대구지방법원-2020-구합-21465 (2024.06.13)

사 건

2020구합21465 양도소득세경정거부처분취소

원 고

AAA 외 44

피 고

BBB세무서장 외 4

변 론 종 결

2024. 5. 2.

판 결 선 고

2024. 6. 13.

청 구 취 지

피고들이 원고들에 대하여 한 별지 2 원고 및 경정청구 거부처분 내역의 ‘경정거부처

분일자 경정청구세액’란 기재(가산세 포함)와 같은 양도소득세 경정거부처분들을 모두

취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고들은 별지 3 원고별 쟁점건물 등 양도내역의 ‘양도물건’란 기재 각 건물(이

하 ‘이 사건 각 건물’이라고 한다)을 신축하여 같은 내역 ‘취득일’란 기재 각 일자에 취

득한 후, 그로부터 5년 이내인 같은 내역 ‘양도일’란 기재 각 일자에 제3자에게 양도하

였다(이하 ‘이 사건 각 양도’라고 한다).

나. 원고들은 이 사건 각 양도일 이후 별지 2 원고 및 경정청구 거부처분 내역의 ‘처

분청’란 기재 각 피고들(이하 ‘피고들’이라고만 한다)에게 이 사건 각 양도에 관하여 양

도소득세(가산세 포함)를 신고․납부하였다. 원고들이 피고들에게 신고․납부한 위 양

도소득세 중 가산세의 산정 경위 및 근거는 다음과 같다.\

① 원고들은 이 사건 각 건물의 취득가액과 관련하여, 구 소득세법(2019. 12. 31.

법률 제16834호로 개정되기 전의 것) 제97조 제1항 제1호 (나)목 및 구 소득세법 시행

령(2020. 2. 11. 대통령령 제30395호로 개정되기 전의 것) 제163조 제12항에 따라 양

도가액으로부터 취득 당시와 양도 당시의 기준시가의 비율에 따라 환산한 금액을 취득

가액으로 산정하였다.

② 소득세법은 2017. 12. 19. 법률 제15225호로 개정되면서 제114조의2 규정이 신

설되어 제1항에서는 “거주자가 건물을 신축하고 그 신축한 건물의 취득일부터 5년 이내에

해당 건물을 양도하는 경우로서 제97조 제1항 제1호 (나)목에 따른 환산가액을 그 취득가

액으로 하는 경우에는 해당 건물 환산가액의 100분의 5에 해당하는 금액을 제93조 제2호

에 따른 양도소득결정세액에 더한다.”라고 규정하였고, 제2항에서는 “제1항은 제93조 제1

호에 따른 양도소득 산출세액이 없는 경우에도 적용한다.”라고 규정하고 있으며, 위 각

규정은 부칙 제1조에 따라 2018. 1. 1.부터 시행되었다(이하 위 각 규정을 통틀어 ‘이

사건 조항’이라고 한다).

③ 원고들은 이 사건 각 양도에 이 사건 조항을 적용하여, 이 사건 조항에 따라

이 사건 각 건물의 환산취득가액의 100분의 5에 해당하는 금액을 가산세(이하 ‘이 사

건 가산세’라고 한다)로 신고․납부하였다.

다. 그 후 원고들은 피고들에게 이 사건 각 건물은 이 사건 조항이 시행되기 이전에

신축하여 취득한 것이므로 이 사건 각 양도에 관하여 이 사건 조항을 적용하여 가산세

를 부과하는 것은 소급과세금지원칙에 위반되어 부당하다고 주장하면서 이미 납부한

이 사건 가산세의 환급을 구하는 경정청구를 하였다. 피고들은 별지 2 원고 및 경정청

구 거부처분 내역의 ‘경정거부처분일’란 기재 각 일자에 이 사건 각 양도에 이 사건 조

항을 적용하는 것이 적법하다는 이유로 원고들의 경정청구를 각 거부하는 처분을 하였

다(이하 ‘이 사건 각 처분’이라고 한다).

