서울행정법원-2024-구단-61134 (2025.09.12)

사 건

2024구단61134 양도소득세부과처분취소

원 고

AAA

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2025. 7. 25.

판 결 선 고

2025. 9. 12.

주 문

1. 피고가 2023. 9. 6. 원고에 대하여 한 2018년 귀속 양도소득세 163,089,290원 부과처분(가산세 포함)을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2002. 11. 18. 서울 ○○구 △△동 369-1 제2동 제102호 상가 33.20㎡(이하 “이 사건 상가”라고 한다)에 관하여 2002. 10. 15.자 매수를 원인으로 하는 소유권이전등기를 마쳤다.

나. 원고는 2018. 2. 28. 이 사건 상가를 CCC 등 3인에게 1,850,000,000원에 양도하였다.

다. 원고는 2018. 4. 30. 이 사건 상가의 양도가액은 1,850,000,000원, 취득가액은 452,320,000원으로 산정하고, 양도차익 1,397,680,000원에 장기보유특별공제(공제율 30%)를 적용한 다음 양도소득세액 374,467,920원을 신고·납부하였다.

라. 피고는 2023. 7. 3.부터 2023. 7. 22.까지 원고에 대한 양도소득세 세무조사를 실시하였고, 2023. 9. 6. 원고의 매수가액이 450,000,000원이 아니라 100,000,000원이라고 판단한 다음 원고의 양도차익을 새로 산정하여 원고에 대하여 양도소득세 102,900,000원, 가산세 60,189,290원 합계 163,089,290원을 부과하는 처분(이하 “이 사건 부과처분”)을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제 1 내지 9호증, 을 제1호증의 각 기재

2. 이 사건 부과처분의 위법 여부

가. 원고의 주장

원고가 이 사건 상가를 전 소유자 DDD로부터 취득한 실지거래가액은 100,000,000원이 아니라 450,000,000원이고, 피고가 제시하는 매매계약서(을 제2호증의2, 이하 “이 사건 매매계약서”)는 진정한 거래내용에 부합하는 계약서가 아니다. 그럼에도 원고가 이 사건 상가를 취득한 실지거래가액이 100,000,000원이라는 전제에서 이루어진 이 사건 부과처분은 위법하다.

나. 판단

1) 관련 법리

양도차익을 계산할 때에 기준이 되는 실지거래가액이란 객관적인 교환가치를 반영하는 일반적인 시가가 아니라 실지의 거래대금 자체 또는 거래 당시 급부의 대가로 실지 약정된 금액을 의미한다(대법원 2015. 10. 15. 선고 2011두24286 판결 등 참조). 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 증명책임은 원칙적으로 과세관청에 있으므로 과세소득 확정의 기초가 되는 필요경비나 손금에 관하여도 원칙적으로 과세관청이 그 증명책임을 부담한다. 그렇지만 필요경비나 손금에 관한 사항은 일반적으로 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 그 기초가 되는 사실관계도 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있어 과세관청으로서는 그 증명이 곤란한 경우가 있으므로, 그 증명의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 증명하게 하는 것이 합리적인 경우에는 증명의 필요를 납세의무자에게 돌릴 수 있다고 할 것이다(대법원 2013. 10. 31. 선고 2010두4599 판결 등 참조).

2) 판단

위의 증거들, 갑 제11 내지 20호증의 각 기재, 증인 FFF의 증언, 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되거나 알 수 있는 다음의 사정 및 사실들을 종합하면, 원고가 2002. 11. 18. 이 사건 상가를 취득한 실지거래가액은 450,000,000원이라고 인정함이 타당하고, 을 제2, 3호증의 기재 등 피고가 제출하는 증거들만으로는 실지거래가액이 100,000,000원이라는 피고의 주장을 인정하기 어렵다. 결국 잘못된 사실관계를 전제로 이루어진 이 사건 부과처분은 위법하다.

가) 원고가 주장하는 내용의 상당성과 관련된 사실 및 사정들

① 이 사건 상가를 원고에게 양도한 전 소유자 DDD는 2002년경 그 양도가액을 기준시가인 33,212,140원으로 하여 양도소득을 신고하였고, 양도소득 신고 당시 매매대금이 100,000,000원으로 되어 있는 이 사건 매매계약서를 첨부하여 제출하였다. 그러나 원고는 이 사건 매매계약서는 양도인 DDD의 요구에 따라 작성된 일명 ‘다운계약서’이고, 당시 실제 매매가액은 450,000,000원이며 양도인 측의 거부로 인하여 실제 금액이 기재된 진정한 매매계약서를 작성하지 못하였다고 주장하고 있다.

