부산지방법원-2019-구합-21031 (2020.05.08)

사 건

2019구합21031 법인세등부과처분취소

원 고

주식회사 ○○○○

피 고

□□□세무서장

변 론 종 결

2020. 4. 3.

판 결 선 고

2020. 5. 8.

주 문

1. 이 사건 소 중 피고가 2018. 9. 28. 원고에 대하여 한 2009년도 법인세 11,934,300원, 2010년도 법인세 14,968,980원, 2011년도 법인세 17,218,590원, 2012년도 법인세 13,653,660원에 대한 각 경정거부처분 및 피고가 2018. 11. 20. 원고에 대하여 한 2009년 근로소득세 74,686,950원, 2011년 근로소득세 148,421,440원, 2012년 근로소득세 10,258,590원에 대한 각 경정거부처분의 각 취소를 구하는 부분을 각하한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

피고가, ① 2018. 6. 1. 원고에 대하여 한 2013년도 법인세 11,128,410원 및 2014년도 법인세 73,658,410원, 2015년도 법인세 231,877,170원의 부과처분, ② 2018. 9. 28. 원고에 대하여 한 2009년도 법인세 11,934,300원, 2010년도 법인세 14,968,980원, 2011년도 법인세 17,218,590원, 2012년도 법인세 13,653,660원, 2016년도 법인세 24,787,850원에 대한 경정거부처분, ③ 2018. 11. 20. 원고에 대하여 한 2009년 근로소득세 74,686,950원, 2011년 근로소득세 148,421,440원, 2012년 근로소득세 10,258,590원, 2016년 근로소득세 88,360원에 대한 경정거부처분을 각 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고의 지위

원고는 자동차부품 제조업을 영위하고 있는 법인이다.

나. 피고의 원고에 대한 1차 해명자료 제출요청 및 원고의 소득세 수정신고․납부

1) 피고는 원고로부터 제출받은 2013 ~ 2015사업연도 법인세 신고 서류를 검토한후 2016. 7. 14. 원고에 대하여 아래와 같이(표‘해명자료 안내’생략함) 자료를 제출할 것을 요청하였다(이하 ‘이사건 1차 제출요청’이라 한다).

2) 이에 대하여 원고는 당초 사업소득으로 신고하였던 황AA의 해외영업수당을 근로소득으로 보아 2016. 10. 4. 2013년 59,621,362원, 2014년 89,664,184원, 2015년 147,916,753원을 근로소득 원천징수분에 합산하여 피고에 대하여 수정신고하고, 2013년 7,615,500원, 2014년 18,406,060원, 2015년 38,317,320원의 소득세를 납부하였다.

다. 피고의 원고에 대한 2차 해명자료 제출요청

이후 □□지방국세청장이 피고에 대한 종합감사를 실시하는 과정에서, 피고는 2016. 10. 18. 원고에 대하여 2015사업연도의 원고 대표이사 김BB의 정산퇴직급여 1,078,289,000원의 지급 적정여부에 관하여 사실확인에 필요한 관련 장부 및 증빙서류를 제출할 것을 요구(이하 ‘이 사건 2차 제출요청’이라 한다)하였고, 이에 원고는 관련 해명자료를 제출하였으며, 피고는 이에 대하여 별도의 부과처분을 하지는 않았다.

라. 원고에 대한 통합조사 실시 및 법인세 부과처분

1) □□□세무서장은 2018. 1. 18. 국세기본법 제81조의6 제3항 제4호에 따라 원고의 2013사업연도부터 2015사업연도까지의 기간에 대한 통합조사(이하 이와 같이 실시된 세무조사를 ‘이 사건 세무조사’라 한다)를 실시하여 다음과 같은 사실을 확인하였다.

가) 원고는 2009년부터 2013년까지에 걸쳐 주식회사 CCCC티앤씨(이하 ‘CCCC티앤씨’라 한다)와 주식회사 경D[2009. 11. 11. ‘EE개발 주식회사(이하 ’EE개발‘이라 한다)’에서 회사명 변경, 이하 ‘경D’이라 한다] 및 주식회사 GG지씨[2012. 10. 23. ‘주식회사 HH종합물류(이하 ’HH종합물류‘라 한다)에서 회사명 변경, 이하 ‘GG지씨’라 한다]에 대하여 투자금 명목으로 합계 16억 원을 입금하고, 2009년 5억 원, 2011년 7억 원, 2013년 4억 원을 각 해당 사업연도에 투자유가증권(투자자산)으로 장부에 계상하였다.

