부산고등법원-2021-누-20313 (2021.12.08)

사 건

2021누20313 종합소득세부과처분취소

원 고

이○○

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2021.10.13.

판 결 선 고

2021.12.8.

주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

제1심판결을 취소한다. 피고가 원고에 대하여 2018. 11. 1. 한 2016 과세연도 귀속 종합소득세 397,112,510원(가산세 포함)의 부과처분 및 2018. 12. 5. 한 2017 과세연도 귀속 종합소득세 330,168,270원(가산세 포함)의 부과처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분 경위

가. 원고는 ○○이라는 상호로 선박부품제작업을 하는 사람이다.

나. 원고는 2017. 5. 13. 2016년 귀속 종합소득 과세표준확정신고를 기준경비율에 의한 추계방법으로 하였는데, 당시 신고한 종합소득 과세표준은 690,809,792원이고, 2018. 5. 17. 2017년 귀속 종합소득 과세표준확정신고도 기준경비율에 의한 추계방법으로 하였는데, 당시 신고한 종합소득 과세표준은 416,525,872원이다.

다. 피고는 2018. 8. 27.부터 2018. 9. 14.까지 원고를 상대로 2016 과세연도에 대한 개인통합조사를 하였다(이하 ‘이 사건 세무조사’라 한다).

라. 원고는 2018. 9. 13. 피고에게 2016 과세연도 종합소득 과세표준 산출에 대한 소명자료를 제출하면서 손익계산서 및 제조원가명세서, 추가경비지출내역 요약표, 임금지급 내역 진술서, 고용 및 산재보험료 납입내역서, 신용카드내역서 등을 첨부하였다

마. 피고는 이 사건 세무조사 과정에서 원고가 2017 과세연도에도 2016 과세연도와 마찬가지로 수입금액과 주요 필요경비 증빙서류가 존재함에도 추계방식으로 종합소득과세표준확정신고를 하였다고 판단하였다.

바. 이에 피고는 2018. 9. 20. 원고에게 ① 2016년 귀속 종합소득 과세표준은1,464,333,531원이고, 그에 따른 예상고지세액은 397,112,512원(가산세를 포함한 총 결정세액 690,134,394원에서 기납부세액 등을 공제한 금액이다)임을 알리고, ② 2017년 귀속 종합소득세를 수정 신고할 것을 권고하는 내용의 ‘세무조사 결과 통지’를 발송하였으며, 이는 그 무렵 원고에게 송달되었다.

사. 피고는 2018. 11. 1. 원고에게 위 세무조사 결과 통지에 기재된 내용과 같이2016년 귀속 종합소득 과세표준을 1,464,333,531원으로 하여 원고가 추가로 납부하여야 하는 2016년 귀속 종합소득세 397,112,510원(가산세 포함, 10원 미만 절사)을 고지하였다(이하 ‘이 사건 1처분’이라 한다).

아. 원고는 2018. 11. 5. 2017 과세연도의 소득금액 산출에 대한 소명자료를 제출하면서 손익계산서 및 제조원가명세서, 추가경비지출내역 요약표, 임금 지급 내역 진술서, 고용 및 산재보험료 납입내역서, 신용카드내역서 등을 첨부하였다.

자. 피고는 원고가 제출한 자료를 토대로 2018. 11. 30. 원고에게 2017년 귀속 종합소득의 과세표준을 실제 확인되는 경비에 따라 산정된 1,091,810,166원이고, 그에 따른 예상 고지세액이 330,168,279원(가산세를 포함한 총 결정세액 503,554,067원에서 기납부세액 173,385,788원을 공제한 금액이다)이라는 내용의 과세예고 통지를 하였다.

차. 피고는 2018. 12. 5. 원고에게 위 과세예고 통지에 기재된 내용과 같이 2017년 귀속 종합소득 과세표준을 1,091,810,166원으로 하여 원고가 추가로 납부하여야 할 2017년도 귀속 종합소득세 330,168,270원(가산세 포함, 10원 미만 절사)을 고지하였다(이하 ‘이 사건 2처분’이라 한다).

