서울고등법원-2019-누-67489 (2020.11.04)

사 건

서울고등법원 2019누67489 법인세등부과처분취소

원 고

주식회사 OOO

피 고

의정부세무서장

변 론 종 결

2020.07.15.

판 결 선 고

2020.11.04.

주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심판결을 취소한다. 피고가 2017. 8. 1. 원고에 대하여 한 2013 사업연도분 법인세 141,490원, 2014 사업연도분 법인세 1,859,580원, 2015 사업연도분 법인세 48,777,550원, 2016 사업연도분 법인세 421,464,000원의 부과처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 제1심판결의 인용 등

이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는 제1심판결 중 해당 부분을 다음 2항과 같이 수정하는 것 외에는 제1심판결의 이유 부분(별지 ‘관계 법령’을 포함하되, ‘5. 결론’ 부분은 제외) 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

2. 수정하는 부분

○ 5쪽 아래에서 4, 5행의 “매출이었으며,”를 “매출이었다.”로 고친다.

○ 5쪽 아래에서 4행의 “한편”부터 같은 쪽 아래에서 3행의 “매입이었다.”까지를 다음과 같이 고친다.

【 한편 ■■■의료기의 2013년 2기 과세기간(2013. 7. 1.부터 2013. 12. 31.까지) 전체 매입가액(581,754,087원) 중 약 91.39%인 531,683,255원이 원고로부터의 매입액이었다. 이를 비롯하여 2013년부터 2020년 1기까지 ■■■의료기의 총매입가액, 원고로부터의 매입액 및 ‘총매입가액 중 원고로부터의 매입액이 차지하는 비중’은 아래 표 기재와 같다.

○ 7쪽 1행부터 같은 쪽 표까지를 다음과 같이 고친다.

【 바) 원고의 2013. 5.부터 2013. 12.까지의 매출 전자세금계산서 발행내역에 따르

면, 원고는 ■■■의료기를 제외한 아래 표 기재 업체들과 매출 거래를 하였는데, 그중 순번 1~12 기재 업체는 이전에 ■■■의료기와 거래를 한 적이 있는 업체이다. 원고의 매출 중 아래 표 순번 13~23 기재 업체들(■■■의료기 및 ■■■의료기와 거래를 한 사실이 있는 업체를 제외한 업체들)에 대한 매출액은 합계 약 5,400만 원 정도로, 원고의 같은 기간 전체 매출 1,086,219,683원(부가가치세 포함) 중 약 5% 정도이다.

○ 7쪽 아래에서 2행의 “원고는”부터 마지막 행의 “있다.”까지를 다음과 같이 고친

다.

【 원고는 2013. 6. 12. 서울지방식품의약품안전청장으로부터 의료기기 제조업 허가

를 받아 반제품 범용카테터캐뉼러를 제조하여 판매하던 중, 식품의약품안전청장으로부터 2013. 11. 16. 수출용에 한한 폴리디옥사논 봉합사 등에 관한 의료기기 제조 허가를, 2014. 8. 25. 폴리디옥사논 봉합사 등에 관한 의료기기 제조 허가(일회용 의료기기, 인체이식형 의료기기)를 각 받아 그 무렵부터 미용시술용 주사기 바늘도 생산, 판매하고 있다. 】

○ 8쪽 6행 아래에 다음 내용을 추가한다.

【 [인정 근거] 앞서 든 증거, 갑 제11, 34호증, 을 제3, 6 내지 10, 29호증(가지번

호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지 】

○ 9쪽 아래에서 5행부터 10쪽 1행까지를 다음과 같이 고친다.

