부산지방법원-2018-구합-20536 (2019.02.15)

사 건

2018구합20536 법인세부과처분등취소

원 고

AAA 주식회사

피 고

BB세무서장 외 1

변 론 종 결

2018. 12. 14.

판 결 선 고

2019. 02. 15.

주 문

1. 피고 BB세무서장이 2014. 3. 11. 원고에 대하여 한 2008 사업연도 귀속 법인세 000,000,000원의 부과처분을 취소한다.

2. 원고의 피고 □□지방국세청장에 대한 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 원고와 피고 □□지방국세청장 사이에 생긴 부분은 원고가 부담하고, 원고와 피고 BB세무서장 사이에 생긴 부분은 피고 BB세무서장이 부담한다.

청 구 취 지

원고에 대하여, (1) 피고 □□지방국세청장이 2014. 7. 4. 한 소득자를 A, 소득금액을 0,000,000,000원으로 하는 소득금액변동통지를, (2) 피고 BB세무서장이 2014. 3. 11. 한 2008 사업연도 법인세 000,000,000원의 부과처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2004. 2. 26. 곡물 제분·제조업, 배합사료 제조업 등을 목적으로 하는 주식회사 ABB(변경 전 상호 : AAB 주식회사, 이하 ‘AAB’이라 한다)의 대표이사였던 A가 지분 100%를 출자하여 설립한 법인으로, 원래 AAB이 직영으로 운영하던 시험농장을 보다 효율적으로 경영하기 위해 법인으로 설립한 것이다.

나. 원고는, 2004. 2. 26. AAB과 사이에 양산 00면 00리 100 소재 AAB의 사료시험농장(이하 ‘이 사건 농장’이라 한다)에 관하여 임대차기간 2004. 3. 1.부터 2009. 2. 28.까지로 정하여 임차하고, 2004. 2. 28. AAB으로부터 이 사건 농장에서 사육하던 양돈을 070,000,000원에 양수하였다.

다. 원고는 2008. 3. 1. HHH 외 2인(이하 'HHH 등‘이라 한다)에게 2008. 3. 1.부터 2013. 2. 28.까지 기간 동안 이 사건 농장의 관리를 위탁하면서 그 기간 동안 이 사건 농장의 경영손익을 HHH 등이 갖되 HHH 등이 원고에게 사용료 000,000,000원을 지급하기로 하는 내용의 위탁관리경영약정(이하 ‘이 사건 위탁관리경영약정’이라 한다)을 체결하고 위 약정에 따라 2008. 3. 7.과 2008. 7. 7. 2회에 걸쳐 HHH 등으로부터 사용료로 000,000,000원을 지급받았으나 동 금액을 2008 사업연도의 수입금액 또는 자산으로 계상하지 아니하고 A에게 지급하였다.

라. 그 후 원고는 2008. 12. 1. HHH과 사이에 이 사건 농장의 양돈(4,270두) 및

유형자산 일체를 대금 025,000,000원에 양도하고, 2008. 12. 1. 계약금 025,000,000원, 2008. 12. 31. 1차 중도금 000,000,000원, 2009. 1. 30. 2차 중도금 000,000,000원, 2009. 2. 27. 잔금 000,000,000원을 각 지급받기로 하는 내용의 양돈 및 유형자산 매매계약(이하 ‘이 사건 매매계약’이라 한다)을 체결하고 위 매매계약의 대금지급기일에 각 매매대금을 수령하였으나 계약금 025,000,000원만을 2008 사업연도의 수입금액으로 반영하였다. 이후 원고는 2008. 12. 8. BA세무서장에게 2008. 12. 31.을 폐업일로 하여 폐업신고를 하였고, HHH은 2008. 12. 2. BA세무서장에게 이 사건 농장을 사업장으로 2008. 12. 1.을 개업일로, 상호를 AAA으로 하여 사업자등록을 하였다가 2013. 6. 1. 폐업하였으며, 원고는 2013. 9. 27. 동일한 장소에서 개업일은 2013. 7. 25.로 하여 사업자등록을 하였다.

마. 피고 □□지방국세청장은 2013. 9. 27.부터 2014. 2. 19.까지 원고에 대하여 법인세 조사를 실시하였고, 그 결과 ① 원고가 이 사건 위탁관리경영약정에 따라 2008. 3. 7.과 2008. 7. 7. 2회에 걸쳐 HHH 등으로부터 지급받은 사용료 000,000,000원(이하 ‘이 사건 쟁점 1 금액’이라 한다)을 2008 사업연도 수입금액에 계상하지 않고 A에게 지급한 것으로 보아 이 사건 쟁점 1 금액을 익금산입 배당(A)으로 소득처분하는 것으로, ② 원고가 이 사건 매매계약에 따라 2008. 12. 1.부터 2009. 2. 27.까지 HHH으로부터 수령한 매매대금 025,000,000원 중 000,000,000원(이하 ‘이 사건 쟁점 2 금액’이라 한다)을 2008 사업연도 수입금액에 계상하지 않고 A에게 지급한 것으로 보아 이 사건 쟁점 2 금액을 익금산입 배당(A)으로 소득처분하는 것으로, ③ 나머지 매매대금 025,000,000원에 대해서는 2008 사업연도 수입금액에 반영하였으나 그 중 A가 관련 형사판결에서 횡령금액으로 인정된 006,002,000원(이하 ‘이 사건 쟁점 3 금액’이라 한다)을 2008. 12. 31. 폐업시 미회수한 가지급금으로 보아 익금산입 배당(A)으로 소득처분하는 것으로, ④ 원고가 2007 사업연도 결산서상 가지급금 잔액 0,000,000,000원(이하 ‘이 사건 쟁점 4 금액’이라 한다)을 폐업시인 2008. 12. 31.까지 미회수한 가지급금으로 보아 익금산입 배당(A)으로 소득처분하는 것으로, ⑤ 원고가 2008 사업연도 중 가지급금 증가액 012,000,000원(이후 아래에서 보는 바와 같이 이의신청에서 040,000,000원은 가지급금이 회수된 것으로 인정되어 00,300,000원으로 감액되었다)을 2008. 12. 31. 폐업시 미회수한 가지급금으로 보아 익금산입 배당(A)으로 소득처분하는 것으로 하여 BA세무서장에게 과세자료를 통보하였고, 2014. 7. 4. 원고에게 소득종류를 배당, 귀속연도를 2009년(사업연도 2008. 1. 1.부터 2008. 12. 31.까지), 소득금액을 0,000,000,000원(이후 아래에서 보는 바와 같이 이의신청에서 040,000,000원은 가지급금이 회수된 것으로 인정되어 총 소득금액은 0,000,000,000원으로 감액되었다), 소득자를 A로 한 소득금액변동통지를 하였다(이하 ‘이 사건 소득금액변동통지’라 한다).