카. 원고는 2019. 1. 29. 이 사건 각 처분에 대한 심사청구를 하였으나 2019. 5. 15. 기각결정을 받았다.

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장 요지

1) 원고

가) 절차적 하자

⑴ 세무조사 선정사유의 부존재

피고는 원고에게 국세기본법에서 정한 세무조사대상 선정사유가 없는데도 원고를 세무조사대상으로 선정하여 과세자료를 수집하고 그에 기하여 이 사건 각 처분을 하였으므로, 이 사건 각 처분은 위법하다.

⑵ 위법한 세무조사 범위 확대

국세기본법 제81조의9 제1항은 세무공무원은 구체적인 세금탈루 혐의가 여러 과세기간 또는 다른 세목까지 관련되는 것으로 확인되는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 조사 진행 중 세무조사의 범위를 확대할 수 없다고 규정하고 있다. 그런데 피고는 2016 과세연도에 관한 이 사건 세무조사에서 확보한 자료를 바탕으로 2017 과세연도의 근거자료로 삼았고, 이는 위법하게 세무조사의 범위를 확대한 것이다.

나) 실체적 하자

(1) 처분사유 부존재

㈎ 원고는 인건비 중 상당액을 현금으로 지급하는 과정에서 그에 관한 증빙자료를 확보하지 못하였는데, 이는 과세표준을 계산하기 위해 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우에 해당하므로, 원고가 기준경비율을적용한 추계방법으로 소득금액을 산정하여 과세표준과 세액을 신고한 것은 적법하고, 달리 이 사건 소득신고 당시 제출한 추계소득신고서의 내용에 탈루 또는 오류가 있다고 볼 수 없다. 따라서 이 사건 각 처분에는 소득세법 제80조 제2항 제1호에서 정한 경정사유가 존재하지 아니한다.

㈏ 설령 이 사건 각 처분에 정당한 경정사유가 존재한다 하더라도 원고가 지출한 인건비를 필요경비로 공제하지 아니한 잘못이 있다.

⑵ 조세관행 위배

일반적으로 납세자가 추계소득으로 신고하는 경우 조세관청은 전산으로 추계소득을 당연히 결정하고 세무조사대상자로 선정되지 않는 한 추가적인 경정고지는 하지 않는 것이 조세관행임에도 이에 어긋난 이 사건 각 처분은 위법하다.

2) 피고

가) 절차적 하자 주장에 대하여

⑴ 세무조사 선정사유의 부존재 주장에 대하여

이 사건 세무조사는 국세기본법 제81조의6 제2항 제1호 또는 제2호, 같은 법 제81조의6 제3항 제1호에 따른 것으로 적법하다.

⑵ 위법한 세무조사 범위 확대 주장에 대하여

피고는 2016 과세연도 세무조사 과정에서 2017 과세연도에도 2016년과 마찬가지로 수입금액과 주요 필요경비에 관한 증명서류가 존재함에도 추계과세방식으로 종합소득세 신고한 사실을 확인하고, 원고에게 수정신고를 권고하였으나 이를 이행하지 아니하자 소득세사무처리규정 제88조 제1항의 과세자료 처리 절차에 따라 2017 과세연도에 대한 과세처분을 하게 된 것일 뿐, 2017 과세연도에 대한 장부 및 서류의 제출을 요청하거나 원고의 사업장을 방문한다는 등의 행위를 한 바 없으므로, 이를 두고 세무조사의 범위를 확대한 것으로 볼 수 없다.

나) 실체적 하자 주장에 대하여

⑴ 처분사유 부존재 주장에 대하여

㈎ 원고는 소득세법에 따른 성실신고확인대상 사업자이고 수입금액과 주요 필요경비 증명서류가 존재하여 복식부기로 신고할 수 있음에도, 고의로 추계방법으로 소득금액을 산정하여 과세표준과 세액을 신고한 것은 신고내용에 탈루․오류가 있는 경우에 해당한다. 따라서 이 사건 각 처분에는 소득세법 제80조 제2항 제1호에서 정한 경정사유가 존재한다.

