서울행정법원2024구단74086 (2025.07.25)

사 건 2024구단74086 양도소득세부과처분취소

원 고 aaa

피 고 bb세무서장

변 론 종 결 2025. 5. 30.

판 결 선 고 2025. 7. 25.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2023. 12. 7. 원고에 대하여 한 양도소득세 xxx원(가산세 포함) 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2016. 8. 12. 서울 **구 OO동 000-00 대 152.6㎡ 토지 및 건물을 000,000,000원에 취득하였고, 2016. 9. 30. 서울 **구 OO동 000-00 대 28.1㎡를 000,000,000원에 취득하였다(이후 OO동 000-00 토지는 OO동 000-00 토지로 합병되었다, 이하 OO동 000-00로 합병된 위 토지를 “이 사건 토지”라고 한다). 원고는 이 사건 토지 위에 철근콘크리트 구조 3층 단독주택(다중주택)(지1층 85.34㎡, 1층 70.92㎡, 2층 71.28㎡, 3층 71.28㎡, 옥탑1층 10.68㎡)을 신축하였다(이하 이를 “이 사건 건물”이라고 한다)

나. 원고는 이 사건 토지 및 건물을 2023. 4. 12. ccc 등 2명에게 양도가액 1,650,000,000원에 양도하였다.

다. 원고는 이 사건 토지의 취득가액은 666,000,000원으로, 이 사건 건물의 취득가액은 소득세법 시행령 제176조의2 제2항 제2호에 따른 환산가액인 450,546,282원으로 하여 2023년 귀속 양도소득세를 000,000,000원으로 예정신고하고 납부하였다. 이에 대하여 피고는 원고가 종합소득세 확정신고시 첨부한 표준재무상태표에 기재된 이 사건 건물의 가액인 000,000,000원을 이 사건 건물의 실지취득가액으로 보고 2023. 12. 7. 원고에 대하여 2023년 귀속 양도소득세 00,000,000원, 가산세 00,000,000원 합계 00,000,000원을 부과하는 처분을 하였다(이하 이를 “이 사건 부과처분”이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 3, 9호증, 을 제1, 3, 4호증의 각 기재

2. 이 사건 부과처분의 위법 여부

가. 원고의 주장

표준재무상태표에 기재된 이 사건 건물의 가액은 기준시가에 해당할 뿐 이 사건 건물의 실지취득가액에 해당하지 않고, 그 가액은 이 사건 건물의 실제 건축비용에는 현저히 못 미치는 금액이다. 과세요건의 입증책임은 과세관청에게 있음에도 피고는 표준재무상태표에 기재된 위 가액이 실지취득가액이라는 점을 입증하지 못하고 있는바, 결국 이 사건 건물은 실지취득가액을 알 수 없는 경우에 해당하므로 소득세법령에 규정된 환산가액으로 그 취득가액을 산정하여야 한다. 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 부과처분은 위법하다.

나. 판단

1) 관련 법령 및 법리

소득세법 제96조, 제97조, 제114조 등에 따르면, 양도소득의 과세표준과 세액을 결정함에 있어 양도가액과 취득가액은 실지거래가액에 따라 정하는 것이 원칙이되, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 소득세법 시행령 제176조의2에서 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다고 규정되어 있다. 소득세법 시행령 제176조의2 제1항에서는 양도 또는 취득 당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비되는 등의 사유로 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 환산가액 등에 의하여 추계조사하여 가액을 결정 또는 경정할 수 있도록 하고 있다.

과세요건의 존부 및 과세표준에 관하여는 원칙적으로 과세관청이 증명할 책임을 부담하므로 양도차익을 계산하기 위한 취득가액 등 필요경비에 관하여도 원칙적으로 과세관청이 그 증명책임을 부담한다. 그렇지만 필요경비에 관한 사항은 일반적으로 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 그 기초가 되는 사실관계도 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있어 과세관청으로서는 그 증명이 곤란한 경우가 있으므로, 그 증명의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 증명하게 하는 것이 합리적인 경우에는 증명의 필요를 납세의무자에게 돌릴 수 있다고 할 것이다(대법원 2013. 10. 31. 선고 2010두4599 판결 등 참조).

납세의무자가 작성, 비치하고 있는 장부에 자산가액이 기재되어 있다 하더라도 그 기재가 자산의 실지취득가액을 확정시키는 효과가 있다고 볼 수 없음은 물론 그 기재를 실지취득가액으로 추정하여야 한다거나 그 기재 자체가 납세의무자를 기속하는 효과가 있어 납세의무자가 그 기재에 반한 주장을 할 수 없다고 볼 수 있는 것은 아니다(대법원 1988. 2. 9. 선고 87누536 판결 등 참조).

