서울행정법원-2017-구합-65456 (2017.09.21)

사 건

2017구합65456 세무조사결정처분취소

원 고

주식회사 AA전자

피 고

BB세무서장

변 론 종 결

2017. 8. 24.

판 결 선 고

2017. 9. 21.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2017. 2. 22. 원고에 대하여 한 세무조사결정처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 전자기기 도․소매업, 통신기기 도․소매업 등을 영위하는 법인으로, 서울 도봉구 덕릉로 248-1(창동)에 본점을 두고 있다가 2016. 2. 1. 서울 강남구 논현로 507, 1903호(역삼동, 성지하이츠3차)로 본점을 이전하였다.

나. 피고는 원고가 ‘국세기본법 제81조의6 제2항 제1호에 따라 국세청장이 납세자의신고 내용에 대하여 정기적으로 성실도를 분석한 결과 불성실 혐의가 있다고 인정하는경우’에 해당한다고 보아 2017. 2. 22. 원고에게 국세기본법 제81조의7 제1항, 같은 법 시행령 제63조의6에 의하여 다음과 같이 세무조사를 실시한다고 통지하였다(이하 위 세무조사를 ‘이 사건 세무조사’, 위 세무조사결정을 ‘이 사건 세무조사결정’이라 한다).

조사대상 세목 : 통합조사(사업과 관련하여 세법에 따라 신고·납부의무가 있는 모든 세목

조사대상 과세기간 : 2013. 1. 1. ∼ 2013. 12. 31

조사 기간 : 2017. 3. 6. ∼ 2017. 4. 9

조사 사유 : 국세기본법 제81조의6 제2항 제1호의 규정에 따라 국세청장이 납세자의 신고 내용에 대하여 정기적으로 성실도를 분석한 결과 불성실 혐의가 있다고 인정하는 경우에 해당하여 세무조사 실시

다. 원고는 이에 불복하여 2017. 3. 20. 조세심판원에 심판 청구를 하였으나, 2017.5. 23. ‘이 사건 세무조사결정은 처분의 사전(예정) 통보 성격으로 그 자체가 불복의 대상이 되는 처분이 아니다’는 이유로 각하되었다.

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

ZZ세무서장은 2014. 11.경 원고에 대하여 2013년 제1기 부가가치세 부분에 관한 사후검증을 실시하였는데 이는 통신사의 매출자료를 근거로 원고의 매출액 대부분에 대하여 검증한 것으로 세무조사에 해당하고, XX지방국세청장의 2015. 8.경 ZZ세무서에 대한 교차 정기감사에서도 ZZ세무서장은 원고에 대하여 2012년부터 2013년까지의 법인세 비용 전반을 조사하였는데 이 역시도 세무조사에 해당하며, 이 사건 세무조사는 위 사후검증, 정기감사와 같은 세목, 같은 과세기간을 대상으로 하여 중복 세무조사에 해당하므로 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 이 사건 사후검증

가) 원고는 2014. 11.경 ZZ세무서장으로부터 ‘원고의 2013년 제1기 부가가치세신고내용과 통신사로부터 수집한 단말기 할부매출채권 자료금액을 서로 비교한 결과 아래와 같이 부가가치세를 과소신고한 것으로 분석되므로 신고 내용과 매출자료의 차이에 대하여 2014. 12. 5.까지 소명자료를 제출하고, 과소 신고한 매출에 대하여 2014.12. 10.까지 수정신고를 하라’는 내용의 사후검증(이하 ‘이 사건 사후검증’이라 한다) 통보를 받았다.

나) 이에 원고는 2015. 1. 2. 다음과 같이 2013년 제1기 부가가치세 예정 및 확정분에 대하여 이를 각 수정신고․납부하였다.

부가가치세

과세기간

부가가치세 과세표준 (단위 : 천원)

부가가치세추가

납부세액(가산세 포함)

당초

수정

차액

2013.1기 예정

10,907,661

10,960,445

52,784

6,783

2013.1기 확정

8,853,519

8,907,537

54,018

7,272

계

19,761,180

19,867,982

106,802

14,055

2) 이 사건 정기감사

가) XX지방국세청장은 2015. 8. 24.부터 같은 해 9. 10.까지 ZZ세무서의 업무처리의 적법·타당성을 검증하기 위한 목적에서 교차 정기감사(이하 ‘이 사건 정기감사’라 한다)를 실시하였는데, XX지방국세청 소속 감사반장은 2015. 8. 25. ZZ세무서 재산법인납세과에게 정규증빙 미수취(가공원가 계상) 혐의가 있는 원고를 포함한 5개 법인에 대하여 내부 검토를 하여 필요한 경우 위 법인으로부터 소명을 받아 점검결과를 증빙을 포함해서 제출하라는 해명요구를 하였고, 이에 ZZ세무서장은 2015. 8. 25. 원고에게 다음과 같이 2012 내지 2013 사업연도 법인세 정규증빙 미수취 여부에 대한 해명을 요구하였다.

