대전지방법원-2022-구단-103388 (2023.07.06)

사 건

2022구단103388 양도소득세부과처분취소

원 고

AAA

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2023. 6. 22.

판 결 선 고

2023. 7. 6.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2022. 1. 3. 원고에게 한 양도소득세 65,504,930원의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2006. 1. 31. 및 2006. 11. 8. OO OO구 OO동 OOO-OO 토지 및 지상건물(이하 건물만 지칭할 때에는 ’이 사건 건물‘이라 하고, 토지와 건물을 통틀어 ’이사건 부동산‘이라 한다)을 취득하여 숙박업을 영위하다가 2021. 1. 5. BBB에게 이 사건 부동산을 3,100,000,000원에 매도하였다.

나. 원고는 2020. 9. 16., 2020. 12. 3., 2021. 11. 3. 이 사건 건물에 관한 내용연수가 잘못 적용되어 감가상각비가 과대계상되었음을 이유로 2010년도 내지 2016년도 귀속 종합소득세에 대하여 아래와 같이 수정신고(이하 ’이 사건 수정신고‘라 한다)를 하였다.

(단위 : 원)

사업연도

당초 감가상각비

수정 감가상각비

추가납부세액

수정신고일

비고

2010

102,963,636

51,481,818

40,383

2020.12.3.

2010년~

2014년

부과제척기간 경과

2011

102,963,636

51,481,818

44,897

2020.12.3.

2012

102,963,636

51,481,818

67,025

2020.9.16.

2013

102,963,636

51,481,818

23,060

2020.9.16.

2014

102,963,636

51,481,818

44,236

2020.9.16.

2015

102,963,636

51,481,818

428,605

2020.9.16.

2016

102,963,636

51,481,818

1,002,695

2021.11.3.

합계

720,745,452

51,481,818

1,650,901

다. 원고는 2021. 3. 17. 이 사건 건물의 매입가액에 취·등록세를 더한 금액에서 이 사건 건물의 감가상각비 617,781,816원을 공제한 1,508,247,411원을 취득가액으로 하여 이 사건 부동산에 대한 양도소득세 33,882,250원을 신고·납부하였다.

라. 피고는 2022. 1. 3. ‘국세기본법 제45조에 따라 부과제척기간이 경과한 과세기간(2010년~2014년 귀속)의 종합소득세 수정신고 내용을 부인하고, 이 사건 건물의 양도차익 계산 시 감가상각비 205,927,272원만 취득가액에서 추가로 차감되어야 한다’는 이유로 2021년도 귀속 양도소득세를 99,387,187원(가산세 포함)으로 증액경정한 후65,504,930원을 납부·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 조세심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2022. 9. 22. 원고의 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 원고는 종합소득세 신고 시 사업용자산인 이 사건 건물에 대한 감가상각비를 필요경비로 계상하면서 기준내용연수 40년을 적용하지 아니하고 20년을 적용하여 감가상각비를 과대계상한 사실이 있고, 이에 원고는 이 사건 건물에 관하여 내용연수 40년을 적용한 감가상각비를 재계산하여 2010년도 내지 2016년도 귀속 종합소득세에 대하여 이 사건 수정신고를 하였다. 소득세법 제97조 제3항은 필요경비를 계산할 때 양도자산 보유기간에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 과세기간의 사업소득금액을 계산하는 경우 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있을 때에는 이를 공제한 금액을 그 취득가액으로 한다고 규정하고 있는바, 위 규정에서 말하는 ‘감가상각비’란 소득세법 규정에 따라 정당하게 산정된 감가상각비를 의미하는 것이므로 이 사건 건물에 관하여는 내용연수 40년을 적용한 감가상각비가 공제되어야 한다.

2) 종합소득세와 양도소득세는 별개의 독립된 과세처분이므로, 이 사건 수정신고 중 일부 사업연도에 대하여 부과제척기간이 도과하였다고 하더라도 원고가 당초 종합소득세 신고 시 내용연수 20년을 적용하여 과대계상한 감가상각비가 양도소득세 산정을 위하여 소득세법에 따라 정당하게 산정된 감가상각비가 되는 것은 아니라고 할 것이다. 그렇다면 원고가 수정신고한 감가상각비를 기준으로 취득가액을 계산하여 양도소득세를 신고·납부한 것은 정당하므로, 이와 다른 전제에 선 피고의 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 관련 규정 및 법리

1) 양도소득의 필요경비 계산에 관하여 소득세법 제97조 제3항은 ‘양도자산 보유기간에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 과세기간의 사업소득금액을 계산하는 경우 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있을 때에는 이를 공제한 금액을 그 취득가액으로 한다’고 규정하고 있다.