라. 원고들은 이 사건 각 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세

심판원은 2019. 12. 11. 및 2019. 12. 13. 위 심판청구를 모두 기각하는 결정을 하였다.

마. 원고들은 이 사건 각 처분의 취소를 구하는 이 사건 소송에서 이 사건 각 처분의

근거조항인 이 사건 조항에 대한 위헌법률심판제청을 신청하였고(2020아10308), 이 법

원은 2020. 9. 18. 이 사건 조항에 대한 위헌제청 결정을 하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3호증(각 가지번호 포함), 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고들의 주장

가산세는 세법에서 규정하는 의무위반에 대하여 부과할 수 있으므로 세법상 의무

위반이 인정되지 않는다면 행정상의 제재로 가산세를 규정할 수 없다. 그런데 이 사건

조항은 그 전제로 규정된 의무조항이 없어 어떠한 의무위반이 인정되지 않음에도 가산

세를 부과하도록 한 입법상 문제점이 있을 뿐만 아니라 보호규정이나 경과규정 없이

실지거래가액 증빙서류 비치․보존 의무위반을 전제로 납세의무자에게 책임만을 부담

시켜 가혹하다. 또한 원고들은 이 사건 각 건물의 취득가액을 환산가액으로 신고하는

것을 적법한 행위로 인식하여 취득가액 증빙서류를 비치․보관하지 않았는데 이후 아

무런 경과규정 없이 이 사건 조항의 신설․시행으로 이러한 행위를 소급적으로 위법한

행위로 보아 가산세가 부과되었다. 이 경우 원고들이 의무이행을 다하지 못한 것을 탓

할 수 없으므로 원고들이 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있다고 보아 이

사건 가산세는 감면되어야 한다(국세기본법 제48조 제1항 제2호). 그럼에도 불구하고

원고들의 경정청구를 거부한 이 사건 각 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 4 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 관련 법리

국세기본법 제48조 제1항은 ‘정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는

경우 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산

세를 부과하지 아니한다’고 규정하고 있다. 이에 따라 가산세를 면할 정당한 사유가 있

는지가 문제될 때에는 가산세 부과의 근거가 되는 개별 법령 규정의 취지를 충분히 고

려하면서, 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다거나 의무의 이행

을 기대하는 것이 무리라고 할 만한 사정이 있어 납세의무자가 의무이행을 다하지 못

한 것을 탓할 수 없는 경우에 해당하는지 여부에 따라 판단하여야 한다(대법원 2016.

10. 13. 선고 2014두39760 판결 등 참조).

2) 구체적 판단

앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정들을

종합하면, 원고들에게 이 사건 가산세를 감면할 정당한 사유가 있다고 볼 수 없으므로,

이 사건 가산세를 감면하여 달라는 취지의 원고들의 경정청구를 거부한 이 사건 각 처

분은 적법하다. 따라서 원고들의 주장은 이유 없다.

① 2006. 1. 1.부터 시행된 구 소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정된

것) 제96조 제1항에서, 양도가액을 양도 당시의 기준시가에 의하여 산정하도록 한 기

존 규정을 실지거래가액에 의하여 산정하도록 개정하여 현재까지 이어지고 있으므로,

원고들이 이 사건 건물을 취득할 당시 시행 중이던 소득세법에 따르더라도 실지거래가

액을 확인하여 양도가액을 산정함이 원칙이었다는 점에는 아무런 차이가 없다. 따라서

원고들이 환산가액을 취득가액으로 선택하여도 특별한 불이익이 없거나 당시의 법령이

바뀌지 않을 것이라고 기대하여 만연히 실지거래가액에 따라 신고할 준비를 하지 않았

다 하더라도 이는 보호가치 있는 신뢰라고 보기 어렵다.

