서울행정법원-2020-구단-70819 (2021.11.26)

사 건

2020구단70819 양도소득세경정거부처분취소

원 고

○○○

피 고

○○○세무서장

변 론 종 결

2021. 5. 21.

판 결 선 고

2021. 11. 26.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2019. 12. 5. 원고에 대하여 한 2019년 귀속 양도소득세 118,111,955원에 대한 경정거부처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2001. 6. 19. 서울 ○○구 ○○동 ○○○ 외 ○필지 ○○○○○○아파트 ○○○○동 ○○○호(이하 ‘이 사건 주택’이라 한다)를 매수하여 2019. 7. 15. 이 사건 주택을 12억 7천만 원에 양도하고(이하 ‘이 사건 양도’라 한다), 이 사건 주택이 1세대 1주택 고가주택에 해당한다고 보아 구 소득세법(2019. 12. 31. 법률 제16834호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제95조 제3항에 따라 양도차익을 250,266,834원, 장기보유특별공제액을 200,213,467원으로 계산한 다음 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하여 산출한 양도소득금액 50,053,367원에 일반세율을 적용하여 2019. 7. 19. 양도소득세 6,192,808원을 예정신고․납부하였다.

나. 원고는 인천 ○○구 ○○동 ○○○-○ ○○○○○○ ○○○○ ○○○동 ○○○호(이하 ‘이 사건 임대주택’이라 한다)를 2014. 1.경 취득하여 2013. 10. 18. 임대사업자등록을 하고 2014. 1. 29. 소득세법에 따라 사업자등록을 마치고 임대하고 있고, 원고의 배우자와 공동으로 서울 ○○구 ○○로○○길 ○○ ○○○○○○○○ ○○○동 ○○○호(이하 ‘이 사건 신규주택’이라 한다)를 2016. 8. 1. 취득하여 보유하고 있다.

다. 원고는 2019. 9. 25. 이 사건 양도를 구 소득세법 제104조 제7항 제3호에 의한 조정대상지역 내에 있는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 장기보유특별공제 적용을 배제하고 일반세율에 20%를 더한 세율을 적용하여 2019년 귀속 양도소득세 118,111,955원을 수정신고․납부하였다.

라. 원고는 2019. 10. 15. 피고에게 이 사건 주택은 1세대 1주택 고가주택이므로, 이 사건 양도는 장기보유특별공제 및 일반세율 적용 대상이라며 수정신고․납부한 양도소득세 118,111,955원을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 하였으나, 피고는 2019. 12. 5. 경정청구를 거부하는 처분(이하 ‘이 사건 거부처분’이라 한다)을 하였다.

마. 이에 원고는 2020. 2. 26. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 2020. 6. 17. 그 청구가 기각되었다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증, 을 제1 내지 4호증의 각 기재, 변

론 전체의 취지

2. 이 사건 거부처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 거부처분은 다음과 같은 이유로 위법하므로 취소되어야 한다.

1) 이 사건 양도는 구 소득세법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30395호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제155조 제1호, 제20호에 따라 1세대 1주택으로 의제되는바, 고가주택인 이 사건 주택의 양도는 비과세범위에서 제외되지만, 여전히 1세대 1주택으로 의제되므로, 양도가액 9억 원 초과분에 해당하는 양도차익도 다주택자가 아닌 1주택자의 양도차익에 해당하는 것이어서 1세대 3주택자로 보아 중과세율을 적용한 것은 위법하다.

2) 또한 구 소득세법 시행령 제155조에 따라 1세대 1주택으로 의제되는 이 사건 주택을 양도한 이상 구 소득세법 제95조 제3항, 제95조 제2항 단서 및 구 소득세법 시행령 제159조의3, 제160조 규정에 따라 장기보유특별공제가 적용되어야 함에도 이와 다른 전제에서 한 이 사건 거부처분은 위법하다.

