서울행정법원-2018-구합-78947 (2020.05.08)

사 건 서울행정법원-2018-구합-78947(2020.05.08)

원 고 **금융지주 주식회사

피 고 *대문세무서장

변 론 종 결 2020. 3. 18.

판 결 선 고 2020. 5. 8.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2015. 12. 10. 원고에 대하여 한 법인세 2013 사업연도 3,858,865,816원, 2014 사업연도 1,069,725,400원의 각 경정거부처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2012. 3. 2. **협동조합중앙회로부터 금융사업이 물적 분할되어 설립된 금융지주회사로, 법인세법 제76조의8 제1항 등의 규정에 따라 연결납세방식의 적용을 승인받아 원고의 연결자회사인 **손해보험 주식회사(이하 ‘**손보’라 한다)의 손익을 합쳐 법인세를 신고·납부하고 있다.

나. **손보는 손해보험업 등을 하는 회사로서 2012~2014 사업연도에 ㈜**정보시스템 등 별지1 표 ‘수탁업체’란 기재 각 수탁업체에 대한 위탁개발방식1)으로, 상품·서비스 개발 및 전산화, 서버 안정화, 다양한 채널 확보, 고객정보 관리 및 맞춤형 서비스 제공 등의 업무를 효율적으로 운영하여 더 나은 고객 서비스를 제공하기 위한 차세대 전산시스템(이하 ‘이 사건 시스템’이라 한다)을 개발하는 과정에서 같은 표 ‘이 사건 연구개발비’란 기재 금원(이하 ‘쟁점 금원’이라 한다)을 지출하였다. 이 사건 시스템의 기본 구조는 별지2 그림과 같다.

다. 원고는 2015. 10. 8. 쟁점 금원에 구 조세특례제한법(2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정되어 2015. 1. 1. 시행되기 전의 것, 이하 같다) 제10조 제1항 제3호에 따른 연구·인력개발비(이하 ‘연구개발비’라 한다) 세액공제(같은 법 제9조 제2항, 제5항에 의한 연구개발비를 세액공제하는 것으로서 이하 ‘쟁점 세액공제’라 통칭한다)를 적용하여, 피고에게 법인세 2013 사업연도 3,858,865,816원, 2014 사업연도 1,069,725,400원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

라. 피고는 2015. 12. 10. 쟁점 금원이 구 조세특례제한법 제9조 제2항 제1호, 제5항의 위임에 따른 구 조세특례제한법 시행령(2015. 2. 3. 대통령령 제26070호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제8조 제1항 [별표 6] 1.나.1) 중 괄호규정인 ‘전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용’(이하 ‘위탁비용’이라 하고 위 괄호규정을 ‘쟁점 예외규정’이라 한다)에 해당하여 쟁점 세액공제의 대상에 해당하지 않는다는 이유로 원고의 위 경정청구를 거부하였다(이하 ’이 사건 처분‘이라 한다).

마. 이에 대하여 원고는 2016. 3. 8. 조세심판청구를 하였으나, 2018. 6. 29. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 당사자의 주장

가. 피고

1) 이 사건 시스템의 개발은 다음과 같은 이유에서 쟁점 세액공제의 적용 대상이 아니다.

가) 이 사건 시스템의 개발은 기존 소프트웨어의 응용에 불과하지, 구 조세특례제한법 제9조 제5항의 ‘과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동’(이하 ‘과학기술 활동’이라 한다)의 결과물이 아니다.

나) 이 사건 시스템은 구 조세특례제한법 제9조 제5항의 ‘새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동’(이하 ‘서비스 활동’이라 한다)에 해당하므로, 같은 법 제9조 제2항 괄호규정(‘새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다.’)에 따라 위탁비용인 쟁점 금원에 대하여는 쟁점 세액공제가 적용될 수 없다(아래에서 보는 바와 같이 서비스 활동 규정은 2012년 도입되었으므로, 위 주장은 쟁점 금원 중 2012 사업연도 이후 지출분에 대한 주장으로 선해하여 판단한다).

2) 이 사건 시스템은 기업 전체에 걸쳐 업무를 전자적으로 효율화하기 위한 도구로서 전사적 자원관리(ERP, Enterprise Resource Planning) 설비이거나 적어도 이와 유사한 설비에 해당하므로 쟁점 예외규정이 적용된다.

3) 쟁점 세액공제가 적용된다 하더라도, 원고는 기업의 연구기관 또는 전담부서 등에 대하여 지출된, 연구개발에 대응되는 직접비용을 발생주의의 입장에서 증명하여야 한다.

나. 원고

1) 이 사건 시스템 개발은 과학기술 활동에 해당하므로 쟁점 세액공제가 적용되어야 한다.

2) 이 사건 시스템은 원고의 업무 기반을 혁신적으로 개선한 것으로 단순한 ERP 시스템과는 본질적으로 다르기 때문에, 쟁점 예외규정은 적용되지 않는다.

3) 쟁점 금원은 연구개발비용에 해당하는 것만으로 적법하게 산정된 것이다.

3. 관계 법령

별지3 기재와 같다.

4. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 쟁점 세액공제 규정의 요건 충족 여부

1) 쟁점 세액공제 규정의 적용 범위

다음과 같은 쟁점 세액공제 규정의 문언과 개정 연혁, 입법 취지, 갑 제4호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 비추어 볼 때, 과학기술 활동에 해당하는 연구개발이라면 동시에 서비스 활동에 해당하더라도 그 위탁비용에 대하여 쟁점 세액공제 규정이 적용될 수 있다고 봄이 타당하다.

가) 2008. 12. 16. 법률 제9272호로 개정되어 2009. 1. 1. 시행된 조세특례제한법(이하 ‘2009년 법’이라 한다) 제9조 제5항에서 ‘연구개발’의 개념으로 ‘과학기술 활동’이 처음 도입되었다. 위 개정 취지는 ‘연구개발의 정의 및 세액공제 적용대상 비용의 범위를 국제적인 기준[OECD의 연구개발(R&D) 개념]에 맞게 정비하고자 한 것’이다. 따라서 적어도 위 법 개정 이후로는 쟁점 세액공제의 요건인 과학기술 활동인지 여부에 관하여 OECD의 연구개발 개념이 주요 판단기준이 될 수 있다.

