의정부지방법원-2020-구합-10635 (2021.07.13)

사 건 2020구합10635 법인세부과처분취소

원 고 ○○○○○○○○종영종중

피 고 ○○세무서장

변 론 종 결 2021.5.18.

판 결 선 고 2021.7.13.

주 문

1. 원고의 주위적, 예비적 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 종중으로서 2012. 11. 26. 피고에 의해 구 국세기본법(2018. 12. 31. 법률

제16097호로 개정되기 전의 것) 제13조 제2항에 따라 ‘법인으로 보는 단체’로 승인받았

고, ‘수익사업을 하지 않는 비영리법인’으로서 고유번호를 발급받았다.

나. 원고는 1995. 6. 29. ○○○시 ○○동 18 전 1517㎡(이하 ‘이 사건 18 토지’라고

한다), 같은 동 산77-4 임야 7107㎡(이하 ‘이 사건 산77-4 토지’라고 한다)에 대하여

1969. 3. 26.자 증여를 원인으로 한 소유권이전등기를 경료하였다.

다. 경기도시공사는 2013. 12. 17. 원고 소유의 이 사건 18 토지, 산77-4 토지를 수

용하고 2013. 12. 27. 소유권이전등기를 경료하였으며, 원고에게 토지수용보상금 합계

1,367,118,750원을 지급하였다.

라. 원고는 2014. 2. 28.경 이 사건 18 토지에 대하여는 구 조세특례제한법(2015. 12.

15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제69조에 따라 자경농지에 대한

양도소득세 감면규정을 적용하여, 피고에게 위 18 토지 및 이 사건 산77-4 토지의 양

도소득세 146,544,620원을 신고․납부하였다.

마. 피고는 2019. 3. 14. ‘원고가 법인으로 보는 단체로 승인받은 비영리법인으로서

구 조세특례제한법 제69조의 자경농지 감면 규정이 적용될 수 없다’고 보아 위 조항에

따른 양도소득세액 감면을 부인하고 2013년 사업연도 법인세 101,902,650원(가산세

40,782,708원 포함)1)을 경정․고지하였다(이하 ’이 사건 처분‘이라 한다).

바. 원고는 이에 불복하여 2019. 4. 9. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2020. 1.

29. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1, 2, 3호증(가지번호 있는 것은 가지

번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 요지

주위적 청구와 관련해서, 이 사건 산77-4 토지는 원고 종중의 분묘가 소재한 선산

으로서 그 양도시점 기준으로 3년 이상 종중의 고유목적사업에 사용되고 있었다. 따라

서 이 사건 산77-4 토지의 양도에 따른 수입은 구 법인세법(2014. 12. 23. 법률 제

12850호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제3조 제3항 제5호, 구 법인세법 시행령

(2017.2. 3. 대통령령 제27828호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조 제2항에서 정

한 ’3년간 고유목적사업으로 사용된 비영리법인의 고정자산 매각으로 인하여 생긴 수

입’으로서 법인세 과세대상에서 제외되어야 한다. 또한, 원고가 이 사건 18 토지, 산

77-4 토지의 양도소득에 관하여 법인세를 납부하였어야 했다고 하더라도, 그 정당한

법인세액은67,636,690원2), 법인지방소득세는 6,763,669원이어서 이미 납부한 양도소

득세액보다 적다. 그럼에도 불구하고 위 각 토지의 양도소득에 대하여 다시 법인세를

부과하는 이사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

한편 예비적 청구와 관련해서는, 원고는 세무사에게 의뢰하여 이 사건 18 토지는 양

도소득세 감면을 받고 이 사건 산77-4 토지의 양도소득에 대하여만 양도소득세를 납부

한 것이고, 원고로서는 당시 양도소득세가 아닌 법인세를 납부하여야 했다는 것을 알

수 없었다. 그런데 피고가 이제 와서 법령을 잘못 적용하였다며 가산세까지 부과하는

것은 부당한바, 이 사건 처분 중 가산세 부분은 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 주위적 청구에 대한 판단

1) 이미 양도소득세를 납부한 이후 자경농지 감면을 부인하고 다시 법인세를 부과

할 수 있는지 여부

가) 앞서 본 바와 같이 원고는 2012. 11. 26. 피고에 의하여 ‘법인으로 보는 단

체’로 승인을 받았는바, 비영리내국법인인 원고 소유의 이 사건 18 토지, 산77-4 토지

의 양도소득은 구 법인세법 제3조 제3항 제5호에서 정하는 ‘고정자산의 처분으로 인하

여 생기는 수입’으로서 원칙적으로 법인세 부과대상에 해당한다. 원고가 양도소득세 감

면신청을 하면서 그 근거로 든 구 조세특례제한법 제69조는 자경농지에 대한 양도소득

세 감면 규정으로서, 종중인 원고에게 위 조항이 적용된다고 볼 수는 없다.