나. 관련 법령

별지 관련 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 이 사건의 쟁점

조정대상지역 내에 있는 이 사건 주택 양도 당시 원고 세대는 이 사건 주택과 장기임대주택인 이 사건 임대주택을 보유한 상황에서, 2016. 8. 1. 대체주택인 이 사건 신규주택을 취득함으로써 일시적 2주택을 보유하였던 것이므로, 그로부터 3년 이내에 이루어진 이 사건 양도는 구 소득세법 시행령 제155조 제1항, 제20항에 따라 1세대 1주택으로 의제되는 경우에 해당한다. 다만, 이 사건 주택은 양도가액이 12억 7천만 원으로 구 소득세법 시행령 제156조에서 정한 ‘고가주택’에 해당하므로, 구 소득세법 제95조 제3항에 따라 계산한 양도가액 중 9억 원을 초과하는 부분에 상당하는 양도차익250,266,834원에 대해서는 소득세가 부과되게 되는바, 이 경우 장기임대주택을 보유한 일시적 2주택자의 이 사건 양도에 대하여 구 소득세법 제104조 제7항 제3호의 1세대 3주택 중과세율 적용 여부와 구 소득세법 제95조 제3항, 제2항의 장기보유특별공제 적용 여부가 이 사건의 쟁점이다.

2) 1세대 3주택 중과세율 적용 여부

가) 양도소득에 대한 세율은 구 소득세법 제104조에 따라 계산하게 되는데, 건물(주택)의 경우 원칙적으로 구 소득세법 제55조 제1항에 따른 일반세율을 적용하되(제1항 제1호), 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택을 양도하는 경우에는 일반세율에 100분의 10을 더한 세율을 적용하고(제7항 제1호), 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택을 양도하는 경우에는 일반세율에 100분의 20을 더한 세율을 적용하게 된다(제7항 제3호). 한편, 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항은 “대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이란 ‘국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다’고 규정하면서 제1호에서 수도권, 광역시․특별자치시 외의 지역에 소재하는 기준시가 3억 원 이하의 주택을, 제2호에서 장기임대주택을, 제7호에서 상속주택을, 제10호에서 1세대가 제1호부터 제8호까지 및 제8호의2에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 해당 주택(일반주택)을 들고 있다. 구 소득세법 시행령 제167조의10 제1항은 ”대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택”에 관하여 ‘국내에 주택을 2개(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 이를 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다’고 규정하면서 제1호에서 수도권, 광역시․특별자치시 외의 지역에 소재하는 기준시가 3억 원 이하의 주택을, 제2호에서 장기임대주택, 상속받은 주택 등 (제167조의3 제1항 제1호부터 제8호까지 및 제8호의2에 해당하는 주택)을, 제5호에서 동거봉양을 위한 합가로 인한 2주택을, 제6호에서 혼인으로 인한 2주택을, 제8호에서 일시적 2주택 등을 들고 있다.

이러한 관계법령 문언 및 체계에 의하면, 양도소득에 대한 세율은 주택 수에 따라 결정하게 되는바, 1세대가 소유하는 주택수가 1개인지, 2개인지, 3개 이상인지 여부는 원칙적으로 법문상 거주자가 실제 소유하는 모든 주택이 주택의 수를 계산할 때에 포함되는 점, 다만, 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제1호, 제167조의10 제1항 제1호에 규정된 주택(수도권 및 광역시, 특별자치시 외의 지역에 소재하는 기준시가 3억 원 이하의 주택)만을 주택 수 산정에서 제외할 뿐 나머지 각 호에 규정된 주택은 그것이 비록 1세대 1주택 특례에 해당하는 장기임대주택, 상속주택, 대체주택 등이라 할지라도 모두 주택 수 산정에는 포함되고, 그것이 양도대상이 되는 경우에만 중과세율이 적용되지 않는 점, 일시적 2주택의 경우, 구 소득세법 시행령 제167조의10 제1항에서는 1세대 2주택에 해당하는 주택의 예외로 규정하고 있는 반면, 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항에서는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 예외로 규정하고 있지 않은 점 등에 비추어 보면, 이 사건에서 원고 세대가 소유하고 있는 주택들은 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제1호에 정한 주택에 해당하지 않으므로, 일단 주택 수 산정에 있어 모두 포함하여 계산하여야 하고, 양도대상인 이 사건 주택이 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 각호에서 정한 주택에 해당하지 아니하므로(구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제10호에서는 일반주택을 중과세율 배제 대상으로 규정하고 있으나, 이 사건 양도 당시 장기임대주택인 이 사건 임대주택 이외에 대체주택인 이 사건 신규주택도 소유하고 있었으므로, 이 사건 주택은 위 제10호 소정의 일반 주택에 해당하지 않는다), 이 사건 양도는 구 소득세법 제104조 제7항 제3호에서 규정한 ‘조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’을 양도한 경우에 해당하여 중과세율이 적용된다고 봄이 상당하다.