바. BA세무서장은 피고 □□지방국세청장의 이 사건 소득금액변동통지에 따라2014. 3. 11. 원고에게 2008 사업연도 법인세 000,000,000원(가산세 포함)을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 법인세 부과처분’이라 하고, 이 사건 소득금액변동통지와 합하여 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).

사. 원고는 2014. 6. 9. 이 사건 각 처분에 대하여 이의신청을 제기하여 BA세무서장은 A가 횡령한 000,000,000원을 원고에게 상환한 것으로 인정하여 원고에 대한 2008 사업연도 법인세를 000,000,000원(가산세 포함)으로 감액·경정하였고, A에 대한 소득처분금액도 0,000,000,000원으로 감액경정하였다.

아. 원고는 이에 불복하여 2014. 10. 13. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2017. 11. 7. 원고의 심판청구를 기각하는 결정을 하였다.

자. 이 사건 소제기 이후인 2018. 4. 3. 원고 법인의 본점 소재지인 BB시를 관할

하는 BB세무서가 신설되면서 기존 BA세무서의 이 사건 법인세부과처분에 관한 권한이 BB세무서로 이관되었다.

차. 한편, A는 특정경제범죄가중처벌등에관한법률위반(횡령)죄 등으로 2014. 2. 7. 징역 0년을 선고받았는데(00지방법원 2000고합000호), 제1심판결에서 유죄로 인정된 범죄사실 중 이 사건 각 처분과 관련이 있는 부분은 아래 [유죄 부분]란 기재와 같다. 한편 위 법원은 아래 [무죄 부분]란 기재 각 공소사실에 대하여는 범죄의 증명이 없는 경우에 해당함을 이유로 무죄로 판단하였다.

[유죄 부분]

A는 밀가루와 배합사료 생산업체로서 코스닥 상장법인인 AAB의 대표이사 회장으로 위 회사의 지분

13.55%를 보유하면서 총무, 인사, 회계, 자금 관리􎘎집행 등 위 회사 경영 전반의 업무를 총괄하고 있다. 그리고A는 양돈업체인 AAA의 대주주로서 아래와 같이 회사를 실질적으로 지배하면서 운영하여 왔다.

1. AAA의 지배􎇍운영 AA은 당초 AAB의 사료시험농장이었으나 A가 인수하여 2004. 2. 26. 법인으로 설립한 후 실질적으로 100% 지분을 보유한 회사로서(설립 당시부터 A는 딸 A! 명의로 30%, AAB 직원(농장장) CCC 명의로 40%, 동서 DDD 명의로 30% 합계 100%의 지분을 보유하여 오다가, 명의상 주주만 변경하여 최종적으로 2008. 4. 30.경 이후부터는 DDD 30%, 동생 ABC 25%, 처조카사위 EEE 25%, A! 20% 등 4명 명의로 100% 지분을 A가 실질적으로 보유하여 왔다) AAB으로부터 사료를 공급받고 돼지를 판매한 수익으로 위 사료대금을 결제하는 양돈업체이다. A는 유인호, 이동섭, 류원하를 순차적으로 AAA의 대표이사로 등재하고 AAB 자산관리부 직원들로 하여금 돼지 판매대금이 입금되는 AAA의 법인 통장 관리와 작업일보 수령 등 위 AAA의 자금 관리􎘎집행 및 운영에 관련된 모든 업무를 담당하게 하고 이에 관하여 상시 보고받는 방식으로 위 회사를 운영하여 왔다.

2. 이 사건의 배경 및 범행 결의

가. AAB 자산관리부의 A 일가 개인 재산 관리A는 ‘KKK’라는 상호로 개인 사료 판매업체를 운영해 오다가 1900년경 AAB을 인수하여 대표이사로 취임하였고 그 이후인 1900. 5. 31.경 위 KKK를 폐업하였다. 그런데 A 위와 같이 실체가 없는 ‘KKK’를 A 일가의 개인 재산으로 호칭하면서, AAB 회장의 지위를 이용하여 AAB 자산관리부 임직원들로 하여금 위 회사의 자산 관리라는 본연의 업무 외에 별도로 ‘KKK’라는 이름으로 A 일가의 개인 재산을 관리하는 업무를 담당하게 하였다. 이에 따라 AAB 자산관리부 임직원들은 A가 지배􎘎운영하는 법인인 AAA 등의 회사 자금과 A 일가의 보유 주식, 개인 소유 부동산 임대료, 주차장 수입 등 개인 자금을 혼합하여 관리하면서 이를 개인 대출금 이자, 보험료, 종합소득세􎘎재산세 등 세금, 저축, A 모친의 생활비 및 도우미 급여 등 A 일가의 생활비로 지출하고 그 자금 관리􎘎집행 내역을 ‘KKK 원장’이라는 장부에 기재하여 왔다.

