수원지방법원-2023-구합-72234 (2025.02.05)

사 건

2023구합72234 종합소득세등부과처분취소

원 고

이AA

피 고

○○세무서장, △△세무서장

변 론 종 결

2025. 1. 8.

판 결 선 고

2025. 2. 5.

주 문

1. 피고 ○○세무서장이 2022. 10. 5. 원고에 대하여 한 별지1 목록 기재 종합소득세 부과처분을 취소하고, 피고 △△세무서장이 2022. 6. 8.1) 원고에 대하여 한 별지2 목록 기재 부가가치세 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고들이 부담한다.

청구취지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2004. 10. 8. 00시 00구 00읍 00대로 0000에서 인력공급업체인 BB산업(이하 ‘이 사건 사업’이라고 한다)을 개업하여 운영하면서 2012년 제1기부터 2021년 제2기까지 이 사건 사업에 대한 부가가치세를 신고하였다.

나. 피고 △△세무서장은 2020. 12. 17.부터 이 사건 사업의 2020년 제1기 과세기간에 대한 부가가치세 세목별 조사를 실시하던 도중 원고가 부가가치세 신고 시 ① 세금계산서를 수취하지 않은 금액을 매입처별 세금계산서합계표에 허위로 기재하고, ② 그 밖의 공제대상 매입세액에 ‘매입세액 불공제대상’인 면세사업자 및 간이과세자와의 거래분, 이 사건 사업과 무관하게 사적으로 사용된 금액을 기재한 것을 확인하여 조사대상기간을 2012년 제1기부터 2021년 제2기까지 확대하여 2022. 4. 2.까지 세무조사를 실시한 결과, 허위 기재된 세금계산서 수취분 공급가액 및 부당공제된 그 밖의 공제대상 공급가액과 관련된 매입세액을 불공제한 후, 세금계산서 수취분 불공제 매입세액에 대해서는 10년의 국세부과제척기간을 적용하고 그 밖의 불공제 매입세액에 대해서는 일반 부과제척기간 적용하여 2022. 6. 8. 원고에게 별지2와 같이 2012년 제1기부터 2021년 제2기까지 부가가치세 합계 000,000,000원을 경정․고지(이하 ‘이 사건 부가세처분’이라고 한다)하는 한편, 피고 ○○세무서장에게 해당 내용을 통보하였다.

다. 피고 ○○세무서장은 2022. 10. 5. 원고의 종합소득세 신고 내용을 분석한 결과 종합소득세 신고서에 기재되어 있는 매입금액 및 임차료와 지급명세서가 제출되지 아니한 인건비를 부인한 후 10년의 국세부과제척기간을 적용하여 별지1과 같이 2012년,2013년, 2017년, 2019년, 2020년, 2021년 귀속 종합소득세 합계 000,000,000원을 경정·고지(이하 ’이 사건 소득세처분‘이라고 하고, 이 사건 부가세처분과 통틀어 ’이 사건 각 처분‘이라고 한다)하였다.

라. 원고는 ① 이 사건 부가세처분에 대하여 2022. 7. 27. 이의신청하여 2022. 9. 13. 기각결정을 받고, 2022. 10. 3. 조세심판을 청구하였고, ② 이 사건 소득세처분에 대하여 2022. 12. 18. 이의신청하여 2023. 1. 31. 기각결정을 받고, 2023. 3. 14. 조세심판을 청구하였으나, 조세심판원은 2023. 6. 13. 이 사건 각 처분에 대한 심판청구를 모두 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장 요지

가. 이 사건 부가세처분

1) 이 사건 부가세처분에는 원고의 과세전적부심사 청구를 배제한 절차적 위법이 있으므로 취소되어야 한다. 원고는 매입처별 세금계산서 합계표를 허위 기재하여 제출하였다는 조세범처벌법 제10조 제3항에 따라 고발되었으나, 이는 이 사건 부가세처분의 과세원인과 관련 없는 항목이므로 과세전적부심사를 배제할 수 없다.