나) 이에 대하여 원고는 이 사건 주택이 구 소득세법 제155조에서 정한 1세대 1주택 특례의 적용을 받는 이상 이를 1세대 3주택으로 볼 수는 없다고 주장한다.

살피건대, 소득세법상 양도소득세의 세율은 원칙적으로 일반세율이고, 예외적으로 1세대 1주택 중 일정한 경우는 구 소득세법 제89조 제1항 제3호, 구 소득세법 시행령 제154조, 제155조의 비과세 특례규정에 따라 비과세이고, 1세대 2주택 또는 3주택 이상의 경우는 구 소득세법 제104조 제7항, 구 소득세법 시행령 제167조의10 제1항, 제167조의3 제1항의 각 중과세규정에 따라 중과세율인바, 1세대 1주택 비과세 특례 규정, 1세대 2주택 중과세 규정 및 1세대 3주택 이상 중과세 규정 상호간에는 그 적용 대상 및 주택 수 계산에 관한 규정을 별개 독립적으로 두고 있으므로, 원칙적으로 각 비과세 또는 중과세 사유를 개별적으로 검토하여 그 해당 여부를 따져 보아야 하는 것이다. 따라서 1세대 1주택의 특례에 해당한다 하더라도, 실지거래가액이 9억 원을 초과하여 비과세 특례가 적용되지 않는 이상 양도소득세 세율에 관하여는 일단 실제 보유 주택수를 바탕으로 중과세율이 적용되는지 검토하여야 하고, 중과세율 적용이 배제되는 경우 비로소 일반세율이 적용된다고 보아야 하므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

다) 원고는, 일반주택과 장기임대주택을 소유한 거주자가 다른 주택을 취득함으로써 장기임대주택을 제외하고도 2주택을 소유하게 되었더라도 주거를 이전하기 위하여 대체주택을 취득한 것으로서 거주자에게 투기목적이 없고 대체주택을 취득한 후 종전 주택을 양도하기까지 소요된 기간이 주택거래의 현실 등에 비추어 사회통념상 일시적 이라고 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에는 종전주택의 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 양도소득세를 중과할 수는 없다는 취지의 대법원 2014. 2. 27. 선고 2010두27806 판결에 비추어 보면, 이 사건 거부처분은 위법하다고 주장한다.