2) 국세기본법 제45조 제1항은 ‘과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자(소득세법 제73조 제1항 제1호부터 제7호까지의 어느 하나에 해당하는 자를 포함한다)는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 관할 세무서장이 각 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전으로서 제26조의2 제1항에 따른 기간이 끝나기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다’고 규정하고 있고, 같은 법 제26조의2 제1항은 ‘국세를 부과할 수 있는 기간(이하 “부과제척기간”이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다’고 규정하고 있다.

3) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2003. 1. 24. 선고 2002두9537 판결 등 참조).

다. 판단

살피건대, 앞서 든 증거들과 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 이 사건 부동산에 대한 2021년 귀속 양도소득세를 산정함에 있어 부과제척기간이 경과한 과세기간(2010년~2014년 귀속)에 대한 이 사건 수정신고 내용을 부인하고, 위 기간에 대하여는 당초 종합소득세 신고 시 원고가 필요경비에 산입하였던 감가상각비를 취득가액에서 공제함이 타당하다고 할 것이다. 따라서 이와 같은 전제에서 한 피고의 이 사건 처분은 적법하다.

① 소득세법 제97조 제3항은 필요경비의 이중계상을 방지하기 위하여 양도소득의 필요경비 계산 시 사업소득의 필요경비에 산입된 감가상각비의 공제를 규정하고 있고, 감가상각비는 사업자가 상각범위 내에서 감가상각여부 및 금액, 필요경비 산입시기를 선택할 수 있으며, 그 스스로 결산서에 필요경비로 산입되지 않은 미상각 감가상각비는 양도 시에는 양도소득에서 필요경비로 산입되므로, 결국 사업자로서는 사업소득과 양도소득 중 그 공제부분을 선택할 수 있다고 할 것이어서 그 예측가능성이 충분히 인정된다.

② 국세기본법 제22조의2 제1항은 ‘수정신고는 당초의 신고에 따라 확정된 과세표준과 세액을 증액하여 확정하는 효력을 가진다’고 규정하고 있고, 같은 조 제2항은 ‘제1항에 따른 국세의 수정신고는 당초 신고에 따라 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리·의무관계에 영향을 미치지 아니한다’고 규정하고 있는바, 이미 부과제척기간이 도과한 과세기간의 과세표준과 세액에 대하여는 제척기간이 경과함으로써 불가쟁력과 불가변력이 발생한다고 보아야 할 것이다.

③ 국세기본법 시행령 제12조의3 제1항 제1호에서는 ‘과세표준과 세액을 신고하는 국세의 경우 해당 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한의 다음 날’을 국세를 부과할 수 있는 날로 규정하고 있다. 나아가 소득세법 제5조 제1항에서는 소득세의 과세기간은 1월 1일부터 12월 31일까지 1년으로 한다고 규정하고 있고, 같은 법 제70조 제1항에서는 해당 과세기간의 종합소득금액이 있는 거주자는 그 종합소득 과세표준을 그 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다고 규정하고 있다. 위규정들에 비추어 보면, 2010년도 및 2011년도 귀속 종합소득세에 대한 2020. 12. 3.자 수정신고와 2012년도 내지 2014년도 귀속 종합소득세에 대한 2020. 9. 16.자 수정신고는 종합소득세를 부과할 수 있는 날로부터 각 5년의 부과제척기간이 경과하였으므로, 2010년도 내지 2014년도 귀속 종합소득세에 대하여는 당초 원고가 종합소득세를 신고할 당시 필요경비에 산입하였던 감가상각비가 확정되어 이에 대한 불가쟁력과 불가변력이 발생하였다고 봄이 타당하다.

④ 그렇다면 소득세법 제97조 제3항에서 규정한 ‘감가상각비로서 각 과세기간의 사업소득금액을 계산하는 경우 필요경비에 산입한 금액’은 당초의 신고에 따라 확정된 과세표준과 세액 또는 부과제척기간 내에 이루어진 적법한 수정신고에 따라 증액하여 확정된 과세표준과 세액에서 산입하였던 감가상각비를 의미한다고 해석함이 관계 법령의 규정 내용과 취지에 부합한다고 할 것이다.

⑤ 원고의 주장과 같이 수정신고 부과제척기간이 도과된 과세기간에 대하여도 수정신고 내용에 따른 감가상각비를 양도소득의 필요경비로 산입할 수 있다고 해석한다면, 원고로서는 2010년도 내지 2014년도 귀속 종합소득세에 대하여는 이 사건 수정신고의 효력이 발생하지 아니하여 종합소득세를 추가로 납부하지 않았음에도 양도소득세 산정 시에는 2010년부터 2014년까지의 기간에 대하여도 이 사건 수정신고의 내용에 따라 감소된 감가상각비를 적용하여 결과적으로 양도차익이 감소하는 이득을 얻게되는 불합리한 결과가 발생한다고 할 것이고, 이는 필요경비의 이중계상을 방지하고자 하는 소득세법 제97조 제3항의 규정취지를 몰각시키게 될 뿐만 아니라, 조세공평의 원칙에도 부합한다고 볼 수 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.