나) 구 법인세법 제62조의2 제1항에 의하면, 비영리내국법인이 고정자산의 처분

으로 인하여 생기는 수입으로서 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득이 있는 경우에는

해당 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있고, 같은

조 제2항에 의하면, 이와 같이 과세표준 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는

소득세법 제92조를 준용하여 계산한 과세표준에 소득세법 제104조 제1항 각 호의 세

율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이와 같은 구 법인세법 제62

조의2 내용을 보면, 자산양도로 인한 법인의 소득은 원칙적으로 법인세법령에서 정한

방법에 의하여 산정된 법인세 납부대상이지만, 종중과 같이 비영리내국법인의 경우에

는 납세자의 선택에 따라 양도소득세 산정에 관한 규정인 구 소득세법(2014. 1. 1. 법률

제12153호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제92조, 제104조에 따라 산정된 금액을 법인

세로 납부할 수 있도록 한 것이다. 따라서 피고가 원고에 대하여 이 사건 18 토지의

양도소득에 대하여 자경농지 감면을 부인하고 위 18 토지 및 이 사건 산77-4 토지의

양도소득에 대하여 법인세를 부과한 것은 정당하다.

2) 이 사건 산77-4 토지가 법인의 고유목적사업에 사용되어 그 양도소득이 법인세

과세대상에서 제외되는지 여부

가) 구 법인세법 제3조 제3항 제5호에서는 ‘고정자산의 처분으로 인하여 생기는

수입’은 법인세 과세소득에 해당하나, 그 고정자산에서 ‘고유목적사업에 직접 사용하는

고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다’고 정하고, 구 법인세법 시행령 제

2조 제2항에 의하면, ‘구 법인세법 제3조 제3항 제5호에서 “대통령령으로 정하는 것”이

란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목

적사업에 직접 사용한 것을 말한다’고 규정한다. 고유목적사업에 직접 사용한 것인지

여부는 당해 비영리내국법인의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를

기준으로 객관적으로 판단하여야 한다(대법원 2014. 5. 29. 선고 2014두35454 판결 참

조). 또한, 위와 같은 규정형식과 문언에 비추어 해당 고정자산이 ‘처분일 현재를 기준

으로 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산’에 해당하여 과세소득

의 범위에서 제외된다는 점은 납세의무자가 증명하여야 한다고 할 것이다.

나) 위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 본다. 갑 제4, 5호증의 각 기재에 의하

면, 오AA, 오BB, 오CC 3인이 임야조사령에 따라 ○○○시 ○○동 산77 토지를 사

정받았고, 이후 위 토지는 같은 동 산77-2 토지, 같은 동 산77-5 토지 및 이 사건 산

77-4 토지 등으로 분할되었으며, 위 각 토지 모두 원고 종중원들 명의를 거쳐 현재 원

고 명의로 소유권이전등기가 경료된 사실은 인정된다.

그런데, 갑 제3, 8호증의 각 기재, 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같

은 사실 및 사정을 고려하면, 이 사건 산77-4 토지가 2013년 수용될 당시 원고 종중의

고유목적사업으로 직접 사용되고 있었던 것이라고 인정하기 어렵다.

① 원고 종중의 정관 제2조(목적)는 “본 종중은 조상을 받들고 선영을 가꾸고

회원 상호간에 상부상조 및 종중의 단합을 도모함은 물론 종중사를 논의함을 목적으로

한다.”고 정한다.

② 2013. 11.경 이 사건 산77-4 토지가 수용될 당시 위 토지상에는 분묘 4기

가 소재하고 있었는데, 그 중 1기는 원고의 전 회장 오DD의 조부(오명예) 묘이었으

나, 나머지 3기는 정확한 매장자 확인이 불가하였고, 다만 오DD이 연고자로서 위 분

묘 4기에 대하여 일괄적으로 개장신고를 하였다. 이와 같이 이 사건 산77-4 토지의 전

체 면적 7,107㎡ 중 매장자가 확인된 분묘 1기가 소재하고 있을 뿐이고, 그 외 원고

종중에서 위 분묘를 관리하기 위한 재실 등의 시설도 없었다.

