서울행정법원-2020-구합-55336 (2021.09.17)

사 건

서울행정원-2020-구합-55336

원 고

aaa

피 고

zz세무서장

변 론 종 결

판 결 선 고

2021.09.17.

주 문

1. 피고가 2018. 4. 6. 원고에 대하여 한 별지 1 목록 제1항 ‘부과처분’란 기재 2014 사업연도, 2015 사업연도 각 법인세(가산세 포함) 부과처분 중 ‘정당한 세액’란 기재 각 금액을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 1/3은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

주문 제1항 및 피고가 2018. 4. 6. 원고에 대하여 한 별지 1 목록 제2항 기재 각 부가가치세 부과처분(가산세 포함)을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고의 지위

원고는 1958. 8. 12. 설립되어 실리콘원료 및 제품의 제조․가공․판매 및 부산물 매매업, 부동산 개발 및 공급업 등을 영위하고 있는 회사이다.

나. 법인세 부과처분 경위

1) 2012년 및 2013년경, 원고와 독일에 본사를 둔 글로벌 화학기업인 AAA, 미국에 본사를 둔 글로벌 소재기업인 ‘Dow Corning Corporation’(이하 ‘미국BBB’이라 한다), 한국 BBB 주식회사(이하 ‘한국 BBB’이라 하고, 미국 BBB과 한국 BBB을 통틀어 ‘BBB’이라 한다) 사이에 원

고의 실리콘 기반 제품이 AAA와 BBB의 영업비밀 등을 침해하였는지 여부에 관한

분쟁이 발생하였다.

2) 원고는 AAA와, 2014. 8. 5. ‘AAA는 합의일 이전 발생한 AAA의 지적재산권에 대한 침해에 관하여 모든 청구권을 포기하고, 원고와 그 임직원 등을 면책하며, 2014. 8. 5.부터 2018. 12. 31.까지 원고에게 합의 적용제품(Covered Products)의 생산, 판매, 유통, 사용 등을 승인한다. 원고는 15일 이내에 AAA에 ****달러(미국달러, 이하 같다)의 일시납입금을 지급하고, 2015. 1. 31.부터 2019. 1. 31.까지 5회에 걸쳐 원고의 실리콘 관련 제품 매출액의 일정 비율에 해당하는 연분할납입금을 지급한다’는 내용의 최종합의서(이하 ‘AAA 합의서’라 한다)를 작성하였다.

3) 원고는 AAA 합의서에 따라 AAA에 아래와 같이 합의금을 지급하고, 이를 각 해당 지급연도의 손금에 산입하였다.

4) 또한 원고는 BBB과, 2015. 4. 1. ‘BBB은 합의일 이전 발생한 BBB의 지적재산권에 대한 침해에 관하여 모든 청구권(특허권, 상표권, 저작권 관련 법률에 따른 청구권은 제외함)을 포기하고, 원고와 그 임직원 등을 면책하며, 2015. 4. 1.부터 2020. 3. 31.까지 원고가 합의 적용제품을 연구, 설계, 개발, 생산, 판매, 사용하는 등의 행위에 대하여 BBB의 지적재산권 침해를 이유로 한 어떠한 청구도 하지 않기로 확약한다. 원고는 30일 이내에 BBB에 ****달러의 일시납입금을 지급하고, 2015. 12. 31.부터 2017. 12. 29.까지 3회에 걸쳐 각 ****달러의 연분할납입금을 지급한다’는 내용의 최종합의서(이하 ‘BBB 합의서’라 하고, AAA 합의서와 BBB 합의서를 통틀어 ‘이 사건 각 합의서’라 하며, 이 사건 각 합의서에 따른 합의를 ‘이 사건 각 합의’라 한다)를 작성하였다.

5) 원고는 BBB 합의서에 따라 BBB에 아래와 같이 합의금을 지급하고, 이를 각 해당 지급연도의 손금에 산입하였다.

6) 그런데 서울지방국세청장은 2017. 12. 5.부터 2018. 3. 23.까지 원고에 대한 세무조사를 실시한 뒤, ‘원고가 이 사건 각 합의서에 따라 AAA, BBB에 지급하기로한 합의금은 지적재산권 사용에 따른 사용료에 해당하므로, 원고가 2014. 8. 18. AAA에 지급한 일시납입금 ****달러(이하 ‘AAA 합의금’이라 한다)는 2014 사업연도의 손금에 산입할 것이 아니라 AAA 합의서에 따른 지적재산권 사용기간인 2014. 8. 5.부터 2018. 12. 31.까지 기간에 안분하여 손금에 산입하여야 하고, BBB 합의서에 따라 BBB에 지급하기로 한 일시납입금 및 연분할납입금 합계 ****달러[=일시납입금 ****달러 + (연분할납입금 ****달러 × 3년), 이하 ‘BBB 합의금’이라 하고, AAA 합의금과 BBB 합의금을 통틀어 ‘이 사건 각 합의금’이라 한다] 역시 실제 지급한 연도의 손금에 산입할 것이 아니라 BBB 합의서에 따른 지적재산권 사용기간인 2015. 4. 1.부터 2020. 3. 31.까지 기간에 안분하여 손금에 산입하여야 한다‘라고 보아 아래와 같이 원고의 2014 내지 2016 사업연도 손금을 조정하여야 한다는 과세자료를 피고에게 통보하였다.