해명자료 제출안내

2015. 8. 24. ~ 2015. 9. 10. 실시하는 XX지방국세청의 정기감사와 관련하여 국세청 및 지방세무관서 감사규정 제19조 등에 따라 아래 내용에 대하여 해명을 요구하오니, 아래 사실확인에 필요한 관련 장부 및 증빙서류를 2015. 8. 27.까지 재산법인납세과 법인팀 YYY조사관에게 제출하여 주시기 바랍니다.

◇ 해명할 사항 및 증빙서류

(단위 : 원)

세목

귀속

계정과목

금액

해명할 사항

비고

법인세

2012

임차료

831,496,050

관련 계정별 원장 및 지출증빙 일체

(별첨 정규증빙

미수취 여부 검토표

작성 제출)

판매수수료

3,496,697,484

지급수수료

850,091,065

판매촉진비

405,329,686

기타

478,296,637

2013

임차료

830,582,360

판매수수료

3,017,435,342

지급수수료

608,487,885

판매촉진비

596,227,576

기타

546,586,123

2015. 8. 25.

ZZ세무서장

나) 이에 원고는 2015. 9. 7. 다음과 같이 지출증빙미수취 가산세 2%에 대한 법인세를 수정신고하였고 2015. 9. 9. 이를 납부하였다.

과세기간

과세표준

가산세 (단위 : 천원)

법인세(가산세)

추가 납부세액

당초

수정

비고

2012 사업연도

변동없음

-

1,465

지출증빙

미수취가산세

1,465

2013 사업연도

변동없음

2,000

(지급명세서누락)

3,227

지출증빙

미수취가산세

1,227

계

2,000

4,692

0

2,692

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3, 6, 7호증, 을 제2 내지 8호증의 각 기재, 증인 MMM의 일부 증언, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 관련 법리

가) 세무조사는 국가의 과세권을 실현하기 위한 행정조사의 일종으로서 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하고 장부·서류 그 밖의 물건을 검사·조사하거나 그 제출을 명하는 일체의 행위를 말하며, 부과처분을 위한 과세관청의 질문조사권이 행하여지는 세무조사의 경우 납세자 또는 그 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등(이하 ‘납세자 등’이라 한다)은 세무공무원의 과세자료 수집을 위한 질문에 대답하고 검사를 수인하여야 할 법적 의무를 부담한다. 한편 같은 세목 및 과세기간에 대한 거듭된 세무조사는 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성 등을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 세무조사권의 남용으로 이어질 우려가 있으므로 조세공평의 원칙에현저히 반하는 예외적인 경우를 제외하고는 금지될 필요가 있다. 이러한 세무조사의성질과 효과, 중복세무조사를 금지하는 취지 등에 비추어 볼 때, 세무공무원의 조사행위가 실질적으로 납세자 등으로 하여금 질문에 대답하고 검사를 수인하도록 함으로써 납세자의 영업의 자유 등에 영향을 미치는 경우에는 국세청 훈령인 조사사무처리규정에서 정한 ‘현지확인’ 등의 절차에 따른 것이라고 하더라도 그것은 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당한다고 보아야 한다. 그러나 과세자료의 수집 또는 신고내용의 정확성 검증 등을 위한 과세관청의 모든 조사행위가 재조사가 금지되는 세무조사에 해당한다고 볼 경우에는 과세관청으로서는 단순한 사실관계의 확인만으로 충분한 사안에서 언제나 정식의 세무조사에 착수할 수밖에 없고 납세자 등으로서도 불필요하게 정식의 세무조사에 응하여야 하므로, 납세자 등이 대답하거나 수인할 의무가 없고 납세자의 영업의 자유 등을 침해하거나 세무조사권이 남용될 염려가 없는 조사행위까지 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당한다고 볼 것은 아니다. 세무공무원의 조사행위가 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당하는지 여부는 조사의 목적과 실시경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에서 개별적으로 판단할 수밖에 없을 것인데, 세무공무원의 조사행위가 사업장의 현황 확인, 기장 여부의 단순 확인, 특정한 매출사실의 확인, 행정민원서류의 발급을 통한 확인, 납세자 등이 자발적으로 제출한 자료의 수령 등과 같이 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문조사에 그치는 것이어서 납세자 등으로서도 손쉽게 응답할 수 있을 것으로 기대되거나 납세자의 영업의 자유 등에도 큰 영향이 없는 경우에는 원칙적으로 재조사가 금지되는 ‘세무조사’로 보기 어렵지만, 조사행위가 실질적으로 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위한 것으로서 납세자 등의 사무실·사업장·공장 또는 주소지 등에서 납세자 등을 직접 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 일정한 기간 동안의 장부·서류·물건 등을 검사·조사하는 경우에는 특별한 사정이 없는 한 재조사가 금지되는 ‘세무조사’로 보아야 할 것이다(대법원 2017. 3. 16. 선고 2014두8360 판결 등 참조).