㈏ 원고가 주장하는 인건비는 인정될 수 없으므로 이를 필요경비로 공제하지 아니한 것은 적법하다.

⑵ 조세관행 위배 주장에 대하여

원고가 주장하는 것과 같은 조세관행이 존재한다고 볼 수 없다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 세무조사 선정사유 부존재 주장에 대하여

가) 국세기본법 제81조의6 제2항 제1호는 ’국세청장이 납세자의 신고 내용에 대하여 과세자료, 세무정보 및 주식회사의 외부감사에 관한 법률에 따른 감사의견, 외부 감사 실시내용 등 회계성실도 자료 등을 고려하여 정기적으로 성실도를 분석한 결과 불성실 혐의가 있다고 인정하는 경우‘를 정기선정 사유로 정하고 있다. 위와 같은 정기선정 사유를 구체화한 국세청 훈령인 구 소득세사무처리규정(2018. 12. 31. 국세청훈령 제2277호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)은, 국세청장(소득세과장)은 개인납세자의 신고내용에 대한 성실도를 종합소득세․부가가치세 등 신고자료와 과세자료 등을 활용하여 전산시스템에 따라 평가함을 원칙으로 하되 세무조사 또는 세원 관리 결과 등에 따라 보완할 수 있고(제90조), 정기 조사대상자 선정 등에 활용하도록 신고성실도 전산분석 자료를 지방청장(개인납세2과장) 및 세무서장(소득세담당과장)에게 통보할 수 있으며(제91조), 정기조사대상은 전산에 의한 성실도 평가결과와 미조사연도 수 등 국세청이 별도로 정하는 선정기준에 따라 공정하고 객관적으로 선정하여야하며, 종사 직원의 자의성을 배제하여야 한다(제93조)고 규정하고 있다. 또 다른 국세청 훈령인 조사사무처리규정은 조사대상자의 선정방법은 정기선정과 비정기선정으로 구분하고(제9조 제1항), 정기선정은 신고내용의 적정여부를 검증하기 위하여 국세기본법 제81조의6 제2항에서 정한 범위에서 신고성실도 평가결과, 미조사연도 수 등을 기준으로 지방국세청장 또는 세무서장이 일괄하여 선정하며(제9조 제2항), 신고성실도는 법인세, 소득세, 부가가치세, 원천제세, 양도소득세 등의 신고사항과 각종 세원정보 등을 반영하여 전산시스템에 의하여 평가함을 원칙으로 하되, 세무정보자료 수집 등 세원관리 정보에 의한 평가로 보완할 수 있고(제10조 제1항), 전산시스템으로 신고성실도를 평가할 때에는 평가요소 및 가중치를 과학적이고 객관적인 방법으로 정하여야 한다(제10조 제2항)고 규정하고 있다. 을 제3, 6, 7, 8, 10호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 국세청장은 국세기본법 제81조의6 제2항 제1호에 근거하여 매년 국세행정개혁위원회 공평과세실현분과위원회의 심의를 거쳐 개인 정기조사 대상자 선정계획을 수립한 후 각 지방국세청과 세무서에 제공할 필요가 있는 부분을 정기조사대상 선정지침으로 작성하여 배부하는 사실, 국세청장은 개인 정기조사 대상자 선정계획에 따라 성실신고확인대상사업자 중 성실신고확인서를 제출하지 않은 사업자의 신고내용에 대한 성실도를 국세청 전산시스템(NTIS)에 의해 평가항목별로 배점을 부여하여 평가하고, 전산시스템에 의한 평가결과는 정기조사대상 선정지침과 함께 각 지방청에 통보되는 사실, ○○지방국세청장은 2018. 1. 29. 국세청 전산시스템의 평가결과와 정기조사대상 선정지침에 따라 성실신고확인서 미제출 사업자를 각 세무서별 배분하였고, 각 세무서장은 검증필요성(배점)이 높은 순으로 분석보고서를 작성한 후 조사대상 후보자를 선정하여 ○○지방국세청장에게 보고한 사실, 각 세무서장으로부터 조사대상 후보자를 보고받은 ○○지방국세청장은 조사대상 후보자에 대하여 정기선정 제외기준을 적용하고 선정인원을 세무서별로 조정하여 조사대상을 확정한 사실, 원고도 위와 같은 절차에 따라 세무조사 대상으로 선정된 사실을 인정할 수 있다. 위 인정 사실에 의하면, ○○지방국세청장은 원고의 2016년 귀속 종합소득 과세표준 확정신고 내용에 대한 성실도를 전산시스템에 따라 평가한 결과와 각 세무서로부터 보고받은 세원관리 정보에 의한 보완 과정을 거쳐 원고를 세무조사 대상으로 선정하였고, 이는 국세기본법 제81조의6 제2항 제1호와 정기선정 사유를 구체화한 국세청 훈령인 소득세사무처리규정, 조사사무처리규정에 따른 세무조사 대상자 선정으로서 적법하다.

