서울행정법원2024구단64935 (2025.09.12)

서 울 행 정 법 원판 결

사 건 2024구단64935 양도소득세부과처분취소

원 고 남AA

피 고 **세무서장

판 결 선 고 2025. 9. 12.

주 문

1. 피고가 2023. 5. 16. 원고에 대하여 한 별지1 표 ‘부과세액’란 기재 양도소득세 부과처분 중 ‘정당세액’란 기재 금액을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 2/5는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2023. 5. 16. 원고에 대하여 한 별지1 표 ‘부과세액’란 기재 양도소득세 부과처분을 취소하라.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 1997. 2. 25. 00시 00구 00동 DD아파트 제106동 제502호(이하“이 사건 아파트”라고 한다)를 취득하였고, 2021. 5. 24. 원고의 아들인 남HH 에게 이를 500,000,000원에 매도하는 매매계약을 체결한 후 그 다음날인 2021. 5. 25. 남HH 에게 소유권이전등기를 마쳐 주었다(이하 “이 사건 양도”라고 한다).

나. 원고는 2021. 8. 2. 이 사건 아파트의 양도에 대하여 그 양도가액을 실지거래가액인 500,000,000원으로 하여 산정한 양도소득세 133,992,818원을 신고·납부하였다.

다. 피고는 2023. 1. 16.부터 2023. 2. 14.까지 원고의 2021년도 귀속 양도소득세에 대한 세무조사를 실시한 후, 원고가 특수관계인인 아들에게 시가(800,000,000원)보다 낮은 가격으로 이 사건 아파트를 양도한 경우에 해당한다고 보아 양도소득세 부당행위계산부인 규정을 적용하고 2023. 5. 16. 원고에게 별지1 기재와 같이 양도소득세 95,270,880원, 가산세 23,540,480원 합계 118,811,360원 부과처분을 하였다(이하 “이

사건 부과처분”이라고 한다)

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3, 7 내지 11, 을 제1호증의 각 기재

2. 판단

가. 원고의 주장

피고는 동일 아파트 단지인 00시 00구 00동 DD아파트의 제105동 제1002호(이하 “비교대상아파트”라고 한다)에 대하여 2021. 6. 22.자 매매(매매가액800,000,000원)를 원인으로 2022. 6. 14. 소유권이전등기가 마쳐진 것(이하 “유사거래사례”라고 한다)을 유사거래사례가액이라고 보아 이 사건 양도 당시 이 사건 아파트의 시가를 800,000,000원으로 판단하였으나, i) 해당 거래사례는 등기원인은 2021. 6. 22.자 매매라고 기재되어 있으나 2021. 9. 8. 매매예약을 거쳐 종래 매매계약이 효력을 상실한 이후 2022. 6. 14. 소유권이전등기가 마쳐졌으므로 이는 2022. 6. 14. 이루어진 매매에 해당하여 평가기간 내의 매매거래에 해당하지 않고, ii) 장기간 매매계약이 이행되지 않은 경우에 해당하므로 유사거래사례가액이라고 볼 수 없으며, iii) 비교대상아파트의 특수한 사정이 반영된 비정상적인 거래사례에 해당하므로, 이를 기준으로 이 사건 아파트의 시가를 산정하는 것은 부당하다. 설령 유사거래사례가액에 따라 이 사건 아파트의 시가를 800,000,000원으로 산정하는 것이 정당하다고 하더라도, 원고가 해당 가액에 따라 양도소득세를 신고·납부하지 못한 정당한 사유가 있다고 보아야 할 것이므로 가산세는 면제되어야 한다.

나. 판단

1) 관련법리

가) 부당행위계산부인 규정은, 거주자의 행위 또는 계산이 객관적인 사실에 합치되고 또한 법률상 유효·적법한 것으로서 회계상으로는 정확한 계산이라 하더라도, 그행위나 계산이 특수관계자간의 거래이고 저가양도 등 객관적으로 조세의 부담을 부당하게 감소시키는 유형의 거래에 해당되는 경우에는 세법상 이를 부인하여 정부가 법령이 정하는 방법으로 소득금액을 계산하는 제도로서, 이는 실질과세원칙을 구체화하여 공평과세를 실현하고자 하는 데에 그 입법 취지가 있다고 할 것이므로, 부당행위계산은 특수관계자 사이의 일정한 거래가 사회통념이나 관습에 비추어 볼 때 합리적인 경제인이 취할 정상적인 거래로 볼 수 없어 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때에 할 수 있는 것이다(대법원 2001. 6. 15. 선고 99두1731 판결 참조). 소득세법 제101조 제1항, 소득세법 시행령 제98조 제1항, 제167조 제3항에 의하

면, 양도소득이 있는 거주자가 특수관계에 있는 자에게 시가보다 낮은 가격(시가와 거래가액의 차이가 3억 원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우)으로 자산을 양도함으로써 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 때에는 그 양도가액을 시가에 의하여 계산하여 양도소득세를 부과하도록 되어 있다.