나. 과외 지출 과다 상황 도래

그러나 위와 같은 A 일가의 생활비 지출이 매달 수천만 원에 이르고, 더구나 A는 처 △△△가 복역하게 되자 형집행정지 신청 등 △△△의 구명을 위하여 변호사 비용, 입원􎘎치료비 등 병원비, 기타 각종 경비 등이 필요하였으며 그 외에도 투자금 등 A의 개인 용도로 사용할 자금이 필요하게 되어, AAA 등으로부터 취득하는 정상적인 수익금 및 A의 개인 자금만으로는 자금 수요를 감당할 수 없는 상황에 이르게 되었다.

다. 범행 결의

1) 법인자금 착복

A는 위와 같은 상황을 타개하기 위하여 자신이 지배􎘎운영하는 법인인 AAA 등은 물론 AAB의 자금을 빼돌리기로 계획하였다. 이에 따라 A는, AAB은 회사 관계법상 각종 규제 및 관리감독의 대상이 되는 상장법인인 관계로 직접적으로 거액의 법인 자금을 횡령하는 일이 용이하지 않으므로 AAA을 이용하되, AAA은 AAB으로부터 공급받는 사료 판매를 통해 수익을 창출하는 업체인 관계로 AAB에 대한 사료대금을 결제하고 나면 빼돌릴 자금이 부족하게 되므로, AAA에 담보 없이 외상으로 사료를 공급하여 AAA 수익을 창출시킨 후 이를 횡령하거나 차용하고 이에 따라 위 회사들의 재정이 부실화되어 AAB의 외상 사료대금채권 회수가 불가능하게 되면 폐업시키는 방법으로 우회적으로 AAB의 자산을 빼돌리고, AAB에 대해서는 현금시재 항목에 대한 사용처 추적이 곤란하다는 점을 이용하여 법인 자금을 현금시재 계정으로 변환하여 마치 법인 금고 내에 현금으로 계속 보관하고 있는 것처럼 가장하면서 현금시재 자금을 횡령한후, 법인 경비로 사용된 것처럼 허위로 전표 처리하거나 공시 관련 결산기인 당해 반기 말에 차입금 등을 끌어와 횡령한 자금을 일시 충당한 후 다음 반기 초에 이를 즉시 인출하여 범행을 은폐하는 방법으로 법인자금을 빼돌리기로 마음먹었다.

3. AAA 자금 횡령[특정경제범죄가중처벌등에관한법률위반(횡령)]

가. AAB에 대한 업무상 임무 및 AAA 자금의 업무상 보관자 지위 A 피해자 AAB의 경영을 총괄하는 동시에, 피해자 AAA의 100% 지분을 보유하면서 AAB 자산관리부 직원들을 통해 법인자금을 관리하면서 운영하였고, AAA은 AAB으로부터 사료를 공급받고 그 사료대금을 결제하는 업체이다. 따라서 AAB과 AAA 사이의 거래는 AAB의 입장에서 실질적으로 상법 제398조에서 정한 ‘이사의 자기거래’에 해당되어 이해 충돌의 우려가 있으므로, 그 거래 과정에서 AAA 또는 A는 이득을 얻고 AAB은 손해를 입는 일이 발생하지 않도록 A는 선량한 관리자의 의무 및 충실 의무로 거래를 행하여야 하였다. 특히 AAB이 AAA에 외상으로 사료를 공급하고자 하는 경우에는 충분한 담보를 제공받아야 하고 그렇지 못한 경우에는 A가 AAB 임직원들을 통해 관리하고 있는 AAA의 수익금이 AAB의 사료대금채권에 대한 사실상 유일한 담보라고 할 수 있으므로 그 수익금으로 AAB에 대한 외상 사료대금을 결제하게 하는 등 합리적인 채권 회수 조치를 취해야 하며, AAA의 자금을 함부로 빼내어 유용함으로써 위 회사들의 재정이 부실화되어 AAB의 외상 사료대금채권 회수를 불가능하게 해서는 안 될 업무상 임무가 있었다.

나. AAA 법인자금 횡령

1) 가지급금 명목 자금 인출 횡령

A는 AAA의 수익금을 관리하는 AAB 자산관리부 임직원(2005. 4.경부터 2007. 4.경까지는 변사또 과장, 그 이후부터 2009. 6.경까지는 이몽룡 이사, 그 이후에는 홍길동 과장)에게 위 회사의 법인자금을 대표이사 가지급금 명목으로 인출하여 A 일가의 생활비 등 개인 용도로 사용할 것을 지시하였다. 이에 따라 위 변사또은 2005. 4. 20.경 위 AAB 사무실에서, 이자나 변제기 약정 없이 대표이사 가지급금 명목으로 자신이 보관하던 AAA 수익금 통장에서 1,200만 원을 인출한 다음 이를 A의 개인 대출금 이자 납부에 사용하였다. 이를 비롯하여 위 변사또, 이몽룡, 홍길동는 그때부터 2008. 11. 10.경까지 위와 같은 방법으로 별지 1‘범죄일람표 1’ 기재와 같이 총 139회에 걸쳐 대표이사 가지급금 명목으로 합계 16억 73,698,630원을 인출하여 A 일가의 개인 대출금 이자, 보험료, 세금 납부, 대여금 등 개인적인 용도로 임의로 사용하였다.

2) 돼지 매각대금 횡령

A는 2008. 12. 1.경 위 AAB 사무실에서, AAA 소유의 돼지 0,000마리 등 유형자산을 위 HHH에게 매각하고 그 대금으로 수령한 6억 2,500만 원을 AAB 자산관리부 직원을 통하여 업무상 보관하고 있었다. 그러던 중 A는 그 무렵 위 이몽룡에게 지시하여 그로 하여금 2008. 12. 2.경 위 돼지 매각대금 중 1,000만 원을 A의 개인 대출금 이자로 납부하게 한 것을 비롯하여, 그때부터 2009. 3. 2.경까지 별지 1 ‘범죄일람표 2’ 순번 1 내지 5, 8 내지 23, 25 내지 28, 31 내지 40 기재와 같이 총 35회에 걸쳐 위 돼지 매각대금 0억 00,000,000원을 A의 개인 대출금 이자 및 증여세 납부, 조광산업 대표이사 가지급금 반제 등에 지출하게 함으로써 이를 개인적 용도로 임의로 사용하였다.