나) 또 국세기본법 제81조의6 제3항은 ‘세무공무원은 제2항에 따른 정기선정에 의한 조사 외에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사를 할 수 있다’고 규정하면서 제1호에서 ‘납세자가 세법에서 정하는 신고, 성실신고확인서의 제출, 세금계산서 또는 계산서의 작성ㆍ교부ㆍ제출, 지급명세서의 작성ㆍ제출 등의 납세협력의무를 이행하지 아니한 경우’를 들고 있고, 소득세법 제70조의2 제1항은 “성실한 납세를 위하여 필요하다고 인정되어 수입금액이 업종별로 대통령령으로 정하는 일정 규모 이상의 사업자는 제70조에 따른 종합소득과세표준 확정신고를 할 때에 같은 조 제4항 각호의 서류에 더하여 제160조 및 제161조에 따라 비치·기록된 장부와 증명서류에 의하여 계산한 사업소득금액의 적정성을 세무사 등 대통령령으로 정하는 자가 대통령령으로 정하는 바에 따라 확인하고 작성한 확인서(이하 ’성실신고확인서‘라 한다)를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다’고 규정하고 있다. 원고가 성실신고확인대상사업자임에도 2016 과세연도 소득세신고를 함에 있어 성실신고확인서를 제출하지 아니한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으므로, 원고에게는 국세기본법 제81조의6 제3항 제1호에 따른 세무조사대상 선정사유도 있다.

다) 이에 대하여 원고는 성실신고확인서는 비치, 기록된 장부와 증명서류에 의하여 사업소득금액의 적정성을 세무사 등이 확인하는 것인데, 원고처럼 비치된 기록된 장부와 증명서류가 존재하지 않아 추계신고를 하는 경우에는 사업소득금액이 비치, 기록된 장부와 증명서류에 의하여 계산된 것이 아니어서 성실신고확인서를 제출할 수 없으므로, 성실신고확인서를 제출하지 않았다는 사정을 세무조사 대상자 선정 사유로 삼을 수 없다고 주장한다. 원고는 복식부기의무자이자 성실신고확인대상사업자이다. 원고가 자신의 사정이나 편의에 의해 비치, 기록된 장부와 증명서류에 의하여 계산한 사업소득금액이 아닌 추계신고를 하였고, 추계신고 자체는 소득세법에 의해 허용되는 것이라고 하더라도, 과세 관청이 세무조사 대상자를 선정함에 있어 성실신고확인대상사업자가 성실신고확인서를 제출하였는지 여부를 세무조사 대상 선정 기준의 하나로 삼는 것이 위법하다고 할 수 없으므로 원고의 위 주장은 이유 없다.