7) 이에 따라 피고는 2018. 4. 6. 위와 같이 원고의 2014 내지 2016 사업연도 손금을 조정하고, 그 외에도 원고와 특수관계인 사이의 조광료 거래에 대해 부당행위계산부인을 적용하는 등 법인세 과세표준을 경정하여 원고에게 별지 1 목록 제1항 ’부과처분‘란 기재와 같이 2014 내지 2016 사업연도 각 법인세(가산세 포함)를 경정․고지하였다(이하 ’이 사건 법인세 부과처분‘이라 한다).

다. 부가가치세 부과처분 경위

1) JJJ시장은 2010. 3. 16. JJJ시 고시 제2010-65호로 JJJ역에 인접한 원고 소유의 권선구 서둔동 296-3 일대 토지 270,741㎡(이하 ’이 사건 사업부지‘라 한다)의 용도지역을 ’준공업지역‘에서 ’일반상업지역‘으로 변경하는 내용의 JJJ 도시관리계획(역세권2 제1종 지구단위계획) 변경 고시를 하였다.

2) 당시 원고는 이 사건 사업부지 중 일부를 CCCJJJ역쇼핑타운 주식회사(이하 ’CCC쇼핑‘이라 한다)에 임대하고 있었고, JJJEEE역사 주식회사(이하 ’EEE‘이라 한다)는 이 사건 사업부지 인근에서 쇼핑몰인 ’DDD몰 JJJ점‘을 운영하고 있었다. 그리고 원고는 이 사건 사업부지에 쇼핑몰인 ’FFF몰‘을 신축할 계획을 가지고 있었고, CCC쇼핑은 CCC자산개발 주식회사(이하 CCC쇼핑과 CCC자산개발 주식회사를 통틀어 ’CCC‘라 한다)를 통하여 ’CCC JJJ역 쇼핑타운‘(이후 명칭이 ’CCC몰 JJJ점‘으로 변경되었다)을 신축할 계획을 가지고 있었으며, EEE은 ’DDD몰 JJJ점‘을 증축할 계획을 가지고 있었다.

3) 이에 JJJ시는 원고, CCC, EEE에게 JJJ역 인근에 발생할 수 있는 교통 혼잡을 방지하기 위한 대책을 요구하였고, 원고, CCC, EEE은 JJJ역 인근 철도선로를 가로지르는 KKK교의 확장․연장공사(이하 ’이 사건 공사‘라 한다)에 소요되는 비용을 분담하기로 합의하였다.

4) 이에 따라 JJJ시와 원고는 2012. 1.경 이 사건 공사에 소요되는 비용 ****원 중 원고가 ****원(이하 ’이 사건 분담금‘이라 한다)을 분담하기로 하는 ’JJJ역 주변 교통개선 대책 분담비용 납부 협약‘을 체결하였고, 이에 따라 원고는 2013. 4.경부터 2015. 3.경까지 ****원을 지출하였다.

5) 원고는 이 사건 분담금과 관련된 매입세액 ****원(이하 ’쟁점 매입세액‘이라 한다)을 매출세액에서 공제하여, 2013년 제1기부터 2015년 제1기까지의 부가가치세를 신고․납부하였다.

6) 그런데 서울지방국세청장은 2017. 12. 5.부터 2018. 3. 23.까지 원고에 대한 세무조사를 실시한 뒤, ’쟁점 매입세액은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로 구 부가가치세법(2017. 12. 19. 법률 제15223호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제39조 제1항 제7호, 부가가치세법 시행령 제80조 제1호, 제3호에 따라 공제하지 아니하는 매입세액에 해당한다‘라고 보아 이에 대한 과세자료를 피고에게 통보하였다.

7) 이에 따라 피고는 2018. 4. 6. 쟁점 매입세액을 각 과세기간의 매출세액에서 공제하지 아니하는 것으로 경정하여 원고에게 별지 1 목록 제2항 기재와 같이 2013년 제1기부터 2015년 제1기까지의 각 부가가치세(가산세 포함)를 경정․고지하였다(이하 ’이 사건 부가가치세 부과처분‘이라 한다).

라. 전심절차 경유

원고는 2018. 7. 10. 이 사건 법인세 및 부가가치세 부과처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2019. 11. 25. 위 심판청구를 기각하였다.

2. 관계 법령

별지 2 기재와 같다.