2011. 12. 31. 법률 제11133호로 개정되어 2012. 1. 1. 시행된 조세특례제한법(이하 ‘2012년 법’이라 한다) 제9조 제5항에서 ‘연구개발’의 개념에 ‘과학기술 활동’ 이외에 ‘서비스 활동’이 추가되었고, 제9조 제2항에서 ‘새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다’는 괄호규정이 도입되었다. 위 개정 취지는 ‘현행 과학기술분야 중심의 연구개발비 세액공제를 서비스분야로 확대하여 서비스산업의 선진화 및 경쟁력 강화를 지원하되, 제도 시행 초기인 점을 감안하여 자체 연구개발비에 대하여만 세제 지원을 하고자 한 것’이다.

2019. 12. 31. 법률 제16835호로 개정되어 2020. 1. 1. 시행된 조세특례제한법(이하 ‘2020년 법’이라 한다)은 제9조가 삭제되고, 제10조 제5항에서 ‘서비스 활동에 지출한 금액 중 과학기술분야와 결합되어 있지 아니한 금액에 대해서는 자체 연구개발에 지출한 것에 한정한다’는 규정이 신설되었다. 위 개정 취지는 ‘기존의 법령이 과학기술 활동과 서비스 활동 모두에 해당하는 경우 세액공제 여부가 불분명하여, 세액공제 범위를 확대시키고자 한 것’이다.

나) OECD가 1963년부터 발간·개정해오고 있는 연구개발통계 조사지침서인 ‘프라스카티 매뉴얼(Frascati Manual)’은 서비스를 연구개발의 범위에서 제외하고 있지 않고, OECD 개념에 맞추어 개정된 2009년 법 또한 서비스 활동을 과학기술 활동의 범위에서 제외되는 것으로 규정하지는 않았다.

2012년 법은 과학기술 활동이 아닌 서비스 활동을 연구개발의 범위에 포함시켜 세액공제의 범위를 확대하고자 하였다. 따라서 기존에 과학기술 활동과 서비스 활동 모두에 해당하여 위탁비용까지 세액공제의 대상이 되던 것은 여전히 그 지위가 유지되는 것으로 보아야지 서비스 활동에도 해당한다는 이유로 자체비용 외의 위탁비용을 세액공제에서 제외할 수는 없다.

2020년 법은 2012년 법의 문언이 불분명하다는 이유로 개정되었는데, 개정된 문언은 서비스 활동 중 ‘과학기술분야와 결합되지 않은 위탁비용’만을 제외하는 것이어서 2012년 법의 적용범위에 관한 위 해석과 같은 취지이다.

다) 그렇다면 2012년 법 하에서 과학기술 활동과 서비스 활동 모두에 해당하는 경우, 자체비용이든 위탁비용이든 쟁점 세액공제가 적용된다고 해석하는 것이 타당하다.

2) 이 사건 시스템의 개발이 과학기술 활동인지

과세처분 취소소송에서 감면요건에 대한 증명책임은 원칙적으로 납세의무자에게 있는바, 갑 제1 내지 20호증, 을 제1 내지 9호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 원고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 시스템의 개발이 과학기술 활동임을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정하기에 충분한 증거가 없다.

가) 쟁점 금원을 지출한 기업은 위 비용이 일단 손금에 산입됨으로써 세액 감소 효과를 누릴 여지가 크다. 쟁점 세액공제 규정은 그러한 손금 산입에서 더 나아가 해당 비용을 세액에서 직접 공제하여 주는 것으로서, 어떠한 기업에 대하여 세액공제라는 적극적인 재정지출을 할지 여부는 정책적·합목적적으로 결정되어야 할 문제이다. 한편, 연구개발은 그 속성상 기업의 수익 발생과 곧바로 이어지지 않는 경우가 많고 시행착오나 실패의 위험이 따르므로, 쟁점 세액공제 규정은 연구개발활동에 투자하는 기업이 감내해야 하는 이러한 비효율 내지 위험에 대하여 세제 지원이라는 안전장치 내지 보상책을 마련함으로써 연구개발활동에 대한 기업의 투자를 독려하고, 국민경제의 건전한 발전에 이바지함을 목적으로 한다.

나) 구 조세특례제한법 제9조 제5항은 ‘“연구개발”은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말한다’고 규정하고, 구 조세특례제한법 시행령 제8조 제2항은 위 연구개발활동에 포함되지 않는 유형의 활동으로 ‘① 일반적인 관리 및 지원활동, ② 시장조사와 판촉활동 및 일상적인 품질시험, ③ 반복적인 정보수집 활동, ④ 경영이나 사업의 효율성을 조사·분석하는 활동, ⑤ 특허권의 신청·보호 등 법률 및 행정 업무, ⑥ 광물 등 자원 매장량 확인, 위치확인 등을 조사·탐사하는 활동, ⑦ 위탁받아 수행하는 연구활동’을 들고 있다. 한편, 구 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령(2016. 9. 22. 대통령령 제27506호로 개정되기 전의 것) 제2조 제5호는 "연구개발활동"에 관하여 ‘과학기술 분야 또는 특정 지식기반서비스 분야의 지식을 축적하거나 새로운 응용방법을 찾아내기 위하여, 축적된 창의적 지식을 활용하는 체계적이고 창조적인 활동으로서 새로운 제품 및 공정(工程)을 개발하기 위한 시제품(試製品)의 설계·제작 및 시험, 새로운 서비스 및 서비스 전달체계의 개발 등 사업화 전까지의 모든 과정’이라고 규정하고 있다.

