서울행정법원-2025-구단-52521 (2025.09.26)

사 건

2025구단52521 양도소득세경정거부처분취소

원고(상고인)

AAA

피고(피상고인)

○○세무서장

원 심 판 결

판 결 선 고

2025. 09. 26.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2024. 1. 16. 원고에 대하여 한 2023년 양도소득세 2,799,232,024원 경정거부처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 1999. 7. 2. ** **구 ***** ***-** 공장용지 1115㎡, 그 지상 공장건물(1층 472.50㎡, 2층 466.12㎡, 3층 466.12㎡ 등)을 취득하였고, 2002. 2. 4.경 위 공장건물 중 일부를 증축하였다(증축면적 1층 190.96㎡, 2층 5.76㎡, 3층 5.76㎡)(이하 위 토지를 “이 사건 토지”, 위 공장건물을 “이 사건 공장건물”이라 한다).

나. 원고는 2023. 5. 10. 이 사건 토지 및 공장건물을 BBBBB1호PFV㈜에게 양도가액 53,100,000,000원에 양도하였고, 2023. 6. 30. 위 토지 및 공장건물의 양도가액은 53,100,000,000원으로, 취득가액은 토지 1,641,112,910원, 공장건물 167,322,322원 합계 1,808,435,232원, 기타 필요경비(양도비) 319,000,000원으로 하여 양도소득세를 신고·납부하였다.

다. 원고는 이 사건 토지 및 공장건물의 취득가액으로 신고된 위 금액은 실지취득가액에 해당하지 않고 그 실지취득가액을 확인할 수 없으므로 환산취득가액인 10,957,894,969원(이 사건 토지 9,595,405,364원, 이 사건 공장건물 1,362,489,605원)을 이 사건 토지와 공장건물의 취득가액으로 인정해야 한다고 주장하면서 2023. 10. 10. 피고를 상대로 2023년 귀속 양도소득세 2,799,232,024원의 경정을 청구하였다. 라. 피고는 2024. 1. 16. 원고의 경정청구를 거부하는 처분을 하였다(이하 “이 사건 거부처분”).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 4, 6, 7, 9 내지 11호의 각 기재

2. 이 사건 거부처분의 위법 여부

가. 원고의 주장

원고가 최초 양도소득세를 신고할 당시 산정한 취득가액은 종합소득세 확정신고시 첨부한 표준대차대조표에 기재된 토지와 공장건물의 가액에 해당하고 이는 기준시가에 상응하는 금액일 뿐 이 사건 토지 및 공장건물의 실지취득가액에 해당하지 않고 실지취득가액에는 현저히 못 미치는 금액이다. 과세요건의 입증책임은 과세관청에게 있음에도 피고는 위 가액이 실지취득가액이라는 점을 입증하지 못하고 있는바, 결국 이 사건 토지와 공장건물은 실지취득가액을 알 수 없는 경우에 해당하므로 소득세법령에 규정된 환산가액으로 그 취득가액을 산정하여야 한다. 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 거부처분은 위법하다.

나. 판단

1) 관련 법령 및 법리

소득세법 제96조, 제97조, 제114조 등에 따르면, 양도소득의 과세표준과 세액을 결정함에 있어 양도가액과 취득가액은 실지취득가액에 따라 정하는 것이 원칙이되, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지취득가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 소득세법 시행령 제176조의2에서 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다고 규정되어 있다. 소득세법 시행령 제176조의2 제1항에서는 양도 또는 취득 당시의 실지취득가액의 확인을 위하여 필요한 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비되는 등의 사유로 실지취득가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 환산가액 등에 의하여 추계조사하여 가액을 결정 또는 경정할 수 있도록 하고 있다. 과세요건의 존부 및 과세표준에 관하여는 원칙적으로 과세관청이 증명할 책임을 부담하므로 양도차익을 계산하기 위한 취득가액 등 필요경비에 관하여도 원칙적으로 과세관청이 그 증명책임을 부담한다. 그렇지만 필요경비에 관한 사항은 일반적으로 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 그 기초가 되는 사실관계도 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있어 과세관청으로서는 그 증명이 곤란한 경우가 있으므로, 그 증명의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 증명하게 하는 것이 합리적인 경우에는 증명의 필요를 납세의무자에게 돌릴 수 있다고 할 것이다(대법원 2013. 10. 31. 선고 2010두4599 판결 등 참조).