【 다. 판단

구 조세특례제한법 제6조 제1항은 창업중소기업 등에 관하여 세액을 감면한다는 취지를 규정하면서, ‘창업’에 관하여 별도로 정의규정을 두고 있지 않다. 그러나 구 조세특례제한법 제6조 제1항은 ‘창업중소기업과 중소기업창업 지원법에 따라 창업보육센터사용자로 지정받은 내국인’에 대한 세액을 감면한다는 취지를 규정하고 있고, 조세특례제한법에서 중소기업창업에 대한 조세특례를 규정하게 된 경위와 중소기업창업 지원법에 규정되어 있던 조세특례 관련 규정이 조세특례제한법으로 자리를 옮겨 조세특례제한법이 종합적으로 창업중소기업의 조세특례에 관하여 규율을 하게 된 과정 등을 종합하여 보면, 구 조세특례제한법 제6조는 중소기업창업 지원법과 그 시행령이 정한 방법 및 절차에 따른 창업을 전제로 여기에 해당하는 중소기업에 대하여 조세감면의 혜택을 부여하고자 한 것으로 봄이 타당하다. 따라서 구 조세특례제한법에 규정된 ‘창업’의 개념에 관하여는 중소기업창업 지원법 및 그 시행령에서 사용된 용어의 개념을 전제로 그 의미를 해석하여야 할 것이다.

그런데 중소기업창업 지원법 제2조 제1호는 ‘창업’이란 중소기업을 새로 설립하는 것을 말한다고 규정하면서, 그 창업의 구체적인 범위에 관한 규정을 대통령령에 위임하고 있고, 구 중소기업창업 지원법 시행령(2020. 10. 8. 대통령령 제31108호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 중소기업창업 지원법 시행령’이라 한다) 제2조 제1항은 ‘중소기업을 새로 설립하여 사업을 개시하는 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 것’을 창업으로 정의하면서, 제1호에서 ‘타인으로부터 사업을 승계하여 승계 전의 사업과 같은 종류의 사업을 계속하는 경우’ 등을 ‘창업’의 범위에서 제외하고 있는바, 이와 같이 실질적으로 타인으로부터 사업을 승계하여 승계 전 사업과 같은 종류의 사업을 계속하는 경우 등에 있어서는 구 조세특례제한법 제6조 제1항에 규정된 세액감면 등의 혜택을 받을 수 없다고 봄이 타당하다.

한편 구 중소기업창업 지원법 시행령 제2조 제1항은 ‘창업’에 관하여 중소기업을 새로 설립하여 ‘사업을 개시하는 것’이라고 규정하고 있는바, 창업의 요건 구비 여부 역시 그와 같이 ‘사업을 개시’하는 당시를 기준으로 판단하여야 할 것이고, 사업 개시 이후 상당 기간이 지나 영업이 확장되거나 그 매출이 증대되었다는 사정만으로, 그 이전에 이루어진 사업 개시를 ‘창업’이라고 단정할 수 없다.

이에 앞서 본 인정사실과 앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사실 및 사정 등을 앞서 본 법리에 비추어 보면, 원고는 ■■■의료기의 사업에 사용되던 자산인 이 사건 사업장 등을 인수하여 ■■■의료기가 하던 사업과 같은 종류의 사업을 영위하였던 것으로 보이는바, 이와 같은 사업의 개시는 구 조세특례제한법 제6조 제6항 제1호에 따라 ‘창업’의 범위에서 제외될 뿐만 아니라, 원고의 사업개시는 실질적으로 ■■■의료기의 사업을 승계하여 같은 종류의 사업을 계속하는 것으로서 ‘창업’에 해당한다고 볼 수도 없다. 따라서 원고에게 창업중소기업에 대한 세액감면을 적용하지 아니한 이 사건 처분은 적법하다. 】

○ 11쪽 4행의 “할 것이다” 오른쪽에 다음 내용을 추가한다.