3) 소결

이로써 A는 업무상 보관 중인 AAA의 법인자금 00억 00,000,000원(= 가지급금 00억 00,000,000원 + 돼지 매각대금 0억 00,000,000원)을 횡령하였다.

[무죄 부분]

AAA 돼지매각 대금 횡령 중 별지 1 ‘범죄일람표 2’ 순번 6, 7, 24, 29, 30 부분

카. A와 검사 모두 제1심판결에 불복하여 항소하였는데(00고등법원 0000노000호), 항소심은 2014. 10. 30. 제1심판결을 파기하고 A에 대하여 징역 0년에 집행유예 0년을 선고하였는데, 항소심에서 이 사건 각 처분과 관련한 제1심판결과 그 판단을 달리한 부분은 아래와 같다. 이후 A와 검사 모두 위 항소심 판결에 불복하여 상고하였으나(대법원 0000도00000호), 2017. 11. 9. A와 검사의 상고가 모두 기각됨에 따라 위 항소심 판결이 확정되었다(이하 ‘이 사건 관련 형사사건’이라 한다).

1. AAA 자금 횡령[특정경제범죄가중처벌등에관한법률위반(횡령)] 관련

별지 1 ‘범죄일람표 1’ 순번 47 기재 4,600,000원 중 KKK 노트 등에 의하여 원고가 사용하였음이 인정되는 2,300,000원을 초과하는 나머지 2,300,000원 부분 : 위 부분 공소사실은 범죄의 증명이 없어 무죄로 판단하되, 포괄일죄관계에 있는 AAA에 대한 특정경제범죄가중처벌등에관한법률위반(횡령)죄를 유죄로 인정한 이상 따로 주문에서 무죄를 선고하지 않았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증 내지 갑 제6호증, 갑 제10호증, 갑 제13호

증, 갑 제21호증, 갑 제22호증, 을 제1호증 내지 을 제6호증, 을 제8호증 내지 을 제10호증, 을 제15호증(각 가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장 및 판단

가. 원고의 주장

1) 이 사건 쟁점 1 금액과 관련하여, 임대료 지급기간이 1년을 초과하는 경우 그 기간 경과분의 임대료만 당해 사업연도의 손익으로 귀속되는 것이므로, 이 사건 쟁

점 1 금액 중 기간이 경과하지 않은 50개월에 대응하는 사용료 000,000,000원을 2008 사업연도 익금으로 산입하는 것은 부당하다[원고의 주장은 이 사건 쟁점 1 금액 중 기간미경과분 사용료 수령액은 선수수익에 해당하므로 익금산입(배당)에 대응하는 손금 산입(△유보)을 하여야 한다는 주장으로 보인다].

2) 이 사건 쟁점 2 금액과 관련하여, 유형자산의 양도손익은 원칙적으로 그 대금을 청산한 날이 속하는 사업연도의 손익으로 귀속되므로 이 사건 쟁점 2 금액 중 2009 사업연도에 지급받은 000,000,000원을 2008 사업연도 익금으로 산입한 것은 부당하다.

3) 원고는 이 사건 쟁점 3 금액을 A에 대한 가지급금으로 계상하지 않고 2007 사업연도로부터 이월된 가지급금인 이 사건 쟁점 4 금액을 장부상 회수한 것처럼 회계처리하기 위해서 임의로 외상매입금(0,000,000,000원)과 상계하는 회계처리를 하였으므로 이 사건 쟁점 3, 4 금액을 익금에 산입할 경우에는 그에 상응하는 외상매입금도 함께 손금에 산입하여야 한다.

4) 피고들은 원고의 폐업일에 A와의 특수관계가 소멸한 것으로 보아 폐업일까지 회수하지 않은 이 사건 쟁점 3, 4 금액을 원고의 익금에 산입한 후 위 가지급금 등이 사외유출되어 A에게 귀속(배당)된 것으로 보아 이 사건 각 처분을 하였다. 그러나 업무무관 가지급금은 특수관계인에 대한 채권일 뿐이므로 이를 특수관계가 소멸할 때까지 회수하지 않았다고 해서 법인의 순자산이 증가하거나 감소하지는 않으므로, 구체적인 법령의 근거 없이 특수관계가 소멸하는 날까지 회수하지 않은 업무무관 가지급금을 당해 법인의 익금에 산입하는 내용의 세무조정을 할 수 없고[특수관계가 소멸하는 날까지 회수하지 아니한 업무무관 가지급금과 그 이자를 해당 법인의 익금에 산입하도록 한 법인세법 시행령 제11조 제9호의2 (가)목은 2010. 2. 18. 개정되어 2010. 1. 1. 이후 개시되는 사업연도분부터 적용되는 것이므로 위 법인세법 시행령이 시행되기 이전에는 과세관청 내부의 행정규칙인 법인세법 기본통칙을 적용하여 한 이 사건 각 처분은 위법하다], 원고가 폐업하였다고 하더라도 주주인 A와의 특수관계가 소멸한 것으로 볼 수도 없으므로, 이 사건 쟁점 3, 4 금액의 가지급금 등이 원고의 폐업일까지 회수되지 않았음을 이유로 이를 원고의 익금에 산입하고, 같은 금액을 A의 배당으로 소득처분한 것은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 2 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 첫 번째 주장에 대하여

