서울행정법원-2022-구합-69513 (2023.03.30)

사 건

2022구합69513 양도소득세부과처분취소

원 고

AA외2

피 고

XX세무서장

변 론 종 결

2022. 12. 15.

판 결 선 고

2023. 03. 30.

주 문

1. 피고가 2021. 6. 1. 망 BB에 대하여 한 2018년 귀속 양도소득세 813,987,310원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청구취지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 주택의 양도 및 양도소득세 신고

1) 망 BB(이하 ‘망인’이라 한다)은 1985. 6. 20. 서울 마포구 주택 대지 및 그 지상 벽돌조 기와지붕 2층 주택(이하 주택과 부수토지를 통틀어 ‘이 사건 주택’이라 한다)을 취득하여 보유하다가 2018. 4. 19. 2,240,000,000원에 양도(이하 ‘이 사건 양도’라 한다)하였다.

2) 망인은 2018. 5. 8. 이 사건 양도가 1세대 1주택인 고가주택의 양도에 해당한다고 보아 9억 원을 초과하는 양도차익에 대하여 장기보유특별공제(1986. 6. 20.부터 2018. 4. 18.까지 약 31년 보유 및 거주) 및 소득세법 제55조에서 정한 기본세율을 적용하여 2018년 귀속 양도소득세 64,708,310원을 신고ㆍ납부하였다.

나. 장기임대주택 및 신규주택의 취득 및 소유

1) 한편, 이 사건 양도 당시 망인의 배우자인 AA는 광명시 철산동 아파트(이하 ‘이 사건 임대주택’이라 한다)를 2018. 3. 23. 취득하여 그 무렵 장기임대주택으로 등록하여 소유하고 있었다.

2) 망인은 서울 마포구 상수동 아파트(이하 ‘대체주택’이라 한다)를 2018. 3. 27. 취득하여 이 사건 양도일인 2018. 4. 19.부터 그곳에서 거주하였다.

다. 피고의 양도소득세 경정 고지

피고는 이 사건 양도가 조정대상지역 내 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도에 해당한다고 보아 2021. 6. 1. 망인에 대하여 구 소득세법(2018. 12. 31. 법률 제16104호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제95조 제2항, 제3항, 구 소득세법 시행령(2018. 10. 13. 대통령령 제29242호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제160조 제1항에 따라 이 사건 주택의 양도가액 중 9억 원을 초과하는 부분에 해당하는 양도차익에 대하여 장기보유특별공제를 배제하고, 구 소득세법 제104조 제7항 제3호, 구 소득세법시행령 제167조의3 제1항에 따른 중과세율(일반세율에 20% 가산)을 적용하여 2018년귀속 양도소득세 813,987,310원(가산세 포함)을 경정고지(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

라. 전심절차

망인은 이에 불복하여 2021. 8. 17. 이의신청을 거쳐 2021. 12. 22. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2022. 3. 14. 그 청구가 기각되었다.

마. 당사자의 지위

망인은 2022. 5. 30. 사망하였고, 원고들은 망인의 배우자 및 자녀들로서 법정상속인들이다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 제3 내지 12호증, 제14호증(가지번호가 있는 것은 각 가지번호 포함), 을 제1호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고들의 주장

이 사건 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용한 이 사건 처분은 다음과 같은 이유로 위법하다.

1) 이 사건 주택이 고가주택이라고 하더라도, 1세대 1주택 특례를 적용받은 주택에 해당하므로, 1세대 1주택 비과세 취지에 따라 양도가액 9억 원 초과분에 해당하는 양도차익에 대해서도 소득세법상 1세대 1주택자에 대한 장기보유특별공제 및 일반세율을 적용하여야 한다.

2) 망인은 1985. 6. 20. 이 사건 주택을 취득한 이후 2018. 4. 19. 이 사건 양도 당시까지 약 32년간을 이 사건 주택에서 거주하였고, 그 양도대금으로 대체주택 및 이 사건 임대주택을 취득하여 2018. 4. 19. 대체주택으로 거주를 이전하고, 이 사건 임대주택에서 나오는 수입으로 노후 생계를 꾸린 것으로 망인에게는 투기의 목적이 없었다.

망인 세대가 1세대 3주택이었던 기간은 이 사건 주택에 관한 매매잔금을 지급받기 전 불과 23일(2018. 3. 27.부터 2018. 4. 19.까지)에 불과하고, 그마저도 이 사건 주택을 이 사건 임대주택과 대체주택으로 전환하는 과정에서 발생한 것에 불과하므로, 실질과세원칙상 망인 세대는 1세대 3주택을 보유하였다고 보기 어렵다.