【 [즉, 건물의 소유자가 사업을 영위하던 중 이를 타인에게 임대하여 타인이 동종 사업을 영위하는 경우 이는 사업용자산을 인수한 것이라고 볼 것인데(앞서 본 대법원 2014. 3. 27. 선고 2011두11549 판결 참조), 건물을 임차하여 사업을 영위하던 자가 임대차기간 진행 도중 임대차를 종료하고, 타인이 위 건물을 임차하여 동종 사업을 영위하는 경우 이를 사업용자산을 인수한 것이라고 보지 않는다면, 양자 모두 원시적 사업창출의 효과가 없음에도 종전 사업자의 건물(사업용자산) 소유 여부라는 우연한 사정에 따라 창업에 해당하는지에 관한 판단이 달라져 부당한 결과가 발생한다. 그와 같은 취지에서 구 조세특례제한법 제6조 제6항 제1호 본문 또한 “종전의 사업에 사용되던 자산을 인수”할 것을 요구할 뿐, “종전의 사업에 사용되던 ‘종전 사업자 소유의’ 자산을 인수”할 것까지 요구하지는 않은 것으로 보인다] 】

○ 11쪽 5행의 “문OO”를 “문△△”로 고친다.

○ 11쪽 7행 아래에 다음 내용을 추가한다.

【 다) 원고는 이 사건 사업장이 이 사건 사업장의 임대인이자 소유자였던 문혁기의 사업용자산에 해당할 뿐, 원고의 사업용자산에 해당한다고 볼 수 없다는 취지로 주장한다. 그러나 이 사건 사업장은 원고가 임차하여 주된 사업을 영위하였던 장소로 원고가 사업에 사용하는 자산에 해당하고, 구 조세특례제한법 제6조 제6항은 ‘사업에 사용되는 자산’의 소유 여부 또는 회계처리 방법 등에 따라 사업용자산에 해당하는지 여부를 달리 규정하고 있지도 않으므로, 이 사건 사업장이 문혁기의 소유라거나, 회계장부상 문혁기의 자산으로 계상된다는 등의 사정만으로 구 조세특례법 제6조 제6항 제1에서 규정한 사업용자산에 해당하지 않는다고 보기 어렵다. 원고는 위와 같은 해석에 의할 경우 하나의 사업용자산이 둘 이상의 자의 사업용자산에 해당하여 회계 질서상 심각한 문제를 야기한다는 취지로도 주장하나, 이는 창업 여부를 판단하는 하나의 기준에 불과하므로, 위와 같은 해석이 일반적인 회계 원칙을 혼란시키는 것이라고 보기도 어렵다. 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.

라) 원고는 또한, 조세특례제한법 시행령 제5조 제13항은 “구 조세특례제한법 제6조 제6항 제1호 단서에서 ‘토지·건물 및 기계장치 등 대통령령으로 정하는 사업용자산’ 이란 토지와 「법인세법 시행령」 제24조의 규정에 의한 감가상각자산을 말한다”는 취지로 규정되어 있는데, 임대차보증금 반환채권 또는 임차권은 감가상각자산이 아니므로, 원고가 사업용자산을 인수하였다고 볼 수 없다는 취지로 주장한다. 그러나 원고는 종전에 ■■■의료기가 사용하였던 사업용자산인 이 사건 사업장을 임차의 형태로 인수한 것이므로, 원고가 인수(임차)한 사업용자산은 이 사건 사업장에 대한 임대차보증금 반환채권 또는 임차권이 아닌 이 사건 사업장 자체라고 할 것이다. 그런데 이 사건 사업장은 구 조세특례제한법 제6조 제6항 제1호 단서에서 규정한 ‘토지·건물’로서, 사업용자산에 해당함이 명백하므로, 원고의 위 주장 역시 이유 없다. 】

○ 11쪽 12행의 “유형고정자산과”부터 같은 쪽 14행의 “6,618,667원은”까지를 다음

과 같이 고친다.

【 유형고정자산으로 기계장치 6,618,667원이 기재되어 있는데, 이는 】

○ 13쪽 표 아래에 다음 내용을 추가한다.