가) 앞서 본 사실 및 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사실 내지 사정 즉, ① 원고는 이 사건 농장을 HHH 등에게 위탁운영 하도록 하다가 2008. 12. 1. 이 사건 농장의 양돈 및 유형자산 일체를 HHH에게매각한 후 2008. 12. 31.자로 폐업신고를 하였던 점(이 사건 관련 형사사건에 의하면, 실제 이 사건 농장의 양돈 및 유형자산 일체의 매각은 A에 의해 진행된 것으로 보인다), ② 이후 HHH은 2008. 12. 1. 이 사건 농장의 토지 소유자인 AAB과 임대차계약을 체결하고 2008. 12. 2. BA세무서장에게 이 사건 농장을 사업장으로 2008.12. 1.을 개업일로, 상호를 AAA으로 하여 사업자등록을 하였던 점, ③ 2008. 12. 1. 이후 HHH은 이 사건 농장 일체를 원고의 관여 없이 사용·수익한 것으로 보이는점, ④ 원고는 이 사건 위탁관리경영약정에 따라 사용료로 2008. 3. 7. 000,000,000원을, 2008. 7. 7. 000,000,000원을 각 수령한 후 이를 자산에 계상하지 않고 사외로 유출하여 A에게 지급하였던 점, ⑤ 이 사건 위탁관리경영약정 제5조에는 계약기간내 수탁인이 위탁관리 경영을 해지할 때 또는 해지사유가 발생했을 때 기지급된 사용료는 반환하지 않는다고 되어 있는 점, ⑥ 원고가 2008년 수취한 사용료 000,000,000원 중 기간미경과분이라고 주장하는 사용료는 현재까지도 HHH 등이 원고에게 반환을 요청하거나 반환된 사실이 없는 점 등을 종합하여보면, 원고와 HHH 사이의 이 사건 위탁관리경영약정은 원고와 AAB 사이에 이 사건 농장과 관련 시설물의 임대차를 전제로 한 것인데, HHH이 직접 AAB과 이 사건 농장 및 관련 시설물에 대한 임대차계약을 체결함에 따라 2008. 12. 1. 사실상 종료되었고, HHH 등은 이 사건 위탁관리경영약정 제5조에 따라 사용료 중 기간미경과분 상당액을 포기한 것으로 봄이 상당하다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

나) 한편 앞서 본 바와 같이 원고는 이 사건 위탁관리경영약정에 따라 사용료로 2008. 3. 7. 000,000,000원을, 2008. 7. 7. 000,000,000원을 각 수령한 후 이를 자산에 계상하지 않고 사외로 유출하여 A에게 지급하였던 것이므로 위 사용료의 기간 경과 여부와는 무관하게 이 사건 소득금액변동통지에는 영향이 없고, 단지 원고에 대한 법인세 세무조정시 부채누락(선수수익)으로 보아 손금산입(△유보)할 것인지만 관련된 것이므로 이 부분 소득금액변동통지가 위법하다는 주장은 나아가 판단할 필요 없이 이유 없다.

2) 두 번째 주장에 대하여

가) 앞서 본 사실, 앞서 든 증거들에 을 제11호증의 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사실 내지 사정 즉 ① 구 법인세법 시행령 (2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전의 것) 제68조 제1항 제3호는 상품 등 외의 자산의 양도의 익금의 귀속사업연도는 그 대금을 청산한 날로 하되, 다만 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일(등록일을 포함한다)·인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로 한다고 규정하고 있는 점, ② 원고는 이 사건 농장을 HHH 등에게 위탁운영하도록 하다가 2008. 12. 1. 이 사건 농장의 양돈 및 유형자산 일체를 HHH에게 매각한 후 2008. 12. 31.자로 폐업신고를 하였던 점(앞에서 본 바와 같이 실제 이 사건 농장의 양돈 및 유형자산 일체의 매각은 A에 의해 진행된 것으로 보인다), ③ 이후 HHH은 2008. 12. 1. 이 사건 농장의 토지 소유자인 AAB과 임대차계약을 체결하고 2008. 12. 2. BA세무서장에게 이 사건 농장을 사업장으로 2008. 12. 1.을 개업일로, 상호를 AAA으로 하여 사업자등록(사업자등록번호 000-91-00000)을 하였던 점, ④ HHH은 이 사건 농장에서 AAA을 운영하면서 2008. 12. 1.부터 2008. 12. 31.까지 이 사건 매매계약을 통해 매수한 생돈을 판매하여 000,000,000원의 수입금액이 발생하였던 점 등에 비추어 보면, 앞서 판단한 바와 같이 원고와 HHH 사이의 이 사건 위탁관리경영약정은 HHH이 직접 AAB과 이 사건 농장 및 관련 시설물에 대한 임대차계약을 체결함에 따라 2008. 12. 1. 사실상 종료되었고, HHH은 2008. 12. 1.부터 이 사건 매매계약에 따라 양수한 양돈 및 유형자산을 사용·수익하였다고 봄이 상당하다. 또한 앞서 든 사실들에 의하면, 실제 이 사건 농장의 양돈 및 유형자산 일체의 매각은 A에 의해 진행된 것으로 보이는 점, A는 원고의 수익금을 관리하는 AAB 자산관리부 임직원에게 원고의 법인자금을인출하여 A 일가의 생활비 등 개인 용도로 사용해 왔던 점, 원고는 2008. 12. 31.자로 폐업하였던 점 등에 비추어 보면, 이 사건 매각대금 중 2009년에 수령한 매각대금 200,000,000원 역시 원고의 폐업일 당시 A에게 확정적으로 귀속되었다고 봄이상당하다.

나) 따라서 피고들이 2008. 12. 1.부터 HHH이 위와 같이 양수한 양돈 및 유형자산을 사용·수익하였다고 판단하여 이 사건 매매계약에 따른 매각대금의 귀속사업연도를 2008년으로 보아 이를 익금에 산입하고 동 금액을 A에 대한 배당으로 처분한 것은 적법하다.