나) 원고의 대표이사 김BB은 원고가 위와 같이 각 투자처에 투자금 명목으로 지급한 금액을 아래 표(생략함) 기재와 같이 다시 개인 명의의 계좌로 입금받았다.

2) 피고는 □□□세무서장의 통보에 따라 원고의 당초 투자금 16억 원 중 실제 주식을 취득하여 투자지분이 확인되는 HH종합물류 및 GG지씨에 대한 투자금 9,000만 원만을 투자금으로 인정하고, 나머지 금액 중 투자금 회수 명목으로 원고 계좌에 입금된 7억 원은 원고의 대표이사 김BB에 대한 가지급금으로 보아 회수된 날까지의 가지급금 인정이자를 익금산입하고, 나머지 투자금으로 계상하였다가 유가증권처분손실처리한 8억 1,000만 원에 대하여는 대표이사 김BB에 대한 상여처분 대상으로 판단하여, 세무조사 대상 기간인 2013사업연도부터 2015사업연도까지의 투자금 허위계상액은 익금산입후 상여처분하고, 회수처리 명목으로 원고의 계좌에 입금된 금원에 대해서는 가지급금 인정이자 익금산입 및 관련 지급이자 손금불산입하여 법인세 과세표준 및 세액을 경정․결정하여, 2018. 6. 1. 원고에 대하여 2013년도 법인세 11,128,410원, 2014년도 법인세 73,658,410원, 2015년도 법인세 231,877,170원을 경정․고지하였다(이하 ‘이 사건 법인세 부과처분’이라 한다).

마. 원고의 법인세 및 대표이사에 대한 근로소득세 원천징수분 수정 신고

한편 원고는 2018. 3. 6. 2009사업연도부터 2012사업연도 및 2016사업연도 법인세 신고분에 대하여 CCCC티앤씨 등에 대한 투자유가증권을 가공자산으로 보고 이를 대표이사에 대한 가지급금으로 보아 인정이자 및 지급이자 등을 손금불산입하거나 손실로 처리한 부분을 손금불산입하여 수정신고(일반과소신고가산세 적용)하였고, 위 수정신고에 따라 대표이사 김BB에 대한 인정상여 소득처분에 대해서도 2010년, 2012년, 2013년, 2016년 귀속 원천징수분 근로소득세 수정신고를 하였다.

바. 피고의 원고에 대한 징수처분

1) 원고가 위 법인세 및 원천징수분 근로소득세 수정신고에 따른 추가 납부세액을 납부하지 않자, 피고는 원고가 투자유가증권을 허위로 계상하여 법인세를 탈루한 것은 사기 기타 부정한 행위에 해당한다고 보아 원고에게 부당과소신고 가산세를 적용하여 2018. 5. 8. 2011년도 법인세 17,218,590원 및 2012년도 법인세 13,653,660원에 대하여, 2018. 6. 1. 2009년도 법인세 11,934,300원 및 2010년도 법인세 14,968,980원, 2016년도 법인세 24,787,850원에 대하여 각 무납부 경정․고지하였다(이하 ‘이 사건 법인세 징수처분’이라 한다).

2) 피고는 2018. 5. 10. 원고의 2010년 2월 귀속 원천징수분 근로소득세 74,686,950원, 2012년 2월 귀속 원천징수분 근로소득세 148,421,440원, 2018. 5. 1. 원고의 2013년 2월 귀속 원천징수분 근로소득세 10,258,590원, 2017년 2월 귀속 원천징수분 근로소득세 88,360원에 대하여 무납부 경정․고지하였다(이하 ‘이 사건 근로소득세 징수처분’이라 한다).

사. 원고의 경정청구 및 피고의 거부처분

원고는 2018. 9. 20. 2009 내지 2012년도 및 2016년도 귀속 법인세 수정신고분 및 2009년, 2011년, 2012년, 2016년 근로소득세 수정신고분에 대하여 투자유가증권과 관련한 손실처리액은 손금산입되어야 한다는 등의 이유로 피고에 대하여 경정청구(이하 ‘이 사건 경정청구’라 한다)를 하였으나, 피고는 2018. 9. 28. 원고가 2018. 9. 20. 접수한 2009 내지 2012년, 2016년 귀속 법인세 수정신고에 대한 경정청구 5건은 동일쟁점에 대하여 심판청구가 진행 중이므로 청구결과에 따라 결정하고자 기각한다고 통지하였고, 2009년, 2011년, 2012년, 2016년 근로소득세 수정신고분에 대하여는 결정기한인 2개월이 경과하도록 회신하지 않음으로써 그 경정청구를 거부하였다(이하 피고의 위와 같은 거부를 통틀어 ‘이 사건 경정거부처분’이라 한다).