나) 한편 국세기본법 제81조의2 제2항 제1호에서는 세무조사를 ‘국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하거나 해당 장부·서류 또는 그 밖의 물건을 검사·조사하거나 그 제출을 명하는 경우(조세범 처벌절차법에 따른 조세범칙조사를 포함한다)’라고 규정하고 있고, 국세청 훈령인 조사사무처리규정 제3조 제1호는 ‘세무조사란 각 세법에 규정하는 질문조사권 또는 질문검사권에 근거하여 조사공무원이 납세자의 국세에 관한 정확한 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 조사계획에 의해 세무조사 사전통지 또는 세무조사 통지를 실시한 후 납세자 또는 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등을 상대로 질문하고, 장부·서류·물건 등을 검사·조사하거나 그 제출을 명하는 행위를 말하며, 국세기본법과 조세범 처벌절차법에 따라 일반세무조사와 조세범칙조사로 구분한다’고 규정하고 있으며, 같은 조 제22호는 ‘실지조사란 납세자의 사무실․사업장․공장 또는 주소지 등에 출장하여 직접 해당 납세자 또는 관련인을 상대로 실시하는 세무조사를 말한다’고 규정하면서, 그와 달리 ‘납세자가 제출한 신고서 등의 서류나 과세자료 등의 분석을 통해 신고사항의 적정 여부를 검증하거나 특정거래의 사실관계 확인을 위하여 납세자 또는 그 관련인으로부터 우편질문 등을 통해 증빙서류를 수입하고 거래내용을 조회하는 경우’ 등은 간접조사로 정의하고 있는바 (같은 조 제23호), ① 이는 실지조사보다 납세자에게 덜 침해적인 점, ② 부가가치세법 제57조 제1항 제2호, 제3항에서는 납세지 관할 세무서장 등은 사업자가 예정신고 또는 확정신고를 한 내용에 오류가 있거나 내용이 누락된 경우에는 해당 예정신고기간 및 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 경정하고 위와 같이 경정한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액에 오류가 있거나 누락된 내용이 발견되면 즉시 다시 경정하도록 규정하고, 법인세법 제66조 제2항 제1호, 제4항에서는 납세지 관할 세무서장 등은 신고를 한 내국법인이 신고 내용에 오류 또는 누락이 있는 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정하고 위와 같이 경정한 후 경정에 오류나 누락이 있는 것을 발견한 경우에는 즉시 이를 다시 경정하도록 규정하고 있는바, 과세관청은 납세의무자인 법인이 스스로 신고한 부가가치세 또는 법인세 신고 내용에 오류 또는 누락이 있을 때에는 증액경정을 할 수 있고, 그 증액경정에 오류나 누락이 재차 발견된다면, 부과제척기간 내에서 수차례에 걸쳐 반복하여 증액경정을 할 수 있는 점, ③ 중복세무조사를 금지하고 있는 입법취지 등을 고려할 때, 위와 같은 간접조사는 원칙적으로 중복 세무조사에 해당하는 세무조사라고 보기는 어렵다(다만. 간접조사라는 미명 하에 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성 등을 심각하게 침해하거나 세무조사권을 남용하여서는 안 될 것이므로, 그러한 경우라도 납세자 등으로서도 손쉽게 응답할 수 있을 것으로 기대할 수 없거나 납세자의 영업의 자유 등에 큰 영향이 있는 경우에는 재조사가 금지되는 ‘세무조사’로 보아야 할 것이다).

