대구지방법원-2017-구합-23713 (2018.09.20)

사 건

2017구합23713 법인세부과처분등취소

원 고

한국AA재단

피 고

BB세무서장

변 론 종 결

2018.7.5.

판 결 선 고

2018.9.20.

주 문

1. 피고가 2016. 11. 7. 원고에 대하여 한 2011 사업연도 귀속 법인세 5,681,201,650원(가산세 2,125,339,067원 포함), 2012 사업연도 귀속 법인세 3,608,724,840원(가산세 1,184,321,185원 포함), 2013 사업연도 귀속 법인세 5,275,339,790원(가산세 1,450,689,757원 포함), 2014 사업연도 귀속 법인세 4,220,834,120원(가산세 896,819,222원 포함), 2015 사업연도 귀속 법인세 576,761,690원(가산세 79,553,338원 포함)의 각 부과처분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 1989. 12. 4. 사립학교의 교육환경을 위한 기금의 조성 및 융자 등에 관한 업무를 합리적으로 운영․관리할 목적으로 한국AA재단법(이하 ‘AA재단법’이라고 한다)에 따라 설립된 비영리 법인이다.

나. 원고는 AA재단법에 따라 @@@@기금을 설치하여 위 기금을 사학기관을 상대로 사학기관의 재산과 교육용 설비․기자재의 개수․보수 및 확충에 필요한 자금을 융자하는 사업(이하 ‘이 사건 융자사업’이라고 한다)을 영위하고 있다.

다. 원고는 2011 사업연도부터 2015 사업연도까지의 법인세를 신고하면서 이 사건 융자사업에서 발생한 전년도 이자소득 전부를 고유목적사업준비금(사학시설융자준비금)으로 설정하여 손금에 산입하여 신고하였다.

라. 원고는 이와 같이 손금산입한 고유목적사업준비금(이자소득)을 융자사업 재원으로 편입하여 재융자에 사용해왔다.

마. CC지방국세청은 2016. 5. 2.부터 2016. 6. 3.까지 원고에 대한 정기세무조사를 실시하였고, 그 결과 2016. 7. 26. 원고에게, 이 사건 융자사업은 수익사업에 해당하여 법인세법 제29조 및 같은 법 시행령 제56조에서 정하는 고유목적사업에 해당되지 않으므로, 원고가 2011 사업연도부터 2015 사업연도까지 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 모두 부인하여 청구취지 기재와 같은 부과처분을 하겠다는 내용의 세무조사결과를 통지하였다.

바. 이에 원고는 2016. 8. 26. 국세청에 과세전적부심사를 청구하였으나, 국세청은 2016. 10. 28. 위 청구를 불채택하는 결정을 하였다.

사. 피고는 2016. 11. 7. 원고에 대하여 주문 기재와 같이 2011 내지 2015 사업연도 귀속 법인세 및 가산세 부과처분(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다)을 하였다.

아. 원고는 이에 불복하여 2017. 2. 6. 조세심판원에 이 사건 처부의 취소를 구하는 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2017. 7. 25. 위 청구를 기각하는 결정을 하였다.

자. 이 사건 처분에 관계된 법령은 별지 기재와 같다.

【인정 근거】다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제2, 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 당사자들의 주장 요지

가. 원고

1) 이 사건 융자사업은 비영리 공법인인 원고가 교육부의 감독과 통제 아래에 그 목적사업을 위하여 영위하는 대출사업으로서, 그 사업 자체가 수익성을 가지지 아니하는 비수익사업이자 고유목적사업이다. 대법원은 2005. 9. 9. 선고 2003두12455 판결에서 중소기업진흥공단이 중소기업 등에 대한 지원을 위하여 영위하는 대출사업에 관하여 비수익사업이라고 판단한 바도 있다. 따라서 이 사건 융자사업에 관하여는 구 법인세법(2015. 12. 15. 법률 제13555호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법’이라고 한다) 제29조 제1항, 구 법인세법 시행령(2015. 2. 3. 대통령령 제26068호로 개정되기 저느이 것, 이하 ‘구 법인세법 시행령’이라고 한다)에 의하여 손금산입이 허용되어야 한다.