살피건대, 1세대 3주택 이상 중과세 규정의 취지는 부동산 투기로 인한 이득을 세금으로 흡수하여 과세형평을 도모하고 부동산 투기를 차단하여 주택 가격의 안정과 주거생활의 안정을 도모하기 위함이고, 장기임대주택에 대하여 1세대 3주택 중과세 대상에서 배제하고, 1세대 1주택 특례를 인정하는 취지는 임대주택의 공급을 활성화함으로써 서민․중산층의 주거안정을 지원하기 위한 것으로 이러한 장기임대주택의 소유는 부동산 투기로 보기 어렵고 오히려 국민주거생활의 안정에 기여한다고 볼 수 있기 때문이며, 일시적 2주택에 대하여 1세대 1주택 특례를 인정하는 취지는 대체주택의 취득목적이 부동산의 투기가 아닌 거주를 위한 것이므로 거주이전의 자유를 실질적으로 보장하려는 데에 있는바, 이러한 입법 취지에 비추어 보면, 원고의 주장과 같이 장기임대주택인 이 사건 임대주택과 이 사건 주택을 보유하고 있던 원고 세대가 대체주택인 이 사건 신규주택을 취득한 후 종전주택을 양도하는 경우와 같이 부동산 투기로 보기 어려운 양도에 대해서 다주택자로서 중과세율을 적용하는 것이 타당한지 의문이 없는 것은 아니나, 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항은 일괄적으로 중과세 대상이 된다고 할 경우의 불합리를 방지하기 위하여 1세대 3주택 이상에서 제외되는 주택에 대하여 상세히 규정하고 있는 점, 이러한 예외에 해당하지 않는 한 모두 중과세 대상에 포함하려는 것이 당초 입법의도로 보이는 점, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세 요건을 막론하고 조세법규의 해석은 엄격히 하여야 하며, 확장해석이나 유추해석은 허용되지 않는 점 등을 종합하여 보면, 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항의 ‘국내에 주택을 3개 이상 소유하고 있는 1세대가 양도하는 주택’을 투기 목적으로 소유하는 경우에 한정하여 해석하기는 어렵다. 더군다나 위 대법원 판례 사안은 신규주택 취득 후 4개월도 채 되지 않아 종전주택을 양도한 경우로서 양도소득세를 중과할 수 없는 특별한 사정이 있다고 본 사안이므로, 이 사건 신규주택 취득 후 종전주택인 이 사건 주택을 양도하기까지 소요된 기간이 약 3년에 이르러 그 기간이 일시적이라고 보기 어려운 이 사건에 바로 적용하기는 어려워 보이므로, 원고의 위 부분 주장은 이유 없다.

라) 한편, 소득세법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31442호로 개정된 것) 제167조의3 제1항 제13호는 ‘제155조 또는 조세특례제한법에 따라 1세대가 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보거나 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항이 적용되는 주택으로서 같은 항의 요건을 모두 충족하는 주택’을 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택에서 제외하는 것으로 규정하고 있다.

그런데 위 개정 규정은 이를 소급적용하는 규정을 마련하지 않았는바, 국가의 조세정책은 탄력적․합리적으로 운용할 필요성이 큰 만큼 조세에 관한 법규와 제도는 신축적으로 변할 수밖에 없다는 점을 감안하면, 위 개정 규정이 구 소득세법 시행령 제155조 또는 조세특례제한법에 따라 1세대 1주택으로 보게 되는 경우를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택에 해당하지 않도록 한 것은, 그 부작위가 위법하다는 인식 하에 그 위법적 요소를 없애려는 반성적 고려에서 비롯된 것이라기보다는 입법자가 조세감면의 혜택을 받는 범위를 합리적으로 조정하기 위한 입법형성 재량권 행사에 따라 이루어진 것으로 보일 뿐이므로, 이와 달리 소득세법 시행령이 개정되어 위 제13호를 신설함으로써 1세대 1주택으로 의제된 주택의 양도에 대하여는 중과세를 할 수 없다는 당연한 법리가 확인되었다는 취지의 원고의 주장은 받아들이지 아니한다.

3) 장기보유특별공제 적용 여부

가) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다.(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조)

구 소득세법 제95조 제3항, 구 소득세법 시행령 제160조 제1항에서 고가주택에 해당하는 자산의 양도에 적용할 양도차익은 ‘구 소득세법 제95조 제1항에 따른 양도차익’과 ‘양도가액에서 9억 원을 공제한 금액을 양도가액으로 나눈 비율’을 곱하여 계산하도록 정하고 있고, 고가주택에 해당하는 자산의 양도에 적용할 장기보유특별공제액은 ‘구 소득세법 제95조 제2항에 따른 장기보유특별공제액’과 ‘양도가액에서 9억 원을 공제한 금액을 양도가액으로 나눈 비율’을 곱하여 계산하도록 정하고 있는데, 구 소득세법 제95조 제2항 본문은 ‘법 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104제7항 각 호에 따른 자산은 제외된다)으로서 보유기간이 3년 이상인 자산의 양도차익에 대하여 해당 조항에서 정한 공제율을 곱하여 계산한 금액’을 ‘장기보유 특별공제액’이라고 규정하고 있다.

