서울행정법원-2023-구단-73451 (2025.09.10)

사 건

2023구단73451 양도소득세부과처분취소

원 고

엄AA

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2025. 5. 14.

판 결 선 고

2025. 9. 10.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2021. 2. 2. 원고에게 한 2019년도 귀속 양도소득세 550,000,000원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 인정사실

가. 원고는 2002. 1. 10. 배우자 이BB으로부터 ‘00시 00구 00동 ◎◎아파트 00동 000호’를 증여로 취득하였다. 위 아파트는 재건축정비사업을 거쳐 ‘00시 00구 00동 ◎◎●●아파트 00동 0000호(이하 ‘종전주택’이라 한다)‘가 되었고, 원고는 2013. 9. 14. 종전주택에 관하여 소유권보존등기를 마쳤다.

나. 원고는 2019. 9. 24. 종전주택을 18억 원에 양도하고, 일시적 1세대 2주택 고가주택 양도[구 소득세법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30395호로 개정되기 전의 것, 특별한 표시가 없으면 이하 같음) 제155조 제1항]로 고가주택에 대한 양도차익 계산방식(같은 시행령 제160조)에 따라 전체 양도차익 중 9억 원 초과분을 과세대상 양도차익으로, 과세대상 양도차익의 80%를 장기보유특별공제로 계산한 후 일반세율을 적용하여 양도소득세 49,000,000원을 신고·납부하였다.

다. 00시 00구 및 **구는 2017. 8. 9.부터 현재까지 조정대상지역이다. 종전주택의 양도 당시 원고 세대의 주택 보유 현황은 다음과 같다.

[표 생략-원고 종전주택, 대체주택, 장기임대주택 2채 보유(모두 조정대상지역 내 소재)]

라. 원고 세대는 2012. 11. 30. 종전주택에 전입신고를 마쳤고, 2016. 12. 1. 대체주택에 전입신고를 마쳤다. 이BB(배우자)은 2018. 10. 31. 사업자등록을 마치고, 민간임대주택에 관한 특별법 제5조에 따라 장기임대주택을 장기일반민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있다.

마. 00지방국세청 감사관실은 피고에 대한 종합감사 중 원고의 양도소득세 신고내용에 대하여, 장기임대주택을 보유한 상태에서 일시적 2주택자가 종전주택을 양도하는 경우, 양도차익 9억 원까지는 비과세가 가능하나, 9억 원 초과분은 장기보유특별공제 배제 및 중과세율(20% 가산)을 적용해야 하므로 양도소득세를 재계산하여 경정하도록 피고에게 지시하였다. 감사처분지시에 따라 피고는 2021. 2. 3. 원고에게 2019년 귀속 양도소득세 550,000,000원(과소신고 가산세 46,000,000원, 납부불성실 가산세 49,000,000원 포함)을 경정·고지하였다(이하 ’이 사건 처분‘이라 한다).

[인정근거] 갑 1 내지 5, 8 내지 13호증, 을 제1 내지 3, 11호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같음)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

1) 중과세율 적용 배제

❶임대주택을 취득하기 위해 종전주택을 양도하여 투기 목적이 없고, 5개월 정도 짧은 기간 중복보유하였다. 중과세율을 적용할 수 없는 특별한 사정이 있다.

❷ 종전주택의 취득일은 2012. 8. 16.이므로 소득세법(2008. 12. 26. 법률 제9270호로 일부개정 된 것) 부칙 제14조, 기획재정부의 2023. 12. 26.자 예규(재산세제과-1422)에 따라 일반세율이 적용되고 중과세율을 적용할 수 없다.

❸ 2021. 2. 7. 신설된 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제13호에 따르면 중과세율이 적용되지 않는다. 부칙내용에도 불구하고 신설규정을 종전주택 양도에도 반영하여야 한다.