3) 세 번째 주장에 대하여

가) 관련 법리

법인세법상 과세소득은 ‘그 사업연도’에 속하거나 속하게 될 익금 총액에서 손금 총액을 공제한 금액을 의미하는 것으로서 기업회계상의 당기순손익에 세법이 정한 바에 따른 익금과 손금의 산입 또는 불산입 등 조정을 거쳐 산출되는 익금과 손금의 차액이라 할 것이므로, 과세관청이 법인의 재무제표에 누락된 부채를 발견하였다면 그 부외부채의 귀속 사업연도를 조사하고 그에 따라 해당 사업연도의 법인세 과세표준과 세액을 다시 계산하여야 한다고 봄이 타당하다. 다만 과세관청이 당초 법인세 신고시 누락한 익금의 존재 및 그 액수를 입증하여 이를 이유로 납세의무자에게 법인세 부과처분을 하자, 납세의무자가 그 금액에 상응하는 부채의 누락이 있어 위 금액을 추가로 손금에 산입하여야 한다고 주장하는 이 사건에서 있어서는, 입증의 난이와 당사자 사이의 형평을 고려할 때, 위와 같이 부채누락이 있다는 사정은 원고가 입증하여야 할 것이다.

나) 위와 같은 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 갑 제7호증 내지

갑 제9호증, 갑 제11호증, 갑 제16호증 내지 갑 제20호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면 다음의 각 사실이 인정된다.

(1) 원고의 2008 사업연도 법인세 세무조정을 하였던 세무대리인 CH은 ‘원고가 2008. 1. 1.부터 2008. 11. 30.까지의 거래에 대한 합계잔액시산표를 제시하였고, 본인이 사용하던 회계프로그램에 2008. 11. 1.자로 원고가 제시한 합계잔액시산표의 계정별 차·대변 합계금액을 입력하는 회계처리를 하여 2008. 11. 30. 현재 합계잔액시산표를 작성한 후 2008. 12. 31.자로 결산대체 및 원고의 요청에 따라 자산·부채를 상계하는 회계처리를 하여 2008. 12. 31. 현재 합계잔액시산표를 작성하였다’고 확인하였다.

(2) 원고의 2008. 12. 1.부터 2008. 12. 31.까지의 분개장에 의하면, 원고는 2008. 12. 31. 아래 표 기재와 같이 이 사건 매매계약으로 수령한 계약금 005,000,000원을 유형자산 매각액 05,000,000원과 양돈매각액 010,000,000원으로 각 구분하여 유형자산처분손실 00,200,000원과 생돈매출 010,000,000원을 계상하였고, 그 후 위 계약금이 A에 대한 가지급금으로 지출된 것에 대하여 동 금액을 외상매입금계정 대변에 음수(-)로 기재하는 회계처리를 하였으며, 2008. 11. 30. 현재 단기대여금 잔액 0,000,000,000원을 대변에, 동 금액을 외상매입금계정 대변에 음수(-)로 기재하는 회계처리를 한 것으로 나타난다.

(3) 원고의 2008. 11. 30. 현재 합계잔액시산표에 2008. 12. 1.부터 2008. 12. 31.까지의 분개장상 회계처리를 반영하면 2008. 12. 31. 현재 합계잔액시산표가 작성된 것으로 나타나고, 동 합계잔액시산표상 계정과목별 금액과 원고의 2008 사업연도 법인세 신고 당시 제출된 재무제표(합계표준대차대조표 및 손익계산서 등)상 계정과목별 금액이 일치하는 것으로 나타난다. 원고의 2008. 11. 30. 현재 대차대조표상 외상매입금 잔액 0,000,000,000원에서 임의로 상계처리한 외상매입금 합계 0,000,000,000원(=분개장 18번 0,000,000,000원 + 분개장 36번 000,000,000원 + 2008년 가지급금인정인자 000,000,000원)을 공제한 금액은 0,000,000,000원(= 0,000,000,000원 - 0,000,000,000원)으로 위 금액은 원고가 2008 사업연도 법인세 신고 당시 제출된 합계표준대차대조표상 매입채무 잔액과 일치한다.

(4) 원고의 2008. 11. 30.자 대차대조표상 외상매입금 계정금액은 0,000,000,000원이고, AAB은 2016. 7. 18. ‘2008. 12. 31. 현재 AAB의 원고에 대한 외상매출금 잔액은 0,000,000,000원(양돈매각대금 000,000,000원 포함)임을 확인합니다‘라는 내용의 확인서를 제출하였으며, AAB은 상장법인으로 AAB의 보조부원장에는 2008. 12. 31. 현재 원고에 대한 외상매출금 0,000,000,000원, 미수금(양돈매각대금) 000,000,000원이 계상되어 있다.

(5) □□지방국세청장은 AAB에 대한 세무조사를 실시한 후 AAB의 원고에 대한 장기 미회수채권 0,000,000,000원, 양돈 매각대금 000,000,000원 및 대여금 000,000,000원 합계 0,000,000,000원을 특수관계인에 대한 업무와 관련 없이 지급한 가지급금에 해당한다고 보아 지급이자를 손금에 불산입하는 한편, 특수관계인에게 무상 또는 낮은 이율로 금전을 대여한 것으로 보아 부당행위계산부인을 하여 인정이자를 익금에 산입하여 법인세를 부과하였는바, 위 업무무관가지급금 중 대여금 000,000,000원을 제외한 업무무관가지급금은 0,000,000,000원(= 0,000,000,000원 - 000,000,000원)이다.

다) 위 인정사실에 비추어 인정되는 다음과 같은 사정 즉, ① 원고의 2008. 11. 30.자 대차대조표상 외상매입금 계정 금액은 0,000,000,000원이었고, 이는 상장법인인 AAB의 2008. 12. 31. 현재 원고에 대한 외상매출금 잔액과 00,000원의 차이만 있을 뿐 거의 유사한 점, ② 과세관청 역시 AAB에 대한 세무조사 당시 원고에 대하여 장기 미회수채권 0,000,000,000원, 양돈 매각대금 000,000,000원 합계 0,000,000,000원의 채권이 있는 것으로 보아서 과세처분을 하였던 점, ③ 원고는 2008. 12. 1. 이 사건 농장의 양돈 및 유형자산 일체를 HHH에게 매각한 후 이후에는 실질적으로 영업을 수행하지 않았던 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 2008. 12. 31. 현재 원고의 외상매입금 잔액은 0,000,000,000원임에도 원고가 임의로 이 사건 쟁점 3, 4 금액을 포함하여 이에 대응되는 외상매입금 합계 0,000,000,000원을 상계하였다고 봄이 상당하다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 있다[다만 이는 원고의 2008 사업연도 법인세 세무조정시 부채 누락액에 대한 추가적인 세무조정으로 손금산입(△유보)이 필요한 것이어서 이 사건 법인세 부과처분에만 영향을 줄 뿐 이 사건 소득금액변동통지에는 영향이 없다].