2) 이 사건 융자사업은 원고와는 분리된 @@@@기금에 의하여 시행되는 것으로, @@@@기금이 원고와 구별되는 독립된 공적재단의 실질을 가지고 있는 점 등을 고려하면, 위 기금 조성사업은 이 사건 사업과 구별되는 별도의 비수익 및 고유사업에 해당하므로, 위 기금에 이 사건 융자사업의 이자소득을 편입하는 것은 고유목적사업으로서 비수익사업인 @@@@기금 조성사업에 대한 지출이고 고유목적사업준비금의 손금산입 규정의 적용을 받는다.

3) 구 법인세법 제29조 제1항, 같은 법 시행령 제56조 제5항은 고유목적사업이 비수익사업에 해당하는 한 포괄적으로 고유목적사업준비금 설정을 통한 손금산입을 허용하고 있는 것으로 해석된다. 즉 @@@@기금 조성사업은 원고의 고유목적사업으로 비수익사업에 해당하므로 위 규정에 의하여 손금산입이 허용되는 전형적인 경우에 해당한다. 같은 법 시행령 제565조 제6항은 구 법인세법 제29조 제1항, 같은 법 시행령 제56조 제5항에서 손금산입이 허용되는 경우를 추가․확장 또는 명확하게 정리하기 위한 취지의 규정에 불과하다.

4) 따라서 이 사건 융자사업을 수익사업으로 보아 위 사업으로 인한 이자소득 상당을 고유목적사업준비금으로 설정하여 손금으로 산입할 수 없다고 본 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 피고

1) 구 법인세법에서 이자소득이 비영리법인의 수익사업임을 명시하고 있는 점, 이 사건 융자사업이 계속성과 반복성을 띠고 있고, 원고도 이 사건 융자사업으로 인하여 발생한 이자소득을 과세대상 소득에 포함하여 법인세 신고를 한 사실이 있는 점, 원고가 제시한 대법원 2005. 9. 9. 선고 2003두12455 판결은 이 사건과 사안이 달라 그대로 적용할 수 없는 점, 조달금리와 대출금리가 다르게 적용된 점, 교육부장관이 원고에 대한 일반적인 관리․감독권, 이사장 임명 권한 등의 이나권, 기금 운용과 관련한 사항 등의 승인권 등을 가지고 있다고 하더라도 이는 정부가 원고에 대하여 출연자로서 권리를 행사하는 것에 불과하고, 이 사건 융자사업이 수익사업인지 여부를 판단하는 기준이나 근거가 될 수 없는 점 및 관련 규정의 내용과 제반 사정 등을 종합하면, 이 사건 융자사업은 수익사업에 해당한다. 따라서 수익사업인 이 사건 융자사업에 대하여는 법인세법상 손금산입을 하여서는 아니 된다.

2) 원고 내부에 설치된 기금에 자금을 적립하는 행위를 지출로 보기 위해서는 법률 상 근거가 있어야 하나, 법인세법 시행령 제56조 제6항 제2호 및 제2조 제1항 제8호에는 @@@@기금에 대한 규정이 없으므로, 기금의 재원이 된다는 이유로 비수익사업이라고 볼 수는 없다.

3) 구 법인세법 제29조 제1항에 따라 손금산입이 허용되는 고유목적사업은 ‘수익사업 외의 사업’을 의미하므로, 수익사업인 이 사건 융자사업은 이에 해당하지 않는다. 그리고 위 손금산입은 고유목적사업에 ‘지출’할 것을 전제로 하나, 원고는 이 사건 융자사업을 통해 얻은 이자소득을 수익사업인 위 사업에 재투자한 것이고, 이는 이 사건 융자사업의 일환으로 행해지는 하나의 사무일 뿐 그 자체만을 분리하여 별도의 고유목적 사업이라고 볼 수 없다.

4) 또한, 이 사건 융자사업에 따른 이자소득은 구 법인세법 제29조 제4항 제4호에 의한 사후관리대상이 될 수 없으므로 이 점에서도 위 소득은 손금산입의 대상이 될 수 없다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 인정 사실

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제13호증, 을 제1호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정된다.