위 각 규정의 내용에 비추어 보면 구 조세특례제한법 제9조 제5항이 규정하고 있는 “연구개발”이란 ‘과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동’, ‘지식을 축적하거나 새로운 응용방법을 찾아내기 위한 활동’, ‘체계적이고 창조적인 활동’에 해당할 것을 그 핵심적인 지표로 한다. 따라서 순수한 기초연구활동뿐만 아니라 과학기술의 연구 및 성과를 기업생산활동에 적용하는 방법을 찾아내는 활동도 연구개발의 범주에 포함될 수 있겠지만, 기존에 이미 상용화·사업화된 기술 수준을 벗어나지 못하고 이를 다소 보완 또는 변형함으로써 약간의 효율성이나 편리함을 더하였거나, 특정 소비자의 기호에 맞추어 주관적인 만족도를 높이는 정도의 것이 아닌, 기존의 제품이나 기술과 획기적인 차별성이 인정되는 새로운 제품이나 기술의 개발을 목적으로 하는 연구활동이어야 “연구개발”에 해당한다.

다) 프라스카티 매뉴얼에 의하면, 새롭고, 창의적이고, 불확실하고, 체계적이고, 이전 가능하거나 재현 가능한 활동만이 연구개발 활동에 해당한다. 연구개발은 혁신(신제품이나 상당히 개선된 제품을 시장에 출시하거나 또는 시장에 제품을 출시할 때 신규 프로세스나 상당히 개선된 프로세스를 활용하는 것)활동의 일부일 수 있지만, 아닐 수도 있다. 소프트웨어 개발 프로젝트가 연구개발로 분류되기 위해서는 해당 프로젝트의 종결이 과학적 또는 기술적 진보를 이룰 수 있어야 하고, 프로젝트의 목적이 과학적 또는 기술적 불확실성의 체계적인 해소여야 한다. 기존 소프트웨어 프로그램이나 체계에 대한 업그레이드 또는 수정 작업도 위와 같은 결과와 목적을 구비한다면 연구개발로 분류될 수 있으나, 그에 미치지 않는 응용이나 개선 수준에서 이미 개발된 소프트웨어 도구를 이용하여 기업용 소프트웨어나 정보시스템을 개발하는 정도의 것은 연구개발에 해당하지 않는다고 할 것이다(피고 2019. 8. 26.자 준비서면 참고자료 10).

라) 앞서 본 이 사건 시스템의 수행 기능들을 놓고 살필 때, 이 사건 시스템은 이와 유사한 기능을 수행하는 대부분의 솔루션들이 이미 개발되어 있는 상태에서, 위 솔루션들을 응용 또는 개선하는 방식으로 개발된 것이라 할 수 있다.

마) 이미 개발되어 있는 기존 소프트웨어의 응용이나 개선이 항상 확실히 성공한다고 단언할 수는 없겠으나 위 솔루션들의 성능, 수준, 활용가능성 등에 비추어 그에 기초한 최적화된 시스템의 개발이 과학적 또는 기술적 불확실성의 체계적인 해소를 위한 연구개발이라고 보기 어렵다. 실제로 다수의 금융기관이 비슷한 시기에 위탁개발방식으로 이 사건 시스템과 유사한 역할을 수행하는 차세대 시스템을 구축하였는데, 이 사건 시스템은 수행하는 기능이나 역할의 측면에서 다른 금융기관 등이 구축한 차세대 시스템과 본질적으로 다르지 않다. 또한 원고가 수탁사(재수탁사를 포함한다, 이하 같다)와 체결한 이 사건 시스템 개발 관련 계약에 ‘완료 기한’이나 이를 지키지 못하였을 경우 수탁사가 배상하여야 할 ‘지체상금’ 등이 정해져 있었던 점에 비추어, 원고나 수탁사의 입장에서 개발의 전면적인 실패 또는 포기 가능성이 크지 않았던 것으로 보이는바, 이 사건 시스템의 개발은 실패의 위험이나 비효율을 감수한 활동을 전제로 하는 연구개발비 세액공제제도의 근본 취지에 맞지 않다.

바) 수탁사와의 계약은 그 수탁사가 기술적·경험적으로 제공 가능한 시스템을 개발하여 이를 약정한 공급기한 내에 공급하는 것을 내용으로 하는 것으로서, 연구개발이라는 ‘하는 채무’를 목적으로 하는 계약이 아니라 물품(시스템)공급이라는 ‘주는 채무’를 목적으로 하는 계약이므로, 그 비용 중 연구개발에 투입된 비용을 상정하기가 쉽지 않고, 일부 비용이 그에 해당한다고 하더라도 이를 특정하기가 불가능하다.

3) 이 사건 시스템의 개발이 서비스 활동인지

가) 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합하는바, 쟁점 세액공제 규정의 ‘새로운 서비스의 전달체계’는 서비스의 제공자가 서비스를 소비자에게 전달하는 체계, 곧 서비스가 소비자에게 도달하기까지의 모든 과정에 갖추어진 체계를 의미한다고 해석함이 타당하다. 따라서 서비스의 제공자가 효율적으로 서비스를 제공하고 소비자가 편리하게 서비스를 이용할 수 있는 설비를 새로 개발한다면 이는 ‘새로운 서비스의 전달체계’ 개발에 해당한다고 할 것이다.

나) 앞서 본 바와 같이 이 사건 시스템은 원고의 상품·서비스 개발 및 전산화, 서버 안정화, 다양한 채널 확보, 고객정보 관리 및 맞춤형 서비스 제공 등 보험 관련 업무를 효율적으로 운영하여 더 나은 서비스를 고객에게 제공하기 위한 전산시스템인바, 원고가 제공하는 보험 관련 서비스의 새로운 전달체계임이 분명해 보인다.

4) 소결론

쟁점 금원은 과학기술 활동과 결합되지 아니한 서비스 활동의 위탁비용이므로 세액공제의 대상이 되지 않는다.

