서울행정법원-2024-구합-59299 (2025.02.18)

사 건

2024구합59299 종합소득세부과처분취소

원 고

한aa 외33

피 고

○○세무서장 외 16

변 론 종 결

2024. 11. 12.

판 결 선 고

2025. 3. 13.

주 문

1. 원고들의 피고들에 대한 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다.

청 구 취 지

피고들이 별지3 부과처분 내역 각 ‘처분일’란 기재 각 일자에 ‘처분상대방’란 기재 각 원고들에게 한 각 종합소득세 부과처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. A교회(이하 ‘이 사건 교회’라 한다)는 재단법인 B(이하 ‘이 사건 재단’이라 한다)에 소속된 종교단체이다. 이 사건 재단은 종교의 보급 등을 목적으로 민법 제32조에 따라 문화체육관광부장관 또는 지방자치단체의 장의 허가를 받아 설립된 비영리법인으로서, 법인세법 시행령 제39조 제1항 제1호 (마)목에서 정한 지정기부금단체에 해당한다.

나. 원고들은 이 사건 교회의 교인으로서, 기존 담임목사측의 목회 및 재정관리 등에 반대하고 위 교회의 개혁을 바라는 사람들로 구성된 A교회 C협의회(이하 ‘C’이라 한다)를 지지하고 있다.

다. 이 사건 교회를 관할하는 세무서장은 C이 지정기부금단체에 해당하지 않으므로 원고들이 2016년경부터 2021년경까지 C에 기부한 헌금(이하 ‘이 사건 헌금’이라 한다)이 구 소득세법(2022. 12. 31. 법률 제19196호로 개정되기 전의 것<각주1>, 이하 같다) 제34조 제1항에 따른 사업자의 필요경비 산입대상 또는 구 소득세법 제59조의4 제4항에 따른 근로소득자의 특별세액공제 대상인지를 확인하여 처리하도록 원고들의 관할 세무서에 과세자료를 통보하였다.

라. 이에 피고들은 이 사건 헌금을 필요경비에서 불산입하거나 특별세액공제의 적용을 배제한 후, 원고들에게 별지3 부과처분 내역과 같이 종합소득세를 부과하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 12호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 위법 여부

가. 원고들 주장의 요지

C은 이 사건 재단 또는 이 사건 교회의 내부 단체이고, 이 사건 헌금은 C을 지지하는 이 사건 교회 지역예배당 등의 운영을 위해서만 사용되었으며, C은 이 사건 헌금을 이 사건 교회의 총유재산으로 관리하고 사용ㆍ수익하였다. 이처럼 이 사건 헌금은 지정기부금단체 또는 그 소속 단체에 지출한 기부금에 해당하므로, 이와 달리 판단한 피고들의 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지4 기재와 같다.

다. 판단

1) 인정사실

다음의 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제2 내지 11, 13 내지 24호증(가지번호가 있는 경우 가지번호 포함. 이하 같다), 을 제1호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다.

가) D은 C의 재정팀장이다. D은 2020. 8.경 법원에서 ‘기부금 영수증의 기부금단체란과 기부금수령인란에 「A교회」라고 기재한 후, 그 옆에 「A교회 C협의회」라는 직인을 찍어 이 사건 교회 명의의 사실증명에 관한 사문서를 위조하고 이를 600여 명의 기부자에게 교부하여 행사하였다’는 등의 범죄사실에 관하여 사문서위조죄 및 위조사문서행사죄로 유죄판결을 선고받았다[서울남부지방법원 2019고정924, 2019고정1241(병합), 2020고정345(병합)].

나) 이 사건 교회는 2019년경 C과 그 소속 임원 등을 상대로 교인들이 기부한 헌금에 대한 손해배상 및 반환 청구의 소를 제기하였으나(서울남부지방법원 2019가합112770), 2023. 1.경 C에 대한 소는 각하되고 나머지 교인들에 대한 청구는 기각되었다. 위 판결은 이 사건 교회의 항소 및 상고가 모두 기각되면서 확정되었는데, 그 요지는 ‘① C은 사단으로서의 실체를 갖추지 못하였다. ② C에 동조하는 교인들은 개혁이 완료될 때까지 이 사건 교회에 헌금을 귀속시키지 않을 의사로 C이 지정한 계좌로 헌금 등의 명목으로 금원을 지급한 것이므로, C을 구성한 교인들이 위 금원을 지급받거나 이를 인출한 행위가 이 사건 교회에 대한 불법행위 또는 부당이득에 해당한다고 볼 수 없다’는 것이다.

다) 이 사건 교회는 2017년경 ‘C의 임원 E 등이 이 사건 교회 사무처에 헌금을 납입하지 않고 C 운영자금으로 사용하였다’는 이유로 위 E 등을 업무상 배임죄로 고소하였다. 검사는 2018. 7.경 위 E 등에 대한 불기소결정을 하였는데, 그 요지는 ‘교인들이 자발적으로 C에 금원을 납부하였고, 그 사용목적도 사전에 공고되었으므로, 업무상 배임에 해당하지 않는다’는 것이다(서울남부지방검찰청 2017형제51934).

라) 위 E, D 등은 이 사건 교회를 상대로 F이 이 사건 교회의 감독, 담임자 및 대표자 지위에 있지 아니함을 확인한다는 내용의 감독지위부존재확인 등 청구 소송을 제기하였다(서울남부지방법원 2017가합112004). 위 법원은 이 사건 교회의 본안전항변에 대하여 ‘E 등 C에 소속된 교인이 이 사건 교회를 탈퇴하였다고 볼 수 없다’는 이유로 위 항변을 배척하였다. 다른 C 소속 교인들이 이 사건 교회를 상대로 제기한 파면무효확인 소송에서도(서울남부지방법원 2018가합101827), 법원은 2018. 10. 12. ‘위 교인들이 이 사건 교회를 이탈하여 별개의 집단을 구성하였다고 볼 수는 없으므로 파면무효의 확인을 구할 이익이 있다‘고 판단하였다.

