수원지방법원-2025-구단-10567 (2025.10.22)

사 건

2025구단10567 양도소득세경정거부처분취소

원 고

원A,이A,원B,한A,김A,이B,원C,임A,정A

피 고

A세무서장

변 론 종 결

2025. 9. 17.

판 결 선 고

2025. 10. 22.

주 문

1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2024. 7. 24. 원고들에 대하여 한 2018년 또는 2019년 귀속 양도소득세 161,761,540원(가산세 포함)의 경정거부처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고 김A를 제외한 나머지 원고들과 박A(이하 ‘원고 등’이라 한다)은 ㅇㅇ시 소재 11동, 22동, 33동 등 일대에 있는 답, 전, 목장용지 등의 토지(이하 통틀어 ‘이 사건 토지’라 한다)를 아래 기재와 같이 각 취득하였다.

나. 원고 등은 ㅇㅇㅇ시티 일반산업단지 조성사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)에 편입된 이 사건 토지에 관하여 아래 기재와 같이 공공용지의 협의취득을 원인으로 하는 각 소유권이전등기를 ㅇㅇㅇ시티프로젝트금융투자주식회사 또는 ㅇㅇ도시공사 앞으로 마쳐주었다(이하 통틀어 ‘이 사건 양도’라 한다).

다. 원고 등은 이 사건 양도에 관하여, 이 사건 토지의 취득가액을 환산가액으로 산정하면서 소득세법 시행령 제176조의2에 따른 환산 취득가액을 구하기 위한 산식 중 ‘양도 당시의 기준시가’로 이 사건 토지에 관한 보상액 산정의 기초가 된 2016년 기준 공시지가를 적용하여 2018년 또는 2019년 귀속 양도소득세를 각 신고ㆍ납부하였다.

라. 박A는 2023. 8. 23. 사망하여 배우자인 원고 김A가 박A의 재산을 분할협의로 단독 상속하였다.

마. 이후 원고들은 위 양도 당시의 기준시가로 토지보상법 제70조 제5항에 따른 2009년 기준 공시지가의 적용을 주장하면서 2024. 5. 28.부터 2024. 7. 18.까지 피고를 상대로 아래 기재와 같은 양도소득세의 경정을 청구하였다.

바. 피고는 2024. 7. 24. 원고들의 경정청구를 거부하는 처분을 하였다(이하 ‘이 사건처분’이라 한다).

원고

ㅇㅇ시

수용토지

취득일자

양도일자

신고납부

양도세액(원)

(농특세제외)

경정청구

양도세액(원)

원A

무무동 10

1982.5.18.

2019.1.10.

23,378,181

0

이A

무무동 20

2003.4.1.

2018.7.28.

105,942,196

15,115,605

원B

무무동 30

1984.7.4.

2019.1.16.

72,028,291

52,639,149

한A

모모동 47

1985.5.6.

2019.1.10.

11,883,498

1,617,850

김A(박A상속인)

모모동 21

1982.5.18.

2019.1.10.

33,188,792

6,470,319

이B

모모동 1, 2

1985.3.11.

2019.1.10.

46,186,918

19,430,406

원C

무무동 1

1977.3.3.

2018.7.18.

25,115,413

0

임A

무무동 3,5

1995.12.28.

2018.9.10.

216,214,954

187,521,651

정A

조조동 5

2001.4.21.

2019.1.16

46,964,205

37,132,156

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1~3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고들의 주장

협의나 재결에 의하여 취득하는 토지에 관한 보상액 산정의 기준이 되는 공시지가는 토지보상법 제70조 제4항, 제5항에 따라 결정되는바, 이 사건 사업인정 후 공익사업 토지수용으로 취득된 이 사건 토지의 경우 보상액 산정의 기준이 되는 공시지가는 이 사건 사업의 계획 또는 시행이 공고되거나 고시됨으로 인하여 이 사건 토지의 가격이 변동되었다고 인정되는 경우에 해당하여 해당 공고일 또는 고시일 전의 시점을 공시기준일로 하는 공시지가로서 이 사건 사업의 공고일 또는 고시일과 가장 가까운 시점에 공시된 공시지가인 2009년 표준지공시지가임에도, 피고가 이 사건 양도의 환산취득가액을 구하기 위한 산식 중 양도 당시의 기준시가로 이 사건 토지의 각 수용가액의 근거가 된 2016년 표준지공시지가를 적용한 이 사건 처분은 토지보상법 제70조 제5항에 위반되어 위법하므로 전부 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정 사실

1) 이 사건 사업에 관하여, ㅇㅇ시장은 2009. 2. 4. ㅇㅇ시 고시 제2009-23호로 ㅇㅇ개발행위허가 제한지역(ㅇㅇ시티 산업단지 예정지)을 고시하였고, ㅁㅁ도지사는 2010. 3. 15. 계획승인 고시를 하였다가(산업단지 개발기간: 2009년 8월부터 2013. 12. 31.까지), 2014. 4. 11. 위 산업단지 지정을 해제하는 고시를 하였고, 이후 2016. 6. 27. 위 해제를 철회하는 고시를 하고 2016. 8. 26. 이 사건 사업의 개발기간과 방법을 변경하는 내용의 변경승인 고시를 하였다.

2) 이 사건 토지의 수용 원인은 ‘협의매수’이고, 이 사건 사업인정 의제시점을 위 변경승인 고시일로 판단하여 그와 가장 가까운 2016년 표준지공시지가를 적용한 감정평가 결과에 의하여 보상액 산정이 이루어졌다.

3) 반면에, 이 사건 사업에 협의매수가 아닌 ‘수용재결’에 의하여 공공용지로 취득된 토지는 증액손실보상 소송 결과 이 사건 사업계획 공고일과 가장 가까운 시점인 2009. 1. 1. 표준지공시지가를 적용한 보상액 산정이 정당한 것으로 확정되었다.

[인정 근거] 갑 제4~9, 11, 15호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

앞서 살펴 본 증거와 사실관계에 의하여 알 수 있는 아래와 같은 사정에 비추어 보면, 원고들이 소득세법 시행령에 부합하게 신고·납부한 이 사건 양도에 관한 소득세에 대한 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 위법하지 아니하다.

1) 공익사업을 토지 등을 수용하거나 사용할 사업으로 결정하는 이 사건 ‘사업인정’이 ‘변경 고시’로써 새로운 개발계획(실시계획)에 대한 승인을 득하여 실효되지 아니하고 의제되는 것으로 보는 것이 타당하다.

2) 원고들로서도 이 사건 토지의 환산 취득가액을 소득세법 시행령 제176조의2 제2항 제2호 산식에 의하여 구할 때 ‘양도 당시의 기준시가’를 이 사건 양도 시기인 2018년 또는 2019년 기준시가가 아니라 금액이 더 적은 소득세법 시행령 제164조 제9항에 따라 보상액 산정의 기초가 된 변경승인 고시일과 가장 가까운 2016년 기준시가를 적용하였던 것이다.

3) 원고들이 토지보상법 제70조 제5항이 우선 적용됨으로써 2009년 표준지공시지가로 보상액이 산정되었다고 들고 있는 사례들은, 전부 수용재결 절차를 통하여 취득된 토지의 ‘보상액 산정의 정당성’이 쟁점인 경우로서 협의취득된 이 사건 토지의 양도가액인 보상액에서 공제할 취득가액으로 구할 ‘환산 취득가액 산식에 적용할 양도 당시의 기준시가 판단’에 원용하기에는 부적절하다.

3. 결론

그렇다면 원고들의 이 사건 청구는 모두 이유 없으므로 전부 기각한다.