2) 판단

위의 증거들, 갑 제2, 4호증, 을 제2, 5 내지 7호증의 각 기재를 종합하여 인정되거나 알 수 있는 다음의 사실 및 사정들을 종합하면, 피고는 원고가 신고하였던 장부가액을 실지취득가액이라고 볼 수 있을 만한 상당한 사정을 증명하였다고 할 것이나, 장부가액을 부인하려는 원고는 장부의 기재가 실지취득가액과 다르다는 자료를 전혀 제출하지 못하고 있다고 볼 수 있으므로, 피고가 이 사건 부과처분을 하는 과정에서 원고가 스스로 기재한 장부의 가액을 이 사건 건물의 실지취득가액으로 인정한 것은 정당하다고 판단된다. 원고의 주장은 받아들이지 않는다.

① 원고가 종합소득세 신고 과정에서 제출한 표준재무상태표에 이 사건 건물의 가액이 230,819,040원으로 기재되어 있다고 하여 이로써 위 건물의 실지취득가액이 해당 금액으로 확정된다거나 그 자체에 원고가 기속되는 효과가 있는 것은 아니지만, 원고는 소득세법 제160조 제1항에 따른 복식부기의무자에 해당(2017년, 2019 내지 2022년)하고 복식부기는 사업의 재산상태와 그 손익거래내용의 변동을 빠짐없이 이중으로 기록하여 계산하는 부기형식의 장부를 의미하는바(소득세법 시행령 제208조 제1항), 원고가 스스로 장부에 기재하였고 종합소득세 신고 과정에서 제출한 이 사건 건물의 가액에 대하여 단지 원고가 사후적으로 그 내용을 부인한다고 하여 쉽게 그 신뢰성을 배척하여서는 아니된다.

② 피고는 원고에게 공사도급계약서, 거래내역서, 계좌송금내역 또는 현금출금내역 등 원고가 이 사건 건물을 신축하는 과정에서 실제 지출한 비용을 확인할 수 있는 자료를 요청하였음에도 이를 제출받지 못하자, 이 사건 건물의 신축기간인 2016. 8. 30.부터 2017. 1. 23.까지의 기간 동안 원고 명의의 계좌에서 출금되거나 송금된 돈 중 이 사건 건물의 신축공사와 무관한 것으로 확인된 항목을 제외한 다음 이를 188,495,000원 정도로 산정하였고, 여기에 이 사건 건물의 신축과 관련하여 확인되는 매입세금계산서에 기재된 금액인 10,340,000원, 취득세 납부액 7,139,000원을 합산한 합계액이 위 장부에 기재된 230,819,040원과 비슷한 금액인 것으로 확인하였고, 달리 원고가 이 사건 건물의 신축공사비용을 확인할 수 있는 소명자료를 제출하지 않으므로, 위 장부에 기재된 230,819,040원을 신뢰성 있는 실지취득가액으로 판단하였다.

③ 이 사건 건물의 신축공사는 2016. 8.경부터 2017. 1.까지에 걸쳐 이뤄졌고, 이 사건 건물의 양도는 그로부터 약 6년 3개월이 경과한 2023. 4. 12.에 있었다. 원고는 이 사건 건물을 직접 신축하였고 완공 후 이를 임대하여 주택임대업을 영위하였으므로 위 건물의 신축에 소요된 비용, 공사를 도급받아 수행한 거래상대방과 도급금액, 자재를 공급한 거래처와 공급액, 노무를 수행한 근로자들의 내역과 노무비용 등을 잘 알고 있거나 알 수 있는 상황에 있고, 이와 관련된 서류나 장부 등도 직접 소지하거나 이를 관리하고 있었던 상황이라고 보아야 하고, 달리 원고에게 이와 관련된 정보를 알지 못하거나 이와 관련된 자료를 제출할 수 없는 특별한 사정이 인정되지도 않는다.

④ 이 사건에서 원고는 이 사건 건물의 실지취득가액이 얼마인지 제대로 주장하거나 증명하지 아니하였고, 신축공사비용과 관련된 자료를 전혀 제출하지 않았다. 원고는 한국감정원의 2017년 건물신축단가표에 의하면 이 사건 건물의 신축과정에서도 ㎡당 1,258,500원 내지 1,450,167원이 소요된다는 점, 인근 유사주택의 신축비용 사례 등을 함께 종합할 때, 연면적 309.5㎡(옥탑방을 제외할 경우 298.82㎡)의 단독주택(다중주택)인 이 사건 건물을 신축하는 비용으로 230,819,040원이라는 금액은 도저히 타당성이 없다고 주장하고 있다. 그렇지만 해당 자료는 유사사례 또는 통계적 평균에 관한 자료에 해당하여 이 사건 건물의 실지취득가액과 관련된 근거자료라고 보기 어려우므로, 원고가 제시하는 사정만으로는 원고가 스스로 작성·제출한 장부에 기재되어 있는 230,819,040원이 이 사건 건물의 실지취득가액이 아니라는 사정이 충분히 제시되었다고 보기 어렵다.