또한 중복 세무조사 금지원칙이 적용되는 세무조사로서의 실지조사로 보기 위하여는, 부과처분을 목적으로 하여야 하고(목적요건), 납세자나 그 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등을 직접 접촉하여야 하며(대면요건), 그 장소가 납세자 등의 사무실․사업장․공장 또는 주소지 등이어야 하고(장소요건), 납세자 등을 상대로 상당한 시일에 걸쳐 질문하고 일정한 기간 동안의 장부․서류․물건 등을 검사․조사하여야 하며(기간 및 행위요건), 그 질문이나 장부 등이 과세표준과 세액을 결정 또는 경정함에 있어서 관련성이 있거나 관련성이 있다고 의심되어야 할 것(인과요건)이 요구된다고 할 것이다

2) 이 사건 사후검증이 세무조사인지 여부

살피건대, 위 관련 법리 및 인정사실에다가 앞서 본 각 증거와 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음의 여러 사정들을 종합하면, ZZ세무서 재산법인세과에서 실시한 이 사건 사후검증은 위 각 요건을 충족하지 않을 뿐 아니라, 원고의 영업의 자유에 큰 영향을 준다고 볼 수도 없으므로 이를 세무조사라고 보기는 어렵다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

가) 이 사건 사후검증이 이루어지게 된 것은, 국세청이 전국 휴대폰 대리점의 부가가치세 탈루혐의 개연성이 있는 할부매출채권자료를 통신사로부터 수집하여 전국 세무서에게 기타 매출신고금액이 할부매출채권 양도금액보다 적은지 여부를 검증하도록 일괄적으로 자료를 배부하였고, 이에 ZZ세무서장도 국세청으로부터 원고에 관한 위 자료를 배부받았기 때문인 것으로 보인다.

나) 사후검증의 절차는 관할 세무서의 재산법인세과에서 검증의 대상이 된 납세의무자에게 세원관리 업무절차에 따라 부가가치세 매출 과소신고 혐의에 대한 설명과 그에 따른 소명자료 제출을 요청하거나 수정신고에 대하여 안내를 하는 것이고, 이 사건 사후검증도 원고에게 수정신고할 것을 제안하여 자발적인 자기 시정의 기회를 주고자 함에 목적이 있었던 것으로 보이며, 실제로 ZZ세무서장은 이 사건 사후검증 당시 원고의 사업장을 방문하여 장부․서류․물건 등을 조사한 사실이 전혀 없고 원고에게 세무서 방문을 요구한 사실도 없으며, 원고의 입장에서도 ZZ세무서에 대하여 관련 소명자료를 우편, 전자우편(이메일) 방식 등 비대면 방식으로 제출할 수도 있었을 것이다. 다만 원고의 세무대리인인 회계사 MMM이 ZZ세무서를 방문하여 담당 공무원을 만난 사실이 있을 뿐인데, 위 MMM의 진술에 의하더라도 2-3회 정도 매회 약 30분 가량 방문하였다는 것이어서 위 조사관의 원고 세무대리인에 대한 면담은 단순한 사실 관계의 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문조사를 위한 목적에서 이루어졌던 것으로 보인다.

다) ZZ세무서장은 원고에게 2013년 제1기 부가가치세 신고내용과 통신사로부터 수집한 단말기 할부매출채권 자료라는 특정한 매출사실을 서로 비교한 결과 매출과소 분석금액이 1,118,886,014원이 되므로 이에 대하여 소명자료를 제출하고 수정신고를 하라고 통보하였고, 원고는 위 통보를 받고 관련 자료를 제출하였는데 이는 원고가 기존에 부가가치세를 신고한 부분에 오류가 있음을 발견하고 이를 수정하기 위하여 행한 것으로 볼 수 있다.

라) 이 사건 사후검증을 거쳐 구체적인 특정 탈루혐의에 대하여 원고의 소명내용에 따라 일부 해명이 되었고, 나머지는 원고가 자진하여 스스로 부가가치세 수정신고를 하고 이에 따른 부가가치세를 납부하였는바, ZZ세무서장이 진행한 이 사건 사후검증 내용이 원고가 응답하기에 어렵다거나 원고의 영업에 큰 지장을 초래한다고 보기도 어렵다.