【 라) 원고가 임차의 방식으로 인수한 사업용자산은 이 사건 사업장 그 자체이므로, 그 사업용자산의 가액을 산정함에 있어서는 이 사건 사업장 자체의 가액을 기준으로 함이 원칙이다. 그런데 이 사건 사업장 자체의 가액보다 낮은 가액임이 분명한 25,000,000원의 임대차보증금을 ‘인수한 사업용자산’의 가액으로 보아 해당 비율을 계산하는 것이 오히려 원고에게 더 유리한 이상, 피고가 이 사건 사업장의 가액을 임대차보증금 25,000,000원으로 산정하여 원고의 사업 개시가 창업에 해당하지 않는다고 판단한 것에 위법이 있다고 보기 어렵다. 】

○ 14쪽 3행의 “하였던 점,” 오른쪽에 “원고가 번복하여 주장하는 미용시술용 주사기판매 시점인 2013. 11. 16. 당시 원고는 수출용에 한한 폴리다옥사논 봉합사 등에 관한 의료기기 제조 허가를 받았을 뿐인 점,”을 추가한다.

○ 14쪽 5행의 “사실이라 하더라도” 오른쪽에 “앞서 본 바와 같이 창업 여부 또는 동종 사업의 영위 여부는 사업의 개시 당시를 기준으로 판단하여야 할 것인데,”를 추가한다.

○ 15쪽 본문 아래에서 4행의 “않는다” 오른쪽에 “(원고 역시 사업 개시 직후인 2013년부터 2015년까지 사업연도 법인세와 관련하여 창업중소기업에 대한 세액감면을 적용하지 않고 과세표준 및 세액을 신고하였다가 2016. 7.경이 되어서야 이를 적용하여 위 법인세에 대한 경정청구를 하였던바, 이와 같은 원고의 태도에 비추어 보더라도 이를 별개의 법인의 ‘창업’이라고 보기 어렵다)”를 추가한다.

○ 15쪽 본문 아래에서 4행 밑에 다음 내용을 추가한다.

【 라) 원고는 ■■■의료기가 파주시로 사업장을 이전한 후 직원을 추가로 채용하

였고, ■■■의료기의 매출은 사업장 이전 후에도 지속적으로 증가하였으므로, 원고의 사업 개시에는 원시적인 고용창출의 효과가 있다는 취지로 주장한다. 그러나 △ 앞서 본 바와 같이 ■■■의료기의 총매입가액 중 원고로부터의 매입액이 차지하는 비율이 창업 직후인 2013년 2기 91.39%로, ■■■의료기의 매입가액은 원고로부터의 매입이 절대적으로 높은 비율을 차지하였던 점, △ 이와 같이 ■■■의료기의 총매입가액 중 원고로부터의 매입액이 차지하는 비율은 2020년 1기(89.81%)에 이르기까지 크게 낮아지지 않았던 점(2013년 2기부터 2020년 1기까지 평균 89.42%), △ 원고의 매출 중 ■■■의료기에 대한 매출이 차지하는 비중 역시 2013년 2기부터 2016년 2기까지 상당히 높은 비율을 차지하고 있었던 점 등에 비추어 보면, 원고와 ■■■의료기의 매출이 함께 상승한 것은 위와 같은 원고와 ■■■의료기의 거래 구조에서 비롯된 것으로 보이는바, 원고가 드는 사정만으로 원고의 사업 개시에 원시적 사업창출의 효과가 있다고 보기 어렵다. 나아가 위와 같은 거래 구조에 비추어 원고와 ■■■의료기를 전혀 별개의 법인으로 볼 수 없는 이상, ■■■의료기가 사업장을 이전하여 일부 직원을 신규 채용하였다거나 원고가 사업을 영위하면서 일용직 근로자를 채용한 사실이 일부 인정된다고 하더라도, 이를 들어 창업으로 볼 수 있는 정도의 원시적 고용창출이 발생하였다고 볼 수도 없다. 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다. 】

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.