② 양도소득세는 양도행위를 과세요건으로 하고 양도차익을 과세대상으로 하므

로 양도자산이 과세요건 및 감면요건에 해당하는지 여부는 양도시기를 기준으로 판단

하여야 한다(대법원 2008. 6 . 12. 선고 2007두15124 판결 등 참조). 원고들은 이 사건

조항이 신설․시행된 후 이 사건 각 건물을 양도하였으므로, 이 사건 각 양도에 이 사

건 조항을 적용하는 것이 원고들에게 소급적으로 불이익을 주는 것이 아니다.

③ 앞서 본 바와 같이 원고들이 이 사건 건물을 취득할 당시 시행 중이던 소득

세법에 따르더라도 실지거래가액을 확인하여 양도가액을 산정함이 원칙이었던 점, 원

고들이 취득가액 증빙서류를 구비하지 못하였더라도 사후적으로 세금계산서 등 신빙성

있는 관련 자료를 제출하여 이를 증빙할 여지가 남아있었던 점, 신축한 건물의 취득일

로부터 5년이 경과하면 이 사건 조항의 적용에서 벗어날 수 있는 점 등에 비추어 보

면, 이 사건 조항을 적용하면서 경과규정 등을 두지 않았다고 하더라도 이를 위법하다

고 볼 수 없다. 헌법재판소도 위 위헌법률심판 사건에서 같은 취지로 이 사건 조항이

과잉금지원칙에 위반하여 재산권을 침해하지 않고 평등원칙에도 위반되지 않는다고 보

아 이 사건 조항에 대하여 합헌결정을 하였다(헌법재판소 2024. 2. 28. 선고 2020헌가

15 결정 참조).

④ 원고들은 이 사건 조항이 어떠한 의무위반에 대한 행정상의 제재로 이 사건

가산세를 부과하는 것이라고 주장한다. 이 사건 조항은 양도소득세의 납세의무자에 대

한 가산세 부과를 규정하면서도 세법상 의무위반이라고 보기 어려운 환산가액 적용을

그 과세대상으로 정하고 있어 국세기본법의 규정들과 가산세의 법적 성격에 부합하지

않는 문제가 있기는 하다. 그러나 이 사건 조항은 건물을 신축한 뒤 5년 내 양도하는

경우 해당 건물을 건축․취득하기 위해 실제 지출한 비용을 확인할 수 있음에도 불구

하고 환산취득가액을 사용하여 양도소득세의 부담을 회피하는 사례가 다수 발생하자,

건물의 취득가액을 실지거래가액으로 신고한 사례와 환산취득가액으로 신고한 사례의

평균적 세액 차이가 환산취득가액의 5% 수준이라는 객관적 근거를 토대로 환산취득가

액으로 신고하는 경우 환산취득가액의 5%를 추가로 납부하도록 하여 실지거래가액으

로 신고한 경우와의 차액만큼을 징수하여 신고방법에 따른 납부세액의 편차를 줄이기

위해 신설되었다. 이와 같은 입법취지 및 앞서 살펴본 바와 같이 이 사건 조항 내용에

위헌적 요소는 없는 점, 위 헌법재판소 결정의 보충의견은 이 사건 조항을 합헌으로

보면서도 이 사건 조항이 가산세의 개념 및 조세법의 체계에 부합하지 않아 체계정당

성 등에 관한 ‘불필요한’ 논란이 반복될 우려가 크므로 세법상 가산세 개념에 부합할

수 있도록 이 사건 조항을 개정하는 등 관련 규정들을 합리적, 체계적으로 정비하기

위한 입법개선의 필요가 있다는 것을 지적한 점 등에 비추어 볼 때, 이 사건 조항은

가산세라는 형식을 빌려 건물의 취득가액 신고방법에 따른 납부세액의 편차를 조정한

것일 뿐 환산가액 적용을 어떠한 의무의 위반이라고 보아 이를 제재하려는 것은 아니

라고 봄이 타당하다.

3. 결론

원고들의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판

결한다.