3. 결론

원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다.

판사 호성호 전자서명완료

관련 법령

별지

▣ 소득세법

제97조(양도소득의 필요경비 계산)

① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는것으로 한다.

1. 취득가액(「지적재조사에 관한 특별법」 제18조에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.

가. 제94조제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액

나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

⑤ 취득에 든 실지거래가액의 범위 등 필요경비의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제114조 ( 양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지 )

① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 하여야 할 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 경우에는 해당 거주자의 양도소득과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 한 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

③ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 경우에는 즉시 다시 경정한다.

④ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조, 제97조 및 제97조의2에 따른 가액에 따라야 한다.

⑥ 제4항을 적용할 때 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 그 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 경우에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득 과세표준과 세액을 경정한다.

⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

제160조(장부의 비치ㆍ기록)

① 사업자(국내사업장이 있거나 제119조제3호에 따른 소득이 있는 비거주자를 포함한다. 이하같다)는 소득금액을 계산할 수 있도록 증명서류 등을 갖춰 놓고 그 사업에 관한 모든 거래사실이 객관적으로 파악될 수 있도록 복식부기에 따라 장부에 기록ㆍ관리하여야 한다.

② 업종ㆍ규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 업종별 일정 규모 미만의 사업자가 대통령령으로 정하는 간편장부(이하 "간편장부"라 한다)를 갖춰 놓고 그 사업에 관한 거래 사실을 성실히 기재한 경우에는 제1항에 따른 장부를 비치ㆍ기록한 것으로 본다.

③ 제2항에 따른 대통령령으로 정하는 업종별 일정 규모 미만의 사업자는 "간편장부대상자"라 하고, 간편장부대상자 외의 사업자는 "복식부기의무자"라 한다.

⑦ 제1항부터 제5항까지의 규정에 따른 장부ㆍ증명서류의 기록ㆍ비치에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

▣ 소득세법 시행령

제163조 ( 양도자산의 필요경비 )

⑫ 법 제97조제1항제1호나목에서 "대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액"이란 제176조의2제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 가액을 말한다.

제176조의2(추계결정 및 경정)

① 법 제114조제7항에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는경우를 말한다.

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

2. 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가법인등(이하 이 조에서 "감정평가법인등"이라 한다)이 평가한감정가액 등에 비추어 거짓임이 명백한 경우

② 법 제114조제7항에서 "대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 가액"이란 다음 각 호의 방법에 따라 환산한 가액을 말한다.

1. 법 제94조제1항제3호에 따른 주식등이나 같은 항 제4호에 따른 기타자산의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액

2. 법 제94조제1항제1호 및 제2호가목에 따른 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 계산식에 따른 금액. 이 경우 「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 개별주택가격 및 공동주택가격(이들에 부수되는 토지의 가격을 포함한다)이 최초로 공시되기 이전에 취득한 주택과 부수토지를 함께 양도하는 경우에는 다음 계산식 중 취득당시의 기준시가를 제164조제7항에 따라 계산한 가액으로 한다.

③ 법 제114조제7항에 따라 양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 다음각 호의 방법을 순차적으로 적용(신주인수권의 경우에는 제3호를 적용하지 않는다)하여 산정한 가액에 따른다. 다만, 제1호에 따른 매매사례가액 또는 제2호에 따른 감정가액이 제98조제1항에 따른 특수관계인과의 거래에 따른 가액 등으로서 객관적으로 부당하다고 인정되는경우에는 해당 가액을 적용하지 않는다.

1. 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산(주권상장법인의 주식등은 제외한다)과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액

2. 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산(주식등을 제외한다)에 대하여 둘 이상의 감정평가법인등이 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내인 것에 한정한다)이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액. 다만, 기준시가가 10억원 이하인 자산(주식등은 제외한다)의 경우에는 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 하나의 감정평가법인등이 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 경우 그 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내인 것에 한정한다)으로 한다.

3. 제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액

4. 기준시가

제208조(장부의 비치ㆍ기록)

① 법 제160조제1항의 장부는 사업의 재산상태와 그 손익거래내용의 변동을 빠짐없이 이중으로 기록하여 계산하는 부기형식의 장부를 말한다.

② 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 제1항의 장부를 비치ㆍ기장한 것으로 본다.

1. 이중으로 대차평균하게 기표된 전표와 이에 대한 증빙서류가 완비되어 사업의 재산상태와 손익거래내용의 변동을 빠짐없이 기록한 때

2. 제1항의 장부 또는 제1호의 전표와 이에 대한 증빙서류를 전산처리된 테이프 또는 디스크 등으로 보관한 때