나) 시가는 불특정 다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우에 통상적으로 성된다고 인정되는 가액을 의미하고{소득세법 시행령 제167조 제5항, 구 상속세 및 증여세법(2021. 12. 21. 법률 제18591호로 개정되기 전의 것, 이하 “구 상증세법”이라 한다) 제60조 제2항}, 소득세법 시행령 제167조 제5항, 구 상증세법 제60조 제2항, 구상속세 및 증여세법 시행령(2022. 2. 15. 대통령령 제32414호로 개정되기 전의 것. 이하 “구 상증세법 시행령”이라고 한다) 제49조 제1항 제1호는 특수관계인과의 거래 등으로 그 거래가액이 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우를 제외하고 양도소득세 부과 대상 자산의 양도일 전후 각 3개월의 기간에 당해 재산에 대한 매매사실이 있는 경우(매매계약일 기준)에는 그 거래가액을 시가로 인정한다고 규정하고 있으며, 구 상증세법 시행령 제49조 제4항는 대상 자산과 면적·위치·용도·종목 및 기준시가가 동일하거나 유사한 다른 재산에 대하여도 위 평가기간 동안 매매사실이 있는 경우 그 거래가액을 시가로 인정할 수 있다고 규정하고 있다.

다) 대법원은 구 상증세법 시행령 제49조 제1항의 규정은 시가로 볼 수 있는 대표적인 것을 예시한 것으로 판단하고 있고(대법원 2001. 8. 21. 선고 2000두5098 판결등 참조), 같은 맥락에서 “과세처분 취소소송의 과세처분 취소소송의 사실심 변론종결시까지 당해 자산의 상속 당시 시가가 입증된 때에는 그 시가를 기준으로 정당한 양도차익과 세액을 산출한 다음 과세처분의 세액이 정당한 세액을 초과하는지 여부를 판단하여야 한다. 여기서 ‘시가'라 함은 원칙적으로 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적교환가격을 의미하지만 이는 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 가액도 포함하는개념이므로 거래를 통한 교환가격이 없는 경우에는 공신력 있는 감정기관의 감정가격도 ‘시가'로 볼 수 있고, 그 가액이 소급감정에 의한 것이라 하여도 달라지지 않는다”고 판시하여(대법원 2010. 9. 30. 선고 2010두8751 판결 등 참조) 구 상증세법 시행령제49조 제1항에 규정된 평가기간을 벗어나 양도소득세 부과처분 취소소송 과정에서 법원의 촉탁에 따라 이뤄진 감정의 경우에도 시가로 인정할 수 있다고 판단하였다.

2) 판단

가) 이 사건 아파트의 이 사건 양도 당시의 시가에 대한 판단

위의 증거들, 갑 제5, 12, 17 내지 20호증, 을 제2 내지 5호증의 각 기재, 이 법원의 감정인 손00에 대한 감정촉탁결과 및 사실조회결과를 종합하여 인정되는 다음의 사실 및 사정들을 종합하면, 이 사건 아파트의 이 사건 양도 시점에서 구 상증세법제60조, 구 상증세법 시행령 제49조에 따라 인정할 수 있는 시가는 619,000,000원이라고 평가함이 상당하다.

① 비교대상아파트는 이 사건 아파트와 같은 아파트단지에 위치하고 주거전용면적이 동일하며 공시가격의 차이는 2.9%에 불과하여 구 상증세법 시행령 제49조 제4항,상증세법 시행규칙 제15조 제3항의 요건을 갖추고 있는바, 비교대상아파트는 이 사건아파트에 대하여 유사거래사례로 인정될 수 있는 요건을 갖추고 있다.