1) AA재단법 관련 규정

AA재단법에 의하면, 원고는 사학기관의 교육환경 개선을 지원함으로써 사학교육 진흥에 이바지함을 목적으로 설립되고(제1조), 원고는 사학기관을 지원하기 위하여 기금의 조성․운용 및 관리 사업, 사학기관 경영개선을 위한 연수 및 조사․연구사업 등을 하고(제6조 제1항 각호), 재단의 사업 수행에 필요한 자금에 충당하기 위하여 재단에 @@@@기금을 설치하는데(제17조), 위 기금은 정부의 출연금, 법인․단체 또는 개인의 기부금, 기금을 운용하여 생긴 자금 및 수익금 등으로 조성된다(제18조 제1항). 기금은 사학기관의 재산과 교육용 설비․기자재의 개수․보수 및 확충에 필요한 자금의 융자, 사학기관의 교육환경 및 교육프로그램의 개산을 위하여 필요한 자금의 융자, 사학기관의 구조개선을 위하여 필요한 사업 등을 위하여 사용하고(제19조 각호), 재단이 운용․관리하는데, 기금은 ‘금융기관에의 예치, 국가․지방자치단체 또는 금융기관이 직접 발행하거나 채무이행을 보증하는 증권의 매입, 증권시장에 상장된 증권의 매입’의 방법으로 운용․관리하여야 한다(제20조 및 시행령 제3조 제1항). 한편, 재단은 기금을 다른 경비와 별도의 계정으로 설정하여 관리하여야 하고, 기금의 원본을 감소하고자 할 때에는 교육부장관의 승인을 얻어야 하며, 재단은 교육부장관의 승인을 얻어 기금운용수익금의 일부를 기금의 운용․관리경비로 사용할 수 있다(시행령 제3조 제2항, 제3항, 제4항).

2) 원고의 법인세 신고

원고는 2011 사업연도부터 2015 사업연도까지 이 사건 융자사업에서 발생한 이자소득을 아래 <표1> 기재와 같이 고유목적사업준비금으로 설정하여 손금산입을 하고, 아래 <표2> 기재와 같이 법인세 신고를 하였다.

<표1> 각 사업연도별 고유목적 사업준비금 설정내역 (단위 : 백만 원)

이익처분계산서

2011

2012

2013

2014

2015

재정운영결과

(당기순이익)

16,213

12,262

19,221

16,711

6,971

사학시설융자금

(임의적립금등이입액)

19,115

21,557

19,869

21,647

22,078

계

35,328

33,819

39,090

38,358

29,049

기금적립금

13,771

13,949

17,443

16,280

14,515

사학시설융자준비금

21,557

19,869

21,647

22,078

14,534

<표2> 각 사업연도별 법인세 신고내역 (단위 : 백만 원)

구분

2011

2012

2013

2014

2015

수입금액

46,028

50,147

50,369

53,362

47,238

당기순이익

16,213

12,261

19,221

16,711

1,127

익금산입액

293

185

113

8

1,458

손금산입액

21,793

20,095

21,759

22,078

14,531

차가감소득

-5,285

-7,647

-2,424

-5,358

-11,948

3) 이 사건 융자사업의 대출금리 결정 및 @@@@기금의 구성

가) 이 사건 융자사업의 대출금리, 상환 기간, 연체이자율 등에 관한 사항은 원고의 요청에 대한 교육부장관의 승인을 받아 이를 시행하는 방식으로 결정된다.

나) 원고가 정부로부터 재원을 차입할 때의 조달금리는 당해 연도 공공자금관리기금의 금리에 의하고, 이 사건 융자사업의 대출금리는 위 조달금리를 가중평균한 이자율을 적용하는 방식으로 산정하여 교육부장관의 승인을 받아 시행하여 왔는데, 2011 사업연도부터 2015 사업연도까지에 한정하여 조달금리와 대출금리를 비교하면 대출금리가 높다.