아. 원고의 조세심판 청구

원고는 2018. 7. 10. 조세심판원에 이 사건 법인세 부과처분, 이 사건 법인세 징수처분, 이 사건 근로소득세 징수처분은 같은 세목 같은 과세기간에 대한 위법한 중복조사에 의한 것이고, 세무조사권이 남용된 것으로 위법하므로 취소되어야 한다는 취지로 심판청구를 하였다가 2018. 10. 4. 이 사건 법인세 징수처분에 대한 심판청구를 이 사건 경정거부처분에 대한 심판청구로 심판청구취지를 변경하였다. 조세심판원은 2018. 12. 5. 위 청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5, 7, 14호증, 을 제1 내지 6, 10 내지 15, 18호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 본안전 항변에 대한 판단

가. 본안전 항변의 요지

원고의 2009년도 법인세 11,934,300원, 2010년도 법인세 14,968,980원, 2011년도 법인세 17,218,590원, 2012년도 법인세 13,653,660원 및 2009년 근로소득세 74,686,950원, 2011년 근로소득세 148,421,440원, 2012년 근로소득세 10,258,590원에 대한 경정청구는 법정신고기한으로부터 3년이 도과한 후에 제기된 것으로 부적법하여 피고가 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 거부처분을 할 의무가 없으므로, 위 각 근로소득세 및 법인세에 대한 피고의 경정거부처분은 항고소송의 대상이 되는 거부처분에 해당하지 않는다. 따라서 이 사건 소 중 2009년도 법인세 11,934,300원, 2010년도 법인세 14,968,980원, 2011년도 법인세 17,218,590원, 2012년도 법인세 13,653,660원 및 2009년 근로소득세 74,686,950원, 2011년 근로소득세 148,421,440원, 2012년 근로소득세 10,258,590원에 대한 경정거부처분의 취소를 구하는 부분은 부적법하다.

나. 판단

국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제45조의2 제1항 제1호 및 같은 항 단서에 의하면, 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있다. 위 조항은 2014. 12. 23. 개정되어 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 경정 등의 청구를 할 수 있도록 규정하고 있다.

위 규정에 따른 경정청구기간이 도과한 후에 제기된 경정청구는 부적법하여 과세관청이 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 거부처분을 할 의무가 없으므로, 과세관청이 경정을 거절하였다고 하더라도 이를 항고소송의 대상이 되는 거부처분으로 볼 수 없다(대법원 2017. 8. 23. 선고 2017두38812 판결 등 참조).

위 관련 규정에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 원고의 2009년도 내지 2012년도 법인세 및 2009년, 2011년, 2012년 근로소득세에 대한 법정신고기한 및 그에 대한 구 국세기본법 제45조의2 제1항에 의한 경정청구기한은 아래 표 기재와 같고, 원고가 2018. 9. 20. 2009년도 내지 2012년도 법인세에 대한 경정청구를 한 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 원고가 위 각 법인세 및 근로소득세에 대하여 경정청구기한이 도과한 후에 경정청구를 하였음은 역수상 명백하다. 뿐만 아니라, 원고가 스스로 이 부분 법인세에 대한 수정신고를 한 사정에 비추어 보면, 구 국세기본법 제45조의2 제2항에서 정한 후발적 경정사유가 발생하였다고 보기도 어렵다. 따라서 피고가 원고의 이 사건 경정청구 중 2009년도 내지 2012년도 법인세 및 2009년, 2011년, 2012년 근로소득세에 대한 부분을 거부하였다 하더라도 이를 들어 항고소송의 대상이 되는 거부처분이라고 볼 수 없으므로, 이 사건 소 중 2009년도 내지 2012년도 법인세 및 2009년, 2011년, 2012년 근로소득세에 대한 경정거부처분의 취소를 구하는 부분은 부적법하다(이 사건 경정거부처분 중 위 부분을 제외한 나머지 부분을 이하 ‘이 사건 거부처분’이라 한다)

3. 이 사건 법인세 부과처분 및 이 사건 거부처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

피고는 이 사건 세무조사에 따라 수집된 자료로 원고에 대한 이 사건 법인세 부과처분 및 이 사건 거부처분을 하였다. 그러나 아래와 같은 이유로 이 사건 세무조사는 위법하므로, 위법한 세무조사에 따라 원고에 대하여 이루어진 이 사건 부과처분 및 이 사건 거부처분 역시 위법하다.