2) 구체적 판단

위 인정사실과 각 증거, 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 이 사건 헌금은 지정기부금단체 또는 그 소속 단체에 지출한 기부금에 해당하지 않는다고 봄이 타당하다. 그리고 이 사건 처분은 원고들이 구 소득세법령에서 정한 필요경비 또는 특별세액공제의 요건을 충족하지 못하였음에도 해당 공제 규정을 적용하여 종합소득세를 신고한 데에 오류가 있다는 이유로 구 소득세법 제80조 제2항 제1호에 근거하여 이루어진 것이어서 위법하다고 볼 수 없다. 원고들의 주장은 모두 받아들이지 않는다.

가) 종교의 보급, 그 밖에 교화를 목적으로 민법 제32조에 따라 문화체육관광부장관 또는 지방자치단체의 장의 허가를 받아 설립한 비영리법인(그 소속 단체를 포함한다)에 대하여 해당 공익법인 등의 고유목적사업비로 지출하는 기부금, 즉 법인세법 시행령 제39조 제1항 제1호 (마)목에 따른 기부금은 구 소득세법 제34조 제3항 제1호, 제59조의4 제4항 제2호 및 그 시행령 제80조 제1항에 따라 필요경비 산입 및 특별세액공제의 대상이 된다.

나) C은 이 사건 교회의 기존 대표자와 그 후임자 등의 교회 운영이나 인사권행사, 재정관리 등을 비판하고 이에 대항하기 위하여 위 교회의 교인 중 일부가 결성한 조직이다. 그러나 C이 비법인사단으로서의 실체를 갖추지 못하여 독자적인 법인격을 가진 단체에 이르지 못하였다는 점에 관해서는 당사자 사이에 다툼이 없거나 앞서 든 사실관계에 의하여 이를 인정할 수 있다. 그러므로 C 그 자체는 원칙적으로 법인세법 시행령 제39조 제1항 제1호 (마)목에서 정한 지정기부금단체인 비영리법인에 해당한다고 볼 수 없다. 나아가 C은 이 사건 교회의 구성원 중 교회의 운영 등에 관하여 공통된 의견을 가진 일부의 사람들에 의하여 결성된 단순한 내부 모임에 불과하다고 보아야 하므로, 엄밀한 의미에서 공ㆍ사법상 단체법적 행위를 할 수 있는 단체에도 해당하지 않는다고 할 것이다.

다) 이 사건 헌금은 이 사건 교회의 정관 또는 규약, 그 전체 구성원에 의한 총회 결의 등에서 정한 방식이 아니라 C이 지정한 계좌 등으로 입금되었다. 그리고 이 사건 헌금은 이 사건 교회의 전체 구성원들에 의한 의사결정 방식, 예컨대 구성원 과반수의 출석 및 출석 구성원의 과반수 찬성이나 총 구성원의 2/3 이상의 동의에 기한 방식이 아니라 C을 구성하는 교인들만의 의사에 따라 관리ㆍ처분되었다. 이 사건 헌금을 수령하고 기부자들에게 기부금영수증 등을 발급한 C의 간부는 이 사건 교회의 명의로 기부금영수증 등을 작성할 권한이 없다는 이유로 사문서위조죄로 형사처벌을 받았다. 법원과 수사기관은 이 사건 헌금을 기부한 사람들이 그 사용목적을 사전에 고지받고 이 사건 교회가 아닌 C에 자발적으로 금원을 기부하였으므로, C의 간부 등이 이를 임의로 인출하거나 사용하였다고 하더라도 민사상 불법행위 또는 형사상 업무상 배임죄에 해당하지 않는다는 취지로 판단하였다. 이를 종합하면, 이 사건 헌금은 지정기부금단체인 이 사건 재단 또는 그 소속 단체인 이 사건 교회에 기부되었다고 볼 수 없고, 이 사건 교회의 총유재산이 아니라 C 구성원들만의 재산으로 관리ㆍ처분되었다고 봄이 타당하다.

라) 한편, 원고들은 ’설령 이 사건 헌금이 소득세법령 등에서 정한 필요경비 산입 또는 특별세액공제 대상에 해당하지 않는다고 하더라도, 원고들은 이 사건 헌금이 필요경비 산입 또는 특별세액공제 대상이라고 믿었고, 그와 같이 믿은 데에 과실이 없는 선의의 거래당사자에 해당한다'고 주장한다.

그러나 이 사건 처분은 이 사건 헌금이 기부금으로서의 객관적인 요건을 갖추지 못하였다는 이유로 이루어진 것이고, 구 소득세법령은 위와 같은 요건의 충족 여부를 판단할 때에 원고들의 주관적인 인식이 어떠하였는지를 따지지 않고 있다. 따라서 원고들이 공제요건 등을 충족한 것으로 인식하였고, 그와 같이 인식한 데에 과실이 없다고 하더라도, 이 사건 처분이 위법하다고 보기 어렵다(원고들이 드는 대법원 1989. 10. 24.선고 89누2134 판결 등은 모두 부가가치세법상 사실과 다르게 기재된 세금계산서의 매입세액 공제 여부와 관련된 것이고, 위 매입세액 공제제도는 다른 세법의 과세표준 또는 세액 공제제도와 그 취지, 성격이 완전히 구별되는 것이어서, 이 사건에 부가가치세법상 매입세액 공제의 법리를 그대로 적용할 수는 없다).

3. 결론

그렇다면 원고들의 피고들에 대한 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.