다) 2015년 말 기준 이 사건 융자사업으로 인하여 발생한 누적된 이익잉여금은 303,636,157,018원이다.

라) @@@@기금의 규모와 구성비율의 연도별 변화 추이는 아래 <표3> 기재와 같다.

<표3>연도별 @@@@기금의 구성비율 (단위 : 억 원, %)

연도

정부출연금

정부차입금

자체조성기금

합계

‘97

1,950(49.2)

1,400(35.3)

611(15.4)

3,961(100.0)

‘98

1,950(38.9)

2,250(44.9)

810(16.2)

5,010(100.0)

‘99

1,950(34.6)

2,750(48.8)

940(16.7)

5,640(100.0)

‘00

1,950(31.2)

3,210(51.3)

1,100(17.6)

6,260(100.0)

‘01

1,950(28.6)

3,627(53.1)

1,252(18.3)

6,829(100.0)

‘02

1,950(27.3)

3,801(53.2)

1,400(19.6)

7,151(100.0)

‘03

1,950(26.8)

3,790(52.2)

1,526(21.0)

7,266(100.0)

‘04

1,950(26.5)

3,757(51.1)

1,646(22.4)

7,353(100.0)

‘05

1,950(26.6)

3,643(49.6)

1,746(23.8)

7,339(100.0)

‘06

1,950(26.6)

3,507(47.8)

1,874(25.6)

7,331(100.0)

‘07

1,950(26.9)

3,300(45.4)

2,011(27.7)

7,261(100.0)

‘08

1,950(25.2)

3,593(46.5)

2,190(28.3)

7,733(100.0)

‘09

1,950(23.2)

4,176(49.7)

2,271(27.0)

8,397(100.0)

‘10

1,950(19.4)

5,676(56.6)

2,402(24.0)

10,028(100.0)

‘11

1,950(16.5)

7,342(62.0)

2,552(21.5)

11,844(100.0)

‘12

1,950(15.8)

7,706(62.5)

2,675(21.7)

12,331(100.0)

‘13

1,950(15.3)

7,908(62.1)

2,868(22.5)

12,726(100.0)

‘14

1,950(14.4)

8,602(63.3)

3,035(22.3)

13,587(100.0)

‘15

1,950(14.0)

8,942(64.2)

3,028(21.8)

13,920(100.0)

‘16

1,950(14.0)

9,155(65.8)

2,805(20.2)

13,910(100.0)

‘17

1,950(14.1)

8,958(64.7)

2,935(21.2)

13,843(100.0)

마) 사학기관의 원고에 대한 융자신청 및 융자실행 내역은 아래 <표4> 기재와 같다.

<표4> 사학기관 융자신청 금액 대비 융자실행 금액 비율 (단위 : 억 원)

구분

신청

지급

지급금액

신청대비지급비율

학교수

사업수

사업비

금액

학교수

사업수

금액

학교수

사업수

금액

2011년

69

101

9,979

4,116

41

49

2,171

59.4%

48.5%

52.7%

2012년

68

83

9,820

3,321

40

46

1,728

58.8%

55.4%

52.0%

2013년

64

86

11,846

4,005

24

26

1,500

37.5%

30.2%

37.5%

2014년

37

57

9,806

3,513

23

30

1,350

62.2%

52.6%

38.4%

2015년

38

46

6,575

2,644

22

26

1,569

57.9%

56.5%

59.3%

합계

276

373

48,026

17,599

150

177

8,318

54.3%

47.5%

47.3%

나. 이 사건 융자사업이 수익사업에 해당하기 때문에 곧바로 법인세 과세대상이 되는지 여부

구 법인세법 제3조 제1항은 비영리법인의 ‘사업연도 소득’을 법인세의 과세대상으로 규정하고 있고, 같은 조 제2항에서는 ‘비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다’고 하여 수익사업에 관하여 정하고 있는데, 제2호에서 ‘소득세법 제16조 제1항에 따른 이자소득‘을 규정하고 있다. 이러한 법 규정의 해석상 이 사건 융자사업으로 발생한 이자소득은 소득세법 제16조 제1항 제12호의 ’금전사용에 따른 대가로서의 성격이 있는 것‘에 해당한다고 할 것이다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 부당하나, 뒤에서 보는 바와 같이 이 사건 융자사업이 수익사업인지 여부가 법인세 과세대상이 되는지와 직결되지 않으므로, 위와 같은 판단은 뒤에서 보는 이 사건 처분의 위법성 판단에 영향을 미치지 아니한다.