납세의무자가 작성, 비치하고 있는 장부에 자산가액이 기재되어 있다 하더라도 그 기재가 자산의 실지취득가액을 확정시키는 효과가 있다고 볼 수 없음은 물론 그 기재를 실지취득가액으로 추정하여야 한다거나 그 기재 자체가 납세의무자를 기속하는 효과가 있어 납세의무자가 그 기재에 반한 주장을 할 수 없다고 볼 수 있는 것은 아니다(대법원 1988. 2. 9. 선고 87누536 판결 등 참조).

2) 판단

위의 증거들, 갑 제3, 5, 8호증, 을 제1 내지 3호증의 각 기재를 종합하여 인정되거나 알 수 있는 다음의 사실 및 사정들을 종합하면, 원고가 신고하였던 장부가액을 실지취득가액이라고 볼 수 있을 만한 상당한 사정이 인정된다고 할 것이나, 장부가액을 부인하려는 원고는 장부의 기재가 실지취득가액과 다르다는 자료를 전혀 제출하지 못하고 있다고 볼 수 있으므로, 위 장부의 가액이 이 사건 토지와 공장건물의 실질취득가액에 해당하지 않는다는 원고의 주장을 피고가 배척하고 이 사건 거부처분을 한 것은 정당하다고 판단된다. 원고의 주장은 받아들이지 않는다.

① 원고가 1999년 종합소득세 신고 과정에서 제출한 표준대차대조표에 이 사건 토지는 1,641,112,910원, 공장건물의 가액은 374,063,323원으로 기재되어 있고, 2022년 종합소득세 신고 과정에서 제출한 표준합계잔액시산표에는 공장건물의 가액은 384,798,301원이고 여기에 감가상각비 217,479,979원을 적용한 잔액은 167,318,322원으로 기재되어 있다. 원고가 위와 같은 금액이 기재된 표준대차대조표를 제출하였다고 하여 이로써 이 사건 토지와 공장건물의 실지취득가액이 해당 금액으로 확정된다거나 그 자체에 원고가 기속되는 효과가 있는 것은 아니지만, 원고는 소득세법 제160조 제1항에 따른 복식부기의무자에 해당하고 복식부기는 사업의 재산상태와 그 손익거래내용의 변동을 빠짐없이 이중으로 기록하여 계산하는 부기형식의 장부를 의미하는바(소득세법 시행령 제208조 제1항), 원고가 스스로 장부에 기재하였고 종합소득세 신고 과정에서 제출한 이 사건 토지와 공장건물의 가액에 대하여 단지 원고가 사후적으로 그 내용을 부인한다고 하여 쉽게 그 신뢰성을 배척하여서는 아니된다.

② 원고는 1999년에 이 사건 토지와 공장건물을 취득하였고 이 사건 양도는 그로부터 24년이 경과한 2023년에 있기는 하였다. 원고는 이 사건 토지와 공장건물의 매수에 직접 관여하였고 대금지급 등도 직접 처리하였을 것으로 보이는바, 이 사건 토지와 공장건물의 실제 매수가액, 대금 지급의 시기와 방식, 대금의 조달경위 등을 잘 알고 있거나 알 수 있는 상황에 있고, 이와 관련된 계약서나 서류, 장부, 금융거래자료 등도 직접 소지하거나 이를 확보할 수 있는 위치에 있다고 봄이 상당하다. 달리 원고에게 이와 관련된 정보를 알지 못하거나 이와 관련된 자료를 제출할 수 없는 특별한 사정이 인정되지도 않음에도, 원고는 이 사건 토지와 공장건물의 실제 취득가액이 얼마인지 제대로 주장하거나 증명하지 않았고 그 계약서나 대금지급내역 등을 확인할 수 있는 자료를 전혀 제출하지 않았다.

