서울행정법원-2022-구합-81025 (2023.08.25)

사 건

2022구합81025 종합소득세부과처분취소

원 고

AA

피 고

TT세무서장

변 론 종 결

2023. 6. 16.

판 결 선 고

2023. 8. 25.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2021. 10. 21. 원고에 대하여 한 2020년 귀속 종합소득세 34,145,243원의 경정 거부처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 재단법인 BB(이하 ‘이 사건 법인’이라 한다)은 ‘지구촌 아동, 청소년들에게

교육 지원 및 교육환경 개선을 통해 공동체를 구현하는데 기여함’을 목적으로 설립된

법인으로, 2020. 10. 21. 설립허가를 받아 2020. 11. 6. 설립등기를 마쳤으며, 2021. 3. 31. 법인세법 시행령 제39조 제1항 제1호 (바)목에 따른 공익법인으로 지정․고시되었다.

나. 원고는 2020. 11. 25. 5억 원(이하 ‘이 사건 기부금’이라 한다)을 이 사건 법인의

기본재산으로 출연하였다.

다. 원고는 2021. 5. 31. 2020년 귀속 종합소득세 110,066,420원을 신고·납부하였고,

2021. 8. 31. 피고에게, ‘이 사건 기부금을 지정기부금으로 보아 구 소득세법(2020. 12.

29. 법률 제17757호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제59조의4 제4항에 따라 특별세

액공제를 적용하여 2020년 귀속 종합소득세 34,145,240원을 환급하여 달라’는 취지의

경정청구를 하였다.

라. 피고는 구 소득세법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31442호로 개정되기 전의

것, 이하 같다) 제80조에 따라 이 사건 법인이 공익법인으로 지정된 날이 속한 연도인

2021. 1. 1.부터 지출하는 기부금만 특별세액공제 대상에 해당하고 그 이전에 지출된

이 사건 기부금은 이에 해당되지 않는다는 이유로 2021. 10. 26. 원고의 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

마. 이 사건 처분에 불복하여 원고가 2021. 12. 7. 조세심판원에 심판청구를 하였으

나, 조세심판원은 2022. 6. 30. 원고의 청구를 기각하였다. 원고는 2022. 7. 4. 위 재결서를 수령하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 법인세법 시행규칙 제18조의3은 법인세법 시행령 제39조 제1항 제1호 (바)목의

공익법인 지정을 매 분기별로 하는 것으로 규정하고 있고, 따라서 4분기에 재단법인

설립을 위해 기부금을 지출하고 주무관청에 당해 연도 말까지 추천신청을 하면 기획재

정부장관은 다음 해 3. 31.에 이르러서야 그 지정을 하고 있다. 그런데 소득세법 시행

령 제80조 제1항 제1호, 법인세법 시행령 제39조 제1항 제1호 (바)목은 지정기부금을

그 지정일이 속하는 연도의 1월 1일부터 지출하는 기부금으로 한정하고 있고, 따라서

이 사건 법인과 같이 4분기에 재단설립을 하고 공익법인 신청을 한 경우에는 증여자가

해당 재단설립을 위해 출연한 기부금이 지정기부금에 포함될 수 없게 된다. 이처럼 4

분기에 신규 설립되는 재단법인에 출연한 기부금만 지정기부금으로 인정받지 못하는

것에 달리 합리적 이유를 찾을 수 없는바, 이는 조세평등주의에 반한다.

2) 법인세법 제24조 제3항 제1호[구 법인세법(2020. 12. 22. 법률 제17652호로 개

정되기 전의 것) 제24조 제4항]는 ‘공익성을 고려하여 지정기부금으로 인정할 단체’의

범위를 대통령령으로 규정하도록 한 것인데, 법인세법 시행령 제39조 제1항 제1호 단

서는 모법의 위임범위를 벗어나 지정기부금의 지출 시기까지 제한하게 되어, 이는 모

법 내용으로 예측할 수 없는 내용을 규정한 것으로서 위임범위를 벗어난 무효인 조항

1) 원고는 각 주장 법령을 현행 법령을 기준으로 기재하였다. 그러나 이 사건은 2020년 귀속 종합소득세가 문제되는 것이므로 “가. 원고의 주장” 부분에서는 해당 조항의 위치가 변경된 경우 구법을 괄호로 표기하고, “나. 판단”

이하 부분에서는 구법을 기준으로 기재한다.