4) 네 번째 주장에 대하여

가) 구 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것) 제52조 제1항은 ‘납세지 관할 세무서장 또는 관할 지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계에 있는 자와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 ’부당행위계산‘이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다’고 규정하고 있고, 제67조에서 ‘제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여·배당·기타사외유출·사내유보 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다’고 규정하고 있다. 또한 구 법인세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제87조 제1항은 ‘법 제52조 제1항에서 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자라 함은 법인과 다음 각 호의 어느 하나의 관계에 있는 자를 말한다’고 규정하면서, 제2호에서 ‘주주 등(소액주주 등을 제외한다)과 그 친족’을 들고 있다.

나) 위 각 규정에 의하면, 법인세법상의 부당행위계산이 성립하기 위해서는 ① 법인과 특수관계자와의 거래일 것, ② 법인의 부당한 행위 또는 소득금액의 계산이 있을 것, ③ 그 행위 또는 소득금액의 계산이 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 감소시킬 것 등의 요건을 갖추어야 할 것인데, A가 원고의 주식 100%를 보유한 주주로서 원고와 사이에 특수관계에 있는 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다.

다) 나아가, 원고가 법인세법상 부당행위계산에 해당하는 ‘부당한 행위 또는 소득금액의 계산’을 하였는지 여부 및 그러한 부당한 행위 내지 소득금액의 계산이 원고의 법인소득에 대한 조세의 부담을 감소시켰는지의 여부에 관하여 보건대, 주식회사가 장부상 특수관계자에 대하여 ‘가지급금’으로 계상하여 둔 것은 그 특수관계자로부터 그 가지급금을 회수할 것이 전제된 것이므로, 만일 주식회사가 특수관계자로부터 그 가지급금을 회수하지 않는 등으로 인하여 사실상 회수를 포기하거나 회수가 불가능한 상황으로 놓이게 한다면, 이는 법인세법상 ‘부당행위계산 부인’의 대상이 되는 ‘부당행위’의 한 행위유형으로서 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제9호의 ‘그 밖에 제1호 내지 제7호, 제7호의2, 제8호 및 제8호의2에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우’에 해당하고[부당행위에는 적극적인 작위행위뿐만 아니라 출자자 등에 금전을 대여하고 그 이자수익을 포기하는 것과 같이 발생한 권리를 포기하는 소극적인 부작위행위도 포함한다(대법원 1989. 1. 17. 선고 87누901 판결 참조)], 그 가지급금은 결국 사외로 유출되어 특수관계자에게 확정적으로 귀속된 것으로 평가함이 상당하다.

라) 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하면, ① 원고는 2008. 12. 31. 폐업을 하면서 그 폐업일까지는 물론 그 이후에도 A로부터 가지급금으로 지급한 이 사건 쟁점 3, 4 금액을 회수하지 않은 사실, ② 오히려 원고는 위 가지급금 중 일부는 A로부터 이를 회수하지 않았음에도 A가 상환한 것으로 장부에 계상하였고, 나머지는 가지급금으로 계상하지 않은 사실, ③ 원고는 2008. 12. 1. 보유한 양돈 및 유형자산 일체를 HHH에게 매각하였고, 폐업한 이후에는 더 이상 목적사업을 영위하고 있지 않았던 사실, ④ 이 사건 관련 형사사건에는 원고 관련 업무일지 등에 의하면 A는 원고가 아닌 새로운 법인을 신설할 예정이었다고 기재되어 있는 사실을 인정할 수 있는바, 이에 의하면, 원고가 폐업하여 아무런 사업을 영위하지 아니하고 해산 및 청산절차를 밟지 않고 있으므로, 원고는 폐업 무렵에 이미 사실상 청산되었고, 그 때에 원고와 A 사이의 특수관계도 소멸되었다고 봄이 상당하다. 그럼에도 불구하고 원고는 폐업 당시는 물론 그 이후에도 A로부터 이 사건 쟁점 3, 4 금액을 회수하지 않고, 오히려 장부에 위 가지급금 등을 A로부터 상환받은 것으로 기재하거나 미기재함으로써 사실상 이 사건 가지급금 등의 회수를 포기하였거나 회수가 불가능한 상황으로 놓이게 하였다고 할 것이므로, 결국 이러한 원고의 이 사건 쟁점 3, 4 금액의 회수 포기 등은 법인세법상 부당행위계산부인의 대상이 되는 ‘부당행위’에 해당한다[원고는 00등법원 2000누00000 판결에서는 원고가 폐업하였다고 하더라도 AAB과 원고 사이의 특수관계가 유지된다고 판단하였으므로 이 사건에서도 원고가 폐업하였더라도 출자자인 A와의 특수관계가 소멸하는 것은 아닌 것으로 보아야 한다고 주장하나, AAB과 원고와의 관계에서는 AAB이 원고에 대하여 대여금 및 매출채권을 가지고 있는 채권자이고 원고가 채무자인 상태에서 채권자법인으로서는 채무자에 대하여 가지급금의 회수를 포기하는 등으로 대손으로 처리할 수 있을 뿐 별도의 대손처리 없이 회수를 포기하였다거나 불가능하게 되었다고 볼 수 없으나 이 사건은 채권자인 원고가 채무자인 A에 대한 채권을 회수하지 않았음에도 이를 상환받은 것처럼 장부에 기재하거나 미기재하고 폐업함으로써 위 채권의 회수를 포기하거나 회수가 불가능한 상황에 놓이게 함으로써 채무자에게 확정적으로 귀속되었다고 볼 수 있는 사안으로서 기본적인 사실관계가 동일하다고 볼 수 없다].