② 당시 매매계약을 중개하였던 ‘aa공인중개사사무소’의 FFF는 이 법정에서 ‘위 매매 당시 전 소유자 DDD는 이 사건 상가와 옆 호실인 제101호를 합쳐 1,000,000,000원 정도에 매도하기를 원하였고 원고의 모(母)인 EEE과의 흥정을 통해 매매가액이 900,000,000원(이 사건 상가와 제101호에 대하여 각 450,000,000원)으로 협의되었다. 다만 양도인은 이 사건 상가와 제101호에 대하여 각 매매가액을 100,000,000원으로 기재한 매매계약서를 작성할 것을 요구하였는데, 해당 매매가액은 실제 매매가액보다는 낮고 기준시가보다는 높은 금액인바 이러한 다운계약서의 작성은 당시 거래관행에 비추어 보면 그리 이례적인 것은 아니긴 하다. 다만 양도인은 실제 매매가액을 기재한 매매계약서의 작성을 극구 거부하였는데, 진정한 매매계약서의 작성을 거부하는 것은 부동산중개인으로서도 매우 이례적인 상황이었다. 이 사건 매매계약서는 매매가액이 허위로 기재된 계약서이므로 중개인의 책임이 문제될 수 있기에 해당 매매계약서에는 중개인과 관련한 내용을 기재하지 않았다’는 취지로 진술하였다. FFF는 매매계약 체결 당시의 상황과 교섭과정, 다운계약서가 작성된 경위를 상당히 구체적이고 생생하게 진술하였고, 이는 아래에서 살필 다른 객관적인 정황에 잘 부합하며 별다른 모순점이나 의심스러운 정황은 확인되지 않는다. 양도인이 진정한 매매계약서의 작성을 거부하였다는 것 역시 양도인이 가질 수 있는 우려(진정한 매매가액이 기재되어 있는 매매계약서가 작성되어 양수인에게 교부될 경우, 향후 분쟁이 발생하거나 사정변경이 있게 되면 진정한 매매가액이 과세관청에 알려지게 되거나 이로 인한 문제가 발생할 수 있다는 우려)를 고려한다면 납득이 불가능하지는 않다.

③ 당시 시행되던 구 소득세법(2002. 1. 1. 법률 제6557호) 제96조 제1항 제1호, 제97조 제1항 제1호에 의하면 양도소득세 신고·납부와 관련하여 부동산의 취득가액, 양도가액은 원칙적으로 기준시가에 따라 정하도록 되어 있었는바, 실제 매매가액과 다른 매매계약서가 작성된다고 하더라도 양도소득세 신고‧납부와 관련하여 별달리 문제되지 않는다는 것이 거래당사자의 일반적인 인식이었던 것으로 보인다. 원고나 EEE으로서도 향후 취득가액과 양도가액을 기준시가에 따라 신고하면 된다고 생각하였을 것이므로, 원고가 양도인의 요구에 응하여 이 사건 매매계약서를 작성한 것도 납득할 수 있는 면이 있다.

나) 이 사건 매매계약서의 진정성과 관련한 사실 및 사정들

① 이 사건 상가가 속한 건물(△△동 369-1 □□아파트 단지 내 상가 제2동, 아파트 제20동 앞에 위치함) 1층에는 면적이 약 33㎡(약 10평)인 상가 호실이 여럿 위치하는바, 그 바로 인근에는 비슷한 구조와 형태의 제3, 4, 5동 상가건물(아파트 제21동, 제22동, 제23동의 앞에 있음)이 있다1). bb개발산업㈜은 1999년경 이전까지는 위 상가를 비롯하여 같은 아파트 단지 내에 있는 다수의 상가 건물들은 소유하면서 이를 임대하는 식으로 사용·수익하였고, 1999. 4.경에 이르러 위 다수의 상가 호실들을 임차인들에게 분양전환하였다(위 분양전환 전까지 위 상가 호실들의 임차권은 전 임차인으로부터 새로운 임차인에게 양도거래가 이루어져 왔다).