나. 쟁점 예외규정의 적용 가부

1) 쟁점 예외규정의 해석

구 조세특례제한법 제9조 제2항 제1호는 ‘연구·인력개발에 필요한 비용 중 대통령령으로 정하는 비용’을 연구개발비로 규정하고 있고, 그 위임을 받은 구 조세특례제한법 시행령 제8조 제1항 [별표 6]은 세액공제의 대상이 되는 연구개발비를 구체적으로 규정하고 있다. 따라서 구 조세특례제한법 제9조 제5항이 규정한 과학기술 활동이나 서비스 활동의 요건을 충족한다 하더라도 구 조세특례제한법 시행령 제8조 제1항 [별표 6]에 부합하지 않는 비용은 세액공제의 대상이 될 수 없다. 갑 제4호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 아래와 같은 쟁점 예외규정의 개정 연혁 및 입법 취지, 이에 비추어 알 수 있는 사정들을 종합적으로 고려해 보면, 쟁점 예외규정(‘전사적 기업자원 관리설비 등 시스템’)은 ‘전사적 기업자원 관리설비 및 그와 유사한 시스템’을 의미하고, ‘그와 유사한 시스템’은 기능적으로 ‘기업의 업무를 효율화하는 시스템으로서 그 개발위탁비용이 범용화된 시스템의 구입·응용 또는 개선을 위한 것으로 평가될 수 있는 것’을 의미한다고 봄이 타당하다.

가) 쟁점 예외규정이 도입되기 이전에는 금융·보험업을 영위하는 법인의 전사적 기업자원 관리설비에 대한 연구개발비 세액공제를 인정하는 과세관청의 유권해석 사례가 있었으나, 2009년경부터 금융·보험업 이외의 다른 사업을 영위하는 법인에 대하여 전사적 기업자원 관리설비가 연구개발비 세액공제의 대상이 되지 않는다는 유권해석이 나오기 시작하였고, 2010. 2. 18. 대통령령 제22037호로 개정된 조세특례제한법 시행령은 쟁점 예외규정을 도입하여 모든 업종의 ‘전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용’을 세액공제 대상에서 제외하였다. 위 개정 취지는 국세청이 발간한 ‘개정세법 해설’에 의하면 “ERP 등 시스템개발 위탁비용이 제외된다는 것을 ‘명문화’하였다”는 것이고, 기획재정부가 발간한 ’2010년 세제개편 주요내용‘에 의하면 ‘ERP 도입비용에 대하여는 명확한 규정이 없어 실무상으로는 위탁 R&D 비용의 일종으로 해석하여 운용해 왔으나, ERP 도입비용은 소프트웨어 구입비용의 일종인 단순 자산취득비용으로서 R&D 비용으로 보기 곤란하고, ERP 위탁비용은 생산성향상투자세액공제(2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 구 조세특례제한법 제24조 제1항 제4호)의 적용 대상이므로 R&D 세액공제 대상으로 보는 경우 중복지원 결과를 초래하게 되어 이를 세액공제 대상에서 제외한다’는 것이다.

나) 2000. 12. 29. 법률 제6297호로 개정되어 2001. 1. 1. 시행된 조세특례제한법 제24조 제1항은 전사적 기업자원 관리설비(제4호), 전자상거래설비(제5호)2)를, 2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정되어 2003. 1. 1. 시행된 조세특례제한법 제24조 제1항은 공급망관리 시스템설비(제6호), 고객관계관리 시스템설비(제7호)3)를 각 세액공제의 대상이 되는 생산성향상시설로 추가하였는데, 위 법률 제6762호의 개정 취지는 ‘ERP(전사적 기업자원 관리설비)와 유사한 정보화투자인 SCM(공급망관리 시스템설비), CRM(고객관계관리 시스템설비)을 동일하게 세제지원하여 생산성 및 투명성을 제고’하기 위함이다.

2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 조세특례제한법 제24조는 생산성 향상시설로 전사적 기업자원 관리설비(제4호), 전자상거래설비(제5호), 공급망관리 시스템설비(제6호), 고객관계관리 시스템설비(제7호), 구매·주문관리·수송·생산·창고운영·재고관리·유통망 등 물류 프로세스를 전략적으로 관리하고 효율화하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형·무형의 설비로서 감가상각 기간이 2년 이상인 설비(제8호), 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인이 보유하고 있는 지식을 체계화하고 공유하기 위한 지식관리시스템 등 대통령령으로 정하는 시스템(제9호) 등에 투자하는 경우에 대한 세액공제를 규정하고 있었는데, 2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되면서 제4호와 제5호가 삭제되었다. 위 개정 취지는 ‘전사적 기업자원 관리설비 및 전자상거래설비는 2001년 지원대상에 포함되어 금융·유통·제조업 등에 상용화된 설비이므로 지원 목적이 달성되어 지원을 중단’한 것이다.

다) 협의의 ERP인 구 조세특례제한법 시행령이 정한 ‘전사적 기업자원 관리설비’ 외에 공급망관리, 고객관계관리, 제품정보관리 등의 기능과 솔루션이 더해진 ‘확장형 ERP’도 ERP로 통칭되는 점(피고의 답변서 참고자료 8), 위 각 시스템들은 기업의 업무 효율화를 도모하기 위한 것으로서 상호 간에 본질적으로 유사성이 있고, 하나의 프로그램으로 망라될 수 있으며, 구 조세특례제한법 제24조 제1항도 각 호의 시스템 생산성향상시설로서의 유사함이 있음을 전제로 개정되어 온 점 등에 비추어, ‘확장형 ERP’에 포함될 수 있는 유형의 업무 효율화 시스템 또한 쟁점 예외규정의 ‘전사적 기업자원 관리설비와 유사한 시스템’에 포함될 수 있다고 해석함이 타당하다.