라) 따라서 이 사건 세무조사에는 정당한 선정 사유가 존재하므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 받아들이지 아니한다.

2) 위법한 세무조사 확대 주장에 대한 판단

가) 관련 법리 등

국세기본법 제81조의9는 ‘세무공무원은 구체적인 세금탈루 혐의가 여러 과세기간 또는 세목까지 관련되는 것으로 확인되는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 조사 진행 중 세무조사의 범위를 확대할 수 없고(제1항)’, ‘세무공무원은 제1항에 따라 세무조사의 범위를 확대하는 경우에는 그 사유와 범위를 납세자에게 문서로 통지해야 한다(제2항)’고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제63조의10은 ‘구체적인 세금탈루 혐의가 여러 과세기간 또는 다른 세목까지 관련되는 것으로 확인되는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우’에 관하여 ‘다른 과세기간․세목 또는 항목에 대한 구체적인 세금탈루 증거자료가 확인되어 다른 과세기간․세목 또는 항목에 대한 조사가 필요한 경우(제1호)’, ‘명백한 세금탈루 혐의 또는 세법 적용의 착오 등이 있는 조사대상 과세기간의 특정 항목이 다른 과세기간에도 있어 동일하거나 유사한 세금탈루 혐의 또는 세법 적용 착오 등이 있을 것으로 의심되어 다른 과세기간의 그 항목에 대한 조사가 필요한 경우(제2호)’를 규정하고 있다.

한편 세무공무원의 조사행위가 ‘세무조사’에 해당하는지는 조사의 목적과 실시경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에서 개별적으로 판단할 수밖에 없을 것인데, 세무공무원의 조사행위가 사업장의 현황 확인, 기장 여부의 단순 확인, 특정한 매출사실의 확인, 행정민원서류의 발급을 통한 확인, 납세자 등이 자발적으로 제출한 자료의 수령 등과 같이 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문조사에 그치는 것이어서 납세자 등으로서도 손쉽게 응답할 수 있을 것으로 기대되거나 납세자의 영업의 자유 등에도 큰 영향이 없는 경우에는 원칙적으로 ‘세무조사’로 보기 어렵지만, 그 조사행위가 실질적으로 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위한 것으로서 납세자 등의 사무실․사업장․공장 또는 주소지 등에서 납세자 등을 직접 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 일정한 기간 동안의 장부․서류․물건 등을 검사․조사하는 경우에는 특별한 사정이 없는 한 ‘세무조사’로 보아야 한다. 그러나 과세 자료의 수집 또는 신고내용의 정확성 검증 등을 위한 과세관청의 모든 조사행위가 재조사가 금지되는 세무조사에 해당한다고 볼 경우에는 과세관청으로서는 단순한 사실관계의 확인만으로 충분한 사안에서 언제나 정식의 세무조사에 착수할 수밖에 없고 납세자 등으로서도 불필요하게 정식의 세무조사에 응하여야 하므로, 납세자 등이 대답하거나 수인할 의무가 없고 납세자의 영업의 자유 등을 침해하거나 세무조사권이 남용될 염려가 없는 조사행위까지 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당한다고 볼 것은 아니다(대법원 2017. 3. 16. 선고 2014두8360 판결 참조). 이러한 법리는 위법하게 확대한 세무조사에 해당하는지에 관한 판단에도 적용된다.