3) 설령 이 사건 양도가 1세대 3주택에 해당하는 주택의 양도에 해당한다고 하더라도, 망인에게는 투기의 목적이 없었고 거주이전의 목적으로 사회통념상 일시적으로 볼 수 있는 한 달도 채 되지 않는 기간 동안 형식적으로 3주택을 보유할 수밖에 없었던 특별한 사정이 있었으므로, 이는 대법원 판례에서 1세대 3주택으로 보아 양도소득세를 중과할 수 없는 경우로 인정한 특별한 사정에 해당한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 이 사건 양도가 ‘1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도’에 해당하는지 여부

1) 양도소득에 대한 세율은 구 소득세법 제104조에서 정하고 있는데, 건물(주택)의 경우 원칙적으로 같은 법 제55조 제1항에 따른 기본세율을 적용하되(제1항 제1호), 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택을 양도하는 경우에는 기본세율에 100분의 10을 더한 세율을 적용하고(제7항 제1호), 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택을 양도하는 경우에는 기본세율에 100분의 20을 더한 세율을 적용한다(제7항 제3호). 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항은 “대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이란 ‘국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다’고 규정하면서, 제1호에서 수도권, 광역시․특별자치시 외의 지역에 소재하는 기준시가 3억 원 이하의 주택을, 제2호에서 장기임대주택을, 제10호에서 1세대가 제1호부터 제8호까지 및 제8호의2에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 해당 주택(일반주택)을 들고 있다. 또한 구 소득세법 시행령 제167조의10 제1항은, ”대통령령으로 정하는 1세대2주택에 해당하는 주택”에 관하여 ‘국내에 주택을 2개(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 이를 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다’고 규정하면서 제1호에서 수도권, 광역시․특별자치시 외의 지역에 소재하는 기준시가 3억 원 이하의 주택을, 제2호에서 제167조의3 제1항 제2호부터 제8호까지 및 제8호의2 중 어느 하나에 해당하는 주택을, 제8호에서 일시적 1세대 2주택의 경우 종전 주택을 들고 있다.

2) 위와 같은 관계법령의 문언 및 체계에 의하면, 양도소득에 대한 세율은 주택수에 따라 결정되게 되므로, 1세대가 소유하는 주택 수는 원칙적으로 거주자가 실제 소유하는 모든 주택을 대상으로 하여야 하고, 다만, 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제1호, 제167조의10 제1항 제1호에 규정된 주택(수도권 및 광역시, 특별자치시 외의 지역에 소재하는 기준시가 3억 원 이하의 주택)만을 주택 수 산정에서 제외할 뿐 나머지 각 호에 규정된 주택은 그것이 비록 1세대 1주택 특례에 해당하는 장기임대주택, 상속주택, 신규주택 등이라 할지라도 모두 주택 수 산정에는 포함되고, 그 해당 주택이 양도대상이 되는 경우에만 중과세율이 적용되지 않는다. 따라서 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항의 ‘국내에 주택을 3개 이상 소유하고 있는 1세대가 양도하는 주택’을 투기 목적으로 소유하는 경우에 한정하여 해석할 수 없다.

3) 이 사건에서 망인 세대가 소유하고 있는 주택들은 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제1호에 정한 주택에 해당하지 않으므로, 일단 주택 수 산정에 있어 모두 포함하여 계산하여야 하고, 양도대상인 이 사건 주택이 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 각호에서 정한 주택에 해당하지 아니하고(구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제10호에서는 일반주택을 중과세율 배제 대상으로 규정하고 있으나, 이 사건 양도 당시 장기임대주택인 이 사건 임대주택 이외에 대체주택도 소유하고 있었으므로, 이 사건 주택은 위 제10호 소정의 일반주택에 해당하지 않는다), 일시적 1세대 2주택자에 대한 중과세율 적용 배제규정인 구 소득세법 시행령 제167조의10 제1항 제8호가 적용될 수도 없으므로, 이 사건 양도는 구 소득세법 제104조 제7항 제3호에서 규정한 ‘조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’을 양도한 경우에 해당한다.

4) 이에 대하여 원고는 이 사건 주택이 구 소득세법 시행령 제155조에서 정한 1세대 1주택 특례의 적용을 받는 이상 9억 원을 초과하는 양도차익에 대해서도 1세대3주택으로 볼 수 없다고 주장한다.