3. 이 사건 법인세 부과처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

아래와 같은 이유로 이 사건 각 합의금은 이 사건 각 합의서 체결일이 속하는 사업연도의 손금으로 산입되어야 하므로, 이 사건 법인세 부과처분 중 이 사건 각 합의금을 계약기간에 안분함으로써 발생한 부분은 취소되어야 한다.

1) 원고는 AAA와 BBB의 지적재산권 침해와 관련한 원고의 모든 민․형사상 책임을 면책해 주는 대가로 그들에게 이 사건 각 합의금을 지급하였으므로, 이는 지적재산권 사용료가 아니라 그 실질이 손해배상금에 해당한다. 또한 이 사건 각 합의금은 이 사건 각 합의서 체결일에 그 지급의무가 확정되었으므로, 구 법인세법(2017. 12.19. 법률 제15222호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제40조 제1항에 따라 이 사건 각 합의서 체결일이 속하는 사업연도의 손금으로 산입되어야 한다.

2) 설령 이 사건 각 합의금이 지적재산권 사용료에 해당한다고 하더라도, 이 사건 각 합의서 체결일에 그 지급의무가 확정되었던 이상 구 법인세법 제40조 제1항에 따라 이 사건 각 합의서 체결일이 속하는 사업연도의 손금으로 산입되어야 한다.

나. 관련 법리

구 법인세법 제40조는 제1항에서 ’내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속 사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다‘라고 규정하고, 제2항에서 ’제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다‘라고 규정하고 있다. 그 위임에 따른 구 법인세법 시행령(2017. 2.3. 대통령령 제27828호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제68조 내지 제71조는 거래의 유형 내지 대금의 지급방법 등에 따라 익금과 손금의 구체적인 귀속시기를 개별적으로 규정하고 있고, 한편 구 법인세법 제43조는 ’내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산․부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정․타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용하거나 관행을 계속 적용하여 온 경우에는 이 법 및 조세특례제한법에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 그 기업회계의 기준 또는 관행에 따른다‘라고 규정하고 있다. 위와 같이 구 법인세법 제40조는 제1항, 제2항 등에서 권리의무확정주의를 선언하고, 거래유형 등에 따라 익금과 손금의 구체적인 귀속시기를 규정하고 있기는 하나, 이러한 거래유형 등에 따른 세법상의 손익귀속에 관한 규정이 현대사회의 다종다양한 모든 거래유형을 예측하여 그 자체로서 완결적으로 손익의 귀속을 정한 규정이라고 할 수 없으므로, 위 규정들만으로 손익의 귀속을 정하기 어려운 경우에는 법인세법상의 권리의무확정주의에 반하지 아니하는 한, 구 법인세법 제43조에서 정하였듯이 일반적으로 공정․타당한 회계관행으로 받아들여지는 기업회계기준에 따라 손익의 귀속을 정할 수 있다고 해석함이 타당하며, 이러한 해석이 국세기본법 제20조의 취지에도 부합한다[대법원 1992. 10. 23. 선고 92누2936, 2943(병합) 판결 등 참조]. 따라서 기업회계기준상의 손익의 귀속에 관한 규정이 세법의 개별 규정에 명시되어 있지 않다는 이유만으로 곧바로 권리의무확정주의에 반한다고 단정할 수는 없고, 특정 기업회계기준의 도입 경위와 성격, 관련된 과세실무 관행과 그 합리성, 수익비용대응 등 일반적인 회계원칙과의 관계, 과세소득의 자의적 조작 가능성, 연관된 세법 규정의 내용과 체계 등을 종합적으로 고려하여, 구 법인세법 제43조에 따라 내국법인의 각 사업연도 소득금액계산에 적용될 수 있는 ‘기업회계의 기준이나 관행’에 해당하는지를 판단하여야 한다(대법원 2017. 12. 22. 선고 2014두44847 판결 등 참조).

다. 인정 사실

앞서 든 증거들과 갑 제3, 4, 6 내지 10, 25호증, 을 제7호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 다음과 같은 사실이 인정된다.

1) 원고는 2010. 2.경 AAA의 전직 직원인 GGG를 기술자문역으로 선임하고, 실리콘 배합, 조성, 공정구조, 설비기술 등에 대한 자문을 구하였다.

2) 그런데 AAA는 GGG가 AAA의 영업비밀 등을 원고에게 유출했을 가능성이 높다고 판단하여 미합중국연방수사국(FBI)에 GGG를 영업비밀 누설 등의 혐의로 고소하였다. GGG는 2012. 4.경 체포되었고, AAA는 2012. 4. 말경 원고에게 ‘원고를 상대로 민․형사상 조치를 취할 예정이므로 GGG 또는 AAA와 관련된 문서를 보존해 달라’는 요청을 하였다.

3) GGG는 미합중국 검찰에 의하여 기소되었고, 그 이후인 2013. 7.경 AAA는 원고에게, ‘원고가 GGG로부터 받은 정보가 AAA의 영업비밀을 포함하고 있음을 자인하고, GGG로부터 받은 모든 문서를 반환 또는 폐기해 달라’는 요청을 하였고, 이후 수차례에 걸쳐 원고의 회신을 독촉하였다.