나) 판단

앞서 인정한 사실과 위 각 증거, 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 피고는 2017 과세연도에 관하여 원고를 직접 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 일정한 기간 동안 장부 등을 검사․조사한 적이 없는 점, ② 피고는 2017 과세연도에도 2016 과세연도와 동일하게 추계소득 신고 되었음을 발견한후 원고에게 자발적인 수정신고를 유도하는 한편 신고내용의 정확성을 검증하기 위해 소명자료제출 요청을 하였고, 피고는 이에 응하여 소득금액 산출에 대한 자료를 제출한 것으로 보이는바, 이를 두고 원고의 영업의 자유 등을 침해하거나 세무조사권이 남용될 염려가 있는 조사행위로 보기 어려운 점, ③ 이 사건 1처분 당시 2017 과세연도 부분은 경정내용에 포함되지 않았고 이 사건 2처분은 이 사건 세무조사 종결 이후 별도의 절차를 거쳐 이루어 진 점 등에 비추어 보면, 이 사건 2처분이 이 사건 세무조사의 범위를 확대하여 이루어 진 것으로 보기 어렵다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다.

3) 이 사건 각 처분의 처분사유 존부

가) 관련 법리 등

소득세법 제70조는 ‘해당 과세기간의 종합소득금액이 있는 거주자는 그 종합소득 과세표준을 그 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 하여야 하는데(제1항) 이를 종합소득 과세표준확정신고라고 하고(제3항), 종합소득 과세표준확정신고를 할 때에는 그 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다고 규정하면서(제4항), 구체적으로 종합소득금액 계산의 기초가 된 총수입금액과 필요경비의 계산에 필요한 서류로서 대통령령으로 정하는 것(제2호), 사업소득금액을 제160조 및 제161조에 따라 비치·기록된 장부와 증명서류에 의하여 계산한 경우에는 회계기준을 준용하여 작성한 재무상태표·손익계산서와 그 부속서류, 합계잔액시산표 및 대통령령으로 정하는 바에 따라 작성한 조정계산서, 제160조 제2항에 따라 기장을 한 사업자의 경우에는 기획재정부령으로 정하는 간편장부소득금액 계산서(제3호), 제28조부터 제32조까지의 규정에 따라 필요경비를 산입한 경우에는 그 명세서(제4호), 사업자가 사업과 관련하여 다른 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받고 제160조의2제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 증명서류 외의 것으로 증명을 받은 경우에는 대통령령으로 정하는 영수증 수취명세서(제5호)등과, 사업소득금액을 제160조 및 제161조에따라 비치·기록한 장부와 증명서류에 의하여 계산하지 아니한 경우에는 기획재정부령으로 정하는 추계소득금액 계산서(제6호)를 제출하도록 규정하고 있다.

또한 소득세법 제80조 제2항 제1호는 ‘납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은

제70조, 제70조의2, 제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 경정한다’고 규정하고, 같은 법 제80조 제3항은 ‘납세지 관할 세무서장은 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 하되, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 소득금액을 추계조사 결정할 수 있다’고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제142조 제1항은 ‘법 제80조의 규정에 의한 과세표준과 세액의 결정 또는 경정은 과세표준확정신고서 및 그 첨부서류에 의하거나 실지조사에 의함을 원칙으로 한다’고 규정하고, 구 소득세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29523호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제143조 제1항 제1호는 ‘과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우’를 소득세법 제80조 제3항 단서에서 말하는 예외사유의 하나로 규정하고 있다. 위 규정의 내용에 의하면, 종합소득세의 과세표준과 세액은 실지조사의 방법에 의하여 밝혀진 실액에 의하여 결정하는 것이 원칙이고 추계조사 방법에 의하여 결정하려면 납세자의 장부나 증빙서류 등이 없거나 그 중요 부분이 미비 또는 허위로 기재되어 신뢰성이 없고 달리 과세관청이 그 소득의 실액을 밝힐 수 있는 방법이 없는 때에 한하여 예외적으로 허용되는 것이므로, 납세자가 소득세법이 정하는 장부를 비치·기장한 바 없다고 하더라도 계약서 등 다른 증빙서류를 근거로 과세표준을 계산할 수 있다면 과세표준과 세액은 실지조사 방법에 의하여 결정하여야 하고 추계조사 방법에 의해서는 아니 되고, 납세자 스스로 추계의 방법에 의한 조사 결정을 원하고 있다는 사유만으로는 추계과세요건이 갖추어진 것으로 볼 수 없다(대법원 1999. 1. 15. 선고 97누20304 판결 등 참조).