가) 그러나 소득세법상 주택에 대한 양도소득세의 세율은 원칙적으로 기본세율이고, 예외적으로 1세대 1주택 중 일정한 경우에는 구 소득세법 제89조 제1항 제3호, 구 소득세법 시행령 제154조, 제155조의 비과세 특례규정에 따라 비과세이고, 1세대 2주택 또는 3주택 이상의 경우는 구 소득세법 제104조 제7항, 구 소득세법 시행령 제167조의10 제1항, 제167조의3 제1항의 각 중과세규정에 따라 중과세율인바, 1세대 1주택 비과세 특례 규정, 1세대 2주택 중과세 규정 및 1세대 3주택 이상 중과세 규정 상호간에는 그 적용 대상 및 주택 수 계산에 관한 규정을 별개 독립적으로 두고 있으므로, 원칙적으로 각 비과세 또는 중과세 사유를 개별적으로 검토하여 그 해당 여부를 따져 보아야 하는 것이다. 따라서 이 사건 양도가 1세대 1주택의 특례에 해당한다 하더라도, 실지거래가액이 9억 원을 초과하는 부분에 대해 비과세 특례가 적용되지 않는 이상 양도소득세 세율에 관하여는 일단 보유 주택수를 바탕으로 중과세율이 적용되는지 검토하여야 하고, 중과세율 적용이 배제되는 경우 비로소 일반세율이 적용된다고 보아야 한다.

나) 또한 구 소득세법 제95조 제3항, 구 소득세법 시행령 제160조 제1항에서 고가주택에 해당하는 자산의 양도에 적용할 장기보유특별공제액은 ‘구 소득세법 제95조 제2항에 따른 장기보유특별공제액’과 ‘양도가액에서 9억 원을 공제한 금액을 양도가액으로 나눈 비율’을 곱하여 계산하도록 정하고 있는데, 구 소득세법 제95조 제2항 본문은 ‘법 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외된다)으로서 보유기간이 3년 이상인 자산의 양도차익에 대하여 해당 조항에서 정한 공제율을 곱하여 계산한 금액’을 ‘장기보유 특별공제액’이라고 규정하고 있다. 위 법령의 문언에 의하면, 구 소득세법 시행령 제155조에 의하여 1세대 1주택으로 의제된다 하더라도, 비과세대상에서 제외된 이상 양도차익을 산정함에 있어서는 구 소득세법 제95조 제3항, 구 소득세법 시행령 제160조 제1항에서 정한 바에 따라 계산하여야 하고, 장기보유특별공제 적용 여부 역시 위 법령에서 정한 바에 따라 이 사건 주택이 구 소득세법 제95조 제2항 본문 괄호 부분에서 정한 구 소득세법 제104조 제7항 각 호에 해당하는 자산인 경우에는 장기보유특별공제 대상에서 제외된다고 해석함이 타당하다.

다) 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.

5) 결국 이 사건 양도 당시 망인 세대가 보유한 3개의 주택을 주택 수에서 배제할 수 있는 법령이 존재하지 아니하므로, 특별한 사정이 없는 한 이 사건 양도는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도에 해당한다.

라. 이 사건 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 양도소득세를 중과할 수 없는 ‘특별한 사정이 인정되는지’ 여부

1) 투기목적의 주택 소유를 억제하여 주택 가격의 안정과 주거생활의 안정을 도모하려는 취지에서 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도에 대하여 중과세율을 적용하도록 하는 한편, 임대주택의 공급을 활성화함으로써 서민과 중산층의 주거안정을 지원하기 위하여 장기임대주택과 더불어 일반주택도 중과세율의 적용 대상에서 제외하는 관련 규정의 입법 취지 등에 비추어 보면, 일반주택(종전주택)과 장기임대주택을 소유한 거주자가 대체주택을 취득함으로써 장기임대주택을 제외하고도 2주택을 소유하게 되었더라도, 주거를 이전하기 위하여 대체주택을 취득한 것으로서 거주자에게 투기목적이 없고 대체주택을 취득한 후 종전주택을 양도하기까지 소요된 기간이 주택 거래의 현실 등에 비추어 사회통념상 일시적이라고 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에는 종전주택의 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 양도소득세를 중과할 수 없다(대법원 2014. 2. 27. 선고 2010두27806 판결 등 참조).

2) 앞서 든 증거들과 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사실과 사정을 종합하여 보면, 이 사건 양도는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 양도소득세를 중과할 수 없는 특별한 사정이 인정되는 경우로 봄이 상당하다. 따라서 이 부분 원고의 주장은 이유 있다.