2) 원고가 비적격 증빙자료(이하 ’이 사건 증빙자료‘라고 한다)를 매입처별세금계산서합계표에 기재하여 부가가치세를 신고한 행위는 단순 허위 신고에 불과하고 ’사기나 그 밖의 부정한 행위‘라고 볼 수 없다. 따라서 ① 이 사건 부가세처분 중 2012년 내지 2016년 귀속분에 대해 10년의 부과제척기간을 적용한 것은 위법하므로 위 귀속년도 부가가치세 부과처분은 취소되어야 한다. ② 이 사건 부가세처분 중 2017년 내지 2021년 귀속분의 과소신고 부분에 부당과소신고가산세 40%를 적용한 것은 위법하므로, 위 귀속년도분 부가가치세 부과처분 중 일반과소신고가산세 10%를 적용하여 산정한 금액을 초과하는 부분은 취소되어야 한다.

나. 이 사건 소득세처분

1) 이 사건 소득세처분에도 원고의 과세전적부심사 청구를 배제한 절차적 위법이 있다.

2) 피고 ○○세무서장은 원고가 이 사건 증빙자료에 따라 사업상 지출했는지 확인하지 않고 필요경비를 일괄 부인하여, 이 사건 소득세처분은 위법하다.

3) 원고가 이 사건 증빙자료에 따른 금액을 필요경비로 계상하여 종합소득세를 신고한 행위는 단순 허위 신고에 불과하고 ’사기나 그 밖의 부정한 행위‘라고 볼 수 없다. 따라서 이 사건 소득세처분 중 2012년, 2013년 귀속분에 대해 10년의 부과제척기간을 적용한 것은 위법하다.

3. 관계 법령

별지3 관계 법령 기재와 같다.

4. 판 단

가. 과세전적부심사 배제 주장에 대한 판단(이 사건 각 처분)

1) 관련 규정

구 국세기본법(2023. 12. 31. 법률 제19926호로 개정되기 전의 것) 제81조의15 제2항에 의하면, 세무조사 결과 서면통지 또는 과세예고통지를 받은 사람은 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 과세전적부심사를 청구할 수 있으나, 조세범 처벌법 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우에는 위 조항을 적용하지 않는다(같은 조 제3항 제2호).

국세청 훈령인 과세전적부심사사무처리규정 제5조 단서는, 조세범 처벌법에 따라 고발 또는 통고처분하는 경우라 하더라도 고발 또는 통고처분과 관련 없는 세목 또는 항목에 대해서는 과세전적부심사청구를 할 수 있는 것으로 정하고 있다.

2) 인정사실

갑 제6호증, 을 제4호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 다음 사실을 인정할 수 있다.

① 원고는 피고 △△세무서장의 이 사건 부가세처분 과세예고통지에 대하여 2022. 5. 8. 과세전적부심사를 청구하였다.

② 피고 △△세무서장은 2022. 5. 18. 원고가 조세범 처벌법에 따라 고발 또는 통고처분하는 경우에 해당되어 과세전적부심사청구 대상이 아니라는 이유로 ’심사제외결정‘을 하였다.

③ 원고는 피고 △△세무서장에 의하여 조세범 처벌법 위반으로 고발되어 2023.1. 13. 000지방법원 00지원에서 ’재화나 용역을 공급받지 않았음에도 불구하고 허위로 매입처별 세금계산서합계표를 작성하여 과세관청에 제출하였다‘는 범죄사실로 징역1년, 집행유예 2년의 유죄판결을 받았다(2022고단0000).

3) 이 사건 부가세처분에 관한 판단

앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음 사실에 의하면, 원고가 이 사건 부가세처분에 관해 과세전적부심사를 청구한 데 대하여 피고 △△세무서장이 심사제외결정을 한 것은 적법하고, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

① 이 사건 부가세처분의 과세원인사실은 원고가 세금계산서를 수취하지 않은 금액을 매입처별 세금계산서합계표에 허위로 기재하고, 그 밖의 공제대상 매입세액에 매입세액 불공제대상인 거래분 및 사적 사용 금액을 기재하였다는 것이다.

② 이 사건 부가세처분의 과세근거조항은 조세범 처벌법 제3조 제1항, 제6항 제5호(매입처별 세금계산서합계표의 조작에 의한 사기나 그 밖의 부정한 행위)이고, 원고의 위 형사처벌 적용법조는 조세범 처벌법 제10조 제3항 제3호(매입처별 세금계산서합계표의 허위작성)로 이 사건 부가세처분 과세원인과 정확히 일치하는 것은 아니나, 매입처별 세금계산서합계표를 조작 또는 허위작성하여 부가가치세를 면탈하는 것이어서 서로 관련 있는 세목 또는 항목이라고 봄이 타당하다.