이고, 위 조항에 근거하여 이루어진 이 사건 처분 역시 위법하다.

3) 이 사건 기부금에 관하여, 그 수령자인 이 사건 법인은 상속세 및 증여세법의

과세가액불산입 규정을 적용받아 증여세를 면제받게 됨에도 증여자인 원고는 지정기부

금으로 인정받지 못하고 종합소득세를 모두 납부하게 된다. 이는 하나의 기부행위에

관한 공익성 및 공익법인을 지원할 필요성은 동일함에도 상속세 및 증여세법과 소득세

법이 달리 적용되어 과세형평을 근본적으로 저해하는 것이므로 불합리하고, 법령을 합

목적적으로 해석하여 이 사건 기부금 역시 지정기부금에 해당한다고 보아야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 관련 법리

조세에 관한 법률은 그 부과요건이나 감면요건을 막론하고 특별한 사정이 없는

한 법문대로 해석하여야 하고 합리적인 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은

허용되지 아니한다. 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는

것은 엄격하게 해석하는 것이 공평원칙에도 부합한다(대법원 2007. 10. 26. 선고 2007

두9884 판결 참조). 또한 조세법률에 있어 그 과세요건과 이에 대한 예외적 규정인 비

과세 내지 감면요건을 규정하는 것은 그 규정이 현저히 불합리하지 않은 한 입법자의

입법재량에 속한다고 할 것이다(대법원 2011. 1. 27. 선고 2010두6793 판결 참조).

법규명령이 법률의 위임범위를 벗어났는지는 직접적인 위임 법률조항의 형식과

내용뿐만 아니라 법률의 전반적인 체계와 목적 등도 아울러 고려하여 법률의 위임범위

나 한계를 객관적으로 확정한 다음 법규명령의 내용과 비교해서 판단해야 한다. 법규

명령의 내용이 위와 같이 확정된 법률의 위임 범위 내에 있다고 인정되거나 법률이 예

정하고 있는 바를 구체적으로 명확하게 한 것으로 인정되면 법규명령은 무효로 되지

않는다(대법원 2020. 6. 18. 선고 2016두43411 전원합의체 판결 등 참조). 나아가 어느 시행령 규정이 모법의 위임범위를 벗어난 것인지를 판단할 때 중요한 기준 중 하나는 예측 가능성이다. 이는 해당 시행령의 내용이 이미 모법에서 구체적으로 위임되어 있는 사항을 규정한 것으로서 누구라도 모법 자체로부터 위임된 내용의 대강을 예측할

수 있는 범위에 속한다는 것을 뜻한다. 이러한 예측 가능성의 유무는 해당 조항 하나

만을 가지고 판단할 것은 아니고 법률의 입법 취지 등을 고려하여 관련 법조항 전체를

유기적ㆍ체계적으로 종합하여 판단하여야 한다(대법원 2021. 7. 29. 선고 2020두39655 판결 등 참조).

2) 관련 규정

구 소득세법 제34조는 사업자가 해당 과세기간에 지출한 기부금 중 법정기부금

과 지정기부금은 일정 한도 내에서 해당 과세기간의 사업소득금액을 계산할 때 필요경

비에 산입한다고 규정하면서(제2항), 법정기부금 중 하나로 법인세법 제24조 제3항에

따른 기부금을(제3항 제1호) 규정하고, 지정기부금은 “사회복지ㆍ문화ㆍ예술ㆍ교육ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술 등 공익성을 고려하여 대통령령으로 정하는 기부금(법정기부금은 제

외)”이라 각 규정하고 있으며(제4항), 구 소득세법 제59조의4 제4항은 위 기부금에 대

한 특별세액공제를 규정하고 있다. 구 소득세법 시행령 제80조 제1항 제1호는 법 제34조 제4항에서 말하는 대통령령으로 정하는 기부금의 하나로 “법인세법 시행령 제39조 제1항 각호의 것”을 규정하고 있다.