라) 원고는 쟁점 예외규정이 기업 내부의 인적·물적 자원 관리 시스템에 한정하여 적용되어야 한다는 취지로 주장한다. 그러나 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합할 뿐 아니라, 기존에 금융·보험업과 연관된 협의의 ERP가 최초로 개발되는 과정에서는 연구개발 위탁비용 세액공제가 인정되기도 하였으나, 그와 같은 시스템이 널리 채택되고 범용화됨에 따라 세액공제 등을 통한 지원을 계속할 필요성이 감소한 점, ‘연구개발’의 측면에서 동종 업체들이 본질적으로 유사한 기능을 하는 업무 효율화 시스템을 갖추기 위하여 지출하는 위탁비용까지 전부 세액공제의 대상에 포함시키는 것은 ‘불확실하였던 과학적·기술적 진전을 새로이 이루어내는 연구개발’을 장려하는 쟁점 세액공제의 취지에 부합하지 않는 점 등에 비추어, 원고의 주장과 같이 감면예외요건을 좁게(곧, 특혜규정을 넓게) 해석하기는 어렵다.

2) 구체적 판단

이 사건 시스템은 본질적으로 원고의 업무수행을 효율화하기 위한 것임이 분명해 보이고, 전자상거래, 고객관계 관리 및 상품개발 등의 기능이 통합되어 있으며, 이 사건 시스템의 개발이 과학적·기술적 불확실성의 체계적인 해소를 위한 것이었다고 보기 어려운바, 앞서 본 바와 같은 사정들에 비추어 보면, 이 사건 시스템을 ‘전사적 기업자원 관리설비 및 그와 유사한 시스템’에 해당한다고 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 시스템에 관한 위탁비용은 쟁점 예외규정에 의하여 쟁점 세액공제 대상에서 제외된다.

다. 소결론

이 사건 시스템 개발은 쟁점 세액공제 규정의 요건을 충족하지 못하거나, 쟁점 예외규정에 해당하여 쟁점 세액공제의 대상에서 제외된다. 따라서 원고의 주장은 세액공제액에 관한 당사자의 나머지 주장에 관하여 더 살필 것 없이 이유 없다.

5. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

별지3

관계 법령

■ 구 조세특례제한법(2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것)

제24조(생산성향상시설 투자 등에 대한 세액공제)

① 내국인이 생산성향상을 도모하기 위하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설에 2012년 12월 31일까지 투자(중고품에 의한 투자는 제외한다)하는 경우에는 그 투자금액의 100분의 3(중소기업의 경우에는 100분의 7)에 상당하는 금액을 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. <개정 2000.12.29, 2001.12.29, 2002.12.11, 2003.12.30, 2004.12.31, 2006.12.30, 2007.12.31, 2010.1.1>

1. 공정(工程) 개선 및 자동화 시설 중 대통령령으로 정하는 시설

2. 첨단기술설비 중 대통령령으로 정하는 설비

3. 삭제 <2000.12.29>

4. 전자적 기업자원관리설비

5. 전자상거래설비

6. 자재조달·생산계획·재고관리 등 공급망을 전자적 형태로 관리하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형·무형의 설비로서 감가상각기간이 2년 이상인 설비(이하 "공급망관리 시스템설비"라 한다)

7. 고객자료의 통합·분석, 마케팅 등 고객관계를 전자적 형태로 관리하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형·무형의 설비로서 감가상각기간이 2년 이상인 설비(이하 "고객관계관리 시스템설비"라 한다)

8. 구매·주문관리·수송·생산·창고운영·재고관리·유통망 등 물류 프로세스를 전략적으로 관리하고 효율화하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형·무형의 설비로서 감가상각 기간이 2년 이상인 설비

9. 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인이 보유하고 있는 지식을 체계화하고 공유하기 위한 지식관리시스템 등 대통령령으로 정하는 시스템

■ 구 조세특례제한법(2011. 12. 31. 법률 제11133호로 개정되어 2012. 1. 1. 시행되기 전의 것)

제9조(연구·인력개발준비금의 손금산입)

① 내국인이 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 연구개발 및 인력개발(이하 "연구·인력개발"이라 한다)에 필요한 비용에 충당하기 위하여 연구·인력개발준비금을 적립한 경우에는 해당 과세연도의 수입금액(「법인세법」 제43조의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다)에 100분의 3을 곱하여 산출한 금액의 범위에서 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 해당 금액을 손금에 산입한다.

② 제1항에 따라 손금에 산입한 연구·인력개발준비금은 다음 각 호에 따라 익금에 산입한다.

1. 해당 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 끝나는 날까지 연구·인력개발에 필요한 비용 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 "연구·인력개발비"라 한다)에 사용한 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 해당 과세연도의 개월 수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다.

⑤ 제1항에 따른 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동을 말하고, 인력개발은 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육·훈련시키는 활동을 말하며 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다.

■ 구 조세특례제한법(2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정되어 2015. 1. 1. 시행되기 전의 것)

제5조의2(중소기업 정보화 지원사업에 대한 과세특례)

대통령령으로 정하는 중소사업자가 「중소기업기술혁신 촉진법」 제18조, 「산업기술혁신 촉진법」 제19조 및 「정보통신산업 진흥법」 제44조제1항에 따라 2015년 12월 31일까지 지급받는 중소기업 정보화 지원사업을 위한 출연금 등을 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 설비에 투자하는 경우에는 그 투자금액을 「소득세법」 제32조 및 「법인세법」 제36조를 준용하여 손금에 산입할 수 있다. <개정 2013. 1. 1.>

1. 구매·설계·건설·생산·재고·인력 및 경영정보 등 기업의 인적·물적 자원을 전자적 형태로 관리하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형·무형의 설비로서 감가상각 기간이 2년 이상인 설비(이하 "전사적(全社的) 기업자원 관리설비"라 한다)

2. 전자적 형태로 수요예측·수주(受注)·용역제공·상품판매·배송·대금결제·고객관리 등을 하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형·무형의 설비로서 감가상각 기간이 2년 이상인 설비(이하 "전자상거래설비"라 한다)

3. 제1호와 제2호 외에 기업의 정보화에 사용되는 설비로서 대통령령으로 정하는 설비

[전문개정 2010. 1. 1.]