② 이 사건 상가의 전 소유자인 DDD는 이 사건 상가(제102호)와 그 옆 호실(제101호)(면적 합계 20평)의 임차권을 전 임차인으로부터 1억 2,000만 원 정도에 양수하였고 1999. 4.경 bb개발산업㈜에 3억 몇 천 만원을 지급하고 이를 분양받았다는 내용의 확인서(갑 제11호증)을 제출하였다. 살피건대, i) 인근 제3동 제1OO호(10평)는 2003. 4. 3. 서OO으로부터 김OO에게 845,000,000원에 매매되었던 점, ii) 인근 제4동 제1OO호(10평)은 2003. 3. 31. 김OO로부터 전OO에게 671,000,000원에 매매되었던 점, iii) (비록 상가의 구조와 형태는 차이가 있기는 하지만) 인근 cc센타 제2동 제114호(18평)와 관련하여 위 중개인 FFF의 배우자인 GG은 1997. 10. 1. 임차권을 전 임차인으로부터 177,200,000원에 양수한 다음 1999. 4.경 bb개발산업㈜에 338,180,000원을 지급하고 이를 분양받았던 점(결국 18평 상가의 취득비용으로 총 515,380,000원을 지출하였다)을 종합해 보면, 이 사건 상가와 제101호의 취득비용에 관한 DDD의 위 진술은 충분히 신뢰성이 있는 것으로 볼 수 있는바, DDD는 이 사건 상가 및 제101호의 취득을 위하여 1999. 4.경까지 최소 4억 2,000만 원 이상의 비용을 지출한 것으로 인정할 수 있다.

③ 이 사건 상가가 속한 제2동 및 제3, 4, 5동 상가 건물에 속한 각 상가 호실들은 위치(아파트 제20동 앞부터 제23동 앞까지 일렬로 위치해 있음), 형태와 구조, 면적(각 호실당 약 10평 정도) 등이 유사하여 비록 상가 건물이기는 하나 규격화된 물건으로서의 특성을 비교적 강하게 가지고 있고 대단지 아파트의 매물이 그러하듯이 비교적 표준화된 시세에 따라 장기간에 걸쳐 꾸준히 거래가 이루어졌을 것으로 평가함이 상당하다. 증인 FFF의 증언에 따르면 제3동이 가장 선호되는 등 각 동별 선호도에 따른 일정한 가격 차이는 있었다고 인정되지만, 이러한 가격 차이 역시 일정한 정도로 유지되면서 비교적 표준화된 시세를 형성하였을 것으로 볼 수 있다.

이러한 이 사건 아파트 단지 내 제2, 3, 4, 5동 상가 각 호실들의 특성을 고려한다면, 예컨대 매도인과 매수인이 특수관계가 있다거나, 매도인이 상가 호실을 해당 시점에 시세보다 현저히 저렴하게 매도해야 하는 급박한 사정이 있다거나 외환위기나 시장급변상황이 발생하는 등의 특별한 사정이 없는 이상, 어떠한 상가 호실이 다른 상가 호실들의 통상적인 거래사례가액과 현저하게 차이나는 가격으로 시장에서 매매거래가 이루어질 가능성은 매우 희박하다고 보아야 한다. 이 사건 상가는 전 소유자인 DDD가 정상적으로 ‘aa공인중개사사무소’에 등록한 매물로서 원고와 EEE이 위 중개사사무소의 중개를 통해 이를 매수한 것으로 확인되는바, 이 사건 상가의 매매거래가 시장 시세나 통상적인 거래사례와 현저하게 차이나는 가격으로 이루어질 만한 특별한 사정은 없었던 점, 전 소유자인 DDD는 이 사건 상가와 제101호의 취득을 위하여 최소 4억 2,000만 원 이상의 비용을 지출하였던 점, 당시 부동산 시장상황(외환위기나 시장급변상황은 없었음)까지 함께 종합한다면, 이 사건 상가가 유사 거래사례와 현저히 차이나는 금액인 100,000,000원에 2002. 10.경 일반 중개거래를 통해 매매되었을 개연성은 거의 없다고 보아야 한다.