마) 신고내용의 정확성 검증 등을 위한 사후검증이 세무조사에 해당한다고 볼 경우에는 과세관청으로서는 단순한 사실관계의 확인만으로 충분한 사안에서 언제나 정식의 세무조사에 착수할 수밖에 없고 납세자로 하여금 불필요한 정식의 세무조사를 수인하도록 하는 결과를 초래하게 되어 불합리하다.

3) 이 사건 정기감사가 세무조사인지 여부

살피건대, 위 관련 법리 및 인정사실에다가 앞서 본 각 증거와 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음의 여러 사정들을 종합하면, XX지방국세청에서 실시한 이 사건 정기감사도 위 각 요건을 충족하지 않을 뿐 아니라, 원고의 영업의 자유에 큰 영향을 준다고 볼 수도 없으므로 이를 세무조사라고 보기는 어렵다. 따라서 원고의 위 주장도 이유 없다.

가) 이 사건 정기감사는 ZZ세무서의 업무처리의 적법성․타당성을 검증하기 위한 목적에서 이루어졌는데, 이 사건 정기감사 과정에서 XX지방국세청 소속 감사반장은 원고를 포함한 정규증빙 미수취 혐의가 큰 5개 법인을 선정하여 해당 업체를 담당하는 ZZ세무서 직원에게 해당 법인으로부터 소명을 받아 검토 및 결과보고하도록 하였고, ZZ세무서 직원은 위 감사반장의 지적과 동일한 내용으로 원고에게 해명자료 제출안내를 하였으며, 이에 원고는 ZZ세무서에 대하여 보관하고 있는 증명서류를 제출하였다.

나) 이 사건 정기감사는 법인인 원고가 다른 사업자로부터 재화나 용역을 공급받고 그 대가를 지급하는 경우 부담하는 의무인 법인세법 제116조 제1항 본문, 제2항 본문의 지출증명서류 수취 및 보관의무의 이행 여부를 점검하여 원고의 의무불이행 사실이 밝혀질 경우 그에 대하여 법인세법 제76조 제5항 소정의 가산세를 가하기 위한 목적으로 이루어진 것으로 보이고, 실제로 원고는 이미 신고한 법인세 과세표준과 세액의 증액 없이 지출증빙미수취 가산세만을 더하여 법인세를 수정신고․납부하였는바,

이 사건 정기감사는 통상 과세표준과 세액의 증액경정을 목적으로 하는 세무조사와는 그 성격이 다르다고 할 것이다.

다) 이 사건 정기감사 과정에서 원고는 XX지방국세청 소속 감사관을 만난 사실이 없고 ZZ세무서 재산법인납세과 직원을 통하여 소명자료 제출 및 수정신고를 하였으며, XX지방국세청 감사관이나 ZZ세무서 직원이 위 정기감사 과정에서 원고의 사무실을 방문하여 질문조사권을 행사한 사실이 없을 뿐 아니라, 다만 원고의 세무대리인인 회계사 MMM이 ZZ세무서를 방문하여 조사관을 만난 사실은 있으나, 위 MMM의 진술에 의하더라도 2-3회 정도 매회 약 30분 가량이었다는 것이어서 위 조사관의 원고 세무대리인에 대한 면담은 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문조사를 위한 목적에서 이루어졌던 것으로 보인다.

라) 이 사건 정기감사는 ZZ세무서장이 원고에게 2015. 8. 25. 해명자료 제출안내문을 발송함으로써 개시되었고, 원고가 2015. 9. 7. ZZ세무서장에게 지출증빙미수취 가산세를 포함하여 법인세 수정신고를 하고 2015. 9. 9. 법인세를 납부함으로써 약 16일이라는 단기간 내에 종료되었다.

마) 원고는 위와 같은 해명자료 제출안내문을 송달받았을 당시 이미 법인세법 제116조에 의하여 관련 지출증빙을 보관하고 있었던 것으로 보여서 ZZ세무서장에게 이를 제출함에 있어 큰 어려움이 있다고 보기는 어렵고, 달리 이 사건 정기감사가 원고의 영업에 중대한 지장을 초래하였다고 볼 자료도 없다.

4) 소결

따라서 이 사건 사후검증 및 정기감사를 세무조사라고 보기 어려운 이상 이 사건 세무조사를 두고 위법한 중복 세무조사라고 볼 수는 없다. 따라서 이 사건 처분은 적법하고, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결

한다.