2) 가산세 부과의 위법

’양도소득세 집행기준 2018‘은 ’1세대가 소유하는 모든 주택에서 중과 제외되는 주택수를 뺀 주택의 수가 2주택 이상인 경우 그 중 양도하는 주택은 중과세율이 적용된다‘고 규정하고 있다. 위 집행기준에 다르면 장기임대주택은 주택 수에서 제외되어 원고는 1세대 2주택자이고 소득세법 시행령 제167조의 10(양도소득세가 중과되는 1세대2주택에 해당하는 주택의 범위)에 따라 중과세율 적용 여부가 결정되어야 한다. 원고에게 납세의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있어 가산세 부과처분은 부당하다.

나. 관계 법령

별지. 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 과세표준 및 세율

종전주택은 조정대상지역 내 위치하고 양도시 실지거래가액이 9억 원을 초과하는 고가주택이다. 원고 세대는 종전주택을 취득한 날(2002. 1. 10.)부터 1년 이상이 지난 후 대체주택을 취득(2016. 10. 31.)하고 대체주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전주택을 양도(2019. 9. 24.)하였다. 대체주택은 구 소득세법 시행령 제155조 제1항에 따른 신규주택에 해당하고, 00동 및 00동 소재 임대주택은 같은 조 제20항의 장기임대주택의 요건에 해당하여, 종전주택의 양도차익 중 9억 원 이하 부분은 구 소득세법 제89조 제1항 3호 가목, 구 소득세법 시행령 제155조 제1항, 제20항, 제154조 제1항에 따라 비과세되고, 9억 원을 초과하는 양도차익만 과세대상이다.

양도소득 세율은 구 소득세법(2019. 12. 10. 법률 제16761호로 개정되기 전의 것, 이하 같음) 제104조에 따라 계산하게 된다. 주택을 양도하는 경우 원칙적으로 구 소득세법 제55조 제1항에 따른 일반세율을 적용하되, 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택을 양도하는 경우에는 일반세율에 100분의 10을 더한 세율을 적용하고, 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택을 양도하는 경우에는 일반세율에 100분의 20을 더한 세율을 적용하게 된다(구 소득세법 제104조 제7항 제3호).

구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항은 ‘법 제104조 제7항 제3호에서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다’라고 규정하면서 제2호에서 ‘장기임대주택’을, 제10호에서 ‘1세대가 제1호부터 제8호까지 및 제8호의 2에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 해당 주택’을 들고 있다. 위 규정에 따르면, 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제1호(수도권 및 광역시·특별자치시 외의 지역에 소재하는 기준시가 3억원 이하의 주택) 주택을 제외한 모든 주택이 ‘주택의 수’를 계산할 때 포함되고, 제2호 내지 제10호에 규정된 장기임대주택 등도 1세대 3주택 여부를 판단할 때 주택의 수에는 포함되나 그 장기임대주택 등이 양도되는 경우에는 중과세율이 적용되지 아니한다.

장기보유특별공제와 관련하여, 소득세법 제95조 제1항은 양도소득금액을 산정할 때 양도가액에서 필요경비를 공제한 다음 장기보유특별공제액을 공제하도록 규정하고, 제2항에서 “장기보유특별공제액”이란 보유기간이 3년 이상인 토지·건물(제104조 제3항 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외)과 조합원입주권에 대하여 그 양도차익에 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다고 규정하고 있다.

구 소득세법 제95조 제2항 괄호규정에 따라 소득세법 제104조 제7항 각호에 따른 자산은 장기보유특별공제에서 제외된다.

원고 세대는 종전주택 양도 당시 종전주택 외에도 장기임대주택 2채와 대체주택 1채를 소유하고 있어 1세대 4주택을 소유하였다. 종전주택은 구 소득세법 시행령 제167조의3 제10호의 일반주택에도 해당하지 않는다. 종전주택은 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 각 호에서 정한 주택에 해당하지 않으므로 종전주택 양도는 구 소득세법 제104조 제7항 제3호에서 규정한 ‘조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’을 양도한 경우에 해당한다. 종전주택 양도는 구 소득세법 제104조 제7항 제3호에 따라 양도소득세 중과세율 대상이 되고, 소득세법 제95조 제2항 괄호 규정에 따라 장기보유특별공제를 적용할 수 없다.