1) 중복세무조사

이 사건 1, 2차 제출요청은 실질적으로 세무조사에 해당하고, 이 사건 세무조사는 구 국세기본법 제81조의4 제2항에 반하여 이루어진 재조사로서 위법하다.

2) 세무조사 대상자 선정 위법

구 국세기본법 제81조의6 제3항 제4호에 의하면, ‘신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’에 한하여 해당 납세자를 세무조사 대상자로 선정할 수 있는데, 원고가 이미 이 사건 1, 2차 제출요청에 따라 해명자료로 소명을 하였음에도 피고는 위와 같은 명백한 자료 없이 원고를 세무조사 대상자로 선정하였으므로, 이 사건 세무조사는 위법하다.

3) 사전통지 흠결

□□□세무서장은 이 사건 세무조사에 앞서 원고에 대하여 사전통지를 하지 아니하였으므로, 이 사건 세무조사는 구 국세기본법 제81조의7 제1항 본문에 따른 세무조사의 사전통지 절차를 흠결한 것이어서 위법하다.

4) CCCC티앤씨에 대하여 감액한 투자금의 손금산입

원고는 2009. 6. 26. CCCC티앤씨에 5억 원을 투자하고 원고가 CCCC티앤씨의 지분 10%를 취득하는 내용의 지분투자계약을 체결하였다가 2015. 12. 11. 2억 5,000만 원을 회수하고 나머지 2억 5,000만 원을 감액하는 약정을 하였는데, 위 2억 5,000만 원의 감액은 출자금의 출자와 회수의 정상적인 경제활동의 일환에서 이루어진 것이므로 손금산입되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 중복세무조사 주장에 대하여

가) 관련 법리

세무조사는 국가의 과세권을 실현하기 위한 행정조사의 일종으로서 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하고 장부․서류 그 밖의 물건을 검사․조사하거나 그 제출을 명하는 일체의 행위를 말하며, 부과처분을 위한 과세관청의 질문조사권이 행하여지는 세무조사의 경우 납세자 또는 그 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등(이하 ‘납세자 등’이라 한다)은 세무공무원의 과세자료 수집을 위한 질문에 대답하고 검사를 수인하여야 할 법적 의무를 부담한다. 같은 세목 및 과세기간에 대한 거듭된 세무조사는 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성 등을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 세무조사권의 남용으로 이어질 우려가 있으므로 조세공평의 원칙에 현저히 반하는 예외적인 경우를 제외하고는 금지될 필요가 있다.

이러한 세무조사의 성질과 효과, 중복세무조사를 금지하는 취지 등에 비추어 볼 때, 세무공무원의 조사행위가 실질적으로 납세자 등으로 하여금 질문에 대답하고 검사를 수인하도록 함으로써 납세자의 영업의 자유 등에 영향을 미치는 경우에는 국세청 훈령인 구 조사사무처리규정에서 정한 ‘현지확인’의 절차에 따른 것이라고 하더라도 그것은 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당한다고 보아야 한다. 그러나 과세자료의 수집 또는 신고내용의 정확성 검증 등을 위한 과세관청의 모든 조사행위가 재조사가 금지되는 세무조사에 해당한다고 볼 경우에는 과세관청으로서는 단순한 사실관계의 확인만으로 충분한 사안에서 언제나 정식의 세무조사에 착수할 수밖에 없고 납세자 등으로서도 불필요하게 정식의 세무조사에 응하여야 하므로, 납세자 등이 대답하거나 수인할 의무가 없고 납세자의 영업의 자유 등을 침해하거나 세무조사권이 남용될 염려가 없는 조사행위까지 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당한다고 볼 것은 아니다.