4) 이 사건 소득세처분에 관한 판단

원고가 이 사건 소득세처분에 관하여 피고 ○○세무서장에게 과세전적부심사를 청구한 사실 및 피고 ○○세무서장이 원고의 과세전적부심사 청구를 배제한 사실을 인정할 자료가 없으므로, 이 사건 소득세처분이 원고의 과세전적부심사 청구를 배제하여 위법하다는 원고의 주장은 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 없다.

나. 사기나 그 밖의 부정한 행위 주장에 대한 판단(이 사건 각 처분)

1) 관련 규정 및 법리

가) 국세기본법 제26조의2 제2항 제2호는 ’납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 “부정행위”라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급ㆍ공제를 받은 경우 국세의 부과제척기간을 10년으로 정하고 있고, 같은 법 시행령 제12조의2 제1항은 위 법률조항의 ‘대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위’란 ‘조세범 처벌법 제3조 제6항에 해당하는 행위’라고 규정한다. 조세범 처벌법 제3조 제6항은 ‘“사기나 그 밖의 부정한 행위”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 말한다’고 하면서, 같은 항 제5호는 ‘고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작’을 부정행위의 하나로 들고 있다. 또한, 부정행위로 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고한 경우 부정행위로 인한 과소신고납부세액의 100분의 40에 상당하는 금액을 부정과소신고가산세로 부과한다(국세기본법 제47조의3 제1항 제1호).

나) 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’란 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하고, 다른 어떤 행위를 수반함이 없이 단순히 세법상의 신고를 하지 아니하거나 허위의 신고를 함에 그치는 것은 이에 해당하지 않는다. 그러나 과세대상의 미신고나 과소신고와 아울러 수입이나 매출 등을 고의로 장부에 기재하지 않는 행위 등 적극적 은닉의도가 나타나는 사정이 덧붙여진 경우에는 조세의 부과와 징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 만든 것으로 볼 수 있다(대법원 2021. 12. 30. 선고 2021두33371 판결, 대법원 2015. 9. 15. 선고 2014두2522 판결 등 참조). 이때 적극적 은닉의도가 객관적으로 드러난 것으로 볼 수 있는지 여부는 수입이나 매출 등을 기재한 기본장부를 허위로 작성하였는지 여부뿐만 아니라, 당해 조세의 확정방식이 신고납세방식인지 부과과세방식인지, 미신고나 허위신고 등에 이른 경위 및 사실과 상위한 정도, 허위신고의 경우 허위 사항의 구체적 내용 및 사실과 다르게 가장한 방식, 허위 내용의 첨부서류를 제출한 경우에는 그 서류가 과세표준 산정과 관련하여 가지는 기능 등 제반 사정을 종합하여 사회통념상 부정이라고 인정될 수 있는지 여부에 따라 판단하여야 한다(대법원 2014. 2. 21. 선고 2013도13829 판결 등 참조).

2) 부정행위 여부

위 인정사실, 이 법원에 현저한 사실, 앞서 든 증거들, 갑 제5호증, 을 제1, 2, 3, 5호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 아래의 사실 및 사정을 위 법리에 비추어 보면, 원고가 이 사건 증빙자료를 매입처별 세금계산서합계표에 기재하여 부가가치세를 신고한 행위 및 필요경비로 계상하여 종합소득세를 신고한 행위는 단순한 허위 신고에 불과하고 고의적으로 세금계산서 또는 세금계산서합계표를 조작하여 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위라고 볼 수 없으므로 ’사기나 그 밖의 부정한 행위‘에 해당하지 않는다.

가) 이 사건 증빙자료는 세금계산서가 아니라 일반음식점, 대형마트, 미용실, 노래방, 카페, 피부과, 의류매장, 약국, 주점, 주유소 등에서 발급한 신용카드 영수증, 일반영수증, 간이영수증 등으로 구성되어 있고, 원고는 인력공급사업인 이 사건 사업을 운영하면서 세금계산서 거래 없이 위 영수증에 대해 세금계산서를 수취한 것으로 기재하여 매입처별 세금계산서합계표를 작성하였다.