2) 중과세율 적용을 배제할 특별한 사정의 인정 여부

투기 목적의 주택 소유를 억제하여 주택 가격의 안정과 주거생활의 안정을 도모하려는 취지에서 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도에 대하여 중과세율을 적용하도록 하는 한편, 임대주택의 공급을 활성화함으로써 서민과 중산층의 주거안정을 지원하기 위하여 장기임대주택과 더불어 일반주택도 중과세율의 적용 대상에서 제외하는 관련 규정의 입법 취지 등에 비추어 보면, 일반주택(종전주택)과 장기임대주택을 소유한 거주자가 대체주택을 취득함으로써 장기임대주택을 제외하고도 2주택을 소유하게 되었더라도, 주거를 이전하기 위하여 대체주택을 취득한 것으로서 거주자에게 투기 목적이 없고 대체주택을 취득한 후 종전주택을 양도하기까지 소요된 기간이 주택거래의 현실 등에 비추어 사회통념상 일시적이라고 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에는 종전주택의 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 양도소득세를 중과할 수 없다(대법원 2014. 2. 27. 선고 2010두27806 판결 등 참조).

인정사실에서 알 수 있는 다음과 같은 사정을 고려하면, 종전주택의 양도에 대해 양도소득세를 중과할 수 없는 특별한 사정이 있다고 할 수 없다.

❶ 원고 세대는 대체주택을 취득하고 전입신고까지 마친 후 장기임대주택 2채를 분양받고 대체주택 취득으로부터 상당 기간 지난 후 종전주택을 양도하였다. 원고 세대의 경우 판례에서 중과세율 적용을 배제하는 특별한 사정으로 들고 있는 ‘주거를 이전하기 위해여 대체주택을 취득’한 경우로 보기 어렵다.

❷ 원고 세대는 2016. 11. 30. 대체주택을 취득하고 전입신고까지 마친 후 3년이 임박한 2019. 9. 24. 종전주택을 양도하였다. 대체주택을 취득한 후 종전주택을 양도하기까지 소요된 기간이 주택거래의 현실 등에 비추어 사회통념상 일시적이라고 볼 수 없다.

❸ 종전주택 양도 당시 조정대상지역 내 신규 취‧등록 장기임대주택도 중과세율 대상이 되었다. 장기임대주택을 취득하기 위하여 종전주택을 양도하였다는 사정을 중과세율 적용을 배제할 만한 사정으로 인정하기 어렵다.

구 소득세법 시행령(2018. 10. 23. 시행령 제29242호로 개정된 것) 제167조의3은 주택시장의 안정을 도모하기 위해 2018. 10. 23. 이후 양도하는 분부터 다주택자가 조정대상지역 내 신규 취‧등록 장기임대주택에 대해 중과 제외를 배제하도록 개정되었다(구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제2호 마목 단서). 1주택 이상을 보유한 1세대가 조정대상지역 내 주택을 신규 취득하여 이를 ‘장기임대주택’으로 등록한 뒤 양도하면 개정 규정에 따라 중과세율 적용 대상인 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택으로 봐 중과된다. 원고 세대는 종전주택과 대체주택을 보유한 상태에서 조정대상지역인 00구와 **구 소재 다세대주택 및 아파트를 신규로 취득하고 장기임대주택 등록을 마쳤다. 원고 세대는 장기임대주택을 양도하더라도 중과세율 적용 대상이다. 장기임대주택 취득에 대해 중과세율이 배제될 것이라는 신뢰도 없었다. 신규 취득 장기임대주택도 중과세율을 적용받는데, 장기임대주택을 취득하기 위해 종전주택을 양도한 것을 특별히 취급할 수 없다.

3) 중과세율 배제 특례의 적용 여부

2008. 12. 26. 법률 제9270호로 일부 개정된 소득세법 부칙 제14조(이하 ‘이 사건 부칙’이라 한다) 제1항은 특정기간(2009. 3. 16. ∼ 2012. 12. 31.) 취득한 자산에 대하여 일반세율을 적용하는 특례를 규정하였다.