가) 망인은 1985. 6. 20. 이 사건 주택을 취득한 이래 약 32년간 이 사건 주택에 거주하다가 주거 이전 목적으로 2018. 1. 15. 이 사건 주택을 22억 4천만 원에 매도하는 계약을 체결하고 그 매도대금으로 2018. 1. 23. 대체주택을 8억 원에 매수하는 계약을 체결하였다. 망인은 이 사건 주택을 양도한 2018. 4. 19. 당일 대체주택으로 전입하였으므로, 이 사건 주택을 양도하고 대체주택을 취득한 데에 거주 이전 목적 이외에 부동산의 투기 목적 등 다른 목적이 있었다고 볼 만한 사정이 없다.

나) 한편, 이 사건 양도 과정에서 망인의 배우자인 AA는 노후생활비를 안정적으로 마련할 목적으로 이 사건 양도 대금 중 일부로 2018. 2. 19. 이 사건 임대주택을 7억 1천만 원에 매수하는 계약을 체결하고, 2018. 3. 15. 이 사건 주택을 관할 구청에 장기임대주택으로 등록하고 2018. 3. 19. 관할세무서에 사업자등록을 마친 후 2018. 3. 23. 이 사건 임대주택을 취득하였다. 일반적으로 장기임대주택의 경우 장기간 임대를 통하여 무주택 서민과 중산층의 주거안정에 기여하는 바가 크므로 그 취득 및 보유를 두고 바로 투기 목적이 있었다고 보기는 어렵다.

다) 망인은 약 3개월의 단기간 동안 이 사건 주택의 양도와 대체주택 등의 취득을 진행하는 과정에서 이 사건 주택의 양도가 선행되었기 때문에 이 사건 주택의 잔금일자를 3개월 후로 미리 정하였고, 대금 및 이사 시기 등 조건이 맞는 대체주택을 매수하면서 매도인측과의 협의를 거쳐 이 사건 주택의 양도대금이 모두 지급되기 전인 2019. 3. 27.을 잔금지급일로 정한 것으로 보인다. 그로 인하여 장기임대주택 이 사건 임대주택 외에 이 사건 주택과 대체주택의 소유권을 함께 보유하였던 기간이 23일(2019. 3. 27.부터 2019. 4. 19.까지) 발생하였다고 하더라도, 이는 거주 이전 목적의 주택 매매거래의 현실 등에 비추어 흔히 발생할 수 있는 경우로서 일시적이라고 볼 수 있음이 분명하다.

라) 1세대 3주택 이상 주택의 양도에 대해 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용하는 규정의 취지가 부동산 투기로 인한 이득을 세금으로 흡수하여 과세형평을 도모하고 부동산 투기를 차단하여 주택 가격의 안정과 주거생활의 안정을 도모하기 위함인 점에 비추어 보면, 종전주택인 이 사건 주택과 장기임대주택인 이 사건 임대주택을 보유하게 된 망인 세대가 거주예정인 대체주택을 취득함으로써 장기임대주택을 제외하고도 2주택을 소유하게 되었더라도, 그 기간은 이 사건 주택을 보유한 약32년 기간 중 23일에 불과하고, 그마저도 이 사건 주택의 양도대금으로 이 사건 임대주택과 대체주택을 취득하는 과정 중에 발생한 것이어서 특별히 투기 목적을 찾아보기 어려우므로, 이러한 경우에까지 이 사건 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 중과하는 것은 위 규정 취지에도 부합하지 아니하다.

마) 피고는 대법원 판례에서 인정되는 ‘1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도’로 보아 양도소득세를 중과할 수 없는 특별한 사정이 있다고 보기 위해서는 계약상대방의 요구에 따라 주택의 양도 순서가 바뀌었다거나 피할 수 없는 제약이 존재하는 등의 특별한 사정이 있어야 하는데, 원고의 경우 이 사건 주택을 먼저 양도하고 그 잔금을 받아 대체주택을 취득하는 등으로 일시적으로 3주택자가 되는 것을 회피할 수 있는 방법이 존재하였으므로 특별한 사정을 인정할 수 없다고 주장하나, 이 사건에서 그와 같은 정도로 특별한 사정을 제한한다면 장기임대주택 외에는 사실상 실거주하는 종전주택을 양도하고 대체주택을 취득하는 과정에 있는 국민의 거주이전의 자유를 지나치게 제약하는 것이 되어 부당하다.

마. 소결론

따라서 이 사건 양도는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 양도소득세를 중과할 수 없는 특별한 사정이 인정되는 경우이므로, 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면 원고들의 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다