제9조(연구·인력개발준비금의 손금산입)

① 내국인이 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 연구개발 및 인력개발(이하 "연구·인력개발"이라 한다)에 필요한 비용에 충당하기 위하여 연구·인력개발준비금을 적립한 경우에는 해당 과세연도의 수입금액(「법인세법」 제43조의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 제10조에서 같다)에 100분의 3을 곱하여 산출한 금액의 범위에서 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 해당 금액을 손금에 산입한다. <개정 2011.12.31>

② 제1항에 따라 손금에 산입한 연구·인력개발준비금은 다음 각 호에 따라 익금에 산입한다. <개정 2011.12.31>

1. 해당 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 끝나는 날까지 연구·인력개발에 필요한 비용(새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다) 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 "연구·인력개발비"라 한다)에 사용한 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 해당 과세연도의 개월 수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다.

2. 손금에 산입한 준비금이 제1호에 따라 익금에 산입할 금액을 초과하면 그 초과하는 부분에 상당하는 준비금은 그 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다. 다만, 준비금을 손금에 산입한 후 사업계획 등이 변경되어 연구·인력개발에 사용하지 아니하게 된 금액은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도 전에 익금에 산입할 수 있다.

③ 제1항에 따라 손금에 산입한 연구·인력개발준비금이 있는 내국인에게 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하면 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니한 연구·인력개발준비금 전액을 익금에 산입한다.

1. 해당 사업을 폐업하였을 때

2. 법인이 해산하였을 때. 다만, 합병 또는 분할(분할합병을 포함한다)로 인하여 해산하는 경우로서 합병법인, 분할로 인하여 신설되는 법인 또는 분할합병의 상대방 법인이 해당 연구·인력개발준비금을 승계한 때에는 그러하지 아니하다.

④ 제2항제2호 또는 제3항에 따라 연구·인력개발준비금을 익금에 산입하는 경우 해당 준비금 중 연구·인력개발에 사용하지 아니한 금액에 상당하는 준비금에 대해서는 해당 과세연도 과세표준신고를 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 하며 해당 세액은 「소득세법」 제76조 또는 「법인세법」 제64조에 따라 납부하여야 할 세액으로 본다.

⑤ 제1항에 따른 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하고, 인력개발은 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육·훈련시키는 활동을 말하며 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다. <개정 2011.12.31>

⑥ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 연구·인력개발준비금 명세서를 제출하여야 한다.

[전문개정 2010.1.1]

제10조(연구·인력개발비에 대한 세액공제)

① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2015년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다. <개정 2010.12.27, 2011.12.31, 2013.1.1, 2014.1.1>

1. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비(이하 이 조에서 "신성장동력연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

2. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 "원천기술연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 원천기술연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구·인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구·인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액

가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비를 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액

나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액 1) 중소기업인 경우: 100분의 25 2) 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우: 다음의 구분에 따른 비율 가) 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 15 나) 가)의 기간 이후부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 10 3) 대통령령으로 정하는 중견기업이 2)에 해당하지 아니하는 경우: 100분의 8 4) 1)부터 3)까지의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우: 다음 계산식에 따른 비율(100분의 4를 한도로 한다)

100분의 3 + 해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구·인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1

② 제1항제3호에 따른 4년간의 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

③ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.

④ 제1항제1호 및 제2호를 적용받으려는 내국인은 일반연구·인력개발비와 신성장동력연구개발비, 원천기술연구개발비를 대통령령이 정하는 바에 따라 구분경리(구분경리)하여야 한다.

[전문개정 2010.1.1]

제24조(생산성향상시설 투자 등에 대한 세액공제)

① 내국인이 생산성 향상을 위하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설에 2017년 12월 31일까지 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다)하는 경우에는 그 투자금액의 100분의 3(대통령령으로 정하는 중견기업의 경우에는 100분의 5, 중소기업의 경우에는 100분의 7)에 상당하는 금액을 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. <개정 2000.12.29, 2001.12.29, 2002.12.11, 2003.12.30, 2004.12.31, 2006.12.30, 2007.12.31, 2010.1.1, 2010.12.27, 2013.1.1, 2014.12.23>

1. 공정(工程) 개선 및 자동화 시설 중 대통령령으로 정하는 시설

2. 첨단기술설비 중 대통령령으로 정하는 설비

3. 삭제 <2000.12.29>

4. 삭제 <2010.12.27>

5. 삭제 <2010.12.27>

6. 자재조달·생산계획·재고관리 등 공급망을 전자적 형태로 관리하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형·무형의 설비로서 감가상각기간이 2년 이상인 설비(이하 "공급망관리 시스템설비"라 한다)

7. 고객자료의 통합·분석, 마케팅 등 고객관계를 전자적 형태로 관리하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형·무형의 설비로서 감가상각기간이 2년 이상인 설비(이하 "고객관계관리 시스템설비"라 한다)

8. 구매·주문관리·수송·생산·창고운영·재고관리·유통망 등 물류 프로세스를 전략적으로 관리하고 효율화하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형·무형의 설비로서 감가상각 기간이 2년 이상인 설비

9. 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인이 보유하고 있는 지식을 체계화하고 공유하기 위한 지식관리시스템 등 대통령령으로 정하는 시스템

② 중소기업이 생산성 향상을 위하여 타인이 보유한 제1항제6호 및 제7호에 해당하는 설비를 2017년 12월 31일까지 인터넷을 통하여 이용하는 경우에는 그 이용비용의 100분의 7에 상당하는 금액을 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. <개정 2010.1.1, 2010.12.27, 2013.1.1, 2014.12.23>

③ 제1항 또는 제2항에 따른 세액공제의 방법에 관하여는 제11조제1항·제3항 및 제4항을 준용한다. <개정 2010.1.1>

④ 제1항 및 제2항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다. <개정 2010.1.1>

[제목개정 2010.1.1]