구 법인세법(2020. 12. 22. 법률 제17652호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제24조 제2항은 내국법인이 각 사업연도에 지출하거나 제5항에 따라 이월된 기부금 중

법정기부금과 지정기부금은 일정 한도 내에서 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때

손금에 산입하는 것으로 규정하고, 제4항에서 지정기부금을 “사회복지·문화·예술·교육·

종교·자선·학술 등 공익성을 고려하여 대통령령으로 정하는 기부금”이라고 규정하고 있

다. 구 법인세법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30396호로 개정되기 전의 것, 이하

같다) 제39조 제1항은 구 법인세법 제24조 제4항에서 말하는 “대통령령으로 정하는 기부금”에 관하여 규정하고 있는데, 제1호에서 “다음 각 목의 비영리법인(단체 및 비영리외국법인을 포함하며, 이하 이 조에서 "지정기부금단체등"이라 한다)에 대하여 해당 지정기부금단체등의 고유목적사업비로 지출하는 기부금. 다만, 바목에 따라 지정ㆍ고시된 법인에 지출하는 기부금은 지정일이 속하는 연도의 1월 1일부터 6년간(이하 이 조에서 "지정기간"이라 한다) 지출하는 기부금에 한정한다.”라고 규정하고 있다(이하 구 법인세법 시행령 제39조 제1항 제1호 단서를 ‘이 사건 조항’이라 한다).

한편 구 법인세법 제6조는 “사업연도는 법령이나 법인의 정관(定款) 등에서 정

하는 1회계기간으로 한다. 다만, 그 기간은 1년을 초과하지 못한다(제1항).”라고 하면서 “제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 신고를 하여야 할 법인이 그 신고를 하지 아니하는 경우에는 매년 1월 1일부터 12월 31일까지를 그 법인의 사업연도로 한다(제5항).”라고 규정하고 있다.

3) 구체적 판단

가) 앞서 든 증거들로 알 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 이 사건 조항이 구 법인세법 제24조 제4항(원고는 현행 법인세법 제24조 제3항 제1호로 특정하 법인세법 시행령 부칙(2020. 2. 11.) 제1조에 따라 2020. 2. 11. 개정된 구 법인세법 시행령 제39조 제1항은 2021. 1. 1.부터 시행되므로, 2020년 귀속 종합소득세가 문제되는 이 사건에는 그 개정 전 법률이 적용된다.

였으나, 2020년 귀속 종합소득세에 적용되는 법률은 구 법인세법으로 해당 조항은 구

법인세법 제24조 제4항에 있다가 2020. 12. 22. 법률 제17652호로 개정되면서 제24조 제3항 제1호로 그 위치가 이동한 것인바, 구 법인세법을 기준으로 기재한다)의 위임범위를 벗어남으로써 조세법률주의에 위배되거나 입법자의 입법재량을 벗어난 현저히 불합리한 것으로 조세평등의 원칙에 반하는 것이라고 평가하기 어렵다. 이와 다른 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

① 구 법인세법은 제4조에서 내국법인에 법인세가 과세되는 소득의 하나로 각사업연도의 소득을 규정하고, 제6조로 그 사업연도는 1년으로써 그에 관한 신고가 없는 경우 매년 1. 1.부터 12. 31.까지라고 규정하고 있으며, 제14조 제1항에서 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 뺀 금액으로 한다고 규정하고 있다. 그런데 구 법인세법 제24조 제2항은 ‘내국법인이 각 사업연도에 지출’한 법정기부금 및 지정기부금을 그 적용대상으로 규정하고 있고, 같은 조 제4항에서 제2항의 지정기부금에 관하여 대통령령에 위임하고 있으므로, 구 법인세법 제24조 제2항, 제4항의 지정기부금은 원칙적으로 1. 1.부터 12.

31.까지 지출된 것이 대상이라는 것을 쉽게 예상할 수 있다.

