제주지방법원-2018-구합-6083 (2020.05.26)

사 건

2018구합6083 경정청구거부처분취소

원 고

주식회사 ○○○

피 고

□□세무서장

변 론 종 결

2020. 4. 21.

판 결 선 고

2020. 5. 26.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

피고가 2017. 4. 21. 원고에게 한 [별지1] 기재 경정거부처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

○ 원고는 컴퓨터, 멀티미디어 프로그램의 개발, 제조 및 판매업 등을 영위하는 주식회사로서, 2010. 11. 29.부터 2013. 3. 31.까지는 벤처기업 육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항에 따른 벤처기업으로 인정받았다.

○ 원고는 2008. 3. 13.부터 2013. 3. 28.까지 총 17회에 걸쳐 임직원들에게 사전에 정하여진 가격(행사가액)으로 원고가 발행하는 신주를 매수할 수 있는 주식매수선택권(이하 ‘이 사건 주식매수선택권’이라 한다)을 부여하였다.

○ 원고의 임직원들 중 일부는 2014 및 2015 사업연도에 이 사건 주식매수선택권을 행사하였는데, 원고는 위 각 사업연도의 법인세 신고 시 아래 표 기재와 같은 행사차익(행사 당시 신주의 시가에서 행사가액을 공제한 금액, 이하 통틀어 ‘이 사건 행사차익’이라 한다) 상당액을 손금으로 산입하지 않았다.

사업연도

2014

2015

행사차익

199,186,816,778원

228,811,554,869원

○ 원고는 이 사건 행사차익 상당액이 법인세법상 손금에 해당한다면서 2016. 11. 24. 피고에게, [별지1] 중 ‘경정청구세액’ 란 기재 각 세액을 감액하여 환급하는 경정을 청구(이하 ‘이 사건 경정청구’라 한다) 하였다.

○ 피고는 2017. 4. 21. 이 사건 행사차익 중 원고가 이 사건 주식매수선택권을 부여할 당시 원고의 발행주식 총수의 10% 범위에 해당하는 주식에 대한 행사차익은 손금에 산입할 수 있으나, 이를 초과하는 부분은 손금에 산입할 수 없다는 취지에서 [별지1] 중 ‘환급(취소)세액’ 란 기재 각 세액을 감액하고 환급하기로 하여 이 사건 경정청구를 일부만 받아들이고 일부 거부하는 내용의 이 사건 처분을 하였다.

○ 원고는 이에 불복하여 2017. 6. 21. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2018. 9. 12. 원고의 심판청구를 기각하는 결정을 하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

[별지2] 기재와 같다.

3. 원고의 주장 요지

이 사건 행사차익은 아래와 같은 이유로 전액 손금에 산입되어야 한다.

① 주식매수선택권의 부여는 일종의 상여제도로서 그 행사차익은 인건비에 해당하는데, 구 법인세법(2017. 12. 19. 법률 제15222호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법’이라고만 한다) 제19조 제1항에 따라 인건비는 손금에 해당한다.

② 이 사건 행사차익은 구 법인세법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28640호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법 시행령’이라고만 한다) 제20조 제1항 제3호 나목 소정의 성과급에 해당한다. 그리고 구 법인세법 시행령 제20조 제1항 제3호는 행사차익이 성과급으로서 손금 산입되는 주식매수선택권을 “해당 법인의 발행주식총수의 100분의 10의 범위 내에서 부여하거나 지급한 경우”로 제한하였는데, 발행주식총수의 100분의 10 범위 내인지 여부는, 주식매수선택권을 부여받는 각 임직원별로 판단하여야 하고, 또한 주식매수선택권 부여 시점이 아닌 행사 시점을 기준으로 판단하여야 한다.

이에 이 사건에서 ‘각 임직원별로’, ‘행사 시점을 기준으로’ 판단하면, 원고의 임직원들은 원고의 발행주식총수 각 100분의 10 이내의 주식매수청구권을 각 행사하였으므로, 이 사건 행사차익 전액이 손금 산입 대상인 성과급에 해당하는 것이다.

4. 판단

가. 위 ① 주장에 관하여

구 법인세법 제19조 제1항 소정의 손금은, 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생할 것을 그 전제로 한다.

그러나 주식매수선택권의 행사가액이 주식의 실질가액보다 낮은 경우에 회사가 그 차액을 금전으로 지급하거나(이른바 차액보상형) 그 차액에 상당하는 회사의 자기주식을 양도하는 때에는(이른바 자기주식교부형) 회사는 그 차액만큼 순자산의 감소가 발생하지만, 이 사건과 같은 신주발행형의 주식매수선택권 행사 시에는 회사는 그 행사가액만큼 자본이 증가할 뿐 순자산의 감소는 발생하지 않는다.