4) 한편 원고는 2012. 4. 12.경 한국BBB에서 약 15년 동안 태양광사업부 부장 등으로 근무하다가 퇴사한 HHH을 원고의 본사 실리콘영업부 부장으로 영입하였는데, BBB은 2012. 6.경 수사기관에 HHH과 원고의 임직원들에 대한 수사를 의뢰하였다. HHH과 원고의 실리콘 분야 담장 부장인 III은 2015. 9. 11. 부정경쟁방지 및 영업비밀보호에 관한 법률 위반(영업비밀누설등)죄로 기소되었고, HHH은 2017. 10. 13. 서울중앙지방법원 2017노330 사건에서, III은 2017. 1. 12. 서울중앙지방법원 2015고단5390 사건에서 각 아래와 같은 범죄사실에 대한 유죄 판결을 받았다. 위 각 판결은 HHH과 III의 항소 및 상고가 모두 기각되어 확정되었다.

5) BBB은 위 형사사건의 수사가 진행되자 원고에게 지적재산권 침해 등에 대한 손해배상 등을 요구하였다.

6) 원고는 위와 같이 AAA, BBB과 사이에 연이어 분쟁이 발생하자 미국 소재 법무법인인 Paul Hastings를 법률대리인으로 선임하여 협상을 통한 분쟁의 해결을 시도하였고, 수차례의 협상 과정을 거쳐 2014. 8. 5. AAA와, 2015. 4. 1. BBB과 사이에 원고의 AAA, BBB 전직 직원(GGG, HHH) 채용 및 영업비밀 등 침해와 관련된 원고와 그 임직원의 모든 민․형사상 책임을 면책하고, 그 대가로 원고가 AAA,BBB에 이 사건 각 합의금을 지급하기로 합의하였다.

7) 원고와 AAA가 2014. 8. 5. 작성한 AAA 합의서의 주요 내용은 아래와 같다.

8) 원고와 BBB이 2015. 4. 1. 작성한 BBB 합의서의 주요 내용은 아래와 같다.

라. 판단

위 인정사실 및 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 이 사건 각 합의금은 원고가 GGG, HHH을 직원으로 채용하여 실리콘 관련 제품에 대한 영업비밀 등을 취득함으로써 발생한 AAA 및 BBB의 손해를 배상하고, 대신 AAA 및 BBB이 원고와 그 임직원들에 대하여 민․형사상 책임을 묻지 않도록 하기 위하여 지급된 것으로 판단된다. 즉, 이 사건 각 합의금은 그 실질의 대부분이 손해배상금의 성격을 가지고 있다고 보일 뿐 단순히 지적재산권에 대한 장래의 사용료에 해당한다고 보기는 어려우므로, 이를 계약기간에 안분하여 손금에 산입할 기업회계 기준이나 관행이 있다고 볼 수 없다. 결국 이 사건 각 합의금은 구 법인세법 제40조 제1항에 따라 그 지급의무가 확정된 날이 속하는 사업연도, 즉 AAA 합의서 작성일이 속하는 2014 사업연도 및 BBB 합의서 작성일이 속하는 2015 사업연도의 손금으로 귀속되는 것이 타당하고, 그런데도 이 사건 각 합의금을 굳이 이 사건 각 합의서의 계약기간에 안분하여 손금에 산입한 이 사건 처분은 위법하다. 이를 지적하는 원고의 주장은 이유 있다.

① AAA 및 BBB은 원고가 GGG, HHH을 채용하여 영업비밀 등을 전달 받는 방법으로 위 회사들에 손해를 입혔다고 주장하며 원고와 그 임직원들에게 민․형사상 책임을 묻겠다는 의사를 표시하였고, 이 사건 합의는 이를 해결하기 위한 것이었다. 협상 과정에서 AAA는 원고 측 불법행위로 인한 손해액이 과거 10년간 AAA의 실리콘 관련 제품 매출액의 5% 상당액인 ****달러에 해당한다고 주장하며 위 금액의 지급을 요청하였고, BBB은 손해액이 과거 6년간 실리콘 관련 제품 추정매출액의 1% 상당액인 ****달러에 이른다고 주장하며 위 금액의 지급을 요청하였으며, 수차례의 협상을 통하여 감액된 것이 이 사건 합의금이다. 위와 같은 이 사건 각 합의의 경위에 비추어 보면, 이 사건 각 합의금은 원고의 지적재산권 침해 행위로 인하여 AAA 및 BBB이 입었을 가능성이 있는 손해액을 기준으로 산정된 것으로 보인다.