■ 조세특례제한법

제10조(연구·인력개발비에 대한 세액공제)

⑤ 제1항을 적용할 때 새로운 서비스 및 서비스전달체계를 개발하기 위한 활동에 지출한 금액 중 과학기술분야와 결합되어 있지 아니한 금액에 대해서는 자체 연구개발에 지출한 것에 한정한다. <신설 2019. 12. 31.>

■ 구 조세특례제한법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것)

[별표 6]

연구·인력개발비세액공제를 적용받는 비용(제8조제1항관련)

구분

비용

1. 연구개발

가. 자체연구개발

①연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 전담부서(이하 "전담부서"라 한다)에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령이 정하는 자의 인건비

②전담부서에서 연구용으로 사용하는 견본품·부품·원재료와 시약류구입비(시범제작에 소요되는 외주가공비를 포함한다)

③전담부서에서 직접 사용하기 위한 연구·시험용 시설(제10조제1항의 규정에 의한 시설을 말한다. 이하 같다)의 임차 또는 나목ⓛ에 규정된 기관의 연구·시험용 시설의 이용에 필요한 비용

나. 위탁 및 공동연구개발

①다음의 기관에게 연구개발용역 등을 위탁함에 따른비용 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용

㉮고등교육법에 의한 대학 또는 전문대학

㉯국·공립연구기관

㉰정부출연연구기관

㉱과학기술분야를 연구하는 국내외의 비영리법인(비영리법인에 부설된 연구기관을 포함한다)

㉲국내외 기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 전담부서

㉳산업기술연구조합육성법에 의한 산업기술연구조합

㉴산업디자인진흥법에 의한 한국디자인진흥원

㉵「국가과학기술 경쟁력강화를 위한 이공계지원특별법」에 의한 연구개발서비스업을 영위하는 기업

㉶「산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률」에 의한 산학협력단

㉷한국표준산업분류표상 기술시험·검사 및 분석업을 영위하는 기업

②고등교육법에 의한 대학 또는 전문대학에 소속된 개인(조교수 이상에 한한다)에게 연구개발용역을 위탁함에 따른 비용

■ 구 조세특례제한법 시행령(2015. 2. 3. 대통령령 제26070호로 개정되기 전의 것)

제8조(연구 및 인력개발준비금의 범위 등)

① 법 제9조제2항제1호에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 법 제9조제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 비용은 제외한다. <개정 2012.2.2, 2013.2.15>

1. 법 제10조의2에 따른 연구개발출연금등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액

2. 국가, 지방자치단체, 「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 공공기관 및 「지방공기업법」에 따른 지방공기업으로부터 연구개발 등을 목적으로 출연금 등의 자산을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액

② 제1항의 연구개발에는 다음 각 호의 활동을 포함하지 아니한다. <개정 2012.2.2>

1. 일반적인 관리 및 지원활동

2. 시장조사와 판촉활동 및 일상적인 품질시험

3. 반복적인 정보수집 활동

4. 경영이나 사업의 효율성을 조사·분석하는 활동

5. 특허권의 신청·보호 등 법률 및 행정 업무

6. 광물 등 자원 매장량 확인, 위치확인 등을 조사·탐사하는 활동

7. 위탁받아 수행하는 연구활동

③ 법 제9조제4항에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액"이란 제1호의 금액에 제2호의 기간과 제3호의 율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. <개정 2012.2.2>

1. 연구·인력개발준비금을 손금에 산입한 과세연도에 그 준비금을 손금에 산입하지 아니하고 계산한 소득세액 또는 법인세액에서 그 준비금을 손금에 산입하여 계산한 소득세액 또는 법인세액을 뺀 금액

2. 손금에 산입한 과세연도의 다음 과세연도의 개시일부터 익금에 산입한 과세연도의 종료일까지의 기간

3. 1일 1만분의 3

④ 법 제9조제1항을 적용받으려는 내국인은 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 연구·인력개발준비금 명세서를 제출하여야 한다. <개정 2012.2.2>

[본조신설 2009.2.4]

제9조(연구 및 인력개발비에 대한 세액공제)

① 법 제10조제1항제1호에서 "대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 비용(이하 이 조에서 "신성장동력연구개발비"라 한다)을 말한다. 다만, 제8조제1항 각 호에 해당하는 비용은 제외한다. <개정 2012.2.2, 2013.2.15>

1. 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서에서 별표 7에 따른 신성장동력산업 분야별 대상기술의 연구개발업무(이하 이 조에서 "신성장동력산업연구개발업무"라 한다)에 종사하는 연구원 및 이들의 연구개발업무를 직접적으로 지원하는 사람에 대한 인건비. 다만, 기획재정부령으로 정하는 사람에 대한 인건비는 제외한다.

2. 신성장동력산업연구개발업무를 위하여 사용하는 견본품, 부품, 원재료와 시약류 구입비

② 법 제10조제1항제2호에서 "대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 비용(이하 이 조에서 "원천기술연구개발비"라 한다)을 말한다. 다만, 제8조제1항 각 호에 해당하는 비용은 제외한다. <개정 2012.2.2, 2013.2.15>

1. 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서에서 별표 8에 따른 원천기술 분야별 대상기술의 연구개발업무(이하 이 조에서 "원천기술연구개발업무"라 한다)에 종사하는 연구원 및 이들의 연구개발업무를 직접적으로 지원하는 사람에 대한 인건비. 다만, 기획재정부령으로 정하는 사람에 대한 인건비는 제외한다.