나) 위와 같은 규정의 내용과 법리를 모두 종합하여 보면, 장부나 증빙서류를 충분히 확보하고 있어 실지 소득에 의한 소득금액 산정이 가능하여 ‘장부나 증빙서류 등 이 없거나 그 중요 부분이 미비 또는 허위로 기재되어 신뢰성이 없고 달리 그 소득의 실액을 밝힐 수 있는 방법이 없는 경우’가 아닌데도, 납세자가 소득세법 제70조 제5항 제6호에서 정한 추계소득금액 계산서만을 제출하여 추계소득신고를 한 경우에, 추계소득신고서 자체에는 오류나 탈루가 없다고 하더라도, 추계소득금액을 기초로 한 과세표준과 세액이 소득세법에 따른 객관적 과세표준과 세액과 다르다면 이는 소득세법 제80조 제2항 제1호에서 정한 경정 사유인 ‘신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우’에 해당한다.

나아가 앞서 든 증거와 을 제2호증의 기재, 제1심증인 하○○의 일부 증언에 변론전체의 취지를 더하여 알 수 있는 아래와 같은 사실 또는 사정을 종합하여 보면, 피고가 원고의 2016 과세연도 및 2017 과세연도 각 종합소득세 과세표준과 세액을 실지조사의 방법에 의하여 결정한 후 원고의 위 각 과세연도 종합소득 과세표준확정신고 내용에 ‘탈루 또는 오류’가 있다고 보아 이를 경정한 이 사건 각 처분이 위법하다고 볼 수 없다.

① 원고는 2016 과세연도의 경우 원재료, 지급수수료 등 890,342,984원에 관한 세금계산서, 인건비 1,212,056,200원에 관한 일용지급명세서, 보험료 28,799,040원 관한 보험료납부내역, 기타비용 66,506,763원에 관한 신용카드 내역, 기타비용9,801,482원에 관한 기타영수증, 합계 2,207,506,469원에 관한 증빙자료를 보유하고 있고, 2017 과세연도의 경우에도 원재료, 지급수수료 등 372,595,934원에 관한 세금계산서, 인건비 698,529,575원에 관한 일용지급명세서, 세금 및 공과금 4,289,000원에 관한 국민연금납부내역, 보험료 41,455,590원에 관한 건강, 고용, 산재보험료납부내역, 기타 비용 10,384,735원에 관한 신용카드 명세서, 합계 1,127,254,834원에 관한 증빙자료를 보유하고 있었음에도 이를 제출하지 아니하였다.

② 원고는 2016 과세연도의 인건비 중 1,230,000,000원과 2017년도 과세연도의 인건비 중 710,000,000원에 대한 증빙서류가 존재하지 아니함을 들어 장부나 증빙서류 등이 없거나 그 중요 부분이 미비 또는 허위로 기재되어 있는 경우에 해당한다고 주장하나, 이미 존재하는 증빙자료의 종류와 액수, 원고가 증빙자료가 존재하지 않는다고 주장하는 인건비의 액수 등에 비추어, 이미 존재하는 증빙자료를 기초로 실지조사에 의한 소득금액을 밝힐 수 없는 경우에 해당한다고 보기 어렵다.

③ 원고는 소득세법 제160조 제1항에서 정한 복식부기의무자로서 소득금액을 계산할 수 있도록 증명서류 등을 갖춰놓고, 그 사업에 관한 모든 거래사실이 객관적으로 파악될 수 있도록 복식부기에 따라 장부에 기록․관리하여야 할 의무가 있고, 인건비를 지급한 경우에 지급명세서를 과세관청에 제출하여야 할 의무가 있으므로(소득세법 제164조), 앞서 본바와 같이 이미 존재하는 증빙자료를 토대로 소득금액 확정이 가능한 이상, 인건비에 관한 일부 증빙이 불비한 부분이 있더라도 그로 인한 불이익은 원칙적으로 위와 같은 의무를 해태한 원고가 부담하여야 한다.