② 이 사건 각 합의서의 전문에는 원고와 AAA 및 BBB 사이에 영업비밀 침해에 대하여 분쟁이 있었고, 위 분쟁을 해결하기 위한 소송 등 법적 절차에 따른 비용, 불확실성 등을 해소하기 위하여 이 사건 합의를 체결하였다는 내용이 명시되어 있다. 위 전문에 “어떠한 불법행위 또는 책임을 시인하지 않는다는 전제 하에”라는 문구가 기재되어 있기는 하나, 이는 이 사건 각 합의서가 추후 원고 또는 그 임직원의 형사책임을 인정하는 자료로 사용되거나 BBB이 원고에게 특허권, 상표권, 저작권 등에 따른 청구를 할 경우 불리한 자료로 사용되는 것을 방지하기 위하여 삽입된 문구로 보일 뿐, 이것만으로 이 사건 각 합의금이 손해배상금이 아니라고 볼 수는 없다.

③ 이 사건 각 합의서 제1조 b항은 ‘적용제품(Covered Products)이란 원고가 이 사건 각 합의서 작성일 이전에 생산․판매한 실리콘 관련 제품이거나, 위 작성일 이후에 생산․판매하였더라도 작성일 전의 행위와 관련된 실리콘 관련 제품을 의미한다’고 규정하고 있고, AAA 합의서 제3조, BBB 합의서 제3조 a항은 ‘적용제품’의 생산,판매, 유통, 수입, 사용 등과 관련하여 이 사건 각 합의서 작성일 이전 발생하였거나 발생할 수 있었던 AAA 및 BBB의 지적재산권에 대한 침해로부터 원고를 면책한다고 규정하고 있다. 즉, 이 사건 각 합의금은 실제로 이 사건 합의 이전 발생한 영업비밀 등 침해 행위로부터 원고와 그 임직원을 면책하기 위하여 지급된 돈이다.

④ 이 사건 각 합의서 제4조 a항에서, AAA 및 BBB이 원고가 계약기간(AAA 합의서의 경우 2014. 8. 5.부터 2018. 12. 31.까지, BBB 합의서의 경우 2015. 4. 1.부터 2020. 3. 31.까지) 동안 적용제품을 생산․판매하는 행위를 승인하도록 규정하고 있기는 하다. 그런데 위 규정의 적용 대상은 어디까지나 ‘적용제품’에 한정되므로, 원고는 이 사건 각 합의 전 이미 취득하였을 수 있는 AAA 및 BBB의 영업비밀 등을 이용하여 계약기간 동안 실리콘 관련 제품을 생산할 수 있을 뿐, 계약기간 동안 새로이 AAA 및 BBB으로부터 영업비밀 등 지적재산권을 제공받는 것이 아니다. 나아가 위 규정의 취지는, 원고의 실리콘 관련 제품 중 AAA 및 BBB의 영업비밀 등을 이용한 제품을 정확히 특정하는 것이 실제로 어렵고, 원고가 이 사건 각 합의서 작성일을 기준으로 적용제품의 생산․판매를 중단하게 될 경우 큰 손해를 입게 되므로, 이 사건 각 합의서 작성일 이후에도 일정 기간 동안 적용제품의 생산․판매를 가능하게 하였던 것으로 보일 따름이다. 그렇다면 이는 원고가 기왕에 취득한 AAA 및 BBB의 영업비밀 등을 이용하여 실리콘 관련 제품을 생산하는 것을 AAA 및 BBB이 문제삼지 않기로 한 데 따르는 일련의 조치에 불과하므로, 위 규정만을 근거로 이 사건 각 합의금이 향후 지적재산권의 사용료에 해당한다고 보기는 어렵다.

⑤ 나아가 BBB 합의서 제3조 c항, 제4조 c항은 앞서 본 면책 규정에도 불구하고 BBB이 원고를 상대로 특허권, 상표권, 저작권 관련 법률에 따른 청구를 할 수 있도록 규정하고 있기도 하다. 즉, BBB은 이 사건 합의서를 통해 원고의 과거 영업비밀 등 침해를 이유로 원고와 그 임직원의 손해배상책임이나 형사책임만을 면책하였던 것으로 보이고, 문제된 BBB의 영업비밀 등 지적재산권에 대하여 원고에게 향후 완전한 사용권을 부여하였다고 보기도 어렵다.

⑥ AAA 합의서 제2조는 합의서 작성일로부터 15일 이내에 지급하는 AAA 합의금 외에도 5년의 기간 동안 매년 분할하여 지급하는 연분할납입금을 별도로 규정하고 있고, 특히 원고의 전년도 적용제품 관련 매출에 대하여 일정 비율을 곱하는 방식으로 연분할납임금을 산정하고 있다. 그렇다면 AAA 합의금 부분은 원고의 영업비밀 등 침해 행위에 대한 손해배상금으로 지급한 것이고, 연분할납임금 부분이 계약기간 동안 원고가 사용할 AAA의 지적재산권에 대한 사용료로 지급한 것이라고 볼 여지도 충분하다.