한편, 을 제1호증의 1 내지 5의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 2011 사업연도부터 2015년 사업연도까지 위 융자사업으로 인한 이자소득 자체가 법인세 과세대상이 되지 않는다고 법인세 과세표준을 계산하여 신고한 것이 아니라 위 금액을 손금산입액으로 기재하여 법인세를 계산한 사실을 인정할 수 있고, 구 법인세법 제29조에서도 손금산입에 관하여는 사업의 수익성에 따라 적용 여부를 정한 것이 아니라 별도의 요건을 정한 규정을 베풀어 두고 있다. 그러므로 피고의 주장과 같이 이 사건 융자사업이 구 법인세법 제3조에 따라 수익사업에 해당한다는 이유로 곧바로 법인세법상의 손금산입 자체가 되지 않는다고 할 수 없다. 쌍방이 거시하고 있는 대법원 2005. 9. 9. 선고 2003두12455판결은 본 건과 사안이 달리하여 적용할 수 없다. 따라서 피고의 이 부분 주장은 이유 없다.

결국, 이 문제는 이 사건 융자사업이 수익사업인지와 직결되는 것이 아니라 법인세법상의 손금산입 여부에 따라 달라지는바, 이는 항을 달리하여 본다.

다. 이 사건 융자사업으로 인한 이익잉여금의 @@@@기금으로의 편입을 고유목적사업준비금으로 보아 손금에 산입할 수 있는지 여부

1) 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다. 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 1982. 11. 23. 선고 82누221 전원합의체 판결, 대법원 2003. 1. 24. 산거 2002두9537 판결, 대법원 2011. 12. 13. 선고 2011두20116 판결 등 참조).

2) 위 법리에 비추어 이 사건을 보건대, 앞서 본 증거들과 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음의 이유를 종합하여 보면, @@@@기금 조성사업은 원고의 고유목적사업으로서, 이 사건 융자사업으로 인하여 발생한 이자소득을 위 기금에 편입시키는 것은 고유목적사업에 지출하는 것으로 봄이 타당하므로, 구 법인세법 제29조 제1항에 따라 손금산입을 할 수 있다고 판단된다.

① 구 법인세법 제19조 제1항은 ‘비영리내국법인이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각호의 금액을 합한 금액의 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 이를 손금에 산입한다’고 정하고, 제8항은 ‘제1항의 규정에 의한 고유목적사업의 범위, 수익사업에서 발생한 소득의 계산 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다’고 정하고 있다. 이에 따른 구 법인세법 시행령 제56조 제5항은 ‘법 제29조 제1항에서 “고유목적사업”이라 함은 당해 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업 외의 사업을 말한다’고 정하고 있고, 제2조 제1항 본문은 수익사업의 범위를 규정하면서 ‘통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의한 각 사업 중 수익이 발생하는 것을 말한다’고 하면서 단서에서는 제외되는 사업을 열거하고 있다.

② 비영리법인에 대한 비과세가 경쟁의 공정성 등을 해하지 않는 경우에는 비영리법인에 대한 법인세 과세를 영리법인의 경우와 같이 그대로 유지할 필요가 없으므로, 이러한 취지에서 구 법인세법 제29조 제1항이 고유목적사업준비금으로 계상한 경우 일정금액의 한도에서 손금에 산입한다고 규정하여 비영리법인의 사업소득에 대한 비과세의 길을 열어놓고 있는 것으로 해석된다. 즉, 비영리법인이 수익사업소득을 고유목적사업준비금으로 적립하여 고유목적사업에 사용하는 것을 전제로, 고유목적사업 등에 지출하기 전이라도 미리 손금에 산입할 수 있도록 허용하여 과세를 이연함으로써 비영리법인이 공익사업을 원활하게 수행할 수 있도록 하기 위한 것으로 이해된다.