③ 경기도시공사는 이 사건 산77-4 토지상의 분묘 4기에 대한 이장비 등을

모두 원고 종중 명의가 아닌 오DD 개인 명의 계좌로 지급하였다.

④ 원고가 제출한 갑 제10, 11호증의 각 영상은 원고 종중이 2016년경 이후

다른 곳에 단을 만들어 시향을 지내는 장면을 촬영한 것인바, 원고가 제출한 증거들만

으로는 이 사건 산77-4 토지가 수용된 2013. 11.경 기준으로 그 당시까지 오DD 개인

이 아니라 원고 종중이 그 지상의 분묘에서 정기적으로 제사를 지냈다거나 위 분묘를

직접 관리하였다고 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

다) 따라서 이 사건 산77-4 토지의 처분으로 인하여 생기는 수입이 법인세 과세

소득에 포함되는 것을 전제로 한 이 사건 처분은 적법하고, 이와 다른 전제에 선 원고

의 위 주장은 이유 없다.

라. 예비적 청구에 대한 판단

1) 관련 법리

법인세법상 과소신고가산세 및 무납부가산세는 과세의 적정을 기하기 위하여 납

세의무자인 법인으로 하여금 성실한 과세표준의 신고 및 세액의 납부를 의무지우고 이

를 확보하기 위하여 그 의무이행을 게을리 하였을 때 가해지는 일종의 행정상의 제재

라고 할 것이고(대법원 2002. 8. 23. 선고 2002두66 판결 참조), 이때 납세자의 고의·과

실은 고려되지 아니하고 법령의 부지·착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한

사유에 해당하지 아니한다(대법원 2004. 6. 24. 선고 2002두10780 판결 등 참조).

2) 구체적 판단

앞서 본 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음 사정들을 고려

하면, 이 사건 처분 중 원고가 이 사건 18 토지, 산77-4 토지의 양도소득과 관련하여

법인세 신고 및 납부를 하지 않음으로써 부과된 가산세 부분도 적법하고, 이와 다른

전제에 선 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

① 구 법인세법 제62조의2 제7항, 제8항, 구 법인세법 시행령 제99조의2 제6

항, 구 법인세법 시행규칙(2014. 3. 14. 기획재정부령 제409호로 개정되기 전의 것, 이하

같다) 제82조 제1항 제56의2호에 의하면, 구 법인세법 시행규칙 [별지 제57호의2서식]

의 ‘비영리내국법인의 양도소득과세표준예정신고서’가 제출된 경우에는 법인세 과세표

준에 대한 신고를 한 것으로 보게 된다. 그런데 원고는 위와 같은 양도소득과세표준

예정신고서를 제출한 것이 아니라, 2014. 2. 28.경 구 소득세법령에 따른 양도소득과세

표준신고 및 납부계산서를 제출하였는바, 이를 구 법인세법상 과세표준 신고로 볼 수

는 없다.

② 또한 원고는 그 적용대상이 아닌 구 조세특례제한법상 자경농지 감면 규정

을 적용하여 양도소득 과소신고를 하기도 하였는바, 원고가 구 법인세법상 신고의무를

다하였다고 보기 어렵다.

③ 원고가 2014. 2. 28.경 피고에게 제출한 ‘양도소득과세표준신고 및 납부계

산서’에는 세무대리인의 기명, 날인 등이 없다. 원고가 세무대리인에게 위임하여 위와

같은 신고를 하였다고 하더라도, 구 법인세법령에 따른 신고의무를 다하지 않은 것은

단순한 법령의 부지 내지는 오해에 기인한 것으로 보일 뿐이고, 비영리내국법인의 자

산양도소득이 구 법인세법령상 신고의무 대상인지 여부에 대하여 당시 과세관청에서도

그 입장이 확실하지 않았다거나, 원고에게 그 신고의무 등의 이행을 기대하는 것이 무

리였다고 볼 만한 사정도 없다. 따라서 원고의 그 신고의무 등 위반에 정당한 사유가

있었다고 보기는 어렵다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 주위적, 예비적 청구는 모두 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여

주문과 같이 판결한다.