② 지정기부금은 소득세 산정 시 필요경비로, 법인세 산정 시 손금에 산입되

어 ‘과세대상 소득’을 감소시키므로 과세감면요건에 해당한다. 납세자가 과세기간 내에

공익법인으로 지정받은 법인에 지급한 기부금 외에 해당 법인이 공익법인으로 지정받

기 이전에 지급한 기부금도 지정기부금으로 인정하는 것은 과세감면요건인 지정기부금

의 범위를 확장하는 것에 해당하므로, 그 범위를 어디까지로 할 것인지는 입법재량의

문제이다. 즉 이 사건 조항의 ”지정일이 속하는 연도의 1월 1일부터“ 부분은 기부금단

체가 공익법인으로 지정된 당해 사업연도에 납세자가 해당 기부금을 기부한 것이기만

하면 공익법인으로 지정되기 이전에 기부한 금원에 관하여도 지정기부금에 포섭시키는

규정으로서 구 소득세법, 구 법인세법상 감면요건에 해당하는 지정기부금 인정의 범위

를 확장하는 것이다. 그런데 구 법인세법 시행령 제39조 제1항 제1호 (바)목에 따라 공

익법인으로 지정․고시되기 위해서는 위 (바)목에서 규정하고 있는 요건을 모두 갖추

고 국세청장의 추천을 받아야 하므로 공익법인 지정 신청만으로 모두 공익법인으로 지

정되는 것이라고 보이지도 않는바, 이 사건 조항에서 해당 법인이 공익법인 지정을 신

청한 사업연도를 기준으로 하지 않고 공익법인으로 지정된 당해 사업연도를 기준으로

한 것이 현저히 불합리하다고 보이지 않는다.

③ 해당 법인이 4분기에 공익법인 지정을 신청하면 공익법인의 지정․고시일

은 필연적으로 차년도 1분기가 되고, 이 사건 조항에 따르면 해당 법인에 전년도 출연

금은 지정기부금으로 인정받지 못하게 되므로, 1분기 내지 3분기 사이에 공익법인 지

정 신청을 한 법인에 출연한 경우와 불리하게 달리 취급된다는 점은 인정된다. 그러나

구 법인세법 시행령 제39조 제14항은 ‘제1항 제1호 (바)목에 따른 지정기부금단체 등

의 지정절차, 지정요건의 확인방법 등 필요한 사항은 기획재정부령으로 정하도록 규정

하고 있고, 그에 따라 법인세법 시행규칙 제18조의3 제1항에서 구 법인세법 시행령 제

39조 제1항 제1호 (바)목에 따른 지정은 매분기별로 하는 것으로 규정하고 있으므로,

납세의무자로서도 4분기에 공익법인 지정을 신청한 단체에 기부할 경우 차년도 1분기

에야 공익법인으로 지정되게 되므로 해당 기부금이 지정기부금으로 인정받지 못하게

될 것임을 충분히 예측할 수 있었던 것으로 보이고, 그렇지 않다 하더라도 이는 관련

규정을 검토하지 아니한 결과, 즉 입법의 부지에 기인한 것으로 보일 뿐이다. 따라서 4분기에 설립되어 공익법인 지정 신청을 한 신규 법인에 출연한 기부금이 지정기부금으로 인정받지 못한다고 하여 1 내지 3분기에 공익법인 지정 신청을 한 단체에 기부한

자와 합리적 이유 없이 차별한 것이라고 볼 수 없고, 따라서 조세평등의 원칙에 반하

는 것이라고 할 수 없다.

나) 원고는, 기부금을 수령한 이 사건 법인이 상속세 및 증여세법에 따른 과세가액불산입 규정을 적용받아 증여세를 면제받음에도 그 출연자인 원고만 소득세법에 따른 감면을 받지 못하는 것은 하나의 행위를 달리 평가하는 것으로서 과세형평에도 반한다고 주장한다. 그러나 증여세와 소득세는 납세의무의 성립요건과 시기 및 납세의무자를 서로 달리하는 것이어서 같은 행위에서 비롯된 재산의 이전이라 하더라도 그 납세의무 성립이 달라지는 것이 형평에 반한다고 볼 수 없고, 과세관청으로서도 각 부과처분을 함에 있어 각각의 과세요건에 따라 실질에 맞추어 독립적으로 판단하고 과세하면 충분하다. 이와 다른 원고의 주장 역시 받아들일 수 없다.

4) 소결

이 사건 법인은 2021. 3. 31. 구 법인세법 시행령 제39조 제1항 제1호 (바)목에

따른 공익법인으로 지정되었으므로, 이 사건 조항에 따라 2021. 1. 1. 이후 기부금만이

지정기부금에 해당하고, 2020. 11. 25. 원고가 출연한 이 사건 기부금은 지정기부금에

해당하지 않는다. 그에 따라 이루어진 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이

판결한다.