② 비교대상아파트의 매매계약은 2021. 6. 22. 이루어졌고 그 매매가액은800,000,000원이었다. 당시 매매대금 잔금 지급일은 2022. 6. 15.로 정해졌는데 이는 매수인인 이BB가 기존에 거주하는 주택의 전세계약 만료일이 2022. 4. 말로 되어 있었고 매도인인 박SS가 이사갈 집도 2022. 6. 무렵 입주할 수 있었기 때문이었다. 잔금까지 기간이 상당히 남아 있었으므로 2021. 9. 8. 매수인 이BB는 비교대상아파트에대하여 같은 날 매매예약을 원인으로 소유권이전청구권가등기를 하였고, 같은 날 00시 000구청장에 위 2021. 6.22.자 매매계약에 따른 부동산거래계약 신고가 마쳐졌다. 이에 따르면 당사자 사이에 2021. 6. 22. 체결된 매매계약에 따라 2022. 6. 14. 부동산소유권이전등기가 마쳐진 것으로 볼 수 있고, 2021. 6. 22.자 매매계약이 2021. 9.8.경 효력을 상실하였다거나 2022. 6. 14.에 이르러 새로운 매매계약이 체결되었음을인정할 만한 사정이 없다. 결국 유사거래사례의 매매계약일은 2021. 6. 22.인 것으로볼 수 있고 이는 이 사건 양도일 전후 각 3개월의 기간 내에 있어 해당 유사거래사례는 구 상증세법 시행령 제49조 제1항의 요건을 충족한 것으로 평가할 수 있다.

③ 다만 구 상증세법 시행령 제49조 제1항의 규정은 시가로 볼 수 있는 대표적인 것을 예시한 것으로 보아야 하는바, 해당 규정에 따른 거래사례가액이 이 사건 아파트의 교환가치를 객관적이고 합리적으로 반영하지 못하다고 볼 수 있는 사정이 인정된다면, 단지 해당 시행령의 요건을 충족하였다는 사정만으로 그 거래사례가액이 ’불특정 다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우에 통상적으로 성립된다고 인정되는 가액‘인 것으로 평가하기는 어렵다. 부동산 시장의 특성을 고려할 때, 단기간에 부동산 시세가 급등할 경우 매물이 품귀현상을 보이면서 동일한 시점에도 동일 단지 또는 인근 단지의 유사 매물 사이에도 매매가액의 편차가 매우 크게 벌어지는 경우가 드물지 않게 발생하고(매도자가 실거래가가 등록되지 않은 급등 시세정보를 제대로 파악하지 못하는 경우 저가거래가 이루어지기도 하며, 매수자가 시장상황을 선제적으로 파악한 상태에서 가격상승예상분까지 반영하여 매수하는 경우 고가거래가 이루어지기도함), 한 달이나 심지어 1, 2주 사이에도 상당한 수준으로 매매가액의 격차가 벌어지는경우도 많이 발생하므로, 당시 시장상황이 단기간에 부동산이 급등하는 상황이었다면 기준시점 전후 3개월 내에 특정한 매매사례가 존재한다고 하여 해당 매매사례가액을 곧바로 대상 부동산의 시가인 것으로 인정하기보다는 해당 거래사례가 이 사건 아파트의 시가를 합리적이고 객관적으로 반영하는 것인지를 신중히 검증할 필요가 있다.

④ 이 사건 아파트와 그 인근 GG아파트(00시 00구 00동)의 2021. 5.을 전후한 면적별 실거래가 내역을 살피면 아래와 같이 비교적 단기간에 30% 이상, 최대 68%까지의 편차를 보이는 것으로 확인된다.

(표생략)

여기에 비교대상아파트의 매수인인 이BB는 시세 상승이 먼저 발생한 본인 소유의 00시 00구 소재 아파트를 2021. 6. 4. 역대최고가인 1,820,000,000원에 매도한후 2021. 6. 22. 비교대상아파트를 비교적 과감하게 800,000,000원에 매수하게 된 것으로 보이는 점, 한국부동산원의 부동산통계정보 1) 상 00시 00구의 아파트 매매가격지수가 아래와 같이 1년 간 급상승하였다는 점(상승률은 26.07%임)을 고려하면, 이 사건 아파트의 양도일로부터 한 달 후에 있었던 유사거래사례에 대하여도 이 사건 아파트의 시가를 합리적이고 객관적으로 반영하는 것인지를 신중히 검증해야 할 필요가 있다.