나) 매입처별 세금계산서합계표에는 공급하는 사업자의 상호와 공급가액 등을 기재하게 되어 있고(부가가치세법 제54조 제1항 제1호, 제4호), 세금계산서 대신 영수증을 발급하여야 하는 사업의 종류는 소매업, 음식점업, 미용업 등 주로 사업자가 아닌 소비자에게 재화 또는 용역을 공급하는 사업 및 간이과세자의 사업으로 정해져 있다(부가가치세법 제36조 제1항, 같은 법 시행령 제73조 제1항 참조). 따라서 원고가 매입처별 세금계산서합계표에 기재한 공급사업자 상호와 공급가액 등을 보면 공급사업자가 매입세액 공제대상인 세금계산서 발급 사업자인지 또는 원고의 매입거래처에 해당하는지 여부를 어느 정도 식별할 수 있다. 나아가 피고들은 세금계산서합계표에 기재된 자료의 세부내역을 구체적으로 조사․확인함으로써 세금계산서 미발급 사업장 발행 영수증, 사적 사용 영수증 등 비적격 증빙자료가 포함되어 있는지 여부를 비교적 어렵지 않게 알 수 있다.

다) 원고는 매입세액 공제 대상이 아닌 부적격 증빙자료를 매입처별 세금계산서합계표에 기재한 것 외에, 실제 거래 없이 허위의 세금계산서, 영수증, 신용카드 명세서 등을 임의로 위조하여 세금계산서합계표를 작성하거나, 세금계산서합계표를 조작하기 위해 허위의 거래외관을 작출하는 등의 적극적 은닉의도를 가진 행위를 한 사실은 없는 것으로 보인다.

라) 앞서 본 바와 같이 원고는 조세범 처벌법 제10조 제3항 제3호 위반으로 형사처벌을 받은 사실이 있으나(00지방법원 00지원 2022고단0000), 매입처별 세금계산서합계표를 허위로 기재하여 제출한 사실이 인정된다고 하여 곧바로 고의적으로 세금계산서합계표를 조작하여 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 하였다고 볼 수는 없다. 오히려 피고 △△세무서장은 이 사건 각 처분사유와 마찬가지로 원고가 부정행위로써 조세를 포탈하거나 공제받았다는 이유로 조세범 처벌법 제3조 제1항 위반으로 고발할 수도 있었으나, 매입처별 세금계산서합계표 허위 기재․제출 혐의로만 고발하였다.

3) 소결

따라서 ① 이 사건 부가세처분 중 2012년 내지 2016년 귀속분에 대해 10년의 부과제척기간을 적용한 것, ② 이 사건 부가세처분 중 2017년 내지 2021년 귀속분의 과소신고 부분에 부당과소신고가산세 40%를 적용한 것, ③ 이 사건 소득세처분 중 2012년, 2013년 귀속분에 대해 10년의 부과제척기간을 적용한 것은 모두 위법하다.

다. 필요경비 공제 주장에 대한 판단(이 사건 소득세처분)

1) 관련 법리

가) 소득세법 제160조의2 제2항에 의하면, 사업소득이 있는 자가 사업과 관련하여 사업자(법인을 포함한다)로부터 재화 또는 용역을 공급받고 그 대가를 지출하는 경우 계산서, 세금계산서, 신용카드매출전표, 현금영수증 중 어느 하나를 필요경비 증명서류로 받아야 하고, 위 서류 외의 것으로 증명을 받은 경우에는 영수증 수취명세서를 제출하여 필요경비를 공제하여 종합소득 과세표준확정신고를 할 수 있다(제70조 제4항 제5호 참조).

나) 사업소득자의 당해연도 소득금액을 산정할 때 공제하여야 할 필요경비의 구체적인 항목에 대한 증명에 관하여 증명의 난이라든가 당사자의 형평 등을 고려하여 납세의무자에게 증명의 필요를 돌리는 경우가 있으나, 그와 같은 경우란 과세관청에 의하여 납세의무자가 신고한 어느 비용의 용도와 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우 등을 가리키는 것으로서, 그러한 증명이 전혀 없는 경우에까지 납세의무자에게 곧바로 필요경비에 대한 증명의 필요를 돌릴 수는 없으므로, 과세관청이 그러한 증명을 하지 못한 경우에는 납세의무자가 신고한 비용을 함부로 부인할 수 없다(대법원 2015. 6. 23. 선고 2012두7776 판결 등 참조).

2) 구체적 판단

위 인정사실에 더하여 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 다음 사정을 위 법리에 비추어 보면, 원고가 신고한 비용의 용도와 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 증명되었다고 볼 수 없으므로, 피고 ○○세무서장의 이사건 소득세처분은 필요경비 인정 범위를 그르친 위법이 있다.