2. 원천기술연구개발업무를 위하여 사용하는 견본품, 부품, 원재료와 시약류 구입비

③ 법 제10조제1항제3호나목에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우"란 제2조제2항 각 호 외의 부분 본문 및 같은 조 제5항에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도가 경과한 경우를 말한다. <신설 2010.12.30>

④ 법 제10조제1항제3호나목에서 "대통령령으로 정하는 중견기업"이란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업을 말한다. <신설 2013.2.15, 2013.11.29>

1. 중소기업이 아닐 것

2. 제2조제1항에 따른 업종을 주된 사업으로 영위할 것

3. 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하지 아니할 것

4. 직전 3개 과세연도의 매출액(매출액 계산방법은 제2조제1항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 조 제4항에 따른 계산방법과 같고, 과세연도가 1년 미만인 과세연도의 매출액은 1년으로 환산한 매출액을 말한다)의 평균금액이 5천억원 미만인 기업일 것

⑤ 법 제10조제2항에 따른 4년간의 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. <개정 2012.2.2, 2013.2.15>

해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 합계액/해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구·인력개발비가 발생한 과세연도의 수(그 수가 4 이상인 경우 4로 한다)×해당 과세연도의 개월 수/12

⑥ 제5항의 계산식 중 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 합계액을 계산할 때 합병법인, 분할신설법인, 분할합병의 상대방법인, 사업양수법인 또는 기획재정부령으로 정하는 현물출자를 받은 법인(이하 이 항에서 "합병법인등"이라 한다)의 경우에는 합병, 분할, 분할합병, 사업양도 또는 기획재정부령으로 정하는 현물출자(이하 이 항에서 "합병등"이라 한다)를 하기 전에 피합병법인, 분할법인, 사업양도인 또는 현물출자자(이하 이 항에서 "피합병법인등"이라 한다)로부터 발생한 일반연구·인력개발비는 합병법인등에서 발생한 것으로 본다. 다만, 피합병법인등이 운영하던 사업의 일부를 승계한 경우에는 피합병법인등에서 합병등을 하기 전에 발생한 일반연구·인력개발비에 각 사업연도의 승계사업의 매출액이 총매출액에서 차지하는 비율과 각 사업연도말 승계사업의 자산가액이 총자산가액에서 차지하는 비율 중 큰 것을 곱한 금액을 피합병법인등에서 발생한 일반연구·인력개발비로 본다. <개정 2010.12.30, 2013.2.15>

⑦ 제5항의 계산식을 적용할 때 개월 수는 월력에 따라 계산하되, 과세연도 개시일이 속하는 달이 1개월 미만인 경우에는 1개월로 하고, 과세연도 종료일이 속하는 달이 1개월 미만인 경우에는 산입하지 아니한다. <개정 2010.12.30, 2013.2.15>

⑧ 법 제10조제1항제1호 및 제2호를 적용받으려는 내국인은 신성장동력연구개발비, 원천기술연구개발비 및 일반연구·인력개발비를 각각 별개의 회계로 구분경리하여야 한다. 이 경우 신성장동력연구개발비 또는 원천기술연구개발비가 일반연구·인력개발비와 공통되는 경우에는 해당 비용 전액을 일반연구·인력개발비로 한다. <개정 2010.12.30, 2013.2.15>

⑨ 법 제10조제1항을 적용받으려는 내국인은 과세표준신고를 할 때 기획재정부령으로 정하는 세액공제신청서, 연구및인력개발비명세서 및 연구개발계획서 등 증거서류를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. <개정 2010.12.30>

⑩ 내국인이 지출한 연구개발비가 신성장동력연구개발비 및 원천기술연구개발비에 해당되는지에 관한 사항을 심의하기 위하여 기획재정부장관 소속으로 신성장동력산업및원천기술연구개발심의위원회를 둘 수 있다. <개정 2010.12.30>

⑪ 제10항에 따른 신성장동력산업및원천기술연구개발심의위원회의 구성 및 운영 등에 필요한 사항은 기획재정부장관이 정한다. <개정 2010.12.30>

[전문개정 2010.2.18]

[별표 6]

연구·인력개발비 세액공제를 적용받는 비용(제8조제1항 관련)

구분

비용

1. 연구개발

나. 위탁 및 공동연구개발

1) 다음의 기관에 과학기술 분야의 연구개발용역을 위탁(재위탁을 포함한다)함에 따른 비용(전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다. 이하 이 목에서 같다) 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용

가) 「고등교육법」에 따른 대학 또는 전문대학

나) 국공립연구기관

다) 정부출연연구기관

라) 국내외의 비영리법인(비영리법인에 부설된 연구기관을 포함한다)

마) 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서등(전담부서등에서 직접 수행한 부분에 한정한다)

바) 「산업기술연구조합 육성법」에 따른 산업기술연구조합

사)「국가과학기술 경쟁력강화를 위한 이공계지원특별법」에 따른 연구개발서비스업을 영위하는 기업

아)「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력단

자) 한국표준산업분류표상 기술시험·검사 및 분석업을 영위하는 기업

2) 「고등교육법」에 따른 대학 또는 전문대학에 소속된 개인(조교수 이상에 한정한다)에게 과학기술분야의 연구개발용역을 위탁함에 따른 비용

■ 구 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령(2016. 9. 22. 대통령령 제27506호로 개정되기 전의 것)

제2조(정의)

이 영에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. <개정 2012.2.29>

5. "연구개발활동"이란 과학기술 분야 또는 별표 1의 지식기반서비스 분야의 지식을 축적하거나 새로운 응용방법을 찾아내기 위하여, 축적된 창의적 지식을 활용하는 체계적이고 창조적인 활동으로서 새로운 제품 및 공정(工程)을 개발하기 위한 시제품(試製品)의 설계·제작 및 시험, 새로운 서비스 및 서비스 전달체계의 개발 등 사업화 전까지의 모든 과정을 말한다.

끝.

1) 일부는 ㈜***씨엔에스에 재위탁되었다.

2) 구 조세특례제한법 제5조의2의 전사적 기업자원 관리설비, 전자상거래설비에 관한 각 정의규정은 2007. 12. 31. 법률 제8827호로 개정된 조세특례제한법에서 신설되었다.

3) 제6, 7호의 정의규정은 2007. 12. 31. 법률 제8827호로 개정된 조세특례제한법에서 신설되었다.