③ @@@@기금은 이 사건 융자사업으로 인한 수익금뿐만 아니라 정부의 출연금, 법인․단체 또는 개인의 기부금 등을 재원으로 하여 조성한 자금으로 이루어진 재산의 집단으로 위 기금은 원고와 구분되어 회계처리가 이루어지고, 설립 근거, 목적, 조성방법, 관리․운용 방법 및 승인절차, 회계, 사용 용도 등에 관하여 AA재단법이 상세하게 규정하고 있는 점, AA재단법은 @@@@기금의 사용(제19조)과 운용․관리(제20조)를 각각 다른 항에서 규정하고 있는 점, @@@@기금의 사용은 이 사건 융자사업에 한정되지 않고, 사학기관의 구조개선을 위하여 필요한 사업, 사학기관의 학생을 위한 기숙사를 설치․운영하는 사업, 기금의 조성․운용 및 관리에 필요한 경비의 지출 등에도 사용될 수 있는 점 등에 비추어 볼 때, @@@@기금의 조성사업은 이 사건 융자사업과는 구별되는 별도의 사업이라고 할 것이다. 따라서 이 사건 융자사업으로 인하여 발생한 이자소득을 위 기금에 편입시키는 것을 단순히 이 사건 융자사업의 일환으로 행해지는 단순 사무라고 평가하기는 어렵다. AA재단법 제25조는 ‘재단은 매 회계연도 결산상의 잉여금이 있을 때에는 손실금을 보전하고, 보전하고도 남는 금액이 있을 때에는 기금으로 적립하여야 한다’고 규정하여 이 사건 융자사업 이외에 기금 운용으로 인한 잉여금도 기금으로 적립하도록 하고 있는바, 이는 잉여금의 기금 적립을 이 사건 융자사업과는 구별하고 있는 것으로 해석된다.

④ 원고는 사학기관의 교육환경 개선을 지원함으로써 사학교육 진흥에 이바지함을 목적으로 설립되고, @@@@기금 조성․운용 및 관리사업을 포함한 원고의 사업은 모두 사학기관을 지원하기 위한 것이므로 원고의 설립 및 운영, @@@@기금의 설치와 조성 등에 공공성이 인정되고, 기금조성사업 자체에 수익성이나 수익목적이 있다고 볼 수 없다. 앞서 본 바와 같이 이 사건 융자사업 자체는 수익성이 있어 수익사업에 해당하나, 이는 @@@@기금은 원고의 AA재단 지원을 위한 자금 충당을 위한 것이므로 위 수익성을 근거로 @@@@기금 조성에도 수익성이 있다고는 볼 수 없다.

⑤ 한편, 구 법인세법 시행령 제56조 제6항(이하 ‘이 사건 조항’이라고 한다)은 ‘다음 각호의 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다’라고 규정하여 고유목적사업에 지출한 것으로 의제되는 경우를 정하고 있는데, 제2호는, ‘특별법에 의하여 설립된 법인(당해 법인에 설치되어 운영되는 기금 중 국세기본법 제13조의 규정에 의하여 법인으로 보는 단체를 포함한다)으로서 건강보험․연금관리․공제사업 및 제2조 제1항 제8호에서 규정된 사업을 영위하는 비영리내국법인이 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 법령에 의하여 기금 또는 준비금으로 적립한 금액’으로 규정하고 있고, 구 법인세법 시행령 제2조 제1항 제8호는 예금자보호법에 의한 예금보험기금 및 예금보험기금채권상환기금, 농업협동조합의 구조개선에 관한 법률 및 수산업협동조합법에 의한 상호금융예금자보호기금, 새마을금고법에 의한 예금자보호기금 등을 통한 각 사업을 규정하고 있으나, AA재단법에 의한 @@@@기금을 통한 사업을 규정하고 있지는 않다.