마. 정당세액의 계산

따라서 당초 원고가 신고한 바와 같이 계약기간으로 안분하지 않고 이 사건 각 합의서의 작성일에 따라 AAA 합의금을 2014 사업연도 손금으로, BBB 합의금을 2015 사업연도 손금으로 각 산입1)한 것은 정당하고, 이 경우 아래와 같은 방법으로 계산한 정당세액은 별지 1 목록 제1항 ‘정당한 세액’란 기재와 같으므로, 이 사건 법인세 부과처분 중 이를 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

4. 이 사건 부가가치세 부과처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 이 사건 사업부지에서 진행할 계획이었던 ‘FFF몰’ 건축사업에 대한 대가로 이 사건 분담금을 지급한 것이므로, 쟁점 매입세액은 위 건물 신축을 위한 매입세액에 해당할 뿐 이 사건 사업부지와 무관하다. 따라서 쟁점 매입세액은 구 부가가치세법 제39조 제1항 제7호, 부가가치세법 시행령 제80조에서 규정한 매출세액에서 공제되지 않는 매입세액에 해당하지 않으므로, 쟁점 매입세액을 각 과세기간의 매출세액에서 공제하지 아니한 이 사건 부가가치세 부과처분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 관련 법리

구 부가가치세법 제37조 제1항, 제2항은 ‘납부세액은 과세표준에 세율을 적용하여 계산한 매출세액에서 제38조에 따른 매입세액 등을 뺀 금액으로 한다’라고 규정하면서, 제38조 제1항 제1호에서 매출세액에서 공제하는 매입세액의 하나로 ‘사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액’을 규정하고 있고, 제39조 제1항 제7호는 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액의 하나로 ‘대통령령이 정하는 토지에 관련된 매입세액’을 규정하고 있다. 그 위임에 따른 부가가치세법 시행령 제80조는 ‘대통령령이 정하는 토지에 관련된 매입세액’이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서, ’토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액‘(제1호), ’토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액‘(제3호)에 해당하는 것을 말한다고 규정하고 있다.

위와 같이 토지에 관련된 매입세액을 매출세액에서 공제하지 않는 취지는 토지가 부가가치세법상 면세재화이어서 그 자체의 공급에 대해서는 매출세액이 발생하지 않으므로 그에 관련된 매입세액도 공제하지 않는 것이 타당하다는 데 있고, 일반적으로 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출은 당해 토지의 양도시 양도차익을 산정함에 있어 그 취득가액에 가산하는 방법으로 회수된다(대법원 2010. 1. 14. 선고 2007두20744 판결 등 참조).

토지에 대한 자본적 지출이라 함은 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 데에 소요된 비용을 말하고(대법원 1999. 11. 12. 선고 98두15290 판결 참조), 통상 진입도로의 개설은 특별한 사정이 없는 한 그 진입도로에 의하여 이용 편의를 제공받는 토지의 효용가치를 증가시키는 데에 기여한다고 할 것이다. 따라서 토지의 이용 편의를 위하여 당해 토지에 이르는 진입도로를 개설하여 국가 또는 지방자치단체에 이를 무상으로 공여한 경우, 그 도로로 된 토지의 가액 및 도로개설비용은 당해 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 데 소요된 것으로서 당해 토지에 대한 자본적 지출에 해당한다고 할 것이고, 그 소요비용이 특정사업의 면허 또는 사업의 개시 등과 관련하여 지출된 것이라고 하여 달리 볼 것은 아니다(대법원 2008. 4. 11. 선고 2006두5502 판결 참조).

다. 인정 사실

앞서 든 증거들과 갑 제14 내지 17, 22, 23호증, 을 제4, 8호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 다음과 같은 사실이 인정된다.

1) JJJ시장은 2010. 3. 16. JJJ시 고시 제2010-65호로 이 사건 사업부지의 용도지역을 ‘준공업지역’에서 ‘일반상업지역’으로 변경하는 내용의 JJJ 도시관리계획 변경고시(이하 ‘이 사건 용도변경’이라 한다)를 하면서, 원고에게 아래와 같은 조건을 반영하여 사업을 시행하라는 통지를 하였다.

2) CCC쇼핑은 2007. 11.경 원고로부터 이 사건 사업부지 중 일부(이하 ‘CCC쇼핑 타운 부지’라 한다)를 임차하였고, 2010. 7.경 JJJ시장에게 위 토지 지상에 ‘CCC JJJ역 쇼핑타운’을 신축하는 것을 내용으로 하는 건축허가를 신청하였다.

3) EEE은 2010. 1.경 JJJ시장에게 이 사건 사업부지 인근에서 운영하는 ‘DDD몰 JJJ점’을 증축하는 것을 내용으로 하는 실시계획 변경인가를 신청하였고, JJJ시장은 2010. 10. 7. ‘JJJ역 주변 종합 교통개선대책 수립 후 반영’을 조건으로 위 실시계획변경을 인가하였다.

