는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 조사진행 중 세무조사의 범위를 확대할 수 없다.

▣ 행정절차법

제10조(지위의 승계)

② 당사자등인 법인등이 합병하였을 때에는 합병 후 존속하는 법인등이나 합병 후 새로 설립된 법인등이 당사자등의 지위를 승계한다.