원고는 소득세법의 관련 규정1)이나 기업회계기준2) 등에 비추어 보더라도, 주식매수선택권의 행사차익은 인건비로서 전액 손금에 산입되어야 한다는 취지의 주장도 하고 있다. 그러나 소득세법의 관련 규정에 따라 주식매수선택권의 행사차익이 근로소득으로서 소득세의 과세 대상이 된다고 하더라도, 이는 과세대상 열거주의를 택하고 있는 소득세법령이 적용된 결과일 뿐이므로, 그와 같은 사정이 이 사건 행사차익을 손금으로 보아야 하는 필연적인 근거가 될 수는 없다. 또한 회계에서의 비용 개념과 법인세에서의 손금 개념이 완전히 동일하다고 볼 수 없을 뿐만 아니라, 법인세법 제43조에 의하면 기업회계기준 또는 관행은 법인세법 및 조세특례제한법에서 특별한 규정을 두고 있지 않은 범위 내에서 보충적으로 적용되는 점 등을 고려할 때, 기업회계기준을 법인세법상 손금의 해당 여부를 판단하는 기준으로 삼기도 어렵다.

따라서 이 사건 행사차익을 구 법인세법 제19조 제1항 소정의 손금에 해당한다고 볼 수 없으므로, 원고의 위 ① 주장은 이유 없다.

나. 위 ② 주장에 관하여

1) 구 법인세법 시행령 제20조 제1항 제3호의 “해당 법인의 발행주식총수의 100분의 10의 범위”의 해석에 관하여, ‘부여받거나 지급받은 자별로 각 100분의 10 범위인지(원고 주장) 또는 해당 법인을 기준으로 100분의 10 범위인지(피고 주장)’ 및 ‘행사시점에서 100분의 10 범위인지(원고 주장) 또는 부여나 지급 시점에서 100분의 10 범위인지(피고 주장)’가 쟁점인바, 아래와 같은 사정들을 종합하여 볼 때, 주식매수선택권의 부여 주체인 법인을 기준으로, 또한 주식매수선택권의 부여나 지급 시점을 기준으로 이를 판단해야 한다고 해석함이 상당하다.

◎ 위 조항의 문언 자체가 “100분의 10의 범위에서 부여하거나 지급한 경우”인 점(부여나 지급 주체인 법인을 기준으로 하지 않고 부여나 지급 대상인 각 임직원을 기준으로 하는 취지라면 “부여받거나 지급받은 자별로 각 100분의 10의 범위 내” 등으로 달리 규정하였을 것이고, 또 부여나 지급 시점이 아니라 행사 시점을 기준으로 할 의도였다면 역시 “행사한 경우” 등으로 달리 규정하였을 것이다)

◎ 이익잉여금의 처분은 손금 불산입이 원칙이므로, 그 예외를 규정하고 있는 구 법인세법 제20조 제1호 단서 및 구 법인세법 시행령은 엄격하게 해석되어야 하는 점(손금 불산입의 예외를 인정하던 구 법인세법 제20조 제1호 단서는 구 법인세법이 2017. 12. 19. 법률 제15222호로 개정되면서 아예 삭제되었는데, 그러한 개정의 취지와 방향에 비추어 보더라도 예외 인정 범위는 엄격히 해석해야 한다)

◎ 주식매수선택권을 부여받거나 지급받는 자별로 “발행주식총수의 100분의 10"을 판단할 경우 손금 산입 범위가 지나치게 확대되어 손금 산입의 한도를 정한 규정의 취지가 몰각될 우려가 큰 점

◎ 주식매수선택권의 행사 시점을 기준으로 ”발행주식총수의 100분의 10“을 판단할 경우, 그 행사 시점에 법인이 유상증자 등을 통해 손금산입의 한도 규정 적용을 회피할 수 있어 부당한 점

2) 한편 원고는 그 주장의 근거로 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것) 제15조 제2항 제5호(이하 ‘구 조특법 제15조 제2항 제5호’라고만 한다), 구 조세특례제한법(2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정된 것) 제16조의3 제1항(이하 ‘구 조특법 제16조의3 제1항’이라고만 한다), 법인세법 시행령 부칙<대통령령 제25640호, 2014. 9. 26.> 제2조 등을 들고 있다.

그러나 구 조특법 제15조 제2항 제5호와 구 법인세법 시행령 제20조 제1항 제3호는 그 문언 자체가 완전히 다르므로 구 법인세법 시행령의 위 조항이 구 조특법 제15조 제2항 제5호를 그대로 옮겨온 것에 불과하다고 볼 수 없다. 또한 구 조특법 제16조의3 제1항은 어떤 사람에게 근로소득에 관한 과세이연의 특례를 부여할 것인지에 관한 규정이고, 법인세법상 손금산입 여부는 이와 전혀 무관한 것이다. 마지막으로, 구 법인세법 시행령 제20조 제1항 제3호는 벤처기업 등에게 세제혜택을 부여하기 위한 정책적 목적에서 창설된 규정이고3), 법인세법 시행령 부칙<대통령령 제25640호, 2014. 9. 26.> 제2조는 그와 같은 정책적 목적을 달성하기 위하여 위 구 법인세법 시행령 규정의 적용시기를 “이 영 시행 이후 ‘주식을 발행하는 분’부터”로 규정한 것으로 보여서, 이를 근거로 “발행주식총수의 100분의 10”을 주식매수선택권의 행사 시점을 기준으로 판단해야 한다고 보기도 어렵다.

3) 따라서 이 사건 주식매수선택권 부여 당시 원고의 발행주식 총수 100분의 10 범위를 초과하여 부여된 주식매수선택권 부분의 행사차익은 이를 손금에 산입되는 성과급으로 볼 수 없으므로, 원고의 위 ② 주장은 이유 없다.

5. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로, 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.