4) JJJ시는 원고, CCC, EEE에 JJJ역 인근에 발생할 수 있는 교통 혼잡을 방지하기 위한 대책을 요구하였고, 원고, CCC, EEE은 ‘JJJ역 역세권 개발에 따른 주변교통개선대책’에 관한 용역을 진행하였다. 위 용역에 따른 보고서에는 교통개선을 위한 1단계 대책으로 KKK교를 확장․연장하는 이 사건 공사 등 5가지 대책이 기재되어 있었고, 2단계 대책으로 1단계 완료 후 버스 환승센터 설치 등 5개 대책이 기재되어 있었다. 원고, CCC, EEE은 2011. 10.경 위 보고서를 JJJ시에 제출하였다.

5) 원고, CCC, EEE은 위 보고서에 따라 이 사건 공사를 진행하기로 하면서, 위 회사들이 각 신축 또는 증축 예정이었던 ‘FFF몰’, ‘CCC JJJ역 쇼핑타운’, ’DDD몰 JJJ점’의 각 계획연면적에 따라 유발교통량과 접근교통량을 산정하고, 그 접근교통량의 비율에 따라 이 사건 공사의 공사비를 아래와 같이 분담하기로 합의하였다.

6) 원고는 2012. 1.경 JJJ시와 사이에 이 사건 공사의 전체 공사비 610억 원 중 309억 원을 분담하기로 하는 ‘JJJ역 주변 교통개선 대책 분담비용 납부 협약’을 체결하였다.

7) 원고, CCC, EEE은 2013. 4.경 이 사건 공사에 착공하여 2015. 3.경 위 공사를 완료하였고, 확장․연장된 KKK교를 JJJ시에 기부채납하였다.

8) 한편, 원고는 2015. 5.경 JJJ시장으로부터 이 사건 사업부지 일부(이하 ‘FFF몰 부지‘라 한다)에 ‘FFF몰’을 신축하는 내용의 건축허가를 받았으나, 현재까지도 위 건물의 건축을 완료하지 못하고 있다.

9) 원고는 이 사건 사업부지 중 FFF몰 부지, CCC쇼핑타운 부지를 제외한 나머지 토지 중 상당 부분을 주차장 사업자에게 나대지 상태로 임대하였고, 위 사업자는 해당 토지에서 주차장을 운영하고 있다.

라. 판단

앞서 든 증거들과 갑 제19, 20, 21, 26 내지 28호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 이 사건 분담금은 이 사건 사업부지의 용도변경 조건을 이행하기 위한 것으로서 이 사건 사업부지의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출된 비용이라고 보이므로, 쟁점 매입세액은 부가가치세법 시행령 제80조 제1호, 제3호에서 정한 ‘토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액’으로서 구 부가가치세법 제39조 제1항 제7호에 따라 매출세액에서 공제되지 아니하는 매입세액에 해당한다. 이와 다른 전제에서 한 원고의 주장은 이유 없다.

① JJJ시장은 이 사건 사업부지의 용도를 ‘준공업지역’에서 ‘일반상업지역’으로 변경하면서, 위 변경으로 인하여 JJJ역 인근의 교통이 더욱 혼잡해질 것을 우려하여 원고가 이에 대한 대책을 수립․시행할 것을 조건으로 부과하였다. 원고는 이후 JJJ시의 요구에 따라 ‘JJJ역 역세권 개발에 따른 주변교통개선대책’의 일환으로 이 사건 공사를 진행하고 이 사건 분담금을 지출하게 되었다. 따라서 이 사건 분담금의 지출은 결과적으로 이 사건 용도변경 당시 부과된 조건에 따른 것이므로, 이 사건 사업부지의 용도변경을 위한 비용에 해당한다.

② 이에 대하여 원고는, JJJ시장이 부과한 위 조건은 당시 일반적인 권유에 불과하였고, 이 사건 용도변경 이후 시행될 구체적인 개발행위 단계에서 이행된 것이므로, 위 조건의 이행에 사용된 돈은 이 사건 사업부지의 용도변경 자체를 위한 비용이 아니라고 주장한다. 그러나 JJJ시가 2010. 1. 22.경 이 사건 용도변경으로 인한 교통영향분석․개선대책을 심의한 결과(갑 제26호증)를 살펴보면, JJJ시는 이 사건 사업부지의 전체 면적인 270,741㎡를 사업부지로 상정하여 그로 인한 교통영향을 분석하고 개선대책을 제시한 후 사업자인 원고로 하여금 위 개선대책을 이행하도록 할 것임을 명확히 하였으며, 다만 이 사건 사업부지에서 진행될 개별 사업의 내용을 아직 확정할 수 없어 개선대책에 소요되는 분담비에 대하여는 개별 건축사업 시행 시 JJJ시와 협의하도록 한 것으로 보인다. 따라서 JJJ시장이 이 사건 용도변경을 하면서 부과한 조건은 이 사건 사업부지의 용도가 ‘일반상업지역’으로 변경됨에 따라 당연히 예상되는 개발사업을 전제로 원고에게 개선대책을 이행하도록 부과한 것이므로, 이 사건 사업부지에서 진행할 개별 사업에 부과된 조건이 아니라, 이 사건 용도변경 자체에 부과된 조건이라고 봄이 타당하다.