④ 이 사건 매매계약은 ‘aa공인중개사무소’의 중개를 통해 체결되었지만 이 사건 매매계약서에는 공인중개사와 관련된 사항이 기재되지 않았다. 이는 전 소유자인 DDD가 2002. 11. 15. 원고와 EEE으로부터 이 사건 상가와 제101호를 임차하는 임대차계약서에는 ‘aa공인중개사사무소’가 부동산중개인으로 기재되어 있는 것과 대비된다(이 사건 상가의 매매계약과 임대차계약의 체결일과 잔금지급일, 거래당사자 등을 고려하면, 위 매매계약과 임대차계약은 모두 ‘aa공인중개사사무소’의 중개에 따라 체결되었던 것으로 봄이 상당하다). 이 사건 매매계약서가 진정한 것이라고 한다면 해당 매매계약서에 부동산중개인과 관련된 내용이 기재되지 않았을 이유가 없다. 결국 이 사건 매매계약서는 금액이 허위로 기재된 ‘다운계약서’에 해당하였기 때문에 중개사무소와 관련된 기재를 하지 않았다는 증인 FFF의 증언내용은 충분히 설득력이 있으며, 이러한 사정은 이 사건 매매계약서의 진정성을 인정할 수 없는 강력한 단서가 된다.

⑤ 이 사건 매매계약서에는 2002. 10. 18. 매매계약이 체결되었고 매매대금은 같은 날 일시금으로 지급된 것으로 기재되어 있다. 그렇지만 등기부등본 기재에 의하면 이 사건 상가는 2002. 10. 15.자 매매를 원인으로 하여 2002. 11. 18. DDD로부터 원고에게 이전되었는바, 원고와 EEE은 그 잔금을 2002. 11. 18. 지급하였다고 봄이 상당하다. 원고와 EEE은 전 소유자 DDD와 임대차계약조건에 관하여 교섭한 끝에 2002. 11. 15.경 임대차계약을 체결하였는바, 이 역시도 잔금이 그 이후인 2002. 11. 18. 지급되었다는 것에 부합하는 정황이다(임대차보증금이 정해져야 원고와 EEE이 DDD에게 지급해야 할 매매대금 잔금액을 확정할 수 있기 때문이다). 위 매매계약서에 기재된 매매대금의 지급일자 및 지급방식은 이 사건 상가의 실제 거래내용에 부합하지 않는다. 이에 비추어 보더라도 이 사건 매매계약서는 진정한 것이라고 보기 어렵고, 특정한 목적에 활용되기 위하여 편의상 작성된 명목상의 계약서에 해당한다고 봄이 상당하다.

⑥ DDD는 2002. 11. 15. 이 사건 상가와 제101호에 관하여 임대보증금은 100,000,000원, 월 차임은 5,500,000원으로 하여 임차하는 내용의 임대차계약을 체결하였다. DDD가 이 사건 상가와 제101호를 원고와 EEE에게 합계 200,000,000원에 매도한 다음 이를 임대차보증금 100,000,000원, 월 차임 5,500,000원에 임차한다는 것은 경제적 합리성이 인정되기 어려운 거래로 보아야 한다. 위 임대차계약의 내용은 시세에 어느 정도 부합하는 것으로 보이고(원고와 EEE은 DDD와의 임대차계약이 종료된 이후인 2004. 2. 7. 이 사건 상가를 조OO에게 임대차보증금 35,000,000원, 월 차임 2,000,000원에 임대하였고, 2004. 5. 24. 제101호를 이OO에게 임대차보증금 30,000,000원, 월 차임 2,000,000원에 임대하였음) 달리 그 진정성을 의심할 만한 정황이 확인되지 않는바, 위 임대차계약의 거래조건에 비추어 볼 때 DDD가 이 사건 상가와 제101호를 원고와 EEE에게 매도한 거래가액은 200,000,000원을 현저히 초과한

다고 봄이 상당하다.

다) 이 사건 상가의 매매가액이 450,000,000원이라고 볼 수 있는 사실 및 사정들

① 원고는 이 사건 양도소득세 신고‧납부 과정에서 매매가액이 450,000,000원이라는 내용의 거래사실확인서를 양도인 DDD와 양수인 원고 명의로 작성하여 제출하였고 양도인 DDD는 당시 이 사건 상가의 실제 매매가액이 450,000,000원임을 확인하고 있다. 아울러 중개인 FFF 역시 이 법정에서 이 사건 상가의 실제 매매가액은 450,000,000원이라고 진술하면서 이 사건 거래의 경위를 구체적으로 설명하였는바, 이러한 확인내용과 진술내용은 위에서 살핀 제반 사정에도 잘 부합하고 달리 그 신뢰성을 의심할 만한 정황은 없어 충분히 신뢰성을 인정할 수 있다.