그리고 세무공무원의 조사행위가 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당하는지 여부는 조사의 목적과 실시경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에서 개별적으로 판단할 수밖에 없을 것인데, 세무공무원의 조사행위가 사업장의 현황 확인, 기장 여부의 단순 확인, 특정한 매출사실의 확인, 행정민원서류의 발급을 통한 확인, 납세자 등이 자발적으로 제출한 자료의 수령 등과 같이 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문조사에 그치는 것이어서 납세자 등으로서도 손쉽게 응답할 수 있을 것으로 기대되거나 납세자의 영업의 자유 등에도 큰 영향이 없는 경우에는 원칙적으로 재조사가 금지되는 ‘세무조사’로 보기 어렵지만, 그 조사행위가 실질적으로 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위한 것으로서 납세자 등의 사무실․사업장․공장 또는 주소지 등에서 납세자 등을 직접 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 일정한 기간 동안의 장부․서류․물건 등을 검사․조사하는 경우에는 특별한 사정이 없는 한 재조사가 금지되는 ‘세무조사’로 보아야 할 것이다(대법원 2017. 3. 16. 선고 2014두8360 판결 참조).

나) 판단

앞서 본 인정사실과 갑 제4, 5호증 및 을 제7호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 이 사건 1, 2차 제출요청은 원고의 법인세 신고내용의 정확성 등을 검증함을 목적으로 한 것으로, 위 제출요청에 명시된 요청 근거인 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 일부개정되기 전의 것) 제60조 제6항은 “납세지 관할 세무서장 및 관할지방국세청장은 같은 조 제1항과 제2항에 따라 제출된 신고서 또는 그 밖의 서류에 미비한 점이 있거나 오류가 있을 때에는 보정할 것을 요구할 수 있다”고 규정하고 있고, 제122조는 “법인세에 관한 사무에 종사하는 공무원은 그 직무수행에 필요한 경우에는 납세의무자 또는 납세의무가 있다고 인정되는 자, 원천징수의무자 등에 대하여 질문하거나 해당 장부·서류 또는 그 밖의 물건을 조사하거나 그 제출을 명할 수 있다”고 규정하고 있으며, 위 각 조항을 근거로 하는 조사행위가 모두 곧바로 ‘세무조사’에 해당한다고 할 수는 없고, 여기에도 앞서 본 기준에 따라 세무조사 해당 여부를 판단하여야 하는 점, ② 피고는 이 사건 제1, 2차 제출요청을 통해 원고에게 관련 자료의 제출을 요청하였는데, 그 제출 요청의 범위, 규모, 기간 등에 비추어 볼 때 그 대상 자료가 상당히 특정되어 있어 원고로서도 손쉽게 응답할 수 있었을 것으로 보이고, 피고가 위와 같은 자료제출 요청을 넘어 원고나 해당 법인세에 관계된 자들을 직접 접촉하여 질문하거나, 폭넓은 검사․조사를 하지는 아니하였던 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 1, 2차 제출요청은 세무조사에 해당한다고 할 수 없다.

따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다.

2) 세무조사 대상자 선정 위법 주장에 대하여

구 국세기본법 제81조의6 제3항은 ‘세무공무원은 정기선정에 의한 조사 외에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사를 할 수 있다.’고 규정하면서, 제4호에서 ‘신고내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’를 세무조사대상자 선정사유로 들고 있는데, 국세기본법 제81조의6 제3항이 정한 세무조사대상자 선정사유가 없음에도 세무조사대상으로 선정하여 과세자료를 수집하고 그에 기하여 과세처분을 하는 것은 적법절차의 원칙을 어기고 국세기본법 제81조의6 제3항을 위반한 것으로서 특별한 사정이 없는 한 그 과세처분은 위법하다고 할 것이다(대법원 2014. 6. 26. 선고 2012두911 판결 참조). 이때 ‘신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’란 신고 내용에 탈루나 오류의 개연성이 객관성과 합리성이 뒷받침되는 자료에 의하여 상당한 정도로 인정되는 경우를 말한다(대법원 2010. 12. 23. 선고 2008두10461 판결, 대법원 2012. 11. 29. 선고 2010두19294 판결, 대법원 2016. 7. 7. 선고 2016두34387 판결의 취지 참조).