(표 생략)

④ 법원감정인은 이 사건 아파트의 2021. 5. 24. 시가를 감정함에 있어, 거래사례비교법에 따라 같은 아파트단지, 같은 면적인 제13층 세대에 대하여 2020. 12. 2. 이루어진 매매거래사례(거래가격 592,000,000원)를 비교거래사례로 선정한 후 여기에 시점보정(1.11149), 호별요인에 따른 격차율(0.94)을 반영하여 이 사건 아파트의 시가를 619,000,000원(= 592,000,000원 × 1.11149 × 0.94)으로 산정하였는바, 감정서에 기재된 여러 거래사례들과 평가사례들, 감정인이 밝힌 매매거래사례 선정의 이유, 격차율산정의 근거 그 밖에 사실조회에 대한 회신내용까지 함께 살펴보았을 때, 위 감정에서 거래사례의 산정이나 시점 보정, 호별요인에 따른 격차율 산정은 모두 적정하게 이루어진 것으로 볼 수 있어(소득세법 시행령 제167조 제5항, 구 상증세법 시행령 제49조 제1항에 따라 매매사례가액을 시가로 인정하는 경우와는 다르게, 부동산 시가감정에서는 시간의 경과에 따른 시세의 변동을 시점 보정의 형태로 감정평가액에 반영하는 이상 매매거래사례를 반드시 소득세법 시행령 제167조 제5항에 규정된 기간 내에 있었던 것으로 선정해야 한다고 볼 이유는 없다), 위 감정결과는 이 사건 아파트의 특성과 가격형성상 여러 요인들을 잘 반영하여 이 사건 아파트의 시가를 객관적이고 합리적으로 산정한 것으로 판단함이 상당하다.

⑤ 위에서 살핀 제반사정들을 종합하면, 이 사건 비교거래사례가액은 이 사건 양도 시점(2021. 5. 25.)에서 이 사건 아파트에 대하여 불특정 다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우에 통상적으로 성립된다고 인정되는 시가를 객관적이고 합리적으로 반영한다고 평가하기 어렵다.

나) 이 사건 양도가 부당행위계산 부인의 대상에 해당하는지 여부, 정당한 양도소득세액에 대한 판단

이 사건 아파트의 이 사건 양도 당시의 시가는 619,000,000원인 것으로 평가되는 반면 원고는 특수관계인인 원고의 아들 남HH 에게 이 사건 아파트를 500,000,000원에 매도한 사실이 인정되는바, 시가와 거래가액의 차액은 119,000,000원에 해당하고 이는 시가의 19.22%에 해당하므로, 소득세법 제101조 제1항, 시행령 제167조 제3항 제1호에 의할 때 특수관계인에게 시가보다 낮은 가격에 자산을 양도하여 그 양도소득에 대한 조세부담을 부당하게 감소시킨 경우에 해당하여 부당행위계산 부인의 대상에 해당한다.

그렇다면 소득세법 제101조 제1항, 소득세법 시행령 제167조 제4항에 따라 이 사건 아파트의 양도가액을 시가인 619,000,000원으로 하여 원고에게 부과될 정당한 양도소득세액을 산정하면 이는 36,913,894원(= 정당한 양도소득세액 170,906,712원 – 원고 신고·납부세액 133,992,818원)에 해당한다.

다) 원고의 가산세 면제 주장에 대한 판단

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지아니한다(대법원 1999. 9. 17. 선고 98두16705 판결 등 참조)

위의 각 증거를 종합하여 알 수 있는 다음의 사정을 종합하면, 원고에게 이 사건 아파트의 양도소득세를 제대로 신고·납부할 것을 기대하는 것이 무리라거나 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다. 원고의 가산세 면제 주장은 받아들이지 아니한다.

① 이 사건 아파트와 동일 아파트 단지, 동일 면적의 아파트에 관하여 이미 2020. 10. 27.과 2020. 10. 30.에 각 530,000,000원(4층과 7층)에, 2020. 11. 6.에는 595,000,000원(17층)에, 2020. 12. 2.에는 592,000,000원(13층)에 실거래가 이뤄진 사례가 확인된다.

② 2020. 12. 이후 이 사건 양도 시점까지 00시 00구 지역의 아파트 거래시세가 상당히 상승하였다는 것을 고려할 때(한국부동산원의 통계상 약 11.15% 정도 상승한 것으로 인정됨) 원고로서도 이 사건 양도 시점의 시가가 위 592,000,000원을 상회하거거나 최소한 이와 유사한 수준이라는 점을 충분히 파악할 수 있었을 것으로 보인다.

③ 달리 원고가 이 사건 아파트를 특수관계인인 아들에게 시가 대비하여 5% 이상 낮은 가격인 500,000,000원에 양도하고 해당 금액을 기준으로 양도소득세를 신고·납부하게 된 합리적인 사정을 인정할 근거가 없다.

라) 소결

피고의 이 사건 부과처분은 별지1 표 기재 “정당세액”란 기재를 초과하는 범위에서 취소되어야 한다.

3. 결론

원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 기각한다.