부칙 <제9270호, 2010. 12. 27.개정분>

제14조(양도소득세의 세율 등에 관한 특례)

① 2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지 취득한 자산을 양도함으로써 발생하는 소

득에 대하여는 제104조 제1항 제4호부터 제9호까지의 규정에도 불구하고 같은 항 제1호에 따른 세율(그 보유기간이 2년 미만이면 같은 항 제2호 또는 제3호에 따른 세율)을 적용한다.

재건축주택에 대한 양도소득세 계산은 관리처분계획인가일을 기준으로, 그 이전 부분은 종전주택에 대하여, 그 이후 부분은 입주권 및 신축주택에 대하여 양도가액부터 산출세액까지 구분하여 계산하고, 장기보유특별공제도 구분하여 계산한다(소득세법 시행령 제166조 제1항, 제5항 1호, 제7항 참조). 양도소득세 계산시 주택이 재건축으로 신축주택이 되더라도 취득일은 종전주택의 취득일이지, 신축주택의 취득일이나 관리처분계획인가일은 아니다.

원고는 2002. 1. 10. 재건축되기 전 아파트를 취득하였고, 종전주택은 재건축으로 신축된 아파트이다. 원고도 종전주택에 대한 양도소득세 신고시 취득일을 2002. 1. 10.로, 소득세법 시행령 제166조에 따라 관리처분계획인가일을 기준으로 종전주택과 신축주택을 구분하여 양도차익 등을 계산하여 신고하였다(을 제7호증 참조). 종전주택의 취득일은 2012. 8. 16.이 아니라 2002. 1. 10.이므로 종전주택은 이 사건 부칙의 적용대상 자산이 아니다.

4) 신설된 시행령 규정의 적용 여부

2019. 9. 24. 원고가 종전주택을 양도한 이후인 2021. 2. 7. 구 소득세법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31442호로 개정된 것) 제167조의3 제1항 제13호(제155조 또는 조세특례제한법에 따라 1세대가 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보거나 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항이 적용되는 주택으로서 같은 항의 요건을 모두 충족하는 주택)가 신설되어 일시적 1세대 2주택에 해당하는 주택도 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택에서 제외되었다. 개정 시행령 부칙은 적용시점에 대하여 공포한 날부터 시행하여 2021. 2. 17. 이후 양도하는 분부터 적용되고, 위 시행령 조항은 적용시점에 대한 예외에 해당하지 않는다. 개정 시행령 규정을 소급 적용할 근거가 없다.

국가의 조세정책은 탄력적‧합리적으로 운용할 필요성이 커 조세에 관한 법규와 제도는 신축적으로 변할 수밖에 없다. 개정 규정은, 개정 전 규정이 위법하다는 인식하에 그 위법적 요소를 없애려는 반성적 고려에서 비롯된 것이라기보다는 입법자가 조세감면의 혜택을 받는 범위를 합리적으로 조정하기 위한 입법형성 재량권을 행사함에 따른 것이다. 개정 시행령을 원고에게 소급 적용할 수 없다.

5) 가산세 부과의 위법 여부

가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려하지 아니하는 것이며 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다(대법원 2002. 2. 8. 선고 2000두1652 판결 참조).

원고가 들고 있는 양도소득세 집행기준의 내용은 다음과 같다. 3주택 이상 주택에 대한 세율 적용에 대한 설명이다.

원고 주장과 같이 장기임대주택을 제외하고 원고 세대가 1세대 2주택으로 취급하겠다는 의미가 아니다. 더군다나 원고 세대가 소유한 장기임대주택은 중과대상이어서 원고 주장대로 하더라도 주택 수 산정에서 제외되지 않는다.

원고는 집행기준 내용과도 다른 내용을, 법령과도 다르게 주장하고 있어, 원고에게 가산세 부과를 배제할 만한 정당한 사유가 있다고 할 수 없다.

6) 소결론

종전주택 양도를 1세대 3주택 이상 주택의 양도로 보고, 9억 원 초과 양도차익에 대해 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용한 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결 론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.