그러나 ㉮ 이 사건 조항은 구 법인세법 제29조 제1항부터 제4항까지의 규정을 적용을 전제로 하여 각호의 규정된 금액을 고유목적사업에 지출 금액으로 의제하는 간주규정의 형식을 취하고 있는 점, ㉯ 구 법인세법 제29조 제8항은 고유목적사업의 범위 및 승계, 수익사업에서 발생한 소득의 계산 등에 관하여만 대통령령에 위임하고 있고, ‘고유목적사업에 지출한 것으로 보는 금액의 범위’에 관하여는 위임하고 있지 않은 점, ㉰ 구 법인세법 제29조 제1항은 ‘고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 손금에 산입한다’고 하여 손금에 산입되는 경우를 일반적․포괄적으로 규정하고 있는 점, ㉱ 구 법인세법 시행령 제2조 제1항 제8호에 규정된 사업을 영위하는 주체의 근거 법령 내지 정관에 각 기금을 조성하거나 적립하는 사업을 명시하고 있지 않은 점, ㉲ 구 법인세법 제29조 제1항은 손금에 산입할 수 있는 경우를 고유목적사업이나 지정기부금에 지출하기 위한 경우로 규정하고 있는데, 구 법인세법 시행령 제56조 제6항은 고유목적사업에 지출한 것으로 보는 경우만 규정하고 있는 점, ㉳ 이 사건 조항 제10호의 신설 이유는 ‘제주국제자유도시 개발에 대한 지원을 강화하기 위하여 제주국제자유도시개발센터가 외국교육기관, 외국의료기관 유치 등을 지원하기 위하여 지출하는 비용에 대해서는 고유목적사업준비금에 사용한 것으로 보기 위한 것’이고, 제3호의 개정이유는 ‘의료법인의 경우 고유목적사업준비금으로 계상된 금액은 5년 이내에 의료기기 등 일정한 고정자산의 취득에 한정하여 지출하도록 하고 있어 의료법인의 연구개발이나 학술연구를 위축시킬 수 있는 문제가 있어 의료법인의 연구개발 및 학술연구활동의 활성화를 기대하기 위하여 의료법인의 고유목적사업준비금으로 연구개발사업에도 지출할 수 있도록 지출용도를 확대’한 것 및 ‘의료법인의 해외진출을 지원하기 위하여 의료법인이 해외에 의료제공과 관련된 건물 임차 및 의료기기 리스료 등에 지출하는 금액의 경우에는 고유목적사업준비금을 사용한 것으로 보기 위한 것인 점 등에 비추어 보면, 이 사건 조항은 그 각호에 규정된 금액만을 고유목적사업에 지출한 금액으로 보기 위하여 한정적으로 열거하기 위한 취지라기보다는 고유목적사업에 대한 지출 여부를 법에 규정함으로써 명확하거나 구 법인세법 제29조 제1항에 따른 손금산입 이외에 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있는 경우를 추가․확장하기 위한 규정이라고 해석함이 타당하다.

⑥ 구 법인세법 제29조 제4항 제4호는 ‘고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업 등에 사용하지 아니한 경우 그 잔액은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입’하도록 규정하고 있는데, @@@@기금의 경우 이 사건 융자사업뿐만 아니라 원고가 사학기관을 지원하기 위한 각종 사업의 자금으로 사용되는 점, 원고의 공적 성격 및 교육부의 감독을 받는 점 등에 의하면 원고가 위 조항이 예정하는 바와 달리 고유목적사업준비금을 계상한 돈이 언제, 어느 사업에 사용되었는지에 관한 관리 내지 통제가 불가능하다고 볼 만한 사정이 없는 점 등에 비추어 보면, 원고가 고유목적사업준비금으로 계상한 돈이 5년의 유예기간 동안 고유목적사업에 지출하였는지 여부를 확인할 수 없다고 보기 어렵다. 또한 원고가 제출한 법이넷 과세표준 및 세액조정계산서와 고유목적준비금 조정명세서(을 제1호증의 1 내지 5)에 의하면 위와 같은 준비금은 그 다음 기에 모두 지출 처리된 것으로 되어 있다.

4. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.