가) 원고는 이 사건 증빙자료 즉 사업용 신용카드 영수증, 간이영수증, 현금영수증을 증명서류로 하여 필요경비를 공제한 후 종합소득세 신고를 하였고, 위 증빙자료는 사업 관련성이 인정된다는 전제하에 소득세법에 따른 적법한 필요경비 증명서류에 해당한다.

나) 원고는 이 사건 증빙자료가 실제로 사업과 관련하여 지출하고 발급받은 것이라 주장하고, 달리 원고가 위 증빙자료를 실제 거래 없이 허위로 발급받았다거나 위조하였다고 볼 증거가 없다.

다) 원고는 인력공급업체를 운영하고 있고, 이 사건 증빙자료에 일반음식점 등이 발행한 영수증이 포함되어 있음은 앞서 본 바와 같다. 또한, 원고는 조세범 처벌법 위반 혐의로 경찰 조사를 받으면서 ’이 사건 증빙자료는 이 사건 사업의 근로자들이 건축공사 현장에서 사용한 식대 등 경비에 관한 영수증‘이 포함되어 있다는 취지로 진술하였다(을 제2호증 7, 8면 참조). 그밖에 피고들이 제출하는 증거들이나 주장하는 사정들만으로는 이와 반대로 이 사건 증빙자료가 전액 원고가 이 사건 사업과 관련 없이 사적으로 사용한 금액이라는 점이 상당한 정도로 증명되었다고 보기 부족하다.

라) 원고는 2022. 1. 5. 2020년도 제1기 및 제2기 부가가치세 세무조사 관련 자료를 제출하면서 소명자료 요청 3항과 관련하여 ’이전 조사관님께 매입은 공제받지 않겠다고 하였다‘고 기재하였으나, 이는 부가가치세 매입세액 불공제와 관련된 것일 뿐이고, 위 기재만으로 이 사건 소득세처분의 필요경비 공제를 포기하였다고 볼 수 없다.

라. 취소의 범위

1) 관련 법리

과세처분취소소송에 있어 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것으로서, 당사자는 사실심 변론종결 시까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 한다. 그러나 그렇지 아니한 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없으며, 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 합리적이고 타당성 있는 산정방법을 찾아내어 부과할 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니다(대법원 2020. 8. 20. 선고 2017두44084 판결, 대법원 1995. 4. 28. 선고 94누13527 판결 등 참조).

2) 이 사건 부가세처분

가) 이 사건 부가세처분 중 2012년 내지 2016년 귀속분 000,000,000원에 대해 10년의 부과제척기간을 적용한 것은 위법하므로 위 귀속년도 부가가치세 부과처분은 취소되어야 한다.

나) 이 사건 부가세처분 중 2017년 내지 2021년 귀속분의 과소신고 부분에 부당과소신고가산세 40%를 적용한 것은 위법하므로, 위 귀속년도분 부가가치세 부과처분 중 일반과소신고가산세 10%를 적용하여 산정한 금액을 초과하는 부분은 취소되어야 한다. 그런데 피고 △△세무서장이 이 사건 부가세처분의 정당세액에 관해 아무런 자료를 내지 않아 정당세액을 계산할 수 없는 이상 2017년 내지 2021년 귀속분 이 사건부가세처분을 모두 취소할 수밖에 없다.

다) 결국 이 사건 부가세처분을 전부 취소한다.

3) 이 사건 소득세처분

가) 이 사건 소득세처분 중 2012년, 2013년 귀속분 00,000,000원에 대해 10년의 부과제척기간을 적용한 것은 위법하므로 취소되어야 한다.

나) 이 사건 소득세처분 중 2017년, 2019년, 2020년, 2021년 귀속분 000,000,000원은 필요경비 인정 범위에 대한 위법이 있고, 피고 ○○세무서장이 정당세액에 관해 아무런 자료를 내지 않아 정당세액을 계산할 수 없는 이상 2017년, 2019년, 2020년, 2021년 귀속분 이 사건 소득세처분을 모두 취소할 수밖에 없다.

다) 결국 이 사건 소득세처분을 전부 취소한다.

5. 결 론

그렇다면 원고의 피고들에 대한 청구는 이유 있어 이를 모두 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.