대법원-2020-두-50096 (2021.01.14)

사 건

대법원 2020두50096 부가가치세등부과처분취소

원 고

○○○

피 고

○○○세무서장

변 론 종 결

2020.01.14.

판 결 선 고

2021.01.14.

주 문

상고를 기각한다.

상고비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2018. 4. 24. 원고에게 2017년 제2기 부가가치세 10,860,364원의 환급을 부하고 2017년 제2기 부가가치세 746,990원을 부과한 처분을 취소한다(이와 같이 선해한다).

(원심판단원용)

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2016. 8. 9. 한□□으로부터 인천 지상의 모텔

(이하 ’이 사건 모텔‘이라 한다)을 임차하고, 2016. 8. 12.부터 이 사건 모텔에서 숙박업

을 영위하다가 2017. 11. 8. 폐업하였다. 원고는 위 숙박업에 관하여 '■모텔‘이라는 상

호로 사업자등록을 하면서 한□□으로부터 이 사건 모텔을 임대차보증금 100,000,000

원, 월 차임 2,000,000원, 임대차기간 2016. 8. 21.부터 2019. 1. 21.까지로 정하여 임차

하는 내용의 임대차계약서를 제출하였다.

나. 원고는 2017. 12. 1. 피고에게 2017년 제2기 부가가치세 확정신고를 하면서 위

임대차계약서의 내용과 달리 한□□으로부터 이 사건 모텔을 실제로는 임대차보증금

300,000,000원, 월 차임 10,000,000원(부가가치세 포함)으로 정하여 임차하고 이에 따

라 2016년 제2기 ~ 2017년 제2기 부가가치세 과세기간에 세금계산서가 발급된 차임액

외에도 세금계산서가 발급되지 않은 차임액 합계 130,000,000원(= 공급가액

118,181,818원 + 부가가치세 11,818,182원)을 더 지급하였으니 그 부가가치세

11,818,182원(이하 ‘이 사건 쟁점세액’이라 한다)이 2017년 제2기 매출세액에서 공제되

어야 한다고 주장하면서 매출세액을 2,425,308원으로, 매입세액을 12,390,672원(이 사

건 쟁점세액 11,818,182원 포함)으로, 환급세액을 10,860,364원으로 산정하여 신고하였다. 피고는 원고의 2017년 제2기 부가가치세 과세기간의 매출세액을 2,425,308원으

로, 매입세액을 2,302,259원(원고가 2017년 제2기에 한□□으로부터 발급받은 이 사건

모텔의 차임에 관한 세금계산서상 세액 1,616,129원 포함)으로 인정하고 원고가 주장

하는 이 사건 쟁점세액은 그에 관한 세금계산서가 발급되지 않은 것이어서 부가가치세

법 제39조 제1항 제2호에 따라 매출세액에서 공제될 수 없다고 보아 2018. 4. 24. 원

고에게 2017년 제2기 부가가치세 10,860,364원의 환급을 거부하고 2017년 제2기 부가

가치세 746,990원(일반과소신고․초과환급신고 가산세 및 세금계산서 합계표 제출 불

성실 가산세 포함)을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정 근거] 갑 제1, 2, 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 한□□으로부터 이 사건 모텔을 임대차보증금 300,000,000원, 월 차임

10,000,000원(부가가치세 포함)으로 정하여 임차하고, 이에 따라 한□□에게 차임을 지

급하였는데, 한□□으로부터 차임 지급액 중 일부에 관하여만 세금계산서를 발급받고

나머지 130,000,000원에 관하여는 세금계산서를 발급받지 못하였다. 그런데 원고는 피

고의 담당공무원과 상담을 하는 과정에서 피고의 담당공무원으로부터 이 사건 쟁점세

액에 관한 세금계산서를 발급받지 않았더라도 매출세액에서 공제될 수 있다는 답변을

들었고, 이를 신뢰하여 이 사건 쟁점세액을 매출세액에서 공제하는 내용으로 2017년

제2기 부가가치세 확정신고를 하였는데, 피고는 담당공무원의 위와 같은 답변 내용과

달리 이 사건 쟁점세액이 세금계산서가 발급되지 않아 매출세액에서 공제될 수 없는

것이라고 보아 이 사건 처분을 하였다. 따라서 이 사건 처분은 신의성실의 원칙에 위

다.

배되어 위법하다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 이 사건 쟁점세액이 매출세액에서 공제되는 것인지 여부

구 부가가치세법(2019. 12. 31. 법률 제16845호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제

38조 제1항 제1호는 ‘사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로

공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액’을 매출세액에서 공제하도록 규정하고

있으나, 제39조 제1항 제2호는 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액의 하나로

‘세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서

또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항의

전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액’을 규정

하고 있다.

그런데 원고가 주장하는 이 사건 쟁점세액은 그에 관한 세금계산서가 발급되지 않은

것이어서 구 부가가치세법 제39조 제1항 제2호에 해당하여 매출세액에서 공제될 수

없다.

2) 신의성실의 원칙 위배 여부

국세기본법 제15조는 세무공무원이 직무를 수행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하

여야 한다고 규정하고 있다. 일반적으로 조세법률관계에 있어서 과세관청의 행위에 대

하여 신의성실의 원칙을 적용하기 위해서는, 첫째 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상

이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 둘째 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째 납세자가 그 견해표명을 신

뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 넷째 과세관청이 위 견해표명에 반하

는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다(대법원 2009.

10. 29. 선고 2007두7741 판결 등 참조).

그런데 피고의 담당공무원이 원고에게 이 사건 쟁점세액에 관한 세금계산서를 발급

받지 않았더라도 매출세액에서 공제될 수 있다는 내용의 공적인 견해표명을 하였음을

인정할 만한 증거가 없으므로, 이 사건 처분이 신의성실의 원칙에 위배된다고 볼 수

없다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.