위 법령의 문언에 의하면, 구 소득세법 시행령 제155조에 의하여 1세대 1주택으로 의제된다 하더라도, 비과세대상에서 제외된 이상 양도소득금액을 산정함에 있어서는 구 소득세법 제95조 제3항, 구 소득세법 시행령 제160조 제1항에서 정한 바에 따라 계산하여야 하는바, 이 사건에서 피고가 이 사건 주택의 양도차익 중 9억 원 초과분에 상응하는 부분인 250,266,834원만을 양도차익으로 시인한 것은 위 관계법령에서 정한 바에 따른 것인바, 장기보유특별공제 적용 여부도 위 관계법령에서 정한 바에 따라 이 사건 주택이 구 소득세법 제95조 제2항 본문 괄호 부분에서 정한 구 소득세법 제104조 제7항 각 호에 해당하는 자산인 경우에는 장기보유특별공제 대상에서 제외된다고 해석함이 타당하다.

나) 이에 대하여 원고는 구 소득세법 제95조 제2항 단서에서 ‘대통령령으로 정하는 1세대 1주택에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액으로 한다’고 규정하고 있으므로, 1세대 1주택 고가주택의 경우에는 위 단서 규정에 따라 장기보유특별공제액이 공제되어야 한다고 주장한다.

그러나 위 법령의 문언 및 체계에 비추어보면, 구 소득세법 제95조 제2항 본문의 괄호 부분이 단서 규정에 우선하여 적용된다고 봄이 상당하므로, 구 소득세법 제95조 제2항 단서 규정은 같은 항 본문에서 해당 자산이 장기보유특별공제 적용 제외 자산이 아님을 전제로 하는 것이어서 구 소득세법 제95조 제2항 본문의 괄호 ‘소득세법 제104조 제7항 각 호에 따른 자산’으로 장기보유특별공제 적용대상에서 제외될 경우에는 위 단서 규정의 표2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 산정하는 것 자체가 무의미하게 되는 것이므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

다) 원고는, 장기임대주택을 보유한 자에 대하여도 일시적 2주택 특례가 적용되고 고가주택으로서 9억 원 초과분에 해당하는 양도차익에 대하여도 장기보유특별공제가 적용된다는 취지의 국세청 질의회신이 2012년경부터 2018년경까지 반복적이고 일관되게 있었고, 이는 행정청의 공적인 견해표명에 해당하므로 이에 반하는 이 사건 거부처분은 신의성실의 원칙 또는 신뢰보호의 원칙에 반한다고 주장한다.

살피건대, 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도의 경우 장기보유특별공제를 배제하도록 규정한 구 소득세법 제95조 제2항 본문 괄호규정은 2012. 1. 1. 소득세법 개정으로 삭제되었다가 2017. 12. 19. 다시 신설되어 2018. 4. 1.부터 시행되었는데(부칙 제1조 제1호), 부칙 제2조 제1항은 ‘이 법은 이 법 시행 이후 발생하는 소득분부터 적용한다’고 규정하고 있으며, 부칙 제2조 제2항은 ‘이 법 중 양도소득에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 양도하는 자산으로부터 발생하는 소득분부터 적용한다’고 규정하고 있는바, 소득세법의 개정 연혁에 비추어 보면, 원고가 주장하는 2012년경부터의 국세청의 질의회신 등은 위 규정이 신설되기 전의 사안에 관한 것으로서 2017. 12. 19. 법률 제15225호로 개정된 소득세법 제95조 제2항 본문이 적용되는 이 사건 양도에 그대로 적용할 수는 없다고 보이므로, 이 사건 거부처분이 신의성실 또는 신뢰보호의 원칙에 반한다는 취지의 위 주장은 이유 없다.

라. 소결론

따라서 이 사건 양도가 구 소득세법 제104조 제7항 제3호에서 정한 ‘조정대상지역에 있는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도’에 해당한다고 보아 양도소득세 산정에 있어 장기보유특별공제 적용을 배제하고, 중과세율을 적용하여야 한다는 취지의 이 사건 거부처분은 위법하지 아니하다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.