④ 원고가 주장하는 인건비 모두가 현금으로 지급되었다고 보기에는 그 액수가 지나치게 많다. 원고는 이 사건 종합소득세 과세표준확정신고 이전까지는 장부와 증빙자료에 의한 신고를 하다가 2016 과세연도부터 추계소득에 따른 종합소득세 과세 표준확정신고를 하였는데, 종전과 달리 2016년도부터 인건비에 관한 증빙을 구비하지 못할 만한 합리적이고 납득할 만한 이유를 찾을 수 없다.

⑤ 원고는 인부들이 증빙서류 제출을 거부하여 현금으로 인건비를 지급할 수밖에 없었다고 주장하고, 원고에게 고용되어 용접용역을 수행한 제1심증인 하○○이 작성한 확인서(갑 제8호증) 기재와 일부 증언이 원고의 위 주장에 부합한다. 그러나 하○○이 원고 아닌 다른 사업자들에게 증빙서류를 발급한 점 등에 비추어, 위 확인서 기재와 증언을 그대로 믿기는 어렵다.

다) 원고는, 피고가 이 사건 각 처분을 함에 있어 추계조사결정을 하지 않고, 원고가 주장하는 인건비를 필요경비로 인정하지 않은 것은 재량권을 일탈, 남용한 것으로서 위법하다는 주장도 한다. 그러나 앞서 본 바와 같이 종합소득 과세표준과 세액은 실지조사의 방법에 결정하여야 하고, 추계조사의 요건이 갖추어진 예외적인 경우에 한하여 추계조사에 의한 과세표준과 세액을 결정할 수 있는 것이므로, 과세관청인 피고에게 과세표준과 세액을 결정함에 있어 실지조사의 방법에 의할 것인지, 아니면 추계조사의 방법에 의할 것인지에 대한 재량권이 있다고 볼 수 없다. 그리고 과세표준과 세액을 결정함에 있어 필요경비를 인정할 것인지 여부 역시 과세관청의 재량이 인정되는 영역이 아니다. 따라서 이 사건 각 처분에 재량권 일탈, 남용의 위법이 있다는 원고의 주장은 더 나아가 살펴볼 필요 없이 받아들일 수 없다.

4) 조세관행 위배 여부

가) 관련 법리

국세기본법 제18조 제3항은 ‘세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다’고 규정하고 있으나, 조세법률관계에 있어서 신의성실의 원칙이나 신뢰보호의 원칙 또는 비과세 관행 존중의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용되는 예외적인 법원칙이다. 그러므로 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙 또는 신뢰보호의 원칙을 적용하기 위해서는, 과세관청이 공적인 견해표명 등을 통하여 부여한 신뢰가 평균적인 납세자로 하여금 합리적이고 정당한 기대를 가지게 할 만한 것이어야 한다. 또한 비과세 관행 존중의 원칙도 비과세에 관하여 일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 존재하여야 적용될 수 있는 것으로서, 이는 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정 납세자가 아닌 불특정한 일반 납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 의미하고, 단순히 세법의 해석기준에 관한 공적인 견해의 표명이 있었다는 사실만으로 그러한 해석 또는 관행이 있다고 볼 수는 없으며, 그러한 해석 또는 관행의 존재에 대한 증명책임은 그 주장자인 납세자에게 있다(대법원 2013. 12. 26. 선고 2011두5940 판결 등 참조).

2) 판단

원고가 주장하는 것과 같이 납세자가 추계소득으로 신고하는 경우 조세관청은 전산으로 추계소득을 당연히 결정하고 세무조사대상자로 선정되지 않는 한 추가적인 경정고지는 하지 않는다는 조세관행이 존재함을 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장 역시 받아들일 수 없다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론이 같아 정당하고, 원고의 항소는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.