③ 이 사건 토지와 공장건물의 양도인인 CCC은 1999년 당시 그 양도가액을 1,765,000,000원으로 하여 양도소득을 신고하였고, 원고는 이 사건 토지와 공장건물의 취득세·등록세를 납부하는 과정에서 과세표준을 1,820,000,000원으로 신고하였다. 비록 위 가액만으로는 토지와 공장건물의 가액을 구별하여 확인하기 어렵다는 한계가 있으나, 원고가 납부한 취득세·등록세(105,560,000원), 공장건물 개량공사 지출내역(60,000,000원), 원고가 당시 이 사건 공장건물의 매입에 따라 납부한 부가가치세액(공급가액 224,917,000원으로 산정함) 등을 함께 고려하면, 원고가 1999년 종합소득세 신고과정에서 제출한 대차대조표에 기재된 가액(이 사건 토지 1,641,112,910원, 이 사건 공장건물 374,063,323원)은 양도인의 양도소득 신고내역이나 원고의 취득세 납부내역에도 잘 부합하는 금액으로 평가할 수 있다.

④ 원고는 1999년 당시의 구 소득세법(1998. 12. 28. 법률 제5580호) 제96조 제1호, 제97조 제1항 제1호에 따르면 양도소득세 산정을 위한 양도가액과 취득가액은 원칙적으로 기준시가에 의하도록 되어 있었고, 구 지방세법(1998. 12. 31. 법률 제5615호) 제111조 제2항 제1호, 제2호에 의하면 토지와 건물의 취득세 과세표준은 취득자가 신고한 가액에 의하되 해당 금액이 토지의 개별공시지가나 건물의 시가표준액에 미치지 못하면 개별공시지가나 시가표준액에 의하도록 규정되어 있었는바, 양도인 CCC이 양도신고한 금액, 원고가 취득세·등록세 납부과정에서 신고한 과세표준, 원고가 장부에 기재한 금액은 모두 이 사건 토지와 공장건물의 1999년 당시 기준시가(토지는 1,605,600,000원, 공장건물은 177,627,015원임)를 토대로 정해진 것에 불과하고, 토지의 기준시가는 통상적으로 시세의 50~60% 정도 수준에 불과하므로, 이 사건에서 장부에 기재된 가액은 원고가 이 사건 토지와 공장건물을 취득한 실지취득가액에 해당하지 않는다고 주장한다. 비록 부동산의 시가가 개별공시지가나 시가표준액과는 상당한 격차가 발생하는 경우가 많기는 하지만, 원고가 스스로 작성·제출한 장부에 기재되어 있는 가액(이 사건 토지 1,641,112,910원, 이 사건 공장건물 374,063,323원)이 개별공시지가 및 시가표준액과 큰 차이가 없다는 점 등 원고가 내세우는 사정만으로 해당 가액이 이 사건 토지와 공장건물의 실지취득가액이 아니라는 사정이 충분히 제시되었다고 보기 어렵다.

⑤ 원고 스스로가 종래 이 사건 양도소득세 신고·납부 과정에서 표준대차대조표나 표준합계잔액시산표 기재와 동일하게 이 사건 토지의 취득가액은 1,641,112,910원으로, 공장건물의 취득가액은 384,798,301원에서 감가상각비 217,479,979원을 적용한 167,318,322원으로, 증축된 건물의 취득가액은 104,000,000원에서 감가상각비 103,996,000원을 적용한 4,000원으로 인정하여 신고하였고, 위의 신고 당시에 어떠한 착오나 오류가 있었다고 볼 만한 사정도 없다.

3. 결론

원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다.