② 450,000,000원이라는 거래가액(이 사건 상가 및 제101호의 매매가액 합계액은 900,000,000원임)은 위에서 살핀 인근 거래사례가액에 비춰보더라도 충분히 합당한 범위 내의 가액으로 판단되고, 관련 사건(서울행정법원 2024구단59773호)에서 실시된 시가감정결과(제101호의 가액이 450,000,000원인 것으로 평가되었음)에 비추어 보더라도 이 사건 상가의 당시 시세에 정확히 잘 부합하는 가액에 해당하며, DDD가 2002. 11. 15. 체결한 임대차계약의 거래조건(보증금 100,000,000원, 연 차임 66,000,000원)에 비추어 보더라도 경제적 합리성이 인정되는 가액이라고 볼 수 있다2). 전술한 것과 같이 비교적 표준화된 시세를 형성하였을 것으로 보이는 이 사건 아파트 단지 내 제2, 3, 4, 5동 상가 각 호실들의 특성을 고려한다면, 다른 특별한 사정이 없는 이상 이 사건 상가는 시세에 부합하는 가격으로 매매거래가 이루어졌을 개연성이 매우 높다.

③ 원고나 EEE이 2002년 10월과 11월에 걸쳐 양도인 DDD에게 매매대금 900,000,000원 상당의 돈을 지급한 소명자료를 제출하지 못하고 있기는 하다. 그러나 i) 원고의 취득시점 이후 15년 이상의 세월이 경과하였는바, 송금내역이 남아 있지 않다면 현시점에서 그 자금의 지출을 소명할 수 있는 금융거래내역 등 객관적인 자료를 확보하기는 어려울 것으로 보이는 점, ii) 원고는 당시 위 매매대금 중 대부분을 현금 또는 수표로 지급하였다고 주장하고 있는데 중개인 FFF도 같은 취지로 증언하고 있는 점, iii) 원고는 이 사건 상가의 매매계약 당시 외국에 체류 중이었고 원고의 모인 EEE이 해당 매매계약을 주도한 것으로 보이는바, 원고는 EEE이 당시 상당한 금액의 현금이나 수표를 소지하였던 경위에 대하여 나름대로 소명하고 있는 점 등을 종합하면, 원고와 EEE이 당시 DDD에게 900,000,000원을 지급한 송금내역이나 금융거래내역을 제출하지 못한다는 사정만으로는 이 사건 상가의 매매가액이 450,000,000원이라는 판단에 어떠한 영향을 준다고 보기 어렵다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용한다.

별지

관련 법령

▣ 구 소득세법(2018. 12. 31. 법률 제16104호로 개정되기 전의 것)

제94조 (양도소득의 범위)

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지[「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따라 지적공부(지적공부)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득

제96조 (양도가액)

① 제94조제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실지거래가액에 따른다.

제97조 (양도소득의 필요경비 계산)

① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는것으로 한다.

1. 취득가액. 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한하여 나목의 금액을 적용한다.

가. 제94조제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액

나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.

1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항 제2호및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.

가. 제1항 제1호 가목에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액

나. 제1항 제1호 나목 및 제114조제7항에 따라 환산가액에 의하여 취득 당시의 실지거래가액을 계산하는 경우로서 법률 제4803호 소득세법개정법률 부칙 제8조에 따라 취득한 것으로 보는 날(이하 이 목에서 "의제취득일"이라 한다) 전에 취득한 자산(상속 또는 증여받은 자산을 포함한다)의 취득가액을 취득 당시의 실지거래가액과 그 가액에 취득일부터 의제취득일의 전날까지의 보유기간의 생산자물가상승률을 곱하여 계산한 금액을 합산한 가액에 의하는 경우에는 그 합산한 가액

다. 제7항 각 호 외의 부분 본문에 의하는 경우에는 해당 실지거래가액

1) 각 상가와 관련하여서는 www.hyundaiapt.org 싸이트의 정보마당>상가정보를 참조하였음

2) 2002년 당시 부동산담보대출 금리는 통상 연 6~7% 정도였던 것으로 확인된다.