앞서 본 증거와 을 제7 내지 9호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, □□지방국세청장은 2017. 10. 19. 피고를 비롯한 관할 세무서장에게 2013년 ~ 2015년 중 퇴직급여 과다계상 혐의법인에 대하여 탈루 혐의를 분석하고 비정기 조사대상자로 선정하라고 통지하였는데 위 통지의 분석대상 명단에 원고가 포함되어 있었고, 이에 피고는 기존에 원고가 제출한 자료를 바탕으로 위 사항을 검토한 후 원고의 지배주주인 대표이사 김BB에게 2015. 11.경 퇴직금을 정산하면서 8억 8,400만 원을 과다지급 한 혐의가 있고, 2013 ~ 2015년 손익계산서 및 제조원가명세서상 적격증빙 수취대상 계정과목과 적격증빙 수취액을 비교해보면 3억 6,600만 원을 가공원가계상한 혐의가 있으며, 실제 근무사실이 없는 사주의 가족에 지급한 급여를 인건비로 부당하게 계상한 혐의가 있어 법인 통합조사 대상자로 선정한 사실을 인정할 수 있다.

위 인정사실에 의하면, 피고는 원고가 제출한 법인세 신고 서류 등 객관성과 합리성이 충분히 뒷받침되는 자료에 의해 원고의 신고내용에 탈루나 오류가 있다고 보아 원고를 비정기조사 대상자로 선정하였으므로, 피고의 세무조사 대상자 선정이 위법하다고 보기 어렵다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

3) 사전통지 흠결 주장에 대하여

구 국세기본법 제81조의7 제1항은 ‘세무공무원은 세무조사를 하는 경우에는 조사를 받을 납세자에게 조사를 시작하기 10일 전에 조사대상 세목, 조사기간 및 조사사유, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항을 통지하여야 한다. 다만, 사전에 통지하면 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다’고 규정하고 있다.

갑 제10호증의 기재에 의하면 □□□세무서장이 구 국세기본법 제81조의7 제1항 단서에 따라 세무조사 사전통지를 하지 아니한 사실을 인정할 수 있으나, 앞서 본 바와 같이 이 사건 세무조사는 원고 대표이사 김BB에 대한 퇴직금이 과다하다는 □□지방국세청의 세무조사관리지침에 따라 개시되었고, 원고의 법인세 신고내역과 세금계산서 매입내역의 차이금액이 적지 않음에도 구체적 자료는 확보되어 있지 아니하였던 사정에 비추어 보면, 이 사건은 원고에게 세무조사를 사전에 통지하는 경우 증거인멸 등으로 조사목적을 달성할 수 없는 경우에 해당한다 할 것이므로, 피고가 원고에 대한 세무조사에 착수하면서 사전통지를 하지 않은 것이 위법하다고 할 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

4) 손금산입 주장에 대하여

갑 제4호증 및 을 제11 내지 14호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 2015. 12. 11.자로 CCCC티앤씨로부터 2억 5,000만 원을 회수하고 나머지 2억 5,000만 원을 감액하는 내용의 약정서를 작성한 다음 위 감액하기로 한 CCCC티앤씨에 대한 투자금 2억 5,000만 원을 유가증권처분손실로 처리하여 장부상으로 투자금에서 차감하는 것으로 계상한 사실을 인정할 수 있다.

그러나 앞서 본 바와 같이 원고가 CCCC티앤씨에게 2009. 6. 23.부터 2009. 6. 25.까지 3회에 걸쳐 합계 5억 원을 송금하였다가 송금한 그날 바로 송금한 금액 그대로 원고의 대표이사 김BB 명의 계좌로 송금받은 점에 비추어 보면 위 약정서와 장부의 기재는 김BB이 투자금 명목으로 원고의 돈을 유용한 것을 가장하기 위한 것으로 보이고(원고는 김BB이 위 5억 원을 송금받은 것이 김BB이 CCCC티앤씨에 대하여 개인적으로 가지고 있던 채권을 변제받은 것이라고 주장하나 원고가 제출한 증거만으로는 이를 인정하기 부족하다), 달리 원고가 CCCC티앤씨에 대하여 실제로 5억 원을 투자하였다가 그 중 2억 5,000만 원을 손실처리하였다는 사실을 인정할 증거가 없으므로 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

5) 소결론

따라서 이 사건 부과처분 및 거부처분은 조사권의 남용이나 절차상·내용상 하자가 있다고 볼 수 없으므로 적법하다.

4. 결론

그렇다면 이 사건 소 중 2009년도 내지 2012년도 법인세 및 2009년, 2011년, 2012년 근로소득세에 대한 경정거부처분의 취소를 구하는 부분은 부적법하므로 이를 각하하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.