③ 나아가 이 사건 공사로 인하여 주변 교통상황이 개선되고, 이 사건 사업부지에 진입하기 위한 도로의 혼잡이 완화되었다. 이는 이 사건 사업부지의 가치를 상승시키는 요소임이 분명하고, 따라서 이 사건 분담금은 이 사건 사업부지의 가치를 현실적으로 증가시키는 데 소요된 것에 해당한다.

④ 이에 대하여 원고는, 이 사건 공사 전․후 이 사건 사업부지의 지가 상승률이 인근 유사토지의 평균 지가 상승률과 유사한 수준이어서 이 사건 분담금이 이 사건 사업부지의 가치를 현실적으로 증가시키는 비용에 해당하지 않는다고 주장한다. 그러나 이 사건 공사 이후 이 사건 사업부지의 지가가 상승한 것 자체는 사실이고, 이 사건 공사로 인한 토지 가치 상승의 효과는 이 사건 사업부지와 인접한 토지에도 미치는 것이 당연하다. 또한 토지의 지가에 영향을 미치는 요인은 다양하므로, 이 사건 공사 이 외의 다른 요인이 이 사건 사업부지와 인근 유사토지의 지가에 영향을 미쳤을 가능성도 충분하고, 따라서 원고가 주장하는 바와 같은 사정만으로는 이 사건 분담금이 이 사건 사업부지의 가치를 현실적으로 증가시킨 비용에 해당하지 않는다고 볼 수 없다.

⑤ 이 사건 용도변경 당시는 물론 원고가 2012. 1.경 JJJ시와 사이에 이 사건 분담금 309억 원을 부담하기로 하는 ‘JJJ역 주변 교통개선 대책 분담비용 납부 협약’을 체결할 당시에도 원고는 그 지상에 건축허가를 받지 않은 상태였고, 위 협약상 FFF몰 건축을 위하여 이 사건 분담금을 부담한다는 취지도 전혀 기재되어 있지 않다. 원고는 이 사건 분담금을 지출하여 이 사건 공사를 모두 완료한 이후인 2015. 5.경에서야 FFF몰 신축에 대한 건축허가를 받았고, 서울지방국세청장이 원고에 대한 세무조사를 할 당시인 2018. 3.경에도 그 공정률이 약 20%에 불과하였으며, 현재까지도 위 공사는 완료되지 아니하였다. 따라서 원고가 FFF몰 건축을 위하여 이 사건 분담금을 부담하기로 하였다고 보기는 어렵다.

⑥ 이 사건 사업부지 중 FFF몰 부지는 일부에 불과하고, 나머지 부지는 CCC쇼핑 타운 부지, 주차장 등으로 사용되고 있다. 그런데 이 사건 공사는 FFF몰 사업만을 위한 것이 아니라 이 사건 사업부지 전체의 효용가치를 증가시키는 데에 기여하는 것으로서 그 가치 상승 효과가 부지 전체에 미친다. 결국 이 사건 분담금은 이 사건 사업 부지의 취득원가의 일부를 구성하게 되고, 이 사건 사업부지의 양도 시 양도차익을 산정함에 있어 그 취득가액에 가산하는 방법으로 회수될 것으로 봄이 타당하며(소득세법 제97조 제1항 제2호, 소득세법 시행령 제163조 제3항 제3호 참조), 이러한 측면에서 보더라도 이 사건 분담금은 이 사건 사업부지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 해당한다.

⑦ 원고, CCC, EEE이 이 사건 공사의 공사비를 분담함에 있어 ‘FFF몰’, ‘CCC쇼핑 타운’, ‘DDD몰 JJJ점’의 계획연면적을 기준으로 산정한 접근교통량 비율에 따른 것은 사실이다. 그러나 이는 위 회사들이 각 JJJ시로부터 JJJ역 주변의 교통혼잡을 개선하기 위한 대책을 수립․시행하라는 요구를 받게 되어 함께 이 사건 공사를 진행하여야 하는 상황에서 공통적으로 적용할 수 있고 서로 수긍할 수 있는 기준으로써 합의하여 임의로 공사비 분담 기준을 정한 것에 불과하다(만일 CCC, EEE이 각 자신 소유의 토지에 건물을 건축할 계획이었다면, 건축 연면적이 아닌 부지의 면적을 기준으로 공사비를 분담하는 것도 충분히 가능하였을 것이다). 따라서 위와 같은 사정만으로는 이 사건 분담금이 FFF몰 사업을 위하여 지출된 것이라고 보기 어렵다.

5. 결론

그렇다면 원고의 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.