부산지방법원-2024-구합-24089 (2025.11.27)

사 건

2024구합24089 양도소득세부과처분취소

원 고

김AA

피 고

BB세무서장

변 론 종 결

2025. 6. 19.

판 결 선 고

2025. 11. 27.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2023. 11. 9. 원고에 대하여 한 2023년 귀속 양도소득세 120,838,370원(농어촌특별세 포함)의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 1985. 2. 5. ○○ ○○구 ○○동 ○○ 답 1,983㎡(이하 ‘이 사건 전체 토지’라 함)를 취득하고, 2023. 5. 23. 위 토지를 양CC, 윤DD에게 양도하였다(이하 ‘이 사건 토지 양도’라 함). 원고는 이 사건 토지 양도에 대한 양도소득세를 신고하면서 이 사건 전체 토지 중 1,016㎡는 비사업용 토지로, 나머지 967㎡(이하 ‘이 사건 토지’라함)는 소득세법 제104조의3 제2항 및 같은 법 시행령 제168조의14 제1항 제1호에 따른 ‘토지 취득 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지’에 해당한다고 보아2023년 귀속 양도소득세 829,133,330원을 신고·납부하였다.

나. 피고는 2023. 10. 5.부터 2023. 10. 24.까지 원고에 대한 양도소득세 조사를 실시하였고, 그 결과 이 사건 토지가 ‘토지 취득 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지’에해당되지 아니한다고 보아 이 사건 전체 토지에 대하여 소득세법 제104조 제1항 제8호에 따른 비사업용토지에 대한 세율을 적용하여, 2023. 11. 9. 원고에게 2023년 귀속 양도소득세 120,838,370원(농어촌특별세 포함, 원 단위 절삭)을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 함).

다. 원고는 이 사건 처분에 대하여 ○○지방국세청장에 이의신청을 하였으나, ○○지방국세청장은 2024. 3. 6. 원고의 신청을 기각하는 결정을 하였고, 원고는 다시 이 사건 처분에 대하여 조세심판원에 조세심판을 청구하였으나, 조세심판원은 2024. 10. 28. 원고의 청구를 기각하는 결정을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑제1호증, 갑제2호증, 을제2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부에 관한 판단

가. 원고의 주장

이 사건 토지는 2007. 4. 4. ○○시장의 도시관리계획(지구단위계획) 결정(○○시 고시 제2007-128호)으로 도로계획시설(도로)로 예정되어 건축법에 따라 위 토지상에 주택 등 건축을 할 수 없게 되었다. 따라서 이 사건 토지는 소득세법 제104조의3제2항 및 같은 법 시행령 제168조의14 제1항 제1호에 따른 ‘토지 취득 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지’로서 비사업용 토지로 볼 수 없다. 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 관련 법리

소득세법 제104조의3 제2항 및 소득세법 시행령 제168조의14 제1항 제1호에서 말하는 ‘법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지’란 토지의 용도에 따른 통상적인 제한의 범위를 넘어 특별히 사용이 제한된 토지를 의미한다. 여기에서 ‘토지의 용도에 따른통상적인 제한의 범위를 넘어 특별히 사용이 제한된 경우’에 해당하는지는 토지의 본래 용도에 따른 사용의 제한 여부를 원칙적인 기준으로 하되, 토지의 취득목적과 실제이용현황 및 본래 용도의 변경가능성 등도 아울러 고려하여 개별적으로 판단하여야 한다. 공부상 등재현황이 ‘대’인 토지에 대하여 법령의 규정에 따라 건축허가 등의 통제가 이루어지는 경우에는 원칙적으로 본래 용도에 따른 사용이 제한된다고 볼 수 있어 통상적인 제한의 범위를 넘는 특별한 사용 제한에 해당되고, 공부상 등재현황이 ‘전’ 또는 ‘답’이지만 실제 이용현황은 ‘대’ 또는 ‘잡종지’인 토지에 대하여 법령의 규정에 따라 건축허가 등의 통제가 이루어지는 경우에도 토지의 이용현황이 불법적인 형질변경 등을 통하여 변경되었다는 등의 특별한 사정이 없는 한 특별한 사용 제한에 해당될 수 있다(대법원 2016. 7. 14. 선고 2014두7886 판결 등 참조).