마) 또한, 법인세법상 부당행위계산 부인에 있어 ‘법인소득에 대한 조세 부담의 감소’는 그 부당한 행위로 인하여 당해 사업연도의 법인세 부담의 감소가 바로 있는 경우는 물론, 당장에는 조세 감소가 없지만, 부당행위계산이 부인되지 않고 그대로 유지된다면 장차 법인세 부담의 감소가 있게 되는 경우도 포함된다고 할 것인데, 원고는 2008 사업연도에 A로부터 이 사건 쟁점 3, 4 금액의 회수를 포기하였는바, 위 가지급금 등의 회수 포기가 당해 사업연도의 법인세 등 조세 부담을 현실적으로 감소시켰는지에 관계없이, 원고는 2008 사업연도부터 위 가지급금 등을 회수하는 때가 속하는 사업연도까지 원고의 익금으로 소득금액의 계산대상이 되는 이 사건 쟁점 3, 4 금액에 대한 이자를 회수하지 못하게 되었고, 이러한 결과는 결국 이 부분에 관한 법인세 부담의 감소로 이어진다 할 것이다.

바) 한편, 법인세법 기본통칙 4-0…6(가지급금 등의 처리기준)1)에서 ‘특수관계자와의 자금거래에서 발생한 가지급금 등과 동 이자상당액이 특수관계가 소멸할 때까지 회수되지 아니한 경우에는 이를 법인세법 시행령 제106조의 규정에 의하여 처분한 것으로 본다. 다만, 회수하지 아니한 정당한 사유가 있거나 회수할 것이 객관적으로 입증되는 경우에는 그러하지 아니하다’고 규정하고 있는바, 국세청의 기본통칙이 과세관청 내부에 있어서 세법의 해석기준 및 집행기준을 시달한 것으로서 행정청 내부를 규율하는 행정규칙에 불과할 뿐 법원이나 국민을 기속하는 효력이 있는 법규가 아니므로, 기본통칙 그 자체가 과세처분의 적법한 근거가 될 수 없음은 조세법률주의의 원칙상 당연하다 할 것이나(대법원 2007. 2. 8. 선고 2005두5611 판결 등 참조), 사외유출된 가지급금 등의 처리에 관한 세부적인 기준을 정하고 있는 위 기본통칙은 구 법인세법 시행령 제106조의 규정을 구체화한 것에 불과하므로, 법원으로서는 기본통칙에 구속되지는 않으나, 부당행위계산 해당 여부를 판단함에 있어 기본통칙의 관련 규정을 그 기준의 하나로 적절히 참고할 수 있고, 이 사건 가지급금 등의 미회수와 관련한 원고의 행위가 법인세법상의 부당행위계산에 해당하는 것으로 볼 수 있는 이상 기본통칙의 법규성 여부 등에 관계없이 이 사건 가지급금 등과 관련한 이 사건 처분은 일응 적법하다고 할 것이다.

사) 원고는 폐업 후 2013. 7. 25. 재개업을 하였고, A는 2013. 9. 3. 원고의 채권자인 AAB에 0,000,000,000원을 공탁하여 원고의 AAB에 대한 외상매입금 채무를 대위변제하는 방법으로 A에 대한 가지급금을 회수하였으므로 원고가 2008년 폐업당시 A에 대한 가지급금 회수를 종국적으로 포기한 것으로 볼 수 없다고 주장하나, 갑 제14호증, 을 제15호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정 즉, 공탁자 A, 피공탁자 AAB 주식회사로 기재되어 있을 뿐 A 자신의 AAB에 대한 자금 횡령금액이 약 000,000,000원에 달하는 등 A가 원고의 AAB에 대한 외상매입금 채무를 대위변제하였다고 보기는 어렵고, 위 공탁은 A가 횡령등 혐의로 검찰조사(00000지방검찰청 2000형제 00000호, 00000호)가 진행되자 공탁한 것인 점, A는 사실상 원고를 지배·관리하였고, 이 사건 쟁점 3, 4 금액 등의 가지급금을 원고로부터 인출하여 유용한 범죄사실로 유죄가 확정되었으며, 원고 역시 A의 횡령사실을 알고서도 이에 동조하였던 점, 원고는 2008 사업연도 결산 당시 대차대조표에 이 사건 쟁점 3, 4 금액의 가지급금을 미계상하거나 회수한 것처럼 처리하였던 점에 비추어 볼 때, 이 사건 쟁점 3, 4 금액이 포함된 가지급금은 처음부터 회수를 전제로 한 것이 아니라 인출시점에 곧바로 사외로 유출되어 A에게 귀속시킬 의도였던 것이라고 봄이 상당하다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

아) 따라서 이 사건 쟁점 3, 4 금액은 사외로 유출되어 특수관계자인 A에게 확정적으로 귀속되었다고 봄이 상당하므로, 피고들은 원고가 2008. 12. 31. 폐업함에 따라 A와의 특수관계가 소멸하였음에도 불구하고 A로부터 이 사건 쟁점 3, 4 금액을 회수하지 아니한 행위를 구 법인세법 제52조에 따라 부당행위로서 부인하고, 제67조의 규정에 따라 소득처분을 할 수 있다고 봄이 상당하다.

5) 소결론

결국 원고의 2008 사업연도 귀속 법인세 부과처분과 관련하여서는 이 사건쟁점 3, 4 금액에 대응되는 외상매입금 누락액 0,000,000,000원(= 000,000,000원 + 0,000,000,000원)의 손금산입(△유보)이 이루어져야 한다고 할 것이고, 위 사항을 반영한 원고의 2008 사업연도 귀속 법인세 정당세액은 아래 표 기재와 같으므로 이 사건 법인세 부과처분은 전부 취소되어야 한다.

3. 결 론

그렇다면 원고의 피고 BB세무서장에 대한 청구는 이유 있어 인용하고, 원고의 피

고 □□지방국세청장에 대한 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.