(2) 추가로 인정되는 사실

(가) 이 사건 전체 토지는 1971. 12. 29.부터 건설부 고시 제728호로 개발제한구역으로 지정되어 있었고, 1989. 1. 1. ○○시 ○○구로 편입되면서 도시지역 내 녹지지역의 자연녹지지역이 되었다가, 2006. 11. 15. ○○시장의 도시관리계획 변경결정(○○시 고시 제2006-397호)에 따라 용도지역이 녹지지역의 자연녹지지역에서제1종 일반주거지역으로 변경되었다.

(나) 이 사건 토지는 2007. 4. 4. ○○시장의 도시관리계획(지구단위계획) 결정(○○시 고시 제2007-128호)으로 다음과 같이 도로계획시설(도로)로 예정되었다.

(다) 원고는 이 사건 전체 토지의 취득일부터 양도일까지 이 사건 토지를 농지로 사용해 왔다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑제3호증, 을제1호증, 을제3호증, 을제6호증(가지번호 있는 경우 각 가지번호 포함)의 각 기재 및 영상, 변론 전체의 취지

(3) 구체적 판단

(가) 살피건대, 앞서 인정된 사실을 앞서 본 법리에 비추어 보면, 원고는 이 사건 토지를 그 취득일로부터 양도일까지 농지로 사용하여 왔고, 원고가 이 사건 토지가 도로로 지정되기 이전에 이 사건 토지 위에 건축물을 건축하거나 토지 형질 변경을 위한 인·허가절차의 이행 노력도 전혀 한 적이 없었던 것으로 보이므로, 이 사건 토지의 본래 용도는 농지라고 보아야 한다. 따라서 이 사건 토지는 본래 용도인 농지로의 사용제한 여부를 기준으로 ‘토지의 용도에 따른 통상적인 제한의 범위를 넘어 특별히 사용이 제한된 토지’인지 여부를 판단하여야 할 것이다. 그런데 이 사건 토지는 ○○시장의 도시관리계획 변경결정에도 불구하고 본래 용도인 농지로 사용할 수 있으므로, 소득세법 시행령 제168조의14 제1항 제1호에서 정한 ‘법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지’로 볼 수 없다.

(나) 만일 토지 소유자가 본래 토지를 활용하기 위한 아무런 노력을 기울이지도 않고 있음에도 당해 토지에 대하여 도시계획결정이 이루어졌다는 사정만으로 그 때부터 당해 토지를 비사업용 토지로 보지 않게 된다면, 토지의 시세차익을 노린 투기성 소유자들에게 그들이 원하는 혜택을 주게 되어 소득세법이 비사업용 토지에 대하여 장기보유 특별공제액의 공제를 허용하지 아니하는 취지를 완전히 몰각시키는 결과에 이르게 되어 부당하다.

(다) 원고는 ○○시 ○○구청장이 이 사건 토지에 대하여 지방세특례제한법 제84조 제2항에 따른 감면토지로서 재산세 부과를 감면하여 온 사실을 들어 이 사건 토지를 ‘법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지’로 보아야 한다는 취지로도 주장하나, 지방세특례제한법과 소득세법상의 세금 감면은 그 목적, 대상 및 요건 등이 동일하다고 볼 수 없으므로, 위 사실만으로 이 사건 토지가 ‘법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지’라고 인정할 수 없다.

(라) 결국 원고의 주장은 이유 없다.

3. 결론

따라서 원고의 청구는 이유 없으므로 기각하여, 주문과 같이 판결한다.